犬细小病毒山东分离株VP2基因的克隆与遗传变异分析

为了解山东省犬细小病毒(CPV)流行毒株的遗传变异情况及其与犬细小病毒病的分子流行病学关系,对2013年分离到的12株山东CPV流行毒株进行了VP2基因克隆测序与同源性分析,绘制系统进化树。结果表明,获得的VP2基因的全长为1 755 bp,编码584个氨基酸残基;各分离毒株之间的核苷酸和氨基酸同源率分别为98.9%~100.0%和98.8%~100.0%,与Gen Bank公布的国内外参考毒株核苷酸和氨基酸同源率在98%以上,分离株VP2基因及其推导的氨基酸的变异主要以点突变为主,关键氨基酸位点未见明显改变。遗传进化分析显示,有8株为New CPV-2a,4株为New CPV-2b,表明目前山东省所流行的CPV主要以New CPV-2a亚型为主。研究结果为山东犬细小病毒病的防控提供了依据。     

云南省犬细小病毒VP2基因检测分析

为了解云南省犬细小病毒VP2基因分子流行变异情况,对来源于云南省7个地级市13个犬细小病毒样品进行了VP2基因的扩增和序列分析,并与相关参考序列进行了遗传进化比对分析。结果表明,13个样品中9个基因型为CPV-2a,3个基因型为CPV-2b,1个基因型为CPV-2。氨基酸序列变异主要集中在297位-518位氨基酸处,其中324位和440位氨基酸变异在犬细小病毒进化过程中扮演着重要角色。遗传进化分析显示10个样品序列形成了一个相对于国内外参考序列独立的遗传进化分支,提示云南省犬细小病毒以CPV-2a基因型流行为主。     

犬细小病毒新2b型分离株的分离鉴定

为了更好的了解我国东北地区犬细小病毒的流行情况,采用F81细胞从来自长春某宠物医院疑似患有肠炎的犬粪便样品中分离出1株病毒,经形态学、血清学、动物回归试验和分子生物学鉴定,分离的病毒为犬细小病毒new CPV-2b型,命名为CPV JL13-1。对该病毒主要结构蛋白VP2基因进行克隆测序和基因进化分析表明,CPV JL13-1分离株VP2基因与GenBank上提交的其他41株犬细小病毒株核苷酸和氨基酸均有较高的同源性,分别为98.6%~99.5%和97.6%~99.5%,其中核苷酸和氨基酸同源性最高的均为B-2004株。本研究为犬细小病毒分子流行病学调查和疫苗的研究奠定基础。     

青岛地区3株犬细小病毒全基因组分析

为了探明青岛地区免疫过犬细小病毒(CPV)疫苗的犬因犬细小病毒感染死亡的原因，本研究采用全基因序列测定、系统进化树构建、基因分型和氨基酸分析的方法，对从临床发病犬中分离的3株CPV进行分析。结果显示，本实验室于2012年和2015年分离到的2株病毒(CPV-QD12和CPV-QD15)为new CPV-2a型，本研究分离到的1株病毒(CPV-QD20)为CPV-2c型；3株CPV在VP2的第5、267、297、324、370、426、440位氨基酸，NS1的第60、544、545、572、624、630位氨基酸发生了非同义替代。目前广泛使用的进口CPV弱毒活疫苗的基因型为原始的CPV-2型，与CPV流行毒株的基因型存在差异，这可能是造成CPV临床免疫失败的重要原因。因此，为了提升CPV疫苗的保护效率，建议使用CPV流行毒株研发CPV疫苗。     

