重庆地区侵染抱子芥和茎瘤芥的病毒及其株系的分子鉴定

为了明确当前重庆地区抱子芥和茎瘤芥病毒病的病原种类和株系,在重庆13个区县的18个乡镇采集疑似病毒感染的样品进行病毒RT-PCR检测和株系分析。结果表明:在57份抱子芥样品中,黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)和芸薹黄化病毒(Brassica yellows virus,BrYV)的检出率分别为31.58%、85.86%、49.12%、59.65%和77.19%,其中87.72%的样品受两种及以上病毒的复合侵染,45.61%的样品受3种病毒的复合侵染;在41份茎瘤芥样品中,CMV、TuMV、PVX和BrYV的检出率分别为36.59%、73.17%、75.61%和70.73%,其中80.49%的样品受两种及以上病毒的复合侵染,51.22%的样品受3种病毒的复合侵染。对各检出病毒分离物CP基因进行扩增、序列测定和系统发育分析,明确抱子芥和茎瘤芥中TuMV分离物归属于TuMV的World-B组;CMV分离物归属于CMV亚组Ⅰ;PVX分离物归属于PVX的X3株系;BrYV和TMV与已报道的病毒株系CP基因核苷酸序列具有很高的相似性,存在一定的地域相关性,BrYV为重庆地区首次报道。     

西番莲TeMV和CMV双重RT-PCR检测体系的建立及应用

【目的】建立西番莲夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus, TeMV)和黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的双重RT-PCR检测体系。【方法】根据TeMV和CMV的外壳蛋白(coat protein, CP)基因序列,分别设计两对特异性引物,并对引物组合浓度、退火温度和循环次数进行优化。【结果】优化结果显示:TeMV和CMV最佳引物组合浓度分别为2.0 mmol·L~(-1)和8.0 mmol·L~(-1);最佳退火温度为57℃;最佳循环次数为35次。【结论】灵敏度分析结果显示,在样品c DNA原液稀释到10-5时,仍能检测到两种病毒扩增出的目的条带。同时,以健康组培苗作为对照组,应用建立的双重RT-PCR检测技术对采集于福建省不同产地的36份西番莲样品进行了病毒检测,发现有8份样品同时感染两种病毒,8份样品仅感染TeMV,10份样品仅感染CMV。本研究可为西番莲TeMV和CMV的检测提供便利。     

重庆南瓜病毒病病原ELISA 检测及CMV 变异分析

 利用7 种植物病毒的抗体,对采自重庆7 个区县的67 份南瓜病毒病样品进行了抗原直接包被酶联免疫吸附分析（ACP-ELISA）检测。检测结果表明,在这67 份样品中,至少59 份感染了所要检测病毒,其中,感染黄瓜花叶病毒 (Cucumber mosaic virus, CMV)、烟草花叶病毒 (Tobacco mosaic virus,TMV)、番茄花叶病毒 (Tomato mosaic virus, ToMV)、芜菁花叶病毒 (Turnip mosaic virus, TuMV)、蚕豆萎蔫病毒2 号 (Broad bean wilt virus 2, BBWV-2)、马铃薯Y 病毒 (Potato virus Y, PVY)和马铃薯X 病毒(Potato virus X, PVX) 的样品分别为80.60%、77.61%、74.63%、82.09%、76.12%、83.58%和55.22%。在检测呈阳性的59 份样品中有93.22%的样品受到2 种以上病毒的复合侵染,而受7 种病毒复合侵染的样品高达60.00%,表明在南瓜上病毒复合侵染现象相当严重。进一步对54 份受CMV 侵染的南瓜样品检测发现,CMV 亚组Ⅰ (CMVⅠ) 病毒侵染的样品有49 份,占90.74%,CMV 亚组Ⅱ (CMVⅡ) 病毒侵染的样品为11 份,占20.37%;其中6 份（11.11%）样品检测到CMVⅠ和CMVⅡ的复合侵染。以免疫捕获反转录PCR (IC-RT-PCR) 扩增了一个CMVⅠ分离物 (CMV-CQ) 近全长CP 基因并进行序列分析,结果证实其属于CMV 亚组Ⅰ型,其核苷酸序列与国内CMVⅠ型赤豆分离物 (CMV-RB) 的同源性最高,为98.1%。     

