PGC-1α基因在两种类型鸡骨骼肌间的表达差异

为了检测过氧化物体增殖物激活受体γ辅激活因子1-α(PGC-1α)基因mRNA在鸡骨骼肌组织中的分布以及在速生型隐性白羽鸡和慢生型清远麻鸡品种间的表达差异,采集不同周龄(0、2、4、6、8、10、12)隐性白羽鸡和清远麻鸡的胸肌和腓肠肌组织样,提取总RNA,以β-actin基因为内参基因,进行实时荧光定量PCR。对PGC-1α基因mRNA进行均一化处理,利用荧光阈值(Ct值)计算PGC-1α基因mRNA在不同骨骼肌组织以及速生型和慢生型鸡品种间的表达量。发现PGC-1α基因在鸡骨骼肌组织不同发育阶段广泛表达,在初生时表达量最高,并显著高于其他各周龄的表达量;相同周龄时,慢生型清远麻鸡骨骼肌中PGC-1α表达量大多高于速生型隐性白羽鸡。表明不同类型鸡骨骼肌PGC-1α mRNA表达具有特定的发育模式,并可能与鸡肉品质存在关联。     

FTO基因在不同品种鸡胚胎与生长期骨骼肌中的表达

以清远麻鸡和隐陛白羽鸡为试验素材,研究脂肪和肥胖相关基因(fat mass and obesity-associated,FTO)在2个品种胚胎期与生长期胸肌和腿肌组织中的表达模式及差异。结果表明,在胸肌组织中,FTO在两品种不同发育时期呈现不同的表达模式。在清远麻鸡,16胚龄时FTO表达量显著高于其他胚龄,出雏后l周达最高,8周时显著下降(P0.05);在隐性白羽鸡,FTO在20胚龄时表达骤然升高,在l周龄时呈现表达高峰,但8周时仍维持高表达水平。在20胚龄、1周和8周时FTO在隐性白羽鸡胸肌组织中的表达显著高于清远麻鸡。在腿肌组织中,FTO在两品种胚胎期及生长期不同发育时期的表达模式也不同。FTO在清远麻鸡12胚龄时表达量显著高于其他胚龄,出雏1周后FTO的表达相对稳定,各周龄间无显著差异;在隐性白羽鸡中,腿肌中FTO在20胚龄时表达量显著升高,这一高表达状态持续至出雏后8周,但FTO只有在8周时隐性白羽鸡腿肌组织中的表达显著高于清远麻鸡。综合FTO在两品种的胸肌和腿肌组织中的发育模式研究表明,FTO在鸡胚胎期和生长期骨骼肌中的表达存在显著的品种和组织差异性。本研究将为进一步深入研究FTO对鸡肌肉发育的分子遗传机制奠定基础。     

鸡生长发育早期骨骼肌IGF1R mRNA表达规律研究

以生长速度不同的花山麻鸡和清远麻鸡为试验素材,采用实时荧光定量PCR方法检测鸡9、12、16、21胚龄(E9 d、E12 d、E16 d、E21 d)和出雏后7日龄(7 d)时胸肌和腿肌中IGF1R mRNA表达变化情况,并与肌肉质量进行相关性研究。结果发现,21胚龄时,花山麻鸡和清远麻鸡胸肌质量都出现了显著降低,腿肌质量持续增长。花山麻鸡胸肌IGF1R mRNA表达呈前高后低趋势,9胚龄时表达量最高,之后显著降低并维持在较低的水平,出雏后7日龄时表达量再次下降;清远麻鸡在胸肌中的表达则呈“波浪形”,9胚龄和16胚龄表达量升高,其他日龄表达量显著降低。腿肌中,花山麻鸡IGF1R mRNA表达量在16胚龄之后显著降低;清远麻鸡腿肌IGF1R mRNA表达呈依次递减模式,各时间点之间差异显著(P<0.05)。品种间各个时间点胸肌和腿肌IGF1R mRNA表达量均呈显著差异(P<0.05)。两个品种骨骼肌IGF1R mRNA表达与胸肌、腿肌质量均呈极显著相关(P<0.01)。以上结果初步揭示了生长发育早期不同品种鸡胸肌和腿肌IGF1R基因表达发育变化趋势和品种差异,为深入研究IGF1R基因在鸡肌肉发育中的调控机理提供基础资料。     

