利用水稻抗旱种质研究驯化和育种对遗传多样性的影响

利用高通量测序获取SNP标记技术对上海市农业生物基因中心99个水稻抗旱种质进行全基因组重测序,分析其遗传多样性和遗传基础。结果表明:在所有SNPs位点中,多态性比率为68.98%(1 927 238/2 793 702),SNPs标记密度在12条染色体上分布范围为4.5—6.2个SNP/kb;供试品种间的遗传距离分布具有两个密度高峰;邻接法构建系统发育树将99个品种划分为籼稻和粳稻两个类群。综合SNPs和进化分析结果表明:水稻在自然选择和人工驯化过程形成复杂进化史,99个抗旱种质在DNA水平上的差异呈现两个极端,遗传距离分布范围较大(0.003—0.998),具有较宽遗传基础和丰富的遗传多样性。本研究以期为水稻节水抗旱新品种选育的亲本选配提供理论依据。     

科学家成功破译水稻基因图谱

<正>近日,科学家已完全破译世界上最重要的农作物——水稻的基因图谱!因为工程浩大,水稻基因图谱被称为"基因天书",为了破译"天书",10个国家的32个科研机构进行了长达6年的努力,而中国科学家功不可没。     

贵州优质水稻资源的遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术，选用11个引物对19个来自贵州的优质水稻材料进行遗传多样性分析。11个引物共扩增出159个RAPD标记位点，其中有133(84％)个位点有多态性。通过聚类分析建立了这些材料的亲缘关系树．表明，选用的水稻材料间的遗传距离在0．12～0．36，其中地方品种资源被聚为两个类群．但它们与改良的水稻材料(不育系、恢复系、保持系和两系)之间亲缘关系都较近，遗传差异较小。     

贵州地方耐冷水稻品种的SSR遗传多样性分析

用16对SSR引物对11个贵州地方耐冷水稻品种、2个典型的籼稻品种和2个典型的粳稻品种进行遗传多样性分析，在15份材料中共检测到95个等位基因，每一位点的等位基因变幅为4～12个，平均5．9个，其中有效等位基因70个，有效等位基因的百分数为75．8％，多态位点百分率为38％，贵州地方耐冷水稻品种间遗传距离为0．06～0．53。应用NJ法对基于16对SSR标记数据的品种进行聚类分析，结果表明：15份不同材料可分为粳稻组和籼稻组，粳稻组各品种间遗传距离为0．06～0．53，平均遗传距离为0．303，其中贵州地方耐冷水稻品种间的遗传距离为0．21～0．46，籼稻组各品种间遗传距离为0．297～0．377，平均遗传距离为0．329。11个贵州地方耐冷水稻品种除筒恢211外，其他都属粳稻组。用相同SSR标记数据和聚类方法分别对苗期、芽期、孕穗期和开花期耐冷的水稻品种进行聚类分析发现：同一时期耐冷品种在各自聚类图中的排列位置与全部材料聚类时有所不同，但其亲缘关系远近没有变化。结果表明SSR适合贵州地方耐冷水稻品种的遗传多样性研究和籼粳分类。     

水稻地方品种群体内的遗传多样性分析

【目的】研究水稻地方品种群体内的遗传多样性,为水稻地方品种的有效保护和利用提供理论依据。【方法】以来自云南省不同地区的齐头谷、大白糯、香谷、九月糯、接骨糯、冷水谷、黄版所、麻线谷等8个水稻地方品种为试验材料,分析7个主要农艺性状在群体内的表型变异,利用11对SSR引物进行水稻地方品种群体内的遗传多样性分析。【结果】在7个主要农艺性状中,穗抽出度、有效穗数和穗粒数在地方品种群体内的变异系数较大,分别为37.5%～950.1%,32.0%～49.4%和17.8%～37.5%,而剑叶宽和株高在地方品种群体内的变异系数较小,分别为8.2%～13.7%和4.5%～14.3%。8个水稻地方品种各群体内等位基因数的变幅为27～55个,每个位点的平均等位基因数为2.45～5.00个;稀有等位基因(基因频率小于5%)比率除麻线谷较小(26.0%)外,其余地方品种均较大,为43.2%～69.0%;平均Nei基因多样性指数变异在0.108 3～0.534 2,平均为0.281 3,在各地方品种间表现出极显著差异。AMOVA分析表明,地方品种群体间的变异率为65.9%,而群体内的变异率为34.1%;11对SSR引物中,RM333、RM257和RM180在各群体内既表现出较多的等位基因数(Na),分别为7.50,5.63和4.50个;又表现出较高的Nei基因多样性指数(He),分别为0.503 6,0.413 9和0.350 3。【结论】穗抽出度、有效穗数和穗粒数在地方品种群体内的表型多样性较高,而剑叶宽和株高在地方品种群体内的表型多样性较低。水稻地方品种群体内具有较高的遗传多样性,且在地方品种间表现出显著差异;AMOVA对水稻地方品种群体的遗传变异分析表明,有1/3的差异来源于群体内;RM333、RM257、RM180适合用于云南水稻地方品种群体内的遗传多样性检测。     

