牦牛CAST基因部分序列的SNPs研究

采用PCR-SSCP技术,设计2对特异性引物分别对牦牛钙蛋白酶抑制蛋白基因部分内含子2、外显子3、部分内含子3和外显子8、内含子8部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:在第2内含子存在一段CTTTTTT的缺失,表现出3种基因型,其中AA、AB、BB基因型频率分别为0.7514、0.2265和0.0221,A、B等位基因频率分别为0.8646和0.1354;在第3外显子处发生2个碱基突变,分别是40455bp处G→A和40463bp处A→G的转换,40455bp和40463bp处均表现AA和AB2种基因型,2个位点AA、AB基因型频率均为0.7293、0.2707,A、B等位基因频率均为0.8646、0.1354;在第8内含子85170bp发生了A→G的转换,表现出AA和AB2种基因型,其中,AA、AB基因型频率分别为0.6354、0.3646,A、B基因频率分别为0.8177、0.1823.CAST40400、CAST40455、CAST40463和CAST85170处的遗传杂合度分别为0.2265、0.2707、0.2707和0.2990,多态信息含量分别为0.2067、0.2067、0.2067和0.2537.牦牛在CAST40400处处于Hardy-Weinberg平衡状态,在CAST40455、CAST40463和CAST85170处均处于Hardy-Weinberg不平衡状态.     

无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析

【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。     

牦牛MSTN基因第2外显子的遗传变异分析

研究采用PCR-SSCP方法分析了牦牛MSTN基因第2外显子遗传变异特征.结果表明:在第2外显子以及80bp的部分第1内含子和102bp的部分第2内含子,共556bp的区域中存在5处点突变,表现AA、BB、AB、AC 4种基因型,由A、B和C 3个复等位基因控制.各基因型频率分别为0.884 0、0.001 4、0.106 0和0.008 6.序列分析表明等位基因B在位于第2外显子411bp处发生A→G突变,导致编码的第235位氨基酸由组氨酸突变为精氨酸,其余4处突变位于等位基因C上,即位于第1内含子31bp处的G→A突变和65bp处的核苷酸缺失以及第2内含子529bp处的A→G突变,还有一处是位于第2外显子第121bp处的T→C沉默突变.     

江苏地方山羊品种GDF9基因第二外显子SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测了长江三角洲白山羊、黄淮山羊及波尔山羊等3个繁殖力不同品种的187只个体GDF9基因第二外显子的遗传多态性.结果表明,3个山羊品种群体GDF9基因第二外显子在引物3和引物4扩增片段中均发现多态性.引物3扩增片段中,3 个山羊品种都出现AA、AB和BB 3种基因型,长江三角洲白山羊还出现了AC基因型.测序结果表明,引物3的扩增片段中,与AA基因型相比,BB基因型在第二外显子的562 bp处发生了A→C的单碱基突变,导致谷氨酰胺→脯氨酸的改变;AC基因型在第二外显子的421 bp处发生了C→T的单碱基突变,导致丙氨酸→缬氨酸的改变.引物4扩增片段中,3个山羊品种都出现DD和DE 两种基因型,黄淮山羊还出现EE基因型,长江三角洲白山羊及波尔山羊还出现DF基因型.测序结果表明,与DD基因型相比,DE基因型在第二外显子的792 bp处发生了G→A的单碱基突变,导致缬氨酸→异亮氨酸的改变;DF基因型在第二外显子的791 bp、792 bp处均发生了G→A的单碱基突变,其中791 bp处的突变是沉默突变.     

藏绵羊ANGPTL4基因第3内含子、第6外显子多态性分析

为分析高寒牧区藏绵羊ANGPTL4基因多态性,应用PCR-SSCP与测序结合的方法,对391只藏绵羊ANGPTL4基因第3内含子、第6外显子进行多态性检测。经扩增,分别获得大小为280 bp和289 bp的2个片段。ANGPTL4基因第3内含子发现AA、BB和AB 3种基因型,各基因型频率分别为0.648 8、0.313 0和0.038 2,在C.400+90处发生G/T的突变,多态信息含量为0.265 6,呈中度多态。ANGPTL4基因第6外显子发现AA和AB2种基因型,基因型频率分别为0.961 8和0.038 2,在C.837处发生C/T的突变,为错义突变,并导致P.279处苏氨酸变为丝氨酸,多态信息含量为0.036 9,为低度多态。对藏绵羊ANGPTL4基因的多态性进行分析,发现的2处突变位点可作为藏绵羊品种改良以及种质资源保护的潜在分子标记。     

