新扬州鸡与莱航鸡遗传变异的RAPD分析

应用21个10碱基寡聚苷酸随机引物对新扬州鸡、莱航鸡进行RAPD扩增。结果表明：13个随机引物有扩增条带：平均条带共享率，新扬州鸡公鸡与母鸡差异不显著（P＞0.05），母鸡群与莱航鸡差异显著（P＜0.05）；遗传多样性指数, 新扬州鸡公鸡与母鸡无显著差异（P＞0.05），而新扬州鸡公、母鸡与莱航约存在显著和极显著差异，新扬州鸡遗传大于莱航鸡，说明新扬州鸡仍有选择余地。     

扩增鸡脂蛋白脂酶基因外显子引物验证与分析

利用引物设计软件Primer 5.0显示评判引物质量重要信息,通过对扩增鸡脂蛋白脂酶基因第1、第3和第4外显子引物的PCR-SSCP凝胶电泳结果对比,分析这3对引物的重要参数如GC含量以及二级结构等对扩增效果的影响。电泳结果显示,第3对引物扩增相对容易,效果也最好,第4对居中,第1对最差,与引物设计软件给出的信息指标吻合。     

鸡IL-2全基因和去信号肽基因的酵母表达研究

根据已发表的鸡白介素-2（ChIL-2）cDNA编码基因序列设计三条引物,利用RT-PCR技术从经诱导的卢氏鸡胚脾淋巴细胞中扩增出429bp的ChIL-2全长基因cDNA和363bp去除信号肽的ChIL-2基因cDNA。分别克隆到酵母表达载体pPICZαA中,并分别转化巴斯德毕赤酵母X-33中,经甲醇诱导,SDS-PAGE检测,在28kD和24kD处有两条清晰的蛋白带,相同条件下pPICZαA-△SIL-2表达量较高。RNAstructure软件分析表明,pPICZαA-IL-2的序列形成了较为稳定的二级结构,不利于翻译,证明信号肽序列的存在对ChIL-2基因在酵母细胞中的表达有一定的影响。     

鸡GDE4编码基因的克隆与分析

为了揭示鸡甘油磷酸二酯磷酸二酯酶4（GDE4）的结构和功能,采用逆转录PCR的方法克隆了其编码cDNA序列,并对其进行了详尽的生物信息学分析。结果表明,鸡GDE4 编码cDNA含有939个核苷酸袁编码312个氨基酸;鸡GDE4具有典型甘油磷酸二酯酶蛋白结构域,是一种跨膜蛋白;GDE4是一种进化保守蛋白,在物种间具有较高的一致性;鸡GDE4的三维结构与磷酸丙糖异构酶桶状结构域结构相似,并且其催化位点位于其中。     

鸡FABP基因多态性研究

采用PCR-RFLP方法对金水乌鸡、武定鸡、湖北红鸡、青脚麻鸡、矮黄鸡和隐性白羽肉鸡6个品种共计360只鸡的FABP基因进行多态性分析,选用HhaⅠ、HaeⅢ、HinfⅠ、BamHⅠ、EcoRⅠ和PstⅠ6种限制性内切酶对PCR产物进行单酶切,结果发现HhaⅠ-RFLP具有多态性,有AA和AB两种基因型,该基因座频率分布经独立性χ2检验,结果表明,蛋用品种湖北红鸡与其他品种间存在显著或极显著差异,群体中B基因频率占明显优势;矮黄鸡与隐性白羽肉鸡2个肉用品种鸡与其他品种间也存在显著或极显著差异,这2个品种的优势基因为A基因。     

鸡IL-2全基因和去信号肽基因的原核表达

根据已发表的鸡白介素-2(ChIL-2)cDNA编码基因序列设计3条引物,利用RT-PCR技术从经诱导的卢氏鸡胚脾淋巴细胞中扩增出429 bp的ChIL-2全长基因cDNA和363 bp去除信号肽的ChIL-2基因cDNA.将ChIL-2全长和去信号肽的基因cDNA分别克隆到原核表达载体pET28a(+),构建原核重组表达质粒pET28a-IL-2和pET28a-△SIL-2,并分别转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导,SDS-PAGE检测,在22 ku和18 ku处有2条清晰的蛋白带,相同条件下pET28a-△SIL-2表达量较高.RNAstructure软件分析表明,pET28a-IL-2的mRNA5′端序列形成了复杂且较为稳定的二级结构,不利于翻译的起始,证明信号肽序列的存在对ChIL-2基因在原核细胞中的表达有一定的影响.     

五星黄鸡BMP15基因多态性分析

[目的]分析五星黄鸡的BMPl5基因多态性。[方法]以217只五星黄鸡L系母鸡为材料,采用全测序方法检测BMPl5基因的多态性及其与300日龄产蛋数的相关性。[结果]在BMPl5基因2个外显子中共检测到13个SNPs,在外显子1中检测到4个。其中C34T突变使亮氨酸变为苯丙氨酸;在外显子2中检测到9个,其中G540A突变使甘氨酸变为丝氨酸,其他位点为无义突变。G540A位点AA基因型比GA基因型产蛋数平均多16．7枚,差异显著（P〈O．05）;其余位点不同基因型产蛋数差异不显著。[结论]该研究为五星黄鸡高产蛋数的分子标记辅助选择提供了参考。     

新扬州鸡与莱航鸡遗传变异的RAPD分析

应用 2 1个 1 0碱基寡聚核苷酸随机引物对新扬州鸡、莱航鸡进行 RAPD扩增。结果表明 :1 3个随机引物有扩增条带 ;平均条带共享率 ,新扬州鸡公鸡与母鸡差异不显著 (P>0 .0 5) ,母鸡群与莱航鸡差异显著 (P<0 .0 5) ;遗传多样性指数 ,新扬州鸡公鸡与母鸡无显著差异 (P>0 .0 5) ,而新扬州鸡公、母鸡与莱航鸡存在显著和极显著差异。新扬州鸡遗传变异大于莱航鸡 ,说明新扬州鸡仍有选择余地     

一株鸡传染性支气管炎病毒地方分离株膜蛋白基因的遗传变异分析

对从山西省分离到的1株IBV(IBVSX16)的膜蛋白基因片段进行序列测定及分析,结果发现,IBVSX16株膜蛋白基因含有一个长681 bp的ORF,编码226个氨基酸残基组成的多肽,与疫苗株H120和中国分离株LX4推导的氨基酸序列比对发现,存在基因突变现象,未发现缺失和插入现象,变异主要发生在2～17位.系统进化关系显示19株IBV毒株分属于5个群.IBVSX16株位于第II群,中国IBV分离毒株主要集中在第Ⅲ群和第Ⅳ群,具有较明显的地理区域性,可见IBV分离株在基因进化关系上形成了自己较为独立的进化群.     

鸡mir-1644基因“seed”区的T＞C多态分析

 【目的】观察“seed”区T＞C多态对鸡mir-1644基因“茎环”结构和靶基因选择的影响,分析其在不同鸡群的遗传分布,为揭示其对mir-1644表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】利用mfold和miRanda软件进行mir-1644二级结构模拟和靶基因预测,采用引入酶切位点RFLP技术对6个鸡群的179个个体进行基 因型检测。【结果】①T→C突变可导致pre-mir-1644空间构型和自由能改变,稳定性降低;②预测到21个mir-1644-T和mir-1644-C基因差异调控的靶基因。③在汶上芦花鸡群体内以C等位基因为优势基因,与其它鸡间的基因型分布存在显著差异（P＜0.01）。【结论】“seed”区T＞C 突变可能干扰或破坏mir-1644基因的表达调控,且CC基因型可能与汶上芦花鸡某些表型变异有关。     

云南4个地方鸡种PRL外显子5基因多态性研究

[目的]研究云南4个地方鸡种PRL外显子5基因的多态性。[方法]对云南地方鸡种剥隘小种鸡（BA）、大围山微型鸡（DW）、武定鸡（WD）、盐津乌骨鸡（YJ）4个鸡种P地基因第5外显子PCR-SSCP进行检测分析,并采用Progene,Editplus等软件进行数据分析。[结果]PcR-SSCP检测分析发现,PRL外显子5有4个SNP位点,均有多种基因型。在PRL-exon5681、742和816bp处呈现基因多态性,剥隘小种鸡、武定鸡、盐津乌骨鸡有AA、BB和AB3种基因型,大围山微型鸡有AA和AB2种基因型。PRLR-exon5950bp处有1个SNP,4种鸡均有AA、BB和AB3种基因型。[结论]A基因可能是影响繁殖性状的优势基因。     

