土壤中微生物DNA高效提取方法的筛选

设计了3种从土壤中直接提取微生物DNA的方法,并通过PCR扩增和DGGE电泳比较了不同方法所提取DNA的质量以及对后期分子生物学研究的适用性。结果表明,化学法和酶法相结合的提取方法所获得的DNA完整性最好,适用于PCR扩增,并且通过DGGE电泳分离出最丰富的条带,是一种高效的提取土壤微生物DNA的方法。     

辣木总DNA最佳提取方法的建立

分别采用高盐低pH法、尿素法、CTAB法、SDS法、PVP法和CTAB-SDS结合法等6种方法提取辣木总DNA,结果表明SDS法为提取辣木总DNA的最佳方法。     

盐湖土壤微生物总DNA提取方法的比较

为了构建运城盐湖土壤微生物宏基因组文库,文章对盐湖土壤微生物总DNA的提取方法进行了比较和探索,通过改良6种植物DNA的提取方法,分别提取了盐湖土壤微生物总DNA,并采用紫外分光光度法、凝胶电泳、内切酶分析和PCR扩增法检测了各个方法所提取的DNA样品的质量。结果表明：改良后的方法3是较适合提取运城盐湖土壤微生物总DNA的方法。采用该方法所得DNA的OD260/280值为1.883,DNA浓度和得率分别为18.1 ng·μL-1和72.4 ng·g-1;DNA片段长度约为23 kb,琼脂糖凝胶电泳条带清晰,无降解;DNA能被EcoRⅠ完全酶切,并可用于PCR扩增分析。     

添加生物炭对土壤酶活性的影响

为了探明添加生物炭对土壤酶活性的影响,以花生壳为原料在450℃条件下制备生物炭,通过向土壤中添加不同量的生物炭进行室内培养,对土壤中蔗糖酶、脲酶和过氧化氢酶活性的动态变化进行了分析。结果表明:添加生物炭对土壤蔗糖酶和脲酶活性有显著的促进作用,尤其是高水平添加量对2种酶的促进作用显著高于中低水平添加量;生物炭对土壤过氧化氢酶活性的影响表现为前期抑制后期促进,其促进作用弱于蔗糖酶和脲酶,中低水平的生物炭添加量对过氧化氢酶的促进作用显著高于高水平添加量。     

添加生物炭对土壤酶活性的影响

为了探明添加生物炭对土壤酶活性的影响,以花生壳为原料在450℃条件下制备生物炭,通过向土壤中添加不同量的生物炭进行室内培养,对土壤中蔗糖酶、脲酶和过氧化氢酶活性的动态变化进行了分析。结果表明:添加生物炭对土壤蔗糖酶和脲酶活性有显著的促进作用,尤其是高水平添加量对2种酶的促进作用显著高于中低水平添加量;生物炭对土壤过氧化氢酶活性的影响表现为前期抑制后期促进,其促进作用弱于蔗糖酶和脲酶,中低水平的生物炭添加量对过氧化氢酶的促进作用显著高于高水平添加量。     

不同方法提取土壤、活性污泥中总DNA的比较研究

试验目的在于研究土壤和活性污泥的最适DNA提取方法。采用9种不同的提取方法,对所提取DNA的浓度、纯度、提取率、片段大小、16SrDNA PCR结果进行了比较,结果表明,在土壤中,液氮研磨法提取DNA最优:DNA质量浓度为800mg/L,OD260/OD280为1.7。提取率为320μg/g;在活性污泥中,液氮浸泡法提取DNA最优:DNA质量浓度为1 485mg/L,OD260/OD280为1.59,提取率为594μg/g。     

土壤中POPs的超声波提取最佳条件的筛选

艾氏剂、狄氏剂、六六六、滴滴涕等持久性有机污染物（Persistent Organic Pollutants,POPs）是高毒污染物质。可造成一系列负面影响,特别严重的可导致动物以及人类的死亡、疾病、畸形儿。POPs在世界上某个地区的释放（通常为季节性的）可以通过重复的蒸发和沉积的过程在大气中传播,到达远离源地的区域。这些高度稳定的化合物可持续存在数年至数十年,通过一种叫做“蝗虫作用”的过程在全球循环。     

