基于SSR标记的刺参不同地理群体的遗传结构分析及指纹图谱构建

为分析中、韩、俄沿海刺参(Apostichopus japonicus)种质遗传结构,本研究采用SSR指纹图谱技术对中国青岛、烟台,韩国浦项、群山、木浦,俄罗斯符拉迪沃斯托克的不同刺参群体进行遗传多样性分析和指纹图谱构建。结果显示,13个微卫星座位的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)分别为0.47和0.80。13个位点的多态信息含量(PIC)为0.465(AJ06)~0.909(AJ09),除AJ06为中度多态性(0.250.50)。单个位点的等位基因数(A)为10(AJ06)~34(AJ07),平均等位基因数为19.4个。各位点的有效等位基因共83.8个,各位点的有效等位基因数(Ne)为1.7(AJ06)~11.8(AJ09),平均有效等位基因数为6.5。各群体遗传多样性分析结果显示,8个群体的PIC指数为0.6392(韩国木浦)~0.7122(中国青岛),说明相应群体均具有较高的遗传多样性。构建的DNA指纹图谱可将所采集的8个群体区分开。遗传结构分析结果显示,8个刺参群体分配到3个自由交配群中,与UPGMA聚类分析结果相一致。UPGMA聚类分析结果显示,中国青岛、烟台群体与韩国木浦黑参群体聚为一支,俄罗斯刺参群体、韩国浦项黄参群体、韩国群山黑参群体和韩国浦项黑参群体聚为一支,而韩国浦项红参群体作为外群,单独聚为一支。刺参分群及聚类分析表明,不同群体的遗传结构及遗传分化情况不仅与地理位置相关,还与刺参体色有一定的相关性。本研究结果可为刺参种质资源保护及不同地理种群刺参的鉴别提供技术支撑。     

基于微卫星标记对长江下游鲢遗传多样性现状的分析

为了解长江下游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)遗传多样性和遗传结构分布,该研究利用微卫星分子标记结合毛细管电泳技术,通过对2017-2019年长江湖口、安庆、芜湖、当涂、镇江、靖江、张家港和常熟8个江段鲢野生群体共327份DNA进行基因分型与遗传多样性相关分析,比对了其遗传多样性、遗传分化和...     

鲢微卫星标记研制及其在鲢和鳙遗传多样性研究中的应用

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichys nobilis)是中国特有的四大家鱼中2个重要成员,主要分布于黑龙江、长江和珠江水系.传统人工养殖依靠天然鱼苗.但是,人口增长和人类经济活动加剧使其天然产卵和孵化场消失或遭到破坏.人工育苗技术虽然解决了鱼苗供应问题,但由于遗传资源管理和使用方法的不完善,使两种鱼的生长表现、抗病抗逆性和遗传多样性等都有明显的降低.另外,因洪水导致的养殖个体逃逸也使天然群体的遗传多样性受到干扰.近年来,比较大规模的人工鱼苗放流实践也加剧了对天然群体遗传多样性的扰动.对这些问题的深入研究迫切需要一套适用的分子标记.为评价鲢和鳙的遗传多样性、确定它们的遗传分化和地理分化、科学合理地管理和开发利用遗传资源,本研究构建了富集GT微卫星序列的基因组短片段文库.随机选择并测序的97个克隆中有87个含有微卫星序列.根据其中的21条序列,设计了22对微卫星标记引物并用来分析了在长江荆州段捕获的32尾野生鲢和7尾野生鳙的遗传多样性.所有标记引物在两种鱼中通用.在全部样品中共发现129个等位基因.每位点等位基因数在3～10个,平均5.9个.不同标记揭示的遗传多样性指数在0.33～2.00,平均1.22.由于使用的鱼个体数少,如鳙,只有7个个体,样品也只来源于长江荆州江段.本研究无法基于两种鱼的天然分布,对两种鱼的遗传分化、地理种群多样性比较、养殖群体和天然群体差异等问题进行深入分析.但是,这组标记的研制将有助于这2个中国特有经济鱼种的遗传多样性分析、遗传资源的管理及开发利用等相关研究.本研究中,微卫星DNA标记的研制使用了固定有微卫星核心序列的磁珠.这样的磁珠与两端接有已知序列的DNA片段杂交能富集出含有微卫星核心序列的片段.通过扩增和连接转化,可方便地获得大量含微卫星核心序列的片段.与已有的方法不同的是,本研究用AFLP方法的某些步骤使片段两端加上已知引物序列,方便易行.迄今,这两种鱼还没有微卫星标记连锁图谱.构建这样的图谱是本项目研究的长远目标.     