水稻品种多样性混合间栽见成效

云县农技推广中心根据省地植保站分配的任务,结合2000年农业产业结构调整的要求,成立水稻品种多样性混合间栽技术课题实施组,在爱华镇和茂兰乡示范、推广,并由本人具体负责组织实施.     

水稻单核苷酸多态性研究进展

综述SNP的概念与特点、检测分析技术与检测平台,SNP在水稻基因组中的分布、基本特性,及其在水稻遗传育种中的应用。     

宁夏水稻地方品种与自育品种表型性状遗传多样性分析

为了解宁夏水稻地方品种与自育品种的遗传多样性水平,采用模糊数学的方法,对145份宁夏水稻地方品种与自育品种的表型性状进行遗传变异性和多样性研究。结果表明:20个数量性状中有19个性状的遗传变异达到极显著水平,变异系数为1.13%~28.74%。株高、每穗总粒数,每穗实粒数、二次枝梗数、单株籽粒总质量的变异幅度较大,方差和标准差值也较大,其离散程度相对较大;4个质量性状的遗传多样性指数变幅为0.55~1.19,平均为0.97;20个数量性状的遗传多样性指数变幅为0.91~2.11,平均为1.62;以方差分析差异极显著的19个性状进行主成分分析,从19个特征根中选取8个较大的特征根及相应的特征向量,包括每穗总粒数、单株籽粒总质量、单株穗数、单株分蘖数、籽粒长宽比、一次枝梗数、株高、结实率为主要因子,累积贡献率为88%。采用UPGMA法对供试材料进行聚类分析,在相似系数为0.75处可将不同种质资源材料划分为5类,其中第Ⅰ类、第Ⅱ类各自只包含1个品种;第Ⅲ类中都为中高秆、穗子较长、着粒密度较高的高产品种;第Ⅳ类为近年育成的一些品种(系),占总数的64%,属于优质常规粳稻,表现为中高秆、散穗、结实率相对较高;第Ⅴ类为地方品种和早期育成品种,地方品种与自育品种有较大的遗传差异。可见,宁夏水稻自育品种的遗传多样性指数明显高于地方品种,地方品种与自育品种间有一定的遗传差异,在育种中可挖掘地方品种中的有利基因。     

不同品种水稻纹枯病菌遗传多样性及致病力分化

运用RAPD分子标记技术分析了从6个水稻品种上采集的40个水稻纹枯病菌菌株的遗传多样性，筛选出的10条引物共扩增出98条RAPD谱带，其中81条具有多态性，多态率为82.65%，菌株间的遗传相似性系数（以Nei‘s基因一致度表示）变幅为0.5644-0.9307，用UPGMA法可以将供试菌株分成4个RAPD聚类组群（Ⅰ、Ⅱ，Ⅲ，Ⅳ），相同寄主来源的菌株基本上聚集在同一组群内，表明同一寄主来源的菌株间具有较近的亲缘关系，在温室条件下，致病力测定结果表明所有菌株对Tetep都有致病性，病电表 指数变幅在0.40-1183之间，分析结果表明，纹枯病菌群体存在丰富的遗传多样性，不同寄主上的水稻纹枯病性，病情指数变幅在0.40-11.83之间，分析结果表明，纹枯病菌群体存在丰富的遗传多样性，不同寄主上的水稻纹枯病菌群体间发生了很大的遗传分化（FST=0.632)。这种遗传差异与寄主的选择作用有一定的关系，RAPD聚类组群的划分和菌株的寄主来源有一定的相关性，但致病力差异与菌株的寄主来源及RAPD组群没有直接相关性。     

水稻DUS测试标准品种的遗传多样性分析

采用44个分子标记对45个水稻DUS测试标准品种进行了遗传多样性分析.44对引物共扩增出233个等位基因,每对引物可扩增出2～13个等位基因,平均5.3个等位基因,每对引物在45个品种中的PIC值为0.18～0.88,平均为0.58.聚类分析表明,45个水稻DUS测试标准品种可聚成2大类,聚类树形图能够按照植株高度和地理来源划分品种.本研究结果表明:用于水稻DUS测试的标准品种具有较好的遗传多样性,能为水稻新品种DUS测试技术研究提供参考.     

