椰子SSR标记的开发

根据NCBI公布的椰子序列,挖掘SSR位点,共找到383个SSR位点,其中212个SSR位点能根据侧翼位点设计引物。采用28个SSR引物对10个椰子种质资源中进行扩增,发现10个标记具有较为丰富的多态性,同时评估了这10个椰子品种间的遗传距离,结果显示,我国与马来西亚椰子品种的平均遗传距离最大,而我国椰子品种内部的平均遗传距离最小;10个品种可被分为4类,其分组与地理来源相关。     

线辣椒种质资源遗传多样性分析

中国线辣椒(C.annuumvar.annuum)是一种特有的辣椒类型,具有丰富的种质资源,但目前对其遗传多样性的研究甚少.本研究采用RAPD和SSR分子标记,对20份辣椒种质资源(其中线辣椒13份,其他辣椒资源7份)的遗传多样性进行鉴定分析,并比较分析了形态特征.结果表明:2种标记均能有效鉴定材料间遗传多样性,其中SSR标记优于RAPD标记.RAPD标记共扩增出218条DNA片段,每个引物平均可扩增出3~10条DNA片段,多态性比率(PPB)为77.1%;材料间遗传相似系数(GS)为0.615~0.905.SSR标记共扩增出153条DNA片段,每对引物平均扩增出2~8条DNA片段,多态性比率(PPB)为82.3%;材料间遗传相似系数(GS)为0.632~0.886.相关性分析表明,RAPD和SSR标记与形态标记的相关系数分别为0.743和0.710,2种标记与形态标记的相关系数为0.658,均达到了显著水平.聚类分析结果显示,大部分具有亲缘关系的资源及形态学、生物学特征相近的资源聚在一类,说明分子标记的聚类分析结果与形态学分类结果具有较好的相符性.     

云南水稻种质资源的遗传多样性及群体结构分析

利用SSR分子标记对覆盖云南16个州(市)的908份水稻种质资源进行遗传多样性及群体结构分析。结果表明,22对SSR标记共检测到193个等位基因,每对标记的等位基因数为4～18,平均8.78;主要等位基因的频率为0.204 8～0.794 1,平均0.380 3;基因多样性指数为0.347 7～0.887 6,平均0.730 7;多态信息含量为0.320 2～0.877 7,平均0.698 6。以地理来源进行分类并分析其遗传多样性,结果表明,云南水稻种质资源在不同州(市)间的遗传差异较大,其中普洱市水稻种质资源的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性及Shannon’s指数最高,而迪庆州和楚雄州相对较低,说明普洱市水稻种质资源的遗传多样性最丰富,而迪庆州和楚雄州相对较低;遗传距离和遗传一致度分析表明,普洱市与西双版纳州水稻种质资源的遗传距离最小、遗传一致度较高,亲缘关系最近,而昆明市与楚雄州水稻种质资源的遗传距离最大、遗传一致度较低,亲缘关系最远。遗传分化分析显示,908份水稻种质资源的遗传变异主要来源于种质内个体间,且种质间的基因流为2.838 8,该值大于1,说明云南水稻种质资源间存在频繁的基因交流现象;NJ聚类分析、PCA主成分分析及Sturcture群体遗传结构分析均将供试材料分为2大类群,其中NJ聚类分析和PCA分析又在2大类群的基础上分为4个亚群,908份云南水稻种质资源并没有按照地理来源进行聚类,交错分布于各个类群中。表明云南水稻种质资源具有极其丰富的遗传多样性,且不同州(市)水稻种质资源的遗传差异较大,将为今后水稻新品种选育提供宝贵的资源材料。     

花椒cpSSR标记开发及在种间、种内的通用性分析

叶绿体基因组为母系遗传,保守性高,因此叶绿体基因组中的简单序列重复（SSR）标记可在更高分类水平上进行种质资源鉴定和群体遗传结构分析。利用TRF软件和SSR Hunter软件相结合对花椒Zanthoxylum bungeanum叶绿体基因组中的SSR位点进行筛选。结果显示:花椒叶绿体基因组中共有144个SSR位点,位点间的平均分布距离为1 100.00 bp。基于检测软件设置参数,SSR重复类型主要集中在一、三核苷酸重复,二者占SSR位点总数的91.67%。此外,随机设计合成30对SSR引物对10份花椒种质、5份竹叶花椒Zanthoxylum armatum种质和1份日本花椒Zanthoxylum piperitum种质进行PCR扩增检测,共筛选出10对多态性引物,其中单核苷酸重复位点的多态性高于多核苷酸重复位点。本研究开发的叶绿体SSR标记可有效区分花椒、竹叶花椒和日本花椒,但在花椒种内并未检测出多态性。表明花椒叶绿体基因组的SSR标记可用于花椒属Zanthoxylum不同种间的遗传多样性分析。     

