高通量测序分析蚕豆种子内生细菌的多样性

为了分析蚕豆种子内生细菌的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,从日本大白皮（S18P23.1、 S18P23.2）和启豆2号（S18P24.1、S18P24.2）的种子获得16S RNA V3～V4区有效序列133 855条。将高于97％相似度的序列划分为一个操作分类单元（operational taxonomic unit, OTU）,优化后得到1 598个OTUs。内生细菌种群分析结果表明,拟杆菌门（Bacteroidetes,丰度为30%～33%）、变形菌门（Proteobacteria, 23%～25%）、厚壁菌门（Firmicutes, 23%～25%）和放线菌门（Actinobacteria, 5%～7%）为两个蚕豆品种共有的优势菌门,但属水平的优势菌群在供试蚕豆种子中均有差异。这些结果表明,蚕豆种子具有丰富的内生细菌资源,含有多种具有益功能性状的细菌类群,值得进一步跟踪研究这些益生菌在蚕豆种植到土壤后的变化规律;启豆2号种子中益生菌的种类和丰度高于日本大白皮,值得进一步分离和研究这些益生菌的益生或促生特性,筛选获得在食品和生物肥料等领域有应用潜力的菌株。     

基于GSS高通量测序技术的怀山药根、茎中内生真菌群落多样性分析

采用GSS高通量测序技术分别测定怀山药根和茎中内生真菌的内转录间隔区ITS序列,将真菌归类到种或亚种水平。用Qiime和Mothur等软件分析样品的序列数目和操作单元数量,进而分析物种的丰度和Alpha多样性。本试验从怀山药根和茎分别获得的有效序列数为64 774条和273 930条;根、茎OTU数分别为268、308。其中根部内生真菌含5门,14纲,36目,65科,92属,109种;茎部内生真菌包含4门,14纲,38目,66科,95属,112种。结果表明,怀山药根、茎中内生真菌非常丰富,且茎中内生真菌多样性程度略高于根。根的优势菌群为葡萄孢盘菌属(Botryotinia),茎的优势菌群为链格孢属(Alternaria)。     

野生山药与栽培品种内生真菌多样性研究

从野生山药(Dioscorea opposita Thunb.)的地下茎、茎、叶组织中共分离获得内生真菌48株,鉴定出 46株,分别属于12属、7科、5目、2纲,另外两株因不产孢未被鉴定.在鉴定的12属内生真菌中,以青霉属(Penicillium)为优势属,其次是顶枝孢属(Acremonium)和枝孢霉属(Dacylium);从栽培品种瑞昌山药(Dioscorea spp.)中分离获得内生真菌10株,分别属于4属、4科、3目、2纲.在鉴定的4属内生真菌中,头孢霉属(Cephalosporium)4株,拟茎点霉属(Phomopsis)3株,青霉属(Penicillium)2株,酵母菌属(Saccharomyces)l株.结果显示,野生山药(Dioscorea opposita Thunb.)内生真菌物种多样性明显高于栽培品种瑞昌山药.     

