基于重组酶聚合酶扩增(RPA)技术的樱桃病毒A(CVA)的检测方法

根据樱桃病毒A(cherry virus A,CVA)外壳蛋白基因序列的保守区设计特异性引物和探针,建立了樱桃中CVA的重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)检测方法。该方法可在恒温38℃条件下进行,40 min即可完成检测。灵敏度试验表明,采用RPA方法检测CVA的灵敏性是PCR方法的10倍,且与侵染樱桃的另外6种病毒和1种类病毒无交叉反应。此外,具有标记的扩增子可通过侧向流试纸条直接观察结果。采用该方法检测田间样品效果良好。     

重组酶聚合酶扩增技术在番茄黄化曲叶病毒检测中的应用

番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV）是引起番茄黄化曲叶病毒病的病原,在生产中造成严重危 害,开发快速准确的检测方法对该病害的防控具有重要意义。依据番茄黄化曲叶病毒DNA-A 基因序列,设计用于重组酶聚 合酶等温扩增（RPA）检测的特异性引物,建立了TYLCV 的重组酶聚合酶等温扩增检测方法,并分析该方法的特异性和灵 敏度。结果表明,建立的TYLCV-RPA 方法可从TYLCV 阳性的番茄样品中扩增出343 bp 的特异性条带,反应条件为37 ℃ 恒温下40 min,扩增时间短,对设备要求低,且与番茄其他病毒无交叉反应,特异性好,灵敏度可达到PCR 方法的10 倍, 适用于TYLCV 的快速检测。     

李矮缩病毒重组酶聚合酶扩增—侧流层析试纸条检测方法的建立

根据李矮缩病毒(prunedwarfvirus,PDV)外壳蛋白基因序列的保守区设计特异性引物和探针,建立了PDV的重组酶聚合酶扩增—侧流层析试纸条(recombinase polymerase amplification combined with lateral flow dipstick,RPA-LFD)检测方法。该方法在恒温39℃下反应20 min,具有标记的扩增子可达到检测水平。扩增子检测室(amplicon detection champer)中的侧流层析试纸条在20 min内呈现可视化检测结果。该方法与侵染樱桃的另外6种病毒(CGRMV、PNRSV、Lch V-1、PBNSPa V、CVA和CNRMV)无交叉反应。灵敏度试验表明,用RPA-LFD方法检测PDV的灵敏性是PCR方法的10倍。用该方法检测13个田间样品,其检测结果与PCR检测结果一致。RPA-LFD法具有操作简单、快速、灵敏度高、特异性强等特点,适合对PDV样品的快速检测与鉴定。     

柑桔黄龙病菌的重组酶聚合酶扩增(RPA)检测

为了建立黄龙病菌的重组酶聚合酶扩增(Recombinase Polymerase Amplification, RPA)快速检测体系,丰富柑桔黄龙病的高效简便检测方法,以黄龙病菌株psy62全基因组中的单拷贝tufB-secE-nusG-rplKAJL-rpoB基因簇序列和5拷贝核糖核苷酸还原酶β亚基基因(nrdB)序列设计并筛选特异性引物,经灵敏度比较和检测特异性验证,建立该病的RPA检测体系,并经PCR、RPA和实时荧光PCR对87份柑桔样品的黄龙病菌进行对比检测,验证RPA检测体系的适用性。结果表明,建立的黄龙病菌RPA检测方法能特异性检测柑桔黄龙病;灵敏度与实时荧光PCR相当,是PCR的100倍;扩增过程只需20 min,大幅提高检测效率;对田间疑似柑桔黄龙病的送检样品检测结果与实时荧光PCR一致,比PCR的检出率高。     

柑橘溃疡病菌噬菌体的分离鉴定

从中国9个地区采集柑橘溃疡病样本,并通过单菌落形态,PCR特异性引物和16S rDNA测序对地毯草黄单胞菌柑橘致病变种进行分离鉴定,获得17株目标菌.以地毯草黄单胞菌柑橘致病变种标准菌株ACCC 03526为宿主菌,采用双层平板法从南京市污水样本中分离其噬菌体,获得1株地毯草黄单胞菌柑橘致病变种烈性噬菌体,命名为Xac...     

柑橘CsMYB41和CsMYB63响应溃疡病菌侵染的表达

MYB转录因子不仅在植物生长发育中起着重要作用,且在植物抗病反应中承担着重要的调节功能。本研究中以溃疡病感病品种纽荷尔脐橙（Citrus sinensis Osbeck）和抗病品种四季橘（C. madurensis）为材料,基于前期构建的溃疡病诱导柑橘转录组数据库,筛选获得2个受柑橘溃疡病菌Xanthomonas citri subsp. citri(Xcc)显著诱导的MYB基因：CsMYB41(Cs1g06220)和CsMYB63(Cs4g12760)。利用PCR技术克隆了纽荷尔脐橙的CsMYB41和CsMYB63,并对其结构特征及表达特性进行分析。PCR克隆测序分析发现,这2个基因的全长分别为1 304 bp、1 398 bp,开放阅读框（ORF）为1 047 bp、1 170 bp,各编码349、390个氨基酸。蛋白质同源序列比对和结构分析表明,这2个基因属于MYB类转录因子家族中的R2R3-MYB亚家族;进化树分析表明,CsMYB41和CsMYB63蛋白分别与可可、蓖麻等MYB41和MYB63蛋白高度同源。亚细胞定位结果显示,CsMYB41和CsMYB63定位在细胞核中。实时荧...     

