开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢转录组SNP分析

为探究泰州鹅繁殖相关差异基因SNP位点,研究开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢组织转录组水平基因表达变化。通过Illumina HiSeq2500高通量测序分析3只开产前(10周龄)和3只产蛋高峰期(40周龄)泰州鹅卵巢组织转录组表达差异;结合参考基因组对所获得的序列比对、基因注释和差异表达等分析,筛选与泰州鹅产蛋性能相关基因SNP位点;通过氨基酸序列比对,进一步筛选引起氨基酸改变的SNP位点。结果表明：共获得1 743个差异表达基因,其中上调表达基因898个,下调表达基因845个。这些差异基因在6只泰州鹅卵巢中分别检测出73 776～804 748个SNP位点,这些位点分布在内含子区域的最多,且转换类型总数(A-G和C-T)发生频率最高。结合文献报道,筛选出与繁殖性能相关的7个候选差异表达基因,包括SLIT2、GDF9、RAPGEF6、GATA3、FSHR、AMH和GGA2,这些基因在开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢组织中共检测出20个SNP位点引起了氨基酸的改变。这一研究为泰州鹅繁殖性能相关候选基因筛选提供了理论依据。     

福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织RNA-Seq分析

【目的】研究福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织转录组差异表达水平,一方面为山羊繁殖性状形成的分子机制提供理论依据,另一方面为利用努比亚黑山羊杂交改良福清山羊提供可加快遗传进展的分子标记。【方法】利用转录组测序方法对福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs功能进行注释和若干基因荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证;同时通过与参考基因组比对,分析和筛选测序样品中存在的SNP/InDel。【结果】6个样品共得到46.68Gb Clean Data,DESeq分析发现了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的DEGs149个(包含25个新转录本),其中表达上调53个,表达下调96个;初步认为输卵管素基因(oviductin,OVN)、类固醇合成快速调节蛋白基因(steroidogenic acute regulatory protein,STAR)、早期生长应答1基因(early growth response 1,EGR1)可作为福清山羊繁殖性能的候选基因。149个DEGs中的108个基因能被GO(gene ontology)数据库注释,30个DEGs能够被COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)数据库注释,91个DEGs能够被KEGG(kyoto encyclopediaof genes and genomes)数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到21条信号通路中,6条通路显著富集。经过进一步的与参考基因组序列比对分析,共发掘1 506个新转录本。经qRT-PCR验证,所选基因(转录本)表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的149个DEGs,发掘了1 506个新转录本,初步揭示了OVN、STAR和EGR1在山羊繁殖过程中可能发挥重要作用,为进一步探索山羊繁殖性状相关机理提供参考依据。     

牛优势卵泡颗粒细胞与膜细胞中生殖激素合成相关基因的筛选与分析

【目的】探究牛优势卵泡颗粒细胞(GCs)和膜细胞(TCs)中基因的表达差异,筛选并研究与生殖激素合成相关的基因。【方法】在GEO数据库获得GSE83524芯片数据,通过在线软件GEO2R筛选牛优势卵泡中GCs和TCs之间的差异表达基因。使用DAVID软件对获得的差异表达基因进行GO功能富集分析;使用KOBAS软件进行KEGG信号通路分析,筛选出GCs和TCs之间参与生殖激素合成相关信号通路;使用String结合Cytoscape软件构建蛋白与蛋白之间的相互作用网络(PPI)。以牛的优势卵泡为材料,采用Real-time PCR对筛选出的差异表达基因进行验证。【结果】经在线软件GEO2R分析,共获得247个差异表达基因,其中43个表达上调,204个表达下调;247个差异表达基因的GO功能分析结果共分为3大类41组,其中参与生物学过程(BP)的有22组,参与细胞组分(CC)的有12组,参与分子功能(MF)的有7组;KEGG信号通路分析共发现17条通路,其中腺苷酸环化酶3基因(ADCY3)、细胞色素P450 17A1基因(CYP17A1)、腺苷酸环化酶8基因(ADCY8)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白基因(GNAS)、骨形态发生蛋白6基因(BMP6)5个差异表达基因参与了卵巢类固醇生成通路。经PPI网络互作分析,筛选出了前10位的Hub基因;Real-time PCR结果显示,CYP17A1、ADCY8在TCs中的表达量极显著高于GCs (P0.01);ADCY3、BMP6在TCs中的表达量显著高于GCs(P0.05),GNAS在GCs中的表达量极显著高于TCs(P0.01),这5个基因在GCs和TCs中的表达趋势与GEO芯片数据结果一致。【结论】ADCY3、CYP17A1、ADCY8、GNAS、BMP6在GCs与TCs之间表达量存在显著差异,其可能在牛优势卵泡GCs和TCs中对生殖激素的合成及分泌产生了重要作用。     

