绵羊瘤胃微生物基因组DNA提取方法的探讨

本研究针对瘤胃内容物成分复杂、微生物种类繁多,且难于培养和分离这一特点,本着为采用免培养技术研究瘤胃微生物提供前期样本这一目的,对现在常用的五种基因组DNA提取方法进行了比较。试验结果得出应用珠磨-SDS/CTAB/PVP法所提瘤胃微生物基因组DNA质量及纯度较好,总DNA长度大于20kb,OD260/OD280在1.7以上。同时对所提的DNA应用PCR方法进行了检测,可以成功扩增出瘤胃中的古细菌、真细菌和真菌16/18SrDNA片断,进一步证明了此方法的优越性及可行性,为后续一些分子生物学试验提供质量较高的DNA模板。     

瘤胃总甲烷菌实时荧光定量PCR方法的构建

试验构建了瘤胃总甲烷菌实时荧光绝对定量PCR的标准品及标准曲线用于总甲烷菌的定量测定,并提取瘤胃微生物总DNA, 以甲烷菌特异性引物进行PCR扩增, 回收纯化PCR产物,与pBS-T载体连接并转化到大肠杆菌,再用氨苄西林培养基筛选阳性重组质粒, 提取含目的片段质粒DNA, 通过PCR及测序鉴定重组质粒.根据OD值确定浓度, 将梯度稀释的质粒作为模板, 进行荧光定量PCR反应并作出标准曲线.结果表明: 所构建的标准曲线具有很高的相关性(R2=0.992), 并获得了高扩增效率产物.     

瘤胃总甲烷菌实时荧光定量PCR方法的构建

试验构建了瘤胃总甲烷菌实时荧光绝对定量PCR的标准品及标准曲线用于总甲烷菌的定量测定,并提取瘤胃微生物总DNA,以甲烷菌特异性引物进行PCR扩增,回收纯化PCR产物,与pBS-T载体连接并转化到大肠杆菌,再用氨苄西林培养基筛选阳性重组质粒,提取含目的片段质粒DNA,通过PCR及测序鉴定重组质粒.根据OD值确定浓度,将梯度稀释的质粒作为模板,进行荧光定量PCR反应并作出标准曲线.结果表明:所构建的标准曲线具有很高的相关性(R2=0.992),并获得了高扩增效率产物.     

沙拐枣DNA提取方法改进及PCR扩增检测

利用改进的提取沙拐枣Calligonum mongolicumDNA的CTAB方法,从沙拐枣当年鲜根提取总DNA,以琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测,并进行PCR扩增试验。结果显示,所提取的DNA片段大小在20 kb以上,OD260/OD280比值为1.880~1.900,OD260/OD230比值为2.000~2.040,DNA的浓度0.380~0.470μg/mL,DNA纯度较高,可直接用于随机扩增的DNA多态性(RAPD)标记,条带清晰、迁移率低而整齐。     

鹌鹑肠道微生物总DNA的最佳提取方法

为了获取高质量、较完整的肠道菌群基因组DNA,试验采用常规的饱和苯酚/氯仿法(方法一)、牛瘤胃DNA的提取法(方法二)和对上述两种方法进行优化后得到的肠道微生物DNA的提取法(方法三)对鹌鹑肠道微生物总DNA进行了提取,并对结果进行了比较。结果表明:应用方法一和方法二提取的DNA浓度比较低,电泳显示样品DNA条带没有方法三明亮;以方法三提取的肠道总DNA为模板,采用细菌通用引物,对其16S rDNA V3可变区进行PCR扩增,得到较清晰的图谱,条带整齐。说明采用方法三提取鹌鹑肠道微生物DNA较完整,可用于后续的分子生物学试验研究。     

实时荧光定量PCR对瘤胃纤维分解菌定量方法的构建

试验构建了白色瘤胃球菌、黄色瘤胃球菌及产琥珀酸丝状杆菌等3种瘤胃纤维分解菌实时荧光绝对定量PCR的标准品及标准曲线,以用于纤维分解菌的定量测定。提取瘤胃微生物总DNA,以各菌特异性引物进行PCR扩增,回收纯化PCR产物,与pMD18-T Vector连接并转化到大肠杆菌。用氨苄青霉素培养基筛选阳性重组质粒,提取含目的片段质粒DNA,通过PCR及测序鉴定重组质粒。根据OD值确定浓度,将梯度稀释的质粒作为模板,进行荧光定量PCR反应做出标准曲线。结果表明:所构建的3条标准曲线具有很高的相关性(R2>0.999),并获得了高扩增效率产物(白色瘤胃球菌为101%、黄色瘤胃球菌为98.0%、产琥珀酸丝状杆菌为97.7%),说明成功构建了瘤胃纤维分解菌实时绝对定量PCR的标准品和标准曲线,为定量研究瘤胃纤维分解菌奠定基础。     