稻米蒸煮品质性状与分子标记关联研究

【目的】调查分析代表性水稻种质重要的品质性状和淀粉RVA谱变异,筛选与性状显著关联的分子标记,为稻米品质改良提供依据。【方法】以48份国内外水稻多样性种质为材料,进行稻米品质性状变异调查分析;利用快速淀粉粘滞测定仪(rapid visco analyzer)鉴定材料淀粉RVA谱。利用已报道的稻米淀粉合成相关基因等位标记及稻米籽粒相关QTL连锁分子标记对种质材料进行基因分型。利用GLM模型进行分子标记与品质性状的关联检测,并对显著关联标记进行逐步回归分析;评估等位基因及其组合对目标性状的表型影响效应,同时鉴别对应优异等位基因型及载体品种。【结果】供试材料在直链淀粉含量(AC)、胶稠度(GC)和碱消值(ASV)等表现出广泛的表型变异和多样性,变异系数为26.5%—36.3%。RVA谱检测表明崩解值、消减值和回复值等在材料间具有明显差异,能较好地反映不同种质的淀粉糊化特性。相关分析表明,AC与冷胶黏度、消减值和回复值呈显著正相关,与最高黏度和崩解值呈显著负相关;GC同时与消减值和回复值呈显著负相关。利用154个多态性标记共检测到491个等位变异,基因多样性平均为0.447,多态信息含量(PIC)平均为0.390。性状-标记关联检测共获得22个与稻米品质性状显著关联的位点,单个关联标记位点解释的表型变异(R~2)范围为14.11%—75.62%。GBSSI是影响AC和GC的主效基因,分子标记Wx-G/T对AC和GC的表型变异解释率分别为61.44%和41.87%。SSIIa是影响ASV的主效基因,alk-GC/TT和SSIIa-F对ASV的表型变异解释率分别为75.62%和74.46%。利用显著关联标记构建AC、GC和ASV的回归模型方程,决定系数分别为85.30%、40.62%和80.38%。【结论】水稻淀粉RVA谱与AC、GC和ASV密切相关,利用RVA谱可更全面地评价稻米品质性状。利用稻米品质表型-分子标记关联,共鉴定出22个与品质性状显著关联的位点,其中5个位点同时与AC和GC关联。回归模型表明标记的组合可产生不同的表型效应。     

安义瓦灰鸡IGF-1基因多态性研究

研究了安义瓦灰鸡IGF-1基因的多态性,检测到该基因第1外显子有1处突变,表现为3种基因型,其中AA基因型的频率最高,BB基因型的频率最低,A等位基因的频率远高于B。多态信息含量分析表明,该位点属于中度多态位点。     

文昌鸡MHC B-G基因第2外显子序列多态性分析

根据GeneBank上红色原鸡的MHC B-G序列设计特异性引物,利用PCR-SSCP和测序方法对文昌鸡18只个体的MHC B-G基因第2外显子序列332 bp区域进行序列多态性分析.通过PCR-SSCP分型得到16种基因型;测序检测到21个变异位点,其中20个位点导致16个氨基酸位点发生变异.结果表明:所有序列均未发生长度变化;文昌鸡群体内MHC B-G的多态性较丰富,主要体现在氨基酸多态性上,与其抗原多样性有密切关系.     