基于RNA-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因

【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。【结果】将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33 896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达m-RNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。【结论】获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。     

褪黑激素对长毛兔毛囊细胞凋亡的影响

为研究褪黑激素对皖系长毛兔毛囊细胞凋亡的影响及相关机制,选择60只皖系长毛兔,随机均分成4组,1组不埋植褪黑激素(对照),另3组每只兔按25 mg(低剂量组)、40 mg(中剂量组)和55 mg(高剂量组)分别埋植褪黑激素,饲养70 d后,进行组织病理学观察和RNA的转录组高通量测序及q PCR表达分析。结果表明:通过组织切片观察,证实55 mg褪黑激素处理能有效抑制毛囊细胞凋亡,维持细胞正常形态;通过对高剂量组和对照组测序,得到25个差异表达基因,其中有14个基因上调,11个基因下调,涉及通路包括嗜T细胞病毒感染、坏死性凋亡、甲状腺癌、铁死亡、I型糖尿病和胰岛素信号通路,其中坏死性凋亡、铁死亡通路与长毛兔毛囊凋亡相关;选取4个与凋亡相关的差异表达基因进行荧光定量验证,得到新基因MSTRG.3561表达显著上调,SLC25A5表达下调,但差异无统计学意义。     

一种全长cDNA抑制缩减杂交方法及其水稻诱导表达基因分离的应用

以缩减杂交的原理和SMART cDNA合成方法为基础,开发了一种全长cDNA缩减杂交方法.该方法从微量的2个RNA样品合成全长cDNA,经PCR扩增和在两端连接不同的接头,通过2次缩减杂交获得含有高度浓缩的差异表达的全长或较大的基因片段,克隆后筛选出差异表达的基因.以噻菌灵(Probenazole,PBZ)为诱导剂处理水稻,获得了2个上调表达和1个下调表达基因的较长的cDNA片段.     

利用基因芯片筛选甘蔗成熟期叶片差异表达候选基因

利用Agilent甘蔗4×44k(per array)芯片分析甘蔗叶片在甘蔗成熟期的差异表达基因,并通过生物信息学手段对基因芯片杂交结果进行分析。芯片杂交结果符合质控标准,并且杂交数据重复性良好,结果可靠。在甘蔗生长过程中8个时间点上,共筛选出相关差异在2倍以上的基因20个,其中上调表达基因17个,下调表达基因3个。这些候选基因分别涉及不同水平分子进程和多种代谢途径。     

小麦3B短臂染色体抗赤霉病主效QTL区域候选基因的表达

通过研究赤霉病菌接种后的基因表达,筛选小麦赤霉病抗性相关基因。根据前人研究结果,利用FGENESH软件对小麦3B短臂抗赤霉病主效QTL所在的小麦基因组测序获得的重叠群ctg0954核苷酸序列进行基因预测,共预测得到489个基因。以携带该QTL的苏麦3号和未携带该QTL的扬麦15为材料,在小麦花期进行赤霉病菌接种诱导基因表达,接种后0 h、4 h、8 h、12 h、24 h对其中有功能注释的259个预测基因的表达进行半定量分析,获得27个在品种间差异表达的基因。这27个基因的表达分为4类:一直上调表达(Ⅰ型),在接种后的早期上调表达后期下调表达(Ⅱ型),接种后早期下调表达后期上调表达(Ⅲ型),接种后一直下调表达(Ⅳ型)。在差异表达基因中,选择6个基因,进行Real-time PCR分析,结果表明这些基因在接种病原菌后均上调表达,且在苏麦3号和扬麦15号品种间存在基因表达差异,验证了半定量表达结果,可作为与赤霉病抗性相关3B短臂主效QTL的候选基因。     

