一种引起西班牙绵羊脑脊髓炎的蜱传新病毒

检测了西班牙从患脑脊髓炎绵羊脑分离的两株病毒的被膜因核苷酸及氨基酸序列，并与其他黄热病病毒进行了比较。氨基酸序列检测结果表明，此西班牙病毒与跳跃病病毒和西欧蜱传脑炎病毒的被膜蛋白具有９５－９６％的同源性，与人不列颠岛分离的跳跃病的病毒株比较，其氨基酸同源性的最大差异是１．８％，西班牙分离株与已知其他黄热病病毒的区别在于其Ｅ蛋白２３２－２３４氨基酸位点上独特的三肽序列，鉴别独特黄热病病毒种的一个基因     

山羊痘病毒疫苗株ORF64～ORF67的分子特征

为构建胸苷激酶（Thymidine kinase，TK）基因缺失活载体疫苗，对山羊痘病毒（Goatpox virus，GPV）疫苗株（AV41）ORF64-ORF67进行了克隆和序列分析。结果表明：在全长3460bp的DNA序列中，包含4个完整的开放阅读框（Open reading flame，ORF）。ORF64核苷酸序列全长396bp，编码病毒膜蛋白；ORF65核苷酸序列全长444bp，ORF64和ORF65有44个碱基重叠。ORF66核苷酸序列全长534bp，编码胸苷激酶，具有保守的ATP结合位点和细胞中TK特征序列。ORF67核苷酸序列全长594bp，编码宿主范围相关蛋白。ORF64-ORF66在脊索动物痘病毒亚科中是完全保守的。与参考的国外GPV进行序列比较，ORF64～ORF67有一些差异，如突变和插入等。同源性分析显示：与羊痘病毒属比较，核苷酸和氨基酸同源性均较高（94．7％～100％）。我国的GPV不同毒株TK同源性为100％。与脊索动物痘病毒亚科中其他成员同源性差异较大（17．3％～65．2％）。将GPV AV41TK与鸡、小鼠和人类的TK氨基酸序列进行比较，分析GPV AV41TK进化关系表明，GPVTK基因在进化上可能起源于宿主细胞的TK1基因。本研究结果显示，在分子水平上我国GPV AV41与国外毒株存在差异，推测可能是GPV AV41疫苗株在致弱过程中发生一定程度的变异。     

不同源性H5亚型禽流感病毒株HA基因序列分析

本研究对1株鹅源和一株鸽源的H5N1亚型禽流感病毒血凝素（HA）基因进行扩增、克隆和序列分析。结果表明，所扩增的片段长均为1707bp，包含完整的开放阅读框架，编码568个氨基酸；该毒株有7个潜在糖基化位点；在HA裂解位点附近有6个碱性氨基酸序列插入。两毒株间核苷酸与氨基酸的同源性均为96．7％。该毒株与参考毒株的序列比较分析结果表明：核苷酸同源率分别为95．3％～99％；氨基酸同源率分别为95．1％～99.3％。     

狂犬病鼠源野毒M株核蛋白基因的克隆及序列分析

从感染狂犬病的鼠脑中快速提取细胞总RNA，用RT—PCR方法得到编码核蛋白完整结构基因的cDNA，进一步将此基因克隆入pGEM—T中，进行核苷酸序列的测定，并推导出氨基酸序列，将这一序列与国内外已发表的9株狂犬病病毒的NP全基因进行比较分析。结果表明狂犬病鼠源野毒M株与上述9株的同源性在71．0％～99、8％之间，氨基酸同源性在77．6％～99．6％之间，M株与CVS株无论核苷酸序列还是氨基酸序列同源性都最高，分别为99．8％和99．6％，而与CTN珠的核苷酸序列同源性较低，与Mokola株的核苷酸序列以及氨基酸序列同源性都最低，分别为71．0％和77．6％。本研究为进行狂犬病病毒的分子流行病学调查和研制狂犬病基因工程苗提供了理论依据。     