苏淮猪VRTN基因克隆、组织表达特征与多态性分析

【目的】获得苏淮猪VRTN基因编码区序列,了解其序列特征和组织表达特征,分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【方法】以苏淮猪卵巢组织cDNA为模板,采用克隆测序技术分离获得苏淮猪VRTN基因编码区序列。利用BioEdit 7.0软件分析其序列特征和蛋白理化性质。利用Clustal W软件进行核苷酸和蛋白质序列比对分析。利用UCSC基因组浏览器与NCBI基因组数据库进行猪VRTN基因的染色体定位和基因组结构分析。利用SMART软件预测蛋白质功能域,CPHmodels软件预测蛋白质三级结构。随机选取3头成年苏淮猪母猪,屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、肌肉和卵巢等组织,提取组织总RNA,采用RT-PCR技术分析苏淮猪VRTN基因的组织表达谱。采集106头成年苏淮猪繁殖母猪耳组织样,提取基因组DNA,采用 PCR-凝胶电泳分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【结果】苏淮猪VRTN基因编码区序列全长为2 097bp,与其它哺乳动物如人、小鼠、牛和羊的一致性分别为84.98%、74.53%、85.84%和86.45%,而与鸡的一致性只有54.42%。基因组结构分析发现猪VRTN基因由2个外显子和1个内含子构成,定位在猪7号染色体上。苏淮猪VRTN基因编码蛋白含有698个氨基酸残基,与人、小鼠、牛和羊等的一致性分别为85.55%、70.07%、86.20%和86.06%,但与鸡的一致性只有51.17%,可见哺乳动物VRTN基因在进化过程中比较保守。氨基酸组分分析显示苏淮猪VRTN蛋白氨基酸序列存在全部20种氨基酸,其中Leu（亮氨酸）含量最高,达到10.44%,而Asp天冬氨酸含量最低,只有1.43%。蛋白结构分析发现苏淮猪VRTN蛋白含有 HTH结构域等典型结构域,由6个α螺旋、5个β折叠以及若干无规则卷曲组成。RT-PCR分析表明VRTN基因在苏淮猪心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、卵巢和肌肉组织等组织中均有表达,说明VRTN基因是一个广泛表达的基因。在苏淮猪群体中检测到VRTN基因ins291位点的3种基因型,其中仅有93bp条带的为野生纯合型（wt/wt）,仅有384bp条带的为突变纯合型（Q/Q）,含有384和93bp条带的为杂合型（wt/Q）。在苏淮猪群体中wt/wt型为优势基因型,基因型频率为0.717;wt为优势等位基因,基因频率是0.816;高脊椎数等位基因Q的频率为0.184。遗传多态性分析发现苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态信息含量为0.331,为中度多态位点,杂合度为0.40,变异程度相对较低。【结论】 获得了苏淮猪VRTN基因序列,其表达无组织特异性;苏淮猪群体中存在高脊椎数等位基因Q。     

CAPN1基因的多态性与鸡肉质性状的关系研究

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因的外显子14、外显子20及其侧翼区序列进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系.CE14引物扩增的座位在群体发现3个单核苷酸多态性(SNPs)位点:g.13715409 A＞G、g.13715387 T＞C位于外显子14中,g.13715467 C＞T位于内含子13中;共检测到AA、AB、AC、BB、BC及CC 6种不同基因型,基因型频率分别为0.238、0.273、0.197、0.095、0.102、0.095,等位基因A、B、C的频率分别为0.473、0.282、0.245.CE20引物扩增的座位在群体发现6个SNPs位点:g.13713224 C＞A位于外显子20中,g.13713320 A＞T、g.13713289 G＞A、g.13713277 T＞C位于内含子19中,g.13713185T＞C、g.13713184 G＞A位于内含子20中;共检测到AA、AB、AC、BC、AD、BB、CD及DD 8种不同基因型,基因型频率分别为0.122、0.354、0.197、0.143、0.061、0.034、0.048、0.041,等位基因A、B、C、D的频率分别为0.429、0.282、0.194、0.095.最小二乘统计分析结果表明,CE14座位对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量、腿肌剪切力及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05),CE20座位对胸肌pHu及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05).     

siRNA干涉禽流感病毒PA基因在鸡胚成纤维细胞中的表达

用阳离子脂体质转染试剂将人工合成的小干扰RNA(Small interference RNA,siRNA)转染鸡胚成纤维细胞(CEF).结果表明,针对禽流感病毒(AIV)H5N1亚型核蛋白(NP)基因的siRNA能在AIV感染后1,2,3 h显著抑制NP基因的表达,表达水平分别降低3,1.4和2.5倍.     

青藏高原海东鸡CAPN3基因第1外显子多态性研究

[目的]对青藏高原海东鸡CAPN3基因第1外显子的多态性进行研究。[方法]采用PCR-SSCP技术检测海东鸡CAPN3基因第1外显子的多态性。[结果]海东鸡CAPN3基因第1外显子存在c.223GA的错义突变,对应2种等位基因G和A,等位基因G为优势等位基因;该群体CAPN3基因检测区域0.25PIC≤0.5为中度多态,且偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。[结论]该研究为海东鸡功能基因的分子遗传研究提供了基础资料。