基于SSR和RSAP的龙须菜作图群体多态性标记 开发与亲本间遗传距离的估计与比较

遗传连锁图谱的构建是实现分子标记辅助育种与数量性状定位的必要手段,为构建龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)遗传连锁图谱提供多态性分子标记,本实验共采用400对SSR引物和91对RSAP引物对组合,对龙须菜两个F1代配子体作图群体的亲本进行了多态性标记筛选,并对4个亲本间的遗传距离进行了评估.得到的SSR多态性标记在GL-F3/GL-M8间为15个,GL-F6/GL-M9间为8个;多态性RSAP标记在GL-F3/GL-M8间为88个;GL-F6/GL-M9间为93个.分析了基于SSR、RSAP技术的两对亲本间的遗传距离,SSR结果显示GL-F3/GL-M8间遗传距离为0.071 2,GL-F6/GL-M9间的遗传距离为0.043 6;RSAP结果显示GL-F3/GL-M8间遗传距离为0.228 4,GL-F6/GL-M9间的遗传距离为0.253 7.结果表明,在引物组合平均覆盖的位点和引物组合平均产生的多态性方面,RSAP均远高于SSR,在GL-F3/GL-M8间RSAP分别是SSR的4.48与12.13倍,在GL-F6/GL-M9间RSAP分别是SSR的5.81与25.5倍,RSAP标记更适合应用于龙须菜的遗传距离估计和资源的遗传多样性研究.本研究揭示出作图群体亲本间遗传多样性特征,SSR与RSAP分子标记的开发为龙须菜遗传连锁图谱的构建奠定了基础.     

基于转录组数据的毛蚶SSR分子标记开发与评价

本研究基于毛蚶(Scapharca subcrenata)的转录组数据,利用MISA软件对其中的微卫星位点进行挖掘。从35 555条unigene中共获得3987个SSR,SSR出现频率达11.21%。SSR重复类型主要以二核苷酸重复为主(58.06%),其次为三核苷酸重复(19.04%)。共有182种重复基元,不同类型SSR的重复基元分布特征不同,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT类型比例最高,为45.70%。毛蚶转录组中SSR重复次数主要集中在5~7次,SSR长度主要集中在12~29 bp,多态性均在中等以上。利用筛选出的14对SSR引物在山东潍坊毛蚶野生群体中进行遗传多样性分析,结果显示,平均有效等位基因数(Na)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和多态性信息含量(PIC)分别为15.4、0.682、0.852和0.817,从PIC值来看,本研究开发的14个微卫星标记均属高多态性标记(PIC≥0.5)。此外,有7个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE) (P<0.05)。结果表明,基于毛蚶转录组数据开发微卫星标记是切实可行的,研究结果丰富了毛蚶的分子标记数量,对毛蚶的种群遗传学分析、遗传图谱构建及分子辅助育种等研究具有重要意义。     

基于SSR和ISSR标记对江苏大竹蛏野生群体和人工增殖群体的联合分析

为探索人工增殖活动对本地大竹蛏(Solen grandis)种质资源带来的影响,采用SSR及ISSR分子标记手段对江苏大竹蛏野生群体与人工增殖群体的遗传多样性及遗传结构进行了联合分析。筛选的14对SSR引物扩增获得多态性位点150个(PPB=93.16%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.134 2和0.253 5;筛选的10条ISSR引物获得多态性位点85个(PPB=91.93%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.131 0和0.230 2。两种方法分析得到野生群体的遗传多样性参数均显著高于人工增殖群体,但两群体间并未产生明显的遗传分化。实验结果表明,江苏沿海大竹蛏群体的遗传多样性水平较高,人工增殖群体的遗传多样性虽有所下降,但并未导致该地区大竹蛏种质资源遗传结构的显著改变。因此人工增养殖活动仍然能够作为补充大竹蛏资源的主要手段,但应探索采用高效生态的增养殖模式,对大竹蛏的种质资源进行合理的开发与利用。     

