蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

耐盐紫花苜蓿SSR标记遗传多样性分析

以5份不同耐盐紫花苜蓿为试材,利用5对SSR引物对其进行了遗传多样性检测,采用0/1法统计带型数据,并利用主成分分析和隶属函数法对5份紫花苜蓿的杂合度、香农指数、PIC、多态位点百分率、PNe/Ao综合评价。根据综合评价值(D值)对遗传变异大小进行排序,以期为后期遗传亲本的选择提供依据。结果表明:5个紫花苜蓿品种各位点各群体的平均DNA多态率为62.65%、有效等位基数平均数为3.66,低于等位基因观测值的平均数7.20、平均杂合度为0.736 6、平均PIC为0.689 0、平均香农指数为2.083;遗传变异程度大小为"巨能7号"(‘Juneng No.7’)"抗旱15"(‘Kanghan 15’)"巨能"(‘Juneng’)"骑士T"(‘Qishi T’)"阿迪娜"(‘Adina’);遗传距离为0.434 2~0.865 6;聚类分析表明"骑士T"/"阿迪娜"之间的遗传距离最小,为0.314 4,"巨能7号"/"抗旱15"之间的遗传距离最大,为0.725 0。     

二倍体马铃薯栽培品种遗传多样性的SSR标记分析

二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。     

运用SSR分子标记分析蛹虫草遗传多样性

以蛹虫草全基因组为模板查找Simple Sequence Repeats(SSR)位点并设计筛选引物进行聚类分析。从100对SSR引物中选出30对多态性高、重复性好的SSR引物,共获得215条多态性条带。根据遗传相似系数(GS)采用不加权成对群算术平均法(UPGMA)进行遗传相似性聚类:材料间GS值的变化范围为0.527~0.995,以GS值为0.761水平可将46株蛹虫草分为6类;菌株亲缘关系与地域来源有一定相关性,且栽培菌株多为同一品种。     

基于SSR分子标记的葡萄品种遗传多样性分析

以15份葡萄品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究了15份葡萄品种资源的遗传多样性。结果表明:从245对引物中筛选出49对清晰、稳定性好的多态性引物。49对引物在15份材料中共扩增出235条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。每对引物扩增的等位位点数为2~9个,相似性系数分析结果表明,供试的15份葡萄材料的遗传相似系数为0.660~0.860,其平均遗传相似系数为0.760。聚类分析表明,在遗传相似系数0.672处,15份葡萄材料可分为三大类群。第一大类包括2份欧美杂种(V.vinifera L.×V.labrusca L.)和1份美洲种(V.labrusca L.)品种;第二大类为8份欧亚种(V.vinifera L.)葡萄品种;第三大类包括2份山欧杂种(V.amurensis Rupr.×V.viniferaL.)和2份山葡萄(V.amurensis Rupr.)品种。可见,欧亚种和美洲种葡萄亲缘关系相对较近,而山葡萄与二者亲缘关系相对较远。这些引物中,VMCNG4B9、VMC3G9能将15个葡萄品种区分开,为今后开展葡萄品种指纹图谱构建奠定基础。     

红阳猕猴桃杂交F_1代果实主要经济性状遗传倾向分析

为探讨猕猴桃杂交后代果实性状的遗传特点,以红阳猕猴桃杂交F1代为材料,分析研究了果实大小,可溶性固形物等主要性状遗传倾向特点。结果表明,果实大小呈现趋小的遗传趋势,群体遗传水平呈退化负向趋势;杂交后代果实被毛程度呈趋向中粗偏离母本光滑的遗传趋势;可溶性固形物含量表现超亲遗传倾向;果实子房红色着色程度表现趋向于非红色偏离母本的遗传倾向,也有少量超亲个体,表现一定的杂种优势;果实干物质呈现超亲遗传趋势,且偏向母本性状。果实大小、可溶性固形物含量、果实子房红色着色程度以及干物质含量都表现为数量性状连续变异遗传的特征,果皮表面被毛程度属多基因控制性状。     

基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析

用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析.结果表明,23对SSR引物共扩增出多态性位点119个,每对引物扩增的多态位点在2?10个之间,平均为5.17个,多态...     

基于SSR标记的核桃种质资源遗传多样性与遗传结构分析

以58份核桃品种(优株)为试材，利用荧光SSR分子标记方法评价了58份种质资源的群体遗传多样性，分析其遗传结构特征，构建NJ聚类图，以期准确了解58份核桃种质的遗传背景和亲缘关系，为核桃属种质资源的合理利用、遗传资源的保存以及开发合理的育种方案和策略提供参考依据。结果表明：1)试验筛选出的15对SSR引物具有较高的多态性，共扩增出109个多态性等位基因(Na),平均每对引物的观测等位基因数(Na)为7.267,平均有效等位基因(Ne)3.069,平均观测杂合度(Ho) 0.519,平均期望杂合度(He)0.653,平均多态性信息量(PIC)0.603 5,平均香农指数(I)1.327。2)58份核桃品种(优株)间遗传距离范围为0.181～0.742,变幅为0.561,品种间遗传距离≥0.5的比例为44.19%,≥0.6的比例为13.5%,遗传基础较宽广，遗传信息丰富，遗传多样性水平较高。3)基于Nei遗传距离聚类分析，58份核桃品种(优株)可聚成3个类群，聚类结果与表型性状、亲缘来源有关，与地理位置相关度不大。4)群体遗传结构分析中，Q>0.6占比81.03%,基因混合来源比例较...     

