3种黄檀属木材DNA条形码识别研究

以降香黄檀、交趾黄檀和微凹黄檀木材为研究对象,提取木材DNA并扩增trnL和trnS-trnG序列,比较黄檀属候选DNA条形码序列的扩增和测序成功率,构建系统发育树并评价不同DNA条形码序列的鉴定能力。结果表明：3种黄檀属木材叶绿体编码基因片段trnL和叶绿体基因间隔区trnS-trnG序列的PCR扩增成功率分别为82%和59%,PCR产物克隆测序成功率均为100%。候选DNA条形码序列种间的碱基变异和插入缺失数量均高于种内。基于叶绿体编码基因序列trnL构建的系统进化树能够成功区分3种黄檀属木材。     

刺猬紫檀木材DNA条形码鉴定研究

该文以采自不同产地的刺猬紫檀木材为研究对象,提取并扩增核ITS2、叶绿体mat K基因及叶绿体基因间隔序列ndhF-rpl32,采用BLAST和NJ树法评价不同DNA条形码候选序列的鉴定能力。结果表明,ITS2序列具有最高的扩增和测序效率,ITS2序列的平均种间遗传距离也明显高于种内遗传距离。ITS2序列可以将刺猬紫檀木材与其他同属近缘紫檀属树种木材区分开来。     

3种木材DNA提取方法比较研究

以微凹黄檀木材标本为研究对象,分别采用BATB法、PTB法和SDS法对微凹黄檀不同部位木材进行DNA提取试验,并扩增DNA条形码序列ITS2、trnH-psbA和matK,分析不同DNA提取方法对微凹黄檀木材DNA提取和DNA条形码序列扩增的影响.结果表明:采用BATB法从微凹黄檀木材心、边材组织中提取的DNA浓度以及DNA条形码扩增效率均要高于其他2种方法,说明BATB法更适合从长期存储木材中提取DNA.     

核桃乳DNA提取方法优化与DNA条形码鉴定

随着乳饮料行业快速发展,掺杂使假现象层出不穷,对核桃乳真实成分的准确鉴定变的尤为重要。核桃乳属深加工食品,DNA破坏严重,DNA提取是开展核桃乳DNA条形码鉴定的首要环节。为优化核桃乳DNA提取方法,并基于psbA-trnH基因DNA条形码建立核桃乳的掺假造假鉴定方法。以10种不同品牌的核桃乳为样品,采用3种方法(静置抽提、异丙醇沉淀、抽真空冻干)进行预处理,再用2种CTAB裂解沉淀方法和3种试剂盒方法(康为新型植物基因组DNA提取试剂盒、爱思进植物基因组DNA提取试剂盒和天根深加工食品DNA提取试剂盒)提取核桃乳DNA,并在此基础上创新尝试了CTAB与爱思进试剂盒结合方法。以提取的市售核桃乳DNA为模板,利用自行设计的特异性基因psbA-trnH-wal鉴定样品中是否含有核桃成分,确定造假情况;选择常见植物候选基因psbA-trnH鉴定样品中是否含有其他成分,确定掺假情况。结果表明,抽真空冻干预处理方法优于其他2种预处理方式。CTAB与爱思进试剂盒结合方法能提取到纯度好、得率高、扩增能力强的核桃乳DNA,是最佳的核桃乳DNA提取方法。扩增及比对结果显示,1款核桃乳样品中含有花生,属于掺假产品。抽真空冻干预处理、CTAB与爱思进试剂盒结合为优化后的核桃乳DNA提取方法,psbA-trnH-wal基因和psbA-trnH基因结合能够对核桃乳及其掺假造假品进行快速准确的鉴定。     

5种DNA条形码在苍耳属中遗传距离比较

比较了5种DNA条形码的重点关注基因psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK在苍耳属中的遗传距离,以期为植物DNA条形码标准基因的筛选研究提供参考。用通用引物对7种苍耳属植物的psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK基因进行扩增、测序,利用MEGA 5.1软件计算遗传距离及标准误。结果表明:ITS2、ITS、matK、psbA-trnH、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离依次减小;ITS2、psbA-trnH、ITS、matK、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离标准误依次减小。因此从苍耳属的植物层面看,ITS基因作为植物DNA条形码要比ITS2基因具有更好的稳定性;作为植物DNA条形码,matK基因要优于psbA-trnH基因。     

