辽东栎基因组DNA提取方法比较与优化

针对辽东栎叶片组织中多糖含量高严重影响基因组DNA的提取问题,比较了改良SDS法、改良CTAB法1和改良CTAB法2等3种方法的处理效果。结果表明：用改良SDS法提取DNA多糖杂质多,易降解、褐化严重;用改良CTAB法1提取DNA难以去除植物组织中的多糖类杂质;而改良CTAB法2提取的DNA,杂质少,纯度高。     

4种改良CTAB法提取石榴成熟叶片DNA的比较研究

【目的】研究从成熟石榴叶片中提取高质量基因组DNA的方法。【方法】根据成熟石榴叶片组织中富含多酚、多糖的特点,以峄城中国石榴种质资源圃20种石榴成熟叶片为材料,分别采用改良CTAB法(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ)4种方法提取成熟石榴基因组DNA,通过琼脂糖凝胶、紫外分光光度计分析、ISSR扩增等方法检测所提取DNA的质量。【结果】改良的CTAB Ⅳ法能从各个石榴品种的成熟叶片中提取出基因组DNA,琼脂糖电泳胶孔干净,无拖带,且DNA的纯度和完整性都较好,OD260 nm/OD280 nm的比值均在1.8~2.0之间,无降解现象,其质量、产量都高于其他改良CTAB法。经ISSR- PCR扩增结果表明,此方法提取的基因组总DNA完全适于ISSR分析。其主要的步骤是：在石榴叶片的研磨中添加Vc、PVP等抗氧化物质,加入CTAB提取液后65 ℃水浴30 min后冷却至室温,离心条件为15℃,10 000 r/min,10 min,DNA粗提液用氯仿抽提3次,可获得高质量的DNA。【结论】改良的CTAB Ⅳ法能有效地从石榴成熟叶片中提取到高质量的基因组DNA。     

瑞氏木霉基因组DNA提取方法比较研究

采用4种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA。结果表明:EDTA-SDS法和冷冻研磨CTAB 法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度比较高,但是价格昂贵,冷冻研磨SDS法提取的 DNA浓度不高,不适合分子生物学操作的要求。     

瑞氏木霉基因组DNA提取方法比较研究

采用4种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA.结果表明EDTA-SDS法和冷冻研磨CTAB法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度比较高,但是价格昂贵,冷冻研磨SDS法提取的DNA浓度不高,不适合分子生物学操作的要求.     

采用改良CTAB法提取柞树(Quercus L.)基因组DNA

为了获得质量较高的柞树基因组DNA,采用经过改良的十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)提取法对几种常见柞树植物进行基因组DNA的提取,所得到的DNA样品经紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测,纯度较高,D260 nm/D280 nm为1.75~1.80,应用于SSR和RAPD标记分析时,可以获得较好的扩增片段。     

早食李基因组DNA的提取方法改进与试验

以改进的CTAB法对三华李品种群中的早食李叶片基因组DNA的提取进行了试验。结果表明,改进的CTAB法适于高质量三华李品种群基因组DNA的提取。提取的早食李基因组DNA完整性较好,无降解,OD260/OD280的比值在1.9-2.0之间,多糖类杂质去除较为干净。经SRAP检验,条带清晰,多态性良好,说明改良CTAB法提取的基因组DNA质量较好,适于三华李高质量基因组DNA的提取。不同时期的不同成熟度的叶片都可以提取到基因组DNA,但以各期的嫩叶（梢）产量最高,效率最好。     

不同地区栗蚕(Dictyoploca japonica)的RAPD分析

利用RAPD技术对10个地区的栗蚕(Dictyoploca japonica)基因组DNA进行多态性分析,以期查明我国栗蚕种质资源的分布及种群间的亲缘关系。运用11个引物进行扩增,共扩增出123条清晰稳定的条带,其中有96个位点具有多态性,多态性位点比率为78.05%。遗传距离(D)在0.178 9～0.414 6之间。通过聚类分析,7个东北地区的栗蚕聚在一起,重庆巫溪和广西南宁地区的栗蚕聚在一起,湖北恩施地区的栗蚕自成一类。研究结果表明,RAPD标记具有简便、快速的优点,可用于栗蚕的鉴定和遗传分析。     

