西藏牦牛mtDNA cytb基因的序列多态性及其系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛类群的亲缘关系、分类地位和遗传多样性,本研究测定了嘉黎牦牛、桑桑牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛、康布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、巴青牦牛等11个西藏牦牛类群共110头牦牛的细胞色素b基因全序列,分析了其多态性,并构建了11个类群的系统进化树.结果表明:11个西藏牦牛类群的细胞色素b基因全序列长均为1140 bp,共有单倍型53种,其中新发现的有49种,序列间共有14个SNPs多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,以同义突变为主,说明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.西藏11个牦牛类群可分为:帕里牦牛系、江达牦牛系、巴青牦牛系、桑日牦牛系、类乌齐牦牛系等5大系.     

8个鸽品种资源线粒体DNA遗传多态性与系统进化分析

为探讨中国鸽品种资源的遗传多态性与系统进化关系,利用PCR测序和生物信息学分析技术,测定分析了中国境内现存的8个主要鸽品种资源共120份样本mtDNA D-loop区部分序列.结果显示:在所获761 bp mtDNA D-loop区序列间发现3个变异位点,约占分析位点总数的0.39％,共具4个单倍型.8个群体内单倍型多...     

百宜黑鸡PRL基因多态性与产蛋性能关联分析

为了探究PRL基因多态性与鸡产蛋性能的相关性,试验以95只百宜黑鸡为研究对象,利用PCR扩增技术结合直接测序方法对鸡PRL基因SNP位点进行筛选.结果:在试验群体中找到4个SNPs,分别为g.6171 C>T、g.6232 C>G、g.6306 C>T、g.6440 T>C,且4个SNPs均处于第5外显子,g.6171 C>T和g.6232 C>G位点之间属于完全连锁平衡;χ2检验发现,该基因座的位点并不处于Hardy-Weinberg平衡状态;遗传参数分析发现,除了g.6306 C>T属于低度多态,其余位点均属于中度多态;关联分析表明,各SNP位点与产蛋性能之间不存在显著相关关系(P>0.05).     

MyoD基因在不同猪种中的PCR-RFLP遗传多态性及其遗传效应研究

采用PCR—RFLP的方法分析了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况，并分析了MyoD基因对肌纤维、胴体品质、胴体等级性状和肉质性状的遗传效应。结果表明：MyoD基因内含子1内的DdeI酶切位点多态性较丰富。在多数地方猪种群体中，C基因的分布具有绝对优势，且主要以杂合子AC形式存在。突变型A基因对胴体性状和胴体等级性状的影响较大，可极显著地增加胴体瘦肉率和眼肌面积，降低皮脂含量，提高腿臀比例，增加胴体长度（P〈0．01），同时会降低猪肉品质。具体讲，A基因对增加肌纤维面积的加性效应值和显性效应值分别为457．915μm^2和431．055μm^2；对增加嗣体瘦肉率的加性效应值和显性效应值分别为3．594％和-0．153％；对增加眼肌面积的加性效应值和显性效应值分别为3．084cm^2和-0．46cm。；对皮脂率的加性效应值和显性效应值分别为～3．916％和0．666％；对提高腿臀比的加性效应值为0．771％，显性效应值为0．068％。A基因对屠宰后45min和冷藏24h后的肉色评分的加性效应值分别为-0．145和-0．160，显性效应值分别为-0．052和-0.213．     

鸽mtDNA遗传多样性及系统进化研究

利用mtDNA Cytb基因为标记,研究不同鸽种的亲缘关系和遗传多样性。研究结果:通过对6个鸽种样本Cyt b基因进行PCR扩增和测序,采用生物信息学方法进行数据处理分析,结果显示所有样本中A、G、C、T碱基平均含量分别为26.5%、13.4%、34.8%、25.3%;共发现变异位点数为371个,变异类型为转换和颠换;共发现38个单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.997,平均核酸多样性(Pi)为0.11373;6个品种之间双参数遗传距离为0.000~0.018,其中王鸽与石岐鸽之间遗传距离最小,岩鸽与蓝环鸽及卡奴鸽间遗传距离最大。结合NCBI上已发表的34个鸠鸽科同源序列进行聚类分析,表明6个家鸽品种只有一个单一的起源。     

鸡IGFBP-2基因的遗传多态性及其遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡4个鸡品种胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP-2)第2内含子部分序列和第3外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性能的遗传效应。结果表明:在该区域中,共检测到4个等位基因,10种基因型。χ2检验结果表明,除边鸡外其余3个品种群体在该座位均达到Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析结果显示,除开产蛋重和12周龄体重外,其他生长和繁殖性状在不同基因型间均存在显著差异(P<0.05)。因此,推测IGFBP-2基因对个体的生长和繁殖性能有一定影响,将IGFBP-2基因应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快鸡的育种进程。     