CBG基因外显子Ⅱ SNPs对猪背膘厚和肌肉颜色的影响

本试验采用PCR-SSCP检测方法研究猪CBG基因外显子Ⅱ在金华×皮特兰F2资源家系猪群中的DNA多态性,发现了3 种基因型(GG CC、GG CG和AA GG).对纯合子个体测序检测,发现在CBG基因第二外显子内存在2个多态位点(G149A和G157C),其中G149A位点的单核苷酸替换导致CBG基因相应位置编码的氨基酸发生变化,由缬氨酸(Val)变为异亮氨酸(Ile).对金华×皮特兰F2资源家系猪进行了该多态片段的基因型鉴定,并分析了不同基因型对猪背膘厚和肌肉颜色的遗传效应,结果显示:GG CC基因型猪的6~7肋骨背膘厚以及a﹡值分别比AA GG基因型猪的高0.31 cm和0.73 cm,差异显著(P＜0.05);GG CC基因型猪的b﹡值分别比AA GG基因型和GG CG基因型猪的高0.66和0.93,差异显著(P＜0.05);GG CG基因型猪的c﹡值分别比GG CC基因型和AA GG基因型猪的高6.57和7.40,差异显著(P＜0.05);GG CC基因型猪的h﹡值比AA GG基因型猪的低4.58,差异显著(P＜0.05).     

中国草原红牛CAPN I基因的遗传多样性分析

［目的］利用PCR SSCP技术研究中国草原红牛CAPN I基因的多态性。［方法］以90头草原红牛的全血为试材,用酚/氯仿/异戊醇法提取基因组DNA,采用PCR SSCP技术分析了钙蛋白酶 I 基因（CAPN I）在草原红牛群体中的多态性。［结果］试验所设计的18对引物用于PCR扩增均获得良好的结果。经PCR SSCP 分析,E7 1引物扩增的群体出现了AA、BB、AB和AC 4种基因型;E14 1引物扩增的群体出现了 AA和BB 2种基因型,E14 5、E14 6和 E20 2引物扩增的群体出现了 AA、BB和AB 3种基因型。对不同基因型的测序表明,在第14内含子4 685 bp处发生了CT的碱基突变,在第17内含子6 545 bp处发生了CT的碱基突变,在第21内含子上8 462 bp处发生了G A、8 561 bp处A G、8 696 bp处A T的碱基突变。［结论］该研究为改善牛肉质性状的分子育种提供新的分子生物学基础数据。     

牦牛CAPN1基因部分序列的SNPs研究

本研究采用PCR-SSCP技术,设计了2对引物分别对牦牛钙激活蛋白酶基因内含子8、外显子9、内含子9和外显子10部分序列以及第12内含子和13外显子部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:与牛基因序列(AF252504S2)相比,牦牛基因在10 581bp处发生了G→A转换,位于第12内含子,表现出3种基因型,其中A、B基因频率分别为0.698 9和0.301 1,AA、AB和BB基因型频率分别为0.475 1、0.447 5和0.077 3,遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.420 9和0.332 3;在5 837bp处发生G→T的转换,位于第9内含子,表现出3种基因型,A、B基因频率分别为0.908 8和0.091 2,AA、AB和BB基因型频率分别为0.828 7、0.160 2和0.011 1,遗传杂合度(He)多态信息含量(PIC)分别为0.165 7和0.152 0;牦牛在这2个位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态.     

牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术对天祝白牦牛和青海高原牦牛的生长激素基因(GH基因)5个外显子及部分内含子序列进行遗传变异分析,以探讨牦牛GH基因的遗传特性.结果表明:2个牦牛群体GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子1694bp处均发生T→C转换,形成A、B2个等位基因,并检测到AA、AB和BB共3种基因型;天祝白牦牛第5外显子2373bp处发生G→T碱基颠换,形成C、D2个等位基因,检测到CC和CD2种基因型,但碱基改变并未引起氨基酸变化,因此这种碱基转换为沉默突变;天祝白牦牛和青海高原牦牛均为低度多态,经Hardy-Weinberg平衡检验2个牦牛群体均处于非平衡状态.     