不同代次缺失meq基因的重组马立克病毒SC9-1株主要基因序列同源性分析

分析缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1原代、10代及40代主要基因序列的同源性。提取缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1原代、10代及40代DNA,设计引物PCR扩增其与致瘤相关pp38基因、缺失meq基因后残余的FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB、gC、gD、gE、gH、gI、gK,连接pMD18-T载体,转化DH5α感受态细胞,挑取阳性克隆进行测序,DNAStar软件对3代次各基因片段进行同源性比对。不同代次SC9-1病毒株的致瘤相关pp38基因、残留FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB、gC、gD、gE、gH、gI、gK的核苷酸序列同源性均为100%,核苷酸序列差异性分析结果显示序列完全一致,无位点上的变化。缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1在鸡胚成纤维细胞(CEF)上的传代过程中其致瘤相关pp38基因、残留FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB、gC、gD、gE、gH、gI、gK没有发生变异,侧面反映了SC9-1在CEF细胞传代过程中具有很好的遗传稳定性。     

鹅源H5N1亚型禽流感病毒株HA基因的克隆与序列分析

本研究对1株鹅源H5N1亚型禽流感病毒血凝素（HA）基因进行了扩增、克隆及序列测定。结果表明：所扩增的片段长1707bp，包含完整的开放阅读框架，编码568个氨基酸。该毒株裂解位点的氨基酸序列为RRRKKR，具有高致病性的分子特征；该毒株有6个潜在糖基化位点；受体结合位点的氨基酸分别为YWIHELY，其左侧壁氨基酸为SGVSSA，右侧壁为NGQSGR。该毒株与国内外一些参考毒株的HA基因序列比较，核苷酸同源率为76.8％～98．1％，氨基酸同源率为85．7％～97．4％，属于欧亚种系。     

鹿狂犬病病毒G基因主要功能区的序列分析

通过反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增出了中国鹿狂犬病野毒株（８２０２株）糖蛋白（Ｇ）基因膜外主要功能区的２个片段，共约８００个ｂｐ（３７０～１１７９），含有可以诱导中和抗体的２个抗原决定簇的基因片段和决定毒力及与神经细胞受体结合部位的基因片段。通过平端连接将２个片段克隆到ｐＵＣ１８的ＳｍａⅠ位点，采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧终止法测定ｃＤＮＡ片段的核苷酸序列，并推导出其氨基酸序列。将这一序列与国内外已发表的１１株狂犬病病毒的相应序列输入计算机进行比较分析，结果表明８２０２株主要功能区与上述１１个毒株核苷酸序列的同源性在７３．０％～９６．４％之间，氨基酸序列的同源性在８６．４％～９４．４％之间，８２０２株与中国疫苗株无论是核苷酸序列还是氨基酸序列的同源性均最高，而与中国街毒（ＣＤＸ－１）的核苷酸序列同源性最低，与ＣＶＳ株的氨基酸序列的同源性最低。本研究对于进行狂犬病病毒的分子流行病学调查和研制鹿狂犬病基因工程苗具有重要意义     

猪的日本乙型脑炎

日本乙型脑炎又叫流行性乙型脑炎,是由日本乙型脑炎病毒引起的一种人畜共患急性传染病,1948～1950年日本学者先后从母猪流产胎儿和母猪的脑组织中分离出日本乙型脑炎病毒。本病多发生于日本、朝鲜、印度和东南亚各国,我国除西藏、青海、新疆为非流行区域外,其它省市均为乙型脑炎的流行区,尤其在潮湿多雨的南方地区,最容易发生乙型脑炎。1病原日本乙型脑炎病毒属黄病毒科、黄病毒属。病毒粒子呈球形,直径大小在35～40纳米,有囊膜,衣壳呈20面体对称,基因组为正向性单股RNA,含有10976个核苷酸,相当于3432个氨基酸残基。病毒对外界的抵抗力不…     