芋花叶病毒的RT-PCR检测及外壳蛋白基因序列分析

 采用RT-PCR技术对采自中国湖北、浙江和山东的91份芋[Colocasia esculenta（L.）Schott]样品的芋花叶病毒（Dasheen mosaic virus,DsMV）进行了检测,检出率为26.4%。对其中14个DsMV分离物的317 bp扩增产物（为外壳蛋白基因的一部分）序列分析的结果显示,各分离物内的核苷酸变异相对较低,而分离物间存在较大的分子变异,相似性为68.3% ~ 97.8%。对来自湖北和浙江的2个DsMV分离物DsMV-SCS和DsMV-JH的外壳蛋白基因（coat protein gene,cp）进行了测序,全长分别为951 bp和987 bp,二者cp核苷酸和氨基酸序列相似性分别为79.0%和82.3%,与已报道DsMV的cp核苷酸和氨基酸序列相似性分别为73.0% ~ 92.1%和74.8% ~ 98.2%,在构建的系统发育树上聚在两个不同的簇,各DsMV分离物的系统进化关系与其寄主和地理来源无显著相关性。     

重庆辣椒病毒病病原初步鉴定和分析

利用斑点免疫杂交法（Dot-ELISA）和RT-PCR法对重庆地区发生的辣椒病毒病的病原进行了鉴定和优势病毒分析。利用5种常见蔬菜病毒的血清对采自重庆8个区县的152份辣椒病毒病样品进行Dot-ELISA检测,结果表明,共有118份辣椒样品检测呈阳性,其中,黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）的侵染最普遍,总检出率高达57.89%;番茄花叶病毒（Tomato mosaic virus,ToMV）的总检出率最低,为22.52%;烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）、芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus,TuMV）和蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV-2）的总检出率分别为30.26%、36.18%和24.34%。在118份阳性样品中,有66.10%的样品受两种及以上病毒复合侵染,其中33.33%的样品受到CMV和TuMV复合侵染,有26.27%的样品受3种病毒复合侵染。设计5种病毒的特异性引物,随机选取16份阳性样品进行RT-PCR扩增,克隆测序结果表明扩增片段确实是5种病毒的相应序列,且RT-PCR与ELISA检测结果基本吻合。检测结果表明CMV是重庆地区辣椒上的优势病毒种类,且该地区辣椒上病毒复合侵染现象普遍。本文首次报道了ToMV和TuMV侵染辣椒。     

甘肃省苹果坏死花叶病毒检测及遗传多样性分析

为明确甘肃省苹果坏死花叶病毒（apple necrotic mosaic virus,Ap NMV）的发生及遗传变异情况,采用反转录PCR方法对采自甘肃7个地区表现花叶症状和无明显症状的共93份苹果叶片样品进行了检测。结果显示Ap NMV的平均检出率为66.67%,说明其在甘肃省苹果产区普遍发生。对其中9份样品中Ap NMV的外壳蛋白（coat protein,CP）基因进行了克隆和测序,其分离物CP的核苷酸和编码蛋白氨基酸序列相似性分别为92.3%～99.7%和93.6%～99.1%,与NCBI数据库中来自中国、印度、日本等国家的18个Ap NMV分离物核苷酸和氨基酸序列相似性分别为86.7%～99.7%和87.1%～99.7%。基于CP基因全长序列构建的系统发育树,Ap NMV分离物聚集成5个组,9个Ap NMV甘肃分离物与其他Ap NMV分离物分别聚集形成组Ⅰ、组Ⅱ和组Ⅴ。9条Ap NMV全长CP基因序列中检测到1个潜在重组事件。     

