稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析

利用信号肽分析软件SignalP v3．0，亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1．01，GPI-锚定位点软件big—PI Predictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2．0这4个软件分析预测稻瘟菌12595个蛋白序列中有1134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框（ORF）最小值为78bp，最大值为7849bp，平均1231bp。引导它们的信号肽长度介于15—45个氨基酸之间，平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述，主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类，提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。     

全基因组预测稻瘟菌的分泌蛋白

【目的】分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其它致病因子，深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用稻瘟菌基因组学研究成果，结合计算机技术和生物信息学的方法，分析其分泌蛋白组学，将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能。【方法】利用SignalP对稻瘟菌基因库中所有ORF的N-端信号肽存在与否进行预测，再依次通过Protcomp、TMHMM、big-PI Predictor和TargetP预测程序进行验证，寻找出所有可编码信号肽的基因。【结果】对11 108个稻瘟菌的ORF进行分析，最终预测出共有1 235个ORF可编码分泌蛋白。【结论】经验证此预测方法之可靠性较高，这为深入研究分泌蛋白组学奠定了基础。     

稻瘟菌粗毒素对水稻防御性相关酶系的诱导*

 以不同品种水稻幼苗为试材,进行了利用低浓度稻瘟菌毒素作为激发子来提高水稻抗病性的研究,测定了与抗病性有关酶的变化。研究结果表明,抗病品种的过氧化物酶（POD）和苯丙氨酸解氨酶（PAL）活性比感病品种易被毒素激活,但抗病品种被毒素处理后超氧化物歧化酶（SOD）活性明显低于感病品种。经0～120 h的动态检测,1∶40处理感病品种效果最好,而1∶50处理抗病品种效果最好。说明一定浓度的毒素能够作为激发子来诱导水稻的抗性。     

尖孢镰刀菌甜瓜专化型基因组规模分泌蛋白的预测与分析

利用Signal P、Wo LF PSORT、TMHMM、big-PI Predictor、Target P和Secretome P等软件,对尖孢镰刀菌甜瓜专化型(Fusarium oxysporum f.sp.melonis,FOM)全基因组26 811条蛋白质氨基酸序列进行了分泌蛋白的预测分析。结果表明,FOM全基因组编码蛋白中有1 145个经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的4.3%;有8 471个非经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的31.6%。对经典分泌蛋白特征进行分析,发现其氨基酸长度集中在100~600个氨基酸,信号肽长度集中在17~22个氨基酸。对经典分泌蛋白的功能预测分析表明,有605个分泌蛋白获得了注释,主要涉及糖代谢、转运过程、过氧化氢代谢和生物合成等。对碳水化合物酶类(CAZymes)进行分析,结果表明有277个分泌蛋白为CAZymes,占经典分泌蛋白总数的24.2%。     

长双歧杆菌NCC2705分泌蛋白的全基因组预测和功能分析

以长双歧杆菌NCC2705基因组序列为研究对象,使用Signal P 4.0、Lipo P、TMHMM 2.0软件分析该基因组中的分泌蛋白及其信号肽的类型,同时采用COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)功能数据库对预测的分泌蛋白进行功能注释和聚类分析。结果表明,长双岐杆菌NCC2705中共有37个Sec途径分泌蛋白,其中Sec途径分泌蛋白包括27个被I型(SPaseⅠ)信号肽酶和10个Ⅱ型信号肽酶(Spase II)识别的蛋白,Sec途径分泌蛋白信号肽长度最多的有52个氨基酸,最少的有10个氨基酸。分泌蛋白的功能分析表明,该菌株分泌蛋白中含有大部分的假定蛋白,主要参与氨基酸代谢与转运、碳水化合物代谢转运,无机盐离子代谢转运,细胞壁和细胞膜生物合成的功能有关。     

稻瘟菌菌体可溶性蛋白和同工酶的凝胶电泳分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析了来至水稻和马唐寄主的23个致病性不同的稻瘟菌菌株的可溶性蛋白、酯酶和酸性磷酸酯酶的图谱。结果表明，二类寄主菌株的可溶蛋白和酯酶图谱有明显不同，而酸性磷酸酯酶图谱的差异，不显著。同一寄主内的菌株，彼此在电泳图型上非常相似，只是在少数带的染色强弱上有一定差异．但未发现这些话带的变比同病菌致病性直接相关的依据。     

稻瘟菌胞外蛋白的提取及电泳方法初探

利用蛋白质组学研究方法对稻瘟菌的胞外蛋白进行分析,可以更好地了解该病原菌的生物学特性和致病机制.蛋白质样品制备和双向电泳,都是蛋白质组学研究的基础.采用冷冻干燥,透析结合法与三氯乙酸-脱氧胆酸钠沉淀法(TCA-DOC沉淀法)提取液体培养稻瘟菌得到的胞外蛋白,利用17 cm pH 3.0～10.0与17 cm pH 4.0～7.0两种pH梯度IPG胶条对同一样品进行第一向等电聚焦,12%SDS-PAGE凝胶进行第二向电泳,银染后用PDQuest软件(V7.4)对电泳图谱进行分析.结果表明,在上述两种提取稻瘟菌胞外蛋白的方法中,TCA-DOC沉淀法具有较好的提取效果,应用该实验方法得到的蛋白质分布在pH 4.0～7.0之间的点数达到621个,因此在双向电泳中,采用pH 4.0～7.0的胶条具有较好的分辨率.     

