野生毛花猕猴桃果实表型性状及SSR遗传多样性分析

以江西省武功山境内的70份野生毛花猕猴桃种质资源为试材,对其果实表型性状、SSR遗传多样性及其亲缘关系进行分析和评价。根据UPOV（国际植物新品种保护联盟）公布的猕猴桃属品种测定标准对供试材料的果实表型性状进行观测。参照猕猴桃遗传连锁图谱,选用分布于中华猕猴桃基因组中的70对SSR引物对供试材料进行多态性分析。结果表明,在70对引物中,21对引物成功扩增出多态性片段。随机采集的70份野生毛花猕猴桃种质资源中,其果实表型性状和DNA分子水平均存在丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析将供试的野生毛花猕猴桃资源分为果实圆形和椭圆形混合组、果实椭圆形组以及果实圆柱形组。21对多态性高的SSR引物共检测出127个等位变异位点,变异范围在2 ~ 12之间,平均每对SSR引物可检测到6.04个等位位点。遗传相似系数（GS）变异范围为0.5306 ~ 0.9252。GS值在0.65水平上UPGMA聚类分析可将供试的野生毛花猕猴桃种质资源划分成Ⅰ、Ⅱ和 Ⅲ 共3个组,这与果实表型性状分析的结果基本一致。这些遗传变异丰富的种质资源可为猕猴桃育种提供有价值的材料。     

二倍体马铃薯栽培品种遗传多样性的SSR标记分析

二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。     

Identification of Agoronomic Traits of Barley Parental Materials and Their Diversity Analysis

为了给大麦育种亲本组配提供理论依据,对44个大麦亲本进行SSR标记分析并鉴定其农艺性状,结果表明,44个大麦材料的农艺性状存在不同程度差异,株高最高的为苏盐3号,最矮的为E14;SCAR-LETT的穗型较理想。SSR分析结果表明,分布于大麦1H～7H染色体的32个SSR位点有23个位点（71.88%）具有多态性。这32个位点共检测到127个等位变异,每个SSR位点能检测到1～6个,平均为3.9个。品种间遗传相似系数（GS）变幅为0.457～0.984,平均值为0.720。聚类分析表明,这32个SSR标记能将44个亲本材料相互区分开,在GS值0.610水平上可以聚为2个大类。     

菜薹品质性状与SSR标记的关联分析

为挖掘与菜薹品质性状相关的分子标记,选用具有多态性的84个SSR标记分析了81份菜薹种质材料的遗传多样性,并采用TASSEL3.0软件中混合线性模型(MLM)对菜薹群体材料的单株质量、叶绿素含量、维生素C含量、可溶性总糖含量、可溶性蛋白含量和硝酸盐含量等6个品质性状进行关联分析。结果显示,84个SSR标记在81份菜薹种质材料中共检测出310个等位位点,引物多态信息量(PIC)在0.1878～0.9902,平均值为0.6119;81份菜薹种质材料的遗传相似系数(GS)在0.4742～0.8958,平均值为0.6294;在GS值为0.596水平上,81份菜薹种质可聚为4个类群。关联分析显示,10个等位位点与菜薹4个品质性状显著相关(P 0.01),对表型变异的贡献率为8.59%～11.50%,其中5个等位位点表现为增效表型效应,其余5个等位位点为减效表型效应。基于等位位点的分析结果,鉴定出典型的载体材料11份,分别携带有4～8个优异等位位点。本研究发掘的与菜薹品质性状相关的优异等位位点及载体材料,可为高品质菜薹的分子标记辅助育种提供参考。     

基于SSR分子标记的栽培种茄子遗传多样性分析

用105对茄子SSR引物对34份茄子高代材料进行遗传多样性分析。试验结果表明：47个标记在供试材料中有多态性,共检测出148个多态性位点。多态性信息含量（PIC）的变化范围是0.025 4～0.909 3,显示了较高的多态性。供试材料遗传相似系数在0.63～0.93之间,供试材料之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,将供试材料归为两大类4个亚类,SSR分子标记与果实性状聚类分析结果基本一致。     

甘蓝主要农艺性状的遗传相关及因子分析

为掌握甘蓝主要农艺性状的变化特点及其相互关系,以14个不同类型品种为试材,对甘蓝开展度、外叶数、球高、球径、球形指数、中心柱长、中心柱长／球高、紧实度、生育期和叶球质量等10个性状进行遗传相关分析,结果表明：甘蓝主要农艺性状具有较高的遗传多态性,     