基于牙鲆RNA-seq数据中SSR标记的信息分析

通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。     

红鳍东方鲀亲本群体遗传多样性的微卫星分析

从日本进口的红鳍东方鲀Takifugu rubripes受精卵发育至性成熟的120尾亲鱼群体中,选择22个分布于每个连锁群的微卫星标记进行了遗传分析,以分析红鳍东方鲀亲本群体的遗传多样性,并筛选出有效鉴定群体遗传特征的特异性微卫星标记。结果显示:等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ae)的范围分别介于4.000~13.000和1.834~7.706之间。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)的范围分别为0.173~0.977、0.456~0.872和0.427~0.857。Hardy-Weinberg遗传偏离指数(d)介于-0.746~0.344。群体内个体间的遗传距离在0.51~0.86之间,依据遗传距离的远近将全部个体分成4个群体,每个群体23~38个体。各项遗传参数表明:该实验群体具有较为丰富的遗传多样性,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体间的遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。实验所选的22个微卫星标记具有高度多态性,可作为分析红鳍东方鲀群体遗传多样性的候选标记。     

西藏岗巴绵羊种质特异标记研究

为研究岗巴绵羊种质特异标记,采集岗巴羊耳组织样品和其他藏区绵羊品种120只,进行岗巴绵羊群体遗传多样性对比,共检测到384个样品DNA的分型,选取合格的样本,岗巴绵羊检测到604 554个SNPs位点,大部分样本的位点检出率达到94%以上。为了对比其他藏系绵羊微卫星标记绵羊品种间的遗传关系~([3]),对岗巴绵羊全基因组扫描、群体进化关系进行分析结果显示,岗巴绵羊单独聚成一支,与其他群体无任何亲缘关系。为今后开展绵羊分子育种和品种保种、提高经济性状提供了分子遗传的理论依据。     

海水养殖中华鲟后备亲本的血液生化特征

为探究海水养殖条件下中华鲟(Acipenser sinensis)后备亲本的生理状况,对海水养殖5年的13尾中华鲟后备亲本的28项血液生化指标进行了测定。结果表明：中华鲟血液谷丙转氨酶(alanine aminotransferase, ALT)、谷草转氨酶(aspartate aminotransferase, AST)和总胆红素(total bilirubin, TBIL)含量分别为(1.48±0.93) U·L^-1、(45.70±19.07) U·L^-1和(0.83±0.39)μmol·L^-1,尿酸(uric acid, UA)和肌苷(creatinine, CR)浓度分别为(11.58±8.80)μmol·L^-1和(15.98±5.12)μmol·L^-1;28项血液生化指标中,葡萄糖(glucose, GLU)、甘油三酯(triglyceride, TG)、总胆固醇(total cholesterol, TC)、低密度脂蛋白(low density lipoprotei...     

基于微卫星标记对长江江苏段鳙增殖放流效果评估

为评估长江江苏段鳙(Aristichthys nobilis)增殖放流效果,本研究基于微卫星标记的亲子鉴定技术,选用 10对扩增效果稳定的微卫星荧光标记引物,结合毛细管电泳对江苏省内良种场 563 尾鳙亲鱼和长江江苏段 687 尾回捕鳙进行基因分型,并对位点多态性及亲子鉴定结果进行了分析。结果表明,各位点等位基因介于 19~55 之间,其观测杂合度为 0.530~0.909(平均值为 0.748),期望杂合度为 0.818~0.929 (平均值为 0.882),多态性信息含量为0.797~0.924 (平均值为 0.871);Cervus3.0 模拟结果显示,当双亲未知且置信度为 95%时, 10 个微卫星位点的累积非亲权排除率为 99.996%。亲子鉴定结果发现,所有回捕鳙中有 42 尾与亲本之间存在亲子关系,被确认来源于鳙增殖放流群体,并由此推算此次评估亲本的放流子代对长江江苏段野生群体的贡献率为 6.11%。结果显示该研究进行的鳙亲子鉴定技术可为长江鳙增殖放流效果评估工作提供可靠的数据支撑,为长江渔业资源管理提供参考资料。     