福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织RNA-Seq分析

【目的】 研究福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织转录组差异表达水平,一方面为山羊繁殖性状形成的分子机制提供理论依据,另一方面为利用努比亚黑山羊杂交改良福清山羊提供可加快遗传进展的分子标记。【方法】 利用转录组测序方法对福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,并对DEGs功能进行注释和若干基因荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）验证;同时通过与参考基因组比对,分析和筛选测序样品中存在的SNP/InDel。【结果】 6个样品共得到46.68Gb Clean Data,DESeq分析发现了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的DEGs149个（包含25个新转录本）,其中表达上调53个,表达下调96个;初步认为输卵管素基因（oviductin,OVN）、类固醇合成快速调节蛋白基因(steroidogenic acute regulatory protein,STAR)、早期生长应答1基因(early growth response 1,EGR1)可作为福清山羊繁殖性能的候选基因。149个DEGs中的108个基因能被GO（gene ontology）数据库注释,30个DEGs能够被COG（Cluster of Orthologous Groups of proteins）数据库注释,91个DEGs能够被KEGG（kyoto encyclopediaof genes and genomes）数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到21条信号通路中,6条通路显著富集。经过进一步的与参考基因组序列比对分析,共发掘1 506个新转录本。经qRT-PCR验证,所选基因（转录本）表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】 在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的149个DEGs,发掘了1 506个新转录本,初步揭示了OVN、STAR和EGR1在山羊繁殖过程中可能发挥重要作用,为进一步探索山羊繁殖性状相关机理提供参考依据。     

两品种鸭下丘脑miRNA的鉴定及其表达验证分析

为了鉴定与鸭性成熟启动相关的miRNA,根据鸭卵巢组织的发育情况,利用Solexa技术分别对105日龄连城白鸭和樱桃谷鸭的下丘脑组织进行小RNA测序分析。两个小RNA文库共检测到939个成熟miRNA,共有miRNA数量806个。以樱桃谷鸭为对照,两个文库之间总共检测到290个差异表达miRNA,其中上调miRNA 85个,下调miRNA 205个。靶基因预测分析结果表明,较多的靶基因被注释到神经活性配体-受体相互作用、黏着斑、MAPK信号通路、胞吞作用等通路中。定量PCR结果表明,2个差异表达miRNA靶基因的mRNA表达量在两品种鸭下丘脑组织中存在着极显著差异。     

基于RNA-Seq鉴定黑羽番鸭肉质风味差异的候选基因

为挖掘黑羽番鸭肉质风味相关候选基因,通过对黑羽番鸭胸肌、腿肌中挥发性风味物质进行测定,并通过Illumina HiSeq2500高通量测序进行转录组对比分析,结合参考基因组对所获得的序列进行序列比对、基因注释和差异表达等分析,筛选出差异表达基因并进行GO富集分析。通过荧光定量PCR(Real-time PCR,qRT-PCR)方法检测4个差异候选基因表达水平,验证测序结果的可靠性。结果表明,黑羽番鸭胸肌中挥发性风味物质辛醛、2,3-辛二酮含量显著高于腿肌,3-羟基-2-丁酮含量显著低于腿肌(P<0.05)。通过参考基因组比对和差异表达分析,初步获得614个差异表达基因,171个差异基因在黑羽番鸭腿肌组织上调表达,443个差异基因在黑羽番鸭腿肌组织下调表达。结合GO分析和KEGG富集分析,最终获得了20个候选功能基因,它们分别参与机体氨基酸形成、糖代谢以及脂肪代谢等生物过程,其中10个差异候选基因在黑羽番鸭胸肌中参与肌内脂肪代谢过程,这些基因可能通过形成肌内挥发性风味物质进而影响肌肉风味。qRT-PCR验证结果表明,筛选出的差异候选基因表达趋势与转录组测序中表达的趋势相似,说明测序...     