26份椪柑资源遗传多样性分析

利用SSR和InDel分子标记对来自不同国家与地区的26份椪柑资源进行了遗传多样性分析。21对引物共获得62个标记位点,产生了105条多态性条带。多态性标记位点的平均PIC值为0.32,平均期望杂合度为0.30。群体遗传结构和主坐标分析均表明,椪柑资源内部遗传多样性水平低,遗传变异较小。印度酸桔与椪柑遗传关系较远;Emperor、濑户见及早香等椪柑杂交后代,与椪柑存在明显遗传差异。采用筛选的分子标记组合(SSR14、SSR16、InDel2、InDel6、SSR5和SSR20)可有效鉴别椪柑材料。     

引进豌豆种质资源遗传多样性分析

以引进的34份豌豆种质资源为试材,采用19个表型性状对其变异性、多样性和主成分分析进行了研究,结合SSR分子标记对其开展遗传多样性分析,以期加速豌豆种子资源研究进程。结果表明:19个性状在不同材料之间存在显著差异,平均变异系数为45.05%,平均遗传多样性指数为0.95;前7个成分占表达信息量的74.807%,其中第1主成分占表达信息量的18.350%,且第1主成分在脐色、粒色、叶面积、茎粗和花色等性状呈现较高的载荷量;表型性状分析将34份材料分成8类;分子标记研究结果显示,118对SSR引物共筛选出25对具有稳定多态性条带,共检测115个差异位点,每对引物平均4.6个,有效等位变异数为1.6944,有效等位变异所占比重为40.17%,Shannon信息指数为0.5941。运用NTSYS软件进行聚类分析,34份材料遗传相似系数(GS)为0.461~0.860,平均0.661,SSR标记分析引进的34份材料也被分为8类,2种分类方法呈现显著正相关(R=0.9013,P=0.1011>0.050)。该研究利用SSR分子标记从分子水平上揭示豌豆种质资源遗传背景和亲缘关系,可为今后豌豆资源的利用提供重要参考依据。     

大白菜根肿病抗性基因的标记和定位

为了获得与大白菜抗根肿病基因紧密连锁的分子标记,以高抗大白菜根肿病的F1金锦2号（编号A00645）及其自交F2群体197个单株为材料,通过根肿病接种鉴定和遗传分析,发现该材料中根肿病抗性由显性单基因控制。利用分离群体分组分析法（BSA）和InDel分子标记技术,在F2分离群体中构建抗感病池,筛选了720对InDel引物,多态性标记进一步单株验证并利用JoinMap4.0软件统计分析,结果获得与大白菜抗根肿病基因连锁的InDel标记9个,其中最近的两侧标记为BrID90269和BrID11683,遗传距离分别为2.0 cM和2.5 cM。该抗病基因定位在大白菜染色体A8的Scaffold10上。     

利用SSR 标记分析蚕豆品种（品系）与优异种质的遗传多样性

利用99 对SSR 荧光标记对102 份国内蚕豆育成品种（品系）和优异种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：99对SSR 标记共检测出937 个等位变异，每对标记平均检测出4～19 个等位变异，平均为9.46 个；多态性信息量（PIC）变化范围为0.38～0.88，平均为0.63；有效等位变异（Ne）变化范围为1.79～9.22，平均为3.41；Shannon 信息指数变化范围为0.79～2.44，平均为1.45。基于邻接法（NJ）的聚类分析将102 份国内育成蚕豆品种（品系）及优异种质划分成春播和秋播两大生态类型；优异蚕豆资源的遗传多样性最高，其次为青海品种（品系）和云南品种，江苏品种遗传多样性相对较低。群体遗传结构和主成分分析将供试蚕豆材料分为三大类，第一大类主要以云南育成品种为主，第二大类全部为青海育成品种（品系），第三大类主要为大部分优异种质资源以及全部江苏育成品种；供试材料具有生态适应性狭窄和极强的地域生态特点。     

