基于随机文法云模型的RNA二级结构预测

[目的]研究基于随机文法云模型预测RNA二级结构的方法。[方法]将云模型引入到随机文法模型中,提出适合于词汇化随机文法模型的机器学习算法,通过词网格模型对RNA序列进行词条获取和划分,再经过云分类器搜索每个词条被标注为某种二级结构类型的最大概率,然后将这些词条信息作为先验信息在随机文法云模型训练过程中引入,实现对RNA二级结构的预测,并对该方法进行试验检测。[结果]试验测试表明,在随机文法模型中引入云模型后,其在预测的准确度和搜索速度上较单纯的随机文法效果有明显改善。[结论]该研究为随机文法模型在RNA二级结构预测中的广泛应用奠定了基础。     

RNA二级结构预测算法的研究进展

在简要介绍了RNA的基础知识之后,对RNA二级结构的定义、表示方法、数据库等内容进行了详细阐述,并重点探讨了RNA二级结构预测方法的原理、适用范围及优缺点.目前,传统的RNA二级结构预测方法有比较序列分析法和最小自由能算法;新进发展的算法有支持向量机算法、基于堆积协变信息与最小自由能算法、基于局部茎搜索的算法、基于快速动态权重匹配算法、免疫粒子群算法、基于茎区的自由能算法、质心法.经过预测精度、复杂度、预测假节能力的对比,发现基于堆积协变信息与最小自由能算法和基于快速动态权重匹配算法,预测结果比较理想.     

RNA二级结构预测算法的研究进展

在简要介绍了RNA的基础知识之后,对RNA二级结构的定义、表示方法、数据库等内容进行了详细阐述,并重点探讨了RNA二级结构预测方法的原理、适用范围及优缺点。目前,传统的RNA二级结构预测方法有比较序列分析法和最小自由能算法;新进发展的算法有支持向量机算法、基于堆积协变信息与最小自由能算法、基于局部茎搜索的算法、基于快速动态权重匹配算法、免疫粒子群算法、基于茎区的自由能算法、质心法。经过预测精度、复杂度、预测假节能力的对比,发现基于堆积协变信息与最小自由能算法和基于快速动态权重匹配算法,预测结果比较理想。     

基于神经网络集成的蛋白质二级结构预测模型研究

[目的]探讨基于CPN神经网络集成的蛋白质二级结构预测模型的效果。[方法]借助神经网络集成方法对从36个蛋白质提取的共4000个氨基酸进行预测研究,其数据集是从HSSP数据库中提取的数据经过处理后得到的评测数据库,同时在Profile编码中引进了CPN网络算法的概念。[结果]基于CNP网络的神经网络集成预测模型可以取得很好的预测结果,把蛋白质二级结构预测的平均精度提高了17．74％。同时,所用的Profile编码和CPN网络算法在很大程度上为系统模型引入较多的生物信息和联系,而这一点对蛋白质二级结构预测非常重要。[结论]该研究为蛋白质二级结构预测准确率的提高奠定了基础。     

RNA二级结构预测及其在分子分类研究中的应用

文中通过比较RNA二级结构与一级结构和三维结构的差异,说明了RNA二级结构用于系统发育和分子分类研究的优点,并介绍了目前构建RNA二级结构的常用方法以及各种方法的优缺点,并对用于RNA二级结构折叠的软件作了简单介绍。最后从4个方面详细阐述了RNA二级结构在分子分类研究中的应用,即:RNA二级结构应用于分子分类研究的理论和方法;应用RNA二级结构分类与形态分类的区别;三种RNA二级结构在分子分类中的研究现状;RNA二级结构对序列信息的校正与补充。     

RNA二级结构预测方法

RNA是一类具有重要生物学功能的生物大分子,它是遗传信息由DNA到蛋白质的中间传递体.RNA二级结构预测方法可以分为基于热力学的预测方法和基于系统发生学的预测方法两大类.本文就RNA二级结构预测的方法进行了综述,介绍了最低自由能预测法、配分函数预测法、协同变异预测法、随机上下文无关语法预测法等4种预测方法以及它们的优缺点.     

一种基于重叠社区标签传播的学科划分方法

[目的/意义]以Wikipedia为代表的网络百科全书收录了海量的概念。但在此类百科全书中,概念与概念之间、概念与学科之间以及学科与学科之间的关系缺乏明确的划分。这使得初步接触某一学科的查询者很难高效地系统性地获取该领域相关知识。[方法/过程]为获取某特定学科领域信息,更好地组织知识,本研究提出一种用于对各学科边界进行划分的方法。本研究将复杂网络分析方法引入文本主题划分领域,利用主题模型构建了主题文本网络,并在此基础上改进了重叠社区标签传播算法,实现学科领域的边界划分。[结果/结论]本研究以300个Wikipedia词条文本为样本,证明了该方法的有效性。通过多组实验,分析了词条网络的相关社团结构以及学科领域的复杂性,为构建学科构建领域知识库奠定基础。     

云当归干燥特性及动力学研究

[目的]研究云当归切片干燥特性,解决云当归的干制问题。[方法]利用干燥试验,研究不同干燥温度和切片厚度对云当归干燥速率和品质的影响,通过水分比变化拟合干燥动力学数学模型。[结果]干燥温度和切片厚度对云当归切片的干燥速率有显著影响。干燥温度越高,干燥用时越短;切片厚度越大,干燥用时越长。Page模型对云当归切片干燥过程的拟合性较好,模型预测值与试验值吻合性好,可以用来预测云当归切片的干燥过程。采用4~6 mm厚度的切片,在60~70℃热风干燥温度下,云当归干制品中阿魏酸与蒿苯内酯的含量最高。[结论]该研究结果为实现云当归的工业化生产提供技术支持。     

遗传算法在RNA二级结构预测中的应用

介绍了几类遗传算法在RNA二级结构预测中的应用,并探讨该领域进一步的研究方向。     

RNA二级结构遗传预测算法中的选择操作研究

在利用遗传算法设计RNA二级结构预测算法时,需要解决两类重要问题,即选择压力和种群多样性。选择压力有利于引导算法利用适应度标准更多地开发新个体,使得更多优秀的个体参与到迭代之中;而种群多样性是种群进化的基础。通过仿真试验对遗传算法中的选择操作进行性能分析和比较,找出适用于RNA二级结构预测的选择操作。     

苹果锈果类病毒RNA序列的生物信息学分析

[目的]为苹果锈果类病毒结构域功能的关系、复制机制、变异与进化的研究提供理论依据。[方法]应用生物信息学的方法,得到一系列苹果锈果类病毒的RNA序列,对比其核苷酸数目、碱基组成比例,并进行了多重系列对比及二级结构预测。[结果]来自不同地区的苹果锈果类病毒RNA和核苷酸数目分布在329～336bp。其中核苷酸数为330bp的种类占64.71%,其A的分布范围19.39%～20.61%,T的分布范围在18.79%～20.91%,G的分布范围在29.70%～30.61%,C的分布范围在30.00%～30.91%。用RNAstructure软件进行苹果锈果类病毒的二级结构预测,随着稳定能量级的逐渐增加,其碱基配对区逐渐减小,而茎环区却逐渐增加。[结论]RNA是生物生命活动不可或缺的重要生物大分子,其二级结构比一级结构具有更大的保守性。     

山东秋季积层混合云云物理结构个例分析

[目的]分析山东秋季一次积层混合云云物理结构。[方法]综合利用多普勒雷达资料、激光雨滴谱仪观测的雨滴谱资料、L波段探空秒数据以及其他常规资料,分析了2009年8月29日积层混合云云物理结构。[结果]这是一次典型的积层混合云降水过程,主体降水持续10 h,雨强最大为6.5 mm/h,一般雨强3.0 mm/h,雨强随时间有明显的起伏变化。雨滴浓度为5～300个,雨滴谱以双峰和多峰型为主。探空秒数据分析的云垂直结构显示,降水云以冷云为主,暖层发展不充分。多普勒雷达资料分析表明,整个降水过程可以分为4个阶段:降水前期、初始、发展成熟和减弱阶段,不同阶段的回波结构明显不同。[结论]该研究为探讨此次降水机制和人工增雨潜力奠定了理论基础。     

六倍体普通小麦中国春PBF编码基因的克隆及序列分析

[目的]探讨作为模式小麦中国春PBF转录因子编码基因的多样性。[方法]以中国春小麦品种为材料,利用基因特异引物进行PCR扩增,经过胶回收,将目标片段连接至克隆载体上,随机选择阳性质粒测序。序列拼接与比对、信号肽预测、二级结构预测、亚细胞定位及系统演化进行分析分别经由DNAMAN、Signalp、PSIPRED、Nuc_PLoc及MEGA软件进行分析比对。[结果]从六倍体普通小麦中国春基因组中克隆得到25条编码序列,根据序列相似性,将其聚成3种等位类型,亚基2个位点存在SNP,且都导致编码氨基酸残基的改变,并影响到最终编码产物的二级结构。[结论]PBF亚基编码序列在中国春小麦中极端保守,但仍然存在变异。该结果为评价小麦籽粒储藏蛋白亚基的表达效率提供了理论参考。     

PMC47-8株OmpH蛋白结构的初步预测

[目的]初步预测牦牛源多杀性巴氏杆菌C47-8株(PmC47-8)OmpH蛋白结构特点。[方法]对PmC47-8型菌株OmpH基因的测序结果进行在线BLAST比对、信号肽预测、二级结构预测及蛋白特性等方面的分析。[结果]PmC47-8株OmpH基因与已公布的81条OmpH基因相似性在84%～99%间;OmpH蛋白序列中存在信号肽,切割位点在第20号和21号氨基酸残基之间;OmpH蛋白二级结构预测中,折叠结构占49.8%,环状结构占50.2%;推测OmpH蛋白有7个O型糖基化位点,分别是位于第2、45、48、330、716、721、723号位的氨基酸残基,2个N型糖基化位点,即第15和35号位的氨基酸残基。[结论]该蛋白可能存在于细胞菌膜的外侧,而非跨膜蛋白。     

农田玉米土壤墒情远程监测云平台的设计与应用

[目的]研发农田玉米土壤墒情远程监测云平台,获取实时动态农田玉米土壤墒情信息,为玉米科学灌溉提供数据支持,以保证夏玉米高产稳产.[方法]采用GPRS网关接入互联网,433 Mhz无线电组成本地局域网的方式,在河南省永城市等市(县)的玉米田地安置土壤墒情监测点,对土壤墒情信息进行自动采集和分析.[结果]土壤墒情远程监测云平台能够实现玉米大田土壤墒情的实时动态监测、在线地图定位、历史数据查询和统计分析及短信预警等功能.自2015年以来,在河南省永城市、汝州市、西华县和原阳县等市(县)进行应用,测试结果表明,该云平台可准确地对农田玉米土壤墒情的变化规律进行长期实时定位监测;通过土壤墒情监测数据分析可知,其监测数据可以真实反映农田玉米土壤墒情实际状况.[结论]设计的土壤墒情远程监测云平台能够满足农田玉米土壤墒情科学监测需求,为玉米实现精准灌溉提供了在线数据采集与分析平台.     

一种三维雷暴云起电—放电模式的建立

[目的]研究一种三维雷暴云起电—放电模式的建立。[方法]在一种三维强对流云模式的基础上,选取几种比较成熟、有试验基础的起电机制和放电机制的参数化方案耦合到强对流云模式,使得该三维强对流模式能够模拟起电—放电过程,建立三维雷暴云起电—放电模式。[结果]通过数值模拟的方法建立了一种三维雷暴云起电—放电模式,该模式不仅可以评估不同环境下各种起电机制的相对重要性,而且描绘出雷暴云内电荷中心及电场的形成、闪电的发生位置、传播过程以及对电荷分布的影响,最重要的是可以定量描述雷暴云演变过程中动力、微物理和电过程之间复杂的相对关系。[结论]该研究为进一步研究不同类型雷暴云的闪电特征及其与动力和微物理过程的关系,以及深入探讨雷电活动的预警预报技术提供了有力基础。     

非离子表面活性剂OP-10浊点的影响因素研究

[目的]研究各类醇、有机酸、聚合物对非离子表面活性剂OP-10浊点的影响。[方法]采用目测法观察水溶液浊点的变化。[结果]OP-10水溶液的浊点随浓度的升高而降低。在较高浓度范围内,对大部分醇而言,体系浊点的变化与其浓度不呈线性关系。醇的结构对浊点影响较大,碳链短的醇使浊点升高,碳链长的醇则使浊点降低;多元醇随其羟基数目的增多将引起水溶液的浊点下降;所选择的有机酸均能提高溶液的浊点;聚合物的加入对体系浊点的影响不大。[结论]该研究为配制微乳剂提供了参考依据。