鹅细小病毒、番鸭细小病毒及鸭圆环病毒多重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与临床应用

为建立鉴别检测鹅细小病毒(GPV)、番鸭细小病毒(MDPV)及鸭圆环病毒(DuCV)的方法,本研究分别针对GPV、MDPV NS基因与Du CV Rep基因,设计特异性引物和Taq Man探针,经优化反应条件,建立了同一体系中同时鉴别检测GPV、MDPV及Du CV的Taq Man荧光定量PCR方法。利用该方法检测GPV、MDPV、Du CV及禽流感病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒、减蛋综合征病毒、鸭坦布苏病毒、番鸭呼肠孤病毒等主要水禽源病毒,结果显示,该方法仅能扩增出GPV、MDPV及Du CV,与其他主要水禽源病毒均无交叉反应,特异性强;利用该方法检测等体积混合后的GPV、MDPV及Du CV质粒标准品混合物,结果显示,该方法对3种质粒标准品的检测限均为7.5×10¹拷贝/μL,普通单一PCR对上述3种质粒标准品混合物的检测限均为7.5×10³拷贝/μL,表明本研究建立方法的敏感性高于普通PCR;该方法组内与组间重复性试验的变异系数均小于2.0%,重复性好。利用该方法与MDPV和GPV双重荧光定量PCR方法及Du CV荧光定量PCR方法同时检测...     

鹅细小病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为探讨鹅细小病毒(Goose parvovirus, GPV)在鹅胚上皮细胞(goose embryo epithelial cells, GEEC)中的增殖规律,研究采用荧光染料SYBR GreenⅠ渗入法,建立了检测GPV的荧光定量PCR方法,并用该方法分析了GPV在GEEC中的生长情况,绘制了生长曲线。结果显示,鹅细小病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法建立的标准曲线具有良好的重复性和特异性,与模板浓度呈现良好的线性关系。在线性浓度范围内,随着模板量的减少,其对应的Ct值相应增大,得到的标准曲线方程为y=-3.341 2x+38.494,相关系数R²为0.998。特异性试验结果显示检测新城疫病毒(Newcastle disease virus, NDV)、鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus, DHAV)、禽腺病毒(Avian adenovirus, FAdV)均为阴性。敏感性试验结果显示最低检测限为100拷贝/反应,而普通PCR的最低检测限为1 000拷贝/反应,熔解曲线为单一特征峰型,熔解温度为80℃±0.5℃。病毒生...     

鹅细小病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

利用已经分离得到的小鹅瘟病毒GPVSP株,设计合成1对特异性的引物和TaqMan探针,通过特异性试验、敏感性试验建立了GPVTaqMan荧光定量PCR检测方法。同时饲养产蛋种鹅,接种小鹅瘟病毒,在不同的时间段采取病料,并且利用荧光定量PCR检测病毒的存在与含量,得到了小鹅瘟病毒在产蛋种鹅体内的定植规律。     

番鸭三种细小病毒多联PCR检测方法的建立与初步应用

根据GenBank中番鸭"三周病"病毒(MDPV)、小鹅瘟病毒(GPV)的NS基因和VP基因,以及华南农业大学禽病组分离到的细小病毒型"白点病"病毒(MDWNV)的NS和VP基因序列,设计3对特异性引物,并在建立单项PCR技术的基础上,优化多联PCR反应条件(EX-Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、dNTPs浓度以及退火温度等),建立了MDPV、MDWNV和GPV三种病毒的多联PCR检测方法。本研究结果表明,该番鸭三种细小病毒多联PCR检测方法具有特异、快速、准确、敏感的特点,能同时鉴别诊断这三种番鸭细小病毒,并可直接应用于临床典型病变组织的检测。     

SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测猪细小病毒方法的建立及初步应用

根据GenBank登录的猪细小病毒株NADL-2(NC001718)的VP2基因序列设计1对特异性引物,经PCR扩增出431bp的目的片段。回收产物与pMD18-T vector连接后转化到基因工程菌DH5α中,提取重组质粒,经PCR及测序鉴定后,作为标准模板建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线,并进行敏感性试验、特异性试验和重复性试验。结果表明,标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,R2=0.997 6,产物Tm为82.3～82.9℃,检测灵敏度为72.1拷贝/μL,特异性和重复性良好。本试验所建立的检测PPV VP2基因的SYBR GreenⅠ实时定量PCR方法,为该病毒的致病机制研究、临床早期诊断及定量分析PPV感染程度奠定了基础。     

鹅细小病毒和番鸭细小病毒双重PCR检测方法的建立

根据GenBank上登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)基因序列,分别设计合成针对GPV非结构蛋白(NS)和MDPV NS2-VP1基因片段的2对引物GPV U/L和MDPV U/L,将GPV和MDPV提取核酸混合后作为模板,优化PCR反应条件,建立了能同时检测这2种病毒的双重PCR。特异性试验结果显示,引物GPV U/L仅特异性扩增出GPV-GZ1和GPV-GZ2株730bp核酸片段,引物MDPVU/L仅特异性扩增出MDPV的624bp核酸片段,双重PCR扩增出长度分别为730bp和624bp的2条特异性片段,而扩增鸭瘟病毒(DPV)和鹅副黏病毒(GPMV)的核酸扩增结果均为阴性。敏感性试验结果显示,双重PCR能同时检测到14.4pg的GPV核酸和28.8pg的MDPV核酸。结果表明,建立的双重PCR可用于GPV和MDPV的鉴别诊断和联合检测。     

犬细小病毒Taq Man荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用

根据GenBank中CPV VP2蛋白基因序列,选择CPV VP2基因保守序列,分别设计1对特异性引物和TaqMan探针,建立了CPV Taq Man荧光定量PCR检测方法。对CPV Taq Man荧光定量PCR的反应体系和反应条件进行优化,并对其特异性和敏感性进行了测定,建立标准曲线。结果,CPV Taq Man荧光定量PCR对CPV检测阳性,并能对10拷贝/μL的CPV模板检测阳性,标准曲线的相关系数为0.9992,但对非CPV模板检测阴性。结果表明,所建立的CPV Taq Man荧光定量PCR具有很好的特异性和敏感性,标准曲线具有很强的实用性。同时对CPV Taq Man荧光定量PCR与CPV PCR进行了比较试验,结果前者比后者的敏感性高100倍。采用CPVHA、CPV PCR与CPV Taq Man荧光定量PCR对55份临床样品进行检测,CPV HA对30份样品检测阳性,CPVPCR对40份样品检测阳性,CPV Taq Man荧光定量PCR对47份样品检测阳性。这表明,CPV Taq Man荧光定量PCR对样品的检出率最高,具有特异、敏感、快速的特点,适用临床样品的检测。     

实时荧光定量PCR检测鸭源鹅细小病毒方法的建立与应用

为建立一种快速且准确检测鸭源鹅细小病毒（D-GPV）的实时荧光定量PCR方法,本研究通过分析D-GPV基因序列的保守区设计并合成一对特异性引物,构建携带NS1基因的重组质粒作为标准品,绘制实时荧光定量PCR标准曲线,并进行敏感性、特异性、重复性试验和临床样品的检测。结果显示,该方法标准曲线的的线性关系良好,相关系数为0.999;灵敏度高,检测底限为10拷贝;特异性与重复性好,与其他病毒无交叉反应,批间和批内变异系数均低于1%。该方法对人工感染D-GPV鸭泄殖腔拭子和咽拭子样品的检测结果显示,鸭在攻毒后第1 d即可以通过口腔和泄殖腔向外排毒,排毒量在第3 d达到高峰,排毒持续期可达到42 d。本研究所建立的实时荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性和稳定性好,可用于临床样品中的D-GPV检测。     

