基于SRAP分子标记的桂花品种亲缘关系研究

 利用相关序列扩增多态性( SRAP) 分子标记, 以柊树[Osmanthus heterophyllus ( G. Don. )P. S. Green ] 和华东木犀(Osmanthus cooperi Hemsl. ) 为对照种, 研究了桂花(Osmanthus fragrans Lour. )88个品种、1个野生种的亲缘关系, 18对SRAP引物共获得296个位点, 其中248个为多态性位点, 多态性比率达83.78%。平均每对引物组合产生16.4个位点和13.8个多态性位点。其中, 银桂品种群的Shanon信息指数( 0.3412) 和遗传多样性指数( 0.2191) 最高。遗传变异估算表明: 桂花遗传分化系数为52.95% , 大部分变异存在于品种群之间, 说明品种群体间遗传分化高。聚类分析结果表明, 以遗传相似系数0.762为截值, 可将91份种质分成6类; 各品种群的品种往往聚在一起; 四季桂品种群与其他品种群遗传距离较远; 色质较深的金桂往往与丹桂品种群的多个品种聚在一起。基于SRAP分子标记的聚类结果与基于形态的传统分类学的结果基本相符。     

基于ISSR和SRAP标记的69份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

利用筛选出的多态性高、谱带清晰的8条ISSR引物和18对SRAP引物分别对海南省保存的69份红毛丹种质资源进行PCR扩增,8条ISSR引物共检测到425条多态性条带,其中品种(系)特异条带47个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.928,可鉴别的种质资源数25~67份;18对SRAP引物共检测到894条多态性条带,其中品种(系)特异条带69个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.936,可区分的种质资源数为17~63份。综合各项指标,利用ISSR16和ISSR5引物21个条带用于构建红毛丹种质DNA指纹图谱,该图谱可有效区分69份红毛丹种质资源。     

具有拮抗关系的18个香灰菌株遗传差异性分析

香灰菌(xiang-hui-jun)是银耳(Tremella fuciformis)的伴生菌,对银耳的生长、发育具有至关重要的作用。采用RAPD、SRAP和ISSR三种分子标记对具有拮抗关系的18个香灰菌菌株进行遗传差异性分析。结果表明:8对RAPD引物共扩增出59个位点片段,多态性条带总共为49条,占总片段条数的比率为83%;7对SRAP引物共扩增出49个位点片段,多态性条带总共为47条,占总片段条数的比率为96%;6对ISSR引物共扩增出60个位点片段,多态性条带总共为50条,占总片段条数的比率为83%。聚类分析表明,当以相异系数0.48为阈值时,可将这些香灰菌株分成7个类群:Hp.sp0006、TR柏溪、瓦坑野生、TR枫树和TR8801枫树分别自成一个类群,Hp.sp0052和69为一个类群,其余11个(Hp.sp0004、Hp.sp0010、T0050、T0048、T0036、TR23、TR5、TR95、71、TR03和TR86)菌株归为一个类群。     

仁用杏品种SRAP遗传多样性分析及指纹检索系统的开发

利用SRAP标记对24份仁用杏品种进行了遗传多样性分析。15对引物共扩增出280条带,其中241条为多态性谱带,多态性比率为85.34%;每个引物组合扩增谱带数在13 ~ 24条之间,平均为18.7条;多态性信息含量（PIC）在0.28 ~ 0.65之间,平均为0.51。基于引物Me4-Em4扩增的多态性谱带,构建的指纹检索系统可以区分24个仁用杏品种。根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法构建树状聚类图,在相似系数为0.70处可将24个仁用杏品种分为4组,聚类结果与形态分类基本一致。     

十二份杧果种质亲缘关系的SRAP分析

以12份杧果种质为试材,利用SRAP分子标记技术对其进行遗传多样性研究。结果表明:从36对引物中筛选出22对多态性好的引物,共扩增出251条DNA条带,其中多态性谱带181条,平均每对引物扩增得到15.08条多态性谱带,多态性比率为72.11%。UPGMA聚类表明,所有供试品种(系)之间的亲缘关系都比较近,相似系数在0.77~0.89;如果以相似系数0.78为标准,可将供试的12个品种(系)分为3类。表明利用SRAP技术能较好的区分杧果的亲缘关系;SRAP分子标记适合杧果的DNA遗传多样性分析,可作为杧果种质鉴定依据之一。     

