香菇细胞内ITS 致同进化不完全及对 分类鉴定和系统发育的影响

核糖体DNA的ITS序列作为现代分子生物学系统发育及物种鉴定中的一种有效的分子标记被广泛使用。通过对3株野生香菇个体细胞总DNA的提取,nr DNA ITS序列的扩增、回收、克隆、测序,分析其ITS序列对构建系统发育树及r RNA二级结构的影响。结果表明:香菇个体细胞内ITS序列存在较高的多样性,即致同进化不完全现象。由此推论ITS序列并不适用于香菇菌株的鉴定和系统发育研究,而在其他真菌中是否也有此现象有待进一步研究。     

基于ITS序列探讨蓝靛果忍冬(Lonicera caerulea var. edulis)的系统位置

以七子花(Heptacodium miconioides)为外类群,使用MEGA3.1软件对忍冬属的20种植物的ITS序列进行分析,用邻接法获得系统树。结果表明:蓝靛果忍冬(Lonicera caerulea var. edulis)与蓝果亚组(Subsect. Caerulea Rehd.)的其他种聚为一支,自展支持率高达99%,与传统分类相符,故不支持将蓝靛果另立新属。     

野生鸡眼草和长萼鸡眼草的饲用价值及培植效果的初步研究(1987～1990年)

鸡眼草和长萼鸡眼草广泛分布于我国湖北低山丘陵区,6～8月生长迅速,自繁能力强,是夏季高温期绵羊牧食的主要野生豆科牧草之一。3～5月播种,混生草群鲜草量为332.3～411.1公斤/亩;6月份以后播种,当年不能出苗.禾本科人工草地两种自生鸡眼草增多时,表施过磷酸钙有利于提高产量,高量氮肥和硫酸钾复合肥可明显抑制其发生和生长。     

叶状枝节丛孢大孢变种(Arthrobotrys cladodes var. macroides)对两种毛圆科线虫幼虫杀虫效果的研究

【目的】评估叶状枝节丛孢大孢变种(Arthrobotrys cladodes var.macroides)分离株(F69)的生物学特性及对绵羊胃肠线虫感染性幼虫(L3)的捕食能力.【方法】通过光镜和扫描电镜观察该菌的形态及捕食作用;用2%水琼脂培养基评估该菌对两种混合的毛圆科线虫L3的体外杀虫能力;将该菌的孢子用海藻酸钠制备成包埋颗粒,分析绵羊采食后的杀虫能力.【结果】1)所获得的光镜和电镜结果显示了该菌形态学及其与L3相互作用;2)该菌在体外对L3的杀虫率为73.70%(P0.05);3)该菌通过绵羊消化道后能够存活,采食后12、24、36、48、72 h粪便中排出真菌孢子,对绵羊粪便中的L3减少率分别为46.74%、60.41%、44.19%、37.36%、21.53%.【结论】本研究为反刍动物寄生线虫生物防治提供了一个有潜力的新候选菌株.     

草兔卵透明带3(ZP3)基因的克隆及序列分析

根据GenBank中欧洲兔ZP3 mRNA序列设计特异性引物, 以草兔卵巢组织总RNA为模板, 通过RT-PCR技术首次克隆得到草兔ZP3 cDNA编码区,命名为hZP3( GenBank登录号:KC447289)。生物信息学分析表明:扩增出的hZP3基因编码序列长1 260 bp, 编码419个氨基酸,包含一个完整的开放阅读框(ORF)。与欧洲兔ZP3基因核苷酸一致性高达96%。预测的ZP3蛋白具有ZP家族典型特征。系统进化树显示其与欧洲兔亲缘关系最近,其次是啮齿目动物,符合物种进化规律。hZP3基因编码区的成功克隆, 为进一步利用该基因通过免疫不育手段防治森林草兔危害提供了基础。     

基于线粒体控制区Dloop序列的长臀(鮠)种群遗传结构分析

[目的]了解长臀(鱼危)Cranoglanis3个种群的野生资源状况,并对3个种群的物种有效性进行分析.[方法]采用线粒体控制区Dloop基因序列测定技术,分析了珠江水系、海南水系和越南红河水系长臀(鱼危)种群的群体遗传结构及其变异.[结果]在检测的84个个体中共得到43个单倍型,呈现出较高的单倍型多样性与较为贫乏的核苷酸多样性,其中海南长臀(鱼危)C.multiradiatus群体的单倍型多样性(Hd =0.871)和核苷酸多样性(Pi =0.006 4)最低;Tajima's D中性检验以及核苷酸不配对分析均表明,3个长臀(鱼危)群体趋于稳定,未经历过大规模的种群扩张.Fst分析发现,海南长臀(鱼危)同珠江长臀(鱼危)C.bouderius、红河长臀(鱼危)C.henrici产生了一定的遗传分化,而珠江和红河群体未发现明显遗传分化,从遗传距离来看,珠江和红河长臀(鱼危)净遗传距离为0.000.[结论]长臀(鱼危)野生资源较为贫乏,且海南群体最为严重;认为应将珠江长臀(鱼危)和红河长臀(鱼危)归为同一亚种长臀(鱼危)C.bouderius,而海南长臀(鱼危)作为长臀(鱼危)的另一个亚种.     