鳙在冷藏和微冻贮藏下品质变化规律的研究

文章研究了鳙（Aristichthys nobilis）在不同贮藏温度下的品质变化规律。将经过前处理的鳙分别贮藏在4℃和-3℃中,通过测定其感官和理化指标,即总挥发性盐基氮（TVB—N）、硫代巴比妥酸（TBA）、鲜度K值、pH、汁液流失率和蒸煮损失率,评价不同温度对鳙品质的影响。结果显示,鳙分别在4℃贮藏至第10天和-3℃贮藏至第30天时失去感官食用品质。但K值在4℃贮藏至第6天和-3℃贮藏至第20天超过临界值。4℃下鳙的TVB—N显著高于-3℃。在整个贮藏过程中TBA均未超过2．00mg·kg-1。的限量值,说明TBA不适合单独用于评价鳙的品质变化。pH分别在4℃贮藏至第4天和-3℃贮藏至第10天达到最低值,分别为6．81和6．76。与4℃相比,-3℃下鳙的汁液流失率和蒸煮损失率较高,这可能与-3℃微冻条件下鳙肉组织冰晶生成导致持水力下降有关。综合K值和感官指标的变化,4℃和-3℃下鳙的货架期分别为6d和20d,且-3℃贮藏能明显延长鳙的货架期。     

沿黄低洼盐碱地池塘主养鳙鱼试验

鳙鱼,又称为花鲢鱼,地方名胖头鱼,是我国传统的四大家鱼之一,鳙鱼头可以补脑,入药治风湿头痛,鳙鱼肉性味甘、温,有暖胃益筋骨之功效.近几年市场上鳙鱼的价格倍增,用鳙鱼头熬汤、炖砂锅鱼头、做鱼头泡饼已风行全国.     

Effect of stunting of juvenile bighead carp Aristichthys nobilis (Richardson) on compensatory growth and reproduction

The study was conducted to determine if stunting of young bighead carp Aristichtys nobilis (Richardson) would affect subsequent growth and reproduction. Juveniles (3 g each) were stocked directly in cages (control) in a lake or stunted in tanks for 6, 12, 18 or 24 months before being stocked in cages. Initially, body weights and lengths of stunted carp in cages were significantly lower (P<0.05) than those of the control fish. The carp stunted for 6, 12 and 18 months showed growth compensation, although their weights and lengths were slightly lower than those of the control fish. The body weight and length of fish stunted for 24 months were the lowest throughout the rearing period. Sexual maturation occurred only in the control fish and those stunted for 6 and 12 months. However, the onset of gonad maturity was delayed significantly (P<0.05) in males stunted for 12 months and in both groups of stunted female fish. The relative fecundity (44 000–56 000 eggs per kg body weight) and number of 3‐day‐old larvae produced per female (78 000–89 000) did not differ significantly among the three treatments (P>0.05), but production was somewhat lower in fish stunted for 12 months.     

海藻糖对冻藏过程中鳙肌原纤维蛋白冷冻变性的影响

从鳙（Aristicktkys nobilis）肌肉中提取肌原纤维蛋白，在蛋白溶液中加入10％（W／V）蔗糖、山梨醇混合物（质量比1：1）或10％（W／V）海藻糖。蛋白溶液在-18℃下冻藏30d，测定冻藏过程中肌原纤维蛋白盐溶性、Ca^2＋-ATPase活性、活性巯基含量、总巯基含量、表面疏水性变化和冻藏结束时的SDS-PAGE。测定结果表明，蔗糖、山梨醇混合物和海藻糖都抑制了冻藏过程中肌原纤维蛋白盐溶性、Ca^2＋-ATPase活性、巯基含量的降低和表面疏水性的升高，延缓了鳙肌原纤维蛋白的冷冻变性。海藻糖比蔗糖、山梨醇混合物有更好的抗冷冻变性效果。[中国水产科学，2006，13（4）：637—641]     

