湖北白鹅选育报告——微卫星标记多态性及其与肉质性状的相关分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)方法检测了湖北白鹅基因组DNA微卫星标记的多态性,计算了基因频率、基因平均杂合度、多态信息含量,分析了不同基因型与肌肉水分、脂肪、氨基酸等肉质性状间的相关性.结果表明,所检测的8个微卫星座位的平均等位基因数为2.75个,群体基因的平均杂合度为0.594 5,多态信息含量是0.508 7.在所检测的8个微卫星座位中.ADL166座位AB基因型、MCW0104座位AC基因型、MCW0004座位BB基因型、MCW0120座位AD基因型个体的肌肉水分含量显著或极显著地低于其他基因型个体;ADL210座位BB与BC基因型、MCW0104座位AC基因型、MCW0004座位BB与CC基因型、MCW0120座位BB与DD基因型、MCW0014座位AB与BB基因型个体的肌肉脂肪含量显著或极显著地高于其他基因型个体;ADL210座位AA基因型个体的肌肉氨基酸含量显著高于BC基因型个体,MCW0120座位AC基因型个体肌肉氨基酸含量显著高于DD基因型个体.     

微卫星标记与仙居鸡体重的相关性

利用29个微卫星标记的多态性分析仙居鸡12周龄体重与微卫星标记的相关性。试验结果表明:位于3号染色体和连锁群E27C36W25W26上的2个微卫星标记MCW222、MCW165与仙居鸡12周龄体重显著相关。     

鸡微卫星DNA标记与其生长性状的相关分析

测定了固始鸡与安卡鸡杂交后自交F2代500多个个体的0,2,4,6,8,10,12周龄体重,检测10个微卫星DNA标记,对标记基因型生长性状值进行方差分析和多重比较。结果表明:对于2,8,12周龄体重,MCW166各基因型间有显著差异(P<0.05);6周龄体重,MCW166各基因型间有极显著差异(P<0.01);对于2周龄体重,ADL169各基因型间有极显著差异(P<0.01),4,6,8周龄体重,ADL169各基因型间有显著差异(P<0.05)。     

微卫星标记多态性及其与湖北白鹅肌肉肌苷酸含量的相关分析

[目的]为湖北白鹅肉质性状的间接选择提供参考依据。[方法]采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测湖北白鹅基因组DNA8个微卫星标记多态性,计算基因频率（P）、平均基因杂合度（H）、多态信息含量（PIC）,分析白鹅性别、日龄及基因型与肌肉肌苷酸含量的相关性。[结果]所检测的8个微卫星座位的平均等位基因数为2．75个,H为0．5945,PIC为0．5087。56日龄鹅肉样肌苷酸含量为（1360．25±82．56）mg／g,显著高于180日龄鹅肉样肌苷酸含量（1088．07±63．56）mg／g。所检测的8个微卫星座位,ADL166座位AA基因型、ADL210座位AA与BC基因型、MCW0104座位AB与BC基因型、MCW264座位AA基因型、MCW0085座位AA与BB基因型、MCW0004基因座BC基因型、MCW0120座位AC基因型、MCW0014座位AA基因型个体的肌肉肌苷酸含量较高。[结论]这些微卫星标记有望作为遗传标记对鹅的肉质性状进行标记辅助选择。     

微卫星标记与边鸡体重的相关性研究

利用15个微卫星标记对140羽边鸡进行遗传结构分析,采用方差分析法对边鸡12周龄、14周龄体重与微卫星标记进行连锁分析.结果表明,各位点平均等位基因数为5,平均多态信息含量为0.538 7,平均期望杂合度为0.593 4.方差分析和多重比较显示,MCW0206、MCW0014、ADL0278、MCW0067、MCW0123、MCW0330和MCW0069对12周龄体重和14周龄体重具有显著或极显著的影响(P<0.05或P<0.01).MCW0014基因型为201/201的个体12周龄和14周龄体重的最小二乘均值都显著高于基因型为187/187、195/195的个体(P<0.05);MCW0067基因型为187/187的个体14周龄体重的最小二乘均值显著高于基因型为183/183、181/181的个体(P<0.05).结果表明,标记MCW0014的基因型201/201有望作为12周龄和14周龄体重的辅助标记,标记MCW0067基因型187/187有望作为14周龄体重的辅助标记.     