6个不同品种荔枝果肉内生细菌群落多样性的高通量测序分析

【目的】内生菌在植物生长发育中发挥重要作用,分析不同品种荔枝果肉内生细菌群落结构及多样性,挖掘和利用潜在荔枝内生菌种资源,为进一步研究荔枝与内生菌互作关系提供参考依据。【方法】以6个不同品种荔枝的果肉组织为材料,PCR扩增16S rDNA的V3～V4区,利用MiSeq高通量测序技术分析果肉组织内生细菌在门、科、属和种分类水平上的群落组成及优势菌群,结合Alpha多样性分析评估内生细菌群落多样性。【结果】对6个品种荔枝果肉内生细菌16S rDNA的V3～V4区进行扩增,共获得2 139 086条序列,其平均长度为376 bp。不同品种荔枝果肉内生细菌群落在相对丰度和多样性上无显著差异。在门分类水平,变形菌门为主要优势细菌门类,其次为放线菌门。在科、属和种分类水平上,不同品种荔枝内生菌群落结构相似,但相对丰度占比不同。差异菌群分析结果显示,假单胞菌属（Pseudomonas）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、苍白杆菌属（Ochrobactrum）和迪基氏菌属（Dickeya)在优良品种‘鹅蛋荔’‘糯米糍’和‘观音绿’中显著富集,根瘤菌属（Bradyrhizobium）和变形菌属（Snodgrassella）只在‘鹅蛋荔’中富集。根据菌群相对丰度进行聚类分析,‘观音绿’‘糯米糍’和‘鹅蛋荔’的相似性更高。Alpha多样性分析结果表明,6种荔枝果肉内生菌群仅在丰度和多样性上存在差异,但未达到显著水平。【结论】该研究首次分析了6个不同品种荔枝果肉内生细菌的群落结构,并在优良荔枝品种中发现特有的微生物类群富集现象,可为后续提升荔枝品质、开发利用内生菌提供理论依据和重要参考。     

基于16SrRNA测序的不同青稞种子内生细菌多样性分析

本文旨在研究不同青稞种子内生细菌的多样性.采用组织分离法,对50种青稞种子进行内生细菌的分离,通过16S rRNA测序进行多样性分析,结果表明:分离获得了90株内生细菌,有10个优势种,其中4种细菌在50种青稞种子中出现的频率在50％以上,依次为:炭疽杆菌(B.anthracis)、暹罗芽孢杆菌(B.siamensis...     

基于高通量测序研究龟鳖养殖水体细菌多样性

为研究龟鳖养殖水体中微生物资源特征并获取其菌种资源,采用Illumina-MiSeq高通量测序技术对外塘和温室养殖水体及生化流程处理后的尾水进行细菌多样性分析.结果显示,3组样品在门水平上优势菌为变形菌门和拟杆菌门,平均占比分别为55.89％ 和14.37％.在属水平上,细菌主要为不动杆菌属,尚未分类的小梨形菌科和红杆菌科.3组水样中均有大量序列不能被归入已知的属,推测其中可能有尚未发现的潜在新种.温室和外塘2种不同养殖模式下,水体理化因子及细菌群落结构组成均存在很大差异.传统微生物分离方法筛选了52株细菌,归属于14种不同的细菌属,其中大部分可作为水产益生菌使用.该研究结果为龟鳖养殖水体的微生态人工调控提供了理论依据.     

木薯不同组织内生细菌多样性的比较分析

为研究木薯（Manihot esculenta）内生细菌多样性,挖掘木薯内生细菌资源,采用16S rDNA测序技术对‘SC8’和‘SC9’2个木薯品种的块根、茎和叶等不同组织进行了Alpha和Beta多样性分析,分析细菌群落结构组成并对比Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行内生细菌菌群基因功能预测。结果显示,从‘SC8’木薯样品中共聚类得到19,087个细菌OTUs(operational taxonomic units)隶属于48个门、126个纲、438个科和805个属;‘SC9’聚类到20,148个细菌OTUs隶属于46个门、130个纲、390个科和863个属。两品种各组织共有内生菌属171个,占属种类的78.44%,‘SC9’特有菌群118个,‘SC8’为100个,茎（韧皮部）内生菌多样性最为丰富。2品种内生细菌的优势菌群有变形菌门、蓝细菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和酸杆菌门。木薯内生细菌功能中涉及多种萜类、酮类、氨基酸及维生素等次级代谢产物的生物合成。研究结果表明,木薯植物体样品中均含有丰富的内生细菌种类,且...     