露天矿排土场土壤微生物总DNA提取方法的研究

对露天矿排土场土壤微生物总DNA的提取方法进行了研究,将化学法(SDS高盐法和PBS缓冲液法)、酶法(溶菌酶和蛋白酶K)和机械法(循环冻融)组合为12种细胞裂解方案。琼脂糖凝胶电泳和UV检测的结果表明,SDS高盐法与酶法和机械法组合的6种方案所获得的DNA均具有较好的完整性和较大的浓度。为缩短试验时间,减小DNA在循环冻融过程中造成机械断裂的可能性,故SDS高盐裂解液不经循环冻融、并加入蛋白酶K和溶菌酶的方案组合为最佳,该结果为从分子水平上研究露天矿排土场土壤微生物的多样性及以PCR为基础的研究提供了可行的方法。     

几种土壤微生物总DNA提取方法的比较

采用Bourrain法、Beadbeating法和Martin-Laurent法提取土壤微生物总DNA,并以细菌16SrD-NA通用引物进行PCR扩增。结果表明,3种方法提取的DNA大小都在23.1kb以上。Bourrain法提取到的土壤微生物总DNA量最多,但是蛋白质和腐植酸含量等杂质含量也最高;而Martin-Laurent法提取的DNA量小于Bourrain法,并且含有较多的杂质;Beadbeating法提取的土壤微生物总DNA量较Bourrain法少,腐植酸及蛋白质等杂质含量最少。     

土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取

建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法（Lab method）,它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打．SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多性（Restriction fragmentlength polymorphism,RFLP）技术及PCR-温度梯度凝胶电泳（Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE）技术．结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法（Labmethod）得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒（Mo Bio UhraClean Soil DNA Kit和Bio 101 FastDNA SPIN Kit（For Soil1）所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法（Labmethod）的粗DNA产量低于Bio 101 Kit的,但高于Mo Bio Kit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16S rDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异．主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法（Lab method）所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。     

重金属污染环境土壤细菌总DNA提取方法探索

通过对重金属污染环境土壤细菌总DNA提取方法探索,并对提取总DNA做PCR-DGGE分析,找到一种较适合提取重金属污染环境土壤细菌总DNA的方法。     

土壤中添加生物炭对玉米幼苗纹枯病抗性的影响

为明确土壤中添加生物炭对玉米幼苗纹枯病抗性的影响,揭示添加生物炭增强玉米抗病性的生理机制,在室内盆栽土壤中添加0(B0)、1%(B1)、5%(B5)、9%(B9)的生物炭,采用叶鞘牙签嵌入法与叶片昆虫针固定法进行纹枯病菌立枯丝核菌菌丝的两点接种,研究玉米幼苗纹枯病发病情况和生理指标的变化。结果表明,添加生物炭的玉米植株发病程度均轻于不添加生物炭的接菌玉米,与接菌0 h相比,接菌72 h B0—B9处理植株株高、根长、地上鲜质量、地下鲜质量、地上干质量、地下干质量分别下降13.8%～18.6%、9.3%～40.2%、22.2%～28.3%、20.4%～38.2%、30.8%～43.3%、25.9%～41.2%,其中B1处理下降幅度较低。同时,接菌玉米植株MDA含量和相对电导率随接菌时间的延长呈上升趋势,接菌72 h B0—B9处理分别较接菌0 h升高了77.1%～119.1%和106.0%～165.7%,且在B1处理时升高值相对较小。与接菌0 h相比,接菌72 h,B0—B9处理玉米超氧阴离子产生速率增加43.2%～69.1%,H_2O_2含量增加30.2%～53.1%;SOD、POD、CAT、APX活性显著上升,B0、B5、B9处理SOD活性在接菌48 h较接菌0 h升高了19.9%～34.5%,而B0—B9处理POD、CAT、APX活性在接菌72 h较接菌0 h分别升高了21.8%～126.0%、13.7%～60.3%、112.9%～223.2%。综上所述,土壤中添加生物炭可缓解纹枯病菌侵染对玉米幼苗表型性状的不良影响、增强植株的抗氧化酶活性、减轻膜脂过氧化损伤,从而增强玉米幼苗对纹枯病的抗性,其中添加1%生物炭处理玉米幼苗对纹枯病的抗性增强最多。     

添加生物炭对土壤磷素有效性影响研究进展

磷固定是土壤磷素生物有效性降低重要因素.生物炭因其独特理化性质,对提高土壤磷素可利用性、降低土壤磷素固定、减少磷肥施用、促进农业可持续发展以及生态环境保护具有重要作用.生物炭作为长效缓释磷资源,可降低土壤对磷吸附,增加微生物数量和酶活性,减少磷淋溶.文章综述在添加生物炭后土壤的pH、微生物、吸附和截留磷作用特征,讨论生...     