苏太猪源TTP基因的克隆及其遗传进化分析

为了分析苏太猪源Tristetraproin(TTP)基因CDS序列和遗传进化关系,试验根据Gen Bank公布的野猪源TTP基因设计1对特异性引物,通过RT-PCR从苏太猪血液中扩增出TTP基因CDS区,并进行克隆和遗传进化分析。结果:扩增所得的TTP基因CDS长度为981 bp,共编码326个氨基酸。同源性分析表明:该基因核苷酸编码序列同源性与Gen Bank中公布的野猪源TTP基因一致性最高,为99.8%。系统进化树显示:该基因与野猪源TTP基因在遗传进化树上位于同一分支,亲缘关系最近;与白鱀豚、虎鲸的亲缘关系最远。     

鸭催乳素基因内含子1单核苷酸多态性分析

研究通过PCR-SSCP和测序的方法检测我国8个地方鸭种共476个个体的PRL基因内含子1的单核苷酸多态性,分析不同群体的等位基因频率和基因型频率并对其遗传特性进行统计分析。结果表明:所检测的8个地方鸭种均呈现多态,比较测序结果发现,多态性是由位于PRL基因内含子1一个核苷酸碱基由A到C的突变造成的。除连城白鸭以外,其他各群体中等位基因A为优势等位基因。除连城白鸭和绍兴鸭外,其他各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。     

鹅催乳素基因外显子2变异及其遗传效应

动物垂体前叶分泌的催乳素(Prolactin,PRL)具有广泛的生理效应,在家禽中与就巢、产蛋等繁殖性能有重要关联.本试验以皖西白鹅和莱茵鹅作为研究素材,运用PCR-SSCP法检测鹅PRL基因外显子2的单核苷酸变异并分析了变异的遗传效应.检测发现在皖西白鹅中存在C196T碱基突变,在莱茵鹅群体发现C170T碱基突变.关联分析结果表明,2个品种中的PRL基因外显子2突变均对鹅的开产蛋质量有显著(P<0.05)影响.     

猪CCKAR基因两SNP位点的遗传多态性分析

试验以9个猪品种/品系（5个地方品种：宁乡猪、大围子猪、沙子岭猪、桃源猪、五指山猪;3个外来品种：大白猪、长白猪、杜洛克猪;1个杜长大杂交品系）共计687头猪为研究对象,通过PCR-RFLP方法分析了CCKAR基因+179A/G Hpy8I酶切位点和+471C/G SatI酶切位点的基因频率和基因型频率,并进行了Hardy-Weinberg平衡检验。在所有猪种群体中,CCKAR基因+179A/G Hpy8 I酶切位点和+471C/G Sat I酶切位点均存在较丰富的遗传多态性。在+179A/G Hpy8 I酶切位点中除宁乡猪中没检测到AA基因型个体外,其他品种中都检测到AA、AG、GG 3种基因型个体的分布;而CCKAR基因+471C/G Sat I酶切位点都检测到了CC、CG、GG基因型个体的分布。     

11个猪品种生长激素(pGH)基因多态性及其遗传分化研究

利用PCR和测序技术,检测了11个猪品种共65个个体的生长激素(pGH)基因全序列多态性,发现43个SNPs和1个位于内含子3的7 bp缺失片段。分析结果表明,pGH基因DNA序列不同功能区变异程度各不相同,外显子区、内含子区、5′和3′端非编码区SNPs位点各占SNPs位点总数的18.60%、74.42%、6.98%;外显子区8个SNPs位点导致4个氨基酸位点变异,外显子2是编码区的高变域;各SNPs的变异属典型的中性突变;不同品种有其独特的单倍型。分子方差分析(AMOVA)结果表明,pGH基因DNA序列品种内的变异(方差比率73.45%)大于品种间的变异(方差比率26.55%),品种间差异极显著(P<0.01),存在较明显的遗传分化;pGH基因自身进化及品种进化主要体现在内含子区,品种间的遗传分化与地理分布和基因交流有关。     

盱眙水牛遗传多样性及系统地位的研究

对江苏省盱眙县183头水牛外形特征及体尺指标进行了调查和测量,同时随机抽取48头母牛,用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和水平淀粉凝胶电泳(SGE)对编码血液蛋白18个基因座的基因频率进行检测,同时引用相同方法所得东南亚21个水牛群体5个座位的研究资料,进行聚类分析,结果表明:成年公牛体高、体长、胸围和管围分别为129.16,147.69,198.66和23.12 cm,成年母牛分别为128.43,143.81,193.11和21.62 cm,估计体重公母牛分别为516.39和479.83 Kg。在所检测18个基因座中,有5个存在多型,多态位点百分比为27.78%。群体内遗传变异水平较低,平均杂合度和平均有效等位基因数分别为0.0793和1.1355。聚类分析表明:盱眙水牛与台湾和泰国水牛亲缘关系较近,孟加拉国为沼泽型水牛和河流型水牛的分界线,不同水牛群体的聚类结果基本与其地理分布吻合。     

