微生态添加剂对蛋鸡肠道微生物结构菌群的影响

试验旨在研究微生态添加剂对蛋鸡肠道微生物结构菌群的影响。选择健康120日龄的淮南麻黄鸡,随机分成4组,每组6个重复,每个重复5只。各组依次添加0、0.5、1.0、2.0 g/kg的微生态制剂。试验期40 d,利用高通量测序技术及生信云平台对测序结果进行分析。结果表明,在门水平上,肠道微生物群落主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门组成,微生态添加剂增加了蛋鸡肠道中的微生物群落丰度,在门水平上添加微生态制剂后使得梭菌族细菌丰度增加,在直肠中使变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门发生显著变化。     

饲粮中添加谷氨酰胺对安哥拉兔肠道微生物结构的影响

为探究谷氨酰胺对安哥拉兔肠道菌群结构和多样性的影响，本试验选取8月龄体重、产毛量相近的安哥拉兔12只，随机分为2组，每组6个重复，每个重复1只兔。对照组饲喂基础饲粮，谷氨酰胺组在基础饲粮中添加0.9%谷氨酰胺，饲喂1个剪毛周期后，采集各试验兔新鲜粪便样品，采用Illumina MiSeq测序平台进行肠道菌群16S RNA高通量测序分析。结果表明：与对照组相比，饲粮中添加0.9%谷氨酰胺后，安哥拉兔肠道菌的Chao指数、Shannon指数显著提高（P<0.05）。在门水平上，家兔肠道中优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、髌骨细菌门（Patescibacteria）和放线菌门（Actinobacteria）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺能显著降低厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上，家兔肠道内优势菌属为g＿norank＿f＿Muribaculaceae、瘤胃球菌属（Ruminococcus）和瘤胃球菌科NK4A214群（Ruminococcaceae＿NK4A214＿group）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺显著...     

16S rRNA测序分析枯草芽胞杆菌喷鼻对猪鼻腔菌群影响的研究

为了探究枯草芽胞杆菌对哺乳仔猪鼻腔中微生物多样性及其功能的影响，选用1株来源于猪鼻腔的枯草芽胞杆菌NS15对哺乳期仔猪进行喷鼻试验，于喷鼻后第7天采集鼻腔拭子，随后利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析鼻腔拭子样本菌群结构并进行功能预测。结果显示：猪鼻腔的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。喷鼻后不影响优势菌门的组成，但是各菌门的丰度发生变化，如厚壁菌门和放线菌门的丰度增加，其中厚壁菌门中的乳杆菌属(Lactobacillus)和放线菌门中的罗氏菌属(Rothia)等有益菌属丰度增加；而变形菌门和拟杆菌门等有害菌门的丰度下降，包括变形菌门中的不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜麦芽窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)和鲍特菌属(Bordetella)以及拟杆菌门中的黄杆菌属(Flavobacterium)等有害菌属丰度下降。进一步Tax4Fun功能预测结果显示，喷鼻枯草芽胞杆菌NS15后，猪鼻腔中能量、氨基酸和脂类等代谢通路显著...     

基于宏基因组测序对奶牛运动场土壤和粪便微生物群落结构的分析

采用宏基因组技术分析规模化奶牛运动场不同位置土壤和新鲜粪便中微生物群落丰度。测序结果显示:土壤的样本中可见丰度最高的是变形菌门,其次是放线菌门,其余依次为拟杆菌门>绿湾菌门>浮霉菌门>芽单胞菌门>酸杆菌门>厚壁菌门>疣微菌门>蓝细菌门,且以运动场中央为圆心,距离越远的样本变形菌门丰度逐渐下降,而放线菌门丰度逐渐增加。研究还发现变形菌门、放线菌门是土壤中的优势细菌,子囊菌门和担子菌门为土壤中的优势真菌,奇古菌门和广古菌门为优势古菌群落。在新鲜粪便中的优势细菌为厚壁菌门和拟杆菌门,而担子菌门、毛霉门和壶菌门为优势真菌群落。     

丁酸梭菌后期干预对番鸭回肠和盲肠菌群结构的影响

本试验旨在通过16S r RNA基因测序技术研究饲料中添加丁酸梭菌对番鸭后期回肠和盲肠菌群结构的影响。试验选取49日龄番鸭360羽，随机分为两个组，每组9个重复，每个重复20羽。对照组饲喂基础饲粮（C组），试验组饲喂基础饲粮添加2×109CFU/kg丁酸梭菌（CB组），试验期为21 d。试验结束后，每个重复随机取1羽番鸭进行屠宰并测定腹脂、胸肌、腿肌重量，采集回肠和盲肠内容物，采用16S rRNA基因测序技术分析其菌群结构。结果表明：与C组相比，CB组番鸭的体重无显著变化（P> 0.05），腹脂率与C组相比显著上升19.5%(P <0.05)。16S rRNA基因测序结果表明，α多样性中各组差异并不显著。在门水平上，厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）为番鸭回肠和盲肠的优势菌门；与C组相比，CB组回肠中厚壁菌门、梭杆菌门相对丰度增加，而拟杆菌门相对丰度减少；此外，在盲肠中变形菌门丰度有减少的趋势。在属水平上，回肠优势属...     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