H-FABP基因在鹿苑鸡和隐性白羽鸡肉质中的差异表达

以鹿苑鸡和隐性白羽鸡为研究对象,选用心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因作为影响鸡肌内脂肪(IMF)的候选基因,利用实时荧光定量逆转录PCR,对12周龄H-FABP基因mRNA进行定量分析,结合IMF含量和屠宰性状测定,分析H-FABP基因表达水平对IMF含量等性状的影响.结果表明:H-FABP和内参基因GAPDH熔解曲线均为单峰,无杂峰及二聚体,定量准确.鹿苑鸡胸肌和腿肌的IMF含量显著高于隐性白羽鸡.H-FABP基因mRNA表达量与IMF含量呈显著的负相关.隐性白羽鸡H-FABP基因mRNA在胸肌和腿肌的IMF的表达量显著高于生长较慢的鹿苑鸡.     

基于表达谱芯片挖掘鸡骨骼肌不同类型肌纤维的差异表达基因

【目的】肌纤维类型的差异是直接影响肌肉生长发育和肉品质的重要因素,红肌纤维比例高的肌肉肉品质要显著优于白肌纤维比例高的肌肉,然而,目前对于鸡骨骼肌纤维类型形成及转换的分子调控机制尚不明确。本究以中国优良的地方品种清远麻鸡为研究对象,首次对其骨骼肌中不同类型肌肉的转录组差异进行了研究,以期挖掘在鸡肌纤维生成和类型转换中发挥调控作用的关键因子。【方法】采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对清远麻鸡骨骼肌表型差异较大的比目鱼肌和趾长伸肌中与肌纤维类型组成和转换相关的候选基因进行系统筛查,采用荧光定量PCR对芯片筛选出的差异表达基因进行验证,采用慢病毒质粒包装系统构建特异靶向鸡PPARGC1A基因的RNA干扰慢病毒载体进行基因功能研究。【结果】芯片结果共发现差异倍数在2倍及以上的基因1 224个(P0.05,FC≥2),以趾长伸肌作为参照,比目鱼肌中上调基因为654个,下调基因为570个,尽管芯片和荧光定量PCR两种方法得出的差异倍数并不完全一致,但所选基因的表达趋势是一致的,表明芯片结果是可靠的。对差异表达基因进行GO(GO ontology)功能分类,共发现了74个显著性GO,主要分为生物学过程、分子功能和细胞组分等3大类。基于KEGG Pathway分析发现,一些已知的与肌纤维类型转换、肌肉发育以及脂质代谢相关的信号通路在两种类型的肌肉中被显著富集。综合差异基因的GO、KEGG Pathway和共表达网络分析,推测PRKAG3,ATP2A2以及PPARGC1A可能是与肌纤维类型性状紧密关联的关键基因。进一步对PPARGC1A基因进行功能研究发现,PPARGC1A基因的敲低,引起了PPP3CA,MEF2C以及SM等慢肌纤维标志基因以及与肌纤维发育与转换相关基因表达水平的显著降低,而快肌纤维标志基因FWM的表达水平则显著上升。【结论】揭示了鸡红肌和白肌两种不同类型肌肉间的转录组差异,证明了PPARGC1A基因能够与钙离子信号通路相关基因协同从而在鸡肌纤维类型组成和转换中发挥着重要作用,从而为中国地方鸡肉品质性状的遗传改良提供一定的理论依据。     

低温环境对猪不同肌肉组织线粒体的影响

猪是对外界环境温度较为敏感的一种恒温动物。为了探讨低温环境对猪肌肉组织线粒体的影响以及民猪与大白猪间的代谢差异,以民猪(耐寒品种)和大白猪(非耐寒品种)为试验材料,采用Real-time PCR的相对定量方法,检测了轻度和重度冷处理下两个猪种的腓肠肌、比目鱼肌及趾长伸肌线粒体DNA变化情况。结果表明:轻度冷处理下,民猪腓肠肌、比目鱼肌和趾长伸肌的mtDNA表达量均出现了明显的下降,而大白猪则表现为不变或略有上升。重度冷处理下,民猪的腓肠肌显著下降,民猪和大白猪其余的肌肉组织均表现为显著上升,而且比目鱼肌的上升倍数最大。据此认为,轻度冷处理下,民猪各肌肉组织的代谢模式不同于大白猪的;重度冷处理下,以红肌为主的比目鱼肌是颤栗性产热的主要肌肉组织,推测低温环境会诱导肌纤维类型的转化。     