晶帽石斛多态性微卫星开发及种质鉴定

为了对石斛属药用植物资源鉴定及种质的GAP生产及保护提供参考,利用筛选出的10对SSR引物对晶帽石斛进行遗传多样性及遗传结构分析。结果表明:平均每个SSR位点等位变异数为5.3个;表观杂合度(Ho)范围为0.164~0.531,期望杂合度(He)范围为0.179~0.518;利用10对SSR引物对石斛属试验材料进行跨种扩增,检测出有9对SSR引物具有种间通用性。用筛选的3对SSR引物检测集约化种植过程中的晶帽石斛组培苗的种质纯度显示,所开发的SSR标记可用于晶帽石斛的遗传多样性分析及组培苗的品种纯度鉴别。     

小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析

利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。     

利用SSR标记分析小豆种质资源的遗传多样性

 【目的】分析小豆起源国中国丰富的小豆种质资源的遗传多样性及群体结构,提高这些种质在育种中的利用效率。【方法】选用51对SSR引物对国内外145份小豆种质进行多样性评价,并分析了中国小豆种质资源间的遗传关系和遗传结构。【结果】共检测出222个等位变异,每SSR位点的等位变异数为2～13不等,平均为4.35个,其中分布频率低于5%的等位变异数占35.9%。多态性信息含量（PIC值）为0.014～0.838,平均为0.472。不同种质间遗传相似性系数为0.227～0.951,平均为0.482。比较分析发现,湖北、陕西等省小豆资源的遗传变异最丰富,且遗传背景与中国主产区小豆存在较大差异。基于NTSYS的聚类可以将145份小豆种质划分为5组,根据组内种质的地理来源,可分别命名为东北组、华北Ⅰ组、华北Ⅱ组、华东组和混合组,其中混合组主要由湖北、陕西及国外种质组成。利用STRUCTURE对小豆种质资源的遗传结构分析与NTSYS聚类结果基本一致,即种质的遗传背景与地理来源有关。【结论】中国小豆种质资源遗传变异丰富,不同地理来源小豆间存在遗传分化,可以作为小豆生态区划的重要参考依据。     

贵州玉米种质资源遗传多样性及核心种质库构建

利用覆盖玉米基因组的18对SSR引物,对270份贵州玉米地方种质资源及六大种质类群代表系进行多样性评价。结果显示:18对引物供检测102个等位基因,平均等位基因数5.7,变幅在2~10,平均多样性指数为0.53。根据SSR分子标记遗传相似系数矩阵,经中心化变换后,按类平均法(UPMGA)聚类分析,分为6大类,其中第Ⅱ大类和第Ⅳ大类又分为2个亚群,与贵州玉米地方种质资源的地理来源和系谱一致,六大种质类群代表系各自单独成类。根据聚类分析结果,以20%抽样比例,最大遗传距离方法构建的核心种质库能最大限度保存原种质库的遗传多样性。     

新引进柱花草资源的SSR 遗传多样性分析

为鉴定新引进柱花草种质的遗传背景和亲缘关系,提高柱花草种质的利用效率,利用23个SSR标记对新引进的31份柱花草种质和4个柱花草栽培品种进行了遗传多样性分析。结果表明:23个SSR标记在35份柱花草种质间均具有多态性,共检测到等位基因134个,每个标记可检测到3~11个等位基因,平均为5.83个;每个SSR标记的多态性信息含量在0.515~0.845之间,平均为0.703。聚类分析和主成分分析结果表明,35份供试柱花草种质可分为5类,其中Ⅲ类和V类与4个柱花草栽培品种的遗传关系较远。     