西方蜜蜂工蜂不同虫态发育的转录组学分析

【目的】基于转录组学对西方蜜蜂工蜂不同虫态间的差异表达基因（DEGs）进行筛选和功能注释分析,揭示与工蜂生长发育相关的信号通路,为深入解析工蜂生长发育的分子调控机理提供基础数据。【方法】以西方蜜蜂工蜂的3日龄幼虫、1日龄蛹和1日龄羽化工蜂3个虫态为研究对象,利用llumina NovaSeq 6000平台进行转录组测序,采用DESeq2筛选不同虫态样品间的表达差异基因,然后分别进行GO功能注释分析及KEGG信号通路富集分析,并通过实时荧光定量PCR进行验证。【结果】经转录组测序,在西方蜜蜂工蜂3日龄幼虫与1日龄蛹间筛选出4823个差异表达基因（51.86%上调,48.14%下调）,在1日龄蛹与1日龄羽化工蜂间筛选出3295个差异表达基因（57.51%上调,42.49%下调）,在3日龄幼虫与1日龄羽化工蜂间筛选出5267个差异表达基因（52.95%上调,47.05%下调）。GO功能注释分析结果显示,3日龄幼虫与1日龄蛹间的差异表达基因注释到43个GO功能条目,1日龄蛹与1日龄羽化工蜂间的差异表达基因注释到45个GO功能条目,3日龄幼虫与1日龄羽化工蜂间的差异表达基因注释到44个GO功能条目,主要涉及细胞过程、细胞部分及结合等。KEGG信号通路富集分析发现,3日龄幼虫与1日龄蛹间有2905个差异表达基因富集到332条KEGG信号通路上,其中17条KEGG信号通路呈显著富集,涉及核糖体、氧化磷酸化和昆虫激素生物合成等;1日龄蛹与1日龄羽化工蜂间有1644个差异表达基因富集到331条KEGG信号通路上,其中45条KEGG信号通路呈显著富集,涉及氧化磷酸化、生热作用和胰岛素分泌等;3日龄幼虫与1日龄羽化工蜂间有2958个差异表达基因富集到337条KEGG信号通路上,其中14条KEGG信号通路呈显著富集,涉及核糖体、蛋白酶体和胰岛素分泌等。6个随机挑选差异表达基因的实时荧光定量PCR检测结果与转录组测序结果相符,即转录组测序结果可靠。【结论】昆虫激素生物合成通路相关差异表达基因调控与西方蜜蜂工蜂各虫态JH滴度变化规律一致,氧化磷酸化信号通路则与各虫态的营养摄入和活动行为相关,而胰岛素分泌通路涉及各虫态的营养调控、脂肪体合成及细胞凋亡。可见,昆虫激素生物合成、胰岛素分泌和氧化磷酸化3种信号通路在西方蜜蜂工蜂幼虫、蛹和成虫的发育调控中发挥着重要作用。     

