相关序列扩增多态性分子标记及其在植物研究中的应用

在阐述相关序列扩增多态性（SRAP）的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传多样性分析、遗传图谱构建、绘制基因组转录图谱、重要性状基因标记、标记测序与基因克隆等方面的研究进展及应用前景。     

利用ITS和SRAP分子标记对中国白灵菇和欧洲侧耳属菌株进行亲缘关系鉴定

为了评价白灵菇的分类地位,采用内转录间隔区(ITS)序列分析和相关序列扩增多态性(SRAP)两种分子标记技术,系统分析了包括中国白灵菇商业菌株和欧洲Pleurotus nebrodensis菌株在内的34株侧耳属菌株的DNA多态性.ITS序列分析结果显示:供试菌株的ITS序列变异不仅表现在碱基的变异,也表现在区域长度的变异.利用7对扩增条带清晰、多态性较丰富、稳定性较好的引物对34个供试菌株进行SRAP扩增,共得到420条条带,且均为多态性条带.ITS序列分析和SRAP分析结果均显示:白灵菇和Pleurotus nebrodensis具有很近的遗传关系.将ITS和SRAP两种标记联合使用能得到更好的结果.     

简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较

利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplified polymorphism, SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)值为0.628 4;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.911 4。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显著水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显著水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。     

SRAP分子标记技术及其在水产育种中的应用前景

SRAP分子标记技术,即相关序列扩增多态性,是目前较为新型的一种分子标记技术,以其独特的优点,被广泛应用于物种遗传多样性分析、基因定位、种质资源鉴定三个方面。本文综述了国内外SRAP分子标记技术的应用成果,并结合水产育种工作实际,认为SRAP分子标记技术在水产育种中的应用前景非常广阔。     

SRAP标记在植物性状标记和遗传图谱构建中的应用研究进展

由于SRAP标记简便、快速、不需预知物种的序列信息,近年来已广泛应用于植物遗传多样性分析、种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因连锁标记、基因定位、比较基因组学研究及杂种优势预测等研究。基于此,综述了SRAP分子标记在植物性状标记和遗传连锁图谱构建方面的应用进展,以便为今后的研究提供相应的理论依据。     

SRAP技术在植物遗传育种中的应用

相关序列扩增多态性以其多态性、重复性、稳定性较高,易于操作分析、高共显性、易于分离条带及测序等优点,在植物遗传育种中得到十分广泛的应用。分析SRAP标记的原理、特点,对其在重要性状的基因定位与克隆、QTL作图、遗传图谱构建、种质资源鉴定等方面的应用进行总结,并展望其在植物遗传育种上的应用前景,以促进SRAP技术的应用推广。     

高山红景天雌株特异性SRAP标记发掘及其关联基因功能分析

以长白山高山红景天雌株、雄株和两性株构建的不同性别植株的DNA集团混池(BSA池),利用相关序列多态性(SRAP)标记技术,发掘雌雄植株特异性SRAP标记,并通过生物信息学分析,阐明与其相关联基因的功能。结果表明:用228个SRAP引物组合在7个BSA池中所检出的1 044条SRAP条带中,仅Me03-Em02SRAP引物组合在雌株BSA池中获得1条DNA序列长度为678bp的雌株特异性Me03-Em02SRAPDNA片段;该片段属于叶绿体基因组的核骨架scaffold-ZJUL-2062946。Me03-Em02,SRAP-DNA片段作为高山红景天雌株特异性Me03-Em02SRAP标记与叶绿体基因组上光合代谢途径中的psbE基因相关联;该基因编码的蛋白为细胞色素b559蛋白的α亚基,是一种叶绿体跨膜蛋白。     

正交设计优化秋海棠属植物SRAP-PCR反应体系及引物筛选

相关序列扩增多态性(Sequence-related amplified polymophism,SRAP)是2001年由Li和Quiros开发的一种基于PCR的新型分子标记技术[1].与RAPD、AFLP、SSR等标记方法相比,SRAP具有简单、高效、高共显性、重复性好、易测序等优点,已经用于许多植物的种子纯度检测、杂种鉴定、遗传多样性分析、指纹图谱及遗传连锁图的构建等[2-8].     