福建稻瘟菌群体遗传多样性RAPD分析

以 OPG、 OPH、 OPK等 3个系列 6 0个引物对福建稻瘟菌进行了 DNA随机扩增多态性 (RAPD)分析 .6 0个引物中有 2 1个扩增出多态性条带 ,表明福建省稻瘟菌群体有丰富的 RAPD多态性 ,可为该菌的遗传分析提供大量的遗传标记 .对 RAPD条带多样性分析发现龙岩江山病圃稻瘟菌群体遗传多样性较简单 ,有明显优势种群 ,可能影响其抗瘟评定的代表性 ,说明多点进行品种抗性鉴定是必要的     

多杀性巴氏杆菌基因组分泌蛋白的预测分析

分泌蛋白对于细菌自身的生命活动以及在介导病原体与宿主之间相互作用的过程中发挥着重要的作用,深入研究分泌蛋白将有助于明确细菌的生命活动及与病原微生物互作的分子机制.利用多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida)基因组学研究成果,结合信号肽分析软件SignalP v3.0、跨膜螺旋结构软件TMHMM v2.0、亚细胞器蛋白定位软件PSORTb和GPI-锚定位点软件GPI-SOM这4个软件,对多杀性巴氏杆菌2105个编码蛋白的ORF进行预测分析,最终获得了136个分泌蛋白.对其信号肽长度、氨基酸组成、相应ORF长度进行了统计.运用Blast P对其功能进行同源性分析,发现11个蛋白为多杀性巴氏杆菌所特有,这对多杀性巴氏杆菌的临床诊断具有一定的潜在应用价值.     

防治稻瘟菌药剂的筛选

对于稻瘟病的防治,在生产上仍然是以化学防治为主,本文通过室内毒力测定方法,筛选对稻瘟病防效较好的药剂。本试验选用六种防治稻瘟菌病害的主要化学药剂:多菌灵、三环唑、苯醚甲环唑、咪鲜胺、嘧菌酯、稻瘟灵做为研究对象。对两株稻瘟菌进行毒力测定。研究的实验结果表明:嘧菌酯对稻瘟菌的抑菌效果最好,其平均EC50值为0.0520μg/ml,稻瘟灵、咪鲜胺、多菌灵、苯醚甲环唑、三环唑的抑菌效果依次降低。嘧菌酯对于水稻的稻瘟病来说防治效果好于其他的五种药剂,可以在生产上广泛推广。     

稻瘟菌若干T-DNA插入突变体初步分析

为揭示稻瘟菌致病分子机制,创建了该菌T-DNA插入突变体库．部分突变体经表型分析,获得3个生长发育及致病性同时发生变异,5个生长发育正常但致病性变异及2个生长发育变异但致病性正常的突变体；以TAIL-PCR方法获得了这些突变体T-DNA插入位点及其边界序列,并用生物信息方法对被T-DNA标签的基因进行了分析,为进一步研究这些基因的功能提供了重要信息．     

稻瘟病菌重组研究概要

稻瘟病菌变异机制极其复杂,有性重组和准性重组可能起着重要作用,但在田问植株上还未找到直接证据,并综述了这两种变异机制的研究进展。     

云南稻瘟菌致病能力分析

 33个主要来自云南的稻瘟菌株接种于43个品种上接种的结果表明,它们的致病频率在20.59%~83.72%之间,菌株的致病能力与生境来源存在一定关系,宜良菌株致病力最强, 致病频率达81.40%,澄江、巍山的菌株次之,致病频率分别为64.29%, 62.79%,其它来源的菌株致病频率较低。总体来看,滇东南菌株致病力强且致病类型多,滇中西部菌株致病力弱。     

水稻稻瘟病菌研究进展 （二）水稻稻瘟病菌遗传与分子生物学研究进展

 系统地综述了水稻稻瘟病菌遗传与分子生物学方面的研究进展,并介绍了DNA指纹分析的宗亲群与毒性关系的可靠性。     

稻瘟病菌诱导突变研究进展

 系统地介绍了稻瘟病菌物理诱变、化学诱变和遗传介导突变的原理、特点和研究进展,并评述了它们各自的优缺点。     

水稻稻瘟病菌研究进展（一）水稻稻瘟病菌多样性及其变异机制

 综述了水稻稻瘟病菌的多样性及变异机制方面的研究进展。认为在众多变异机制中,自发突变是主要的,其它变异机制是次要的。     

辽宁省稻瘟病菌对咪鲜胺的敏感性检测

采用培养皿菌落直径法室内测定采自辽宁省6个市的6个稻瘟菌株对咪鲜胺杀菌剂的敏感性。结果表明:咪鲜胺对稻瘟菌菌丝生长抑制率较高。     

木层孔菌属——国内新记录种——Phellinus wahlbergii(Fr.) Reid

 本文报道了采自云南省屏边县大围山自然保护区的一种木层孔菌一瓦伯木层孔Phellinus wahlbergii(Fr.) Reid。文中描述了该种为国内新记录种的主要形态特征,并与易混淆的相近种一广布木层孔P.extensus(Lev.) Pat.作了比较。