半番鸭与番鸭精巢组织差异表达转录组测序分析

【目的】研究半番鸭与番鸭精巢组织转录组差异表达基因,为进一步阐明半番鸭不育的遗传机制奠定理论基础。【方法】利用转录组测序方法对半番鸭和番鸭的精巢组织进行研究,筛选其差异表达基因,并对其功能进行注释和荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,QRT-PCR)验证。【结果】测序共获得43.84Gb Clean Data,组装后共获得193 535条Unigene。DESeq分析发现3 597个基因在两个鸭品种间差异表达,其中上调基因1 194个和下调基因2 403个,包括与生殖功能相关的基因,如成纤维细胞生长因子(fibroblast growth factor,FGF)、蛋白激酶A(protein kinase A,PKA)、丝裂原活化蛋白激酶7(mitogen-activated protein kinase 7-like,partial,BMK)、生长因子受体结合蛋白2(growth factor receptor-bound protein 2,GRB2)、c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)和肿瘤坏死因子受体超家族成员6(tumor necrosis factor receptor superfamily member 6,FAS)等。GO(gene Ontology)分析发现382个差异基因获得功能注释,其中97个基因涉及发育繁殖生物学过程。KEGG(kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析表明差异表达基因共富集到50条信号通路中,其中17个通路显著富集,包括丝裂原活化蛋白激酶信号转导通路(mitogen-activated protein kinase signaling pathway,MAPK)、甘油酯代谢(glycerolipid metabolism)以及钙信号途径(calcium signaling pathway)信号通路等,与生殖功能密切相关的有促性腺激素释放激素信号通路(gonadotropin releasing hormone(Gn RH)signaling pathway)和MAPK信号转导通路。经QRT-PCR验证,差异基因表达变化模式与转录组测序结果一致,测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出半番鸭和番鸭精巢组织差异表达基因,揭示了Gn RH和MAPK信号通路在鸭的生殖活动中发挥了重要作用,为进一步探索半番鸭生殖系统的分化机理提供可靠的参考依据。     

低温胁迫下水稻苗期低温失绿突变体cisc(ta)的miRNA表达谱分析

[目的]鉴定水稻耐冷相关功能基因、解析其调控耐冷性的分子机制.[方法]以耐冷籼稻材料"P1211"和冷敏型籼稻突变体cisc(ta)为试验材料,进行了低温胁迫处理和水稻幼苗转录组测序分析.[结果]冷敏型突变体cisc(ta)低温胁迫处理后共有4542个差异表达基因,其中有3673个基因上调,869个基因下调.在冷敏突变体cisc(ta)的差异表达基因中筛选到一些与低温胁迫相关的典型基因,如基本的螺旋-环-螺旋(bHLH)、活性氧清除(SOD1)和富亮氨酸重复序列(LRR)等调控基因,此外,还筛选出一些与生长素、脱落酸(ABA)、赤霉酸(GA)和冷应激反应调控(DREB/CBF)等相关的基因.为了确认RNA-seq数据,随机选择差异表达基因进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)表达分析,结果与这些基因的RNA-seq表达测定一致,证实了RNA-seq数据的准确性.[结论]该研究为水稻耐冷机理的研究和筛选水稻遗传改良有用的候选基因奠定基础.     

基于转录组学的巨菌草内生链霉菌拮抗玉蜀黍平脐蠕孢的分子机理

通过Illumina Hiseq4000高通量测序平台,采用PE150测序策略研究了玉蜀黍平脐蠕孢在链霉菌发酵液胁迫下(S组)的转录组变化,共得到128 613 786个clean reads,筛选出4 559个差异基因.与无发酵液的对照组相比,S组中有2 283个基因表达上调,2 276个基因表达下调;从中挑选出表达量差异最大的22个基因作为内生链霉菌调控拮抗的拟关键基因,这些基因多涉及氨基酸合成和代谢以及信号转导途径,说明链霉菌发酵液对玉蜀黍平脐蠕孢的氨基酸生物合成和MAPK信号通路相关基因的影响显著;采用实时荧光定量PCR验证其中5个基因的表达量,其趋势与转录组分析结果基本一致.     

