黄瓜绿斑驳花叶病毒的鉴定及分子检测

【研究目的】黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的快速鉴定检测是控制该潜在危险性有害生物蔓延的有效途径。【方法】通过汁液摩擦接种、透射电镜观察、双抗夹心酶联免疫吸附测定法(DAS-ELISA)和RT-PCR方法对该病毒进行鉴定;同时对RT-PCR反应体系及扩增程序进行优化,建立CGMMV免疫捕获RT-PCR(IC-RT-PCR)检测方法。【结果】血清学、生物学、电镜观察和分子生物学方法证明供试样本为黄瓜绿斑驳花叶病毒引致。IC-RT-PCR方法可以简化RNA的提取,降低对试验材料要求。【结论】IC-RT-PCR的建立为CGMMV的检测提供了操作更为简便、特异性更强的快速、准确的检测方法。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒分子检测方法的建立与评价

以接种黄瓜绿斑驳病毒的黄瓜种子为材料,分别建立了快速检测黄瓜绿斑驳病毒的多种PCR方法.实验结果表明,这些方法的灵敏度都比DAS-ELISA的灵敏度高,其中实时荧光RT-PCR的灵敏度最高,可检测到2 ng黄瓜种子中的黄瓜绿斑驳花叶病毒.普通RT-PCR最低可检测到200 ng黄瓜种子中的黄瓜绿斑驳花叶病毒,免疫捕获RT-PCR(IC-RT-PCR)的灵敏度是普通RT-PCR的2倍,而免疫磁珠RT-PCR(IMS-RT-PCR)是普通RT-PCR的4倍.     

免疫斑点法和免疫捕获RT-PCR检测黄瓜绿斑驳花叶病毒

黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)是葫芦科作物上重要的病毒之一.用提纯的黄瓜绿斑驳花叶病毒免疫新西兰大白兔制备CGMMV的多克隆抗体.该多克隆抗体的间接ELISA效价达1∶512 000,与CGMMV17.5 ku外壳蛋白有特异性反应,而与烟草花叶病毒、齿兰环斑病毒和健康植物没有任何反应.用ACP-ELISA分析多抗灵敏度表明多抗检测1∶40 960倍稀释的CGMMV病叶时仍呈阳性反应.用该多抗建立了检测CGMMV的免疫斑点法(dot-ELISA)和免疫捕获RT-PCR方法(IC-RT-PCR).病叶汁液可被dot-ELISA检出的最大稀释度为1∶10 240.IC-RT-PCR从感染CGMMV的病叶组织中扩增到与预期大小相同的480 bp DNA条带,且当CGMMV病叶稀释1∶163 840倍时检测仍呈阳性.检测CGMMV的dot-ELISA和IC-RT-PCR方法的建立为该病毒病的诊断和控制提供了技术支撑.     

黄瓜绿斑驳花叶病毒荧光纳米颗粒试纸条的研制

以黄瓜绿斑驳花叶病毒为检测对象,应用黄瓜绿斑驳花叶病毒的特异性抗体,以稀土荧光纳米颗粒为标记物,制备黄瓜绿斑驳花叶病毒荧光纳米颗粒试纸条,建立高效、灵敏、准确检测黄瓜绿斑驳花叶病毒的荧光免疫技术体系,旨在研发一种可用于快速、便捷检测黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)的检测方法。     

库尔勒香梨上苹果茎沟病毒的三种分子生物学检测技术比较研究

采用反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）、试管捕捉反转录聚合酶链式反应（TC-RT-PCR）及免疫捕捉反转录聚合酶链式反应（IC-RT-PCR）技术对20份库尔勒香梨样品进行苹果茎沟病毒（Apple stem grooving virus,ASGV）检测,结果显示RT-PCR检测出7份样品感染ASGV,再使用TC-RT-PCR与IC-RT-PCR进行复检,有6份样品检测到ASGV,说明TCRT-PCR与IC-RT-PCR不如RT-PCR的灵敏度高,但是TC-RT-PCR与IC-RT-PCR不需要提取总RNA,操作简便,且减少有毒有机溶剂的危害与污染。TC-RT-PCR与IC-RT-PCR相比,检测得到的特异性带较清晰。     

免疫磁珠结合RT-PCR检测黄瓜绿斑驳花叶病毒

以感染黄瓜绿斑驳花叶病毒的黄瓜种子为材料,建立了免疫磁珠结合RT-PCR直接检测种子携带病毒的高灵敏度方法.结果表明:当磁珠的包被单克隆抗体浓度为1.5×10-5mg/mL时,可检测到的最低抗原浓度为7.813×10-3mg/mL,相当于8 ng种子中的黄瓜绿斑驳花叶病毒.该方法的灵敏度比免疫捕获RT-PCR(IC-RT-PCR)的灵敏度高出8倍.     

黄瓜绿斑驳花叶病毒的分子检测及云南分离物的序列分析

选取黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)全基因组中MP-CP-3′UTR的保守序列(位于全基因组中第5692~6335位点之间),设计1对特异性PCR检测引物,对云南省疑似带有CGMMV的病叶进行血清学检测和RT-PCR检测,并将目的片段的基因序列与GenBank中登录的CGMMV其他分离物相对应的序列进行比对和分析。结果表明:已报道的CGMMV主要分为4大类群,云南分离物属于第1类群;云南分离物与辽宁分离物亲缘关系最近,可能源于同一株系。     

引进种质西瓜中黄瓜绿斑驳花叶病毒的检测

从日本引进的西瓜种子隔离种植后,采用生物学、双抗体夹心酶联方法及反转录PCR(RT-PCR)技术对其幼苗样品进行了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的检测,结果表明:生物学试验接种的黄瓜健康植株全部发病;双抗体夹心酶联试验结果均为阳性;RT-PCR反应后进行1%琼脂糖凝胶电泳检测,结果出现预期的715 bp特异性扩增产物。3种方法均表明此次从日本引进的西瓜种质已经受到黄瓜绿斑驳花叶病毒的侵染,须做销毁处理。试验结果表明,采用3种方法中的2种对样品进行检测,即可以根据检测结果确诊被检对象是否带有CGMMV病毒。     

侵染丝瓜的黄瓜绿斑驳花叶病毒山东分离物分子鉴定

2013年,在山东泰安采集到疑似感染黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的丝瓜样品,利用该病毒外壳蛋白(Coat protein,CP)特异引物CG-CPF/CPR对样品进行扩增并测序。所得序列(GenBank登录号:KJ187042)经NCBI BLAST比对,与已登录的CGMMV序列的相似性均大于92.6%,确定为黄瓜绿斑驳花叶病毒。系统进化分析表明,CGMMV山东丝瓜分离物(CGMMV-SDLoofah)与辽宁分离物(CGMMV-LN)等大多数国内CGMMV分离物同聚为一个进化组,从而进一步确定了CGMMV山东丝瓜病毒分离物为黄瓜绿斑驳花叶病毒。这是首次报道黄瓜绿斑驳花叶病毒侵染丝瓜。     

天津地区几种黄瓜真菌、细菌及病毒性病害研究

针对目前黄瓜各种真菌性病害、细菌性病害和病毒性病害高发的现状,对天津地区黄瓜病害的发生情况进行田间观察,并运用试纸条法、PCR法及RT-PCR法对黄瓜种子和叶片样品进行检测。结果表明:田间观察发现,天津地区黄瓜病害主要有细菌性病害、真菌性病害及病毒性病害,其中真菌性病害最为普遍,褐斑病、白粉病、霜霉病多发;试纸条法在30份黄瓜品种种子样品中检出种传病害瓜类细菌性果斑病病原(Aac)1份,在11份叶片样品中检测出黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)和烟草花叶病毒(TMV)各1份;PCR法在30份种子样品和2份疑似病害叶片样品中有3份种子样品检出细菌性角斑病;RT-PCR法在30份种子样品和6份疑似病害叶片样品中有1份叶片同时检出黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)和烟草花叶病毒(TMV)。     

百合无症病毒的RT-PCR和IC-RT-PCR检测

 应用DAS-ELISA,RT-PCR和IC-RT-PCR技术检测百合无症病毒（LSV）。 结果表明:RT-PCR和IC-RT-PCR分别可从2 ng和200 ng百合叶片组织中检测出LSV,分别是DAS-ELISA敏感度的1 000倍和10倍。百合鳞茎的不同取样部位对PCR检测结果的影响较大,RT-PCR难以从鳞片和根部检测出病毒,但IC-RT-PCR可以检测出病毒。     

进境大豆种子上菜豆荚斑驳病毒和大豆花叶病毒的多重RT-PCR检测

【目的】针对进境大豆种子上症状相似的菜豆荚斑驳病毒（Bean pod mottle virus,BPMV）和大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus,SMV）,建立同时快速检测2种病毒的多重RT-PCR技术。【方法】根据GenBank公布的BPMV、SMV外壳蛋白基因序列,设计2对特异性引物,以复合感染BPMV、SMV的大豆种子为材料,提取dsRNA作为模板进行多重RT-PCR的引物浓度、退火温度和循环数的优化。利用优化建立的多重RT-PCR方法分别对健康大豆种子、BPMV、SMV及2种病毒复合感染的大豆种子进行检测,测定该方法的特异性。利用健康大豆种子提取的dsRNA,将从复合侵染BPMV、SMV大豆种子中提取的dsRNA按10倍梯度稀释,依次稀释为原液的10^-1、10^-2、10^-3、10^-4、10^-5和10^-6倍作为模板,分别进行多重RT-PCR和单一RT-PCR扩增,测定灵敏度。多重RT-PCR扩增产物回收纯化后,连接于pMD18-T载体,进行克隆测序和序列比对,进一步验证该方法的可靠性。应用建立的多重RT-PCR方法对来自于美国、阿根廷、中国和巴西的疑似带病大豆种子进行检测,同时以单一RT-PCR检测进行验证。以BPMV、SMV抗体等体积混合液包被PCR管后再加入样品提取液或直接以样品提取液包被PCR管,将免疫捕获、试管捕捉和多重RT-PCR相结合,建立同时检测BPMV、SMV的多重一步IC-RT-PCR、多重一步TC-RT-PCR方法。【结果】多重RT-PCR的优化结果显示,最佳引物浓度为BPMV 0.4μmol·L^-1、SMV 0.4 μmol·L^-1,最佳退火温度为52℃,最佳循环数为35。特异性测定结果表明,多重RT-PCR能够从复合感染BPMV、SMV的大豆种子上同时扩增到大小约542、221 bp特异性目的条带,从单一感染BPMV的大豆种子上扩增到大小约542 bp特异性目的条带,从单一感染SMV的大豆种子上扩增到大小约221 bp特异性目的条带,而从健康大豆种子材料上未扩增出任何特异性条带。灵敏度测定结果表明,当dsRNA原液稀释至10^-3倍时,无论是多重RT-PCR,还是单一RT-PCR均未扩增出特异性目的条带,多重RT-PCR与单一RT-PCR的灵敏度相当,为10^-2倍dsRNA原液。多重RT-PCR扩增产物克隆测序和序列比对结果显示,BPMV、SMV所测的序列全长分别为542和221 bp,与预期大小完全相符,且与已报道的各病毒基因序列高度同源,证实了多重RT-PCR结果的可靠性。应用建立的多重RT-PCR方法分别对来自于4个国家的大豆种子样品进行检测,结果从3份美国大豆种子样品检出BPMV,1份美国大豆种子检出SMV,1份阿根廷大豆种子检出SMV,2份中国大豆种子检出SMV,该结果与单一RT-PCR验证结果一致,阳性符合率达100% 。建立的多重一步IC-RT-PCR、多重一步TC-RT-PCR方法能够从复合感染BPMV、SMV的大豆种子中成功扩增出2条特异性目的条带,而从健康大豆种子中未扩增出特异性目的条带。【结论】建立的多重RT-PCR检测方法为进境大豆种子上BPMV、SMV的快速检测提供了参考。     

烟草环斑病毒的RT-PCR和IC-RT-PCR检测方法研究

根据TRSV CP基因的保守序列设计引物,RT-PCR和IC-RT-PCR能从TRSV的2个分离物中分别扩增到与预期大小相同的DNA条带,序列测定和分析表明所扩增序列为TRSV CP基因的部分序列,在系统关系树上与TRSV的其他分离物形成一簇,表明所建立的RT-PCR和IC-RT-PCR检测方法是可靠的。     

建兰花叶病毒检测标准方法的建立

经过2004￣2005两年对上海口岸进境和进境后种植的260个兰花品种上建兰花叶病毒(CyMV)检测方法的研究,分别建立了检测和鉴定兰花上建兰花叶病毒的DAS-ELISA、电镜观察、鉴别寄主反应、RT-PCR和IC-RT-PCR的方法。     