菠萝遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记研究了61份菠萝种质的遗传多样性。从99对SRAP引物中筛选出35对引物对61份菠萝种质进行遗传多样性分析,均得到了清晰指纹,且所有品种表现出多态性;供试菠萝品种的多态性比率均较小,在47.32%~68.90%;35对SRAP标记共获得567条带,多态性位点384个,多态条带比率为67.72%;61份菠萝种质其相互之间相似系数为0.8027~0.9510,表明61份菠萝品种之间遗传关系相对较近;应用UPGMA进行聚类,在大致相似系数0.8330的水平上,61份材料可分为5种类型。     

洋葱种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记技术对58份洋葱种质资源进行遗传多样性分析,筛选出9个扩增效果较好的ISSR引物,共扩增出105条清晰的条带,其中有多态位点的条带数为104条,多态性条带比率为99%;筛选出11个扩增效果较好的SRAP引物,共扩增出132条清晰的条带,其中有多态位点的条带数为115条,多态性条带比率为87%,表明58份洋葱种质资源具有丰富的遗传多样性。基于2种分子标记的聚类分析结果均可将58份洋葱种质资源明显分为4大类,二者的聚类分析结果基本一致,但SRAP分子标记技术检测的基因位点更多,是遗传多样性分析的最佳分子标记技术。     

SRAP在大白菜遗传性状分析试验中的应用

研究利用SRAP分子标记,结合测序板电泳和银染染色技术,对遗传关系较近的大白菜自交系进行多态性分析,结果分辨率高,清晰度好。8对引物共检测到328个位点,其中283个为多态性位点,多态性比率达86．28％,这是传统分类很难做到的。     

中国马铃薯部分栽培品种遗传多样性的AFLP分析

 采用AFLP方法分析中国各地79个马铃薯栽培品种, 获得了8对引物组合的扩增谱带, 为马铃薯品种的鉴定提供了分子依据。8对引物组合扩增结果共获得801条带, 平均每对引物组合产生100.13条带。其中493条为多态性条带, 平均多态性检出率为61.2% , 引物组合E11 /M51扩增的多态性比率最高。聚类分析将材料分成3类, 聚类结果与地域无明显相关。     

基于SRAP和SCoT标记的猕猴桃种质遗传多样性分析及变异材料鉴定

[目的]探明59份猕猴桃品种/种质的遗传背景及鉴定果肉全红型材料('H-16')的亲缘关系.[方法]利用SRAP及SCoT两种分子标记进行遗传多样性分析及变异鉴定.[结果]筛选出的12对SRAP引物和16条SCoT引物在59份材料中分别扩增出多态性条带125条和143条,平均多态性比率为99.07％和100％,平均遗传相似系数为0.668和0.640,其中'H-16'与红阳的遗传相似系数最高,分别为0.952和0.930,表明两者遗传背景高度一致.SRAP及SCoT两种分子标记分别将59份猕猴桃材料分为4组和8组,部分中华猕猴桃与多数美味猕猴桃种质聚为一类,显示中华猕猴桃与美味猕猴桃种间关系较近,存在频繁的基因交流现象.筛选出的3对SRAP引物和2条SCoT引物,在'H-16'和红阳中扩增出差异条带,表明'H-16'为红阳的变异材料,且12对SRAP引物将全部中华系红肉猕猴桃聚为一类,可作为筛选控制红色性状位点的候选SRAP引物.[结论]SRAP和SCoT分子标记有效地将59份猕猴桃划分成4组和8组,表明其遗传背景存在差异,且遗传多样性较为丰富,两种标记都可用,SCoT更高效.两种标记都可用于猕猴桃变异材料的早期鉴定,且成功鉴定'H-16'为红阳的色泽变异品种(系),为后期开展种质资源评价和新种质选育提供技术参考和理论依据.     