小麦中国春遗传背景中的Lophopyrum elongatum(Host)A.Lve染色体附加系、代换系的白粉病抗性分析

对中国春为遗传背景的中国春Lo .elongatum (Host)A .L veEe 染色体二体代换系和二体附加系的白粉病抗性进行了鉴定。在 2 7个供试材料中 ,只有一个代换系DS7Ee(7D)DV82 - 2 - 1- (1)表现为中抗 ,其余全部表现为感病 ,尤以二个附加系DA2Ee New - 8- 9- 4- 3 - 6 - (1)和DA6Ee- 2 - 4- 12 - 4- 2 - (5 )感病特别严重 ,表现为高感。结果表明 :①Lo .elongatum的E染色体组在中国春的遗传背景中对白粉病的抗性没有多大贡献 ;②中国春的 7D染色体上可能存在小麦白粉病抗性的抑制因子 ;③白粉病抗性存在微效多基因效应。     

基于nrDNA ITS序列东北地区丁香属植物的系统发育关系

通过nrDNA ITS测序分析,对东北地区的丁香属内11个种的系统发育关系进行了初步的研究。依据ITS序列中的信息位点,应用系统发育分析软件MEGA2.1构建的分子系统树,在一定程度上支持了传统的依形态特征进行的分类。但该系统树对于属下各分支间的关系作出了与传统的形态分类方法不同的推断:与在形态分类中不同,短花冠亚属(Ligustrina)并未与其余种构成姐妹群关系,而是和巧玲花系(Pubescentes)关系最近,二者组成的分支与欧丁香系(Vulgares)形成姐妹群关系;顶生花序系(Villosae)是系统树中的基部分支。     

几个中国大麦属物种核rDNA ITS区序列分析

对8份来源于中国和7份国外的不同大麦属物种核rDNAITS区进行了序列分析,并采用邻接法构建了其系统发育树状图。结果表明,大麦属物种的ITS区序列长度为596～600bp,其中ITS1、5.8S和ITS2分别有43、4和54个变异位点。ITS区揭示的遗传分化距离变化范围为0～0.1121,平均值为0.0561。以雀麦属为外类群,采用邻接法进行系统发育关系分析发现,大麦属不同物种间聚类关系与其地理来源无关;各物种或亚种按照其亲缘关系与染色体组的划分进行聚类,其中具有H和I染色体组的物种各聚为一个分支。     

中国不同地区杜仲rDNA的ITS序列分析

运用克隆测序法,对分布于中国不同地区的杜仲(Eucommia ulmoides)的核糖体DNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S和ITS-2)进行测定.结果表明,杜仲植物的ITS区序列总长度为587-589 bp,长度变异仅为2 bp,其中ITS-1区为218～219 bp,在ITS-2区为205～206 bp,5.8SrDNA均为164bp,且高度保守,无变异位点.采用DNASTAR软件进行系统发育分析表明,来自不同地区的杜仲样品同源性均在96.9以上.根据ITS序列特征构建的系统树,来自同一地区的样     

紫芝栽培新品种武芝2号基于rDNA-ITS和ITS2的分子鉴定与分析

[目的]探讨利用rDNA-ITS及其ITS2二级结构进行紫芝栽培新品种武芝2号(原名紫芝S2)的分子鉴定.[方法]通过第一代和第三代测序技术分别获得武芝2号的ITS序列,针对灵芝属(Ganoderma spp.)相关种类的ITS序列构建系统进化树进行分子分类鉴定,采用rDNA-ITS及相关引物序列进行BLAST比对分析...     

Phylogenetic Relationships of Sorghum and Related Species Inferred from Sequence Analysis of the nrDNA ITS Region

Analysis of phylogenetic and evolution in six species of Sorghum was based on internal transcribed spacer （ITS） sequences in nuclear ribosomal DNA. Results showed that the length of the ITS regions among the six species ranged from 588 to 589 bp and the contents of G＋C in ITS （ITS1 ＋5.8S＋ITS2） regions ranged from 60.27 to 61.05%; the length of ITS1 ranged from 207 to 208 bp and the contents of G ＋ C in the ITS 1 regions ranged from 53.91 to 61.54%. The length of the 5.8S rDNA and ITS2 regions in the six species was 164 and 217 bp respectively, and the contents of G ＋ C ranged from 56.10 to 58.54% in the 5.8S rDNA region and 66.36 to 67,28% in the ITS2 region. Among regions of ITS, ITS1, ITS2, and 5.8S, the best sequence for genetic relationship analysis in the six species was the ITS region. On the basis of the Jaccard coefficient and phylogentic tree, S. sp. was more related to S, propinguum than to other species. This was consistent with the fact that S. sp. is derived from S. propinguum. From the phylogenetic tree based on ITS1, S. halepense, silk sorghum and S. sudanense, are identical in the ITS 1 sequence, whereas the phylogenetic tree based one shows that S. sudanense has a closer genetic association with S. almum rather than with S. halepense and silk sorghum.     