南方三省猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查研究

根据VR2332和CH-1aE基因序列设计一对特异性引物，对广西、广东、海南三省15个猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株E基因进行RT-PCR扩增，将扩增出的668bp片段插入pMD18-T载体中，进行序列测定。结果显示，15个毒株的E基因核苷酸序列之间的相似性为84．1％～100％，推导编码的氨基酸序列之间的相似性为81．1％～100％；与VR2332、CH-1a、LV株核苷酸之间的相似性分别为85．4％～98．5％、87．1％～96．2％、62．5％～63．8％，与VR2332、CH-1a、LV株氨基酸之间的相似性分别为83．1％～95．5％、86．1％～95．0％、51．7％～57．2％，表明15个毒株的E基因区域变异较大，均属美洲型。将15个流行毒株与国内外已发表的37株猪繁殖与呼吸综合征病毒相应序列进行比较，建立的遗传进化树表明这15个毒株分别属于3个亚群。推导编码氨基酸的比较结果表明，分别属于不同亚群的不同地区流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株在E基因编码蛋白的潜在糖基化位点数目、抗原表位区域和与毒力相关的氨基酸等均存在变异。     

鸭坦布苏病毒病的流行特点及诊断技术

2010年以来,我国部分省市的蛋鸭群突然出现了一种新的产蛋下降病,大量研究表明该病由黄病毒科黄病毒属的一种新病毒引起[1-3],由于该病毒的核苷酸序列与黄病毒属恩他耶病毒群的蚊媒坦布苏病毒印尼株和泰国株的同源性达87％-91％[2],因此将其命名为鸭坦布苏病毒.由于该病是近年来新发的一种传染病,本文将鸭坦布苏病毒病的流行特点及诊断要点简要介绍如下,供参考.分类号：S858.32 文献标识码：B文章编号：1005-7307（2013）06-0031-003     

猪脑心肌炎病毒的分离与鉴定

从规模化猪场疑似病例组织病料中分离到5株脑心肌炎病毒（EMCV），对其中的2株（EMCV BJC3和EMCV HB1）进行了系统鉴定。结果表明，病毒粒子大小约为27nm，呈圆形；2株病毒均不耐酸，对氯仿不敏感，对胰蛋白酶敏感性有所不同，60℃加热1h可被灭活，二价阳离子对病毒没有明显的保护作用。用EMCV多克隆抗体作间接免疫荧光，分离毒株感染的BHK-21细胞的胞浆中可见特异性荧光。对分离毒株进行了VP1和3D基因的扩增和序列测定，结果表明，2个毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为99．49％，氨基酸序列的同源性为98．46％，与GenBank中EMCV毒株的核苷酸序列同源性介于81．61％～99．59％，氨基酸序列同源性在95．5％以上；3D基因扩增片段序列与其它毒株的核苷酸与氨基酸序列同源性均为100％。基于VP1基因的系统进化树表明，2株分离毒均位于进化树的主干上，变异度不大。由此表明，EMCV感染已在我国猪场存在。     

一株分离自中国鹅源黄病毒的分子鉴定

为了分析2011年分离到的1株(ZZ株)引起产蛋量下降的鹅源黄病毒的全基因组序列及病原的分子特性,试验采用PCR技术对其全基因组进行PCR扩增、克隆和测序,之后对多聚蛋白的剪切位点、潜在的糖基化位点、半胱氨酸的分布及3’UTR的二级结构进行分析。结果表明:该病毒由10986个核苷酸组成,并具有典型的黄病毒基因组结构;开放阅读框(ORF)编码3 425个氨基酸(95～10 372 nt);与其他黄病毒比较,该病毒的5’UTR(94 nt)大小居中,而3’UTR(614 nt)相对较长;对多聚蛋白及3’UTR的系统进化树分析显示,ZZ分离株与恩塔亚病毒(Ntaya virus)的巴格扎病毒(Bagazavirus)亲缘关系最近。     

1株麻雀源坦布苏病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

从山东地区某发病鸭场周围的麻雀体内分离到1株坦布苏病毒,命名为SDS株,并对分离毒株进行毒力测定。应用RT-PCR技术对分离株全基因组进行扩增并测序,将获得的SDS株坦布苏病毒全基因组序列与已在Gen Bank发表的24株坦布苏病毒和6株其他黄病毒属病毒全基因组序列进行遗传进化分析。结果表明,该株坦布苏病毒的基因组全长为10 990 nt,包含94 nt的5'端非编码区、618 nt的3'端非编码区和一个开放阅读框(3 425个氨基酸),编码11种病毒蛋白;与Gen Bank已发表的坦布苏病毒的核苷酸序列同源性为98.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为98.1%~99.4%,其中与鸭源WFZ株(KC990545.1)的核苷酸序列同源性最高为99.5%,与鹅源坦布苏病毒(duck eggdrop syndrome virus strain goose,JQ920424.1)和鸡源坦布苏病毒(CJD50,JF926699)的核苷酸序列同源性较低为98.9%。用Net NGlyc 1.0 Server在线软件对病毒蛋白潜在糖基化位点进行预测,结果表明在SDS株病毒多聚蛋白中共有13个潜在的糖基化位点,分别位于5个不同病毒蛋白中。     

猪瘟病毒辽宁株E2蛋白部分基因片段的序列分析

应用RT-PCR方法对辽宁地区8份猪瘟临床病料进行了E2蛋白部分基因片段扩增，其中有5份病料扩增产物经2%的琼脂糖凝胶电泳获得大小约为210bp的目的基因片段。经对目的基因片段回收纯化后进行核苷酸序列测定，并与国内外发表的18株猪瘟病毒株的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比较表明，所分离的5株猪瘟病毒株核苷酸序列及氨基酸序列与C1W、C2W等8个毒株的同源性较高，而与国内的疫苗株和强毒株的同源性则较低，基因型差异比较明显，并不归属于同一个基因亚群。本研究通过对E2基因片段扩增以及相应的核苷酸序列的氨基酸序列分析，揭示了本地区猪瘟病毒的分子流行病学背景。     

狂犬病无毒疫苗株SRV_9G基因主要功能区的序列分析

通过反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增出了狂犬病无毒疫苗株（ＳＲＶ９）糖蛋白（Ｇ）基因膜外主要功能区的两个片段，共约７４０个ｂｐ（４５０～１１４４），含有可以诱导中和抗体的两个抗原决定簇和决定毒力及与神经细胞受体结合部位的基因片段。通过平端连接将两片段克隆到ｐＵＣ１８的ＳｍａＩ位点。采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧终止法测定ｃＤＮＡ片段的核苷酸序列，并推导出其氨基酸序列。将这一序列与已发表的狂犬病病毒ＳＡＤＢ１９株的相应序列通过计算机进行比较分析。结果证明两者核苷酸序列的同源性为９８．６％，推导氨基酸序列的同源性为９５．９％，主要抗原区内的几个重要氨基酸（如３３３位精氨酸等）发生了变异，糖基化位点也改变。     

猪瘟病毒囊膜蛋白Erns研究现状

猪瘟病毒（Classical swine fever virus, CSFV）与牛病毒性腹泻病毒、羊边界病病毒、长颈鹿瘟病毒均为黄病毒科，瘟病毒属的成员，其基因组为单股正链RNA，大小约12300个核苷酸，其5^＋端非编码区由373个核苷酸组成，3^＋端非编码区约由229～244个核苷酸组成。开放阅读框编码一个大约3900氨基酸残基的多聚蛋白，该多聚蛋白在翻译过程中和（或）翻译后，在病毒编码的蛋白酶和宿主细胞酶的作用下，分解成为结构蛋白和非结构蛋白。[第一段]     

马动脉炎病毒大囊膜蛋白和膜蛋白基因的克隆与序列分析

参考GenBank收录的马动脉炎病毒(EAV)读码框大囊膜蛋白基因oRF5、膜蛋白基因ORF6的核苷酸序列，分别设计了2对引物，对EAV的这两种主要结构蛋白基因进行了RT—PCR；将扩增产物克隆于pUC18通用载体，对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序，证实克隆片段的可靠和准确性。测序结果，ORF5目的片段包含768bp，编码255个氨基酸组成的多肽；ORF6目的片段包含489bp，编码162个氨基酸组成的多肽。与EAVNC-002532标准毒株比较，ORF5、ORF6核苷酸的同源性分别为99．1％和99．4％；推导氨基酸的同源性分剐为96．99／6和98．29／6。     