云南地方水稻品种遗传多样性分析及其保护意义

为了研究云南地方水稻品种遗传多样性水平。对采自云南17个村落的82份品种以及代表籼粳不同类型的3份标准样的遗传背景进行SSR分析。19对引物共检测出83条多态带(分子量变异范围是100～500bp)。根据L71K；MA法用遗传相似系数进行聚类分析。结果表明，这85份水稻品种遗传相似系数在0．152～0．900之间存在显著的遗传变异。这些品种的遗传多样性并非均匀的按地理位置分布，而是在相似系数为0．152的水平上明显分为2个不同类群：籼稻类群和粳稻类群。从不同村落采集的叫同一名称的品种的遗传背景并不相近。研究表明，保护云南地方水稻品种十分必要，但是需要制定合适的策略，确保有效保护活动。另外选择合适的SSR引物是区分籼粳类型的理想手段。     

水稻恶苗病菌的遗传多样性研究

从浙江省、黑龙江省和上海市分别采集分离到的水稻恶苗病菌菌株分别为３４个、２个和１个,用生物学种（配合群）和营养体亲和群方法分析其遗传多样性．结果表明,有３５个菌株分属于Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ四个配合群,其中以Ｄ配合群为主,另有２个菌株不能归属于已知的配合群．在这３５个配合群的菌株中,２５个菌株是异核体自身亲和的,且可分为２０个营养体亲和群．其中１７个营养体亲和群分别只含１个菌株,有１个营养体亲和群含４个菌株,有２个营养体亲和群分别含２个菌株．Ｄ、Ｅ、Ｆ三个配合群的遗传多样性指数分别为０．７、０．８和１．０．由此可见水稻恶苗病菌在遗传上的多样性．     

科学家加大对水稻品种的测序力度

国际水稻研究所(IRRI)启动了一项雄心勃勃的合作计划,从而在两年时间里对1万种水稻品种的基因组进行测序,这可能有助于培育更健壮、生长更快速或者产量比以前更高的新品种。这个项目是在2004年国际水稻基因组测序项目的来自10个国家的科学家首次对日     

绥江水稻品种多样性混栽技术

水稻品种多样性混栽,是减轻稻瘟危害、提高水稻产量的重大技术。本文根据云南省绥江县生产实际,开展了混栽减轻稻瘟病危害、混栽增产、适宜混栽规格等一系列调查研究,提出"杂交稻按常规方式单行条栽,每隔6行杂交稻加插1行高秆优质常规糯稻"的混栽规格,为制定和完善切合绥江生产实际的水稻品种多样性混栽技术打下了良好基础。     

云南水稻传统品种内的遗传多样性及其维持机制初探

为了探讨云南水稻传统品种内不同样本群体间的遗传多样性及其空间分布,以及空间隔离和种子介导的基因流在水稻传统品种遗传多样性的维持过程中的作用,利用24对微卫星(SSR)引物,对来自云南不同地区和村寨的6个水稻传统品种66个不同样本群体的共660份样本进行了遗传多样性和遗传关系的分析。结果表明,24个SSR位点共检测到133个等位基因,都为具有中度或者高度多态的位点,期望杂合度(He)为0.662,平均多态信息含量(PIC)为0.615,表明云南水稻传统品种具有较高水平的遗传多样性。分子方差(AMOVA)分析的结果表明云南水稻传统品种的遗传变异主要发生在地区内样本群体间(58%),地区间为(31%),样本群体内具有为11%的遗传多样性。品种间和地区间有一定水平由种子介导的基因流(Nm)。聚类分析表明,66个水稻样本群体在遗传距离为1.1水平上分为两大类,基本上相同的品种聚在一起,地理来源相近也聚在一起,但有些品种有明显的地区间交叉。Mantel检验的结果表明,每个品种样本群体的之间遗传距离和空间距离不具相关关系,揭示出云南水稻传统品种群体内的遗传多样性现状可能是其环境异质性、空间隔离、种子介导的基因流综合作用的结果。     