东北林蛙基因组DNA不同提取方法的比较

为了研究不同方法提取东北林蛙基因组DNA的纯度差异,试验以东北林蛙为研究对象,采用高盐浓度抽提法、苯酚/氯仿抽提法、十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB法)、十二烷基磺酸钠法(SDS法)提取基因组DNA,进行PCR验证。结果表明:4种提取方法均能获得完整的基因组DNA,可以用于PCR扩增。高盐浓度抽提法提取的DNA纯度和制得率最高,成本低,安全系数高,操作简单,能够满足提取大量DNA的需求;其他3种方法需使用有毒、有害的有机试剂且时间较长。     

醉马草DNA提取方法的对比与优化

醉马草是一种多年生牧草,为禾本科芨芨草属,常用于机场草坪建植和草原生态恢复,因其重要的经济与生态价值近年来被广泛研究关注。醉马草幼苗含有的酚类、蛋白质等杂质严重影响DNA的提取质量,常规技术不能很好地满足高质量的实验要求。本实验以醉马草幼苗为材料,分别采用SDS、CTAB、高盐法提取醉马草幼苗全基因组DNA。研究发现使用SDS法提取的DNA浓度为176ng·μL-1,提取率为30%,A值为1.7。使用CTAB法提取的DNA浓度为140ng·μL-1,提取率为23%,A值为1.68。使用高盐法提取的DNA浓度为37.7ng·μL-1,提取率为6%,A值为1.1。利用CTAB对提取出的DNA进一步纯化,用琼脂糖凝胶电泳和超微量分光光度计检测DNA的浓度和纯度,通过PCR分析验证优化后CTAB法提取DNA的效果。结果表明各方法纯化后的DNA浓度为:SDS法(223ng·μL-1)﹥CTAB法(219ng·μL-1)﹥高盐法(77ng·μL-1); A值为:SDS法(1.8)CTAB法(1.77)﹥高盐法(1.4),其中DNA浓度较纯化前分别提高27.1%(SDS法)、57.1%(高盐法)、51.0%(CTAB法),且电泳图片显示DNA条带清晰明亮,无明显拖尾现象。因此,三种方法间使用SDS法提取DNA的效果最佳,且加入纯化步骤可进一步提高DNA提取质量。本研究旨在为醉马草的分子生物学研究提供技术支持与科学依据。     

两种桑树基因组DNA提取方法的比较研究

以8份广西桑树种质资源为材料,比较了改良的CTAB法和植物基因组DNA试剂盒法(离心柱)提取桑树基因组DNA的效果.结果表明:两种方法都能得到桑树样品清晰的DNA电泳条带,DNA纯度高,改良的CTAB法提取的DNA浓度在308.70μg/mL～384.30μg/mL之间,平均值是331.45μg/mL;植物基因组DNA...     

一种快速高效提取柑橘黄龙病植物样品DNA的方法

为快速获得高质量的柑橘黄龙病（HLB）植物样品DNA,本研究在传统CTAB法基础上,结合热萃取技术,建立了一种简便、快速提取HLB植物样品DNA的CTAB简化法。与Solarbio植物基因组DNA提取试剂盒和传统CTAB提取法相比,该方法所需时间短,1~2 h即可完成整个提取过程,获得的HLB植物样品DNA质量高、产量多。同时比较了三种方法制备模板时黄龙病病原菌和其他柑橘病原菌的PCR检出率,CTAB简化法和传统CTAB法检出率一致,试剂盒稍低,表明本研究建立的CTAB简化法可用于柑橘DNA病害PCR检测DNA模板的制备。本研究研发的HLB植物样品DNA提取方法优势明显,适用于大量病样的快速检测。     