进口黄檀属木材DNA提取与分子鉴定方法初步研究

由于黄檀属Dalbergia种类较多,很多种类通过形态学方法难以区分,给中国进口木材检验鉴定工作带来了很大困难。为了研究黄檀属木材的分子鉴定方法,选取进口木材中常见的7种黄檀属木材,通过比较不同的木材DNA提取和纯化方法,摸索出了适合于黄檀属木材的十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）十二烷基硫酸钠（SDS）磁珠相结合的DNA提取和纯化体系,利用巢式聚合酶链式反应（PCR）扩增出433 bp的matK基因片段,共发现12个碱基位点差异,可以将7种进口黄檀属木材及我国的降香黄檀Dalbergia odorifera逐一区分开,为黄檀属木材分子识别鉴定研究工作奠定了良好的基础。图2表1参23     

6种蟹类DNA条形码鉴定技术研究

[目的]研究蟹类DNA条形码技术。[方法]利用PCR技术对浙江沿海6种常见蟹类(n=34)mt DNA COI基因进行扩增,最终获得688 bp基因片段。[结果]7个红星梭子蟹(Portunus sanguinolentus)样品中检测出5个单倍型,5个锐齿蟳(Charybdis acuta)样品中检测出5个单倍型,锈斑蟳(C.feriatus)、日本蟳(C.japonica)、绵蟹(Dromia dehaani)、三疣梭子蟹(P.trituberculatus)样品中检测出单倍型数分别为3、2、2、1;6种蟹类COI基因T、C、A、G的平均含量分别为25.3%、18.2%、36.2%和20.3%,A+T含量为58.5%64.1%;种内变异较小,遗传距离处于0.0000.004,种间遗传距离为0.1430.235;使用最大似然法构建的分子进化树揭示相同物种个体首先聚类,不存在不同物种个体交叉聚类。[结论]COI-L1490/H2198通用引物在蟹类条形码研究中具有普遍适用性,mt DNA COI基因能够作为6种蟹类有效鉴别的DNA条形码,且区分度高、支持形态学分类结果。     

DNA条形码技术在部分菱属植物分子鉴定中的应用

为了弥补形态学鉴定方法的不足,本研究利用DNA条形码技术,选取标准基因序列对部分菱属植物进行初步的分子鉴定。通过对浙江、江苏2省南湖菱、两角菱、四角菱的ITS,mat K和rbc L序列扩增及多重序列比对,探寻菱属植物的分子鉴定方法。克隆了菱属植物692 bp的ITS序列、878 bp的mat K序列及685 bp的rbc L序列,其中mat K和rbc L序列不存在变异位点,不能用于鉴定菱属植物;ITS序列存在20个变异位点,包括6处插入/缺失和14处碱基置换,在部分菱属植物的分子鉴定中具有应用价值。     

紫菜属DNA条形码的研究进展

文中综述了DNA条形码作为一种新兴分类学技术的发展状况,介绍了其与传统分类学相比的优缺点,以及其在大型海藻中的应用现状,并总结了大型海藻中常用到的一些DNA条形码作为紫菜属物种分类鉴定工具的适用性和有效性。     

翅荚木解剖构造特征及DNA条形码识别研究

以翅荚木标本为研究材料,利用显微技术对其宏观构造及微观构造进行观察和分析;并以翅荚木9年生新鲜材作为对照组,对两者的DNA序列进行比对分析,分别对2个木材样品的trnL、rbcL和psbA−trnH 3段DNA序列进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列比对。结果表明：翅荚木为散孔材,生长轮明显;单管孔或少数径列复管孔（2～4个）,穿孔板为单穿孔,具多角形互列管间纹孔式,导管−射线间纹孔式同管间纹孔式;射线组织主为异III型,稀异II型。CTAB试剂盒法,能够成功提取满足PCR扩增需求的翅荚木新鲜组织及标本的DNA。2个木材样品的3段DNA序列均能与NCBI系统中翅荚木100%匹配,其中psbA−trnH序列能与其他树种区分开,有较高的分辨率,可作为翅荚木分子鉴定的备选条形码,从3段序列构建的系统发育树来看,几个树种可以被正确聚类。     

