利用微卫星分析中国家兔的遗传多样性

利用10个微卫星DNA标记对七个家兔品种进行了遗传检测.利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,计算了七个家兔品种(9个家兔群体)样本在10个微卫星基因座上的等位基因频率、微卫星的多态信息含量(PIC)、各群体遗传杂合度、群体间的遗传距离、并根据遗传距离对这几个群体进行了聚类分析.结果表明:所选择的10个微卫星位点在所检测群体中均表现了较好的多态性,平均多态信息含量为0.569905.平均杂合度范围在0.5885～0.6826.表明所研究的家兔品种的遗传多样性较丰富,还可以做进一步的选择利用.根据遗传距离所做的聚类分析图表明吉戎-Ⅰ系和吉戎-Ⅱ系、哈尔滨大白兔、塞北兔的亲缘关系依次较近,与它们的培育历史相吻合.     

利用微卫星分析中国家兔的遗传多样性

利用10个微卫星DNA标记对7个家兔品种(9个群体)进行了遗传检测。结果表明:所选择的10个微卫星位点在所检测群体中均表现了较好的多态性,平均多态信息含量为0.569905。平均杂合度范围在0.5885～0.6826。表明所研究的家兔品种的遗传多样性较丰富,还可以做进一步的选择利用。根据遗传距离所做的聚类分析图表明,吉戎-Ⅰ系和吉戎-Ⅱ系、哈尔滨大白兔、塞北兔的亲缘关系依次较近,与它们的培育历史相吻合。     

闽南黄牛的微卫星多态性研究

：用8个微卫星标记对闽南黄牛的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果：8个微卫星标记在所检测的闽南黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,在4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7．2个等位基因（3～11）;8个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0．6471,各群体的平均多态信息含量（PIC）差并不显著;全部群体平均杂合度为0．2930;各群体平均有效等位基因数为3．37。此表明闽南黄牛在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明4个群体间的遗传变异不大。     

利用微卫星标记分析五个家兔群体的遗传多样性

利用15个微卫星座位,分析了新西兰白兔、德系安哥拉兔、美系獭兔、齐卡G系肉兔、福建黄兔5个家兔群体的遗传多样性。结果表明：15个微卫星位点的平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为7．400±1．639个和5．694±1．470个;5个家兔群体的平均基因杂合度和平均多态信息含量分别为0．7367和0．6994;新西兰白的平均基因杂合度和平均多态信息含量最高,福建黄兔最低。5个家兔群体的平均总近交系数（F_is）为-0．03,群体内平均近交系数（F_is）为-0．151,群体平均分化系数（F_is）为0．105（P〈0．001）。采用UPGMA法进行聚类分析,5个家兔群体聚为三类：新西兰白兔和德系安哥拉兔聚为一类;齐卡兔G系和美系獭兔聚为一类,福建黄兔独自为一类。     

新疆3个地方品种驴微卫星遗传分析

研究利用8个微卫星标记检测新疆3个地方驴品种的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和群体间遗传距离。结果表明:8个微卫星基因座在3个地方驴群体中均表现高度多态,3个地方驴群体的平均多态信息含量PIC(0.7568),遗传杂合度h(0.7841)都高于国内其他品种驴,说明新疆地方驴遗传多样性丰富,群体遗传变异程度较高,育种潜力大。聚类分析表明和田驴先与喀什驴聚为一类然后与吐鲁番驴聚类,与史料及地理分布一致。     

家兔群体遗传变异的微卫星标记

选用欧洲野兔的 5个微卫星位点 ,分析了 5个品种 (系 )家兔群体的遗传变异。结果表明 :Vc- 系獭兔的群体内平均多态信息含量和平均杂合度最大 ,分别为 0 .5 5 2 6和 0 .6 2 0 2 ;新西兰兔群体内平均多态信息含量和平均杂合度最小 ,分别为 0 .4 5 15和 0 .5 2 6 1。由此说明 ,5个品种 (系 )家兔中 ,新西兰兔群体内变异较小 ,相对较纯 ;Vc- 系獭兔群体内变异较大 ,纯度相对较小。但总的来看 ,5个品种 (系 )家兔的平均多态信息含量和平均杂合度相差都不大 ,说明Vc獭兔在遗传性能上已接近其他优良品种兔。聚类结果表明 :Vc- 系獭兔与 Vc- 系獭兔亲缘关系最近 ,与日本大耳白兔、青紫蓝兔亲缘关系较近 ,与新西兰兔亲缘关系最远 ,这与 Vc獭兔育种历史事实相符。另外 ,在 Sat4和 Sat8位点上分别检测出了 1条 Vc獭兔所特有的条带 ,从而为进一步研究 Vc獭兔的遗传特性打下良好的基础     

