民猪外周血单核细胞实时荧光定量PCR内参基因的筛选

民猪是能够适应东北地区寒冷环境的地方猪种,但目前对其环境适应性相关基因的研究较少,也没有确定适合此研究所需的实时荧光定量PCR的内参基因。因此,本试验通过研究常用的12个内参基因（B2M、ACTB、RPL11、RPL4、YWHAZ、GAPDH、HPRT1、SDHA、HMBS、IDH3B、TUBB2B和TBP1）在不同环境温度下民猪外周血单核细胞中的表达稳定性,旨在确定合适的内参基因进行相关研究。分别在-25、5、10和30℃采集3头民猪耳静脉血分离出单核细胞,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper 3种软件分析12个候选内参基因的Ct值,筛选出表达稳定的基因作为内参基因。经geNorm和NormFinder计算获得各候选基因的M值发现,12个候选基因的表达均相对稳定,而BestKeeper的分析则显示ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1、TBP1、YWHAZ基因的SD值均<1,可用作本研究条件下的内参基因,而另外6个基因SD值则>1,不符合作为内参基因的标准。综合3种分析的结果,在本研究条件下,TBP1基因的稳定性最高,ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1和YWHAZ基因也符合作为内参基因的标准,都可研究在不同环境温度下民猪外周血单核细胞中基因表达时作为内参基因。     

干扰MSTN的牛骨骼肌卫星细胞实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为了筛选在牛骨骼肌卫星细胞(MSCs)分化前后稳定表达以及不受MSTN基因表达影响的内参基因,试验以野生组(WT)、转染干扰MSTN组(si-MSTN)和对照组(NC-MSTN)的牛MSCs作为样品,选取HMBS、B2M、GAPDH、TUBB、SDHA、18S rRNA、ACTB、RPL4、PPIA、HPRT1和YWHAZ作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对各候选内参基因的相对表达进行测定,首先利用3个独立评价软件geNorm、NormFinder和BestKeeper分别对各候选内参基因在野生组牛MSCs增殖期(GM)和分化第3天(DM3)细胞中的表达稳定性进行评价,筛选出前5个表达相对稳定的候选内参基因;然后以此为基础,利用相同的方法分析MSTN干扰组和对照组增殖期和分化第3天的细胞中上述5个内参基因的表达水平和稳定性。geNorm、NormFinder分析结果均显示,HMBS、B2M、TUBB、GAPDH和ACTB在牛MSCs分化前后表达较稳定,BestKeeper分析显示ACTB和TUBB相关系数(r)排序靠前,GAPDH、HMBS和B2M排序不是很高,但是GAPDH的SD值最小,因此选择这5个候选内参基因做后续试验;在牛MSCs MSTN干扰组和对照组增殖期和分化第3天,geNorm、NormFinder软件分析结果显示,上述5个候选内参基因中GAPDH、TUBB和B2M表达最稳定,BestKeeper分析显示TUBB相关系数排名不是最高,但其SD值最小,综合以上分析,选择TUBB作为牛MSCs干扰组和对照组增殖期和分化第3天最适内参基因。研究结果可为以后进行牛MSCs在不同生长时期以及MSTN表达被调控后基因的表达分析提供参考。     

猪骨骼肌内参基因的筛选及验证

内参基因的正确选择是获得目的基因准确表达的关键。本实验以不同时期（3 d、30 d、90 d和180 d）、不同性别（阉割公猪和母猪）关中黑猪的2种骨骼肌（背最长肌和比目鱼肌）为研究对象,用RT-qPCR技术及geNorm和NormFinder软件分析8个候选内参基因（GAPDH、ACTB、PPIA、TBP、B2M、YWHAZ、eEF-1γ和18SRNA）的表达稳定性。同时,以候选基因本身和两两混合作为内参基因,检测肌纤维类型标志基因肌球蛋白重链MyHC IIx的表达。结果表明：ACTB、B2M和TBP在背最长肌和比目鱼肌中的表达相对稳定;而MyHC IIx基因的相对表达水平的检测结果证实,在背最长肌和比目鱼肌中,将ACTB作为内参基因较好。     

家兔不同发育阶段和组织中内参基因的稳定性分析

本研究旨在筛选出新西兰白兔不同时期不同器官中表达最稳定的内参基因。以胚胎期(E28.5)、幼龄期(10d)和成年期(A)3个阶段的新西兰白兔的肾、心和肝3种组织作为研究对象,按照RT-qPCR试验最低要求试验信息量(MIQE)的指导,运用RT-qPCR和在线内参基因稳定性评价工具RefFinder,比较6个常用的内参基因(GAPDH、HPRT1、18S rRNA、B2 M、Sdha、β-actin)mRNA的表达稳定性。结果表明,新西兰白兔的肝和肾组织中的6个内参基因在3个发育阶段最稳定的3个内参基因依次是β-actin、HPRT1、GAPDH,而在心组织中最稳定的3个内参基因依次是β-actin、HPRT1、Sdha。在新西兰白兔胚胎期的3种组织中,最稳定的3个内参基因依次是GAPDH、β-actin、HPRT1,而在幼龄期和成年期最稳定的3个内参基因依次是HPRT1、GAPDH、β-actin。对新西兰白兔的3个发育阶段和3种组织的内参基因稳定性结果分析表明,最稳定的3个内参基因依次是β-actin、HPRT1、GAPDH。本研究证实,新西兰白兔不同的发育时期和组织中,最稳定的内参基因不同。推荐在进行新西兰白兔的相关试验时,可以选择上述表达最稳定的至少3个内参基因的几何平均数作为标准化相关RT-qPCR数据的指标,以确保试验组个体间的差异最小,和小变量的准确数据分析。     

鹿茸组织中内参基因的筛选和验证

为筛选在不同生长时期鹿茸组织中稳定表达的内参基因,试验以不同生长时期(分别为脱盘后10、20、40和60 d)的鹿茸组织为材料,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、β2-微球蛋白(B2M)、还原型辅酶Ⅰ(NADH)、60S 核糖体蛋白L40(RPL40)、谷胱甘肽还原酶7(GPx)和β肌动蛋白(ACTB)6个看家基因的表达情况,并运用 geNorm和NormFinder 两个程序综合分析6个看家基因的表达稳定性.结果显示,GAPDH、ACTB、RPL40表达稳定性较好,可用作鹿茸基因表达研究的内参基因,而NADH和GPx的稳定性最差,不适合作内参基因.通过对鹿茸生长相关基因(ANXA5、HSP27、PRD2、CRABP1、LGALS1)表达分析,进一步验证了上述结果,并且发现这5种基因均在脱盘后10 d的鹿茸组织中高表达.该研究结果为鹿茸快速生长及骨化相关基因的研究奠定了一定基础.     

绵羊基因表达定量分析内参基因的筛选

内参基因在基因表达定量分析中常用于修正基因的表达量,但不同条件下内参基因的表达并不稳定。本实验旨在选出在绵羊不同组织稳定表达的内参基因。选取6月龄广灵大尾羊的皮肤、肾周脂肪、肝脏、背部最长肌组织为实验样本,用实时荧光定量PCR方法分别测定内参基因GAPDH、18S rRNA、B2M、ACTβ、RPLPO、YWHAZ在绵羊各组织内的mRNA丰度,经GeNorm、NormFinder及BestKeeper综合分析内参基因的稳定性。结果表明:在绵羊背部最长肌和肾周脂肪中,3个软件都得出GAPDH表达最稳定;在肝脏中,3个软件都得出RPLPO表达最稳定;在皮肤中,GeNorm和NormFinder均得出18S rRNA表达最稳定,而GeNorm和BestKeeper均得出GAPDH表达最稳定,所以选取18S rRNA或GAPDH作为内参基因;比较4个组织中表达最稳定的基因时,GeNorm和NormFinder软件均得出RPLPO表达最稳定,而BestKeeper分析表明B2M基因稳定性最好,所以选取RPLPO或B2M作为内参基因。     

LPS诱导的免疫应激对肉鸡组织内参基因稳定性的影响

脂多糖(LPS)诱导的免疫应激下,选择适于校正肉鸡肝脏、心脏和回肠组织中目的基因表达量的内参基因。将30只1日龄的肉鸡随机分为对照组与处理组,21日龄时,处理组注射1 mg/kg的LPS,对照组注射等量灭菌生理盐水,2 h后,每组各取7只肉鸡的肝脏、心脏和回肠组织。通过实时荧光定量PCR技术(RT-q PCR)对各组织中β-肌动蛋白(ACTB)、β2-微球蛋白(B2M)、18 S核糖体RNA(18 S r RNA)、28 S核糖体RNA(28 S r RNA)和3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)共5个内参基因的表达定量,利用Ref Finder和Ge Norm软件分析内参基因的稳定性及配对差异。结果显示:LPS刺激下,5个内参基因的表达水平有不同程度的变化。18 S r RNA、ACTB和GAPDH适于肝脏中目的基因表达量的校正;B2M和GAPDH适于心脏中目的基因表达量的校正;18 S r RNA和ACTB适于回肠中目的基因表达量的校正。选择表达稳定性高的内参基因适于校正目的基因的表达量,RT-q PCR应根据不同的研究对象进行选择,建议选择2个或2个以上的内参基因。     

干扰MSTN的牛骨骼肌卫星细胞实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为了筛选在牛骨骼肌卫星细胞（MSCs）分化前后稳定表达以及不受MSTN基因表达影响的内参基因,试验以野生组（WT）、转染干扰MSTN组（si-MSTN）和对照组（NC-MSTN）的牛MSCs作为样品,选取HMBS、B2M、GAPDH、TUBB、SDHA、18S rRNA、ACTB、RPL4、PPIA、HPRT1和YWHAZ作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对各候选内参基因的相对表达进行测定,首先利用3个独立评价软件geNorm、NormFinder和BestKeeper分别对各候选内参基因在野生组牛MSCs增殖期（GM）和分化第3天（DM3）细胞中的表达稳定性进行评价,筛选出前5个表达相对稳定的候选内参基因;然后以此为基础,利用相同的方法分析MSTN干扰组和对照组增殖期和分化第3天的细胞中上述5个内参基因的表达水平和稳定性。geNorm、NormFinder分析结果均显示,HMBS、B2M、TUBB、GAPDH和ACTB在牛MSCs分化前后表达较稳定,BestKeeper分析显示ACTB和TUBB相关系数（r）排序靠前,GAPDH、HMBS和B2M排序不是很高,但是GAPDH的SD值最小,因此选择这5个候选内参基因做后续试验;在牛MSCs MSTN干扰组和对照组增殖期和分化第3天,geNorm、NormFinder软件分析结果显示,上述5个候选内参基因中GAPDH、TUBB和B2M表达最稳定,BestKeeper分析显示TUBB相关系数排名不是最高,但其SD值最小,综合以上分析,选择TUBB作为牛MSCs干扰组和对照组增殖期和分化第3天最适内参基因。研究结果可为以后进行牛MSCs在不同生长时期以及MSTN表达被调控后基因的表达分析提供参考。     

猪骨骼肌荧光定量PCR内参基因稳定性分析

为探究16个内参基因在猪不同肌纤维类型组成的骨骼肌中的表达情况,筛选稳定性最佳的内参基因,本试验选取6头3月龄杜长大公猪,以腓肠肌、比目鱼肌、腰大肌和背最长肌为研究对象,运用geNorm和NormFinder程序对β-2-微球白(B2M)、环指蛋白7 (RNF7)、卷曲螺旋结构域蛋白1(CHCHD1)、琥珀酸脱氢酶复合黄素蛋白(SDHA)、核糖体蛋白L32 (RPL32)、转录下调相关蛋白1(DRAP1)、1-酰基甘油-3-磷酸O-酰基转移酶1 (AGPAT1)、谷胱甘肽过氧化物酶1 (GPX1)、RAD23同源物B (RAD23B)、肌动蛋白2α(ACTN2)、醛缩酶(ALDOA)、核糖体蛋白s28 (RPS28)、内质网分类受体1 (RER1)、核糖体蛋白S13 (RPS13)、核糖体蛋白L7样1 (RPL7L1)和肽基脯氨酰异构酶A(PPIA)进行基因表达稳定性评估。结果显示:通过2个程序分析,DRAP1和RPL32是4块肌肉中表达最稳定的内参基因。RER1是慢氧化型肌肉表达最稳定的内参基因,RPL32是快酵解型肌肉表达最稳定的内参基因。     

湖羊小肠黏膜内参基因筛选

为选择湖羊小肠黏膜合适实时定量PCR的内参基因,本试验选用6只湖羊公羔,分别在42和84日龄各屠宰3只,研究候选内参基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、磷酸甘油酸激酶基因1(PGK1)、18S rRNA和β-肌动蛋白(ACTB)在十二指肠、空肠、回肠黏膜发育过程中表达是否稳定。结果表明:4个候选基因都获得特异性扩增片段;在不同的小肠肠段黏膜中,PG K1和A CTB表达最稳定,在不同日龄4个候选基因表达都较稳定;ΔCt法和ge Norm软件分析表明,ACTB表达最稳定。综上,利用实时定量PCR研究湖羊小肠黏膜的内参基因最佳选择为ACTB。     

鸡肌肉组织实时荧光定量PCR及Western杂交内参基因的筛选

本研究对5种常用"持家基因"作为鸡肌肉组织发育早期基因和蛋白检测内参基因的有效性进行了评价,为鸡肌肉发育相关分子检测中内参基因的选择提供科学依据。应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和Western blot技术,分别检测了鸡12胚龄、17胚龄、1日龄和14日龄胸肌中β肌动蛋白(ACTB)、β微管蛋白(TUBB)、TATA结合蛋白(TBP)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)和热休克蛋白70(HSP70)的mRNA和蛋白表达水平。结果表明,在鸡发育早期胸肌组织中,仅HSP70mRNA和蛋白在各阶段间表达水平差异不显著,GAPDH、TUBB、TBP和ACTB的mRNA和蛋白表达水平在检测的各个时间点间均差异显著或极显著(P0.05或P0.01)。HSP70更适合作为鸡肌肉发育早期基因和蛋白检测的内参基因。本结果为研究发育期鸡肌肉组织相关功能基因和蛋白提供了必要的方法学基础,对其他物种的相关研究也有重要借鉴意义。     

基于实时荧光定量PCR筛选巨菌草内参基因

以巨菌草(Pennisetum giganteum)的叶片、茎、根为试验材料，通过分析8个基因18s rRNA、Actin、GAPDH、ACTB、EF-1α、UBQ、CYP、TUB在正常生长、干旱以及盐碱胁迫下荧光定量PCR中稳定性表达情况，筛选巨菌草的稳定内参基因。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件计算内参基因的表达稳定值并进行排序，最终通过赋值法综合排序确定稳定内参基因。结果表明，内参基因的稳定性在不同处理下存在差异。其中，ACTB稳定性好，为本研究筛选出巨菌草的内参基因。本研究筛选出的内参基因，为后续巨菌草功能基因表达分析奠定了基础。     

新生籽鹅组织qRT-PCR分析中内参基因的选择

分别以1日龄健康籽鹅肝脏、肾脏、心脏、肌肉和卵巢为研究对象,应用实时定量RT-PCR技术,探讨28SrRNA、18SrRNA、GAPDH、ACT、HPRT1、SDH和TUB等7个内参基因mRNA的表达水平。经过geNorm和NormFinder程序分析,结果显示7个内参基因稳定度由高到低依次为GAPDH=HRPT1〉28SrRNA〉TUB〉SDH〉ACT〉18SrRNA;基因表达的稳定值分别为0.215（GAPDH）,0.215（HRPT1）,0.339（28SrRNA）,0.471（TUB）,0.721（SDH）,0.888（ACT）,1.177（18SrRNA）;表明GAPDH和HRPT1这2个内参基因适合用于目的基因表达的校正。     