不同日龄家兔肠道微生物群落结构

采用Miseq2×300测序平台对29,45,60日龄3个阶段的断奶幼兔,共30个粪便样品中的菌群16S rDNA V3和V4可变区进行了高通量测序和分析。结果显示:在不同的日龄间ACE指数和Chao1指数差异显著(P<0.05),Shannon指数和Simpson指数差异不显著(P>0.05),说明随着日龄的增大断奶兔肠道中的微生物群落丰度大量增加,但是菌群多样性并没有显著增加,表明在幼兔断奶时肠道微生物已经完成了定植。在门水平上,肠道微生物群落主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门组成,其中变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门在幼兔的生长过程中丰度有显著性变化。聚类热图的结果显示断奶幼兔肠道微生物群落结构的变化是随着日龄的变化而逐渐变化。     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

肠道微生物的早期干预对杏花鸡早期体重的影响

为研究肠道微生物对杏花鸡早期体重的影响,试验选用20只健康的1日龄杏花鸡母鸡,随机分成2组,每组10只,正常组饮用不添加抗生素的饮用水,干扰组饮用添加青霉素、甲硝唑、新霉素和万古霉素的饮用水,饲养49 d。分别在1、7和49日龄对鸡进行体重称量。49日龄时对鸡盲肠微生物进行16S rDNA测序分析。结果显示：与正常组对比,干扰组杏花鸡的体重在49日龄显著下降（P<0.05）,肠道微生物ACE指数和Chao1指数显著降低（P<0.05）;杏花鸡肠道微生物主要优势门是变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门,主要优势属是拟杆菌属、苍白杆菌属;与正常组对比,干扰组厚壁菌门、无色菌属、短波单胞菌属、苍白杆菌属细菌相对丰度显著降低（P<0.05）,变形菌门相对丰度显著上升（P<0.05）;主要影响的差异代谢通路有烟酸和烟酰胺代谢、磷酸肌醇代谢、能量代谢、原核生物的碳固定途径等通路。结果表明,饲喂抗生素能降低杏花鸡肠道微生物的菌群丰度,生长早期对肠道菌群实施干预可影响其体重。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

紫花苜蓿根际土壤细菌群落对腐熟牛粪响应

为了探讨腐熟牛粪施用量对作物根际土壤细菌丰度、多样性及群落结构的影响,本研究以盆栽紫花苜蓿(Medicago sativa L.)为试验材料,分别添加0％,3％,6％,9％的腐熟牛粪,在添加30 d,60 d,90 d后进行取样,利用Illumina-Miseq高通量测序平台对土壤细菌16S rRNA V3-V4区进行...     

3～6月龄伊犁马肠道微生物群落多样性的研究

本试验旨在研究3~6月龄伊犁马肠道微生物群落的多样性,揭示断奶前马驹肠道菌群演替的规律,从微生物学角度为此阶段马驹生长发育及肠道健康研究提供理论依据。试验选取平均体重为(89.75±8.81)kg、出生日期相同的3月龄伊犁马5匹,进行为期90 d的饲养试验。分别在试验的第0天(即试验开始的前1天)、第30天、第60天、第90天采集马驹粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示:1)对5匹马驹的20份粪样进行测序,共获得有效序列数157 665条,获得平均操作分类单元(OTUs)1 117个。2)马驹粪便中微生物群落α多样性指数(ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数)随着马驹月龄的增加呈波动性变化,但各时间点之间均无显著性变化(P0.05)。3)在门水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、螺旋体菌门(Spirochaetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、无壁菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、TM7、广古菌门(Euryarchaeota),其中以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及疣微菌门的丰度较高;在科水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为芽孢杆菌科(Bacillaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、BS11、RFP12、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae);在属水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、德库菌属(Desemzia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Ureibacillus、Paludibacter、芽孢杆菌属(Bacillus)、埃希式杆菌属(Escherichia)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、密螺旋体属(Treponema)、艰难杆菌属(Mogibacterium)。由此得出,采用Illumina HiSeq测序技术能够准确地对3~6月龄伊犁马肠道微生物群落进行分类研究;厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门是3~6月龄伊犁马肠道内的优势菌门。     

根瘤菌拌种对两种苜蓿生长及根际微生物多样性的影响

为研究根瘤菌(rhizobium)拌种对两种苜蓿(Medicago sativa Linn)生长及根际土壤微生物多样性的影响,本研究采用田间观测和高通量测序的方法,分别对不同拌种剂量处理的两种苜蓿(‘北林201’和‘北林202’)生长状况和根际土壤微生物群落多样性进行分析。结果表明：拌种处理后,两种苜蓿的株高明显增加,且在拌种浓度为50%时效果最佳;拌种处理影响了两种苜蓿土壤细菌多样性和群落组成,其中,拌种处理增加了两种苜蓿根际土壤细菌微生物物种多样性,却减少了丰富度;两种苜蓿的土壤细菌门水平上优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes),拌种处理增加了变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度;使用非度量多维尺度法分析表明,拌种处理后两种苜蓿土壤微生物群落结构存在一定的差异,差异不显著。该结果可为微生物拌种对草牧业的可持续发展提供科学依据。     

应用高通量测序技术分析青海牦牛引进山东后瘤胃菌群的变化

试验旨在探讨不同的饲养环境及日粮结构对牦牛瘤胃菌群结构的影响，应用高通量测序技术分析了青海牦牛引进山东后的瘤胃菌群变化情况。结果表明，青海牦牛瘤胃液可见物种（Observed species）及Chao1指数（Chao1 index）与引进牦牛瘤胃液相比差异极显著（P<0.01），ACE指数差异显著（P<0.05）；青海牦牛菌群丰度显著高于引进牦牛，说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群丰度发生了显著变化，而引进前后牦牛瘤胃液香浓指数（Shannon index）以及辛普森指数（Simpson index）差异不显著（P>0.05），说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群多样性未显著改变。测序数据表明，牦牛瘤胃液中丰度较高的菌群依次是拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、疣微菌门、互养菌门、软壁菌门、纤维杆菌门；青海牦牛引进山东后菌群结构比例变化显著的门是浮霉菌门和装甲菌门（P<0.05），变化显著的属是颤杆菌克属和帕匹杆菌属（P<0.05）。数据分析得出，拟杆菌和理研菌科在青海牦牛瘤胃液中起重要作用，而普雷沃氏菌科、琥珀酸弧菌科和产气单胞菌在引进山东牦牛瘤胃液中起主要的作用，推测饲养环境及日粮结构的改变导致了瘤胃菌群及其相关功能的改变。本研究为地域和日粮结构的变化对牦牛瘤胃菌群结构的影响提供了理论依据。     

Diversity Analysis of Rumen Microbes in Yunnan Gayals (Bos frontalis)

In order to study the rumen microbial diversity in Yunnan gayals (Bos frontalis), we analyzed the diversity of microbes using largely assembled sequence data obtained by metagenomic sequencing DNA isolated from rumen samples of eight adult galyals. The genome primary sequence (total metagenome size was >3 Gb) was assembled with short reads.Based on the gayal rumen microbial metagenomic sequencing, we received a total of 13 546 196 EGTs. Because of the relatively large amount, 10 387 566 EGTs (76.68% of all EGTs ) were randomly selected to analyze microbial communities by BLAST search of the NCBI-NR database. Microbial species annotations analysis revealed that microbial communities from gayals rumen were mainly composed of the bacterial domain, eukarya domain, archaea domain and unknown microbial composition. The majority microbes mainly belonged to ten phylums, and 94% EGTs belonged to Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria and Actinobacteria, of which the highest abundance phylums were Bacteroidete and Firmicutes, accounting for 48% and 42%, respectively. In addition, the main cellulolytic bacteria in rumen of gayals were Ruminococcus flavefacie, Butyrivibrio fibrisolvens, Ruminococcus albus and Fibrobacter succinogenes. They accounted for 1.60%, 1.20%, 0.86% and 0.52% of the total bacteria, respectively. These results further indicated that EGTs data could be used to analyze and explain environmental microbial community structure and function. There was great significance to study the composition of microorganisms in special environments.     

云南大额牛瘤胃微生物多样性分析

为研究云南大额牛瘤胃微生物多样性,本研究通过对大额牛瘤胃微生物宏基因组测序(总数据产出>3Gb)、分析、组装,共获得13546196个环境基因标签(EGTs)。在微生物分析时随机选用了10387566个EGTs(占总EGTs的76.68%)与NCBI的NR数据库进行BLAST比对,进行物种注释。结果显示,在分析的EGTs中,主要由细菌域、真核生物域、古生菌域及部分不能确定域归属的未知微生物构成,其中微生物主要属于10个门,94%的EGTs属于拟杆菌门、厚壁菌门、变形杆菌门和放线菌门,拟杆菌门和厚壁菌门丰度最高,分别占总细菌的48%和42%。大额牛瘤胃中主要的纤维降解细菌为黄化瘤胃球菌、溶纤维丁酸弧菌、白色瘤胃球菌和产琥珀酸丝状杆菌,分别占总细菌的1.60%、1.20%、0.86%和0.52%。本研究结果表明EGTs技术可用于分析环境微生物群落结构和解释微生物群落功能,对研究特殊环境中的微生物的构成具有重要意义。     