不同粒形宁夏水稻种质遗传多样性分析

针对宁夏粳稻粒形逐渐变长的趋势,本研究以75份宁夏不同粒形的粳稻种质为材料,利用31对SSR标记研究不同粒形材料的粳稻种质的遗传多样性及其亲缘关系,为拓宽宁夏水稻遗传基础,培育优新品种提供依据。宁夏水稻粒形有阔卵形(1.80~2.20)、椭圆形(2.20~3.00)、中长形(3.00~3.30)和细长形(3.30以上)4种类型,虽然大多数为椭圆形(61份),占参试材料的81.3%,但粒形表现多样化。按籽粒长宽比把参试材料分为6个组群进行遗传多样性分析,Nei’s基因遗传多样性指数(He)表现为籽粒长宽比2.20~3.20之间的4个群体较高,均在0.5481~0.5768之间;籽粒长宽比2.20以下和3.20以上群体的He较小,且与其它4个群体呈显著差异性。结果表明遗传多样性相对较丰富的宁夏水稻种质资源主要集中在籽粒长宽比2.20~3.20的椭圆形和中长形之间。聚类分析表明,籽粒长宽比在3.20以上群体单独聚为1类,籽粒长宽比2.80~3.20群体也单独聚为1类,其余4个群体聚为1类,表明粒形性状的多样化对拓宽宁夏稻种资源具有一定的作用。     

黑龙江省水稻品种SSR标记遗传多样性分析

选用分布于水稻12条染色体上的52对SSR引物,对黑龙江省近几年育成品种(系)和过去主栽品种以及日本引进品种共54份材料进行遗传多样性分析。结果表明,供试品种的20项表型性状均有显著或极显著的遗传差异,其中黏滞峰消减值变异系数最大,整米粒率与下降黏度值次之,糙米率和糊化开始温度变异系数最小;在52对SSR引物中45对引物有多态性,共扩增出160个等位位点,平均3.6个,香农指数变幅为0.040～0.702,平均为0.285;高多态性SSR位点主要发生在染色体2、5、7、11上,低多态性SSR位点主要发生在染色体6、8、10、12上;供试品种的遗传相似系数变幅为0.667～0.963之间,平均值为0.786,且83.4%的供试品种其遗传相似系数在0.740～0.840之间,亲缘关系较近;通过UPGMA聚类,供试品种被分为3大类,绝大多数供试品种都聚在同一类。     

用微卫星标记评估中国水稻主栽品种的遗传多样性

【目的】为正确评估中国水稻(Oryza sativa L.)主栽品种的遗传多样性提供依据。【方法】应用位于水稻)12条染色体上已筛选的24个微卫星(simple sequence repeats, SSR)标记组合（每条染色体2个），分析63个主栽常规稻品种和杂交稻组合亲本(2002年推广面积达6.67×104 ha（100万亩）)的遗传变异。【结果】共检测到135个等位基因，平均每个标记5.6个；多态性频率（frequency of polymorphisms, FP）变动范围为0.486～0.840，平均0.682。水稻恢复系比保持系/不育系遗传差异大；与常规籼稻品种相比，常规粳稻品种的遗传多样性较低。聚类分析表明，中国籼稻品种主要来自华南稻区和长江流域稻区，粳稻品种则分布于北方稻区和太湖流域(江苏和浙江省)，表现出明显的地域分布特点。【结论】作者认为，应用微卫星标记所作的中国水稻品种聚类分析与传统系谱分析趋势一致，结果更为精确。     

水稻品种多样性混栽持续控制稻瘟病研究

 在对 2个主栽品种 (生产上推广的当家杂交稻组合 )和 2个间栽品种 (优质感瘟 )进行抗性基因同源序列(resistancegeneanalogue ,RGA)遗传背景研究的基础上 ,配制 4个混合间栽组合。在烟溪 (山区 )进行小区试验和示范比较 ,发现不同品种混合间栽后 ,间栽区各品种的平均病叶面积率比净栽区降低 2 .7%～ 4 .1% ;穗瘟相对防治效果达 36 .88%～ 5 5 .10 % ;混合间栽的主栽品种与净栽的主栽品种相比 ,叶瘟和穗瘟的病情严重度差异不大。混合间栽品种的单位面积产量比净栽区有不同程度的提高 ,小区试验的增产幅度为 8.9%～ 14 .9%。结果表明 ,选择抗瘟性遗传背景差异大、株高差异突出的品种 ,以 1行优质稻∶5行主栽稻混合间栽 ,能起到控瘟增产的作用。