传染性腔上囊病病毒超强毒致弱株GZ20 VP2基因的克隆和序列分析

根据已发表的５２／７０株传染性腔上囊病病毒（ＩＢＤＶ）基因组序列,设计并合成了一对物异扩增ＩＢＤＶ ＶＰ２基因的引物。以超强毒ＩＢＤＶ（ｖｖＩＢＤＶ）致弱株ＧＺ２０基因组为模板利用技术扩增出了１．５ｋｂ的ｃＤＮＡ产物,将ＶＰ２基因克隆于ｐＵＣ１１９质粒上,得到重组ｐＵＣ１１９质粒。并对ＶＰ２基因全序列测定,序列分析和聚类分析表明,该致弱株与无毒疫苗株ＰＢＧ９８和弱毒株ＣＵ－１非常相似,而与经典强毒     

传染性法氏囊病病毒VP2基因的克隆和鉴定

以鸡胚成纤维细胞培养ＩＢＤＶ弱毒疫苗株Ｄ７８，经蔗糖密度梯度离心纯化，电镜下见典型ＩＢＤＶ粒子。用ＳＤＳ－蛋白酶Ｋ法提取病毒基因组，低熔点胶回收，琼脂糖凝胶电泳，可见ＩＢＤＶ典型双节段基因组。根据已发表的ＩＢＤＶ基因组序列，设计并合成了１对特异扩增ＩＢＤＶＶＰ２基因的引物。以ＩＢＤＶ基因组为模板，利用ＲＴ－ＰＣＲ技术扩增出了１．５ｋｂ的ｃＤＮＡ产物，将ＰＣＲ产物适当处理后与经ＳｍａⅠ酶切的ｐＵＣ１９质粒平端连接，转化大肠杆菌ＤＨ５α，在含Ａｍｐ、Χ－ｇａｌ和ＩＰＴＧ的琼脂平板上培养，产生大量白色菌落。挑取白色菌落，经质粒大小比较分析初步筛选到一重组质粒。以重组质粒ＤＮＡ为模板作ＰＣＲ检测和部分酶切分析证实，该质粒为含Ｄ７８ＩＢＤＶＶＰ２基因的重组ｐＵＣ１９     

鸡传染性支气管炎北京地方株S1基因的克隆与鉴定

利用反转录套式聚合酶链反应技术从北京地区３株鸡性支气管炎病毒（ＩＢＶ）分离株中扩增出１０５４ｂｐＳ１基因高变区。利用限制性内切酶ＳｉｎＩ和ＰｓｔⅠ的酶切位点分析图谱进一步证实了ＲＴ－ｎｅｓｔｅｄＰＣＲ的特异性。将３段Ｓ１基因分别克隆到ＰＵＣ１９质粒中,获得重组质粒ＰＵＣＩＢＶＳ１－ＢＪ１,ＰＵＣＩＢＶＳ１－ＢＪ２和ＰＵＣＩＢＶＳ１－ＢＪ３。     

鸡新城疫病毒东北地区分离株融合蛋白基因的克隆与鉴定

以 Ｎ Ｄ Ｖ 东北地区分离株 Ｄ Ｂ３ 、 Ｄ Ｂ５ 的基因组 Ｒ Ｎ Ａ 为模板, 通过 Ｒ Ｔ Ｐ Ｃ Ｒ 技术扩增其 Ｆ 基因的ｃ Ｄ Ｎ Ａ,并将其克隆到质粒ｐ Ｕ Ｃ１９ 中, 转化感受态大肠杆菌 Ｄ Ｈ５α, 经分子量比较、酶切分析、 Ｐ Ｃ Ｒ 等鉴定方法证明, 我们分别获得了含有 Ｎ Ｄ Ｖ Ｄ Ｂ３ 、 Ｄ Ｂ５ 株 Ｆ基因的阳性重组质粒。     