菊花不完全双列杂交F_1代遗传关系的SRAP分析

利用SRAP分子标记研究了6个切花菊品种及其2×4不完全双列杂交(NCⅡ)的38个F1代单株的遗传关系。结果表明,17对SRAP引物组合共获得229条带,其中多态性条带127条,平均每个引物获得7.5个多态性条带,多态性比率为56.0%,说明切花菊亲本品种及其杂交后代的分子多样性适中。6个亲本品种之间的Nei’s遗传距离介于0.11~0.25之间,平均为0.19,说明亲本品种之间的亲缘关系较近。亲本和杂交后代的遗传相似系数分别介于0.42~0.72和0.40~0.85之间,杂交后代遗传相似系数的中位数(0.61)高于亲本品种(0.55),说明杂交产生了一些变异株系,但是总的遗传基础有变窄或同质化趋势。基于遗传相似系数,UPGMA聚类将亲本和杂交后代划分为两大类,聚类结果与母本和杂交组合类型相符,说明SRAP分子标记可有效用于鉴定菊花不同杂交组合后代。     

东北地区甜瓜枯萎病菌遗传多样性分析

以44株来自东北不同地区甜瓜枯萎病株的尖孢镰孢菌为试材,采用SRAP分子标记技术,研究了甜瓜枯萎病菌的遗传多样性,以探究其遗传多样性与地理来源的关系。结果表明:从100对SRAP引物中筛选出多态性强、重复性好的8组SRAP引物组合,共扩增出53条条带,其中多态性条带53条,多态性比率为100%,平均每对引物扩增得到6.63条多态性条带。通过聚类分析,44株供试菌株相似系数为0.47~0.98,不同菌株之间的亲缘关系较近,遗传多样性较为丰富,但是仍存在遗传差异,且与地理来源没有明显的相关性。     

芡种质资源及其杂种后代的初步遗传分析与评价

利用DNA标记(AFLP标记和SRAP标记)研究了11份芡、4份鸡王莲和1份克鲁兹王莲之间的亲缘关系,13对AFLP引物共产生490条条带,多态性条带447条(91.22%);9对SRAP引物共产生162条条带,多态性条带151条(93.21%);用UPGMA法建立的分子标记聚类树显示,克鲁兹王莲与其他材料(包括鸡王莲)差异很大,而鸡王莲与芡也有一定的差异。此外,对5份芡杂交材料的品质性状进行了检测,利用品质性状的数据进行聚类分析的结果表明,材料间的遗传距离很近,难以分辨相同种属不同材料的遗传关系和分类地位。     

中国石蒜组培苗体细胞无性系变异的ISSR和SRAP检测

以中国石蒜离体培养再生的幼苗为试材,首次采用ISSR和SRAP分子标记对再生苗的遗传稳定性进行了检测,以探讨体细胞无性系变异情况及成因.结果表明:所选用的14条ISSR引物共产生191条带,其中只有1条为多态性条带,并且该条带表现为新增条带;SRAP标记所选用的15对引物共扩增出219条带,其中3条为多态性条带,表现为共有条带缺失.综合2种分子标记检测结果来看,再生植株表现出的体细胞变异率极低(0.97％).现有数据同时也表明,已建立的离体培养体系在保存中国石蒜种质资源和遗传改良上是稳定、可行的.     

辽宁绥中地方梨种质的SRAP分析

采用SRAP分子标记方法对辽宁省绥中县地方梨品种秋白梨、绥中谢花甜、水红宵、粉红宵、洋红宵及8个秋白梨可能变异单株进行遗传多样性和亲缘关系分析。从100对SRAP引物组合中筛选出9对引物组合,扩增条带数76条,其中多态性条带数43条,多态位点百分率为56.6%,具有较高的多态性;聚类分析将供试材料分为3组,遗传相似系数0.690～1.000。引物组合me2/em1、me4/em1、me4/em6、me7/em1可区分绥中谢花甜、粉红宵、水红宵、洋红宵、秋白梨及秋白梨单株1、2、4、7号;秋白梨1、2、4、7号在分子水平检测出变异。SRAP技术可有效地应用于梨的品种及芽变鉴定、遗传多样性及亲缘关系分析。     