吉林省犬细小病毒流行毒株的分离及VP2基因序列分析

为了解吉林省宠物医院就诊犬犬细小病毒流行现状及毒株变异情况,从吉林省长春、吉林、辽源、松原、九台地区采集就诊犬肛门拭子73份,采用胶体金快速检测试剂盒检测后,阳性样品15份。选取具有代表性的6份病料使用F81细胞进行病毒的分离,成功分离到6株病毒(暂命名为JL-CC1、JL-CC2、JL-JL、JL-SY、JL-JT、JL-LY),经通用引物鉴定均为犬细小病毒。VP2基因序列分析结果显示,6株CPV分离株之间的核苷酸同源性为99.3%~100%,与近年来国内分离株核苷酸同源性为98.9%~99.9%,与国外分离株核苷酸同源性为98.3%~99.7%。遗传进化树结果表明,6株分离株分属4个分枝:JL-CC1、JL-LY、JL-SY与山东、辽宁分离株同属1个分枝,JL-CC2与黑龙江分离株同属1个分枝,JL-JT与吉林分离株同属1个分枝,JL-JL与2013年吉林、黑龙江分离株同属1个分枝。氨基酸序列比对显示6株分离株JL-CC1、JL-CC2、JL-JT、JL-LY、JL-SY属于New CPV-2a基因亚型,JL-JL株为属于New CPV-2b基因亚型。此外,6株CPV分离株在267、324、377、440位氨基酸发生了变异。结果表明,吉林省CPV以CPV-2a亚型为主,CPV-2b亚型为辅,并存在基因多变现象,可为吉林省CPV的有效防控提供数据支持。     

豫南地区犬细小病毒流行株遗传变异分析

为了了解豫南地区犬细小病毒(canine Parvovirus, CPV)流行株的遗传变异特征，试验利用PCR方法从临床采集的CPV阳性犬的粪便中扩增CPV的VP2和NS1基因，并测定核苷酸序列，利用软件Meglign 7.0推导VP2和NS1基因的氨基酸序列并构建进化树，进行同源性和氨基酸变异分析。结果表明：从8份粪便样品中分离得到8株CPV流行株，分别命名为CH-XY-1～CH-XY-8。基于VP2基因推导的氨基酸序列，豫南地区流行株CH-XY-7和CH-XY-8为New CPV-2a亚型，CH-XY-5为New CPV-2b亚型，CH-XY-1、CH-XY-2、CH-XY-3、CH-XY-4和CH-XY-6为CPV-2c亚型，CH-XY-3和CH-XY-6分别存在1个(G299R)和2个(V84E和V153A)新的氨基酸变异。基于NS1基因推导的氨基酸序列，流行株CH-XY-5、CH-XY-6、CH-XY-7和CH-XY-8分布在GroupⅠ群，其中CH-XY-6和CH-XY-8分别存在1个新的氨基酸变异位点，分别为N356K和E583K;CH-XY-1、CH-XY-2、CH-X...     

江苏地区犬细小病毒的分离与变异分析

2007-2013年,在江苏省扬州市和苏州市的病犬临床样本中共分离鉴定了11株犬细小病毒(CPV)。经过VP2特定位置氨基酸的比较分析,证明其中9株为CPV-2a,1株为CPV-2b,1株为CPV-2。部分CPV-2a/b分离毒株在VP2蛋白氨基酸位点300位或440位有新的突变,VP2基因进化树分析表明,大部分江苏毒株在同1个独立分支中。     

南宁地区犬细小病毒VP2基因的克隆及遗传进化分析

为了解广西南宁地区犬细小病毒（CPV）的流行现状与病毒变异情况,本试验对初步确诊为犬细小病毒病的12份阳性病料提取基因组DNA,以提取的基因组DNA为模板,通过PCR扩增VP2基因序列并测序,将12个阳性毒株样本VP2基因测序结果与GenBank中登录的17株国内外CPV分离株VP2基因进行同源性比对,采用Mega 7.0软件绘制遗传进化树,分析其病毒亚型和遗传进化情况。结果显示,成功扩增得到12个毒株样本的VP2基因片段,大小约1 755 bp,12株阳性样本毒株的VP2基因同源性在99.2%~100.0%之间,其中NN01与NN07、NN02与NN06同源性最高,为100.0%;阳性样本毒株与国内其他分离株VP2基因的同源性为97.6%~100.0%,其中NN08、NN10及NN04与CPV-ZJ1579同源性最高,均为100.0%,属于CPV-2a亚型;阳性样本毒株与国外代表性毒株同源性在98.1%~99.8%之间。遗传进化树分析表明,12个样本毒株中有3株属于CPV-2a亚型,3株属于CPV-2b亚型,6株属于CPV-2c亚型。这是继2018年初广西分离到CPV-2c型CPV后,首次发现南宁地区大规模流行CPV-2c亚型病毒,预示着CPV-2c亚型CPV在国内的流行正在增加。综上所述,广西南宁地区CPV-2a、CPV-2b与CPV-2c亚型并存,但CPV-2c亚型的比重比其他地区大,这也给该地区提供了新的防治信息,在实际CPV防控工作中除了对CPV-2a、CPV-2b等传统流行亚型的关注之外,更应该重视CPV-2c亚型CPV的防控。     