柞蚕微孢子核糖体基因和转录间隔区的序列及系统进化分析

【目的】研究柞蚕微孢子（Nosema antheraeae）的核糖体基因，转录间隔区（ITS）以及它们的排列顺序，为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。【方法】采用特异引物进行PCR扩增，克隆和测序。用DNAStar软件，用Clustal W 的比对方法得到遗传距离和系统进化树。【结果】得到柞蚕微孢子的核糖体小亚基rRNA（SSU rRNA），转录间隔区（ITS），5S rRNA的全长，得到核糖体大亚基rRNA（LSU rRNA）的部分序列。【结论】柞蚕微孢子的核糖体基因排列顺序为LSU－ITS1－SSU－ITS2－5S与Nosema bombycis 相同，是一种比较特殊的排列方式。将微孢子SSU rRNA基因和ITS结合起来分析微孢子的亲缘关系是一个新的尝试。     

不同产区碎米荠nrDNA ITS序列分析及亲缘关系鉴定

堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因(nr DNA)的内转录间隔区(ITS)序列比较分析,并构建其系统发育树。结果表明,所有4份材料ITS序列全长均为709 bp,其中来自宜昌长阳和五峰的材料碱基序列完全一致,与来自恩施和壶瓶的序列相比,分别有两个碱基位点不同,4个群体的碎米荠(Cardamine hirsuta L.)可以聚为一支,居群之间的遗传距离很近,为0~0.003,这种差异未超过一个种范围内的变异,初步证明4个不同产地的碎米荠为同一个种,归为堇叶碎米荠。     

基于nrDNA ITS序列对枸杞雄性不育材料的鉴别

对7份常规枸杞种质和1份枸杞雄性不育材料的DNA中nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)序列进行分析,从分子水平对枸杞雄性不育材料作出鉴定.采用改进CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析.结果显示首次测序得到了枸杞雄性不育材料和其他7份常规枸杞种质的nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度为559～633 bp,平均为612 bp,共有160个变异位点,占25.3%;保守位点473,占74.7%;67个转换位点和31个颠换位点.表明基于nrDNA ITS区序列分析可作为鉴定枸杞雄性不育材料的一种新的鉴别方法.     

赖草属林下组植物GBSSI基因序列的系统发育与分子进化

【目的】探讨赖草属林下组植物的种间系统关系与GBSSI基因的分子进化式样。【方法】对赖草属林下组3个类群的GBSSI基因序列进行多克隆测序,并将其与来自小麦族8个代表Ns,St,P,F,Ee和Eb基因组的二倍体植物的GBSSI序列进行序列与系统比较分析。【结果】基因序列多态性与系统发育分析表明:①L.duthiei和L.duthiei var.longearistatus亲缘关系密切;②不同Ns基因组供体参与多倍化物种形成可能导致L.komarovii与L.duthiei和L.duthiei var.longearistatus发生遗传分化;③赖草属林下组植物的GBSSI基因序列在Ns基因组拷贝上的多态性水平低于新麦草属植物Ns基因组序列多态性。【结论】支持L.duthiei和L.duthiei var.longearistatus互为种与变种的分类等级。复制基因GBSSI在多倍体中多态性水平不平等。     

羊草乙醛脱氢酶（ALDH）基因片段的克隆及表达分析

[研究目的]克隆羊草的乙醛脱氢酶ALDH基因片段,研究该基因在不同条件下的表达情况。[方法]采用RT-PCR技术克隆羊草的ALDH基因片段,并对其核苷酸和氨基酸序列进行分析,采用RealTimeRT-PCR方法研究该基因的表达。[结果]获得了羊草的ALDH基因片段,长度为675bp,编码225aa。核苷酸序列比较表明,与水稻ALDH1a序列(AB037421)同源性为86%,与玉米RF2C(AF348413)同源性为85%。BLASTp分析,该序列与水稻、玉米、拟南芥的乙醛脱氢酶一致性分别高达87%、86%、60%,含有醛脱氢酶基因家族的保守结构域。RealTimeRT-PCR数据表明,在诱导条件下该基因的表达量呈先升高后降低的趋势。总体上来说,该基因对盐的响应要高于干旱和冷冻。[结论]成功获得了羊草ALDH基因片段,并研究了该基因的表达情况,为进一步克隆羊草ALDH全长基因奠定了基础。