陇东绒山羊微卫星DNA遗传多样性的研究

利用9个微卫星座位,8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳PCR扩增产物,对120只陇东绒山羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测,对其群体遗传学特性进行分析。结果表明：陇东绒山羊在9个微卫星座位中共检测到90个等位基因,其中微卫星座位LSCV24等位基因数最多,为14个;BMS1248多态信息含量最高,PIC为0．88;DB6座位多态信息含量最低,PIC为0．79。在所标记群体中平均有效等位基因数为7．69±1．65个,平均多态信息含量为0．84±0．03;遗传杂合度均值为0．86±0．03,均高于国内外部分研究结果。说明陇东绒山羊品种遗传多样性丰富,群体遗传变异程度高,育种潜力大。     

部分地方鸡种微卫星DNA指纹分析

利用20个微卫星标记对我国19个地方鸡种保种群进行了遗传检测,计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明:20个微卫星标记在19个地方鸡种保种群共检测到184个等位基因,平均为9.2个,基因频率分布在0.013-0.838之间。19个地方鸡种平均杂合度在0.5824-0.7432之间。其中藏鸡最高,白耳鸡最低。平均多态信息含量在0.5238-0.7023之间,均大于0.5,表现为高度多态性;19个鸡种聚为6类。各鸡种的遗传距离及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的,从而表明用该方法分析品种间的亲缘关系是可行的。     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

四川常羽乌骨鸡群体遗传多样性分析

利用选自家禽基因组的10个微卫星标记,对四川常羽乌骨鸡5个群体(四川山地乌骨鸡白羽系、黑羽系;黄忠山地乌骨鸡;黄忠山地乌骨鸡绿壳蛋系;草科乌骨鸡)的遗传多样性进行了检测,计算了各群体的群体杂合度、群体间遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明所选择的微卫星标记在各群体中表现出较高的多态性;四川5个乌骨鸡群体遗传多样性比较丰富,群体平均杂合度为0.5383到0.6659;各群体间的遗传距离有一定的差异;聚类分析将5个群体聚为三类。     

美系獭兔和苏Ⅰ系粗毛型长毛兔的遗传多样性分析

采用15个微卫星标记,对关系獭免和苏Ⅰ系粗毛型长毛兔进行了遗传多样性分析。结果显示：在美系獭兔和苏Ⅰ系粗毛型长毛兔群体中,15个微卫星座位均表现出较好的多态性。关系獭兔的平均等位基因数和有效等位基因数分别为4．6000±1．0556和3．5520±0．9703个．群体期望杂合度和多态信息含量平均值分别为0．7067±0．1030和0．6501±0．1050,群体内近交系数平均值为-0．2580＋0．0033：苏Ⅰ系粗毛型长毛免的平均等位基因数和有效等位基因数分别为5．1333±1．2459和3．7506±0．8081个,群体期望杂合度和多态信息含量平均值分别为0．7270±0．0709和0．6750±0．0824．群体内近交系数平均值为-0．2300±0．003。表明两个家兔群体的微卫星座位有丰富的遗传多样性。     

利用微卫星标记分析不同保种场的保种效果

分别采用23对微卫星引物分析了我国两个地方品种北京油鸡和北京鸭在不同保种场的保种效果。检测了北京油鸡和北京鸭共计240个个体的基因型,通过计算等位基因数量、遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、F统计量和Nei氏遗传距离分析了北京油鸡和北京鸭群体内与群体间的变异,比较了两个品种不同保种场的保种效果。在所检测的4个群体中,各群体均有较高的多态性,其杂合度均超过了0.5,除微卫星座位APL82(北京鸭Ⅱ)为纯合位点外,各位点等位基因数量为2~16个。结果表明,4个保种场均较好地保存了这些品种的遗传多样性,但同一品种保种场间保种群体已经发生了分化。     

3个品种兔微卫星标记的遗传多样性研究

为分析福建黄兔、新西兰兔、日本大耳白兔群体内的遗传变异情况和群体间的遗传相关性,本试验选取3个品种兔各25只,分别耳静脉采血并采用试剂盒抽提全血基因组,运用15个微卫星标记,结合荧光PCR技术和毛细管电泳方法获得目的片段,通过计算等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量和遗传距离,分析3个品种兔的遗传多样性。结果显示,3个品种兔在15个座位共检测到110个等位基因,平均等位基因数为7.3个,其中福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别检测到95、95和88个等位基因,且分别在11、12和11个微卫星座位表现为高度多态,表明3个品种兔在筛选的15个微卫星座位均呈现较丰富的遗传多态信息。Hardy-Weinberg遗传平衡检验结果表明,福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别有8、8和6个座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态。Nei氏遗传距离分析显示,福建黄兔与新西兰兔、福建黄兔与日本大耳白兔、新西兰兔与日本大耳白兔的Nei氏遗传距离分别为0.1761、0.2347和0.0432。遗传距离越小时,相似度越高,亲缘关系越近,因此,新西兰兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最近,福建黄兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最远。     