姜曲海猪肌肉FoxO1基因表达水平与组织学特性的相关研究

【目的】探究姜曲海猪不同部位肌肉FoxO1基因mRNA的发育变化规律,结合屠宰试验分析FoxO1基因mRNA表达水平对肌肉组织学特性的影响。【方法】选取初生、1、2、4、6、8月龄姜曲海猪各5只,屠宰后取背最长肌、比目鱼肌、腓肠肌和半腱肌检测肌原纤维直径,用荧光实时定量PCR法检测姜曲海猪不同部位肌肉FoxO1基因mRNA表达水平,分析其在不同时期的变化及其与肌肉肌原纤维直径的关系。【结果】(1)随月龄增加,背最长肌、比目鱼肌、半腱肌和腓肠肌的肌原纤维直径变化规律基本一致,从出生到1月龄,生长速度最快,2月龄后逐渐趋于稳定。(2)姜曲海猪不同肌肉部位FoxO1基因mRNA表达的发育性变化模式不同,具有组织特异性,背最长肌和半腱肌FoxO1基因的表达量总体呈现下降—上升—下降趋势,比目鱼肌和腓肠肌FoxO1基因的表达量总体呈现上升—下降—上升。(3)姜曲海猪不同肌肉部位基因的表达量与肌原纤维直径相关分析表明,FoxO1基因的表达量与不同年龄时背最长肌、比目鱼肌、半腱肌和腓肠肌无显著相关性(P0.05)。【结论】姜曲海猪不同部位肌肉肌原纤维生长发育变化基本相同;不同部位肌肉FoxO1基因表达模式不同;同月龄FoxO1基因的表达量在不同部位肌肉中表达量显著不同。FoxO1基因的表达量与不同部位肌肉肌原纤维生长发育无显著性相关。     

CX3CL1在不同品种鸡骨骼肌发育中的表达模式及相关性分析

趋化因子CX3CL1(chemokine(C-X3-Cmotif)ligand 1)与受体CX3CR1结合后,激活MAPK通路调控骨骼肌细胞的增殖和分化。以矮小品系S2系和隐性白羽鸡作为试验素材,采用Q-PCR技术及SPSS分析软件,研究CX3CL1在2个品种胚胎期至生长期骨骼肌发育中的表达模式及相关性分析。结果表明,在S2系鸡,CX3CL1在胚胎期胸肌组织的表达显著低于出雏后的各个发育时期(P0.05);隐性白羽鸡10胚龄时CX3CL1的表达量显著高于其他胚龄及出雏后4、6和8周的表达(P0.05);除16周龄以外,CX3CL1在隐性白羽鸡胸肌组织各个时期的表达都显著高于S2系(P0.05);CX3CL1的表达与胸肌率的相关性分析表明,CX3CL1的表达与2品种胸肌率呈显著正相关。在腿肌组织中,CX3CL1在S2系和隐性白羽鸡的表达呈现显著的品种差异性,除10胚龄外,CX3CL1在隐性白羽鸡其他发育时期的表达都显著高于S2系。综合CX3CL1在2品种的胸肌和腿肌组织中的发育模式及相关性分析表明,CX3CL1在鸡胚胎期和生长期骨骼肌中的表达存在显著的品种和组织差异性。     

