油菜黑胫病菌 ISSR-PCR 反应体系优化

通过正交试验设计,对油菜黑胫病菌ISSR-PCR 反应体系的各影响因素进行研究,即从 Taq 酶、Mg2＋、dNTPs、引物以及模板浓度5因素4水平进行优化,筛选并建立了适合油菜黑胫病菌ISSR分子标记的最佳反应体系,即在25μL反应体系中包含Taq DNA酶1 U,Mg2＋2．0 mmol/L,dNTPs 0．2 mmol/L,引物0．6μmol/L,模板40 ng以及2．5μL 10×Buffer。并以扩增条带丰富、清晰、稳定性强为原则,从所查找的110条引物中筛选出24条适于油菜黑胫病菌ISSR-PCR扩增的引物,同时对各引物的最佳退火温度进行了筛选确定,经对20株病原菌的稳定性检测,证实该优化体系可用于研究该病原菌的遗传多样性。     

苦瓜ISSR-CR反应体系的建立

以苦瓜（Momordica charantia L．）为试材，研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度、循环次数对苦瓜ISSR扩增结果的影响。结果表明：在20μl的反应体系中，Mg^2＋的用量为1．2—1．6mmol／L，dNTPs浓度为0．2mmol／L，引物的浓度为0．25μmol／L，Taq DNA聚合酶的用量为1u，模板DNA的用量为30～50ng，在46．4—51.7℃的退火温度下35个循环，能得到清晰、多态性高的ISSR带谱。     

华北蓝盆花ISSR-PCR引物筛选及反应体系优化

本研究以内蒙古自治区境内8个自然居群野生华北蓝盆花叶片作为供试材料,进行基因组总DNA的提取检测、ISSR引物筛选和引物退火温度的筛选。针对华北蓝盆花ISSR-PCR反应中的模板DNA浓度和引物浓度2个影响因素,在4个水平上对华北蓝盆花ISSR-PCR反应体系进行优化,确定最佳反应水平,最终建立华北蓝盆花ISSR-PCR扩增的最佳反应体系。结果筛选出了8条多态性较好的华北蓝盆花ISSR引物及其退火温度,平均每条ISSR引物扩增出12.3条带,多态性条带占93.88%;华北蓝盆花ISSR-PCR反应的最佳体系为总体积20μL,DNA模板1μL,DNA模板浓度为60 ng/μL,引物0.6μL,引物浓度为0.8μmol/L,Ex Taq DNA聚合酶10μL,ddH_2O 8.4μL,扩增程序为94℃预变性5 min;94℃变性0.5 min,不同引物最佳退火温度下退火1 min,72℃延伸1.5 min,35个循环;循环结束后72℃继续延伸7 min;4℃保存。本研究结果为进一步研究华北蓝盆花居群遗传多样性提供科学依据。     

苎麻基因组SRAP扩增体系的优化研究

以苎麻自交系品种为材料,研究了苎麻SRAP分析过程中的影响因素,包括10xPCR Buffer、模板浓度、Mg^2＋、dNTP、引物、Taq酶、循环次数、退火温度等,建立了适于苎麻SRAP分析的PCR反应体系：即在201．1反应体系中,引物浓度为0．3μmol／L;模板DNA的用量为60～100ng;Mg^2＋浓度为2．0mmol／L;dNTP浓度为0．2mmol／L;砌酶用量为1U。适宜的扩增程序为先94℃变性1min,前5个循环以94℃变性1min、33℃复性1min、72℃延伸1min进行,接下来将复性温度提高到52℃,其它条件不变,进行30个循环,最后72℃延伸5min,4℃保存。本文讨论了SRAP分子标记在苎麻上的应用前景,提出了应用SRAP分子标记构建苎麻遗传图谱的可行性。     

水葫芦苗ISSR-PCR体系的优化与引物筛选

以改良CTAB法提取水葫芦苗基因组DNA为模板,利用正交设计试验对影响ISSR-PCR反应体系的5个因素(TaqDNA聚合酶,dNTP,引物,模板及Mg~(2+))进行了优化筛选。经极差分析和方差分析,最终建立了水葫芦苗ISSR-PCR的最佳反应体系。结果表明,总体积20μL的反应体系中各因素浓度分别为:TaqDNA聚合酶0.025 U/μL、Mg~(2+)1.5 mmol/L、dNTP 1.0 mmol/L、引物0.5μmol/L、模板DNA 1.5 ng/μL。通过筛选得到10条扩增条带清晰的ISSR引物,并通过梯度PCR确定了各引物的最适退火温度。在此基础上对循环次数进行优化,最终确定最佳循环次数为40次。     