IBDV超强毒HZ株VP2基因的克隆和真核表达质粒的构建

利用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增克隆传染性法氏囊病病毒超强毒（ｖｖＩＢＤＶ）ＨＺ株ＶＰ２基因,并对ＶＰ２基因全序列测定,序列分析和聚类分析,同时将 ＶＰ２基因与真核表达载体 ｐｃＤＮＡ３相连接。结果克隆到 ＶＰ２基因全序列共 １３５６ｂｐ,分析表明ＨＺ株与欧洲超强毒株ＵＫ６６１高度相似,同时将ＶＰ２基因正向插入ｐｃＤＮＡ３的ＣＭＶ启动子下游,得到了ＶＰ２基因的真核表达质粒。为ＩＢＤＶ分子流行病学和基因工程疫苗的研究奠定了物质基础。     

不同传染性法氏囊病病毒分离株VP2基因部分核酸序列及其编码蛋白的比较

根据已报告的传染性法氏囊病病毒（ Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ） ｃ Ｄ Ｎ Ａ 序列,在病毒 Ｖ Ｐ２ 区域,设计 １ 对引物,并在 ２ 引物上分别加 Ｐｓｔ Ⅰ和 Ｅｃｏ Ｒ Ｉ酶切位点。对 ２ 个 Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ 分离株 Ｊ Ｓ３ 和 Ｊ Ｓ４,用异硫氰酸胍酚氯仿抽提一步法提取病毒 Ｒ Ｎ Ａ,然后进行逆转录和 Ｐ Ｃ Ｒ 扩增,将扩增片段经酶切纯化后克隆于 ｐ Ｕ Ｃ１８ 质粒载体中,以双脱氧链末端终止法测定 ｃ Ｄ Ｎ Ａ 序列。将测定的分离株与标准对照株（ Ｓ１） Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ Ｖ Ｐ２ 基因片段的核苷酸序列进行计算机分析比较, Ｊ Ｓ３ 与 Ｓ１ 的同源性为 ９７％ , Ｊ Ｓ４ 与 Ｓ１ 的同源性为 ９７％ , Ｊ Ｓ３ 与 Ｊ Ｓ４ 的同源性为 ９９％ 。推导编码蛋白氨基酸序列, Ｊ Ｓ３ 和 Ｓ１ 的同源性为 ９７％ , Ｊ Ｓ４ 与 Ｓ１ 的同源性为 ９６％ , Ｊ Ｓ３ 和 Ｊ Ｓ４ 的同源性为 ９８％ 。这表明在我国流行的 Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ 毒株与标准毒株相比不仅在免疫学反应上有差异,而且在病毒核酸序列上有变异,这种变异是造成疫苗免疫失败或免疫逃避的分子基础。     

鸡贫血病毒山东分离株全基因克隆

设计了 Ｃ Ａ５、 Ｃ Ａ６ 和 Ｃ Ａ７、 Ｃ Ａ８ 两对引物,分别扩增鸡贫血病毒（ Ｃ Ａ Ｖ）山东分离株 Ｓ Ｊ１ 的 １５ Ｋｂ 和 ０８ Ｋｂ Ｄ Ｎ Ａ 片段。并将这两个片段分别克隆至 ｐ Ｕ Ｃ１１９ 和ｐ Ｂｌｕｅｓｃｒｉｐｔ（ Ｓ Ｋ＋ ）载体质粒,最后一起克隆到 ｐ Ｑ Ｅ３２ 载体质粒上,使两个片段前后连接成一个全长的病毒 Ｄ Ｎ Ａ。用该质粒转染 Ｍ Ｄ Ｃ Ｃ Ｍ Ｓ Ｂ１ 细胞,经免疫荧光抗体法和 Ｅ Ｌ Ｉ Ｓ Ａ 检测到 Ｃ Ａ Ｖ 病毒,结果证明我们得到了一个 Ｃ Ａ Ｖ 感染性全基因克隆。     