南宁地区犬细小病毒VP2基因的克隆及遗传进化分析

为了解广西南宁地区犬细小病毒(CPV)的流行现状与病毒变异情况,本试验对初步确诊为犬细小病毒病的12份阳性病料提取基因组DNA,以提取的基因组DNA为模板,通过PCR扩增VP2基因序列并测序,将12个阳性毒株样本VP2基因测序结果与GenBank中登录的17株国内外CPV分离株VP2基因进行同源性比对,采用Mega 7.0软件绘制遗传进化树,分析其病毒亚型和遗传进化情况。结果显示,成功扩增得到12个毒株样本的VP2基因片段,大小约1 755bp,12株阳性样本毒株的VP2基因同源性在99.2%～100.0%之间,其中NN01与NN07、NN02与NN06同源性最高,为100.0%;阳性样本毒株与国内其他分离株VP2基因的同源性为97.6%～100.0%,其中NN08、NN10及NN04与CPV-ZJ1579同源性最高,均为100.0%,属于CPV-2a亚型;阳性样本毒株与国外代表性毒株同源性在98.1%～99.8%之间。遗传进化树分析表明,12个样本毒株中有3株属于CPV-2a亚型,3株属于CPV-2b亚型,6株属于CPV-2c亚型。这是继2018年初广西分离到CPV-2c型CPV后,首次发现南宁地区大规模流行CPV-2c亚型病毒,预示着CPV-2c亚型CPV在国内的流行正在增加。综上所述,广西南宁地区CPV-2a、CPV-2b与CPV-2c亚型并存,但CPV-2c亚型的比重比其他地区大,这也给该地区提供了新的防治信息,在实际CPV防控工作中除了对CPV-2a、CPV-2b等传统流行亚型的关注之外,更应该重视CPV-2c亚型CPV的防控。     

南京地区犬细小病毒基因型鉴定

为调查南京地区犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)基因型分布情况,采集南京市某宠物医院2012—2019年犬细小病毒病患犬粪便43份作为检测病料,通过PCR扩增犬细小病毒VP2基因片段,并将扩增产物测序,分析CPV基因型。结果显示,43份病料皆扩增出目的片段,经测序后使用MegAlign软件与GenBank中犬细小病毒已知基因型对比分析,其中New-CPV-2a基因型为26株,占60.5%;New-CPV-2b基因型为9株,占20.9%;CPV-2c基因型为8株,占18.6%。研究结果表明,南京地区近年来犬细小病毒基因型发生了很大的变异,以New-CPV-2a为优势基因型,同时存在New-CPV-2b和CPV-2c基因型。本研究为南京地区预防和治疗犬细小病毒病提供理论依据。     

犬细小病毒的分离鉴定及VP2基因的克隆分析

2006年从南京疑似细小病毒感染的病犬中分离犬细小病毒一株,分离的病毒培养物能凝集猪红细胞,凝集效价达到128倍,并能被已知的犬细小病毒阳性血清所抑制。其衣壳蛋白基因VP2被克隆并测序,核酸、氨基酸序列同源性分析表明:血清型为CPV-2b。通过软件对其氨基酸序列分析,预测VP2区域可能的B细胞表位分别为:5-30,300-320,360-380,380-400,400-420区段,这为犬细小病毒基因工程疫苗的研制奠定了基础。     