猕猴桃病毒A和B的RT-PCR检测及分子变异初步研究

为明确猕猴桃病毒A（Actinidia virus A,AcVA）和猕猴桃病毒B（Actinidia virus B,AcVB）在中国猕猴桃（Actinidia sp.）上的侵染状况和分子特性,采用RT-PCR技术对151份猕猴桃样品的AcVA和AcVB进行检测,检出率分别为15.2%和17.9%,所收集的6种猕猴桃样品中均检测到一种或两种病毒。发现AcVA的ORF1、ORF4和ORF5扩增片段序列存在较大分子变异,不同分离物的269 bp片段（ORF1）核苷酸序列相似性为77.3% ~ 99.3%。在基于各扩增片段核苷酸序列的系统进化树中,AcVA分离物聚为2 ~ 3组。采用引物AcVB5F/5R扩增获得20个AcVB分离物的342 bp或338 bp的ORF5片段,核苷酸序列相似性为81% ~ 100%,与新西兰AcVB分离物TP7-93B相应片段的核苷酸序列相似性为83.9% ~ 99.7%,在系统进化树中聚为3组。     

三种百香果病毒在贵州的发生分布

前期利用高通量测序鉴定了侵染贵州百香果的3种病毒,为了解其分布情况,本研究采集贵州省镇宁县、贞丰县、关岭县和罗甸县4个百香果主产区疑似感病样品105份,利用RT-PCR方法检测病毒分布情况。结果表明,该方法扩增产物清晰,且特异性和灵敏度较高。夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)检出率最高,为100%;东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV)和西番莲潜隐病毒(Passiflora latent carlavirus,PLV)检出率分别为81.9%和74.3%。说明贵州4个主产区的百香果均受到不同程度的病毒侵染,且部分地区病毒侵染情况严重。     

广东地区冬瓜感染的小西葫芦黄花叶病毒检测及其外壳蛋白基因多样性分析

小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)是危害广东省冬瓜的常见病毒。摸索了冬瓜叶片总RNA最佳提取方法,通过基于ZYMV病毒外壳蛋白基因(coat protein gene,cp)序列的RT-PCR扩增,检测采集自广东省9个冬瓜产区的76份病毒侵染样品的病毒田间发病率;将扩增产物克隆测序,利用MegAlign软件构建系统发育进化树分析cp基因遗传变异与系统进化。结果表明,24份样品检测为阳性,田间发病率为31.59%;所有参试病毒分离物cp基因全长840 bp,编码279个氨基酸的多肽;测序的16个分离物cp基因的核苷酸序列与推导蛋白的氨基酸序列相似性分别为98.1%~100%与96.1%~100%;所有广东分离物的推导氨基酸序列基序保守,除GD121-9增加2个人类白细胞抗原外,其他均包含5个人类白细胞抗原及1个N糖基化位点,均包含保守potyv_CP功能域及与病毒蚜传相关的结构域DAG三联盒"Asp-Ala-Gly";系统进化分析表明,ZYMV病毒划分为7个基因型,广东分离物均属于同一基因型Ⅰ,包含3个株系;广东地区的16个分离物分为3组,无明显地域选择性。总体上广东ZYMV-cp比较保守,分子变异较小。明确了广东省冬瓜上ZYMV病毒的侵染情况及外壳蛋白基因的变异特点,为对其致病性和抗病毒基因工程等研究提供依据。     