甘肃金昌西门塔尔牛MSTN基因外显子多态性研究

[目的]为分析金昌地区西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的遗传多态性及变异特征。[方法]采用 PCR-SSCP 方法检测了61头西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的多态性。[结果]显示：金昌西门塔尔牛 MSTN 基因的第1外显子存在 A、B 两个等位基因以及AA、AB 两种基因型,其基因型频率分别为0.7705和0.2295;第2外显子存在 A、B 两个等位基因以及 AA、AB、BB 三种基因型,其基因型频率分别为0.0328、0.3443和0.6229;第3外显子只有 AA 一种基因型。序列分析表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子在269bp 发生了 A→G 的突变和第2外显子在41bp 发生了 C→T 的突变,但都未导致氨基酸发生改变,属于同义突变;外显子3并未检测到突变。[结论]统计结果表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态。     

乌羊遗传多态性的AFLP分析

研究了AFLP标记在乌羊遗传多态性方面应用的可行性和该山羊个体基因组DNA的AFLP扩散结果。实验应用10条人工设计的与接头序列相识别的AFLP选择性引物，用PstⅠ酶切，对15只乌羊基因组DNA进行AFLP反应，共获得116个AFLP标记，单引物获得的标记数在2～21之间，乌羊群体相似系数AFLP研究结果为0．897(0．798～0．976)，遗传距离为0.024～0．202之间。该研究为评价乌羊的遗传稳定性提供了相关的参数，准确评价尚待和其它品种对比研究后确定。     

中国荷斯坦牛牛乳生化组成及乳蛋白遗传多态性

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析了中国荷斯坦牛脱脂乳，乳清及酪蛋白组分，并对乳中酪蛋白，乳清蛋白和上皮黏蛋白MUC1的遗传多态性进行了研究。结果显示，脱脂乳和乳清中，分别以CN和β-Lg含量占优势；在CN中以α－CN和β－CN含量为主，而κ－CN含量相对较低，中国荷斯坦牛乳中β－Lg,κ-CN和MUC1均表现出遗传多态性，α－La,αs1-CN,β-CN呈单态，中国荷斯坦牛平均基因一致度（J），基因多样度（H）和有效等位基因数（Ne)分别为0＝6305，0．3695和1．5860。     

甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究

为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示：武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.9167、0.0833;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。     

基于MHC-DRB3.2基因的部分牛种遗传多样性比较及分子系统发育分析

本研究比较了秦川牛、鲁西牛、南阳牛等国内9个品种牛DRB3.2基因的遗传多样性,采用SAS软件对这些牛种分子系统发育情况进行了分析,结果表明:等位基因HaeⅢA和HaeⅢB为9个牛种共有,其它部分等位基因为某个牛种特有;除了晋南牛是以HaeⅢF为优势等位基因外,其余8个牛种都是以HaeⅢA为优势等位基因。分析的9个牛种的多态信息含量(0.321~0.627)和杂合度(0.339~0.686)都较高,但有效等位基因数(1.512~3.188)较少。秦川牛、鲁西牛、南阳牛和晋南牛血缘关系相对较近,而蒙古牛、云南高峰牛、中国荷斯坦奶牛及英国娟珊牛血缘关系相对较近。研究的9个牛种群体内基因型一致性较低、遗传变异较大、遗传多样性较丰富。     

云南高峰牛MHC-DQB基因外显子2遗传多态性分析

本研究采用PCR直接测序和PCR-RFLP法研究了云南高峰牛MHC-DQB基因外显子2(DQB.2)的遗传多态性,并利用DNAMAN软件分析了云南高峰牛与部分物种DQB.2相应核苷酸序列的同源性。结果发现,共检测到了17个等位基因,其中Hae Ⅲ酶切位点存在10种基因型,由A、B、C、D和E 5个复等位基因控制;RsaⅠ酶切位点存在22种基因型,由A、B、C、D、E、F、G、H、I、J和K共11个复等位基因控制;TaqⅠ酶切位点只出现了1种基因型。分析发现,云南高峰牛DQB.2基因的12、25、63、96、106、126、152、156、165、204位的碱基表现出了多态性。所分析的物种该基因片段大小相同均为270 bp,云南高峰牛第224位碱基缺失及236位碱基插入现象。云南高峰牛与人、猪、马、绵羊、黄牛×瘤牛的核苷酸序列的同源性分别为81.4%、83.3%、78.1%、87.7%、86.6%。经χ²检验结果表明,Hae Ⅲ和TaqⅠ酶切位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),而RsaⅠ酶切位点则未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05)。