大理地区犬细小病毒VP2基因变异研究及进化分析

从云南大理地区发病的松狮犬、德国牧羊犬和博美犬的粪便内和国产疫苗中分离到4株犬细小病毒,用同步法接种到F81细胞中分离、鉴定、培养。收毒后提取基因组DNA,并以此为PCR模板;根据GeneBank己发表的犬细小病毒VP2基因序列设计合成一对引物,进行PCR扩增获得VP2全序列基因1755bp片段,并进行序列测定。利用DNAStar软件对4株病毒的VP2基因序列以及氨基酸序列进行分析,与GeneBank上已发表的16株犬细小病毒比较,发现病毒的核苷酸同源性在97.9%~99.9%之间,氨基酸同源性在96.4%~99.9%之间,总体同源性在98%以上,进化树分析显示没有形成明显的CPV中国进化分枝,表明VP2基因变异相对较少。同时分离到的4株CPV病毒又遵循2a亚型的进化特征,因此确定目前云南大理地区犬细小病毒的流行情况仍以CPV-2a为主。     

猪细小病毒Z株NS部分基因的扩增及序列分析

从猪细小病毒Z株提取基因组DNA，利用PCR扩增部分基因，并对该扩增片段进行测序与分析。结果表明，扩增的NS基因长330bp，编码109个氨基酸。氨基酸序列中含有猪细小病毒的重要保守序列。并有1个潜在的糖基化位点NFSN。Z株NS基因与其他猪细小病毒Kresse、NADL2-2、NADL2-1株的核苷酸同源性分别为99％、98％、98％，氨基酸同源性均为99％。     

犬细小病毒CPV-SD03/19株的分离鉴定及遗传演化分析

为了解山东地区犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)的生物学特性,阐明其基因组与遗传演化等特征,采集疑似感染CPV死亡犬的小肠,经PCR鉴定为CPV阳性,无菌处理病料后接种F81细胞进行病毒分离鉴定,通过电镜形态学观察及理化特性、血清学、分子生物学等试验进行验证。结果:成功鉴定、分离出1株CPV,命名为CPV-SD03/19株;电镜观察病毒粒子形态符合细小病毒形态特征;血凝试验效价为2;对NS基因和VP2基因进行序列比对与遗传进化树分析,结果显示CPV-SD03/19株抗原型为CPV-2a型,与CPV-LZ1株对比,在VP2基因上共有3处氨基酸发生非同义替换,分别为aa267(苯丙氨酸→酪氨酸)、aa426(天冬酰胺→赖氨酸)、aa440(苏氨酸→丙氨酸)。本研究对分析山东地区犬细小病毒的进化特征具有一定的参考价值。     

成都地区犬细小病毒VP2基因克隆分析及基因型鉴定

根据GenBank中犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)VP2基因序列设计合成两对特异性引物1F/1R和2F/2R,从疑似CPV感染病犬的粪便病料中提取DNA作为模板,分段扩增涵盖VP2基因的两个片段,大小分别为1325和758 bp,并进行克隆、测序,通过拼接得到11条长度为1755 bp的VP2基因完整序列。核苷酸同源性分析表明,扩增得到的11个完整VP2基因序列与GenBank中发布的21株国内外参考毒株比较,核苷酸同源性为96.2%~99.8%。采用DNAStar软件分析,预测VP2蛋白可能成为B细胞表位的区段位于Met1-Val38、Met73-Val82、Met96-Ala103、Lys151-Thr170、Gly235-Phe243、Leu294-Phe303、Ala359-Thr399、Ile469-His483、Ala503-Arg520、Lys570-Tyr584。将扩增获得的VP2基因编码的氨基酸序列与CPV参考毒株进行比较,第426位和第555位氨基酸残基分别为Asp和Val,鉴定出本试验得到的CPV基因型均为2a型,初步证实成都地区仍以CPV-2a为主要流行毒株。     

犬细小病毒上海株的分离与鉴定

为研究上海地区犬细小病毒的流行情况,采集疑似犬细小病毒感染犬的肠内容物,无菌处理病料后同步接种猫肾脏F81细胞,盲传至第5代出现细胞病变,从肠内容物中分离出1株病毒。采用细胞培养病变观察、病毒形态学鉴定、直接免疫荧光抗体检测、细胞敏感谱试验、红细胞凝集试验、部分理化特性鉴定和VP2序列的测定等方法,鉴定分离株为犬细小病毒,命名为CPV-2/canine/Shanghai/01/2018。该病毒的TCID50为105.3/0.1 mL,血凝效价为28,病毒测得VP2基因序列的全长为1 755 bp。与已知序列比较,其核苷酸同源性为98.3%～99.1%,氨基酸同源性为97.3%～99.3%。对其VP2基因的氨基酸序列进行分析,确定该细小病毒属于CPV-2c亚型。研究提示,上海地区CPV存在不同的基因亚型,在进行疫苗免疫时应当选择正确的疫苗株。     