瓜类蚜传黄化病毒在南疆的检测及系统进化

2019年从南疆7个县/市采集表现瓜类蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)侵染典型特征的47份甜瓜叶片样品,通过RT-PCR进行CABYV的检测,从县/市各选出1份代表性样本,进行特异性片段的克隆、测序,以及核苷酸多样性、蛋白序列和系统发育分析。结果显示,28份样本呈现CABYV阳性,检出率为59.57%,巴楚县、阿克苏市、莎车县、伽师县、疏勒县、疏附县、洛浦县的检出率分别为80.00%、28.57%、83.33%、60.00%、37.50%、71.42%、66.67%。克隆测序获得了707 bp的核酸序列,核苷酸多样性值在0.012～0.018之间,所有序列均具有2个开放阅读框(ORF)。ORF1编码199个氨基酸的外壳蛋白(CP),各县/市的序列相似性为99.07%。ORF2编码191个氨基酸的运动蛋白(MP),各县/市的序列相似性为98.80%。基于CP和MP序列构建的系统发育树表明,各县/市得到的所有CP和MP均聚在亚洲分支。CABYV在南疆甜瓜主产区普遍发生,且不同区域核苷酸变异很低,这些地区的CABYV与中国及日本...     

四川地区猕猴桃病毒1的RT-PCR检测及外壳蛋白基因序列分析

为了明确近期新西兰报道的侵染猕猴桃的新病毒——猕猴桃病毒1(Actinidia virus 1,AcV-1)在四川地区猕猴桃上的发生情况及其分子特性,采用RT-PCR对来自四川6个地区疑似感染病毒的90份猕猴桃主栽品种‘红阳’和‘金果’的叶片样品进行检测。结果表明,22份样品为AcV-1阳性,检出率为24.4%。将获得的5个AcV-1分离物和已报道的新西兰分离物K75的外壳蛋白(coatprotein,CP)基因序列进行比对,结果表明,分离物间核苷酸序列和氨基酸序列的相似性分别为84.8%～97.1%和89.7%～99.6%,其中除邛崃分离物HYH5与新西兰分离物K75的核苷酸序列相似性较高(97.1%)外,其余4个分离物均低于91%。系统进化分析结果显示,这些分离物主要聚集在3个分支上,分离物HYH5与新西兰分离物K75位于同一分支,其余分离物位于另外2个分支。     

四川省攀西地区南瓜、甜菜和辣椒部分病毒种类的ELISA检测

利用马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）和马铃薯X病毒（Potato virus X,PVX）的多克隆抗体,以及烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）、蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV-2）及芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus,TuMV）的单克隆抗体,采用抗原直接包被ELISA法对四川省攀枝花、西昌和德昌地区的南瓜、甜菜和辣椒上采集的病毒病样品进行了检测。结果表明,在87份样品中PVY的侵染最普遍,总检出率达74.71 %|CMV、TMV、TuMV、BBWV-2和PVX的总检出率分别为12.64 %、13.79 %、22.99 %、10.34 %和14.94 %。在87份样品中,仅发现TuMV、PVX及PVY的单独侵染|其余25份样品均检测到2种以上病毒的复合侵染,总检出率为34.72 %。表明攀西地区蔬菜上病毒复合侵染现象普遍,PVY是该地区蔬菜上的优势毒原。     

重庆辣椒上番茄斑萎病毒的血清学检测及分子鉴定

为明确重庆地区辣椒上番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)的发生情况及其外壳蛋白基因(cp)序列变异特征,采用斑点免疫杂交法(Dot-ELISA)和反转录PCR(RT-PCR)技术对采自重庆的298份辣椒病毒病样品进行了检测和分子鉴定。Dot-ELISA检测结果表明,有40份辣椒样品检测到TSWV,检出率为13.42%。通过电子显微镜在TSWV检测呈阳性的样品中观察到具包膜的球状病毒粒体。设计扩增TSWV cp的引物,选取6个TSWV阳性样品进行RT-PCR扩增,均扩增到大小约750 bp的目的片段。序列分析表明,重庆辣椒分离物TSWV-CQ(KX611497)与已报道的22个TSWV分离物cp基因的核苷酸相似性为96.1%~99.4%,与已报道的TSWV中国分离物亲缘关系较近,表现出明显的地理相关性。     