清远麻鸡H-FABP和A-FABP基因mRNA的差异表达研究

【目的】分析心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)和脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因mRNA在不同日龄清远麻鸡不同组织中的差异表达量,为进一步阐明H-FABP、A-FABP在鸡IMF含量和腹脂沉积中的作用机制奠定基础。【方法】依据鸡H-FABP和A-FABP基因及参照基因GAPDH序列设计引物,以鸡心肌、胸肌、腿肌、肝脏和腹脂mRNA逆转录合成的cDNA为模版,应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR,检测56和120日龄清远麻鸡A-FABP、H-FABP基因mRNA的差异表达量。【结果】H-FABP、A-FABP和GAPDH的基因融解曲线均为单峰,无杂峰及二聚体,定量准确。120 d时清远麻鸡的胸肌和腿肌的肌内脂肪(IMF)含量显著高于56 d;H-FABP基因mRNA 120 d时在心肌、胸肌和腿肌的差异表达量显著高于56 d,且同一日龄时在心肌的差异表达量显著高于胸肌和腿肌(P0.05)。120 d时清远麻鸡A-FABP基因mRNA在腹脂和肝脏的差异表达量显著高于56 d;同一日龄时,A-FABP基因mRNA在腹脂的差异表达量显著高于肝脏,A-FABP基因在心肌、胸肌和腿肌中不表达。相关分析表明,H-FABP基因mRNA差异表达量与胸肌、腿肌IMF含量分别呈显著和极显著正相关,A-FABP基因mRNA差异表达量与腹脂率呈极显著负相关。【结论】H-FABP基因主要在鸡肌肉组织的肌内脂肪中表达,而且在心肌中高度表达,与IMF含量呈显著或极显著的正相关,其是IMF含量的下调基因;A-FABP基因主要在腹脂与肝脏中表达,且在腹脂中高度表达,与腹脂率呈极显著负相关,是脂肪细胞的上调基因,且为正调控。     

PRKAG3基因在鸡不同部位肌肉中的表达及其与肌纤维类型的相关性

PRKAG3是影响畜禽肉品质的关键基因.为研究PRKAG3基因在鸡不同部位肌肉中的表达及其与肌纤维类型的相关性,以隐性白羽肉鸡为研究对象,用ATPase碱孵育法对不同部位肌肉肌纤维类型进行分析,采用实时荧光定量PCR法检测PRKAG3基因在这些肌肉组织中的表达并将其与肌纤维类型进行关联分析.结果表明,PRKAG3基因在Ⅰ型肌纤维比例相对较高的比目鱼肌和缝匠肌中表达较低,在Ⅱa型比例较高的髂胫外侧肌、腓骨长肌以及只含有Ⅱb型肌纤维的胸大肌、胸小肌中表达较高,且差异显著(P<0.05).相关性分析结果显示,肌肉中PRKAG3基因的表达与Ⅰ型肌纤维比例呈显著负相关(P<0.05),与Ⅱa型和Ⅱb型肌纤维比例均呈正相关,但差异不显著(P>0.05).提示,在鸡骨骼肌中PRKAG3很可能是AMPK在白肌中发挥作用的主要γ调节亚基.     

Smads与Hippo通道中YAP1基因在湖羊肌肉组织中时空表达研究及关联分析

【目的】通过在mRNA表达水平检测TGF-β/smad信号通路基因在湖羊肌肉组织中时空表达,来探究各基因的表达规律及内在联系。【方法】利用荧光定量PCR技术对湖羊Smads基因在出生后不同生长阶段（2日龄,2月龄和6月龄）不同性别的两种不同骨骼肌（腓肠肌、趾长伸肌）的相对表达进行分析,以及对湖羊Smad家族（Smad2、Smad3、Smad4、Smad7）基因、YAP1基因的表达相关性分析。【结果】湖羊肌肉TGF-β/smad信号通路中Smads基因时空表达规律研究发现：Smads在不同肌肉组织的表达分析中,Smads在腓肠肌中的表达高于趾长伸肌,可能与这两种骨骼肌分属不同部位有关;Smads在不同月龄的表达分析中,Smad2、Smad3、Smad4在2日龄的表达量均高于其它月龄,而Smad7在2日龄的表达量低于6月龄,2月龄时表达量最低;在不同性别的表达分析中,Smads在2日龄公羊中的表达量高于母羊,Smad2、Smad4、Smad7在2月龄和6月龄则低于母羊;Smad3在不同生长阶段中公羊表达量高于母羊。湖羊肌肉TGF-β/smad信号通路中Smads、YAP1基因表达相关性研究发现：在2日龄腓肠肌中,Smad2、Smad3、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著（P＞0.05）;在2月龄腓肠肌中,Smad2的表达与YAP1存在显著正相关（P＜0.05）,Smad3、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著（P＞0.05）;在6月龄腓肠肌中,Smad2、Smad3、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著（P＞0.05）;在腓肠肌的不同生长阶段中,Smad3的表达YAP1存在极显著负相关（P＜0.01）,Smad2、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著（P＞0.05）。在2日龄趾长伸肌中,Smad3的表达与YAP1存在极显著正相关（P＜0.01）,Smad2、Smad4、Smad7的表达与YAP1存在显著正相关（P＜0.05）;在2月龄趾长伸肌中,Smad2、Smad3、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著（P＞0.05）;在6月龄趾长伸肌中, Smad7与YAP1存在极显著正相关（P＜0.01）;Smad2、Smad3、Smad4的表达与YAP1相关不显著（P＞0.05）;在趾长伸肌的不同生长阶段中,Smad2、Smad3、Smad4、Smad7的表达与YAP1存在极显著正相关（P＜0.01）。【结论】由此推断不同组织、生长阶段以及性别等因素均可影响Smads在肌肉中的表达;在湖羊这两种不同肌肉组织中,Hippo通道中YAP1基因可通过参与调控TGF-β/smad信号通路而参与肌肉的增殖和分化过程。     

