山东晚熟桃的SCoT遗传多样性分析

SCoT分子标记具有简单易操作、成本低、灵敏度高、多态性好的特点,已经广泛应用于植物遗传多样性分析。本研究利用14条SCoT引物对11个桃品种(系)进行遗传多样性分析,共扩增出170条清晰的条带,其中多态性条带为118条,多态性比率69.41%。11份桃材料之间的遗传相似系数范围在0.37～0.89,平均值是0.69。聚类分析和主坐标分析结果表明,11份桃材料在遗传相似系数为0.72处可将所有材料分为3个类群;这三个类群与果实成熟期具有一定的相关性。SCoT分子标记可揭示桃品种资源的遗传多样性,为桃品种资源的鉴定和分类提供科学依据。     

基于SRAP和SCoT标记分析不同甜樱桃品种遗传多样性

【目的】探究40个甜樱桃（Prunus avium L.）品种的遗传多样性及SRAP和SCoT标记在甜樱桃上的应用。【方法】利用SRAP和SCoT分子标记进行遗传多样性分析。【结果】筛选出6对条带清晰、多态性好的SRAP引物和7条SCoT引物，在40个甜樱桃品种中分别扩增出多态性条带67和69条，多态性百分率分别为90.54%和93.24%。SRAP标记和SCoT标记的UPGMA聚类分析表明，40个甜樱桃品种的遗传相似系数分别在0.67～0.95和0.72～0.93，说明甜樱桃的遗传背景相对较窄。SRAP标记在相似系数0.79左右可以将40份甜樱桃分为6组，SCoT标记在相似系数在0.77左右可以将40份甜樱桃分为6组。两种分子标记中，来自不同地区的甜樱桃品种没有明显聚类，说明各个地区甜樱桃品种基因交流频繁，另外大部分黄色系甜樱桃品种聚为一类。【结论】2种分子标记均可应用于分析甜樱桃遗传多样性且能够区分不同果皮颜色甜樱桃，可以作为后期种质资源利用和新品种选育的技术手段。     

SSR和SCoT标记在美洲黑杨×青杨派杂种无性系遗传差异性分析上的比较

【目的】比较SSR和SCoT分子标记在美洲黑杨×青杨派杂种无性系遗传差异性分析上的应用性。【方法】利用SSR和SCoT标记,对9个美洲黑杨×青杨派杂种无性系及3个亲本的遗传差异性进行分析。【结果】筛选出的12对SSR引物对供试杨树材料共扩增出94条清晰条带,其中多态性条带85条,多态性比率达到90%,标记指数为3.19;筛选出的14条SCoT引物对供试杨树材料共扩增出清晰条带127条,其中多态性条带95条,多态性比率达到75%,标记指数为2.72。聚类分析表明,SSR和SCoT分子标记得出12个无性系的遗传相似系数分别为0.44~0.80和0.40~0.87,平均遗传相似系数分别为0.62和0.64;在相似系数平均值处,SSR和SCoT分子标记将12个杨树材料分别分为3大类和5大类。Mantel检测显示,2种分子标记在12个无性系间的遗传相似性显著相关(r=0.501 3,P=0.003)。【结论】这2种分子标记均适合美洲黑杨×青杨派杂种无性系鉴定和遗传多样性研究,但SSR标记的多态性比率和标记效率均高于SCoT标记。     

基于SCoT标记的木奶果种质资源遗传多样性分析

利用SCoT标记对37份不同来源的木奶果种质资源进行遗传多样性分析。从75条引物中筛选出9条重复性好、条带清晰的引物用于PCR扩增,共扩增出109条条带,其中多态性条带94条,多态性比率为86.24%;供试材料相似系数介于0.58～0.92之间,9条引物平均多态性信息含量为0.8728,说明供试样品具有较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,SCoT标记能将37份木奶果资源完全区分开,并在相似系数0.69和0.70处将供试材料分成A、B、C 3个大组,C组在相似系数0.72处可进一步分为C1和C2两个亚组。     

枸杞品种SRAP分析

应用相关序列扩增多态性(SRAP)标记,对15个枸杞品种进行了遗传多样性分析。从36对引物组合中筛选8对引物组合用于PCR扩增,共获得39条谱带,多态性条带为37条,平均多态性百分率为94.8%,每对引物组合扩增出条带数3~9条不等,平均每对引物组合得到4.8条。15份材料之间遗传相似系数范围介于0.13~1.00之间,说明供试枸杞品种间存在丰富的遗传多样性。     

福建省农科院甘蔗自育品种(系)遗传多样性分析

对福建省农业科学院亚热带农业研究所自育品种(系)和常规对照种进行SCoT分析,探讨甘蔗品种间的亲缘关系。结果显示:15条SCoT引物对23份供试材料扩增总共得到122个可分辨的清晰条带,平均每条引物产生8.1个条带,其中多态性条带69条,多态性比率为56.56%;聚类分析后发现23份甘蔗品种存在较小的遗传差异,相似系数为0.77~0.98,说明育种亲本来源相近,重复利用多,遗传多样性不丰富。     