黄瓜SSR反应体系的建立

为摸索适宜黄瓜的SSR反应体系,分析了PCR反应体系中的Mg^2 浓度、、dNTP浓度、DNA模板浓度、引物浓度、Taq聚合酶浓度对扩增结果的影响,并比较了琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶体系在检测扩增产物多态性方面的差异。结果表明：在25μLPCR反应体系中,Mg^2 的最适浓度为0．2mmol／L;dNTP最适浓度为0．2mmol／L;反应体系中Taq聚合酶宜加入1U,引物应加入30ng;DNA最适浓度为5ng/μL。     

二月兰SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

为建立适合二月兰的SSR-PCR反应体系,采用正交试验设计方法对影响二月兰SSR反应体系的5个因素(DNA模板、Mg~(2+)、d NTPs、引物和Taq聚合酶)进行优化试验,筛选出每个因素的最佳水平。结果表明,10μL反应体系中,Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L,d NTPs浓度0.4 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,DNA模板量20 ng,Taq聚合酶量0.6 U。以3份二月兰基因组DNA为模板,利用优化后的SSR-PCR反应体系进行引物筛选,从50对SSR引物中成功筛选出扩增条带清晰、具有多态性的引物有12对,证明该反应体系具有较好的稳定性和通用性。研究建立和优化的二月兰SSR-PCR反应体系,为进一步利用SSR标记技术开展二月兰分子生物学研究提供了理论依据和技术参考。     

草莓SRAP反应体系优化及引物筛选

为建立草莓SRAP-PCR适宜的反应体系,以草莓品种‘丰香’为实验材料,采用单因素实验设计,对Mg²⁺、dNTPs、Taq DNA聚合酶及引物浓度4个因素4水平进行优化,并在此基础上对模板DNA的浓度和退火温度进行优化。结果表明,草莓SRAP-PCR最佳反应体系为：20μL的反应体系中含10×PCR buffer 2μL,Mg²⁺ 2.0 mmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,正反向引物各为0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA为100 ng。扩增程序为：94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃退火1 min,72℃延伸1 min,共5个循环;94℃变性1 min,54℃退火1 min,72℃延伸1 min,共35个循环;72℃延伸5 min;4℃保存。利用该优化体系筛选引物,从110对SRAP引物组合中筛选出29对条带清晰丰富、多态性好的引物,证明了此优化体系稳定可靠,能够用于草莓种质资源的鉴定、分子标记辅助育种等研究。     

菜豆ISSR-PCR体系的优化与验证

用试剂盒法提取菜豆(Phaseolus vulgarisL.)嫩叶的基因组DNA,并以此为模板对影响ISSR-PCR反应体系的Taq酶量、模板浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度5个因素进行了优化。结果表明总体积为25μL的菜豆ISSR-PCR反应最优体系为:45ng模板DNA,1UTaq酶,2mmol/LMg2+,0.6μmol/L引物和0.1mmol/LdNTP,在此基础上对循环次数进行优化,最终确定最佳循环次数为45次。利用该体系,选取引物823对8份材料进行扩增,验证了该体系的稳定性。本研究旨在建立菜豆ISSR反应的最优体系,为今后利用该分子标记技术进行有关菜豆种质及遗传方面的研究奠定技术基础。     

白芥ISSR-PCR反应体系的建立与优化

本实验以产于四川、安徽、广东和青海的白芥农家品种为材料,采用单因素筛选和L16(45)正交设计相结合的方法,对白芥ISSR-PCR反应体系的Mg2+浓度、d NTPs浓度、引物浓度、Taq酶和模板DNA用量进行优化,建立最佳的白芥ISSR-PCR反应体系。结果表明:在20μL的PCR反应体系中,Mg2+浓度2.0 mmol/L、d NTPs浓度0.5 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.2 U、引物浓度0.4μmol/L、模板DNA 60 ng为最佳用量。用4个白芥农家品种对建立的ISSR-PCR反应体系进行验证,表明该反应体系稳定性高、可重复性好,同时筛选出条带清晰、多态性较好的18条引物。该反应体系的建立为白芥ISSR标记开发、种质资源鉴定与筛选、遗传多样性分析和分子标记辅助育种等提供了帮助。     