广西地区犬细小病毒检测及VP2基因序列分析

为了调查广西地区犬细小病毒(CPV)的优势毒株及其遗传变异情况,试验利用PCR方法对采自广西地区的423份犬血清样本进行CPV检测并扩增其VP2基因,利用MegAlign软件进行同源性比对并分析VP2蛋白主要突变的氨基酸位点,同时利用MEGA 7.0软件采用邻接法构建遗传进化树。结果表明：共获得55份CPV阳性血清样本,阳性率约为13.0%。PCR扩增得到大小约为1 755 bp的VP2基因。55株分离毒株之间的相似性为98.6%～100%;分离毒株与国内外参考毒株的相似性为97.4%～100%,与疫苗株Pfizer/vaccine/06的相似性为98.3%～98.9%。扩增序列的推导氨基酸主要在第5,297,370,426,440位发生变异。在55株分离毒株中,有32株为New CPV-2a亚型毒株,20株为CPV-2c亚型毒株,3株为New CPV-2b亚型毒株。55株分离毒株形成3个主要的流行分支,与国内参考毒株的亲缘关系较近,而与国外参考毒株、猫细小病毒的亲缘关系较远。说明New CPV-2a、CPV-2c、New CPV-2b亚型毒株在广西地区流行广泛,正逐步取代CPV-2a...     

14株北京地区犬细小病毒分离毒株的VP2、NS1基因序列分析

从北京地区疑似细小病毒感染的犬粪拭子中成功分离鉴定出14株犬细小病毒（CPV）毒株,并对其完整的VP2和NS1基因进行了序列分析。结果表明,鉴定到的14株CPV毒株中,7株为New CPV-2a型,7株为CPV-2c型。此外,NS1的19、33、293、588、624和656位氨基酸以及VP2的13、574位氨基酸为新鉴定的氨基酸突变位点。基于VP2、NS1基因的系统进化分析表明,大部分的New CPV-2a型和CPV-2c型毒株与广西南宁和吉林长春地区的分离毒株亲缘关系密切,说明本次分离毒株与广西或吉林地区分离毒株具有相同的起源。本研究为更好地开展犬细小病毒流行病学调查提供了有益借鉴,也为深入研究犬细小病毒变异和传播的分子机制奠定了基础。     

华中地区犬细小病毒流行病学调查及其VP2基因序列分析

为了解华中地区犬细小病毒2型(CPV-2)的流行趋势以及变异情况，本研究于2020年9月至2022年1月间采集华中地区的418份疑似感染犬细小病毒的粪便样品，通过PCR方法检测，利用F81细胞进行病毒分离、间接免疫荧光试验，并对分离病毒的VP2基因进行氨基酸序列及其同源性和遗传进化分析。结果显示，358份病料检测出CPV-2,阳性率为85.65%。病料接种F81细胞后，有23份阳性样品出现明显细胞病变，间接免疫荧光试验观察到明显荧光。VP2基因序列分析结果表明，分离毒株中有New-CPV-2a型12株、New-CPV-2b型5株、CPV-2c型6株。核苷酸同源性为97.9%～99.8%,氨基酸同源性为95.9%～100.0%。遗传进化分析结果显示，分离毒株与国内分离株、伊朗、巴西分离株亲缘关系较近，与意大利、日本、阿根廷分离株亲缘关系较远。本研究为华中地区犬细小病毒防控及研制高效疫苗奠定了基础。     

鹅细小病毒VP1基因的克隆及序列分析

参照GenBank中收录的鹅细小病毒(GPV)B株基因序列设计并合成了扩增GPV H1株VP1的1对引物，利用PCR技术扩增出长约2．2kb的目的片段，将其克隆到pMD 18-T载体上，进行了序列测定及分析。测序结果表明，GPV H1株VP1基因由2199个核苷酸组成，编码732个氨基酸。经与B株、YG株进行同源性比较，核苷酸的同源性分别为98．50％和93．18％；推导的氨基酸同源性分别为98．09%和95．77％。