36份菠萝种质的遗传多样性SCoT分析

利用SCoT标记研究了36份菠萝种质资源的遗传多样性。从86条引物中筛选出18条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出209条带,其中135条具有多态性,多态性带比率为64.99%。经NTSYS软件分析,36份菠萝种质间遗传相似系数在0.63～0.93之间,说明SCoT标记能够揭示菠萝种质间较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,SCoT标记能将36份菠萝种质完全区分开,并分成五类。     

枸杞种质资源遗传多样性的iPBS分析

采用引物结合位点扩增(iPBS)分子标记技术对34份枸杞种质资源进行遗传多样性分析.从83条iPBS引物中筛选出11条引物分别对34份枸杞种质基因组DNA进行扩增,共检测到91条清晰谱带,其中,多态性条带89条,多态性比率为97.8%,平均多态信息含量为0.46.采用POPGENE软件计算34份种质的平均有效等位基因数为1.570,平均Nei's基因多样性指数为0.327,平均Shannon信息指数为0.489,表明34份种质具有丰富的遗传多样性.采用NTSYS-pc软件计算得到34份种质间的遗传相似系数为0.56~0.93,非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,遗传相似系数为0.65时,可将34份种质分成5大类群,反映出栽培品种与野生种质遗传差异大,亲缘关系较远.iPBS分子标记可有效用于枸杞种质资源遗传多样性分析.     

黄精种质资源遗传多样性研究

为揭示中药材黄精种质资源的遗传多样性及种源间亲缘关系,建立了目标起始密码子多态性分子标记（SCoT）方法,采用非加权平均距离法（UPGMA）和主坐标分析（PCoA）等方法对19份不同种源的黄精Polygonatum材料进行分析。从待选的29个引物中筛选出15个SCoT引物用于扩增基因组DNA,总共得到500个条带,平均每个引物产生33.3个条带,其中多态性条带498个,多态性比率为99.6%,19个黄精种质间的遗传相似系数范围为0.554 0~0.734 0。结果表明:不同种源的黄精种质有较丰富的遗传多样性,SCoT分子标记可以为黄精的分类及鉴别提供一定的依据,为中药黄精优良品种的培育及资源可持续利用提供研究基础。图3表3参20     

信阳地区水稻资源的遗传多样性分析

以信阳稻区水稻育种的主要亲本为试验材料,利用RAPD分子标记技术对其遗传多样性进行分析。结果表明,筛选出的17条多态性引物在43份水稻材料中共有126个位点条带,其中多态性条带有118条,其多态性比率为93.6%;每个引物可扩增出3~8条多态性条带,平均产生多态性条带5.5条。43个品种(品系)间遗传相似系数变化范围为0.402~0.937。基于RAPD标记,利用NTSYS.pc2.11构建了聚类树状图谱,遗传距离为0.68,将43份水稻资源聚成4大类群。该研究为信阳水稻种质资源的鉴定及水稻新品种的选育等方面提供重要依据。     

木奶果种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

【目的】对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考。【方法】选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带清晰、重复性好和多态性丰富的引物,对63份供试种质进行多态性扩增,利用Popgene 1....     

云南特有茶组植物遗传多样性的ISSR研究*

 以云南茶组植物为材料,利用ISSR技术对云南茶组植物进行了遗传多样性分析。从所筛选出的12个引物对25份供试材料进行ISSR扩增反应后,共产生141条谱带,其中多态性谱带为139条,其多态条带比率(PPB)高达98.5%,表明25份材料具有丰富的多态性。并根据遗传距离利用UPGMA构建了云南茶组植物亲缘关系树状聚类图。25个材料可分为6个类群(取值水平GD=0.378 ),20个茶组植物分为2个类群。从DNA分子水平探讨了云南茶组植物的遗传多样性,突出了种间的遗传差异,种间的遗传距离为0.151~0.580,表明25份材料间遗传基础较宽。PCA分析与聚类分析结果基本一致。结果显示,ISSR作为一种信息量高、重演性好的分子标记,应用于茶树品种鉴别和亲缘关系分析是非常有效的。     

Assessment of genetic diversity among Chinese upland cottons with Fusarium and/or Verticillium wilts resistance by AFLP and SSR markers

Genetic diversity among 95 Chinese upland cottons with Fusarium and/or Verticillium wilts resistance was estimated using Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) and Simple Sequence Repeat (SSR) markers. Twenty EcoRI-MseI AFLP and 19 SSR primers with polymorphism were selected to perform the fingerprinting. The results showed that 20 AFLP primer pairs produced a total of 1 480 major bands among 95 genotypes, and 214 were polymorphic bands. The number of total bands per primer pair ranged from 47 to 109, with an average of 74.0. The polymorphism information content (PIC) values for the 20 primer pairs varied from 0.01 (E-ACT/M-CAT) to 0.24 (E-ACA/M-CTA), and the average value was 0.09. Nineteen SSR primers generated 89 DNA bands, of which 61 were polymorphic. The total number of alleles per locus varied from 3 to 8, with an average of 4.7. The average PIC value for the SSR amplification products was 0.69. Genetic similarity estimates for the entire data set ranged from 0.978 to 0.998 based on AFLP and SSR bands. It was proved that the close genetic relationship and narrow genetic diversity existed in the tested cultivars. The clustering patterns could not be correlated to the geographic origin, the pedigree and common parentage of the cultivars.     