Comparison of four methods of extracting DNA from D. gallinae (Acari: Dermanyssidae)

Dermanyssus gallinae is one of the most serious ectoparasites of poultry and it has been implicated as a vector of several major pathogenic diseases. Molecular detection of such pathogens in mites is crucial and therefore, an important step is the extraction of their DNA from mites. So, we compared four DNA extraction protocols from engorged and unfed individual mites: a conventional method using a Cethyl Trimethyl Ammonium Bromide buffer (CTAB), a Chelex resin, a Qiamp DNA extraction kit and a more recent one filter-based technology (FTA). The DNA samples have been tested for their ability to be amplified by an amplification of a D. gallinae 16S rRNA gene region. The best results were obtained using CTAB and Qiagen methods at the same time with unfed and engorged mites (96% and 100% of amplified samples). FTA produced similar results when using unfed mites but not when processing engorged ones (96% and 70%). Finally, the Chelex method was the least efficient in terms of DNA amplification, especially when applied on engorged individuals (50%). The possible inhibitor role of these Chelex extracted DNA was demonstrated by the means of a PCR control on PUC plasmid. No difference was observed with CTAB, Qiamp DNA extraction kit or FTA methods using DNA extracted one year before.     

CTAB脂质体介导鸡新城疫病毒核酸免疫研究

用CTAB／DOPE脂质体包裹新城疫病毒血凝素神经氨酸酶（HN）基因的真核表达质粒pcHNM免疫5周龄仔鸡，1周后免疫鸡血清中的特异性HI抗体开始升高，至第6周空白对照组抗体2．06，裸DNA免疫鸡4．09，脂质体DNA免疫组为5．20；此时用新城疫强毒F48E9攻击，未免疫组鸡的存活率为27．28％，裸DNA免疫组81．82％，CTAB脂质体DNA免疫组100．00％，表明该质粒DNA被脂质体包裹后，不仅增加了动物的特异性抗体产生能力，而且增加了动物对新城疫强毒的抵抗力。     

A polymerase chain reaction assay for the detection of Leptospira spp. in bovine semen.

A rapid and specific method for the detection of pathogenic Leptospira spp. in bovine semen using the polymerase chain reaction (PCR) is described. The primers used were derived from an EcoR1/BamH1 fragment that hybridized strongly to chromosomal DNA from the hardjobovis serovar. Three different extraction methods were evaluated in this study: phenol-chloroform extraction method, proteinase K (PK) in 1% SDS, followed by phenol-chloroform, and phenol-chloroform followed by 1% cetyltrimethylammonium bromide (CTAB). A PCR product of approximately 500 base pairs (bp) in length was obtained when DNA from pure Leptospira culture was used as a template for PCR, regardless of the DNA extraction method used. The product was consistent with that predicted from the gene sequence. However, in semen seeded in vitro, as well as in semen from infected bulls, a PCR product was obtained only when the leptospiral DNA was extracted from the specimen using the CTAB method. In contrast, other methods used for DNA extraction did not generate suitable templates for the PCR procedure. This is the first PCR protocol developed to detect Leptospira in bovine semen. The PCR protocol provided a direct and unequivocal demonstration that Leptospira can be detected in semen of infected animals. The CTAB method was also used successfully in detecting Leptospira in the urine of infected animals. The PCR procedure was shown to be more sensitive than either the fluorescent antibody test (FAT) or culture for detecting the organism in urine.     