伪狂犬病病毒鄂A株TK基因的克隆及其鉴定

合成了 １ 对能对伪狂犬病病毒（ Ｐｓｅｕｄｏｒａｂｉｅｓ ｖｉｒｕｓ, Ｐ Ｒ Ｖ） Ｔ Ｋ（ｔｈｙｍ ｉｄｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ）基因＋ １１９～＋ １ ０７１区进行特异扩增的引物,用猪 Ｐ Ｒ Ｖ 鄂 Ａ 株细胞培养物提取的基因组作模板,扩增出 ９５３ ｂｐ 长的片段,用地高辛标记该片段作探针,通过 Ｓｏｕｔｈ ｅｒｎ 杂交,从克隆有 Ｐ Ｒ Ｖ 鄂 Ａ 株的 Ｂａｍ Ｈ Ｉ片段的重组质粒中钓出含 Ｔ Ｋ 基因的重组质粒 ｐ Ｓ Ｔ Ｋ。对 ｐ Ｓ Ｔ Ｋ 进行酶切分析,绘制了含 Ｔ Ｋ 基因的 Ｂａｍ Ｈ Ｉ片段的图谱,通过测序得出了 Ｔ Ｋ 基因的全序列。将该序列与 Ｐ Ｒ Ｖ Ｎ Ｉ Ａ３ 株 Ｔ Ｋ 基因进行比较,发现鄂 Ａ 株的 Ｔ Ｋ 基因存在变异。     

鸡传染性法氏囊病病毒野毒株VP2基因高可变区酶切位点分析

参照澳大利亚鸡传染性法氏囊病病毒（ Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ）００２７３ 毒株基因组序列设计的 １ 对引物,位于 Ｖ Ｐ２ 高可变区两端,通过 Ｒ Ｔ Ｐ Ｃ Ｒ,扩增了 ５ 个 Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ 山东分离株 Ｖ Ｐ２ 基因的 ６０７～１ ０８０ 位核苷酸片段（ａａ２０３～３０６）。 Ｐ Ｃ Ｒ 产物经纯化后,分别用 Ｄｒａ Ⅰ、 Ｓａｃ Ⅰ、 Ｓｓｐ Ⅰ、 Ｐｓｔ Ⅰ和 Ｓａｕ３ Ａ Ｉ共 ５ 种限制性内切酶（ Ｒ Ｅ）进行消化处理,结果 ５ 个分离株均为 Ｄｒａ Ⅰ（－ ）、 Ｓａｃ Ⅰ（－ ）和 Ｓａｕ ３ Ａ Ｉ（＋ ）, Ｌ Ｃ２ 和 Ｔ Ａ 株为 Ｓｓｐ Ⅰ（＋ ）, Ｌ Ｃ１ 和 Ｊ Ｎ 株为 Ｓｓｐ Ⅰ（－ ）, Ｌ Ｃ１ 和 Ｌ Ｃ２ 株为 Ｐｓｔ Ⅰ（＋ ）, Ｊ Ｎ、 Ｌ Ｌ 和 Ｔ Ａ 株为 Ｐｓｔ Ⅰ（－ ）;５ 个分离株的酶切图谱与美国变异株迥异,而 Ｔ Ａ 株与日本超强毒株 ９０１１ 相类似。５ 个分离株与现用疫苗株对比,至少在 Ｖ Ｐ２ 可变区内存在着一定的差异,这可能是 Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ 接种免疫鸡群仍然暴发 Ｉ Ｂ Ｄ 的原因之一。     

鸡贫血病毒DNA的PCR扩增及其分子克隆

用ＰＣＲ方法扩增了国内分离的鸡贫血病毒（ＣＡＶ）ＳＪ１株的含ＶＰ２、ＶＰ３以及部分ＶＰ１的１５００ｂｐＤＮＡ片段。经限制性内切酶酶切分析，该片段与Ｃｕｘ－１株的酶谱相似。同时，以ｐＵＣ１１９质粒载体克隆了这一ＤＮＡ片段。     