脂多糖染毒小鼠稳定内参基因的筛选

本研究旨在筛选脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)染毒小鼠的理想内参基因。试验以健康小鼠肝脏和LPS染毒后3、6、12、18 h的小鼠肝脏为研究对象,荧光定量RT-PCR评价YWHAZ、HPRT1、PPIA、ACTB和18S rRNA 5个内参基因的表达情况,并用geNorm软件分析其表达的稳定性。结果表明,除18S rRNA在LPS染毒时不能稳定表达外,其余4个内参基因在健康小鼠肝脏和LPS染毒小鼠肝脏中均能稳定表达,其中PPIA和YWHAZ的表达最稳定。本试验结果为荧光定量RT-PCR研究LPS与小鼠相互作用时mRNA表达水平提供了依据。     

草地早熟禾荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

为筛选出草地早熟禾实时荧光定量中的最适内参基因,利用实时荧光定量PCR技术,分析检测6个传统内参基因ACT、GAPDH、UBQ、EF-1α、18s rRNA和β-tublin在草地早熟禾不同组织器官、叶片不同发育期、非生物胁迫和不同激素诱导下mRNA的表达差异情况。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件综合评价6个候选内参基因的表达稳定性。结果表明,在不同组织、叶片不同发育期、激素诱导和非生物胁迫下,候选内参基因的表达稳定性存在差异。GAPDH在草地早熟禾不同组织器官中表达最为稳定;EF-1α在非生物胁迫下表达最为稳定;不同激素下首选β-tublin;在叶片不同发育期ACT表达最为稳定。综上所述,通过筛选出不同条件下适宜的内参基因不仅有助于提高草地早熟禾基因表达分析的准确性,也为早熟禾属植物其他内参基因的开发提供了理论参考。     

实时荧光定量PCR研究蛋鸡组织基因表达的内参基因筛选

为筛选出蛋鸡不同组织中稳定表达的内参基因,试验以120日龄的海兰灰蛋鸡（Gallus domesticus）为试验动物,选取常见内参基因RPS2、β-actin、GAPDH和HMBS作为候选基因,利用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对4个候选内参基因的相对表达进行测定,利用独立评价软件geNorm和NormFinder对蛋鸡的4个候选内参基因在不同组织（心脏、肝脏、肺脏、肾脏、肠、胫骨、胰脏和子宫）中的表达稳定性进行评价。结果显示,Ct值分析和geNorm程序分析均得出相似的结果,即RPS2基因始终占主导地位,稳定性最强,β-actin基因次之;NormFinder软件分析显示,HMBS基因稳定性最好,最佳组合为HMBS和RPS2基因;当分析不同组织中表达恒定的内参基因时,发现不同组织最稳定的内参基因也不完全相同。由此说明,不同的组织器官和不同的分析方法得出的结论虽然不完全一致,但它们却有着一定的潜在共性,发展趋势有一定相似性,即RPS2和β-actin基因相对稳定性更强。     

琥珀蚕内参基因的克隆及表达稳定性检测

琥珀蚕(Antheraea assama)是一种重要的野蚕种质资源。为了开展琥珀蚕功能基因的研究,选择合适的内参基因非常必要。通过c DNA末端快速扩增技术获得琥珀蚕功能基因研究的3个常用内参基因β-actin、GAPDH和18S rRNA的c DNA全长序列,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析3个基因在蚕体不同组织中的转录水平,并利用标准化分析软件ge Norm和Norm Finder分析其表达的稳定性。结果显示,3个内参基因的表达稳定性依次为β-actin、GAPDH、18S rRNA。就组织表达而言,β-actin在幼虫的中肠、脂肪体、马氏管、气孔、丝腺和卵巢以及蛹的输卵管中表达相对稳定;就发育时期的表达而言,β-actin在蛾期的表达也相对稳定。此外,GAPDH在幼虫头部、表皮和血液中的表达相对稳定;18S rRNA在幼虫精巢中的表达相对稳定。对琥珀蚕功能基因表达进行qRT-PCR所需内参基因数量的分析表明,选用2个内参基因即可满足试验需求。     

