SYBR Green Ⅰ荧光检测痕量宿主DNA

基于SYBR Green Ⅰ荧光染料与双链DNA结合产生荧光的原理,建立一种痕量DNA荧光检测方法.采用不同稀释倍数的SYBR Green Ⅰ荧光染料做DNA的标准曲线,确定SYBR Green Ⅰ荧光染料的最佳稀释倍数.比较荧光法和Southern blotting杂交法定量DNA.结果表明,SYBR Green Ⅰ荧光染料稀释倍数为1:10 000时线性范围广,线性关系好(R2=0.9999);荧光法和Southern blotting杂交法可以相互印证.由此可知,SYBR Green I荧光法定量DNA是一种快速、稳定的痕量DNA检测方法.     

SYBR Green Ⅰ模式荧光RT-PCR鉴别新城疫病毒毒力

【方法】根据NDV的F蛋白裂解位点附近的序列，设计分别对应于NDV强毒和弱毒的两对引物，然后用SYBR Green Ⅰ模式的荧光RT-PCR方法比较两对引物对同一NDV的RNA扩增效率以及扩增产物的Tm值，来区分NDV的毒力。【结果】对8株NDV进行检测并测定其鸡胚平均致死时间（MDT），荧光RT-PCR方法的检测结果和MDT测定的结果完全一致，说明此荧光RT-PCR法可用于NDV毒力检测。     

基于SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR建立生乳及乳制品沙门氏菌快速检测技术

生乳易受沙门氏菌污染,并大量繁殖;经加工的乳制品细菌数大大减少,但仍存在沙门氏菌污染的风险。试验按生乳及乳制品沙门氏菌污染水平研究样品前处理方法,采用煮沸裂解法快速提取总DNA,针对沙门氏菌invA基因建立SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR快速检测技术。建立的方法具有良好的特异性和较高的灵敏度,其中生乳沙门氏菌检出限为102cfu.mL-1,方法的检测线性范围为102～108cfu.mL-1,相关系数(R2)为0.999,扩增效率为103%;乳制品沙门氏菌经16 h增菌后检出限达到1 cfu.[25 g(mL)]-1。该技术可用于生乳中沙门氏菌的高效筛查及定量检测,检测一个样品仅需3 h;同时,可用于乳制品的准确定性检测,检测周期为1 d;且方法重复性好、准确度高、操作简单,为乳制品企业快速检测沙门氏菌提供了有效的技术手段。     

PPV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立一种能够快速、灵敏地检测猪细小病毒（PPV）的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank中的PPV VP2基因序列,设计并合成1对引物。通过常规PCR,扩增猪细小病毒VP2基因,并将其纯化的PCR产物克隆入pGEM-T Easy 载体中,构建重组质粒。对扩增程序中的荧光染料浓度、引物浓度和Mg²⁺浓度条件进行优化,建立最佳的荧光定量 PCR 反应体系和标准曲线。以阳性重组质粒为模板,建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对其灵敏性、特异性和重复性进行检验。应用建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对临床60份疑似PPV病料进行检测,同时与血凝试验(HA)和常规PCR方法的检测效果进行比较。【结果】 在25 μL扩增体系中,Mg²⁺终浓度为4.5 mol/L、SYBR Green染料浓度为20 μmol/L、引物浓度为25 μmol/L时,本底反应最小、循环阈值最低、扩增效率最高。所建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法能够特异、定量地检测猪细小病毒,灵敏度达20 TCID₅₀/mL;在临床样品检测中,其检出率比常规PCR方法高13.3%。【结论】 成功建立了PPV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,为临床猪细小病毒的早期诊断及定量分析病毒的感染程度奠定了基础。     

鸡传染性法氏囊病病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

R-PCR扩增IBDV的VP5基因保守片段,将其克隆到pMD18-T载体,经测序鉴定得到阳性质粒.以阳性质粒为标准品,建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR的标准曲线和溶解曲线.结果表明,IBDV荧光定量PCR的标准曲线Ct值与3.29×10～3.29×108之间的病毒基因拷贝数呈现良好的线性关系.该方法...     

GCLV病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank发表的大蒜普通潜隐病毒(GCLV)的外壳蛋白基因的保守序列设计了一对引物,以全基因序列合成的方法获得质粒标准品,以此质粒标准品为模板建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测GCLV的方法.该方法在4.2×101~4.2×107拷贝之间呈现良好的线性关系,相关系数为0.999,扩增效率为106%,最低可检测42拷贝/PCR反应阳性标准品,比常规PCR敏感100倍;扩增产物的溶解曲线只出现1个单特异峰,无引物二聚体,溶解温度为(77.5±0.9)℃;重复性好,组内变异系数为0.2%~1.1%.用该方法对疑似带病的大蒜材料进行检测,结果表明GCLV-SYBR GreenⅠPCR特异性强,操作简便,敏感性高,可以用于GCLV感染的检测及定量分析.     