家兔群体遗传变异的微卫星标记

选用欧洲野生穴兔的5个微卫星座位,分析了5个品种(系)家兔群体的遗传变异.结果表明:Vc-Ⅱ系獭兔的群体内平均多态信息含量和平均杂合度均最大,分别为0.552 6和0.620 2;新西兰兔群体内平均多态信息含量和平均杂合度都最小,分别为0.451 5和0.526 1,说明在5个品种(系)家兔中,新西兰兔群体内变异较小,相对较纯;Vc-Ⅱ系獭兔群体内变异较大,纯度相对较小.但总的来看,5个品种(系)家兔的平均多态信息含量和平均杂合度相差都不大,说明Vc獭兔在遗传性能上已接近其他优良品种兔.聚类结果表明:Vc-Ⅰ系獭兔与Vc-Ⅱ系獭兔亲缘关系最近,与日本大耳兔、青紫蓝兔亲缘关系较近,与新西兰兔亲缘关系最远,这与Vc獭兔育种事实相符.在Sat4和Sat8座位分别检测出了一条Vc獭兔所特有的条带,从而为进一步研究Vc獭兔的遗传特性打下良好的基础.     

微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性

采用8个微卫星座位对福建省5个地方猪种(槐猪、官庄花猪、莆田黑猪、闽北花猪、武夷黑猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、Nei氏标准遗传距离。结果表明:8个位点均为高度多态位点;5个猪种群体内的遗传多样性比较高,8个微卫星位点平均杂合度介于0.7006～0.7760之间;多态信息含量在0.6917～0.7609之间;槐猪与武夷黑猪的遗传距离最小0.5531,官庄花猪与闽北花猪的遗传距离最大0.8618。     

利用微卫星标记分析江苏三个地方鸡品种的遗传多样性

利用30个微卫星DNA标记对3个江苏地方鸡品种进行遗传多样性分析，通过计算等位基因频率、多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数和遗传距离，评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关。结果表明：江苏的3个品种在30个微卫星上共发现196个等位基因，其中96个等位基因为三个品种共有，47个等位基因为各品种所特有；3个地方鸡品种的平均杂合度：狼山鸡为0．655，鹿苑鸡为0．681，溧阳鸡为0．687；狼山鸡与溧阳鸡的遗传距离较小，而两鸡与鹿苑鸡的遗传距离较远。     

6个绵羊品种微卫星多样性分析

为检测兰坪乌骨绵羊的遗传多样性及其与其他5个绵羊品种（湖羊、小尾寒羊、杜泊羊、特克塞尔羊和无角陶赛特羊）的亲缘关系,试验选择9个微卫星位点对共计117个体进行了检测,将各微卫星位点的PCR扩增产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,POPGEN32软件计算遗传参数。结果表明,9个微卫星位点均表现为高度多态,各绵羊群体内的PIC平均值为湖羊（0.7211）>陶赛特羊（0.6780）>小尾寒羊（0.6492）>乌骨绵羊（0.6479）>特克塞尔羊（0.5930）>杜泊羊（0.5728）。6个品种中乌骨绵羊的平均杂合度最大（0.9543）,而杜泊羊最小（0.2556）。UPGMA聚类分析表明,湖羊与小尾寒羊首先聚为一类,乌骨绵羊与湖羊、小尾寒羊遗传距离较近,而与3个引进品种的遗传距离较远。这些结果提示乌骨绵羊可与湖羊或小尾寒羊杂交提高繁殖力,与引进品种杂交提高肉用性能。     

新昌宫廷黄鸡遗传多样性及遗传结构分析

为研究新昌宫廷黄鸡的遗传多样性及遗传结构,本实验利用STR分型技术对新昌宫廷黄鸡在26个微卫星位点上的遗传多样性进行检测,并分析其与仙居鸡、萧山鸡、龙游麻鸡、丝羽乌骨鸡和白耳黄鸡的遗传距离。结果显示:新昌宫廷黄鸡平均有效等位基因数为4.03个,多态信息含量变幅为0.41～0.85,平均为0.67,观察杂合度平均为0.60,期望杂合度平均为0.72,Shannon信息指数平均为1.50,表明宫廷黄鸡26个遗传位点具有高度多态性,即该群体具有较高的遗传多样性;基于遗传距离NJ系统进化树将6个不同群体聚为两大簇,其中白耳黄鸡单独成一簇,其他5个品种聚为一簇,与宫廷黄鸡遗传距离从小到大依次为丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡、萧山鸡、仙居鸡、白耳黄鸡,基于FCA分析结果与遗传距离NJ系统进化树结果一致。