降香黄檀木材DNA提取方法的研究

DNA分析是一种有效地鉴别木材的方法,但它要求要从木材中得到足够质量和数量的DNA。因此,本试验以降香黄檀气干材为原料,采用改良的CTAB法、QIAGEN试剂盒法和PTB法分别提取降香黄檀心材和边材部位的DNA,比较从不同部位木材组织中提取DNA的质量差异,以期为从心材和边材组织中提取DNA探寻合适的方法。结果表明,3种方法从边材和心材部位提取DNA浓度范围分别为：75.95～937.38 ng·μL^-1,4.46～806.56 ng·μL^-1,其中PTB法从边材和心材部位提取的DNA浓度都是最高的,试剂盒法提取的DNA浓度都是最低的。3种方法提取的边材部位DNA经纯化处理后能够满足PCR扩增目的片段的要求;只有PTB法提取的心材部位的DNA经纯化处理后能够满足PCR扩增目的片段的要求。3种方法都能够从边材组织中提取出DNA,PTB法更适合从心材组织中提取DNA。     

探讨DNA条形码对摇蚊属物种界定的有效性

以摇蚊属的12种物种为研究对象,结合Barcode of Life Database(BOID)和Genbank数据库下载的条形码数据,采用Automatic Barcode Gap Discovery(ABGD)和邻接法(Neighbor joining,NJ)对所获取的749条DNA条形码进行分析,探究DNA条形码...     

藏药波棱瓜属药用植物DNA条形码鉴定

为评价DNA条形码候选序列对藏药波棱瓜属植物的鉴定作用,探讨波棱瓜属植物鉴定新方法,本研究采用不同产地、不同海拔波棱瓜植物的ITS2、PsbA-trnH、rbcL、matK通用引物对110份样品进行DNA提取、PCR扩增和测序,比较4条DNA序列扩增效率和测序成功率;分析种内和种间变异;通过Barcoding gap分析,构建NJ系统进化树,评价各序列对西藏自治区、云南省、四川省不同海拔波棱瓜药材的辨别能力。研究结果表明,ITS2序列在所研究的波棱瓜属药用植物中的扩增效率和测序成功率均为100%,其种内种间变异、Barcoding gap与其他DNA条形码候选序列相比具有明显的优势,以ITS2序列作为DNA条形码,可对波棱瓜进行准确、快速识别和鉴定,准确地弄清楚不同地区不同海拔所生长的波棱瓜之间的进化关系,为该药用植物的质量控制、安全用药及资源合理开发利用提供理论依据。     

识别杜洛克猪个体身份的DNA条形码

为了对杜洛克猪个体身份进行DNA识别,从31对PCR引物中筛选到了8对引物可高效扩增猪基因组片段并获得39个SNP位点,从39个SNP位点中选留杂合度H≥0.1的16个SNP位点,用于编制杜洛克猪个体身份识别的DNA条形码及相应的数字条形码。结果表明,编制的DNA条形码或相应的数字条形码很好地区分了10窝共计68头杜洛克猪个体身份。从这68个样本中,8对引物分离的基因型种类分别是2、10、9、3、3、9、3、3种;理论上这8对引物分离到的这些基因型可有2×10×9×3×3×9×3×3种组合,即可用于131 220头杜洛克猪的个体身份识别。因此,根据筛选的8对引物扩增的16个SNP位点编制的DNA条形码或相应的数字条形码,足以满足规模种猪场杜洛克猪的个体身份识别。     