李属坏死环斑病毒(PNRSV)新疆巴旦木分离物外壳蛋白基因(CP)片断的克隆与序列分析

【目的】为了查明新疆巴旦木果树病原病毒的种类,为病毒的分子检测提供基础。【方法】采用双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA),从巴旦木果树叶片中检测到李属坏死环斑病毒(PNRSV)。以阳性样品的总RNA为模板进行PNRSV外壳蛋白基因(CP)RT-PCR扩增,对预期430 bp大小的4个扩增产物进行克隆、测序和序列分析。【结果】结果表明,PNRSV新疆巴旦木分离物CP基因的核苷酸和氨基酸序列与世界各地已报道的分离物具有较高的同源性,分别为80.0%～97.2%和80.1%～94.1%,其中与阿根廷分离物AY217的同源性最高;而与同属03亚组的苹果花叶病毒(ApMV)同源性较低,仅为52.9%～55.4%和45.6%～48.6%。新疆PNRSV各分离物之间CP基因高度同源。序列比对与系统发生树的分析显示,PNRSV新疆巴旦木分离物的株系属于GroupⅠ组。【结论】确定了PNRSV为侵染新疆巴旦木果树的病原病毒。这是PNRSV在新疆发现的首次报道。     

葡萄病毒B外壳蛋白原核表达及抗血清制备

根据已报道的葡萄病毒B(Grapevine virus B,GVB)核苷酸序列设计引物,采用RT-PCR方法从葡萄中扩增获得GVB外壳蛋白基因(cp),大小为594 bp。通过序列测定和分析,选取优势分离物GVB-JFL cp基因克隆到原核表达载体pET-28a,转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导表达并纯化融合蛋白pET-GVB CP。SDS-PAGE电泳结果显示,融合蛋白获得过量表达,分子量约26 kD。以纯化蛋白为抗原免疫新西兰大耳白兔制备抗血清。采用间接ELISA和dot-ELISA对抗血清特异性进行检测,结果表明,抗血清可与感染GVB的西方烟和葡萄样品发生阳性反应,与健康植株及感染同属另一种病毒葡萄病毒A(Grapevine virus A,GVA)的样品不反应,阳性样品检测效价达1︰4 000,16个田间样品摩擦接种至烟草后有9个样品ELISA检测为阳性,表明制备的抗血清可用于GVB的特异性检测。     

中国柑橘叶斑驳病毒和碎叶病毒发生状况及其分子特性研究

柑橘叶斑驳病毒(Citrus leaf blotch virus,CLBV)和柑橘碎叶病毒(Citrus tatter leaf virus,CTLV)均可侵染柑橘的不同种。为明确CLBV及CTLV在中国柑橘上的发生状况和分子特性,采用RT-PCR技术对来源于中国7个省的342份和346份柑橘样品进行检测,检出率分别为9.6%和11.0%。对14个CLBV分离物和15个CTLV分离物的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因部分序列分析显示,CLBV分离物间cp核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为82.1%~100%和88.1%~100%,CTLV分离物的cp核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为89.5%~100%和92.5%~100%。测定的14个CLBV分离物在系统进化树中聚为2个组;而CTLV分离物分组不明显,该病毒的系统进化与寄主来源无明显关系。     

