瘤胃微生物总DNA快速提取法研究

本文介绍了一种简便快速地提取瘤胃微生物细胞总DNA的方法,该法是对提取植物的CTAB法进行改进而成.与经典反复冻融＋SDS/蛋白酶K裂解法相比,该法可在数小时内高效地提取瘤胃内容物总DNA,经琼脂糖凝胶电泳对所提取瘤胃微生物总DNA进行检测,证明所获得的瘤胃总DNA符合分子生物学操作要求.     

水牛瘤胃微生物总DNA提取方法的研究

瘤胃微生态系统是迄今为止世界上对纤维类物质转化利用效率最高的天然体系之一,为此反刍动物瘤胃微生物一直是研究热点。但由于反刍动物瘤胃是一个特殊的厌氧发酵罐,相当多的瘤胃微生物并不能应用传统的方法培养,不能被人们所了解认识进而开发利用。实践证明,     

奶牛瘤胃微生物DNA提取法的研究与优化

试验通过对提取瘤胃微生物DNA常用的方法进行比较,优化出一种可以获得完整瘤胃微生物总DNA片段的方法,使其能进一步满足PCR的扩增要求以及后续的分子生物学研究。试验的瘤胃液样本取自3只装有瘘管的荷斯坦奶牛,将方法适当改进。结果表明:珠磨-CTAB法提取的总DNA片段长度大于20 kb,OD260/OD280在1.8以上,DNA的提取效果最稳定。同时对所提的DNA样本应用PCR方法进行了检测,成功扩增出长度分别为1 500 bp、1 000 bp左右的瘤胃细菌和古细菌的16S rDNA序列。结果证明了该方法所提取的瘤胃微生物DNA可以应用到后续的试验研究工作中。     

绵羊瘤胃微生物基因组DNA提取方法的探讨

本研究针对瘤胃内容物成分复杂、微生物种类繁多,且难于培养和分离这一特点,本着为采用免培养技术研究瘤胃微生物提供前期样本这一目的,对现在常用的五种基因组DNA提取方法进行了比较。试验结果得出应用珠磨-SDS/CTAB/PVP法所提瘤胃微生物基因组DNA质量及纯度较好,总DNA长度大于20kb,OD260/OD280在1.7以上。同时对所提的DNA应用PCR方法进行了检测,可以成功扩增出瘤胃中的古细菌、真细菌和真菌16/18SrDNA片断,进一步证明了此方法的优越性及可行性,为后续一些分子生物学试验提供质量较高的DNA模板。     

秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法的比较试验

[目的]本试验的目的是优化秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法。[方法]针对秦川牛特有的生理及生物学特性,采取珠磨法、反复冻融法、液氮研磨法、超声波法提取微生物DNA,并获得一种提取秦川牛瘤胃胃微生物DNA的最佳方法。[结果]珠磨法、反复冻融法提取的DNA片段较完整,DNA含量较高。[结论]珠磨法和反复冻融法是较科学的提取方法。     

微生物总DNA的提取

目前,对微生物多样性的研究越来越多地从传统的培养方法转向分子生物学方法,现代分子生物学技术的蓬勃发展解决了不可培养微生物研究的难题,使肠道微生物的研究进入了一个新的发展阶段,而肠道微生物总DNA的提取是整个分子生物学方法的关键.主要总结了前人提取土壤、植物、粪便、瘤胃和肠道微生物DNA的试验方法,介绍了微生物总DNA的纯化方法,为用于分子生物学研究的肠道微生物总DNA的提取提供依据.     