茄子全基因组InDel变异特征及分子标记开发和应用

选取4份圆茄(Solanum melongena L.)高代自交系进行全基因组重测序,鉴定出145 407个InDel,12号染色体InDel数最少(7 752),1号最多(19 738)。筛选出7 959个长度大于10bp的InDel位点,挑选均匀分布在基因组上的144个设计InDel引物并进行验证。利用26份茄子材料对144对InDel引物进行筛选,63对表现出稳定的多态性,比例为43.75%;主要等位基因频率为0.4038～0.9808,平均为0.7659;基因多样性指数(H_s)为0.0377～0.6501,平均为0.3217;多态性信息含量(PIC)为0.0370～0.5750,平均为0.2663,42个标记多态性信息含量大于0.200,多态性较好。当遗传距离为0.235时,将26份不同类型的茄子材料划分为2个类群。利用多态性信息含量高的前10个InDel标记构建了26份茄子材料DNA指纹图谱。另外,选择在亲本间具有多态性的InDel标记用于4个杂交组合的F₁代真实性鉴定,鉴定结果表明3个为真实杂交种,与田间鉴定结果吻合。     

72份猕猴桃种质基于SSR标记的聚类分析及指纹图谱构建

利用SSR分子标记对来源于江西省奉新县和信丰县的72份猕猴桃种质进行聚类分析并构建其指纹图谱,以期为猕猴桃分子标记育种奠定基础。结果表明,从60条引物中筛选出的6对引物(FOR1、FOR7、FOR8、FOR16、A124和A059)可以完全区分供试种质,6对引物共检测出70个等位基因;每对引物可检测到等位基因数9～17个,平均每个SSR条带能检测到11.7个等位位点;各对引物所得的多态性信息含量(PIC)在0.792～0.904之间,平均为0.828。供试种质的遗传距离的范围为0.029～0.329,平均遗传距离为0.176。在相似系数0.087的水平上,供试种质可分为六大类。利用筛选出的6个SSR引物在72份供试猕猴桃种质上获得的多态信息,每份种质均得到唯一的DNA指纹图谱。     

三十七个山东牡丹品种DNA指纹图谱构建与EST-SSR标记遗传多样性分析

以中国常熟尚湖牡丹园引栽的37个山东牡丹品种为试材,采用筛选出的10对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的EST-SSR标记引物,研究山东牡丹37个品种DNA指纹图谱和遗传多样性。结果表明:10对EST-SSR标记引物在37份材料中共扩增出了共计58个多态性基因型,平均每对引物5.8个,变幅2~13种;10对引物的多态性频率(FP)平均值为0.60;筛选出的4对核心引物可以将37个牡丹品种完全区分,以遗传相似系数0.69为阈值可将供试37个试牡丹品种分成5类。EST-SSR标记在供试牡丹品种间多态性差异较大,适合用于牡丹的DNA指纹图谱的构建。     

菊花品种资源遗传多样性的AFLP分析

以AFLP—银染分子标记技术, 对45个菊花品种进行了遗传多样性和亲缘关系分析。选用10个多态性高、分辨力强的E + 3 /M + 3引物组合分别对供试材料的基因组DNA进行扩增, 共获得486条清晰可辨的条带, 其中多态性带451条, 平均每个引物组合可检测出4511个多态性位点, 多态性位点百分率高达92.80% , 这表明供试品种资源在DNA水平上酶切位点的分布存在广泛的变异。应用DPS软件计算供试品种遗传距离界于0.36000～0.86237之间, 平均为0.611185; UPGMA分析将45份资源分成6个类群,从相异性系数分析了各品种资源间的亲缘关系。     

葡萄种质遗传多样性的SSR分析及指纹库构建

以取自郑州果树研究所的45个葡萄品种为试材,利用SSR标记技术对其进行了遗传多样性分析.结果表明:利用19对基本核心引物对位于不同染色体上的SSR位点进行PCR扩增,共扩增出76条带,其中包括74条多态性条带.每对引物可检测到等位位点数为2～5个,多态率为66.7％～100％.通过聚类分析结果表明,在遗传距离为0.41处,45份葡萄材料可分为三大类群.对供试葡萄品种的不同引物的扩增产物进行检测,得到了每个品种在一组位于不同染色体的SSR位点上的基因型图谱,从而初步建立一个供试葡萄品种的SSR基因型指纹库.这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据.     