四川部分地区新生仔猪病毒性腹泻的病原学诊断

根据参考文献合成5对针对猪传染性腹泻病毒(PEDV)M基因、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S基因、猪轮状病毒(PRV)VP4基因、博卡病毒(PBoV)VP1/VP2基因、猪库布病毒(PKoV)3D基因,可分别特异扩增出大小为467 bp、1 062 bp、750bp、496bp和323 bp的DNA片段的特异性引物,对四川部分地区2011年10月至2012年5月新生仔猪腹泻病例样本进行RT-PCR、PCR检测和透射电镜观察。检测结果显示,SC1、SC2猪场的病例样本均扩增出PKoV 3D基因特异性DNA片段,均未扩增出TGEV、PRV、PBoV的特异性DNA片段,仅SC1猪场有1份样本扩增出PEDV M基因的特异性DNA片段。测序结果表明,扩增出的PKoV 3D基因特异性DNA片段大小为323 bp,与GenBank登录序列同源性均在95%以上;扩增出的PEDV M基因特异性DNA片段大小为467 bp,与GenBank登录序列同源性均在98%以上。透射电镜观察结果显示,两个猪场样本均可见有直径大小为25、30 nm的球形病毒颗粒。结果显示,此次四川部分地区猪场发生的病毒性腹泻病例均存在PKoV感染,说明PKoV与此次疫情有紧密联系。     

两种动物组织DNA提取方法的比较

本试验以猪耳组织为试验样本,采用酚-氯仿抽提方法[1]和DNA提取试剂盒方法进行DNA提取的对比试验,并通过核酸蛋白定量仪测量了DNA浓度和纯度,并进行了PCR扩增实验。试验表明,两种提取方法都可以进行PCR扩增试验,但采用试剂盒提取方法提取DNA可以直接进行PCR扩增,而酚-氯仿提取法需放置一段时间后效果好,并且采用试剂盒提取的DNA纯度高、速度快、节省耗材、结果稳定、重复性强,适合大量DNA提取试验。     

犊牛盲肠微生物总DNA的提取方法

采用反复冻融法、玻璃珠法和超声波+反复珠磨的方法提取犊牛盲肠的微生物总DNA,并对以上三种方法进行比较,从中确定最佳的方法,以实现普通实验条件下成功提取符合PCR扩增要求的DNA.经紫外分光光度分析表明,超声波+反复珠磨的方法所得的DNA的A<,260>/A<,280>的比值为1.81,0.8%琼脂糖凝胶电泳结果显示,所提DNA片段分子量大于20 kb,适于酶解和PCR扩增要求.以提取的DNA样品为模板,利用细菌通用引物,对其16S rDNA进行PCR扩增,获得了1.7 kb大小特异性很好的预期条带.这是研究犊牛盲肠微生物的关键一步.     

小鼠脑14-3-3ζ蛋白的基因克隆及鉴定

提取小鼠脑组织总RNA,采用RT-PCR法扩增14-3-3ζ蛋白的cDNA,将PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体上,并用双酶切法和PCR法对结果进行鉴定。结果显示,RT-PCR扩增出1条大小约为738 bp的特异性条带,双酶切法和PCR法鉴定结果表明,PCR产物已被克隆到pGEM-T Easy载体中。DNA测序结果表明,所克隆的DNA片段与GenBank中已收录序列一致,表明小鼠脑14-3-3ζ蛋白重组pGEM-T克隆载体构建成功。     

一种禽类血液基因组DNA高效提取通用方法的建立

为了建立一种适合禽类血液的廉价、高效、通用的基因组DNA提取方法,试验采用鸡、鸭、鹅、鸽、火鸡、麻雀6种禽类血液为材料,提取的禽类血液DNA经微量分光光度计分析、基因组DNA凝胶成像分析以及PCR扩增效果检测。结果表明:提取的6种禽类血液DNA质量较好(OD260/OD280值范围为1.80~1.84,OD260/OD230值范围为2.21~2.30),基因组DNA电泳主条带和PCR扩增产物条带清晰、整齐、无拖带。说明本方法能够完全适用于大批量禽类血液基因组DNA的提取,且DNA纯度较好,满足后续相关分子生物学试验要求。     

PCR-RFLP方法在蛔虫种间鉴别上的应用

研究应用PCR－RFLP方法初步鉴别了4种不同蛔虫。从猪蛔虫、人蛔虫、犬弓首蛔虫及鸡蛔虫中分别提取基因组DNA，通过PCR扩增得到长度分别约为450bp、450bp、530bp、550bp的PCR产物。经与国外报道相比较，确认完整扩增出4种蛔虫的第二内部转录间隔区（ITS－2）片段。PCR产物经限制性内切酶HaeⅢ和Hinf I酶切鉴定，通过产生的特异性片段首先可以区分犬弓首蛔虫与鸡蛔虫。通过对4种蛔虫的基因组DNA进行扩增，得到长度分别约为980bp、980bp、1050bp、1070bp的PCR产物。经与国外报道相比较，确认完整扩增出4种蛔虫的ITS－1、ITS－2及5.8S核糖休DNA。PCR产物经限制性内切酶HaeⅢ酶切鉴定，通过产生的特异性片段可以区分出猪蛔虫与人蛔虫。通过PCR－RFLP分析，初步推测猪蛔虫与人蛔虫仍为两个独立虫种，但尚需进一步研究确认。     