基于SSR分子标记的早熟杨梅优株遗传多样性分析

基于SSR分子标记技术探讨22份杨梅早熟优株与35份国内杨梅地方品种的遗传多样性。结果表明,12对多态性SSR分子标记共扩增获得139条条带,平均每对引物可扩增12条条带,平均每对引物的有效等位基因数为4.326 2,Shannon信息指数范围为0.946 9~2.157 0;使用UPGMA法构建所有试材的系统聚类树,供试材料共分为3个组及3个亚组,聚类结果与试材地域来源关系密切,而与果实成熟期没有明显的关联。另外,大部分早熟杨梅优株亲缘关系倾向于"荸荠种"和"硬丝"等早熟品种。     

基于SSR标记的现代月季遗传多样性研究

以来自亚洲、欧洲、北美洲的51个现代月季品种为试材,采用18对多态性高的SSR引物进行分析,研究不同起源地的现代月季品种的遗传多样性、遗传结构及遗传距离。结果表明:共检测出64个位点,多态位点比例为96.8%;其中来自欧洲地区的多态位点比例最高,达到82.8%,遗传变异由高到低次序是欧洲月季、北美洲月季、亚洲月季;类群内的遗传分化(91.9%)大于类群间的遗传分化(8.1%),说明类群内变异是其主要变异来源;欧洲地区与北美洲地区现代月季的遗传关系较近。     

基于SSR分子标记的栽培种茄子遗传多样性分析

用105对茄子SSR引物对34份茄子高代材料进行遗传多样性分析。试验结果表明：47个标记在供试材料中有多态性,共检测出148个多态性位点。多态性信息含量（PIC）的变化范围是0.025 4～0.909 3,显示了较高的多态性。供试材料遗传相似系数在0.63～0.93之间,供试材料之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,将供试材料归为两大类4个亚类,SSR分子标记与果实性状聚类分析结果基本一致。     

基于SSR标记的暗褐网柄牛肝菌遗传多样性分析

以33份暗褐网柄牛肝菌样品为试材,采用SSR标记技术,对其遗传多样性进行研究,以期为暗褐网柄牛肝菌商业菌株鉴定奠定基础。结果表明:15个SSR标记中有5个标记在供试样品中表现出多态性,每个标记检测到2~6个等位基因,平均3.20个,Shannon′s信息指数平均值0.76,多态性信息含量平均值0.43。聚类分析结果显示,在相似系数为0.99时,供试材料可被分为11个类群,对应11种多位点分子表型,与样品的来源有较好的对应关系。根据多位点分子表型构建了供试材料的SSR指纹图谱。     

基于SSR标记的赣南柑桔黄龙病菌遗传多样性分析

从已报道的韧皮部杆菌基因组的23个SSR位点中筛选出3个位点(LasSSR-C、LasSSRD、CWBJ44),用于赣南14个县(区、市)的342份柑桔黄龙病菌样品的遗传多样性及各地种群结构的分析。结果表明,赣南地区柑桔黄龙病菌种群在LasSSR-C、LasSSR-D和CWBJ44位点的Nei’s多样性指数H分别为0.734 6、0.576 2和0.291 3,赣州西南部县(区、市)的多样性指数H比东北部高;大余县的等位基因与其他县(区、市)区别较大。Powermarker软件UPGMA聚类分析将所有样品分为两个组群,大余县单独列为一个组群,其余县(区、市)聚为一个组群。Structure软件聚类分析也得出了相似的结果,大余县的种群构成较为单一,91.8%的样品属同一组群,而其他县(区、市)的种群则是由两个组群菌株按不同比例混合构成。     

‘红地球’葡萄杂交F_1代重要果实性状遗传倾向分析

【目的】探索‘红地球’葡萄果实性状的遗传规律。【方法】以‘红地球’为母本的8个杂交组合的384个F_1植株为试材,测定其果皮颜色、果肉香味、质地、果粒质量及种子发育状况等,并进行遗传倾向分析。【结果】红地球与白色和红色品种的杂交组合均出现了白色单株,白色∶红色比为51∶141(白色包括绿色、黄绿色、绿黄色、黄色;红色包括:微红、粉红、红、暗红、紫红、红紫);与香味品种(系)杂交的组合中出现了少量香味单株;与脆肉型或软肉型杂交,组合表现连续分布,软肉型:中等型:脆肉型比约为5.3∶6.0∶1.0;各组合F_1代的平均粒质量大多低于或接近亲中值;与有核品种(系)杂交的组合中出现了无核后代,而在有些与无核品种杂交的组合中却未出现无核后代。【结论】‘红地球’可能携带有微效或隐性香味基因,与香味品种(系)杂交时,表现少量表达;红色性状在F_1表现分离;脆肉和果粒质量性状呈减弱趋势,但也有获得大果粒的可能;无核性状在后代中的遗传比较复杂。     