微卫星分子标记与浦东鸡体尺屠体性状相关分析

利用15对微卫星标记检测50只浦东母鸡群体的等位基因数、杂合度、多态信息含量和等位基因频率,并对体尺、体重与微卫星分子标记基因型进行相关分析。结果表明:微卫星分子标记MCW0014、MCW0295与胸深存在极显著相关(P<0.01);ADL0278、MCW67与龙骨长存在极显著和显著相关(P<0.01、P<0.05);ADL0146与骨盆宽存在显著相关(P<0.05);LEI094、MCW0014和MCW67与腿肌率存在显著相关(P<0.05);MCW0094与活重存在极显著相关(P<0.01)。对与性状连锁的同一标记不同基因型间进行了多重比较,结果表明:座位MCW0014的AC基因型对胸深影响显著(P<0.05);座位ADL0146的AA基因型对骨盆宽影响显著(P<0.05)。结果提示试验所选定的微卫星标记适用于群体遗传多样性检测,且部分微卫星标记位点与体尺、屠体性状呈显著相关,这些结果将为浦东鸡的保种和标记辅助选育提供有益参考。     

微卫星标记与商品代固始鸡体型参数和屠体性状的关联性分析

利用最小二乘法拟合线性模型,探索了与鸡体型参数和屠体性状紧密相关的10个微卫星座位与商品代固始鸡体型参数和屠体性状的关系。用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法,分析了这10个微卫星位点在100只商品代固始鸡中的遗传变异,计算了微卫星位点的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明,其中8对微卫星引物表现出多态,平均每个座位检测到3.625个等位基因(3~4个),平均多态信息含量为0.520 3,平均杂合度为0.626 0。通过最小二乘分析,检测到MCW0295、MCW0006、MCW0185、ADL0192位点与体型参数中的5种性状间存在不同程度的关联性;MCW0006、MCW0185、ADL0105位点与商品代固始鸡6个屠体性状中的4个性状显著连锁。MCW0295位点的AC基因型有望作为质量的早期选择辅助标记,MCW0006和MCW0185位点的CC基因型有望作为质量、胸宽、胸深、胫长、体斜长的早期选择辅助标记,ADL0192位点的AB基因型有望作为质量、胸宽的早期选择辅助标记;MCW0006位点的CC基因型有望作为全净膛率的选择辅助标记,MCW0185位点的AD基因型有望作为胸肌率和腿肌率的选择辅助标记,ADL0105位点的CC基因型有望作为腹脂率的选择辅助标记。     

黄Ⅳ肉鸡微卫星多态性与生长和屠宰性状的相关分析

利用31个微卫星标记分析了黄Ⅳ肉鸡群体的173个个体各标记座位的等位基因数、基因频率、杂合度和多态信息含量,同时测定群体的14项生长性状和屠宰性能指标,采用方差分析法对标记与性状进行相关分析。结果表明:各位点平均等位基因数为4,平均杂合度为0.330 6,平均多态信息含量为0.487 1。方差分析显示:微卫星标记ABR0322、MCW0104对2周龄体重有极显著和显著影响;MCW0331对4周龄体重有显著影响;ABR0322、MCW0258对6周龄体重有极显著和显著影响;MCW0331、MCW0258对8周龄体重、屠体重和半净堂重有显著影响;ABR0322、ADL0146、MCW0067对胸肌重有显著影响;MCW0183、MCW0258对腹脂重有显著影响;ADL0146、MCW0095、MCW0331对肝重有显著影响;LEI0146、MCW0183、MCW0245、MCW0331对肌胃重影响显著;ADL0278、MCW0258、MCW0331对心重有显著影响;MCW 0331对腿肌重有极显著影响。     