基于SCoT标记的朱顶红品种遗传多样性分析

  目的  进一步从分子水平分析朱顶红Hippeastrum rutilum品种间的遗传多样性、亲缘关系和亲本鉴定。  方法  利用正交试验设计方法筛选朱顶红目标起始密码子多态性分子标记(SCoT)体系,并以41份朱顶红品种为材料对遗传多样性和亲缘关系进行分析。  结果  ①朱顶红SCoT标记最佳反应体系(20 μL):包括DNA 40 ng,引物 0.1 μmol·L?1;MgCl₂ 2.0 mmol·L?1,dNTPs 0.4 mmol·L?1和rTaq DNA聚合酶0.75 U (1 U=16.67 nkat)。② 12条SCoT引物从41份朱顶红品种获得77条多态性条带,平均多态性比率高达86.52%。朱顶红品种间遗传相似系数为0.292 3~0.834 3,表明41份朱顶红品种间遗传多样性较高,遗传范围广。③非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类表明:朱顶红SCoT标记聚类与花色的相关性较大,但与瓣型相关性不大。在遗传相似系数0.420 0处将41份朱顶红品种分为两大类:第Ⅰ大类既有重瓣品种又有单瓣品种,第Ⅰ大类又分为4个小类,其中相似花色的聚为一类,Ⅰd小类中单瓣、白色的‘绣球’‘Hydrangea’(20号)和红色的‘奇迹’‘Miracle’(22号)可能是重瓣、橙红和白色组成的复色花(21号‘迎春’‘Yingchun’)的亲本;第Ⅱ大类品种多为复色花。  结论  SCoT标记技术可有效地应用于朱顶红品种间遗传多样性分析和可能亲本的鉴定。图6表4参21     

12份蕨类材料亲缘关系的SSR分析

利用SSR分子标记技术对12份蕨类材料进行亲缘关系分析。结果表明,从180对引物中筛选出15对多态性高、重复性好的引物,对12份蕨类材料基因组DNA进行扩增,共扩增出117条带,其中多态性带98条,平均每对引物产生6．53条多态性带,多态性比例为83．76％。通过NTSYS—pc2．10e软件计算不同蕨类材料之间的遗传相似系数,并进行聚类分析。遗传分析表明,12份材料间的遗传相似系数为0．351～0．857,且聚类分析表明,遗传相似系数在0．61—0．63可将供试材料分为3个类群。应用SSR分子标记技术能较准确地分析蕨类不同材料之间的亲缘关系及遗传多样性。     

24个荸荠品种遗传多样性RAPD分析

[目的]从分子水平上了解不同地区荸荠地方品种的亲缘关系及遗传多样性,为荸荠品种资源研究和选育提供理论依据.[方法]利用RAPD分子标记技术,对24个不同地区荸荠地方品种进行遗传多样性及聚类分析.[结果]从100条RAPD引物筛选出条带清晰、多态性理想的引物15条,共扩增出83条清晰带,其中多态性带为61条,多态性比例为73.5%.24个荸荠地方品种间的遗传距离为0.0976~0.6757,平均为0 3048;UPGMA聚类分析可将24份荸荠品种分为5组,其中第4组又可分为两个亚组,野生荸荠单独归为一亚组.[结论]24份荸荠品种的遗传基础相对较狭窄,亲缘关系较近,但部分不同地区栽培品种之间仍存在一定的遗传差异性.     

12个北美冬青品种的ISSR亲缘关系分析

北美冬青Ilex verticillata作为切枝观赏和景观美化植物在中国花卉市场受到越来越多的关注。为给北美冬青新品种选育提供保障,采用简单重复序列间扩增多态性（ISSR）分子标记分析了北美冬青品种间的亲缘关系,从12个ISSR引物中筛选出4个多态性引物;对12个北美冬青品种进行了扩增,共获得63个条带,其中多态性条带占90.48%,所选引物的多态性较高,可用于鉴定北美冬青品种间的相对亲缘关系;12个北美冬青品种间的遗传相似系数为0.54~0.87,亲缘关系相对较近;品种间的遗传相似系数聚类结果表明,各品种间存在不同程度的亲缘关系,其中I. verticillata ‘Jim Dandy’和I. verticillata ‘Cacapon’间亲缘关系最近。研究结果为北美冬青品种的选育奠定了理论和实践基础。