家兔盲肠微生物总DNA的提取

为了全面了解家兔盲肠中的微生物信息，本文采用非培养技术，通过化学、物理裂解和酶解相结合，建立了直接从家兔盲肠内容物中提取总DNA的方法。结果从1g新鲜的盲肠内容物中提取出5．4μg总DNA；所得的DNA能被核酸限制性内切酶降解；经纯化后能用作模板进行PCR扩增。     

家兔盲肠微生物总DNA的提取

为了全面了解家兔盲肠中的微生物信息,本文采用非培养技术,通过化学、物理裂解和酶解相结合,建立了直接从家兔盲肠内容物中提取总DNA的方法。结果从1g新鲜的盲肠内容物中提取出5.4μg总DNA;所得的DNA能被核酸限制性内切酶降解;经纯化后能用作模板进行PCR扩增。     

鹌鹑肠道微生物总DNA的最佳提取方法

为了获取高质量、较完整的肠道菌群基因组DNA,试验采用常规的饱和苯酚/氯仿法(方法一)、牛瘤胃DNA的提取法(方法二)和对上述两种方法进行优化后得到的肠道微生物DNA的提取法(方法三)对鹌鹑肠道微生物总DNA进行了提取,并对结果进行了比较。结果表明:应用方法一和方法二提取的DNA浓度比较低,电泳显示样品DNA条带没有方法三明亮;以方法三提取的肠道总DNA为模板,采用细菌通用引物,对其16S rDNA V3可变区进行PCR扩增,得到较清晰的图谱,条带整齐。说明采用方法三提取鹌鹑肠道微生物DNA较完整,可用于后续的分子生物学试验研究。     

辽东栎基因组DNA提取方法比较与优化

针对辽东栎叶片组织中多糖含量高严重影响基因组DNA的提取问题,比较了改良SDS法、改良CTAB法1和改良CTAB法2等3种方法的处理效果。结果表明：用改良SDS法提取DNA多糖杂质多,易降解、褐化严重;用改良CTAB法1提取DNA难以去除植物组织中的多糖类杂质;而改良CTAB法2提取的DNA,杂质少,纯度高。     

瘤胃微生物的传统定量方法在反刍动物中的应用

瘤胃微生物作为一个完整的生态系统,受日粮成分、饲养方式、季节等诸多因素的影响,认识瘤胃微生物的功能及其活动规律复杂而困难。瘤胃微生物的传统定量方法有亨氏滚管法和最大或然数计数法,二者有着各自的优缺点。本文综述了瘤胃微生物的传统定量方法的应用状况及各自的优缺点。     

栗蚕基因组DNA提取方法比较试验

栗蚕蛹中含有大量的脂肪和蛋白质类物质,这些物质易与DNA结合形成粘稠的胶状物,影响栗蚕基因组DNA的提取。针对上述问题,本研究采用十二烷基硫酸钠-蛋白酶K(SDS-PK)消化法和十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取栗蚕基因组总DNA进行比较试验。结果表明:CTAB法提取的DNA产量高;SDS-PK法提取的DNA质量好。     

海子水牛瘤胃微生物的宏基因组学分析

为系统探讨海子水牛瘤胃内的微生物组成及木质纤维素降解酶系,本试验利用基于高通量测序的宏基因组学技术对海子水牛(2.5岁左右,平均体重为493 kg)瘤胃液样本进行组学分析。结果表明,共获得了77 283 638条reads,并拼接出744 712个scaffold。经prodigal分析后,共预测出827 044个基因。通过基因注释发现海子水牛瘤胃中含有多种木质纤维素降解微生物,如生黄瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)、产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobacter succinogenes)及栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)。此外,还发现有38 011个基因编码蛋白质具有木质纤维素降解酶活性,其中糖苷水解酶(GH)基因数量最多(17 877个),糖基转移酶(GT)(8 637个)、碳水化合物结合模块(CBM)(4 693个)和碳水化合物酯酶(CE)基因(4 214个)数量次之,多糖裂合酶(PL)(1 296个)和辅助氧化还原酶(AA)基因(934个)数量较少。在GH基因中,归属于GH2、GH43、GH97、GH3家族的基因较多,且编码蛋白质具有寡糖降解酶活性的基因数量最多。此外还发现了少量的纤维小体组分蛋白基因。结合其他物种肠胃宏基因组中GH基因比对分析,发现海子水牛瘤胃中的纤维素酶、半纤维素酶和分支降解酶比例与奶牛瘤胃较为接近。由此可见,海子水牛瘤胃内含有丰富的木质纤维素降解微生物及酶系,这将为筛选具有工业应用潜力的酶基因奠定理论基础。     