右玉边鸡体质量相关微卫星标记的筛选

利用29个微卫星标记对140只右玉边鸡进行遗传结构分析,采用方差分析法对右玉边鸡12,14周龄体质量与微卫星标记进行连锁分析。结果表明,各位点平均等位基因数为4.93,平均多态信息含量为0.516 8,平均期望杂合度为0.575 0。方差分析和多重比较显示:标记MCW0206,MCW0014,ADL0278,MCW0067,MCW0123,MCW0330,MCW0069,MCW0037,MCW0222和ADL0112同时对12,14周龄体质量具有显著或极显著的影响(P<0.05或P<0.01);标记MCW0034对12周龄体质量具有显著的影响(P<0.05),标记LEI0234,MCW0165对14周龄体质量具有显著的影响(P<0.05)。其中,MCW0014基因型为201/201的个体12,14周龄体质量的最小二乘均值都显著高于基因型为187/187,195/195的个体(P<0.05);MCW0037基因型为157/157,161/161的个体12,14周龄体质量的最小二乘均值显著高于基因型为157/161的个体(P<0.05);MCW0067基因型为187/187的个体14周龄体质量的最小二乘均值显著高于基因型为183/183,181/181的个体(P<0.05)。研究结果表明,标记MCW0014的基因型201/201和MCW0037的基因型157/157,161/161有望作为12,14周龄体质量的辅助标记;标记MCW0067的基因型187/187有望作为14周龄体质量的辅助标记。     

运用微卫星标记分析仙居鸡的屠宰性能

对45只仙居鸡7个微卫星座位进行遗传多态性检测,结果显示:每个微卫星座位的等位基因数2～5个不等,7个微卫星的平均等位基因数为3.1个.平均杂合度与平均多态信息含量分别为0.5246和0.4445.12周龄屠宰性能测定多重比较结果表明:仙居鸡系水率在MCW103座位与ADL268座位差异显著;屠体率、胸肌率、腿肌率在MCW222座位差异显著.     

文昌鸡蛋品质性状与微卫星标记的关联分析

对120只55周龄文昌鸡进行了蛋品质的测定,测定的8个性状为:蛋重、蛋壳重、蛋壳厚度、蛋壳强度、哈氏单位、蛋形指数、蛋黄重、蛋黄颜色。通过统计软件,对各蛋品质性状进行了相关分析,并通过选用20对微卫星标记,分析蛋品质性状的遗传参数,筛选出了与哈氏单位、蛋重、蛋壳强度有关的分子遗传标记。结果表明:①蛋品质大多数性状间相关性不显著;②文昌鸡群体内遗传差异较大,保留着丰富的遗传多样性;③位于2号染色体的标记ADL0176、MCW0239和4号染色体的标记MCW0240与55周龄哈氏单位呈显著相关;位于4号染色体的标记LEI0119与55周龄蛋重相关;位于Z染色体的标记MCW0246和LEI0229与55周龄蛋壳强度呈显著相关。本研究结果为文昌鸡的蛋品质的间接选择提供理论依据,同时也为哈氏单位、蛋壳强度、蛋重的QTL定位和标记辅助选择提供理论依据。     

鸡微卫星DNA标记与屠宰性状的关系

利用25个微卫星标记,对以隐性白羽鸡和仙居鸡为亲本建立的F2群体500只鸡进行遗传检测,并测定各个体的活重、屠体重、屠体率、胸肌率、腿肌率和腹脂率,采用方差分析法对微卫星DNA标记与屠宰性状进行相关性分析。研究结果表明,各位点平均等位基因数为5,平均杂合度为0.701 2,平均多态信息含量为0.646 8。方差分析结果显示:MCW 0095、ABR0322、ADL289、MCW 4、ADL166、MCW 104和MCW 67对活重、屠体重有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);MCW 104对屠体率有极显著影响(P<0.01);ABR0322、ADL166和MCW 67对胸肌率差异显著或极显著(P<0.05或P<0.01);MCW 0223和ADL166对腿肌率有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);ADL136和MCW 67对腹脂率有显著影响(P<0.05)。其他标记对性状的影响未达到显著水平。     