油菜内生细菌种群多样性分析

植物内生细菌(Endophytic bacteria)指定殖在植物组织内部但不引起明显病害症状的细菌。内生细菌对其宿主具有许多生物学作用,如促进植物生长,帮助植物抵抗病虫害侵袭等,因而植物内生细菌概念提出的时间虽然较短,但已引起了多学科科学家们的广泛关注。本研究对油菜不同组织器官中的内生细菌进行了系统分离并初步归类,利用16S rD-NA序列系统发育分析对分离获得的内生分离物进行了鉴定。从健康油菜的根、茎、叶、柄部位共分离获得122株内生细菌,其中根部分离到29株,叶部25株,叶柄24株,茎部44株。根据菌落大小、形态、颜色、突起特征、边缘特…     

怀菊不同部位内生细菌多样性分析

为探究怀菊不同部位内生细菌群落多样性及分布情况,本文应用Illumina Miseq高通量测序技术,分析怀菊茎、叶、花内生细菌高通量测序质控后有效序列数目有差异,分别聚成54、54和51个OTUs.菊花不同部位多样性指数中的Shannon指数花>茎>叶、Simpson指数叶>茎>花,Streptophyta属为内生细菌...     

3种杀菌剂对小白菜内生细菌多样性的影响

应用末端标记限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术,分析比较了3种杀菌剂代森锌、恶霉灵、农用链霉素分别对小白菜喷雾处理后,其根、茎、叶内生细菌多样性的变化。结果表明:小白菜根部内生细菌较丰富,茎部较少;杀菌剂处理后叶片内细生菌多样性变化最复杂,先刺激后抑制内生细菌多样性;恶霉灵对小白菜茎的影响最大,其内生细菌多样性明显增加,根部内生细菌多样性有所增加,叶部内生细菌多样性先增加后降低;农用链霉素处理后可使小白菜根、茎内内生细菌多样性明显降低,叶片处理后内生细菌多样性先增加后降低,之后趋于平缓;代森锌对小白菜根、茎内生细菌也有抑制作用,对叶片内内生细菌多样性有先增加后降低作用;根、茎、叶内的优势种群主要为Clostridium(梭菌属)、Fusobacterium(梭菌属)、Halobacillus(喜盐芽孢杆菌)、Lactobacillus(乳杆菌属)、Nostoc(念珠蓝细菌属)、Sphingomonas(鞘氨醇单胞菌属)、Synechocystis(集胞蓝细菌属)。处理后14 d各处理与对照差异不明显,种群结构趋于稳定。     

烟草内生细菌多样性研究

为了揭示烟草内生细菌多样性,选择K326、云85 和红花大金元3 个烤烟品种进行内生细菌的 分离和16S rDNA 序列分析鉴定,获得不同品种烟草内生细菌的多样性特征。结果显示,27 株内生细菌分 别属于枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis（33%）、蕈状芽孢杆菌Bacillus mycoides（4%）、芽孢杆菌属Bacillus sp.（11%）、肠杆菌属Enterobacter sp.（4%）、寡养单胞菌Stenotrophomonas sp.（4%）、热带根瘤菌Rhizobium tropici（4%）、假单胞菌属Pseudomonas sp.（4%）、土地芽孢杆菌属Terribacillus sp.（4%）,芽孢杆菌属 Bacillus sp. 为优势细菌类群。3 个品种的 Shannon index（H′）以K326 最高、为2.02,其次是云85、为1.48,红 花大金元最低、为1.3。     

高通量技术分析‘砂蜜豆’甜樱桃不同组织内生细菌多样性

为探明甜樱桃内生细菌种群结构及多样性,以‘砂蜜豆’甜樱桃根、主干树皮和枝条3个组织的内生细菌为研究对象,对其16S rRNA V3～V4区进行高通量测序。结果表明,‘砂蜜豆’甜樱桃不同组织内生细菌群落多样性及功能存在较大差异。不同组织中共获得有效序列9 665 813条,聚类为1 386个OTU(operational taxonomic units),隶属于20个门、43个纲、79个目、162个科和346个属。在门水平,变形菌门（Proteobacteria）在各组织中的丰度均最高,是最优势菌门。在属水平,根部内生细菌的优势菌属为链霉菌属（Streptomyces）、类固醇杆菌属（Steroidobacter）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）;枝条内生细菌中鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas）的相对丰度较高;主干树皮内生细菌的优势菌属为拟杆菌属（Bacteroides）。PICRUSt (phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states)基因预测表明,内生细菌...     