11种兰属植物DNA的提取及RAPD-PCR实验体系的建立与优化

采用改进的CTAB-DNA提取方法，从11种兰属植物的嫩叶中提取总DNA。所得的DNA样品的A260／A280值在1．7～1．9之间，琼脂糖凝胶上主带清晰，较少降解，样品纯度高，DNA量大。另外，对影响RAPD-PCR的Mg^2＋、dNTPs、Taq酶、引物浓度等因素进行了优化。确定优化的反应体系为：75ng模板DNA，1×Buffer，2．5mmol／LMg^2＋，0．15mmol／LdNTPs，0．75UTaq酶，引物浓度0．4μmol／L，反应总体积为25山。该体系在20个供试兰属实验材料中获得较好的扩增结果。     

凤仙花ISSR-PCR体系建立与优化

建立最适的PCR反应体系是成功进行ISSR-PCR的关键,且反应的扩增效果易受多种因素的影响,本研究采用正交试验和单因素筛选试验两种方法,选用凤仙花叶片DNA为实验材料,针对影响凤仙花ISSR-PCR反应较大的 Mg~(2+)、dNTPs、Taq酶、引物、模板DNA这5个因素进行优化并筛选,最终建立凤仙花ISSR-PCR最佳反应体系:25μL PCR反应体积中, Mg~(2+)浓度为2.0 mmol/L、引物浓度为0.4μmol/L、模板DNA浓度为150 ng、dNTPs浓度为0.15 mmol/L、Taq酶为0.5 U。利用该体系筛选出14条可用于凤仙花ISSR-PCR扩增的引物。通过建立凤仙花属最佳ISSR-PCR反应体系,为研究凤仙花属植物提供分子标记水平上的理论依据和技术方法。     

湖南宽皮柑橘EST-SSR反应体系研究

首次以EST-SSR 技术应用于湖南宽皮柑橘的研究中,进行了引物的设计与筛选,建立了湖南宽皮柑橘的EST-SSR 的反应体系。共筛选了20对引物,其中12对引物扩增多态性较高,研究确定在25 uL的反应体系中, Mg2+浓度在2.5 mmol?L-1, dNTP 0.2 mmol?L-1,上下引物各为0.2umol?L-1, Taq酶浓度为1.0 U效果好 , 最佳PCR程序为94℃预变性１ min,然后94 ℃,1 min;52 ℃,1min;73 ℃,1min,45个循环,最后73 ℃延伸3 min,利用优化后的反应体系成功构建湖南宽皮柑橘EST-SSR的指纹图谱.     

海菜花ISSR-PCR反应体系的优化与引物筛选

为建立海菜花ISSR-PCR最优反应体系并筛选出适宜的ISSR-PCR引物,本研究应用L₁₆(3⁴)正交设计试验和单因素实验,筛选ISSR-PCR反应体系中主要参数(引物, 2×Taq Master Mix,模板DNA)的最适浓度。结果表明,海菜花最适ISSR-PCR反应体系为引物0.22 ng, 2×Taq Master Mix 1.5 U/25μL、模板DNA24 ng。通过最优反应体系进行引物筛选,获得19条适宜海菜花扩增的ISSR引物,并利用10个地理居群的海菜花DNA对该体系进行验证。本研究对海菜花后续的遗传多样性、遗传图谱构建提供参考。     

广东紫珠ISSR-PCR反应体系建立及引物筛选

为建立稳定性、重复性好的广东紫珠ISSR-PCR反应体系,以广东紫珠总DNA为试验材料,通过单因子结合正交试验对模板DNA浓度、dNTPs浓度、Mg²⁺浓度、引物浓度和Taq酶用量进行优化,确立了适用于广东紫珠的最佳ISSR-PCR反应体系：0.25 mmol/LdNTPs、1.00 U Taq DNA聚合酶、0.75μmol/L引物、2.0 mmol/L Mg²⁺、100 ng模板DNA,总反应体积为25μL。同时建立重复性和稳定性均较好的ISSR-PCR扩增程序：预变性94℃,5 min;变性94℃,30 s;退火温度与每个引物相对应,退火45 s;72℃延伸90 s;34个循环;后72℃延伸10 min;4℃保存,扩增结束。用来自不同居群4个个体,以100个ISSR引物进行PCR扩增,筛选出扩增效果较好的20个引物。     