甜樱桃品种SSR指纹检索系统的开发及遗传多样性分析

用SSR技术开发了甜樱桃( Prunus avium ) 指纹检索系统并进行遗传多样性分析。18对樱桃、桃和杏的引物在19份甜樱桃及2份草原樱桃( P. fruticosa) 品种中共扩增出83个等位位点, 每个 SSR位点的等位位点数2 ～8 个, 平均416 个, 多态性信息量( PIC) 变化范围为0.38 ～0.80, 平均为 0.64。7个甜樱桃品种具有特殊位点或特殊带型。利用UDP98-414、UDP98-406、UDP96-001及PMS40等4 对引物开发的指纹检索系统, 可以区分18个甜樱桃品种。根据遗传距离进行聚类分析, 19个甜樱桃品种 分成2组, 甜樱桃品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。     

樱桃种质SCoT分子标记与叶片表型性状关联分析

利用本研究中建立的樱桃SCoT标记分析体系,进行适宜引物筛选,进而对12个樱桃品种进行SCoT分子标记、叶片表型性状遗传多样性及两者关联分析.结果 显示:从102条SCoT标记引物中筛选出46条适宜樱桃遗传分析的标记引物,筛选率达45.1％;参试的18条SCoT引物共获得等位位点数77个,其中多态性位点65个,多态性比...     

卡特兰DUS测试性状与SSR标记的关联分析

为挖掘与卡特兰（Cattleya）表型性状显著相关的分子标记,对160份卡特兰品种的63个DUS（特异性、一致性和稳定性）测试性状进行鉴定描述,用筛选得到的22对核心SSR引物对这些品种进行遗传多样性分析,并利用TASSEL2.1软件的一般线性模型（generallinearmodel,GLM）和混合模型（mixed linear model,MLM）依次对供试品种8个主要观赏性状进行关联分析。研究结果显示,22对核心SSR引物共得到293个等位变异位点,变异幅度在3～28之间,PIC值平均为0.8531,平均Shannon’s信息指数（I）为2.3280。基于Nei’s遗传距离进行聚类分析,可将160份卡特兰品种分为两大种群。GLM模型分析共检测到17个标记分别与4个性状相关联;MLM共检测到15个标记分别与6个性状相关联;共有15个标记被两种模型同时检测到与表型性状相关联。SSR42和SSR9这两个标记在两种模型中多次出现,与花长度、花颜色和中萼片性状等多个性状相关联,体现了“一因多效”现象。     

西瓜核心种质枯萎病抗性与SRAP 分子标记的关联分析

 对35 份西瓜核心种质进行了抗枯萎病鉴定,再采用SRAP 分子标记技术对35 份核心种质进行多态性分析。从63 对引物组合中筛选出46 对多态性引物。SRAP 扩增共产生445 个条带,其中262条为多态性条带,多态率为58.88%。平均每对引物产生9.67 个条带。在对供试材料进行群体结构分析的基础上,利用TASSEL 软件对多态性标记与枯萎病抗性进行关联分析。群体遗传结构分析将35 份西瓜核心种质分为3 大群体：1 个野生西瓜群体和2 个栽培种群体。分析发现在2 个栽培种群体中存在基因渗透。聚类分析结果与群体遗传结构分析结果一致,分为4 个类群,其中第2 类群又细分为5 个小类群。聚类分析结果说明具有相同抗性水平的材料倾向于聚在一起。关联分析发现有1 个标记位点与枯萎病抗性显著关联（P < 0.01）,该位点对表型性状的解释率为0.2035。本研究结果表明利用SRAP 标记可以有效地对西瓜种质资源进行群体结构的划分,且关联分析能够找到与西瓜枯萎病抗性相关联的SRAP 标记,为西瓜抗病育种和分子标记辅助选择奠定了基础。     

大白菜裂球性状的遗传与RAPD标记

以有裂球现象的杂交一代大白菜单株自交构建的F2群体为试材,研究了大白菜裂球性状的遗传规律及其分子标记。调查统计分析表明:延长生育期20d为大白菜裂球性状的最佳分析时期,其F2群体中不裂球与裂球植株符合3∶1分离比例,说明裂球性状是受1对隐性主基因控制的,同时发现分离后代单株间裂球的速度和程度存在差异,说明裂球性状还受到微效基因和环境条件的影响。同时以06J31×92S24产生的F2群体为材料,采用BSA法进行裂球性状RAPD标记,从600个随机引物中筛选出1个与裂球基因紧密连锁的RAPD标记S15-222。连锁分析发现,标记S15-222与裂球基因间的遗传距离为8.876cM,可用于大白菜耐裂球材料的分子标记辅助选择。