柑橘AOS1-2的克隆及其响应溃疡病菌侵染的表达分析

对柑橘中茉莉酸（Jasmonic acid,JA）生物合成途径中的关键限速酶丙二烯氧化物合酶AOS家族基因进行注释,确定其受溃疡病菌Xanthomonas citri subsp. citri(Xcc)诱导的表达模式。从甜橙数据库中共注释出3个AOS家族成员,其中CsAOS1-2对溃疡病菌响应最强烈;CsAOS1-2在‘晚锦橙’（甜橙,易感溃疡病）和‘金弹’（金柑,抗溃疡病）中均受病原菌诱导,但在‘晚锦橙’中表达量上调幅度远高于金弹;CsAOS1-2全长2 656 bp,开放阅读框1 599 bp,编码532个氨基酸,分子量为59 499.81,为非分泌性蛋白,其349～510 aa为典型的P450功能域;Cs AOS1-2的表达无组织特异性;‘晚锦橙’和‘金弹’的AOS1-2启动子均含有参与植物激素和逆境应答的顺式作用元件,但在数量和类型上存在差异;烟草瞬时转化亚细胞定位分析显示CsAOS1-2定位在叶绿体中。CsAOS1-2强烈响应柑橘溃疡病菌的侵染,推测其与柑橘溃疡病敏感性具有密切的关系。     

柑桔溃疡病菌的PCR检测方法研究

通过优化PCR反应条件,拟建立快速、特异、准确的检测柑桔溃疡病的方法。试验结果表明,25μL优化反应体系:10×PCR缓冲液2.5μL,10 mM/L dNTPs 0.5μL(终浓度为0.2 mM/L),2 U/μLTaq DNA聚合酶0.5μL(终浓度为0.04 U/μL),5 mM/L引物各0.5μL(终浓度为0.1 mM/L),DNA模板1μL(终浓度为6.0×10~6cfu/mL/mL),灭菌ddH_20 19.5μL;PCR扩增退火温度为59℃;柑桔溃疡病菌病茵浓度检测下限为6.0×10~3cfu/mL,可以获得柑桔溃疡病菌的特异性片段,能够满足生产中对柑桔溃疡病检测的要求。     

CsWRKY22启动子的克隆及响应柑橘溃疡病菌侵染的表达特征

由柑橘黄单胞杆菌致病变种(Xanthomonas citri subsp. citri,Xcc)引起的柑橘溃疡病严重危害着柑橘产业的健康可持续发展。前期研究表明,CsWRKY22可能是溃疡病感病基因。从‘晚锦橙’(Citrus sinensis Osbeck)中克隆了CsWRKY22的两个等位启动子pCsWRKY22-1和pCsWRKY22-2,长度分别为1 428和1406bp。序列分析表明两个等位启动子序列一致性为91.76%。两个等位启动子含有多种参与植物防御反应和生长发育的顺式作用元件,相同元件的数量和位置基本一致,不同的是,在TATA-box下游,pCsWRKY22-1含有2个22 bp长的TA-rich转录增强序列,而pCsWRKY22-2只含有1个。构建CsWRKY22启动子控制GUS报告基因的植物表达载体pC sW RKY22::GUS,并用农杆菌介导法转化‘晚锦橙’,经GFP活性检测和PCR鉴定获得pCsWRKY22-1::GUS和pCsWRKY22-2::GUS转基因植株各8株和4株。GUS组织化学染色、GUS酶活性及定量PCR分析表明,CsWRKY22启动子具有较强的机械伤诱导活性和柑橘溃疡病病原菌诱导活性,同时具有一定水平的基础表达特性。pCsWRKY22-1机械伤诱导活性高于pCsWRKY22-2,而pCsWRKY22-2溃疡病菌诱导活性高于pCsWRKY22-1。     

沃柑叶片响应柑橘溃疡病菌侵染的转录组分析

【目的】了解沃柑叶片响应柑橘溃疡病侵染的分子机制及易感品种与柑橘溃疡病菌的互作应答机制,筛选出柑橘溃疡病菌危害沃柑叶片时的相关应答基因,为抗性育种提供基因基础。【方法】以接种溃疡病菌后0、2、4、6和8 d的沃柑叶片为试材,利用Novaseq 6000平台进行转录组双向测序,并对数据进行生物信息学相关性分析。【结果】接种无菌水（CK）后0、2、4、6和8 d获得的Clean reads分别是48 482 127、47 270 288、50 998 549、53 201 972和47 924 731条,接种柑橘溃疡病菌（JZY）后0、2、4、6和8 d获得的Clean reads分别是51 042 967、49 552 248、46 734 029、47 940 345和45 371 891条。接种后0、2、4、6和8 d的上调差异表达基因数量分别为1、947、1081、656和2108个,下调差异表达基因数量分别为1、343、753、303和1908个。在接种后2、4、6和8 d有374个基因均表达差异,其中上调基因为61个,下调基因为313个。GO功能富集分析结果显示,沃柑叶片响应溃...     

柑桔溃疡病拮抗芽孢菌株的筛选及其控病作用

从贛州脐橙园脐橙根际土壤中获得192个细菌分离物,通过平板拮抗测试,筛选出对柑桔溃疡病菌Xanthomonas axonopodis pv.citri有较强拮抗作用的6个芽孢菌株,抑菌圈直径达12.0～25.0mm,其中菌株G32对柑桔溃疡病菌抑制效果最好,稳定性高;温室控病试验表明,菌株G32的控病效果最佳,接种溃疡病菌前喷施拮抗菌G32的预防效果达60.7%,接种溃疡病菌后喷施拮抗菌G32的治疗效果为53.2%;根据其形态特征、培养性状、生理生化特性及16SrDNA序列比对分析,将G32鉴定为枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis。