鸡GARS-AIRS-GART基因多态性及其与肉质性状的关联性研究

【目的】探讨GARS-AIRS-GART基因对鸡肉质风味性状的影响。【方法】以大恒优质肉鸡品系为研究对象,利用PCR-SSCP和测序方法对GARS-AIRS-GART基因的多态性进行研究。【结果】研究结果显示:GARS-AIRSGART基因外显子4有1个SNP位点位于6545处(A→C突变),该位点为错义突变并导致氨基酸序列第173位点由天冬氨酸(Asp)突变为谷氨酸(Glu)。GARS-AIRS-GART-6545SNP位点对鲜味氨基酸含量和肌苷酸含量有显著影响(P<0.05),NN型表现为高肌苷酸含量。【结论】由此推测GARS-AIRS-GART基因可能是影响鸡肉质性状的主效基因或与控制这些性状的QTL连锁。     

瑶山鸡STAT5基因多态性及其与繁殖性状的关联性

【目的】为瑶山鸡繁殖性能的遗传改良、辅助育种提供理论依据。【方法】采用DNA测序技术,对瑶山鸡STAT5基因外显子的遗传多样性进行研究,并分析多态位点与繁殖性状的相关性。【结果】瑶山鸡STAT5基因存在11229 T→C、11298 T→C、10275 T→C、6571 T→C、6669 G→A、6732 G→A、6898 G→A、7142 G→A、7211 G→A、7219 G→A和7260 G→A等11个突变位点,其中,6898 G→A变异位点的杂合度和多肽信息含量最高,分别为0.5000和0.3750;7260 G→A变异位点的杂合度和多肽信息含量最低,分别为0.0950和0.0905;除6571 T→C、6732 G→A和7260 G→A 3个变异位点为低度多态外,其余8个变异位点均为中度多态;除6571 T→C和7260 G→A变异位点多态性与繁殖性状无显著性关联外,其余位点均与繁殖性状表现出显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关。【结论】瑶山鸡STAT5基因多态性与瑶山鸡的繁殖性状具有一定的相关性,为进一步利用分子育种筛选瑶山鸡高产鸡群奠定了一定的基础。     

生长激素基因多态性与滩羊生长性状关联性研究

[目的]探讨生长激素基因多态性与滩羊生长性状关联性,以提高滩羊整体生长速度和经济效益。[方法]选取69只宁夏滩羊为研究对象,运用PCR-RFLP技术,对已证实控制绵羊生长速度的主效基因生长激素（GH）基因进行检测,统计各基因型与滩羊初生重、二毛重、3月龄及6月龄体重之间的关联性。[结果]共检测到2种GH基因型,即AB和BB型,基因型频率分别为0.3481和0.6519,A等位基因频率为0.1811,而B等位基因频率为0.8189。通过关联性统计分析,AB基因型与滩羊生长性状的关联性达到极显著水平（P〈0.01）。[结论]AB基因型是影响滩羊生长速度的优势基因型。     

家兔ANGPTL4基因多态性及其与生长性状的关联性分析

【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 GA为非同义突变,c.867 TC和c.975 TC均为同义突变),且完全处于连锁状态(r2≥0.75),由此选择c.823 GA位点作为遗传效应分析位点。关联性分析得出3个家兔群体内AG基因型和GG基因型与3个品种部分生长性状具有较高的遗传效应。【结论】ANPGTL4基因可以是与家兔生长发育相关的候选基因,以此为培育肉兔新品种提供辅助分子遗传选择依据。     

关岭黄牛POMC基因多态性及其与生长性状的关联性分析

为研究阿片黑皮质素前体(POMC)在动物采食和能量平衡中的作用,采用DNA测序技术,对关岭黄牛92头个体的POMC基因的多态性进行研究,并分析多态位点与关岭黄牛生长性状的相关性。结果表明:在扩增片段为870 bp的产物中,发现位点138,430,644,668 C→T突变,位点693 A→G突变。多态性结果显示,除430 C→T突变位点处于哈代-温伯格不平衡状态(HWE)(P0.05),其余突变位点均处于HWE平衡状态(P0.05),5个突变位点的多肽信息含量(PIC)均为中度多态。相关性分析结果表明,644 C→T和668 C→T突变位点的不同基因型与关岭黄牛体斜长表现出差异性显著。     

牦牛MSTN基因内含子2多态性及与生长性状的相关性

采用PCR-SSCP技术对大通牦牛、甘南牦牛和天祝白牦牛(共277头)肌肉抑制素基因(MSTN)内含子2的部分序列进行了多态性研究,分析该基因与牦牛生长性状的相关性.结果表明,牦牛MSTN基因内含子2存在2个等位基因和3种基因型.在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛呈Hardy-Weinberg平衡状态,大通牦牛呈不平衡...     

鸡CACNA1S基因单核苷酸多态性及其与肉质性状的关联性

利用PCR-SSCP技术,对萧山鸡、仙居鸡、灵昆鸡、萧山鸡×仙居鸡杂交F1代、AA鸡的L型钙离子通道α1亚单位(CACNA1S)基因(CACNA1S)5'-调控区(5'-UTR)和外显子1(exon1)进行多态性检测,结合肉质性状做关联分析.结果表明试验群体CACNA1S基因5'-UTR和exon1存在3个单核苷酸多态...     

北极狐GH基因的单核苷酸多态性及其与生长性状的关联性分析

以北极狐的生长激素基因(GH)作为候选基因,以大兴安岭图强林业局狐场提供的北极狐为试验群体,采用单链构象多态性(PCR-SSCP)和DNA测序的方法检测了GH基因单核苷酸多态性(SNPs),针对该群体的特点建立合适的统计分析模型,并进行了GH基因多态性与生长性状的相关分析。结果表明,在北极狐GH基因的外显子2、内含子2和外显子3上发现4个多态位点,分别为外显子2上的G81A突变、内含子2上的C186T和T239C突变,以及外显子3上的C583A突变;GH基因C583A多态性与公狐的体长性状显著相关(P0.05)。利用以上点突变对北极狐的体重及皮张长度性状进行标记辅助选择研究,可达到快速选育出优质北极狐的目的。     

家兔PIK3CA和AKT3基因多态性及其与生长性状的关联性分析

【目的】探讨家兔PIK3CA和AKT3基因的多态性及其与家兔生长性状的相关性。【方法】采用PCR产物直接测序法寻找PIK3CA和AKT3基因的遗传变异,应用PCR-RFLP技术对欧洲大白兔、伊拉兔和福建黑兔3个肉兔品种共711个个体进行基因型分析。【结果】在PIK3CA和AKT3基因编码区发现了2个同义突变,分别是PIK3CA基因的c.3068 AG,和AKT3基因的c.1213 AC。对于c.3068 AG,在欧洲大白兔和福建黑兔中,GG基因型个体的体重在各生长阶段均显著低于AA和AG基因型个体(P0.05);对于c.1213 AC位点,CC基因型的欧洲大白兔体重显著低于AA和AC基因型个体(P0.05);综合考虑两位点,发现GGCC基因型的欧洲大白兔个体重极显著低于AAAA,AGAA和AGAC基因型个体。【结论】PIK3CA和AKT3基因与家兔的生长性能相关,可以作为家兔分子育种的遗传标记。     

海东鸡CAPN1基因3'UTR多态性及其与体尺性状的关联性

利用PCR-SSCP技术对海东鸡CAPN1基因多态性进行分析,研究CAPN1基因多态位点与体尺性状之间的相关性。结果表明,海东鸡CAPN1基因3'UTR存在c.*1 114TC转换,对应2种等位基因T和C,等位基因T为优势等位基因;该群体CAPN1基因检测区域为中度多态(0.25PIC0.50),偏离了Hardy-Weinberg平衡状态。CAPN1基因3'UTR的多态性对体斜长、胸宽和胸骨长有显著性影响,对胫长有极显著影响,对胸深、胸围和髋宽无显著性影响。     

鸡FATP1基因多态性与屠体性状的相关分析

 【目的】研究FATP1基因多态性与优质肉鸡屠体性状的相关性,为进一步加快育种进程提供参考依据。【方法】利用PCR-SSCP技术对381只大恒优质鸡FATP1基因的部分外显子进行群体遗传学检测,计算基因频率和基因型频率,对多态性与屠体性状进行相关分析。【结果】在FATP1 P3和P4两个位点上分别存在3种多态以及9种单倍型组合。P3位点不同基因型对活重、屠体重、半净膛、全净膛、胸肌重和腿肌重有显著影响,P4位点不同基因型对腿肌重和腹脂率有显著影响。9种单倍型组合AAMM、AAMN、AGMM、AGMN、AANN、AGNN、GGMM、GGMN和GGNN的频率分别为0.538、0.052、0.265、0.029、0.045、0.037、0.024、0.005和0.005,不同单倍型与腹脂重、胸肌重和胸肌率存在相关性。【结论】鸡FATP1不同基因型和单倍型组合与部分屠体性状和腹脂率存在相关性。     

海子水牛MSTN基因多样性与系统分化研究

针对牛肌肉生长抑制素基因(MSTN)编码区设计引物,以PCR扩增及测序的方法,检测了19头海子水牛样本的MSTN基因多样性,并对其系统分化进行研究。结果显示:海子水牛群体内MSTN基因编码区含1 128个碱基对,所检样本中存在3个核苷酸多态位点,但仅含有2种基因单型。说明海子水牛MSTN基因分化水平较低。     

寿光鸡MSTN基因3种不同转录子的克隆及序列分析

采集1日龄寿光鸡腿肌,提取RNA进行RT-PCR反应、TA克隆和测序,序列测定结果表明：寿光鸡腿肌中存在3种不同大小的MSTNcDNA。第1种MS刑cDNA由1128bp组成,将该序列命名为csMSTN-1,与已报道的鸡MSTNcDNA序列（gb：AF019621．1）同源性为99％;第2种MS孙cDNA由985bp组成,命名为CSMSTN-2．与csMSTN-1相比,缺失了374～517处的143个碱基,并且在6处存在碱基变化;第3种MSTNcDNA由754bp组成,命名为csMSTN-3,与csMSTN-1相比,缺失了374～748处的374个碱基,并且存在26处碱基变化。这是世界上首次发现鸡体内存在3种不同大小的MSTN基因转录子．该结果为进一步确定MSTN基因的作用机理提供了新的试验依据。     

黔北麻羊MSTN基因的多态性分析

为给黔北麻羊品种遗传资源的保护及进一步选育提供科学依据,利用BsmAI、MspI、EcoRI、MvaI、XmnI、MnII等6种限制性内切酶对黔北麻羊MSTN基因部分内含子1、2和外显子2进行PCR-RFLP多态性分析。结果表明:在扩增的MSTN基因1 241bp序列中含有BsmAI、EcoRI、MvaI和MnII 4个酶切位点,但均不具有多态性;未发现MspI和XmnI酶切位点。     

朗德鹅MSTN基因外显子3多态性的研究

肌抑制素基因(MSTN)属于转化生长因子-β超家族成员,其主要功能是负向调控肌细胞生长发育。为检测朗德鹅MSTN外显子3多态性,采用PCR-SSCP的方法,对肌生成抑制基因外显子3进行了分析;结果发现,该片段存在PCR-SSCP多态性;对具DNA多态性的片段测序分析发现:MSTN基因外显子3第1 023处发生了单碱基的改变(A→G)。通过研究MSTN基因的多态性,为朗德鹅的选种和选育提供实验基础和理论依据。     