基于Illumina测序筛选牛卵泡发育相关的上调表达基因

为研究牛卵泡发育过程中促进卵泡生长成为优势卵泡的重要调控因子及其表达模式,采集牛卵巢上的最大卵泡(8～10 mm)与第二大卵泡(5～8 mm),通过测定卵泡液中雌二醇(E_2)与孕激素(P)的水平,确定优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)。刮取DF和SF中的颗粒细胞,提取其总RNA并建立文库,通过Illumina平台进行测序。用SOAP V2.0软件将测序获得的序列与牛参考基因组数据库进行比对,获得mRNA序列;用DESeq 2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,并对其中表达上调的基因进行GO分析及KEGG信号通路分析;最后通过实时荧光定量PCR对筛选出的具有代表性的上调表达基因进行验证。通过测序共获得32 346个基因,其中在DF颗粒细胞中表达显著上调的基因有194个。GO分析结果显示,这些表达上调的基因共分为3大类33组,其中参与生物学过程(Biological process)的基因占60.6%;与细胞组分(Cellular component)相关基因占21.2%,其中31个基因参与了细胞质功能;与分子功能(Molecular fuction)相关的基因占18.2%,其中18个基因参与金属离子结合。KEGG信号通路分析共发现4条通路,其中基因富集最为显著的是轴突导向通路。实时荧光定量PCR结果表明,细胞色素P450 19A1基因(CYP19A1)在DF颗粒细胞中的相对表达量极显著高于SF(P0.01),硫氧还蛋白结合蛋白(TXNIP)、脑表达X2(BEX2)和丝氨酸蛋白酶35(PRSS35)基因在DF颗粒细胞中的相对表达量显著高于SF(P0.05),与Illumina测序表达趋势一致。综上,PRSS35、CYP19A1、BEX2和TXNIP在牛卵泡的发育过程中可能会起促进作用,最终引起卵泡排卵。     

辣椒绿茎突变体gh1转录组及候选基因表达分析

以EMS诱变的辣椒绿茎突变体gh1和紫茎野生型樟树港辣椒(ST–8)为材料，测定茎中花青素含量；采用转录组测序技术(RNA–seq)和实时荧光定量PCR(qRT–PCR)分析与辣椒茎中花青素生物合成相关基因的表达水平。结果表明：突变体gh1茎中的花青素含量极显著低于ST–8茎中的花青素含量；与ST–8相比，gh1共获得1794个差异表达基因，包括1003个上调表达基因，791个下调表达基因；与花青素生物合成途径相关的基因包括9个结构基因(DFR、UF3GT、F3H、ANS、CHI、CHS、C4H、PAL、4CL)和3个转录因子(TT8、AN1、TTG1)；对与花青素合成相关的差异表达基因进行转录组表达量分析和qRT–PCR分析，筛选出4个结构基因(CHS、CHI、DFR、UF3GT)和1个转录因子(AN1)，推测这5个基因可能在辣椒茎中花青素生物合成途径中起重要作用。     

基于转录组测序对小麦抗叶锈性相关基因的筛选与分析

为了探明小麦‘TcLr19’抵抗小麦叶锈菌侵染的内在分子机制,挖掘与抗叶锈菌密切相关的功能基因,对接种叶锈菌后的小麦材料‘TcLr19’进行Illumina NextSeq500转录组测序。筛选到差异表达的基因(Differential expressiongenes,DEGs)8970个,其中上调差异表达基因4953个,下调差异表达基因4017个。差异基因通过GO(Gene Ontology)功能分类和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes)Pathway富集分析,被归于1 790个GO类别,定位到84个代谢通路中。采用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)对转录组分析结果进行验证,结果表明,qRT-PCR与RNA-seq分析结果基本一致,为小麦TcLr19抗小麦叶锈菌新基因的挖掘提供了可靠的参考资料。     

不同施磷水平下小麦籽粒生长的转录组差异分析

为探究磷素对小麦籽粒转录组水平上差异表达基因的影响，用华成3366小麦品种为材料，取花后7、14和21 d小麦籽粒进行转录组分析，通过GO、KOG、KEGG数据库对差异表达基因进行分析。试验在施180 kg·hm^-2纯氮的基础上设置2个磷素水平：对照(P0),0 kg·hm^-2 P₂O₅;施磷(P2),120 kg·hm^-2 P₂O₅。结果表明，经过筛选，花后7 d, P2和P0间筛选出235个差异基因，其中223个基因上调，12个基因下调。花后14 d施磷较对照间筛选出96个差异基因，其中57个基因上调，39个基因下调。花后21 d施磷较对照间筛选出1 560个差异基因，其中822个基因上调，738个基因下调。花后21 d施磷较对照的KEGG通路分析表明，氨基酸的生物合成和氮代谢通路达到显著水平，表明施磷不利于氨基酸的生物合成和氮代谢，降低相关基因表达量，最终可能不利于蛋白质含量的提高。