山羊肌内前体脂肪细胞诱导分化过程中内参基因的表达稳定性分析

旨在通过比较9个内参基因在山羊肌内前体脂肪细胞诱导分化不同时期的表达水平进而最终确定适合山羊肌内前体脂肪细胞分化调控研究最佳的内参基因。本研究利用胶原酶消化法获得山羊肌内前体脂肪细胞,并以分别诱导0、1、2、3、5和6d的细胞为研究对象,利用荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)技术和geNorm、NormFinder和BestKeeper程序来检测和分析9个候选内参基因(GAPDH、PPIA、18S rRNA、PPIB、UXT、RPLP0、ACTB、EIF3K和TBP)表达的稳定性,并以KLF3和KLF12的实际表达水平进行校正分析。geNorm和NormFinder程序分析表明,UXT稳定性相对最好;而BestKeeper程序分析发现,PPIB表达相对最平稳;3种软件分析结果均表明,同时使用UXT和PPIB可以准确校正在山羊肌内前体脂肪细胞诱导分化不同时期目标基因的表达;通过对KLF3和KLF12表达量的分析发现,选用筛选结果中最稳定(UXT和PPIB、UXT)和最不稳定(EIF3K和18S rRNA)的内参基因进行归一化分析结果有差异。在山羊肌内前体脂肪细胞诱导分化过程中,UXT基因是适合于山羊肌内前体脂肪细胞的成脂诱导分化研究最稳定有效的内参基因,同时使用UXT和PPIB作为内参基因能够获得更加精确的目标基因表达结果,这为后续山羊前体脂肪细胞分化调控相关基因的功能研究奠定了基础。     

关岭牛PPAP2B基因mRNA在不同组织中的表达分析

为了研究关岭牛PPAP2B基因mRNA在不同组织中的表达水平及相关功能,试验以关岭牛为实验动物,分别提取心脏、肝脏、小肠、脂肪、大腿肌、背最长肌组织的总RNA,以不同组织的总RNA为模板,逆转录合成cDNA,以GAPDH基因作为内参,应用实时荧光定量PCR技术检测PPAP2B基因mRNA在不同组织中的相对表达量。结果:关岭牛PPAP2B基因mRNA在脂肪中表达量最高,在其他组织中表达量很少甚至几乎不表达。结论:PPAP2B基因可能在牛的脂肪沉积过程中发挥作用。     

榴莲蜜实时荧光定量PCR内参基因的克隆与筛选

为筛选榴莲蜜实时荧光定量PCR的稳定内参基因,进一步提高榴莲蜜基因表达的稳定性和准确性。根据课题组测序获得的榴莲蜜转录组数据,筛选出10个候选内参基因;以“多异1号”榴莲蜜花序、茎、叶片以及不同发育时期的果苞为实验材料,通过基因克隆、实时荧光定量PCR分析,并结合4种统计分析软件评价内参基因稳定性。结果表明,克隆获得了5个榴莲蜜内参基因,分别为：Actin1、α-TUB1、β-TUB1、β-TUB2和GAPDH1;这5个内参基因的转录水平在榴莲蜜的不同组织类型及果苞发育过程中存在差异;稳定性综合排名结果表明,在榴莲蜜花序、茎和叶片中表达稳定性最好的是β-TUB2和α-TUB1,在榴莲蜜果苞发育阶段中表达水平最稳定的是β-TUB1和α-TUB1;通过2个成花相关基因和4个蔗糖合成酶基因的表达模式验证了α-TUB1、α-TUB1+β-TUB1及α-TUB1+β-TUB2作为内参基因的可靠性。本研究结果为榴莲蜜的功能基因表达分析提供了理论基础。