核受体辅激活蛋白1基因(NCOA1)作为鸡产蛋性状候选基因的研究

以清远麻鸡、白耳鸡、鹿苑鸡、藏鸡和S2系为试验素材,利用PCR-SSCP技术对核受体辅激活蛋白1(NCAO1)基因编码区进行SNP检测和基因型的判别,探讨NCAO1基因作为影响鸡产蛋性状候选基因的可能性。结果显示:在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现一个SNP位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD3种基因型。χ2检验表明突变产生的基因型和基因频率在各品种(系)间差异极显著(P<0.01),A、C基因在蛋用型的地方品种白耳鸡中频率较高,B、D基因在肉用型的地方品种清远麻鸡、藏鸡和肉用型培育品系S2系鸡中频率较高。不同基因型与S2系鸡的开产日龄(AFE)、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的最小二乘均数分析显示:AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59 d,开产蛋重重0.6 g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著(P<0.05);CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51 d,开产蛋重重1.04 g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著(P<0.05);组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BB、DD基因型组合。因而,初步推断NCOA1基因是影响鸡产蛋性状的主效基因或与主效基因连锁。     

雷州黄牛GAD1和GHR基因的多态性分析

利用PCR-RFLP技术分析了61头雷州黄牛的谷氨酸脱羧酶1(GAD1)基因3′端片段和生长激素受体(GHR)基因第10外显子片段的多态性。结果表明,雷州黄牛群体在该2个基因位点均存在核苷酸变异多态性。在GAD1基因3′-UTR区,雷州黄牛的等位基因以B型占绝对优势,基因频率为0.9344,等位基因A的频率为0.0656;基因型频率以BB型占优势,占到牛个体数的87%。等位基因和基因型频率分布态势与国外品种海福特牛和西门塔尔牛相同,基因和基因型频率大小也与海福特牛和西门塔尔牛相近。在GHR基因第10外显子位点,雷州黄牛的等位基因频率与南阳黄牛和利木赞接近,而基因型频率差异较大,雷州黄牛以杂合AB基因型占绝对优势,达到0.95。这可能是取样或基因型影响出栏牛的收购等级,AB基因型牛可能具有较高等级的原因所致。     

樱桃谷鸭DRD1基因CDS 区域多态与生长性状的关联性分析

采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合,对90只樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态与生长性状的关联性.结果表明,在樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域内检测到6种基因型AA、BB、CC、AB、AC和BC,3个等位基因A、B和C,基因型CC和等位基因C分别为优势基因型和优势等位基因,频率分别为0.5222和0.6667,多态信息含量为0.4489,属中度多态位点,基因型分布偏离了Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01),序列比对发现2个沉默突变A765T和A912G.最小二乘法分析显示,AB基因型的胫长显著高于BB和BC基因型,AB基因型的胫围显著高于BC基因型,其余各性状各基因型间差异未达到显著水平.研究结果揭示,该多态座位可能是鸭的胫长和胫围的一个标记辅助选择位点.     

利用微卫星标记分析北京油鸡的遗传多样性

[目的]探讨北京油鸡的遗传多样性。[方法]采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群的192个个体进行遗传多样性检测,并通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）分析群体内的遗传变异情况。[结果]在29个微卫星标记中共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数在2～14个,平均等位基因数为5．90个;多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0．53和0．59,均大于0．5,表现为高度多态性;除5个位．羔（MCW0069、ADI_0112、MCW0183、LE10234和MCW0016）外,其余24个微卫星位点都处于基因平衡状态。[结论]北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性。北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存。