水貂FSH-β基因序列的克隆与测序

从水貂腿部肌肉中分离提取总DNA,经PCR扩增出水貂FSH-β基因DNA序列。PCR产物经凝胶回收纯化,连接到pMD-18T载体上,然后转化到感受态细胞JM109中。在含X-gal和IPTG的LB(Amp+)平板上筛选阳性克隆菌落,提取质粒作限制性酶切及PCR鉴定后,对目的片段进行测序。结果表明, PCR 扩增出的DNA片段碱基数为500 bp,通过Blast比对,分析了其与人、牛、猪、绵羊、鼠促卵泡激素核苷酸序列的同源性。     

瘤胃微生物总DNA快速提取法研究

本文介绍了一种简便快速地提取瘤胃微生物细胞总DNA的方法,该法是对提取植物的CTAB法进行改进而成。与经典反复冻融 SDS/蛋白酶K裂解法相比,该法可在数小时内高效地提取瘤胃内容物总DNA,经琼脂糖凝胶电泳对所提取瘤胃微生物总DNA进行检测,证明所获得的瘤胃总DNA符合分子生物学操作要求。     

秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法的比较试验

[目的]本试验的目的是优化秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法。[方法]针对秦川牛特有的生理及生物学特性,采取珠磨法、反复冻融法、液氮研磨法、超声波法提取微生物DNA,并获得一种提取秦川牛瘤胃胃微生物DNA的最佳方法。[结果]珠磨法、反复冻融法提取的DNA片段较完整,DNA含量较高。[结论]珠磨法和反复冻融法是较科学的提取方法。     

瘤胃微生物总DNA快速提取法研究

本文介绍了一种简便快速地提取瘤胃微生物细胞总DNA的方法,该法是对提取植物的CTAB法进行改进而成.与经典反复冻融＋SDS/蛋白酶K裂解法相比,该法可在数小时内高效地提取瘤胃内容物总DNA,经琼脂糖凝胶电泳对所提取瘤胃微生物总DNA进行检测,证明所获得的瘤胃总DNA符合分子生物学操作要求.     

不同提取方法对食蟹猴粪便中结肠小袋虫PCR检测的影响

比较不同抽提方法对结肠小袋虫DNA提取效率的影响,从而获得一种高效、稳定的提取粪便样品总DNA的方法,继而为后续试验提供基础材料.采用3种商品化基因组DNA提取试剂盒和经典酚-氯仿法,分别对食蟹猴粪便样品进行DNA提取,作为模板,进行PCR检测,观察不同抽提方法对DNA扩增效果的影响.4种提取方法均能扩增出目的条带,粪...     

采用四引物ARMS-PCR方法检测奶牛乳腺组织DGAT1基因单核苷酸多态性

试验旨在快速有效地检测泌乳奶牛的二酰甘油转酰基酶1（diacylgycerol acyltransferase 1,DGAT1）乳脂量性状的优势等位基因K232A单核苷酸多态性,确定DGAT1基因型进而确定泌乳性状,为中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择提供技术支持。选取6头泌乳初期（3头为高乳产量牛,3头为低乳产量牛）中国北方荷斯坦奶牛为研究对象,提取乳腺组织基因组DNA,分别设计1对外引物和1对内引物,建立一种四引物ARMS-PCR体系快速检测奶牛乳腺组织DGAT1基因单核苷酸多态性。结果发现,外引物扩增片段长度为512 bp,为PCR反应的阳性对照,基因型为232K扩增片段长度为369 bp,基因型为232A扩增片段长度为181 bp。PCR结果显示,6头牛的乳腺组织样本均由外部引物扩增出长度为512 bp的片段,泌乳期高乳产量奶牛和泌乳期低乳产量奶牛乳腺组织的特异性扩增片段长度均为181 bp。表明本研究选取的6头奶牛样本DGAT1基因K232A多态性均为232A型。提示该PCR鉴定方法能够快速有效地鉴定奶牛DGAT1基因型,可用于中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择。     

利用多重PCR技术快速鉴定牛性别的研究

为了建立一套简单、快速鉴定性别的方法,试验根据牛的Beta基因及SRY基因,设计2对引物(β-1,2和SRY-1,2),对牛96个牛肉DNA样本进行PCR性别鉴定。结果表明:雄性样品扩增出了300 bp和429 bp 2条片段,而雌性样品只能扩增出300 bp 1条片段。40个牛血液DNA样本鉴定结果与实际性别对比,雄性、雌性准确率均为100%。     

应用巢式POR方法检测牛支原体肺炎

根据Genbank发表的牛支原体全基因序列,设计2对特异性引物,建立了诊断牛支原体肺炎的巢式PCR方法,第一轮引物P1、P2扩增片段长度为1912bp,第二轮引物P3、P4扩增片段长度为422bp：该方法特异性试验未扩增出丝状支原体丝状亚种小克隆和无乳支原体特异性条带;敏感性试验证明扩增DNA最低含量达到10—7Hg／mL,是单一PCR的10^3倍;用该方法对阳性病料进行检测,均扩增出特异性片段。该体系的成功构建,可以为牛支原体肺炎的活体检测,和流行病学调查提供技术支持。