寒地苹果资源遗传多样性及群体结构的SSR标记分析

对49份寒地苹果资源采用荧光SSR分子标记技术，并利用GenAlEx 6.501软件进行遗传多样性分析，利用NTSYS 1.2软件进行聚类分析，利用STRUCTURE 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明：20对SSR引物通过DNA扩增共检测出278个多态性等位基因，平均多态性等位基因数为13.850，平均有效等位基因数为6.649，香农多样性指数为2.065，观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.569和0.799，具有较高的遗传多样性。楸子群体与中国苹果群体间遗传距离最小，为0.261，楸子群体与西洋苹果群体间遗传距离最大，为0.411，属于中度分化。基于UPGMA遗传距离的聚类分析，在遗传距离0.80处49份材料可以分成2个类群，第Ⅰ类包括18份资源，全部是中国苹果群体；第Ⅱ类包括31份资源，其中楸子群体10份，中国苹果群体16份，西洋苹果群体5份。在遗传距离0.81处，第Ⅰ类进一步分为Ⅰa和Ⅰb两个亚类，分别包含5份和13份资源。群体结构分组与聚类分析有相似的结果，发现遗传距离和类群归属与地理位置并不完全相关，各群体间存在基因渗透。     

基于SSR标记的芡实遗传多样性分析及指纹图谱构建

为进一步明确我国芡实种质资源的遗传背景，采用SSR标记扩增和籽粒品质性状测定，对10份芡实材料进行了遗传多样性分析。基于10对SSR引物对10份芡实材料的扩增及检测结果，共获得29个位点，其中28个具有多态性，多态百分率为96.6%，品系间Nei&Li相似系数平均值为0.580 3，以相异系数0.57为阈值可将所有材料分为4组；基于籽粒品质性状测定结果，品系间欧式遗传距离平均值为4.057 5，以欧氏遗传距离3.50为阈值可将所有材料分为3组。试验结果明确了现有芡实材料之间的遗传距离，构建了芡实种质资源DNA指纹图谱。     

基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析

采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。     

基于SRAP分子标记红仁核桃自然杂交 F1代的遗传多样性分析

以“希尔”、“香玲”、红仁核桃‘Robert Livermore’及7个‘Robert Livermore’自然杂交F₁代优株共10个核桃品种(优株)为试材,采用SRAP分子标记技术进行了遗传多样性分析,以期揭示红仁核桃自然杂交F₁代的遗传多样性,为红仁核桃新品种选育提供参考依据。结果表明：筛选得到的25对引物共扩增出120条带,多态性比率为80%,样品间的平均Nei′s遗传多样性指数为0.271 0,平均Shannon信息指数为0.406 5,说明10个核桃品种(优株)间的遗传多样性较为丰富、遗传差异性较大;10个核桃品种(优株)遗传相似系数变化范围为0.591 7～0.808 3,在遗传相似系数阂值0.704处,可将10个核桃品种(优株)划分为3类,其中“香玲”单独聚为一类,与其它9个品种(优株)亲缘关系较远,‘Robert Livermore’实生F₁代中种皮颜色红色的聚为一类,种皮颜色黄色的聚为一类。     

基于SSR 标记的四川野生中国樱桃遗传多样性和居群遗传结构分析

 采用SSR 分子标记技术对四川野生中国樱桃5 个居群共133 株的遗传多样性水平及居群的 遗传结构进行了研究。结果显示：10 对SSR 引物共检测到78 个等位基因,平均每位点等位基因7.8 个。 Nei’s 基因多样性指数（H）为0.6112 ~ 0.6689,Shannon’s 信息指数（I）为1.1984 ~ 1.3786。基于分子方 差分析（AMOVA）,92.53%的变异来自居群内,7.47%的遗传变异来自于居群间。居群间遗传距离（GD < 0.2416）、遗传一致度（GI > 0.7854）、遗传分化指数（Fst = 0.0844）以及较强的基因流（Nm = 2.7125）均 表明居群间的遗传分化水平较低,居群内存在显著近交现象（Fis = 0.3986）,且居群在大多数位点上偏离 Hardy-Weinberg 平衡。基于上述结果,分析讨论了居群较高遗传多样性和居群间较低遗传分化形成的可能 原因,并提出野生中国樱桃的保护利用策略。     

普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。