日本沼虾SRAP反应体系正交设计及优化

对影响SRAP反应的4个因素(Taq酶、dNTP、Mg2+、引物)4个水平进行正交组合,以建立日本沼虾的SRAP分子标记技术。试验分两步进行:第一步筛选出可有效扩增的引物组合;第二步对筛选出的体系进行优化。结果表明,日本沼虾SRAP反应体系适宜引物组合为Me4Em2,最适条件为在25μL的反应体系中,Mg2+、dNTP、Taq酶、引物浓度分别为2.5 mmol/L、0.25 mmol/L、0.64 U/20μL、0.6μmol/L。本研究结果为SRAP分子标记技术在日本沼虾中的应用奠定了基础。     

牡丹杂交品系SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选

通过研究牡丹杂交新品系的遗传多样性,解决其在牡丹品种分类体系中位置的问题。利用正交设计,从Mg2+、dNTPs、引物浓度、DNA聚合酶和不同模板DNA浓度5种因素4个水平来优化牡丹杂交品系SRAP-PCR反应体系,对引物进行筛选。建立牡丹杂交品系SRAP-PCR反应最佳体系(25 μL)为： 2.0 mmol/L Mg2+、1.5 U Taq酶、0.25 mmol/L dNTPs、2 ng/μL模板DNA、0.25 μmol/L引物;运用试验结果从100对引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物30对。优化体系的建立及引物的筛选,可为利用SRAP标记技术研究牡丹杂交品系的遗传多样性及亲缘关系提供技术基础和理论依据。     

绣球SSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立适合绣球的SSR-PCR反应体系,采用正交设计L25(56)对影响SSR-PCR反应体系的5个主要因素(Mg2+、d NTPs、引物、DNA模板和Taq聚合酶)在5个水平上进行优化,筛选出每个因素的最佳水平,建立适合绣球的SSR-PCR反应体系。结果表明,20μL的SSR-PCR反应体系中,DNA模板用量为60 ng,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,d NTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.4μmol/L,Taq聚合酶用量为0.8 U。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,最佳温度退火40 s,72℃1 min,33个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。选用10个绣球品种对建立的SSR-PCR反应体系进行验证,结果表明该体系具有较好的稳定性和通用性。建立和优化的绣球SSR-PCR反应体系,为应用SSR分子标记技术开展绣球属植物遗传育种研究提供了理论依据和技术参考。     

刺梨ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以刺梨为试材,对影响ISSR-PCR扩增结果的主要影响因素包括Mg2+,Taq DNA聚合酶、dNTPs、引物、模版DNA的浓度及引物退火温度进行了优化筛选.确立了适合刺梨ISSR-PCR分析的最佳反应体系,即20 μL反应体系中各组分浓度分别为:10×buffer2.0 μL,Mg2+1.875 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0U,dNZPs0.1 mmol/L,引物2.μ mol/L,模板DNA20ng.PCR扩增程序:94℃预变性5min,94℃变性1 min,48℃退火温度45 s,72℃延伸1 min,34个循环,72℃后延伸6min.利用优化体系对3个刺梨品种进行体系稳定性检测,结果表明该优化体系的重复性和稳定性良好.     

银缕梅SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

为有效利用SSR-PCR技术分析国家一级重点保护植物银缕梅的遗传多样性,采用正交试验设计L16(43),即3因素4水平,对影响SSR-PCR扩增结果的因素(引物,模板DNA浓度和循环数)进行优化筛选,并在此基础上对聚丙烯酰胺凝胶上样量进行优化,建立了适合银缕梅的最佳SSR-PCR反应体系:10μL 2×PCR Mix、40 ng模板DNA、10μmol/L引物,其余用dd H_2O补齐至20μL。PCR扩增程序为:95℃预变性15 min,95℃变性30 s,57.5℃退火1.5 min,72℃延伸1 min,30个循环,循环结束后,60℃延伸30 min,扩增产物4℃保存。聚丙烯酰胺凝胶电泳上样量以1.5~2.0μL为最佳。利用优化后体系进行引物筛选,从18对引物中筛选出11对具有多态性引物,说明该反应体系具有良好的稳定性。该体系的建立可以为今后利用SSR标记对银缕梅遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供基础。