苏禽黄鸡IGF1R基因第16外显子多态性及其与生长性状的关联研究

本研究以IGF1R基因作为影响苏禽黄鸡生长性状的候选基因,基因第16外显子单核苷酸多态性采用DNA测序和PCR-SSCP技术进行分析,并与鸡的生产性能进行关联分析。结果表明,共发现2个SNPs位点(C143082G和A143135G),在初生重方面,CC基因型个体的体重显著高于AA、AB、AC、BB和BC基因型个体的体重(P<0.05)。推测IGF1R基因可能是影响鸡体重的主(效)基因或与影响体重主(效)基因紧密连锁。     

东北马鹿Myostatin基因单核苷酸多态性研究

Myostatin基因即肌肉生长抑制素,是一种肌肉生长的负调控因子。以物种最近的牛（Bos taurus cattle登陆号：AB076403）的Myostatin基因序列为模版,根据该基因保守序列,进行引物设计。应用pcr-sscp和测序的方法对东北马鹿Myostatin基因的第3外显子进行了多态性分析。结果表明,位于Myostatin基因DNA序列第3外显子948处发生G→A突变。该突变并没有引起氨基酸的变异,GTA、GTG密码子都编码缬氨酸（val）。     

鸡mir-1658前体基因多态性分析

【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对microRNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列（GenBank登录号：NR_035151.1）设计一对特异性引物,采用PCR产物直接测序的方法,对太行鸡（95只）、北京油鸡（83只）和来航鸡（42只）3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用miRanda软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点,其中次要等位基因频率≥5％位点有g.28 C＞G、g.31 C＞T、g.70 G＞A和 g.71 G＞–,4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示,g.70 G＞A 位点表现为低度多态（PIC＜0.25）,其余3个位点均表现为中度多态（0.25＜PIC＜0.50）。适合性检验表明,除了来航鸡的g.31 C＞T、g.71 G＞–位点、太行鸡的g.71 G＞–位点以及北京油鸡的g.70 G＞A位点之外,其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态（P＞0.05）。连锁不平衡和单倍型分析表明,各突变位点之间存在弱连锁平衡;从3个品种鸡中共检测到11种单倍型,其中H1（C C G –）和H11（G T G G）是群体的优势单倍型,频率均大于25%。生物信息学分析表明,种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能,其中H6单倍型突变体的自由能最高（41.00 kcal·mol^-1）,H2和H5单倍型突变体的自由能最低（35.70 kcal·mol^-1）;群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol^-1。gga-mir-1658基因不同单倍型成熟体种子区序列存在差异,在gga-mir-1658-5p存在“AUACCAU”、“AUACCAC”2种种子区序列,gga-mir-1658-3p共有“AACUCUG”、“AGCUGUG”、“AACUGUG”和“AGCUCUG”4种种子区序列。针对gga-mir-1658的预测靶基因的生物信息学分析显示,它们主要在基因表达调控、细胞凋亡、免疫系统的发育和B细胞激活等基本生物学过程中显著富集;此外,种子区变化可以影响gga-mir-1658成熟体对靶基因的选择。【结论】（1）gga-mir-1658基因种子区存在4个具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成11种单倍型,其中H1（C C G –）和H11（G T G G）在北京油鸡、太行鸡和来航鸡为优势单倍型。（2）种子区突变影响gga-mir-1658基因前体二级结构的稳定性和靶基因的选择,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。     

牛Myostatin基因单核苷酸多态性分析

Myostatin基因即肌肉生长抑制素,是一种肌肉生长的负调控因子。应运PCR-SSCP和测序的方法对中国秦川牛、南阳牛以及国外引入品种皮埃蒙特牛双肌基因的第三外显子进行了多态性分析。结果表明:第三外显子938处G→A的单核苷酸的突变造成了南阳牛、皮埃蒙特牛第三外显子扩增片段多态性,秦川牛则不然。