番鸭细小病毒套式PCR检测方法的建立及应用

通过比对分析GenBank上登录的多株番鸭细小病毒（Muscovy duck parvovirus,MDPV）和鹅细小病毒（Goose parvovirus）全基因序列,选取两种病毒间相似性较低的区域设计合成了2对特异性引物,建立了能快速鉴别诊断MDPV的套式PCR方法。该法仅能特异地扩增MDPV,敏感性达到62copies／uL,比普通PCR高1000倍。运用该方法对分离的12份临床样品进行检测,结果检测出2份MDPV。本试验所建立的套式PCR方法可用于MDPV感染的临床诊断和流行病学调查。     

猪细小病毒7型荧光定量PCR检测方法的建立与应用

猪细小病毒7型(PPV7)是近年来新发现的一种新型PPV。目前,缺乏更为高效的针对PPV7的检测方法,为了建立能够快速检测PPV7的方法,本研究根据PPV7 NS1基因的保守区序列,设计1对特异性引物及TaqMan探针。经过各反应条件的优化,初步建立了一种便捷、灵敏、能够快速准确检测PPV7的荧光定量PCR(qPCR)方法,并对其特异性、敏感性、稳定性以及与SYBR Green Ⅰ qPCR检测方法的符合率进行检测与对比。结果显示,该方法除对PPV7的基因组DNA有特异性扩增,对猪伪狂犬病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、日本乙型脑炎病毒及PPV1核酸均无交叉反应,特异性较强。该方法对重组质粒标准品检测限为1.76拷贝/μL,而常规PCR方法检测限为1.76×10²拷贝/μL,表明本研究建立的方法敏感性较高。该方法对不同浓度质粒标准品的组内和组间重复性试验变异系数均小于1.7%,重复性较好。利用本研究建立的qPCR方法和SYBR Green Ⅰ qPCR方法对采自福建地区的150份样品进行检测,结果显示,两种检...     

犬细小病毒荧光定量PCR检测方法的建立与评价

通过序列比对和Blast分析,选定犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)VP2蛋白保守区基因为检测的目的基因,引物采用Primer Premier 5.0软件设计。利用灵敏度较高的TaqMan探针法建立CPV核酸检测方法。通过对标准品的扩增、测序及对标准扩增曲线的绘制,建立CPV核酸检测方法。同时对建立的检测方法进行了检测特异性、灵敏度和重复性分析。将阳性对照标准品进行10倍梯度稀释后可检测到102拷贝/μL样品,表明该检测体系具有较高的检测灵敏度。通过分析表明,本检测方法在用空白对照及类似的猪细小病毒、猪圆环病毒作为扩增对照时,没有发现非特异性产物的产生,表明该体系对于CPV的检测是特异的。通过6次批间重复检测,体系的变异系数小于3%,表明该检测体系具有良好的重复性。     

实时荧光定量PCR检测猪细小病毒

根据已报道的猪细小病毒基因组序列,设计并合成了引物和探针,从猪细小病毒(PPV)感染的细胞中提取DNA,经PCR扩增,产物纯化后与pGEM-T-easy连接,转化大肠杆菌JM109,筛选后得到重组标准品质粒,对重组标准品质粒进行PCR和测序鉴定,表明目的片段已经成功克隆.将104～108拷贝反应的重组标准品质粒进行荧光定量PCR,系统自动分析软件显示Ct值与标准品浓度的对数之间存在良好的线性关系.动力学曲线分析表明,在该反应体系和反应条件下,标准曲线的灵敏度为102拷贝.本方法的建立为猪细小病毒感染的早期诊断奠定了基础.     