大恒鸡与金阳丝毛鸡TGFB2基因在不同组织中的表达差异

【目的】探讨TGFB2基因对鸡肌肉生长发育的影响。【方法】利用定量PCR方法对TGFB2基因在鸡不同组织、不同生长发育阶段的表达差异进行了比较研究。【结果】研究结果显示:2周龄大恒鸡腿肌中TGFB2 mRNA表达量显著高于金阳丝毛鸡,并且达到最高值。10周龄金阳丝毛鸡母鸡胸肌组织中TGFB2 mRNA表达量均显著高于大恒鸡,并达到最高值;大恒鸡公鸡10周龄腿肌组织中TGFB2 mRNA表达量均与其他周龄差异显著,并达到最高值。金阳丝毛鸡、大恒鸡母鸡10周龄胸肌组织中TGFB2 mRNA表达量均显著高于2周龄。【结论】TGFB2基因可能是影响鸡肌肉生长发育的候选基因。     

不同类型鸡趾长伸肌中基因表达谱差异分析

采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对生长速度较慢的慢速型地方鸡品种清远麻鸡和生长速度较快的快大型肉鸡科宝500肉鸡趾长伸肌中与肌纤维生长发育相关的候选基因及信号通路进行系统筛查,以期探究其差异机制。结果表明:芯片分析共筛选到差异倍数在2倍及以上的基因1 225个,以科宝肉鸡为参照,清远麻鸡中482个基因上调,743个基因下调。选取7个差异表达基因进行qRT-PCR,对芯片结果进行了验证。基于KEGG Pathway分析发现,差异基因除参与肌纤维生长发育和分化相关信号通路(如Ca2+信号通路和Hedgehog信号通路)外,MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路、ErbB信号通路、脂肪酸合成信号通路等一些与能量代谢相关的信号通路也被富集为显著的信号通路。根据GO及KEGG Pathway分析结果,发现了23个基因可能与鸡肌纤维生长发育相关,这些基因在肌纤维生长发育过程中的作用尚有待深入研究。     

Hippo信号通道中Lats2基因表达与湖羊肌肉生长发育的关系

[目的]探究Hippo信号通道中Lats2基因与湖羊肌肉生长发育的关联性。[方法]以湖羊作为试验材料,用RT-qPCR技术分析Lats2基因在不同性别、不同生长阶段(2、60、180日龄)、不同肌肉组织(比目鱼肌、背最长肌、腓肠肌和趾长伸肌)的时空表达规律,及其与Lats1、YAP1(Yes相关蛋白1)基因和肌肉生长相关基因在不同生长阶段的相关性。[结果]根据Hippo信号通道中Lats2基因的时空表达规律可以发现:在不同肌肉组织中,Lats2基因在趾长伸肌中相对表达量最高;在不同生长阶段,Lats2基因在60日龄的表达量最高;在不同性别中,Lats2基因的表达表现为公羊高于母羊。相关性分析结果表明:在2日龄肌肉组织中,Lats2基因的表达与MSTN基因间正相关(P0.05);在60日龄的肌肉组织中,Lats2基因的表达与Lats1基因正相关(P0.05);在180日龄肌肉组织中,Lats2基因的表达与MyoG基因间极显著正相关(P0.01),与YAP1基因间显著负相关(P0.05)。[结论]Hippo信号通道中Lats2基因的表达受不同性别、年龄和肌肉组织的影响,可能通过下调YAP1基因的表达抑制肌肉生长发育,可作为肌肉生长发育调控研究的候选基因。     