绵羊肺腺瘤病毒NM株囊膜蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位预测

利用生物信息学预测绵羊肺腺瘤病毒(OPAV)NM株囊膜蛋白优势抗原表位,为寻找用于绵羊肺腺瘤病诊断和预防的候选抗原表位提供参考。参照OPAV-NM株env基因序列(登录号:JQ837489),应用Gamier-Robson方法、SOPMA方法和网络服务器PSIPRED、Predictprotein预测OPAV-NM株囊膜蛋白的二级结构。用Kyte-Doolittle方法预测蛋白质的疏水区和亲水区,用Emini方法预测蛋白质表面可能性,以Jamson-Wolf方法预测蛋白的抗原指数,利用Bcepred、IEDB、ABCpred网络服务器预测囊膜蛋白的抗原性,然后综合评价囊膜蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,囊膜蛋白(ENV)二级结构丰富,α螺旋和β折叠所占比例相对较多,也具有多处转角及无规则卷曲区域,提示OPAV-NM囊膜蛋白具有较多的优势抗原表位区段。这些优势抗原表位分别为第52～76,101～110,118～165,182～196,201～215,281～305,309～332,335～356,461～476,530～574位氨基酸,其中第461～476位和第530～574位的部分氨基酸序列位于胞外区,且第530～574区段位于en-OPAV和ex-OPAV的囊膜氨基酸序列的差异区,该段氨基酸序列对绵羊肺腺瘤病毒疫苗和诊断方法的研究有重要意义。     

猪流行性腹泻病毒青海株M蛋白基因的克隆与功能位点分析

克隆了猪流行性腹泻病毒（PEDV）青海株（PEDV-QH）的M基因。经序列分析，PEDV-QH株编码膜蛋白M的开放阅读框（ORF）全长为681bp，包含154A（22．61％），160G23．49％），217T（31．86％），150C（22．03％），编码226aa，分子质量约为25ku。PEDV-QH株的M基因与CV777、JMe2、Br1／87、JS2004-2、KPEDV-9株核苷酸序列的同源性分别为98．5％、98．4％、98．4％、98．2％和97．9％，推导的氨基酸序列同源性分别为99．1％、99．19／6、98．7％、98．2％、97．8％；M基因推导的氨基酸序列分析显示，M蛋白3次跨膜，有1个潜在的原核膜脂蛋白脂结合位点，3个潜在的N糖基化位点，4个潜在的丝氨酸或苏氨酸连接的蛋白激酶C或酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。与CV777及Br1／87核苷酸序列以及氨基酸遗传衍化关系分析显示，PEDV-QH株M基因的变异主要属于同义突变。     

猪瘟病毒NS3丝氨酸蛋白酶功能区基因的克隆及其在大肠杆菌中的高效表达

用RT－PCR方法扩增分别获得了中国猪瘟病毒强毒石门株和兔化弱毒株非结构蛋白NS3丝氨酸蛋白酶功能区[即NS3（△C）]基因cDNA，将之克隆到pGEM T载体测定其核苷酸序列，并出其对应氨基酸序列，结果表明这两个毒株间的NS3（△C）区基因核苷酸序列同源性为95.8%，氨基酸序列同源笥为99％，有2个残基的差异；两毒株与一些猪瘟病毒以及同属的牛病毒性腹泻病病毒代表毒株的对应序列进行比较，所测核苷酸序列及的氨基酸序列均极为保守，而且氨基酸序列分析结果还表明，瘟病毒NS3（△C）序列也含有与其它黄病毒同样保守的由His，Asp和Ser残基构成的胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶催化三分体，三分体中Ser为丝氨酸蛋白酶催化活性关键氨基酸残基，将上述NS3（△C）基因亚克隆至原核表达载体pET-28a中，并在E.coli中获得高效表达，将表达产物纯化并免疫小鼠，间接免疫荧光和Western blot结果表明制备了针对NS3（△C）蛋白的多克隆抗体，上述实验结果为继续深入研究非结构蛋白NS3在猪瘟病毒的复制及病毒与宿主细胞相互关系中的作用，提供了基础材料及参考数据。