传染性法氏囊病病毒变异株主要免疫原基因cDNA的克隆及鉴定

采用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ），从１株传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）本地分离株ＧＺ９０２中扩增到编码ＩＢＤＶ主要免疫蛋白ＶＰ２的ｃＤＮＡ片断，大小约为１３５０ｂｐ。将该ｃＤＮＡ片断插入ｐＢｓＫ质粒中，用重组质粒转化大肠杆菌ＸＬ１－Ｂｌｕｅ，成功获得重组质粒转化菌。对重组质粒ＤＮＡ进行酶切鉴定，证明插入的ＤＮＡ片断与ＰＣＲ扩增的ＤＮＡ片段大小相符。对ＧＺ９０２高可变区进行了序列分析。其核苷酸序列与３株ＩＢ－ＤＶ变异株Ａ、ＧＬＳ、Ｅ的同源性分别达到９８．９％，９６．２％和９５．５％。而与其他Ⅰ型毒株的同源性较低。比较从ＤＮＡ序列推导出的氨基酸序列，发现ＧＺ９０２高可变区的两个亲水区均发生了一个氨基酸的变化，而在２４９和２５４位上的氨基酸分别为Ｋ和Ｓ，与以上３个变异株相同，但与所有标准Ⅰ型毒株不同。这两个氨基酸可以作为ＩＢＤＶ变异株的标志。     

传染性法氏囊病病毒VP2-4-3 cDNA的分子克隆和序列分析

从法氏囊组织分离IBDV超强毒株HK46并提取基因组RNA。以RNA为模板进行反转录合成cDNA第一链。采用长PCR扩增技术获得VP2－4－3 cDNA全长片段。将PCR产物克隆到pcDNA3.1( )载体，得到重组质粒pPP1。对pPP1插入片段全长序列进行了测序并对其序列进行了分析。结果表明，VP2－4－3 cDNA阅读框架由3039bp组成，可编码1012个氨基酸组成的前体多聚蛋白。经比较得知，HK46超强毒株VP2－4－3氨基酸序列与经典毒株间存在19－28个氨基酸的差异；与Harbin强毒株相差32个氨基酸；而与超强毒株OKYM和UK661分别相差2和6个氨基酸，且它们的VP2序列完全相同。在HK46超强毒株所特有的9个氨基酸中，3个位于VP2可变区，显示超强毒株其抗原性存在着变异。     

传染性法氏囊病病毒VP2基因高变区序列分析

根据传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）ＶＰ２基因ＣＤＮＡ序列,在ＶＰ２基因高变区设计一对引物,用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增ＩＢＤＶ分离株ＪＳ３和ＪＳ４。将扩增片段克隆后以双脱氧链末端终止法测定核苷酸旬。ＪＳ３和ＪＳ４的同源性最高达９８％。与已发表的ｖｖＩＢＤＶ,ＩＢＤＶ变异要ＢＤＶ经典株为ＩＢＤＶ弱毒株核苷酸序列的同尖拨天９２￣９８％之间,根据ＩＢＤＶ的大ＯＲＦ推导出该片段蛋白的氨基酸序更,ＪＳ３和ＪＳ４的     

Prokaryotic Expression and Bioinformatics Analysis of VP2 Gene of Infectious Bursal Disease Virus C4 Strain

This study was aimed to investigate the relationship between the virulence characteristics of infectious bursal disease virus(IBDV) C4 strain and its VP2 amino acid sequence. The RNA of IBDV C4 strain was extracted,and its VP2 gene was amplified by RT-PCR.VP2 nucleotide sequences and deduced amino acids of different virulent IBDV strains were compared. At the same time, prokaryotic expression vector pET-32a(+) was used to express the VP2 gene. The expression of recombinant VP2 protein was detected by SDS-PAGE and Western blotting. The results showed that the VP2 gene of IBDV C4 strain belonged to the very virulent infectious bursal disease virus (vvIBDV) in evolutionary relationship, the VP2 nucleotides homology between IBDV C4 strain and other vvIBDV strains were 98.1% to 98.7%, and there were no mutations in S-W-S-A-S-G-S (326-332 amino acids) and 222(A), 256(I), 294(I) and 299(S). The VP2 amino acid sequence of IBDV C4 strain was consistent with the characteristics of other vvIBDV strains. However, there were three differences amino acids sites at 201(D/G), 281(G/R) and 313(V/A) between the amino acids of the C4 strain and the very virulent strain UK661. And the change of 281(R) was in the small hydrophilic region of 279 to 290, which was related to the antigenicity of the virus; The recombinant VP2 protein molecular weight expressed in Escherichia coli BL21 was about 67 ku. This study provided a basis for further research on antigenic changes resulting from amino acid variation of 201(G), 281 (R) and 313(A). These results indicated that the VP2 gene of the IBDV C4 strain was consistent with the major characteristics of the vvIBDV strain VP2 gene. The difference of three amino acid sites in the vvIBDV strain C4 might be related to the evolution of virulence of IBDV strain in China.     