高山离子芥愈伤组织总RNA的提取方法研究

为了探寻提取高山离子芥（Chorispora bungeana）总RNA的最佳方法和条件。本研究分别采用改良的Trizol法、柱式离心法和CTAB法提取高山离子芥RNA,比较其得率、纯度、完整性和反转录后的PCR扩增效果;并对RNA的保存以及去RNA酶的处理进行了优化。结果表明,改良的Trizol法提取的RNA纯度和得率高、完整性好,转录后的PCR扩增效果好;RNA提取后室温保存8 h内降解较少,-80 ℃至少保存30 d。枪头、离心管等去RNA酶处理不完全会导致大量RNA降解,电泳槽等工具及电泳液的RNA酶灭活不彻底会使RNA在电泳过程中降解。     

禽类全血DNA不同提取方法的比较

以4个不同禽类品种(金定鸭、长乐灰鹅、象洞鸡和闽南火鸡)为试验材料,采用4种不同方法从其全血中提取DNA,比较不同方法的DNA提取效率。结果表明:由于品种之间DNA存在差异,DNA的质量和产率也有显著差异,金定鸭全血DNA用树脂法效果最佳;长乐灰鹅和闽南火鸡全血DNA用酚-氯仿法效果最佳;而盐析法是提取象洞鸡全血DNA的最佳方法。     

一种高效提取桑树根围土壤微生物总DNA的方法

为了建立桑树根围土壤微生物群落结构的分子生态学试验技术体系,采取不同的细胞裂解方法及DNA沉淀方法直接提取桑树根围土壤微生物总DNA,并以采用试剂盒提取的桑树根围土壤微生物总DNA为参照,筛选出一种能有效提取高纯度、多样性土壤微生物总DNA的方法:以十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)、溶菌酶、蛋白酶K、十二烷基磺酸钠(SDS)为裂解液,经反复冻融裂解细胞,在DNA提取液中添加聚乙烯吡咯烷酮K30(PVP K30)、牛血清蛋白(BSA)、CaCl2去除腐殖酸,并结合聚乙二醇8000(PEG8000)沉淀和纯化DNA。该方法简便、快速,获得的桑树根围土壤微生物基因组DNA分子长度在23 kb以上,土壤鲜样的微生物DNA产率为11.2μg/g,且纯度较高,D(260 nm)/D(230 nm)=1.42,D(260 nm)/D(280 nm)=1.37,可直接用于PCR扩增及变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析。     

超声波提取牛奶中细菌DNA方法的优化

本试验通过采集乌鲁木齐燕儿窝种牛场2003年5月份所有泌乳奶牛的牛奶样品,使用不同超声波功率（0、100、120、140、160 W）处理后,采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）、十二烷基磺酸钠（SDS）法提取牛奶中细菌DNA,并通过DNA浓度、纯度和细菌通用引物扩增16S rDNA的V6-V8区判定DNA的质量,筛选出提取牛奶中细菌DNA的最佳方法。结果表明,未使用超声波处理样品,直接采用CTAB、SDS法提取出的DNA无法扩增出细菌16S rDNA V6-V8区,而使用不同超声波功率（100、120、140、160 W）处理后能扩增出细菌16S rDNA V6-V8区,其中超声波功率140 W处理样品10 min并结合CTAB法提取牛奶中细菌DNA的浓度最高,为203.35 μg/mL。因此,超声波功率140 W处理样品并结合CTAB法提取牛奶中细菌DNA的方法最优,能满足从分子水平上进一步研究乳房炎相关细菌的要求。     

一种提取梨组织高质量基因组DNA的新方法

高质量DNA的提取是开展分子生物学研究的重要环节。针对梨组织中含有大量多糖、多酚等影响DNA提取质量的次生代谢产物的特点,本研究以梨叶片、果皮和果肉为材料,开发了一种新的基因组DNA提取方法——N-月桂酰肌氨酸钠法,并分别与常用的试剂盒及CTAB法进行比较分析。对三种方法提取DNA的总量、浓度及OD值等进行检测分析,结果表明：相比试剂盒及CTAB法,N-月桂酰肌氨酸钠法不需水浴加热,步骤少,操作简单,提取的DNA纯度、浓度均有较大提高,并且适用于大片段DNA的提取。因此,N-月桂酰肌氨酸钠法是一种可靠的高效获得梨基因组高质量DNA的新方法。