侵染西番莲的东亚西番莲病毒全基因组序列特征及TC-RT-PCR检测技术

【目的】 东亚西番莲病毒（East Asian Passiflora virus，EAPV）是西番莲（百香果）上危害严重的一种病毒。本研究对我国大陆地区东亚西番莲病毒福建分离物（EAPV-FJ）的全基因组序列进行测定，明确其基因组序列特征，并建立适用于EAPV特异性检测的TC-RT-PCR（tube capture RT-PCR）技术，旨在为该病毒的检测、监测及防治提供理论依据和技术支持。【方法】 采用小RNA深度测序技术结合分段克隆方法和RACE技术，测定EAPV-FJ的全基因组序列，对获得的序列进行序列特征、系统发育关系和重组分析；通过反应条件及反应体系优化，建立用于EAPV快速检测的TC-RT-PCR技术，测定其特异性和灵敏度，并应用建立的TC-RT-PCR技术对福建省西番莲果园采集的样品进行检测，同时利用普通RT-PCR检测方法进行验证。【结果】 测序获得的EAPV-FJ核苷酸序列全长为10 065 nt（不含polyA尾），含有一个长度为9 663 nt的开放阅读框，编码3 220 aa的多聚蛋白（polyprotein），经剪切后最终生成P1、HC-Pro、P3、6K1、CI、6K2、VPg、NIa、NIb和CP 10个蛋白。基因组序列一致性分析结果表明，EAPV-FJ全基因组与GenBank登录的4个EAPV代表分离物核苷酸序列一致性为80%—99%，其中与AO株系的越南分离物EAPV-GL1（GenBank登录号：MT450870）一致性最高，为99%；EAPV-FJ多聚蛋白核苷酸、氨基酸序列与GenBank登录的4个EAPV代表分离物一致性分别为79%—99%、82%—98%。基于多聚蛋白核苷酸序列的系统发育关系分析显示，EAPV分离物共分为两个类群（Group I为AO株系、Group Ⅱ为IB株系），未表现出明显的地理相关性，其中EAPV-FJ属于Group I，与已报道的越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近。重组分析结果表明，EAPV-FJ为非重组分离物。建立的TC-RT-PCR检测技术具有较好的特异性和灵敏度，仅能检测到感染EAPV的西番莲样品，而黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus，CMV）、西番莲潜隐病毒（Passiflora latent virus，PLV）、木槿潜隐皮尔斯堡病毒（hibiscus latent Fort Pierce virus，HLFPV）、芜菁花叶病毒（turnip mosaic virus，TuMV）、大豆花叶病毒（soybean mosaic virus，SMV）、夜来香花叶病毒（telosma mosaic virus，TeMV）等其他病毒及健康样品均无法检测到；灵敏度最低可以检测到稀释10倍的EAPV西番莲病叶提取液原液，与普通RT-PCR检测方法的灵敏度相当。应用建立的TC-RT-PCR技术从福建省西番莲果园采集的60份疑似病样中检出EAPV共13份，该结果与普通RT-PCR检测结果一致。【结论】 首次报道了我国大陆地区EAPV全基因组序列，该分离物（EAPV-FJ）基因组结构与已报道的其他分离物一致，在系统发育关系上与越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近，且未检测到重组位点；建立的TC-RT-PCR检测技术具有操作简便、特异性强、灵敏度高和成本低的优点，能有效用于西番莲果园样品上EAPV的实际检测。     

来自安徽不同地区黄瓜绿斑驳花叶病毒（CGMMV）cp 基因的分子进化分析

为了揭示黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)安徽分离物分子变异及系统进化情况,从安徽省5个地区采集感染CGMMV的葫芦科样本。提取感病样本总RNA,经RT-PCR扩增、克隆和测序,获得17个CGMMV分离物的cp基因序列。序列比对发现,17个CGMMV安徽分离物的cp基因核苷酸序列相似性极高,达98.4%~100%,与中国及东亚国家和地区的各个CGMMV分离物cp基因核苷酸序列相似性也非常高,达98.6%~100%,而与CGMMV西班牙分离物和俄罗斯分离物cp基因核苷酸序列相似性相对较低,为90.7%~92.6%。从构建的系统关系树可以看出,17个CGMMV安徽分离物与中国及东亚国家和地区的各个CGMMV分离物形成1个单独的分支,而CGMMV俄罗斯与西班牙分离物聚成另1个分支,说明来源于中国和东亚的CGMMV亲缘关系较近。