断奶前马驹与母马粪便菌群多样性分析

试验旨在探究断奶前马驹和母马粪便菌群多样性,为丰富此阶段马驹肠道菌群多样性提供依据。选取5匹5岁（2胎）、平均体重（453.34±54.23）kg、健康的纯血马母马,以及母马所生的5匹马驹,出生日期相近（±5 d）,平均体重（185.65±9.54）kg,3公2母。母马和马驹在相同环境下饲养,母马日粮组成及营养水平相同,马驹除哺乳外采食的粗饲料和精料补充料相同。马驹6月龄断奶,在断奶前1周用灭菌收粪袋采集母马和马驹的粪便样品。结果显示,母马粪便中菌群α多样性Chao1和ACE指数显著高于马驹（P < 0.05）,分别比马驹高18.94%和15.62%;母马与马驹共有的菌种数为1 399个,母马与马驹特有的菌种数分别为150和68个;在门水平,母马与马驹粪便中排在前十的菌分别是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、广古菌门、疣微菌门、螺旋体菌门、Unidentified_Bacteria、纤维杆菌门和无壁菌门,母马粪便中厚壁菌门丰度显著高于马驹（P < 0.05）;拟杆菌门母马比马驹高33.93%,差异不显著（P > 0.05）。由此可见,母马粪便菌群多样性显著高于断奶前马驹;母马与断奶前马驹粪便主要菌是厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,母马粪便中厚壁菌门和拟杆菌门丰度均高于断奶前马驹。     

哺乳期幼驼与成年母驼粪便菌群多样性分析

【目的】探究准噶尔双峰驼哺乳期幼驼和成年母驼粪便菌群结构组成及多样性变化,为幼驼肠道健康发育提供重要依据。【方法】选取6～7岁体况相近的健康成年母驼12峰,以及出生日期相近(3月龄)的哺乳期母幼驼12峰,母驼与幼驼在相同饲养环境下饲养。采用直肠取粪法采集粪样,用于粪便内容物细菌16S rDNA的V3-V4区测序,并对测序数据进行相应分析。【结果】母驼粪便菌群Chao1和Shannon指数均显著高于幼驼(P<0.05);在门水平上,母驼和幼驼粪便中位于前十的菌均为厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、变形菌门、软壁菌门、螺旋体门、TM7、放线菌门、蓝藻菌门和纤维杆菌门,其中幼驼粪便中变形菌门和软壁菌门丰度均极显著高于母驼(P<0.01);在科水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌均为瘤胃球菌科、消化链球菌科、毛螺菌科、梭菌科、克里斯滕森菌科、理研菌科、疣微菌科、拟杆菌科、艰难杆菌科和普雷沃氏菌科,其中母驼粪便中消化链球菌科和梭菌科的丰度均极显著高于幼驼(P<0.01),而幼驼粪便中毛螺菌科的丰度极显著高于母驼(P<0.01);在属水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌属均为梭...     

林蛙养殖场地土壤菌群结构及潜在病原菌分析

试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组：养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）;优势菌属为黄杆菌属（Flavobacterium）、热单胞菌属（Thermomonas）、Sphingopyxis、紫杆菌属（Porphyrobacter）、蓝细菌纲中未定种类（norank_c__Cyanobacteria）。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属（Aeromonas）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter）、金黄杆菌属（Chryseobacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。     

高通量测序分析中国沙棘根瘤与根际土壤细菌多样性

以中国沙棘根瘤和其根际土壤为材料,采用高通量测序技术,分析沙棘根瘤内生细菌与根际土壤细菌的多样性差异,探究沙棘根瘤中引起根部瘤状突起的以弗兰克氏菌(Frankia)为主的沙棘根瘤内生细菌的来源。结果表明:沙棘根瘤中检测到的内生细菌归属于10门23纲45目76科和93属,其中,优势菌门为Actinobacteria和Proteobacteria,优势菌属为Frankia。在沙棘根际土壤中检测到的细菌归属于39门84纲156目280科和409属,其中,优势菌门为Proteobacteria、Actinobacteria和Acidobacteria,优势菌属为Gaiella、Bacillus、Solirubrobacter、Arthrobacter和Stenotrophomonas。可见,中国沙棘根际土壤细菌多样性要高于根瘤内生细菌多样性,沙棘根瘤内生细菌与根际土壤细菌的群落结构既有相似性又存在差异,其中,在根瘤中占优势的Frankia在根际土壤中虽也存在但相对丰度较小,仅为0.02%。