瑞氏木霉基因组DNA提取方法比较研究

采用4种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA。结果表明:EDTA-SDS法和冷冻研磨CTAB 法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度比较高,但是价格昂贵,冷冻研磨SDS法提取的 DNA浓度不高,不适合分子生物学操作的要求。     

适于滞育期蚕卵的基因组DNA提取方法

家蚕以卵滞育,蚕卵保存时间长,取样方便,但是DNA含量较低,抽提较为困难,利用不多。从处于滞育期(丙2胚子前)的蚕卵中快速高效地获取基因组DNA,对于提高家蚕研究效率具有实用价值。本试验对两种SDS法和一种CTAB法的抽提效果进行比较,结果表明SDS-II提取效果较好,单粒蚕卵提取基因组DNA即可用作PCR模板,5粒蚕卵获得DNA可以基本满足分子生物学研究需要。     

体外法研究脂多糖对瘤胃发酵的影响

本试验旨在通过体外法研究脂多糖(LPS)对瘤胃发酵的影响。选取4头健康、体况相近、安装有永久性瘤胃瘘管的荷斯坦奶牛用于瘤胃液的采集。试验分为对照组(不添加LPS)和试验组(添加LPS 100 000 EU/m L),分别在发酵2、4、8、12、24 h后取样,测定发酵液p H及挥发性脂肪酸、氨态氮、微生物蛋白浓度。结果表明:随着发酵时间的延长,对照组与试验组发酵液p H逐渐下降,发酵液总挥发性脂肪酸、氨态氮、微生物蛋白浓度及乙酸、丙酸、丁酸含量逐渐增加,对照组与试验组之间均无显著差异(P0.05),但在8、24 h试验组发酵液p H与对照组相比有降低的趋势(0.05≤P0.10),4、8、24 h试验组氨态氮浓度与对照组相比有降低的趋势(0.05≤P0.10)。结果显示,在体外发酵条件下,添加LPS具有降低发酵液p H以及氨态氮浓度的趋势,但这一影响并不显著。     

体外产气法评价添加植物油对瘤胃发酵的影响

应用体外产气法模拟瘤胃发酵,通过测定瘤胃培养液发酵常数、24h体外产气量及粘附在消化残渣上的羧甲基纤维素酶的活力,评价添加不同种类植物油及不同添加水平对湖羊瘤胃发酵的影响。试验采用5×3二因子设计,棉籽油、豆油、菜籽油、玉米油、葵花油分别替代基础底物中0%、2%、4%的玉米粉。结果发现,与对照组相比,添加植物油极显著降低24h体外产气量(p<0.01),随着添加量增加,体外产气量显著下降(p<0.05)。除在2%添加量时,菜油与其他4种油差异显著(p<0.05)外,5种植物油之间差异不显著。与对照组相比,添加植物油显著降低羧甲基纤维素酶活力(p<0.05)。添加2%剂量组使羧甲基纤维素酶活降低3.74～9.34单位(p<0.05),4%剂量组降低6.99～11.88单位(p<0.01)。5种植物油中,豆油、玉米油、葵花籽油之间差异不显著(p>0.05)、棉籽油与菜籽油之间差异不显著(p>0.05)。添加2%、4%植物油并未显著改变24h瘤胃培养液pH值及NH3-N浓度。结果表明,植物油对瘤胃发酵及羧甲基纤维酶活有抑制作用,添加水平越高,负效应越大。     

反刍动物瘤胃微生物氨同化作用研究进展

反刍动物瘤胃微生物利用氨合成微生物蛋白质(microbial protein,MCP)主要通过谷氨酸脱氢酶(gluta-mate dehydrogenase,GDH)路径和谷氨酰胺合成酶-谷氨酸合成酶复合酶系(glutamine synthetase-glutamate syn-thase,GS-GOGAT)路径.氨同化作用过程中的关键酶有GDH、丙氨酸脱氢酶(alanine dehydrogenase,ADH)、谷氨酰胺合成酶(GS)和谷氨酸合成酶(glutamate synthase,GOGAT)等,其活性主要受到氨浓度的影响.本文主要综述了瘤胃微生物氨同化作用过程及其关键酶.