基于形态及SRAP标记的辣椒资源遗传多样性及亲缘关系比较

采用形态学标记与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记相结合的手段,分别对49和72份辣椒资源的遗传多样性及亲缘关系进行了分析.结果表明:(1)根据果实性状及叶色等形态学标记聚类分析,在遗传相似系数为0.69处将辣椒分为4个组群,即朝天椒、圆锥椒、棱柱形椒和樱桃形椒;(2)基于辣椒资源的SRAP分子标记分析,发现72份...     

相关序列扩增多态性(SRAP)一种新的分子标记技术

SRAP是一种新的DNA分子标记,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择条带序列的特点。SRAP是一种基于PCR技术的新的分子标记技术,其利用独特的引物设计对ORFs进行扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。扩增产物用变性的聚丙烯酰胺凝胶分离,然后用放射自显影检测。本文在阐述SRAP的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传图谱构建、遗传多样性、基因定位、比较基因组学、杂种优势预测等方面的研究进展及应用前景。     

利用SRAP分子标记技术分析茄子遗传多样性

利用SRAP技术对36份茄子栽培种进行遗传多样性分析。结果表明:22对引物对36份茄子DNA进行PCR扩增,经过染色后共获得292条多态性条带,平均每个引物组合扩增出13.27条多态性条带。36份茄子品种间遗传相似系数在0.568~0.870,平均遗传相似系数为0.757,这表明该群体的遗传背景相对狭窄。利用UPGMA法对36份茄子资源进行聚类分析,结果显示,在相似系数为0.690处,可将36份茄子资源划分为5个组。     

利用SRAP和RGA标记对新疆海岛棉品种的聚类分析

[目的]对新疆自育的新海系列品种进行遗传多样性研究.[方法]利用SRAP和RGA标记,检测出多态性位点;利用NTSYSpc2.1软件,分别计算两种分子标记数据的系数矩阵,采用UPGMA法对所选材料进行聚类分析.[结果]SRAP共检测出了134个多态性位点,每组合的多态性条带数从2～8不等,平均每个引物组合产生2.91个多态性位点,表明SRAP能检测出较多的遗传位点,能够较好地反映海岛棉的遗传多样性.RGA标记共扩增出了46个多态性位点,每组合的多态性条带数从2～5不等,平均每个引物组合产生2.08个多态性位点,表明RGA作为一种分子标记也能检测出较多的遗传位点,能够较好地反映海岛棉在抗病方面的遗传多样性.[结论]SRAP聚类结果基本与品种系谱来源一致,RGA聚类基本与材料的抗病水平一致.分子标记在鉴别品种和品种遗传多样性研究方面具有重要作用.     

利用SSR和SRAP技术分析广西柑橘种质遗传多样性

利用SSR和SRAP 2种分子标记技术对11份广西野生柑橘种质、13份广西地方品种和10份对照品种,共计34份柑橘类材料进行遗传多样性分析,结果表明:选用22对SSR和11对SRAP引物组合进行PCR扩增,依次获得221和215条多态性条带,平均每对引物获得10.1和19.5条多态性条带;SSR聚类图显示34份柑橘种质两两之间的遗传相似系数为0.78~0.96,SRAP聚类显示遗传相似系数为0.60~0.92;2种分子标记基本上能有效地区分宽皮柑橘类、枸橼类、柚类、大翼橙类、宜昌橙类和马蜂柑;同时,广西地区宽皮柑橘类与道县野橘、皱皮柑类与元橘、印度野橘与枸橼类的尤力克柠檬、大种橙与大翼橙类和阳朔金柑、柚类与大翼橙类亲缘关系紧密。     

木瓜属品种亲缘关系的SRAP分析

【目的】探讨木瓜属品种的种源、亲缘关系以及遗传多样性,旨在为木瓜属品种的分类提供科学依据。【方法】利用22个SRAP(sequence-related amplified polymorphism)引物组合对27份品种和5份野生种进行聚类分析、主坐标分析及遗传多样性的评价。【结果】共检测到152个多态性位点,平均每个引物组合6.91个多态性位点,多态性位点百分数为73.08%。聚类分析显示,32份材料可划分为毛叶木瓜种系、西藏木瓜、皱皮木瓜种系、日本木瓜种系4个类群。西藏木瓜与毛叶木瓜种系聚为一支,亲缘关系密切;日本木瓜种系和皱皮木瓜种系聚为另一支,日本木瓜种系与毛叶木瓜种系亲缘关系最远,皱皮木瓜种系位于日本木瓜种系与毛叶木瓜种系之间。遗传多样性分析显示,日本木瓜种系和皱皮木瓜种系的遗传多样性指数高于毛叶木瓜种系,可能与交配、繁殖方式有关。属的水平上,种系间的遗传分化系数GST=0.4969。【结论】SRAP分子标记是研究木瓜属栽培品种遗传关系的有效工具。结合形态特征和SRAP分析结果,花柱基部被毛的状态是鉴定木瓜属栽培品种种源的准确指标之一。C.×superba与皱皮木瓜亲缘关系较近,可作为皱皮木瓜种下的品种群。     