利用siRNA高通量测序和RT-PCR技术鉴定引起茄子斑驳紫花病的病毒种类

为了明确引起茄子斑驳紫花病的病毒种类,利用小干扰RNA(si RNA)高通量测序技术,结合生物信息学方法寻找茄子样本中的病毒序列,发现存在烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)和番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)。为了验证该结果,对待测样品中TMGMV和ToMMV的外壳蛋白(coatprotein,CP)全长基因进行RT-PCR扩增和系统进化分析,分别得到500bp的TMGMV-CP和482bp的ToMMV-CP特异性条带,与GenBank中TMGMV和ToMMV序列相似性分别达到98%～100%和100%,说明待测样品中确实存在TMGMV和ToMMV。对采自山东、河南、辽宁、河北等地的23份疑似斑驳紫花病茄子样品,分别采用特异性引物524-F/R和ToMMV-F/R进行检测。结果显示,所有样品中均含有TMGMV,20份样品中含有ToMMV,复合侵染检出率为86.96%。对茄子、番茄和辣椒幼苗的致病性检测显示,接种后茄子花表现出与田间相同的症状,茄子、番茄和辣椒的叶片表现典型的病毒侵染症状,在接种发病组织中检测到病毒ToMMV和TMGMV。结果表明,茄子斑驳紫花病样中鉴定出TMGMV和ToMMV两种病毒。     

杏衰退萎黄病病毒的siRNA高通量测序和RT-PCR鉴定

为了明确引起杏衰退萎黄病的病毒种类,利用小干扰RNA(small interfering RNA,si RNA)高通量测序技术,结合生物信息寻找杏衰退萎黄样品中的病毒序列,发现存在亚洲李属病毒1(Asian prunus virus 1,APV1)和亚洲李属病毒3(Asian prunus virus 3,APV3)。为了验证该结果,采用RT-PCR对10个待测杏样品进行APV1、APV2和APV3检测,所有样品中未检测到APV2,检出APV1和APV3的样品数分别为3和4个。对检测到病毒的外壳蛋白(coatprotein,CP)进行测序和系统进化分析,分别获得了3条653 bp的APV1和4条1 031 bp(或1 032 bp)的APV3 CP基因片段;3条APV1 CP基因核苷酸序列一致性为99.2%～99.8%,与NCBI中已发表的26个APV1 CP基因序列一致性为44.0%～99.8%;4条APV3 CP基因序列一致性为78.5%～99.5%,与NCBI中已发表的26个APV3 CP基因序列一致性为44.7%～99.5%。     

杏衰退萎黄病病毒的siRNA高通量测序和RT-PCR鉴定

为了明确引起杏衰退萎黄病的病毒种类,利用小干扰RNA(small interfering RNA,si RNA)高通量测序技术,结合生物信息寻找杏衰退萎黄样品中的病毒序列,发现存在亚洲李属病毒1(Asian prunus virus 1,APV1)和亚洲李属病毒3(Asian prunus virus 3,APV3)。为了验证该结果,采用RT-PCR对10个待测杏样品进行APV1、APV2和APV3检测,所有样品中未检测到APV2,检出APV1和APV3的样品数分别为3和4个。对检测到病毒的外壳蛋白(coatprotein,CP)进行测序和系统进化分析,分别获得了3条653 bp的APV1和4条1 031 bp(或1 032 bp)的APV3 CP基因片段;3条APV1 CP基因核苷酸序列一致性为99.2%～99.8%,与NCBI中已发表的26个APV1 CP基因序列一致性为44.0%～99.8%;4条APV3 CP基因序列一致性为78.5%～99.5%,与NCBI中已发表的26个APV3 CP基因序列一致性为44.7%～99.5%。     

香蕉3种病毒的多重PCR检测体系

根据GenBank中已发表的香蕉束顶病毒（Banana bunchy top virus,BBTV）﹑黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）和香蕉线条病毒（Banana streak virus,BSV）的基因序列,找出保守序列分别设计出特异引物,在建立各种病毒单项PCR技术的基础上,通过优化多重PCR反应条件,建立了能同时检测3种病毒的多重PCR检测体系。该体系可同时扩增BBTV的615 bp、CMV的480 bp和BSV的945 bp的特异片段。这些片段克隆测序结果表明,多重PCR扩增的不同病毒片段是特异和专化的,其核苷酸序列与相应的病毒基因片段的相似性都达91%以上。该体系的灵敏度测定结果表明,从相当于或大于10-2 mg感病植物组织中均能检测到这3种病毒。