传染性法氏囊病病毒C4毒株VP2基因的原核表达及生物信息学分析

试验旨在研究一株传染性法氏囊病病毒（IBDV）河南分离株的毒力特征及其与VP2氨基酸序列特征的关系。通过提取IBDV C4株RNA,利用RT-PCR扩增其VP2基因,与其他不同毒力IBDV毒株进行核苷酸及推导的氨基酸序列比对分析,同时使用pET-32a（+）原核表达载体表达VP2基因,用SDS-PAGE和Western blotting检测重组VP2蛋白的表达。结果显示,扩增的IBDV C4株的VP2基因序列在进化关系上属于超强毒力IBDV（vvIBDV）分类,与选取的vvIBDV毒株代表毒株核苷酸序列同源性在98.1%~98.7%之间,其七肽区为S-W-S-A-S-G-S（第326-332位氨基酸）符合超强毒株特征,且222（A）、256（I）、294（I）和299（S）位氨基酸与超强毒力毒株的4个特征性氨基酸一致;但IBDV C4毒株的VP2蛋白氨基酸序列与超强毒力毒株代表毒株UK661相比,201（D/G）、281（G/R）、313（V/A）位氨基酸不同,其中281位氨基酸的改变处于279-290的小亲水区内,与病毒抗原性有关;构建的pET-32a（+）-VP2原核表达载体在大肠杆菌BL21感受态细胞上表达出分子质量约67 ku的重组VP2蛋白,为进一步比较201（G）、281（R）、313（A）位氨基酸差异导致的抗原特性改变提供了研究基础。本试验结果表明,IBDV C4株VP2基因与vvIBDV毒株VP2基因的主要特性一致,但也有3处氨基酸与代表毒株UK661存在差异,这些改变可能与中国IBDV毒株毒力的进化有关。     

Differential detection of infectious bursal disease virus serotypes, using cDNA probes to VP2 coding region.

Two nonoverlapping clones, pOH405 and pOH632, containing cDNA inserts in the VP2 coding region of genome segment A were selected from a cDNA library prepared from the double-stranded RNA genome of the OH strain of infectious bursal disease virus (IBDV) of serotype 2. Clone pOH405, which is located in the hypervariable segment of VP2, is 328 base pairs long, has nucleotide sequence homology of 72 to 73%, and amino acid sequence homology of 64 to 67% with IBDV strains of serotype 1. Clone pOH632, which is located in the highly conserved C-terminal part of VP2, is 230 base pairs long, has nucleotide sequence homology of 87 to 88%, and amino acid sequence homology of 100% with IBDV serotype 1. The lower detection limit of 32P-labeled probes prepared from both clones was 10 ng of OH-IBDV double-stranded RNA, using high-stringency conditions of hybridization (54 C, 50% formamide) and washing (55 C, 0.015M NaCl, 0.0015M trisodium citrate, pH 7.0, with 0.1% sodium dodecyl sulfate), and autoradiography for 24 hours. Under these conditions, the dot-blot hybridization assay for detection of serotype 2 IBDV double-stranded RNA, was 1,000 times more sensitive, using probe pOH632, but only 10 times more sensitive, using probe pOH405, compared with the assay for IBDV serotype 1, using the same probes. Thus, probe pOH632 could differentiate between the 2 IBDV serotypes by nucleic acid hybridization.