贵州山羊GHSR基因变异及其与生长性状的关联分析

研究采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因进行单核苷酸多态性检测,并探讨其与生长性状的关系。结果发现,在这两个山羊品种GHSR基因外显子2和3’侧翼序列各检测到1个SNP(G200A和T628C)。其中,G200A为同义突变,表现为3种基因型,分别定义为GG、GA和AA,而在外显子1和5’侧翼序列未发现多态位点。χ2适合性检验表明,贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因外显子2等位基因的分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。基因型与生长性状间关联分析显示,3个试验群体中GG基因型个体的体高显著高于GA基因型和AA基因型(P0.05),且贵州黑山羊公羊群体中GG基因型个体的体重和体斜长均显著高于AA基因型,而其它指标间未达到显著水平(P0.05)。初步认为:GHSR基因可望作为影响贵州地方山羊生长性状的候选基因。     

海南地方猪POU1F1基因多态性与体质量的相关性

采用 PCR–SSCP、PCR–RFLP 技术,对海南五指山猪封闭群及其近交系、海南黑猪2个品系(临高猪、屯昌猪)的 POU1F1基因外显子4、外显子5、外显子6、内含子3的多态性进行研究.结果表明:猪 POU1F1基因外显子5、外显子6不存在多态性,内含子3、外显子4存在2个等位基因和3种基因型;在外显子4基因座上,五指山猪、临高猪、屯昌猪呈 Hardy–Weinberg 平衡状态,五指山猪近交系呈不平衡状态,4个猪种群的遗传多态性均处于中度多态(0.250.5);利用 SPSS 软件分析五指山猪 POUIF1基因内含子3和外显子4基因的多态性与其3个生长阶段体质量的相关性,发现引物 P1与 P4不同基因型个体体质量的差异均不显著     

湖南黑猪CMYA5基因与肌肉品质的相关性分析

以湖南黑猪为研究对象,采用PCR-RFLP技术对原发性心肌症相关蛋白5基因(cardiomyopathy associated 5,CMYA5)进行多态性检测,并分析其对肌肉品质影响的遗传效应.试验结果:在猪群中发现AA、AC和CC 3种基因型,A、C等位基因的频率分别为0.287 5、0.712 5;湖南黑猪群体在CMYA5基因Bsp TI位点上的多态信息含量和杂合度分别为0.5999和0.409 7,表明该位点处于中度多态;不同基因型个体的肌肉肌内脂肪、丝氨酸、饱和脂肪酸含量等13项指标间存在显著或极显著差异(P＜0.05或P＜0.01),AA型个体的肌内脂肪显著高于AC型(P＜0.05),单不饱和脂肪酸含量极显著高于AC型和CC型(P＜0.01);AC型个体的风味氨基酸含量较AA、CC型丰富,其丝氨酸、精氨酸、脯氨酸、胱氨酸、甲硫氨酸含量显著或极显著高于AA型(P＜0.05或P＜0.01).结果表明,湖南黑猪CMYA5基因多态性与肌肉品质性状相关;该基因可作为猪肉质性状候选基因.     

3种猪孕酮受体基因(pgr)多态性分析

采用混合基因组DNA池PCR扩增和测序技术,对小梅山猪、枫泾猪、大白猪pgr基因的外显子区域进行扫描,共发现1个单核甘酸多态性位点(SNP)。外显子1序列中1 319 bp处发生C→T的碱基突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变;针对突变位点,建立错配PCR–限制性长度多态性(RFLP)方法进行检测,发现3种猪的pgr基因可以分为AA、BB、AB 3个基因型,小梅山和枫泾猪有AA、AB 2种基因型,大白猪中有BB、AB 2种基因型。     

猪CAST基因多态性与生物信息学分析

本研究旨在检测巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交F1代CAST基因多态性,并利用生物信息学分析碱基变异对mRNA二级结构以及CASTⅢ型蛋白的影响.结果表明,巴克夏猪、霍寿黑猪、巴克夏猪×霍寿黑猪都存在AA、AC和CC基因型,等位基因A的频率都高于等位基因C.该突变在3个猪群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0...     