番鸭细小病毒与鸭圆环病毒二重PCR方法的建立

根据基因库中鸭圆环病毒和番鸭细小病毒的基因序列,分别设计了两对特异性引物,通过对二重PCR扩增条件的优化,研究建立了可同时鉴别检测鸭圆环病毒和番鸭细小病毒的二重PCR方法。用该方法对同一样品中鸭圆环病毒和番鸭细小病毒的模板进行PCR扩增,结果均得到了与实验设计相符的351bp（鸭圆环病毒）和474bp（番鸭细小病毒）的扩增条带,而对鸭Ⅰ型肝炎病毒、鹅细小病毒、鸭副黏病毒、鸭瘟病毒和禽流感病毒等病原体的检测全为阴性。敏感性测定结果表明：该二重PCR技术最低能检出100fg的鸭圆环病毒和番鸭细小病毒DNA模板。研究建立的鸭圆环病毒和番鸭细小病毒的二重PCR方法,具有快速、敏感、特异、定量和重复性好等优点,可用于临床上鸭圆环病毒和番鸭细小病毒感染的检测。     

鸭瘟病毒、鹅细小病毒和番鸭细小病毒三重PCR检测方法的建立

为建立鉴别鸭瘟病毒(DPV)、鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)的多重PCR检测方法,参考文献合成针对DPVUL6基因、GPVNS基因和MDPVVP1基因序列的特异性引物。通过优化多重PCR反应中的引物浓度和退火温度,建立快速鉴别3种病毒的多重PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行检验。结果显示,该方法对禽流感病毒、新城疫病毒、鸭肝炎病毒、鸭源巴氏杆菌、鸭疫里氏杆菌的核酸扩增结果均为阴性,表明特异性较强;DPV、GPV和MDPV的最低核酸检出量分别为237.3pg、22.45pg和204.6pg,表明敏感性良好;该方法对DPV+GPV+MDPV、DPV+GPV、DPV+MDPV、GPV+MDPV、DPV、GPV和MDPV的核酸均能扩增出与预期大小一致的目的条带,表明该多重PCR方法重复性较好。本研究方法具有特异性强、敏感性良好、重复性较好和快速简便等特点,可用于DPV、GPV和MDPV临床感染病例的联合检测与鉴别诊断。     

番鸭细小病毒与鹅细小病毒PCR鉴别诊断方法的建立

根据番鸭细小病毒（MDPV）和鹅细小病毒（GPV）基因组的非同源序列各设计了1对引物MDPVF1／R1和GPVF1／R1，建立了一种PCR方法，用该PCR方法分别对GPV、MDPV、鸭瘟病毒（DPV）、鸭肝炎病毒（DHV）、鸭呼肠孤病毒（DRV）、犬细小病毒（CPV）和猫泛白细胞减少症病毒（FPLV）的病毒培养物及其核酸进行扩增。结果，引物MDPVF1／R1仅特异性扩增出MDPV的900bp核酸片段，引物GPVF1／R1仅特异性扩增出GPV的465bp核酸片段。表明，建立的PCR方法可用于GPV和MDPV的鉴别诊断。     

禽偏肺病毒Taqman荧光定量PCR方法的建立及应用

根据Gen Bank中a MPV-C P基因序列,设计出一对特异性引物和Taqman探针,建立了a MPV-CTaqman探针荧光定量PCR方法。对该反应体系进行优化,进行特异性、敏感性及重复性试验,并且建立标准曲线。结果表明,该方法只对a MPV-C检测为阳性,具有良好的特异性;能够检测到(3.63×102)拷贝数,具有良好的敏感性;建立的标准曲线斜率为-3.312,截距为44.66,相关系数为R2=0.999,循环阈值和模板拷贝数具有良好的相关性,组内及组间重复性好。采用a MPV-C Taqman探针荧光定量方法、普通PCR方法对来自广东、浙江地区25份番鸭疑似阳性a MPV-C的病料进行检测,其中前者23份阳性,后者18份阳性。这表明a MPV-C Taqman荧光定量PCR方法对样品的检测具有特异性和敏感性高的特点,更适合临床样品的检测。     

鸭新城疫病毒与番鸭细小病毒二重PCR方法的建立

根据GenBank中新城疫病毒(NDV)L基因和番鸭细小病毒(MDPV)Vp3基因的保守序列,采用Primer Premier 5.0软件设计并合成了2对引物。通过优化反应条件及特异性、敏感性评价,建立了能同时检测鸭源NDV和MDPV的二重PCR方法。该方法对鸭源NDV和MDPV的检测敏感性分别为30和16 fg。同时使用该方法对鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒、鸭圆环病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭黄病毒、沙门氏菌、大肠杆菌和禽多杀性巴氏杆菌进行检测,结果显示全为阴性。本研究建立的鸭源NDV和MDPV的二重PCR检测方法,具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于鸭源NDV和MDPV感染的快速鉴别检测。     

鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒二重荧光定量RT-PCR方法的建立

根据基因库中鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的基因序列,设计2对特异性引物和2条用不同荧光基团标记的TaqMan探针.对反应条件和试剂浓度进行优化,建立能够同时检测鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的二重荧光定量RT-PCR方法.该方法敏感性好,对鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的检测敏感性均达到200个模板拷贝数;该方法特异性强,对鸭圆环病毒、鹅细小病毒、鸭副黏病毒、鸭瘟病毒和禽流感病毒等病原体的检测全为阴性.本研究建立的鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的二重荧光定量RT-PCR方法,具有快速、敏感、特异、定量和重复性好等优点,可用于临床上鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒感染的检测.     

番鸭细小病毒与鹅细小病毒的PCR鉴别诊断

通过比较基因ｂａｎｋ中番鸭细小病毒（ＭＤＰＶ）和鹅细小病毒（ＧＰＶ）的全基因序列,针对两种病毒非结构蛋白基因序列的相同区段,分别设计了两对ＰＣＲ引物ＬＨＭＰ／ＬＨＭＰ２和ＬＨＧＰ１／ＬＨＧＰ２,用这两对引物分别对ＭＤＰＶ和ＧＰＶ进行检测,其结果引物ＬＨＭＰ１／ＬＨＭＰ２只特异性地扩增ＭＤＰＶ,而引物ＬＨＧＰ１／ＬＨＧＰ２也只特异性地扩增ＧＰＶ,并且两对引物均扩增出约７２０ｂｐ的长度序列。     

番鸭和鹅细小病毒PCR鉴别方法的建立

根据基因库中番鸭细小病毒(MDPV)FM株和鹅细小病毒(GPV)的B株的基因序列设计了3个引物PVC、MDPVdn、GPVdn，分别用MDPV—DNA、GPV—DNA、MDPV尿囊液、GPV尿囊液、鸭瘟病毒尿囊液、传染性喉气管炎病毒尿囊液和无离子水对照，以PVC／GPVdn和PVC／MDPVdn特异引物在同一条件下进行PCR扩增，产物经10g／L的琼脂糖凝胶电泳分析。在PVC／GPVdn系统中，MDPV—DNA、MD—PV尿囊液、DP、ILT和无离子水对照无条带，其余样品均出现约460bp的条带，在PVC／MD—PVdn系统中，只有MDPV—DNA、MDPV—GPV混合DNA、MDPV尿囊液中出现约900bp的条带，其余无特异性核酸带，对MDPV—DNA的敏感性达O．5pg，对MDPV尿囊液敏感性为1000ELD50／5弘L，对GPV—DNA的敏感性为0．5pg，对GPV尿囊液敏感性为10ELD50／5μL。分别将不同时间提取0．5ng／μL MDPV—DNA、0．5ng／μL GPV—DNA、MDPV尿囊液、GPV尿囊液和无离子水对照样，以PVC／GPVdn和PVC／MD—PVdn特异引物进行PCR扩增3次，结果稳定。表明该PCR检测技术可灵敏、快速鉴别番鸭和鹅细小病毒。