3个鸡种A-FABP基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR—RFLP技术(限制性内切酶为TaqⅠ)检测尤溪麻鸡、鹿苑鸡、隐性白羽鸡3个鸡种的脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A—FABP)基因第1和第3外显子的单核苷酸多态性(SNP)。结果表明：在该位点上,3个鸡种的A—FABP基因均存在SNP,外来品种隐性白羽鸡以杂合子cc居多,地方鸡种以cc居多,3个鸡种均含有较高频率的等位基因c,其中以尤溪麻鸡最高,而以隐性白羽鸡最低;对第3外显子扩增片段(375bp)进行回收测序,发现在第3外显子1805位存在SNP,尤溪麻鸡与鹿苑鸡c突变为r,的频率(分别为0．7344、0．7188)明显高于隐性白羽鸡c突变为71的频率(0．5156)。A—FABP第1外显子(85位点)的SNP不影响A—FABP的氨基酸序列变化,而第3外显子(1805位点)的SNP影响A—FABP的氨基酸序列变化,由脯氨酸转变为丝氨酸,说明该多态性可能通过A—FABP基因表达水平而影响鸡的肉质。     

‘黑羽番鸭’肌肉发育中A-FABP、CAPN1基因的mRNA表达规律

采用实时荧光定量PCR技术检测了A-FABP和CAPN1基因在‘黑羽番鸭’肌肉生长发育过程中mRNA表达规律.结果显示:在胸肌中,A-FABP基因在2周龄时表达最高;在腿肌中,A-FABP基因在8周龄时表达量最高.在胸肌、腿肌组织中A-FABP基因mRNA的表达量大致为2~4周龄下降,4~8周龄上升,8~13周龄再次出现下降,公母鸭的变化趋势一致.在胸肌、腿肌中,CAPN1基因在2周龄时表达量最高.在胸肌组织中,CAPN1基因mRNA的表达量在2~10周龄之间下降,10~13周龄上升.在腿肌组织中,CAPN1基因mRNA的表达量先下降,后上升,最后再次下降.     

清远麻鸡白羽系屠宰性能及肉质研究

对120日龄清远麻鸡白羽系屠宰性能及肉质指标进行测定,并与麻羽系鸡进行了比较。结果显示,公母鸡屠宰率分别为90.36%、91.24%,全净膛率分别为60.56%、61.40%,与麻羽系鸡比较无显著差异。白羽系公鸡和母鸡腿肌与胸肌中不饱和脂肪酸相对含量分别为66.31%、61.59%、63.85%、63.88%,公鸡和母鸡腿肌与胸肌中必需脂肪酸相对含量分别为23.31%、20.20%、16.54%、18.95%。公鸡和母鸡每100 g腿肌、胸肌中平均氨基酸总量分别为19.00、18.00、15.80、20.10 g,腿肌胸肌中必需氨基酸含量在6.89~8.73 g之间,鲜味氨基酸总量在6.05~7.36 g之间。公鸡和母鸡每100 g腿肌与胸肌中肌苷酸含量分别为150、248、150、260mg。研究表明,清远麻鸡白羽系产肉性能及肉质均良好,具有一定的品质资源优势。     

DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估

【目的】探讨COI基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区9种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I （cytochrome C oxidase subunit I,COI）,同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COI基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去PCR引物序列,获得了695 bp COI基因片段。根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp 线粒体COI基因序列进行分析。10个鸡品种203个个体共检测到110个变异位点,占分析位点的16.98%,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点。平均核苷酸多样性为0.00394（0.00349-0.00560）,平均单倍型多样性为0.832（0.763-0.905）,其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低。定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型。广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个。不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79。10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2。中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型。邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性。【结论】COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、 AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征。     

鸡钙蛋白酶Ⅰ基因(CAPN1)多态性与鸡肉嫩度性状的相关性

为了探讨钙蛋白酶l基因(CAPN1)的多态性,并分析其对优良地方鸡种清远麻鸡和国外引进的隐性白羽鸡肌肉剪切力和系水力等性状的遗传效应,采用PCR-SSCP及测序的方法对CAPN1基因的编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)扫描,并使用SAS软件进行最小二乘分析.发现了3个SNPs,分别为外显子5中的T2507C突变和C2546T突变,以及外显子6中的G3535A突变.各基因型与嫩度性状的方差分析结果表明:虽然各基因型在不同品种中表现出的效应存在差异,但趋势一致.结合CAPN1基凶的生理功能和已有的研究结果来看,可在特定的群体中将其作为影响鸡肉嫩度性状的候选基因.