部分景天属植物DNA条形码引物的筛选

[目的]对景天属植物分类所需用的相关DNA条形码引物进行筛选。[方法]以景天属(Sedum)中的佛甲草、八宝景天、华北景天、费菜、垂盆草5种植物为研究材料,采用CTAB法分步提取核DNA和叶绿体DNA,PCR扩增筛选引物,琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物。[结果]从psb A-trn H、rop B、rbc L、rpo C1、ITS 2、mat K 6个候选序列引物中初步筛选出适合景天属植物DNA条形码的4对引物——psb A-trn H、rop B、rpo C1、ITS 2,这4对引物的扩增率均达到100%。[结论]为景天属植物DNA条形码研究提供相关依据。     

分子生物学技术应用于木材识别的研究进展

木材识别技术的进步对于木材科学的发展及保护森林资源意义重大。随着木材DNA提取方法的不断突破,分子生物学技术开始应用于木材及木制品的材种鉴定及来源地识别,这对于阻止木材的非法砍伐及贸易具有重要意义。对近年来研究者在木材分子识别技术领域取得的进展进行了概述,介绍了木材DNA提取常用的方法、存在的困难、改良的措施及不同提取方法获得的DNA质量;在木材树种鉴定方面,主要介绍了微卫星、单核苷酸多态性和DNA条形码技术的应用进展;列举了分子生物学技术在木材来源地的鉴定中的成功案例;最后,分析了木材分子识别技术仍存在的问题,并对其发展及应用前景进行了展望。参43     

DNA条形码技术在中药材鉴定中的应用

DNA条形码技术是一种新兴的分子鉴定方法,它能弥补传统化学方法和形态学方法鉴定中药材的不足之处。通过查阅文献,在分析DNA条形码技术的原理、发展的基础上,对目前一些热门的DNA条形码候选序列ITS、ITS2、psbA-trnh、rbcL、matK展开讨论,重点分析其在植物类和动物类中药材鉴定中的应用,为中药材的鉴定提供新的思路。     

濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化

通过设计濒危兰科植物DNA条形码ITS,matK和psbA-trnH序列的通用引物并对其PCR反应体系进行优化,对16种有代表性的濒危兰科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率。结果表明:ITS,matK和psbA-trnH序列引物对濒危兰科植物的扩增和测序成功率均较高,PCR反应的最佳退火温度分别为ITS 54℃,matK和psbA-trnH 50℃。在上述反应体系和条件下获得的目的条带清晰、明亮,可作为鉴别濒危兰科植物物种的DNA条形码组合。     

基于柑橘及其近缘属植物DNA条形码的叶绿体编码序列筛选

 【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。     

基于DNA条形码对菜蝽属内疑难种的鉴定(半翅目:蝽科)

本研究旨在利用DNA条形码鉴定菜蝽属Eurydema内疑难种E.sp.,并通过DNA条形码研究菜蝽E.dominulus的种内色斑变异。通过扩增菜蝽E.dominulus(Scopoli,1763)、横纹菜蝽E.gebleri Kolenati,1846、新疆菜蝽E.maracandica Oshanin,1871、疑难种E.sp.和茶翅蝽Halyomorpha halys(Stl,1855)共计15条COI序列(633bp),分析碱基组成,计算种内、种间遗传距离,并采用最大似然法(ML)、邻接法(NJ)和贝叶斯法(BI)构建系统发育树。结果表明:(1)E.sp.与菜蝽E.dominulus之间的遗传距离为0.1%~1.0%,与新疆菜蝽之间的遗传距离为6.3%,与横纹菜蝽之间的遗传距离为4.1%,与茶翅蝽之间的遗传距离为17.0%;(2)所扩增的COI序列共计有8个单倍型,其中E.sp.与菜蝽E.dominulus具有共享单倍型"Hap5";色斑不同的菜蝽E.dominulus有共享单倍型。(3)基于ML、NJ和BI构建系统发育树的结果基本一致(NJ和BI系统发育树的结果完全一致),E.sp.与新疆菜蝽明显分开,与不同色斑的菜蝽E.dominulus聚为一大支,支持率均较高(BP74,PP=1.00)。根据遗传距离和系统发育树可看出:色斑不同的菜蝽E.dominulus个体之间遗传分化很小,属于种内变异范畴;腹部色斑与新疆菜蝽相似的E.sp.实为菜蝽;表明DNA条形码可以辅助传统分类学快速鉴定物种。