人双埃克病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种能快速、简便、灵敏地检测人双埃克病毒(Human Parechovirus,HPeV)SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR检测方法,根据GenBank发表的人双埃克病毒8个基因型的参考毒株全序列,针对5′端非编码区保守序列设计1对特异性引物,通过RT-PCR扩增此靶序列,构建重组质粒作为标准阳性模板,经过优化反应条件,建立标准曲线和融解曲线,对其灵敏性、特异性和重复性进行评价;检测临床粪便样品共156份,并与常规套式RT-PCR检测结果进行比较。结果显示,建立的标准曲线Ct值与模板浓度呈现良好的线性关系(r2=0.999),融解曲线特异,检测灵敏度可达60拷贝/μL,比常规PCR检测方法高100倍,重复性变异系数小(<1%),能特异地检测HPeV。临床样本检测结果也表明该法(检出30份)灵敏度高于套式RT-PCR(检出21份)。实验结果证明建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,有望成为HPeVs的分子诊断、流行病学调查等相关研究的工具。     

猪细小病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR诊断试剂盒的研制

根据GenBank中猪细小病毒VP2基因序列设计特异性的引物,PCR扩增获得猪细小病毒VP2基因片段,并克隆到pMD-18T载体上作为阳性标准品.通过对SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR反应条件的优化,建立了猪细小病毒的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR诊断方法,以此为基础研制出试剂盒.试剂盒扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,对PRV、PCV-2、E.coli、CSFV、PRRSV均无阳性信号扩增,可重复性好,测灵敏度可达1.0×101拷贝/μL.结果表明,研制的猪细小病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR试剂盒具有特异、灵敏、快速、重复性好等优点,适合于猪细小病毒临床样品的检测.     

SYBR GreenⅠ结合碳纳米管对金黄色葡萄球菌的快速检测

[目的]建立一种快速、准确检测金黄色葡萄球菌tst基因的方法,为预防和控制金黄色葡萄球菌感染提供检测手段.[方法]采用一段特异识别金黄色葡萄球菌的DNA探针来识别基因组DNA,通过识别荧光染料SYBR Green Ⅰ的信号来实现检测.通过对此方法的可行性、单壁碳纳米管最适浓度、目标链最适浓度、特异性等进行验证,建立产TSST-1金黄色葡萄球菌tst基因的检测体系.[结果]在仅加入终浓度为1.07 nmol/L目标DNA的条件下,荧光值的恢复率达91%,荧光值的增强值为4.764.最适碳纳米管浓度为30 μg/mL,最适目标DNA浓度与探针DNA浓度相等,为1.07nmol/L.特异性检测结果表明,该检测方法可以区分具有高相似性的序列(2-或12-nt的区别).[结论]SYBR Green Ⅰ结合碳纳米管适用于环境、食品及临床检验中对携带tst基因的金黄色葡萄球菌的快速检测.     

SYBR Green Ⅰ实时PCR鉴定检测转基因油菜RT73品系

利用特殊性引物，应用SYBR Green Ⅰ实时PCR技术鉴定检测了商业化种植的转基因油菜RT73品系。结果表明，应用实时PCR技术，利用SYBR GreenⅠ染料能选择性结合双链DNA的特点，可检测到RT73品系特异性靶序列扩增所产生的荧光信号，且通过溶解曲线确定其熔点值为（80．2±0．5）℃，而对其他油菜品系则检测不到荧光信号。SYBR GreenⅠ实时PCR能通过溶解曲线有效地区分了特异性产物、非特异性产物以及引物二聚体，是基因鉴定检测的新方法。     

