两株狂犬病病毒强毒株糖蛋白基因的克隆及潜在抗原表位分析

通过RT-PCR分别获得了狂犬病病毒强毒CVS株、DRV82株糖蛋白基因,进行克隆及测序,并推导出氨基酸序列,与犬用疫苗弱毒株ERA、SRV9、犬源性街毒株CGX及人用疫苗株PG的糖蛋白序列进行比较。结果表明,以上狂犬病病毒毒株间的核苷酸同源性为83.1%～99.2%,氨基酸序列同源性为87.0%～98.5%。经Jameson-Wolf抗原表位优势图分析,CVS株与其他各株相比发现在304位、372位抗原表位优势升高;而DRV82株与其它各株差异不明显。抗原优势变化可能导致狂犬病病毒糖蛋白出现新的潜在抗原位点,为下一步构建不同毒株的狂犬病病毒糖蛋白重组疫苗奠定了基础。     

一株新城疫病毒广东分离株的遗传关系分析

根据新城疫病毒已报道的基因序列设计了一对引物,扩增F基因3 ′端374 bp片段,包括F基因信号肽序列和裂解位点.经过RT-PCR、PCR产物测序和序列分析,表明该毒株为基因Ⅶ型强毒株,和中国动物卫生与流行病学中心2009年分离到的毒株NDV09-038相似性最高,可达98％.基因进化树分析表明该毒株与常用疫苗株亲源关系较远,与I系疫苗株Mukteswar相似性为81.4％,与Herts' 33的相似性为84.5％.氨基酸序列分析表明该毒株为典型的强毒株.     

狂犬病口服疫苗SRV9毒株基因序列的生物信息学分析

为了解狂犬病口服疫苗SRV₉毒株的基因序列与生物学特性的关系,并就其主要抗原位点与国内外现用狂犬病疫苗生产毒株进行比较,明确其作为口服疫苗株的分子基础,本试验通过RT-PCR方法对狂犬病口服疫苗SRV₉毒株的N、P、M、G、L基因分别进行克隆,并分别连接于pMD19-T载体,经酶切、测序鉴定后,用DNAStar软件对全基因序列进行分析,并与11株目前生产用狂犬病疫苗株进行基因序列比对分析和主要抗原位点的比较.狂犬病口服疫苗SRV₉毒株N、P、M、G、L基因序列与其他毒株的序列同源性为81.8%~100.0%,由全基因组进化树可知,SRV₉毒株与所有疫苗株在同一个大的分支内,均属于基因Ⅰ型,其中狂犬病口服疫苗SRV₉毒株与ERA、SAD B19、SAG-2等口服疫苗株的进化距离最近,而与疫苗生产毒株aG、RC-HL 之间的进化距离则较远.狂犬病口服疫苗SRV₉毒株与各疫苗株的糖蛋白不同结构区的氨基酸同源性分析表明,狂犬病口服疫苗SRV₉毒株与SAD B19、SAG-2、ERA口服疫苗株的膜外区、跨膜区和膜内区的同源性最高.狂犬病口服疫苗SRV₉毒株的基因组结构和抗原基因位点特征均与目前生产用口服疫苗株相似,这为今后狂犬病口服疫苗的研制和通过分子生物学技术构建基因重组弱毒疫苗株的研究提供了试验依据.     

2株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因的序列分析

采用RT-PCR方法对2株传染性支气管炎病毒分离株的S1基因进行序列扩增、测定及分析,应用DNAStar软件将这些分离毒株与中国常用疫苗毒株、其他血清型的代表参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析。核苷酸与氨基酸序列分析结果均表明：2株分离毒株与J2、Q1、T3毒株的亲缘关系较近,与疫苗株H120和4/91的亲缘关系较远。     

猪传染性胃肠炎华毒弱毒株纤突蛋白B、C抗原位点片段基因的克隆与序列分析

猪传染性胃肠炎华毒（TGEV H）是我国分离的代表毒株,H弱毒株是我国自行培育成功的具有良好免疫原性的疫苗株。应用RT－PCR方法扩增出1．3kb的目的片段,包括S基因的编码的B、C两个主要抗原位点的片段,目的片段与pUC19质粒载体进行连续,转化,鉴定后得到阳性重组质粒,命名为pTS1,将重组质粒插入的目的基因片段进行序列分析和比较,其结果表明TGEV H株和S基因5’端B、C位点片段1190bp的核苷酸序列与国外的TGEV毒株Miller、Purdue-115、FS772／70及台湾省TFI毒株序列均具有很高的同源性,达94．72以上。推导的氨基酸序列同源性为94．70％以上。编码抗原位点C的序列与其它毒株完全一致,但在B位点发生改变,即第97个氨基酸发生改变,由Trp突变为Ser。该核苷酸该片段全长1261bp,包括起始密码子ATG及基因间的共同序列ACTAAAC。本研究首次报道了国内的TGEV分离株－H弱毒株S基因的RT－PCR扩增及其编码的B、C抗原位点片段的分子克隆及序列分析,为进一步揭示TGEV强弱毒差别的分子机制、开展新型疫苗及进行分子诊断的研究奠定了重要基础。     

小熊猫源犬瘟热病毒株H、F基因的克隆及序列分析

为了解1株圈养小熊猫源犬瘟热病毒（CDV）GD-1的遗传变异情况,通过RT-PCR方法对该株CDV进行H、F基因的克隆、测序及序列分析。结果显示：该分离株的H基因序列与GenBank中丹麦报道的登录号为GU266280的犬源CDV毒株的核苷酸序列相似性最高,为96%;F基因序列与巴西报道的登录号为KY057355的犬源CDV的核苷酸序列相似性最高,为95.7%。下载CDV代表毒株序列进行遗传演化、氨基酸序列比对及分子特征分析。结果显示：H蛋白共有8个潜在的N-糖基化位点,分别位于19、149、309、391、422、456、587、603位点;H蛋白的SLAM受体结合位点氨基酸序列与欧亚野生型毒株一致,与疫苗株相比,530、549位氨基酸不同,与其他CDV参考毒株H蛋白相比还存在24、41等9处氨基酸位点发生明显变异,与标准强毒株A75/17的氨基酸相似性为95.2%,与Onderstepoort、Convac等5株疫苗株的氨基酸序列相似性为88.2%~89.3%;F蛋白共有6个N-糖基化位点,分别位于62、108、141、173、179、517位,与Onderstepoort等疫苗株氨基酸相似性为89.1%~89.7%;与其他参考毒株相比还存在115、130等11处氨基酸发生变异;构建基于H、F基因的遗传进化树,结果显示：该毒株位于Asia-4型的一个小的进化分支,这与目前我国流行毒株主要位于Asia-1型存在明显不同。本研究首次报道了小熊猫源的Asia-4基因型CDV野毒株,并对毒株的H及F基因进行了序列分析,对于了解我国CDV流行株的遗传变异情况、流行病学调查、疾病防控及疫苗研发等具有重要意义。     

鸡传染性支气管炎病毒海南分离株S1基因高变区的遗传变异分析

采取RT-PCR方法对7个鸡传染性支气管炎病毒海南分离株的S1基因进行序列扩增、测定及分析,应用DNAStar软件将这些分离毒株与我国常用疫苗毒株、国际上其它血清型的代表参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析.核苷酸与氨基酸序列分析的结果都表明:这7个分离毒株与CK/CH/LNM/05毒株的亲缘关系比较近,与疫苗株H120和Ma5的亲缘关系比较远.     

水貂犬瘟热CDV_3疫苗株基因组序列测定及H基因遗传稳定性分析

对水貂犬瘟热CDV3疫苗株基因组进行全序列测定与分析,以阐明该疫苗株的来源亲本毒株,基因特征及H基因遗传稳定性。将CDV3疫苗株基因组cDNA分9个重叠片段进行RT-PCR并克隆入pMD 18-T载体中,测定全长cDNA序列。并与CDV野毒参考株和疫苗株N、F和H基因氨基酸序列比对分析其基因变异情况。通过对CDV3疫苗株6个不同生产批次(Vero细胞培养代次)H基因序列测定以分析毒株的分子遗传稳定性。基因序列分析结果表明:CDV3疫苗株基因组全长15 690 bp,与CDV野毒株基因组同源性较低(93.0%~95.3%)。H基因核苷酸和氨基酸序列与Lederle疫苗株(EF418783)同源性最高,分别为99.6%和98.7%。而6个不同培养代次CDV3疫苗株H基因氨基酸序列无任何差异。由此证实CDV3疫苗株的亲本毒株与Lederle疫苗株有着最密切关系,不同培养代次的CDV3疫苗株H基因具有较高的遗传稳定性。     

马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株致弱过程中不同代次病毒LTR的进化分析

为揭示马传染性贫血病毒(EIAV)弱毒疫苗的减毒机理,本研究对EIAV弱毒疫苗株在体外驴白细胞传代过程中不同代次毒株的长末端重复序列(LTR)进行扩增和分析。结果显示:随着病毒在体外传代次数的增加,各病毒株遗传多样性逐渐增加,并与致弱前亲本株EIAVDV117的遗传距离逐渐增大;EIAV在体外传代过程中LTR的变异主要集中在U3区和R区的转录起始位点,但随着传代次数的增加,在负调节区丢失了GATA结合位点,并在增强子区出现了E-box基序。此外,传代初期低代次病毒株与后期的高代次弱毒株在负调节区的AP-1结合位点和转录起始位点以及TAR的起始位点存在明显差异。     