Identification of SNPs and Their Effects on Swine Growth and Carcass Traits for Porcine IGFBP-3 Gene

The insulin-like growth factor binding protein-3 （IGFBP-3） was known as a key factor that regulates the effect of insulin- like growth factors （IGF-1 and IGF-2） on pig growth and development. We first identified 38 single nucleotide polymorphisms （SNPs） from a fragment of the IGFBP-3 gene spanning 1 823 bp using the denaturing high-performance liquid chromatography （DHPLC） method and confirmed them by direct sequencing. Among these SNPs, 36 located in introns and the remaining 2 in the 3 prime untranslated region （3UTR）. In addition, 16 PCR-RFLP polymorphisms were identified within these SNPs. Three SNPs were then selected to genotype 272 F2 individuals with PCR-RFLP method and the association of polymorphism with growth and carcass traits were analyzed. The results showed that no significant associations were observed between polymorphisms of A265G and A952G and traits. However, the A2670G significantly related with live body length, loin muscle area, and skin and fat percentage （P〈0.05）; highly significantly associated with weight of carcass lean and lean percentage （P〈 0.01）.     

猪产仔性状的分子标记研究与QTLs定位

猪的产仔性状受多个主基因的控制，比微效多基因控制的性状更易于标记辅助选择（MAS）。目前常用的方法是修选基因鉴定法和遗传连锁分析，如雌激素受体基因（ESR）PvuⅡ酶切有一个有利的B等位基因（3.7kb），其纯合子BB比纯合子AA母猪多产1.5头仔猪；促卵泡生成素受体基因（FSHR）有一个有利的A等位基因（0.5kb），AA纯合子母猪的产仔数较高。另有LHR、OPN、leptin和氟烷基因等均可作为产仔性状的候选基因。与产仔数有关的一些侯选基因和微卫星标记已经定位，国内外正用于优质高产猪的培育。     

精子介导法制备转基因猪的研究

主要简述了应用转基因猪的研究概况,介绍了几种以精子作为载体的转基因方法,分析了外源DNA进入精子的影响因素,展望了利用精子为载体生产转基因猪的应用前景。     

荣昌猪TYR基因的克隆测序及多态性检测

根据人、猪、牛的酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)基因部分序列(GenBank:AF237808,AF237809,AF181962,AY046527),利用Oligo6.0软件设计5对引物,对荣昌猪的TYR基因进行了PCR扩增,并用单链构象多态分析(SSCP)方法进行了多态性检测。结果发现,外显子1呈多态,其余3个外显子均呈单态。克隆测序首次得到猪的酪氨酸酶基因外显子2,3,4的部分序列(序列已被GenBank收录,登录号分别为AY236997,AY279998,AY242973),而且发现外显子1的多态是由于起始密码子上游第46位的G突变成A造成的。     

黔北黑猪BF基因遗传多态性分析

运用PCR及测序技术对黔北黑猪的BF基因进行了检测,并对该基因核苷酸序列进行分析.结果表明:第16外显子45 bp处发生A→C碱基突变,命名为:BF-exon 16-A45C,产生3种基因型:CC型、AA型、AC型.3种基因型中,AA基因型频率为0.6875,CC基因型频率为0.125,AC基因型频率为0.1875.基...     

大白猪MUC13基因多态性与生长、肉质性状的相关性

选择对仔猪腹泻有显著影响的产肠毒索大肠杆菌（ETEC）F4ac的受体基因MUC13为研究对象,采用PCR-SNaPshot判型与常规育种技术相结合的方法,对544头大白猪核心育种群进行基因判定及基因型与生长、肉质性状相关性的研究．结果表明,大白猪MUC13基因型分布大小为：腹泻易感杂合基因型GA〉腹泻抗性纯合基因型GG〉腹泻易感纯合基因型从,腹泻抗性有利基因G的等位基因频率为0．669,腹泻易感不利基因A的等位基因频率为O．331．3种基因型个体达100kg日龄及其估计育种值（EBV）、达100kg背膘厚及其EBV的大小为：从〉GA〉GG;眼肌面积、肌内脂肪含量和估计瘦肉率的大小为：GG〉GA〉AA,差异不显著（P〉0．05）．可见,在种猪选育上,逐代选择带有G等位基因的个体,建立抗性纯合GG基因型个体的种猪核心群,即可降低仔猪腹泻率,又不影响生长和肉质的性状．