天府花生内生细菌种群多样性研究

通过对四川省重点推广的4个花生品种——天府11号、12号、13号和岳易各生育期、各部位内生细菌种群动态的系统研究,分离出内生细菌170株,其中放线菌15株;鉴定结果表明,天府系列花生内生细菌共16个属,其中芽孢杆菌属11个种,为花生内生细菌的优势种群。对链霉菌属放线菌进行了抗菌性检测,其中13株对枯草芽孢杆菌有拮抗作用,淡紫灰类群菌株11-02和13-10的抑菌效果最为显著。     

白芨内生细菌组成及多样性分析

[目的]调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据.[方法]应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种丰度及分布的差异.[结果]获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和.白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属(Sph ingomonas,3226%)、地杆菌属(Pecobacter,16.13%)、盐单胞菌属(Halomonas,16.13%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,12.90%)、Kaistobactc届(6.45%)、希瓦氏菌属(Shcwanclla,6.45%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.45%)和短波单胞菌属(Brevundimonas,3.23%)8个属.[结论]鞘脂单胞菌属、地杆菌属、盐单胞菌属和土壤杆菌属是白芨内生细菌的优势种群.Illumina MiSeq高通量测序技术能准确反映植物内生微生物的种类组成和真实比例,在植物内生微生物研究中具有明显的优势和可行性.     

基于高通量测序技术的玉米不同生育时期土壤细菌多样性变化

为探明玉米关键生育时期土壤细菌多样性的动态变化,基于Illumina Hi Seq 2500高通量测序技术测定细菌16S r RNA V3+V4区序列,分析玉米4个关键生育时期土壤细菌的菌群结构及多样性。结果表明,在玉米4个关键生育时期,分别检测到42,37,39,37个细菌门,其中,变形菌门是研究区土壤中的优势细菌类群,占有绝对优势,其次依次是酸杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、拟杆菌门、芽单胞杆菌门;土壤细菌多样性随着生育时期的进程而变化,苗期土壤细菌多样性最高,成熟期最低。     

薄荷内生细菌的多样性及组成分析

为了调查薄荷内生细菌种类多样性,应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S rDNA\|V4变异区序列,采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTUs）数量,分析物种的丰度、分布和α多样性,以及物种丰富度的差异。研究获得用于分析的有效序列和OTU数为60 034/226;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。薄荷（样品名BH）的Chao 1指数为226.0,Shannon多样性指数为2538。薄荷内生细菌分布于以下10个属：食酸菌属（Acidovorax,65.34%）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas,17.32%）、土地杆菌属（Pedobacter,5.88%）、甲基杆菌属（Methylobacterium,4.33%）、Luteolibacter属（1.94%）、土壤杆菌属（Agrobacterium,153%）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium,1.30%）、金黄杆菌属（Chryseobacterium,0.92%）、黄杆菌属（Flavobacterium,0.78%）、Dyadobacter属（0.67%）;薄荷内生细菌优势菌属为食酸菌属（Acidovorax,65.34%）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas,17.32%）。Illumina MiSeq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。     

黄龙病罹病柑橘叶片内生细菌和内生真菌群落结构多样性分析

目的比较健康、罹病柑橘叶片在温室条件下内生菌群落结构差异,以及同一植株不同罹病程度叶片的内生菌群落结构差异,分析黄龙病侵染相关的内生细菌和内生真菌种群动态变化,为柑橘黄龙病菌的共培养和病原学研究提供依据。方法通过引物对OI1/OI2c对植株染黄龙病的状态进行检验,以健康和不同罹病程度（无症绿色、斑驳黄化、均匀黄化）的柑...