花生优异种质的分子标记与遗传多样性分析

【目的】通过对花生遗传多样性的研究,为花生育种提供理论依据。【方法】运用ISSR和SRAP2种标记对24份重要花生种质资源的遗传多样性进行分析。【结果】32条ISSR引物中的13条引物共扩增出390条条带,其中多态性条带有293条,75.13%的条带可以揭示材料之间的遗传差异;252对SRAP引物中有229对引物为有效引物,共扩增出5827条可读的条带,其中多态性条带为3966条,平均每对引物可扩增17.32条条带。利用2种分子标记计算的相似系数的变化范围为0.60—0.80,将24份种质按系统聚类分析可以分为7组,按主坐标分析可以分为8组,从分子水平上解释了这些种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系。【结论】ISSR和SRAP是非常有效、稳定和可靠的分子标记,可为花生育种的亲本利用及遗传连锁图的构建提供重要的科学依据。     

麻疯树遗传多样性的相关序列扩增多态性（SRAP）分析

采用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记对中国6省（区）及印度尼西亚共8个麻疯树Jatropha curcas种源样本进行研究,旨在阐明麻疯树种源间的遗传关系和遗传多样性。结果表明：麻疯树相关序列扩增多态性?鄄聚合酶链式反应（SRAP-PCR）最佳反应体系为：10 × PCR buffer 2 μL,DNA模板20 ng,T_aq酶16.67 nkat,Mg²⁺ 2.50 mmol·L^－1,三磷酸脱氧核苷酸（dNTP）120.00 μmol·L^－1,引物0.15 μmol·L^－1,总体积为20 μL;并从274对引物中选出具有多态性的45对引物,共检测出500条清晰的条带,其中多态性条带141条,占总条带数的28.20 %。非加权成对算术平均法（UPGMA）聚类分析及主成分分析表明,各个种源间的亲缘关系均很近,其相似系数为0.791 ~ 0.940,8个种源被聚为3类,其中印度尼西亚种源单独聚为1类,来自不同地域的7个中国种源被混聚为另外2类。图6表3参16     

不同居群款冬种质资源SRAP遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术和UPGMA法对16个款冬居群进行遗传多样性和聚类分析,构建聚类树状图。结果表明,从99对SRAP引物中筛选出11对多态性稳定、清晰的引物,共扩增出121条条带,其中,79条呈现多态性,平均每对引物组合产生11个DNA位点和7.2个多态性位点;各居群间遗传相似系数变化范围为0.342~0.810。聚类分析结果显示,16份材料可以分为5个类群,遗传多样性丰富。     

10个佛手瓜栽培品种亲缘关系的SRAP分析

研究影响佛手瓜SRAP扩增反应的主要因子,建立佛手瓜SRAP反应的优化体系,利用SRAP技术对福建省10个佛手瓜栽培种进行亲缘关系分析.筛选出10对具有较高扩增多态性的引物组合,共扩增出条带114条,其中62条为多态性条带,多态率为54.38%.聚类分析结果表明,当遗传距离为0.20时,可将10个品种分为3个类群;遗传距离为0.35时,10个品种聚为一类,表明10个佛手瓜品种的亲缘关系较近.     

48份新疆野生狗牙根遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP标记对48份新疆野生狗牙根材料进行遗传多样性分析,14对SRAP引物共扩增产生了133条带,其中123条显示多态性,因此SRAP标记可以有效地用于狗牙根野生资源遗传多样性评价。在物种水平上,多态位点百分率为77.83%,48份狗牙根材料的GS值为0.276～0.930,平均为0.700,各材料间差异明显,具有较为丰富的遗传多样性;居群间遗传分化系数为0.391 4,表明有39.14%的变异存在于居群间,60.86%的变异存在于居群内,居群内的遗传分化大于居群间的遗传分化;聚类分析表明,48份供试材料相似系数为0.58时可被聚为4类,聚类结果与地理来源有一定的相关性,但也有材料例外。