基于SRAP的三倍体无子西瓜品种指纹分析和杂种纯度鉴定

为了解三倍体无子西瓜品种SRAP(Sequence-Related Amplified Polymorphism)扩增特点及其在三倍体西瓜杂种纯度鉴定中的适应性,利用SRAP引物组合对当前生产上推广的9个三倍体无子西瓜品种进行了指纹分析和杂种纯度鉴定研究。结果表明,1)30对引物组合中筛选出多态性引物组合24对,共产生109条多态性带,平均每对引物组合产生多态性带4.5条,单个组合的多态性比率在12.5%～80%。2)结合多对SRAP引物组合,可以鉴别不同品种。3)在黑蜜5号及其父母本的指纹分析中,发现有1对引物组合(ME4/EM3)在黑蜜5号杂交种上扩增出了特异的条带,可以区分母本和杂交种,试验证明该引物组合能够用于黑蜜5号的杂种纯度鉴定。     

广西野生濒危植物掌叶木遗传多样性的ISSR与SRAP分析

采用ISSR和SRAP技术对中国野生濒危植物掌叶木[Handeliodendron bodinieri（Lévl.）Rehd.]的5个野生居群的95份材料进行分析,10条ISSR引物共扩增得到114个条带,其中多态性条带68个,多态性条带百分率（PPB）59.65%,掌叶木在物种水平上的Nei’s基因多样性（H）为0.1817,Shannon’s遗传多样性信息指数（I）为0.2792;观测等位基因数（Na）为1.5965,有效等位基因数（Ne）为1.2984,居群间基因间分化度（Gst）为35.17%。15组SRAP引物共扩增出292个条带,其中多态性条带269个,多态性条带百分比为92.12%,物种水平上,掌叶木的Nei’s基因多样性（H）为0.3171,Shannon’s遗传多样性信息指数（I）为0.4758;观测等位基因数（Na）为1.9212,有效等位基因数（Ne）为1.5380,居群间基因间分化度（Gst）为23.17%。结果显示两种标记均能检测到掌叶木具有较高的遗传多样性,掌叶木不同居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。     

部分桂花栽培品种的AFLP分析

 从22对AFLP引物中筛选出6对用来检测22个桂花品种和木犀属3个种的多态性位点,共检测到171个位点,其中多态性位点104个,占60.8%。利用DPSv 3.11软件计算25个样品之间的Nei遗传距离,并按照非加权算术平均数聚类方法（UPGMA）,构建树状分支图。AFLP分析结果表明：桂花花色较深的品种之间和花色较浅的品种之间分别存在着较近的亲缘关系,而花色深浅不同的两类品种之间亲缘关系较远。从聚类图上看,22个桂花品种中最后聚在一起的分别是3个银桂品种（遗传距离0.19处）和3个四季桂品种（遗传距离0.21处）,说明四季桂类和银桂类中的部分品种与金桂品种群和丹桂品种群有较远的亲缘关系。从分类上看,AFLP分析结果与传统的以形态特征为基础的分类结果并不完全一致。     

ISSR和RAPD分子标记技术在不同君子兰品种遗传多样性上的应用

采用ISSR标记和RAPD标记技术研究了15个君子兰品种的遗传多样性。结果表明:从55条寡聚核苷酸引物中筛选出10条简单重复序列引物,共扩增出65条带,平均每条引物扩增出6.5条带,其中5.4条多态性带,多态性比率为81.95%;从55条寡聚核苷酸引物中筛选出11条多态性引物,共扩增出47条带,平均每条引物扩增出4.27条带,其中32条多态性带,多态性比率为67.88%。POPGEN软件计算出君子兰品种间遗传距离为0.1123~0.6330,平均值为0.3263。基于遗传相似系数的UPGMA聚类分析将15个品种明显聚为二组,国兰系列品种为一组,日本兰系列品种组成另一组。