SYBR Green I 实时荧光定量PCR检测小麦纹枯病菌体系的建立和应用

【目的】纹枯病是小麦生产上重要的土传病害之一,早期准确定量检测病原是病害预测预报及实现有效防控的基础。传统组织分离鉴定方法费时、程序复杂,而且无法做到准确定量。为实现小麦纹枯病早期快速准确定量检测,研究旨在建立小麦纹枯病菌（Rhizoctonia cerealis）的SYBR Green I实时荧光定量PCR（real-time PCR）检测方法。【方法】根据小麦纹枯病菌的β-tubilin序列,设计1对特异性引物,建立并优化SYBR Green I real-time PCR反应体系,利用小麦纹枯病菌、立枯丝核菌（R. solani）、双核丝核菌AG-A和AG-F菌株、小麦全蚀病菌（Gaeumannomyces graminis var. tritici）、小麦根腐病菌（Bipolaris sorokiniana）、小麦茎基腐病菌假禾谷镰孢（Fusarium pseudograminearum）和禾谷镰孢（F. graminearum）等8种小麦根部或土壤病原物的菌丝DNA进行普通PCR和real-time PCR特异性检测,并对灵敏度、可重复性进行评价。利用该体系分别检测接种后5、10、60 d不同接种浓度的盆栽小麦病株。【结果】研究设计的引物特异性强,普通PCR检测结果仅小麦纹枯病菌DNA有扩增条带。Real-time检测结果表明该对引物对小麦纹枯病菌只有唯一的产物吸收峰,对其余供试菌株均未检测到荧光信号。普通PCR检测的灵敏度为6.5×10³ copies/μL, real-time PCR的灵敏度可达到6.5×10² copies/μL。以携带目的基因片段的重组质粒为标准品,构建的real-time PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,熔解曲线的吸收峰单一,相关系数为0.997,扩增效率为0.91。对人工接种的盆栽小麦病株进行real-time PCR检测,结果表明与病情指数和接种量分别呈显著正相关。【结论】研究建立的基于real-time PCR技术的小麦纹枯病菌快速检测方法速度快、灵敏度高、特异性强、重复性好。可以用于小麦纹枯病菌检测、指导病害预测和防治。     

SYBR Green I 结合碳纳米管对金黄色葡萄球菌的快速检测

【目的】建立一种快速、准确检测金黄色葡萄球菌tst 基因的方法,为预防和控制金黄色葡萄球菌感染提供检测手段。【方法】采用一段特异识别金黄色葡萄球菌的DNA探针来识别基因组DNA,通过识别荧光染料SYBR Green I的信号来实现检测。通过对此方法的可行性、单壁碳纳米管最适浓度、目标链最适浓度、特异性等进行验证,建立产TSST-1金黄色葡萄球菌tst 基因的检测体系。【结果】在仅加入终浓度为1.07 nmol/L目标DNA的条件下,荧光值的恢复率达91%,荧光值的增强值为4.764。最适碳纳米管浓度为30 μg/mL,最适目标DNA浓度与探针DNA浓度相等,为1.07 nmol/L。特异性检测结果表明,该检测方法可以区分具有高相似性的序列（2-或12-nt的区别）。【结论】SYBR Green I结合碳纳米管适用于环境、食品及临床检验中对携带tst 基因的金黄色葡萄球菌的快速检测。     

SYBR GreenI模式荧光RT-PCR鉴别新城疫病毒毒力

 【方法】根据NDV的F蛋白裂解位点附近的序列，设计分别对应于NDV强毒和弱毒的两对引物，然后用SYBR Green I模式的荧光RT-PCR方法比较两对引物对同一NDV的RNA扩增效率以及扩增产物的Tm值，来区分NDV的毒力。【结果】对8株NDV进行检测并测定其鸡胚平均致死时间（MDT），荧光RT-PCR方法的检测结果和MDT测定的结果完全一致，说明此荧光RT-PCR法可用于NDV毒力检测。     

SYBR Green I实时荧光PCR鉴定检测转基因油菜RT73品系

根据转基因油菜RT73品系转入的外源基因质粒图谱,设计品系鉴定的特异性引物,进行SYBR!Green I实时PCR检测,建立转基因油菜品系鉴定的SYBR Green I实时PCR方法。同时针对油菜FatA基因设计出内源基因。结果表明：应用实时PCR技术,利用SYBR Green I染料能选择性结合双链DNA的特点,可检测到RT73品系特异性靶序列扩增所产生的荧光信号,且通过溶解曲线确定其熔点值为80.2（±0.5）。SYBR Green I实时PCR能通过溶解曲线有效地区分特异性产物、非特异性产物以及引物二聚体,是鉴定转基因油菜RT73品系的新方法。     

大鲵柱状黄杆菌SYBR Green I 荧光定量PCR 诊断试剂盒的研制

根据GenBank中柱状黄杆菌16SrRNA 序列,设计1对特异性引物,PCR 扩增获得16SrRNA 基因片段,并克隆到pMD-18T载体上作为阳性标准品。通过对SYBR Green I荧光定量PCR反应条件的优化,建立了黄杆菌的SYBR Green I荧光定量PCR 诊断方法,以此为基础研制试剂盒。试剂盒扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,对嗜水气单胞菌、荧光假单胞菌、迟缓爱德华、弗氏柠檬酸杆菌均无阳性信号扩增,重复性好,灵敏度可达12 拷贝/μL。结果表明,研制的柱状黄杆菌SYBR Green I实时荧光定量PCR试剂盒具有特异、灵敏、快速、重复性好等特征,适合于大鲵临床样品的检测。     