犬瘟热病毒SH202003株全基因组序列分析

为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）遗传变异情况，本研究采用首尾重叠的11对特异性引物，对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增，将扩增片段进行反复测序，序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列，应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析，并构建系统进化树。结果显示，SH202003株基因组全长为15 690 bp，编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L），H和L基因间隔序列为CUA，L和5'端尾随序列为CAA，与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高，达到98.6%和96.6%，与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%，氨基酸相似性只有82.7%~87.0%；全基因进化树中，SH202003株与流行野毒株在同一分支，与疫苗株在不同的分支；H基因同样与Hebei株亲缘关系最近，核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%，与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远；SH202003株处于Asia-1型分支，属于Asia-1型强毒株；SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点，与强毒株Hebei株一致。研究表明，上海株SH202003属于CDV强毒株，为Asia-1型，其H基因序列相对保守，具有9个潜在N-糖基化位点，但是全基因序列存在较多突变，与疫苗株的匹配度较差，可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。     

我国部分地区1996-2008年传染性支气管炎病毒分离株膜蛋白基因的遗传变异与系统进化分析

1996-2008年从我国不同地区分离30株传染性支气管炎病毒（Infectious Bronchitis Viruses,IBV）野毒株的M基因,采用RT-PCR方法克隆测定所分离的野毒株和澳大利亚T株的M基因序列,利用生物信息学软件与GenBank中公布的部分国内外IBV毒株的M基因序列进行比较分析,研究我国IBV的分子流行学特点和分子遗传变异规律。结果发现所测毒株M基因具有4种不同长度的开放阅读框：669bp、672bp、678bp和681bp,分别编码222、223、225和226个氨基酸的多肽,这些长度的差异是由5′端的核苷酸插入或缺失造成的。30个IBV分离株间的同源性在89．5％～100％之间。以疫苗株H120氨基酸位置为参照,在被比较的73株IBVM蛋白中发现62个位点存在变异,其中以2～5、10～16、44～46、217～222等4个区域氨基酸取代率较高。系统进化分析显示,被比较的73个IBV毒株分为5个进化群,我国的IBV分属于其中的4个群,其中第一群和第四群与我国所使用的疫苗病毒株相距较远。同时发现部分近年的分离株与10多年前分离株具有很近遗传进化关系。从M基因看,在我国出现了多种基因型IBV共存的现象,分离株与疫苗株的遗传差异提示我们需要对疫苗的选用做出重新评估。     

鹿源狂犬病野毒8202株基因型的研究

为了从基因水平确定鹿源狂犬病野毒8202株与其它狂犬病病毒的进化关系,应用RT-半嵌套式PCR技术,利用3条引物对病毒的核蛋白基因进行扩增、克隆及序列测定,并与已发表的狂犬病病毒株3aG、PV、CVS、HEP-Flury、RC-HL、Nishigahara、SADB19的核蛋白基因进行了比较分析。结果表明,8202株与其它7个病毒株均来源于同一个进化枝,属于基因Ⅰ型。     

鸡肾型传染性支气管炎病毒QD株S1基因的克隆与序列分析

One nephropathogenic infectious bronchitis virus （IBV） strain was isolated from Qingdao city, named as QD isolate.S1 gene of the strain was amplified, cloned and sequenced. The S1 gene of QD isolate was composed of 1620 nucleotides, and a spike glycoprotein cleavage recognition site was Arg-Arg-Phe-Arg-Arg. The nucleotide acid similarities among the nine IBV vaccine strains and the QD strain were 78.8% to 82.2%. Phylogenetic analysis based on the S1 genes showed that QD strain and the vaccine strains belonged to different clusters, and showed larger evolutionary distances, but showed the smaller evolutionary distances with the field nephropathogenic IBV strains in China. The result showed that nephropathogenic IBV strains were widely popular in China, and the QD strain could be used as the infectious bronchitis vaccine candidate strain.     

北京1株犬源狂犬病病毒全基因组序列测定及分析

本试验旨在对北京1株犬源狂犬病病毒株(BJ2012ZW株)在全基因组水平上进行分子进化研究,比较与全国流行株及疫苗株之间的差异.试验采集犬脑组织以直接免疫荧光技术和内基氏小体检查方法进行检测,以RT-PCR扩增病毒核酸覆盖全基因组,对产物测序后进行遗传学分析.结果显示,BJ2012ZW株狂犬病病毒属于基因1型,与目前中国的主要流行株全序列同源性为83.9%~99.7%.与同样分离自北京的毒株BJ2011E和CNM1101C的核苷酸全序列同源性最高(99.7%),进化关系近.G蛋白主要抗原位点分析结果表明,BJ2012ZW株与国内疫苗株相比有部分抗原位点发生了替换.BJ2012ZW株属于中国目前的流行株,与目前国内所使用的疫苗株存在一定的差异.     

猪瘟病毒E2基因的扩增及序列分析

本研究利用RT—PCR技术，对流行于国内部分地区的9株猪瘟病毒（CSFV）E2基因进行扩增，与C-株等4株参考毒株做了同源性比较，绘制了遗传进化关系发生树，结果表明，所测序列共由442个氮基酸残基组成。可将13株CSFV分为两个组群，其E2基因间的核苷酸序列同源性为81．9％～99．7％，所推导氨基酸序列同源性为88．2％～99．5％，其中9株CSFVE2基因的长度均为1324bp，编码的氨基酸序列均包括完整信号肽序列和跨膜区序列，9株流行毒株与C-株之间核苷酸序列同源性为81．9％～95．3％。所推导氨基酸序列同源性为88．2％～95．5％。说明近期流行毒株的变异呈现一定的多样性，并且多数毒株已向远离疫菌株方向变异。     

鸡传染性支气管炎病毒KIBVXJ株S1基因的克隆及序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒S1基因,设计并合成了一对引物,经RT-PCR扩增后获得全长约为1700bp的核苷酸序列。序列分析表明,S1基因的最大开放阅读框位于12位～1685位碱基之间,编码557个氨基酸;KIBVXJ株S1基因序列在19位～292位点的氨基酸区域内有较多的氨基酸置换、插入和与缺失现象;S1的裂解位点的序列为HRRRR,具有我国地方流行株的特征。KIBVXJ株的S1基因与国内外疫苗株的同源性分析表明,核苷酸同源率为73.8%～74.2%,氨基酸同源率为74.9%～76.0%。遗传进化分析表明,KIBVXJ株与国内外的主要疫苗株亲缘关系最远,与国内近年来分离的A2株、LX4株和QXIBV株的亲缘关系最近。     

狂犬病病毒野毒株糖蛋白基因序列测定及分析比较

对我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白全基因进行序列测定，与已发表的代表性毒株糖蛋白基因进行核苷酸和推导氨基酸序列的比较分析，结果表明在同一基因型中，MRV和国际标准攻毒株CVS的同源性最高(96．5％)，和中国减毒株CTN的同源性最低(79．8％)；在G基因的四个功能区中，氨基酸同源性最高的是抗原区，同源性最低的是膜内区；MRV的抗原部位和糖基化位点氨基酸均有变异；建立了各毒株的系统进化树。     

辽宁省PRRSVLN／0901株ORF5基因遗传变异分析及其抗原位点预测

根据已发表的PRRSVORF5基因序列设计引物,经RT-PCR对辽宁省PRRSVLN／0901株0RF5基因片段进行扩增、克隆及测序,结果得到长度为739bp的0RF5基因完整序列,与已知代表毒株进行核苷酸及其编码氨基酸同源性比对和系统进化树分析,LN／09010RF5基因序列与VR-2332株同源性达到88．6％,而与LV株,则相差甚远,仅为61．7％,表明PRRSVLN／0901病毒株为美洲型,与CBB-1-F3T、GD2007、JXA1、BJ0708等毒株同源性高达98．7％～99．5％,表明该病毒与2006年以来国内的多数流行变异株遗传关系相近。通过对PRRSVI,N／0901ORF5进行氨基酸疏水性及其编码蛋白跨膜区预测分析,表明该毒株ORF5具有多个抗原优势位点,与国内其他毒株既有共同位点又有区别位点,可以做为辽宁地区开发研制PRRS基因工程疫苗的重要蛋白基因。     

我国部分地区猪瘟病毒流行株的基因差异

采用 RT-PCR方法 ,从我国 1 0个省、市、自治区收集的 2 3个猪瘟病毒 ( CSFV)流行毒株中 ,扩增了CSFV E2基因中主要抗原位点编码区。对各扩增片段进行了序列测定 ,通过计算机分析构建了系统发生树 ,并确定了它们间的遗传相关性。结果表明 ,2 3个流行毒株中的 1 8株属基因 群 ,占 78.2 6%;另外 5个流行株与传统石门强毒、兔化弱毒株属基因 群 ,占 2 1 .74 %。两群间测序区的核酸同源性只有 78.90 %。此外 ,根据序列差异程度 ,将基因 群流行株分为 3个亚群 ,各基因群 CSFV在地域分布上未发现有明显的特征性。本研究初步揭示了我国较大范围内流行的 CSFV毒株与传统的石门强毒和疫苗用兔化弱毒在抗原基因上存在较大的差异 ,以及我国猪瘟病毒流行株在地域分布上的多样性