SSR分子标记分析彩色马铃薯品种间的遗传关系

利用SSR分子标记对来源不同的30份彩色马铃薯种质材料进行遗传多样性研究.结果表明,41个SSR引物扩增30个供试品种得到152条带,其中128个为多态性带,平均每个引物扩增3.12个多态性条带,其中包括一些品种特异性的SSR位点.UPGMA法进行聚类分析,在简单遗传相似系数SM=0.65处可将供试材料分成两大类群:类群Ⅰ为来自北美和欧洲的彩色马铃薯品种,在SM=0.72处可分为紫色马铃薯亚群,红色马铃薯亚群和白色马铃薯亚群;类群Ⅱ主要是不同来源的彩色马铃薯种质资源,包括二倍体原始栽培种,二倍体野生种和四倍体栽培种安弟斯亚种资源.聚类遗传关系表明类群Ⅰ和类群Ⅱ遗传关系较远,性状差异较大,可以作为极好的遗传资源进行杂交育种,扩展和丰富彩色马铃薯种质遗传背景     

25份普通烟草种质资源遗传多样性的SSR标记分析

利用14对多态明显、条带清晰的烟草SSR引物,对25份烟草种质资源进行亲缘关系与遗传多样性分析.在14个SSR位点上,共检测到97个等位基因,平均每对引物等位基因数为6.9个.引物的多态信息量(PIC)值为0.53-0.815,鉴别能力良好.25份烟草种质间的遗传相似系数(GS)为0.701-0.959,平均值为0.787.聚类分析表明,25份普通烟草种质间的遗传差异与其品种特性、调制类型、地理来源的差异没有必然联系,但能较好地反映烟草种质间亲缘关系的远近.     

基于反转录转座子及简单重复序列标记的裸大麦遗传多样性研究

为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。     

柿属植物种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】用SSR标记分析柿属植物种质资源的遗传多样性,为其有效利用提供依据。【方法】以7个柿种或变种的48份材料为研究对象,利用30对SSR标记对其进行遗传多样性分析。采用NTSYS-pc2.10e分析软件对SSR数据进行聚类分析。【结果】共检测到83个等位基因,每对SSR引物检测到3～6个等位基因变异,平均为4.9个。供试柿品种间的遗传相似系数介于0.397～1.000,平均为0.698,范围较大,说明柿资源种类较多、来源较广泛、遗传多样性较丰富。48份柿材料在相似系数为0.66水平上分为4大类,第Ⅰ类包括浙江柿和5个美洲柿及1个柿品种;第Ⅱ类只有2个资源,即油柿和野柿;第Ⅲ类为柿种下的大部分柿品种(27个);第Ⅳ类包括2个有核君迁子、3个无核君迁子、2个野柿、3个金枣柿及2个柿种下的品种;不同种类的柿种质资源基本分别聚在一起。同一种类下的不同类型也能区分开来。【结论】SSR标记是研究柿种质资源遗传多样性的有效手段。     

山东省不同年代栽培大豆SSR标记遗传多样性分析

从分子水平探讨山东省大豆种质资源遗传多样性,为山东大豆今后的大豆育种和遗传改良奠定基础;对山东省36份不同年代材料进行SSR标记,计算遗传相似系数,并对供试品种进行UPGMA聚类分析;20对SSR引物共扩增出138个等位变异,平均每对引物扩增出6．9个等位变异。遗传相似系数的变化范围为0．66-0．97,总体平均值为0．78;相似系数大,品种间遗传差异较小。利用SSR标记的数据结果,对供试品种进行聚类分析,东解1号单独聚为一类,其他品种聚成2个类群,聚类结果表明其多样性与地理来源及系谱关系相关联,但从年代上并没有很好的划分。对山东大豆的多样性分析也有必要采取多种方法对其进行综合有效的鉴定。     

芥菜种质资源分子聚类分析

为了明确宁波市农业科学研究院芥菜种质资源的遗传多样性,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)和简单重复序列(SSR)分子标记对41份芥菜种质进行聚类分析。8个RAPD和10个SSR差异引物在供试材料中共扩增出30个多态性位点,两种标记的多态性比例分别为3.04%和3.90%。聚类分析将供试材料分为9种类型,材料间遗传相似系数为0.31～1.00,同类型之间差异小,不同类型之间差异大。育种时应尽量选择不同类型、遗传相似度低的芥菜相互配组,提高育种效率。     