跨膜蛋白39A基因SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及评价

为建立一种快速检测跨膜蛋白39A(TMEM39A)基因的方法,根据GenBank中登录的不同种属TMEM39A基因序列的保守区域,设计并合成1对荧光定量通用性引物,经过条件优化,建立了检测TMEM39A基因的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法。结果显示:标准品模板在3.937×10⁸~3.937×10³拷贝·μL^-1范围内呈良好的线性关系,R²可达0.999;该方法特异性较好,检测灵敏度可达3.937×10² 拷贝·μL^-1;组内和组间变异系数均小于1%,具有较高的重复性和稳定性;利用该方法能够检测出不同细胞中的TMEM39A含量,具有种属通用性。该研究方法的建立为临床上提供了一种TMEM39A的快速检测和定量分析技术。     

奶牛GPR109A基因SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

[目的]建立奶牛G蛋白偶联受体109A基因(GPR 109A)的实时荧光定量PCR检测方法,为开展奶牛产后脂类代谢紊乱及酮病发生机理研究奠定基础.[方法]根据GenBank中奶牛GPR 109A基因和卢-actin基因(内参基因)的mRNA保守序列设计合成两对引物,以奶牛肝脏组织cDNA为模板,PCR扩增目的基因后与载体连接构建重组质粒,以SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR进行扩增,绘制标准曲线,并对其特异性、敏感性、重复性等进行检验.[结果]GPR109A基因和β-actin基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程分别为y=-3.309x+10.92(R2=0.9985)和y=-3.289x+9.794(R2 2=0.9997),扩增效率分别为101.0％和100.0％.特异性试验结果显示,GPR 109A基因和β-actin基因的溶解曲线峰单一,无引物二聚体和非特异性扩增产物生成;敏感性试验结果显示,线性扩增范围广,可检测到1.8×102个拷贝的GPR109A基因;重复性试验结果显示,各扩增反应的变异系数(CV)小于或等于1.7％.[结论]基于GPR109A基因建立的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR具有操作简便、敏感性高、特异性强和重复性好等特点,可用于牛源性GPR109A基因表达量的快速检测和定量分析.     

抗草甘膦转基因大豆PCR定量检测研究

试验建立大豆中转基因成分的定量测定方法。采用双链DNA SYBR Green I结合染料实时荧光定量PCR技术，扩增编码大豆凝集素的内参照基因lec和抗草甘膦转基因大豆中的外源花椰菜花叶病毒CaMV35s基因。绘制2种基因扩增的循环数一拷贝数标准曲线图，根据标准曲线方程计算样品中的转基因含量；并作重现性和熔解曲线分析。结果表明，lec和CaMV35s基因标准曲线方程线性好，R^2值分别达到0．9997和0．9992。不同转基因含量的标准及模拟大豆样品定量显示，实测值与实际值接近，相对偏差5％～11％。SYBR Green I实时定量PCR方法可用于定量测定大豆中转基因品种的含量。     

SYBR~ GreenI实时PCR鉴定检测转基因油菜RT73品系

利用特殊性引物,应用SYBR Green I实时PCR技术鉴定检测了商业化种植的转基因油菜RT73品系。结果表明,应用实时PCR技术,利用SYBR Green I染料能选择性结合双链DNA的特点,可检测到RT73品系特异性靶序列扩增所产生的荧光信号,且通过溶解曲线确定其熔点值为(80.2±0.5)℃,而对其他油菜品系则检测不到荧光信号。SYBR Green I实时PCR能通过溶解曲线有效地区分了特异性产物、非特异性产物以及引物二聚体,是基因鉴定检测的新方法。     

独一味基因表达SYBR Green I 荧光定量 PCR检测方法的建立

为了建立一种检测独一味mRNA 表达水平的SYBR Green I 荧光定量Real-Time PCR 方法。根据独一 味查尔酮合成酶(LrCHS）和苯丙氨酸解氨酶(LrPAL）基因序列设计特异性引物,运用Real-Time RT-PCR 方法建立 独一味基因的荧光定量标准曲线,进一步研究独一味CHS 和PAL 基因在不同组织中的表达。结果显示,扩增曲线在 1伊105耀1伊1011 copies/滋L 范围内有很好的线性关系,扩增相关系数在0.995 以上。熔解曲线分析表明,产物为特异单 峰,无引物二聚体,具有较高的特异性和灵敏度。独一味CHS 基因在不同组织中表达量顺序为花>叶>叶柄>根>茎, PAL 基因表达量顺序为叶柄>叶>花>根>茎。建立的检测方法能够成功用于独一味CHS 和PAL 基因表达的检测,为 研究独一味在mRNA 水平的定量分析提供技术平台。