黑木耳总DNA提取及PCR-ISSR引物筛选

以14个黑木耳[Auricularia auricla(L.ex Hook)Underw]菌株为试材,对黑木耳总DNA提取方法和ISSR-PCR扩增反应条件及引物进行了筛选.结果表明.改进的SDS抽提法可以在较短时间内提取到高纯度的DNA产物;并筛选出了可产生遗传多样性的15条引物,其中引物ISSR11、ISSR12、ISSR14扩增结果的稳定性好、多态性强.经凝胶电泳比较,引物ISSR14可作为黑木耳PCR-ISSR反应的适宜引物.     

土壤微生物多样性研究中总DNA提取技术进展

综述了在土壤微生物多样性研究中总DNA提取技术的研究进展,分析了DNA提取过程中的主要影响因素及存在的问题.     

广藿香根际土壤微生物总DNA提取方法的优化

提取高质量的土壤微生物DNA是进行后续分子生物学试验的前提。在3种常用土壤微生物DNA提取方法的基础上,提出了1种新的优化方案,包括使用添加聚乙烯吡咯烷酮(PVP)的磷酸缓冲液对土壤进行预洗、联合使用SDS-CTAB和蛋白酶K来破碎细胞、用酚-氯仿-异戊醇(25∶24∶1)除蛋白质和淀粉等杂质、使用PEG8000沉淀DNA、用琼脂糖凝胶回收试剂盒纯化DNA等。比较分析了优化的方法与其他3种常用方法所获得的总DNA产率和纯度的差别,结果表明,优化的方法所提取DNA的D260 nm/D230 nm、D260 nm/D280 nm值均高于其他3种方法,且PCR扩增条带清晰、DNA产率高,土壤中DNA得率达88.76μg/g,表明该方法适宜提取土壤中的微生物DNA,从而为研究广藿香根际土壤微生物种类及其多样性奠定了基础。     

不同环境中土壤微生物总DNA的提取与纯化

采用SDS高盐缓冲液抽提法提取了林地、厂区、菜地3种不同环境中土壤微生物总DNA,结果表明,该方法可以从土壤微生物中提取到长度大于23.1kb的DNA;不同环境中提取的DNA产量和纯度都存在一定的差异,每克干土的DNA提取量介于53.55~579.93μg之间,其中以处于原始状态的丛林提取量最高。粗提的土壤微生物DNA采用酚氯仿和柱式腐殖酸去除剂进行纯化,纯化后的土壤微生物DNA可以用于PCR扩增,使用细菌16SrDNA基因的引物可以扩增到相应的片段。     

秸秆及其生物炭添加对土壤酶活性的影响

为明确土壤酶活性对不同外源炭添加的响应,采用培养试验,分别添加0、1％、2％、3％、4％、5％土壤质量分数的秸秆和生物炭.结果 表明:生物炭对土壤pH、全碳、全氮、速效磷、速效钾含量的提升作用大于秸秆添加,但未对速效氮含量产生显著影响.秸秆添加显著提高了土壤酸性磷酸酶(AP)、β-葡萄糖苷酶(βG)、纤维素水解酶(CB...     

生物炭添加对土壤腐殖物质组成的影响

为研究生物炭施入对土壤腐殖物质及组成的影响,将2种不同温度(350、550℃)下制备的稻壳生物炭分别以1%、3%、5%的比例加入供试土壤中共培养,采集培养后0、30、120、240 d的样品,提取土壤中的腐殖物质并进行分析。结果表明,随着2种温度制备的生物炭与土壤共培养的进行,土壤腐殖酸含量均呈先升高后降低的趋势,并随培养时间及生物炭添加比例增加而明显减少;土壤胡敏酸含量的变化趋势与腐殖酸一致,低温制备生物炭的添加可提高土壤胡敏酸E4/E6值,并随生物炭添加量的增加而增加,从而使土壤腐殖物质芳香缩合度降低;而高温制备生物炭则会增加土壤腐殖物质中芳香族成分的含量;此外,2种不同温度制备生物炭的输入均会使土壤胡富比值(H/F)低于未添加生物炭土壤。     

野牛草基因组DNA提取方法的筛选

采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基磺酸钠(SDS)法以及高盐法3种方法对野牛草叶片的基因组DNA进行提取,并利用分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测比较3种方法提取DNA的纯度与浓度。结果表明,3种方法提取到的野牛草叶片DNA的纯度、完整性都较好,质量从高到低依次为CTAB法高盐法SDS法,产率依次为SDS法CTAB法高盐法,综合来看CTAB法是提取野牛草基因组DNA的最佳方法。