油料树种千年桐的SSR标记开发、遗传多样性与群体结构分析

  目的  千年桐是大戟科油桐属的一种重要的工业油料树种，较同属的油桐具有更强的抗枯萎病能力，近年来受到了广泛关注。然而，因千年桐栽培历史短及种质管理的不足，目前对其分子遗传方面的研究还非常有限。本研究旨在开发千年桐的基因组SSR标记，进而开展其种质的鉴定、遗传多样性与群体结构分析。  方法  采用RAD测序技术获得千年桐简化基因组以开发SSR标记，基于SSR标记利用分子变异分析（AMOVA）、非加权组平均法（UPGMA）聚类、主坐标（PCoA）与群体结构分析等方法对来自3个不同地理分布的共105份千年桐种质资源进行研究。  结果  17个多态性的三核苷酸基因组SSR标记被开发，并能够很好地鉴别所有收集的105份千年桐种质。在其中62份种质中检测到85个私有等位基因，涉及15个SSR位点。AMOVA分析发现，千年桐群体间呈现出中等程度的遗传分化，但群体内的遗传变异远高于群体间的遗传变异。群体结构分析显示，3个来自不同地理分布的千年桐群体中存在4个不同的基因库，群体间既有进化独立性，又有较高程度的遗传混合，这一结果与UPGMA和PCoA分析的结果基本一致。  结论  新开发的17个SSR标记有效鉴定了105份千年桐种质，揭示了其遗传多样性和群体遗传结构，对千年桐种质保存和育种计划具有非常重要的参考价值。      

基于SSR标记的我国咖啡种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建

为分析我国咖啡种质遗传背景,提高咖啡资源保护与利用效率,利用31个SSR分子标记对我国主要的92份咖啡种质进行遗传多样性检测。结果表明, 92份咖啡种质遗传相似系数变幅为0.666～0.997,平均为0.85,其中小粒种咖啡种内平均遗传相似系数为0.923。在遗传多样性分析基础上,利用5个SSR标记构建了25个中粒种咖啡品系的DNA指纹图谱。研究表明,我国咖啡种质资源遗传基础非常狭窄,利用现有咖啡资源开展品种选育潜力有限,应加强对野生特异种质的引种与发掘利用。     

宁夏外引水稻种质资源与选育品种遗传多样性分析

【目的】本文探讨了宁夏近几年引进筛选的水稻种质资源及当地选育品种的遗传多样性和遗传相似性,为拓展宁夏水稻遗传基础,丰富水稻遗传多样性提供参考依据。【方法】利用分布于12条染色体上的24对SSR引物对宁夏引进筛选的水稻种质资源和当地自育品种(系)进行了遗传多样性和遗传相似性分析。【结果】参试170份材料中,共检测到112条等位基因,平均每条SSR标记有4.67条等位基因,Nei's基因多样性指数为0.6079,变幅为0.2271~0.7986。将材料按地理来源划分,探讨其亲缘关系,不同地理来源品种间的相似系数介于0.4053~0.8620,平均系数为0.7109。其中东北地区和日本的品种相似系数最大为0.8620,而江苏和南方(以云南为主)的品种间相似系数最小为0.4053。本次所引进的材料与宁夏本区的材料遗传相似系数均较大,尤其东北3省的最大,达到0.8344。【结论】大多数引进资源与宁夏水稻品种的亲缘关系较近,说明宁夏种质资源的遗传多样性虽然有所增加,但遗传基础较为狭窄。在今后水稻种质资源创制利用中,要充分利用引进资源的遗传差异,加大亲本遗传距离,以丰富育成品种的遗传基础。     

基于谷子测序开发的SSR标记多态性检测

利用谷子和狗尾草属其它种的24个材料,对474对基于谷子基因组测序结果设计的SSR引物进行了多态性鉴定。结果显示,有96对引物在各材料之间表现出了丰富的多态性,多态性率20.25%。本研究结果所筛选的谷子SSR标记丰富了狗尾草属遗传进行分析、种质资源研究、遗传图谱构建、目的基因定位及分子标记辅助选择可利用SSR标记的数量,同时也为谷子SSR标记核心数据库的建立奠定了基础。     

利用不同分子标记分析烟草种质资源多态性

[目的]研究烟草种质资源的遗传多样性及亲缘关系。[方法]利用SSR、EST-SSR和In Del这3种分子标记对53份不同类型的烟草材料进行区别与鉴定。[结果]53份烟草材料可分为2大类群,2个亚类;与EST-SSR和SSR分子标记相比,In Del分子标记以其扩增谱带少、特异性强,易于识别和统计,更适合用于烟草种质资源遗传多样性分析与研究。[结论]该研究能够较好地揭示烟草栽培品种类型间的遗传多样性与亲缘关系,可为烟草种质鉴定和遗传连锁图谱构建提供科学依据。