Structural characterization and antitumor and mitogenic activity of a lectin from the gill of bighead carp (Aristichthys nobilis)

In this study, we investigated the gross structure, secondary structure, and antitumor and mitogenic activity of GANL, a lectin from the gill of bighead carp (Aristichthys nobilis). We used infrared spectroscopy, β-elimination, and circular dichroism spectroscopy to determine the structure of GANL. We measured antiproliferation activity against six human tumor cell lines and mitogenic activity against murine splenocytes using the MTT assay. Based on infrared spectroscopy and β-elimination, we conclude that GANL is a glycoprotein. The protein and carbohydrate moieties are joined by O-glycosidic linkage. A circular dichroism spectroscopic analysis revealed that the secondary structure of GANL consists of α-helices (34.8 %), β-sheets (12.1 %), β-turns (24.5 %), and unordered structures (33.0 %). GANL exerted potent antitumor activity against the HeLa cell line (IC₅₀ = 11.86 μg/mL) and a mitogenic effect on murine splenocytes in the MTT assay. GANL, a lectin that is isolated from the gills of bighead carp, is a glycoprotein with potent antitumor and mitogenic activity.     

Increasing the genetic uniformity of bighead carp [Aristichthys nobilis (Richardson)] by means of spontaneous diploidization of gynogenetically activated eggs

Three groups of gynogenetic diploid bighead carp were successfully obtained by means of artificial gynogenesis. The activation rates of gynogenesis varied from 75.9% to 98.8%, and the frequency of spontaneous diploidization was around 0.4%. Over 2000 normally gynogenetic diploid fry were obtained in three gynogenetic groups. The haploid karyotype consisted of nine metacentric, 12 submetacentric, three subtelocentric chromosomes and 45 arms. The chromosome number was 48 from gynogenetic diploid. The results showed that the genetic material of offspring was maternal. The aneuploid hybrid embryos of bighead carp and Xingguo red common carp with chromosome numbers ranging from 28 to 73 did not survive post hatch, likely the result of incompatibility between the nucleus and the cytoplasm of two parents. Sixty RAPD primers from three groups were used for total DNA amplification of gynogenetic offspring, maternal and ‘paternal’ fish. A total of 451 bands were amplified from three kinds of samples above. From maternal bighead carp, 256 bands were amplified; however, there were 251 shared bands between maternal and gynogenetic bighead carp. From artificial gynogenetic offspring, two ‘paternal’ DNA segments without an expression function were found. An UPGMA tree showed that gynogenetic offspring were closely clustered and the genetic identity among them was very high (0.956).     

食盐浓度对腌制鳙鱼片冷藏过程中品质变化的影响

为了详细了解不同食盐浓度腌制处理对冷藏在(4±1)℃条件下鳙鱼(Aristichthys nobilis)品质的影响,测定了感官分值、挥发性盐基氮(TVB-N)、菌落总数(TAC)、硫代巴比妥酸值(TBA)、腺苷三磷酸(ATP)关联物等指标。结果显示,感官分值随贮藏时间的延长逐渐降低,且对照组、T1组(1.5%盐腌)和T2组(4.0%盐腌)的感官品质分别在4 d、4 d后和8 d后不可接受。此外,TVB-N、TAC、次黄嘌呤(Hx)和K值在贮藏期间呈增长趋势,T2组在这些指标中显著低于对照组和T1组(P0.05)。TBA值也呈增长趋势,但T2组的TBA值显著高于其他两组(P0.05);这表明T2组脂肪氧化程度更严重。研究表明,1.5%的盐腌处理对冷藏过程中鳙鱼片的品质劣变有一定的延迟作用,但效果并不明显;4.0%的盐腌处理能显著减缓冷藏过程中的品质变化,延长货架期,但会促进脂肪的氧化。