利用SSR和ISSR分子标记分析崇明白扁豆种质资源的遗传多样性

利用大豆SSR和ISSR分子标记对利马豆、白扁豆、大白芸豆共64份材料进行遗传多样性分析。在48对大豆SSR引物中,筛选出带型清晰、多态性较好的引物11对,扩增出84条多态性条带,每对SSR引物扩增出的多态性条带从3条到12条不等,平均7. 6条;从100条ISSR引物中,筛选出扩增稳定、多态性好的引物19条,扩增出151条多态性条带,每条ISSR引物扩增出的多态性条带从5条到13条不等,平均7. 9条。综合两种分子标记的数据,用NTSYSpc V2. 11软件进行聚类分析,可将64份供试材料分为4个类群:材料64独自为第I类群;材料60、62和63为类群II;材料27和61为类群III;其余材料均为崇明白扁豆,为类群IV。结果显示:所收集的崇明白扁豆材料之间的遗传距离很小,与材料61差异不大,说明崇明白扁豆遗传背景比较狭窄,但与外地的白扁豆和大白芸豆能有效区分。     

应用ISSR标记研究黑麦属植物遗传多样性

对黑麦属(Secale L．)4个种8个亚种共16份材料进行了ISSR标记分析。结果表明。被测材料间ISSR标记多态性较高。35个ISSR引物中。有7个引物(占20％)可扩增出清晰的且具多态性的条带。7个引物共扩增出269条带，其中229条(占85．1％)具有多态性，每个引物可扩增出17～70条多态性带．平均32．7条。ISSR标记遗传相似性系数(GS)变异范围为0．478～0．935，平均值为0．732。聚类分析表明，16份材料可聚为5类。其中S．sylvestre与其它材料问的遗传分化最大，单独聚为一类。据此认为，ISSR标记可以有效地评价黑麦属植物遗传多样性，并可为黑麦属系统学研究提供分子证据。     

SSR标记分析谷子遗传多样性

简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用来自山西、西藏、黑龙江等省区的品种共96份,利用SSR分子标记技术,引用小麦的SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从100多对引物中筛选到5对有多态性、扩增稳定、重复性好的引物,34个多态位点的平均PIC值为0.7324,96份材料被聚成5大类。     

基于ISSR标记的杜鹃花种质资源遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对25份杜鹃花种质的遗传多样性进行了分析。用筛选出的15条引物扩增得到210条多态性条带,多态性位点百分比为100%。杜鹃花在物种水平上表现出较高的遗传多样性,其Nei’s基因多样性指数为0.4096,Shannon’s多样性指数为0.5932,遗传相似系数为0.467⁰.810。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,将25份杜鹃花样品聚为2大类群,其中睫毛萼杜鹃单独为一类,其他杜鹃样品为另一类。杜鹃花突变体‘胭脂蜜’与‘大鸳鸯锦’间的遗传相似系数最高。     

基于ISSR标记的杜鹃花种质资源遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对25份杜鹃花种质的遗传多样性进行了分析。用筛选出的15条引物扩增得到210条多态性条带,多态性位点百分比为100%。杜鹃花在物种水平上表现出较高的遗传多样性,其Nei’s基因多样性指数为0.4096,Shannon’s多样性指数为0.5932,遗传相似系数为0.467~0.810。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,将25份杜鹃花样品聚为2大类群,其中睫毛萼杜鹃单独为一类,其他杜鹃样品为另一类。杜鹃花突变体‘胭脂蜜’与‘大鸳鸯锦’间的遗传相似系数最高。     

SSR和ISSR分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用

SSR（Simple Sequence Repeat）和ISSR（Inter-Simple Sequence Repeat）技术是在PCR基础上发展起来的两种DNA多态性检测技术，已开始应用于基因组研究的各个领域。概述了SSR、ISSR反应的原理、特点，总结了其在植物亲缘关系和遗传多态性研究、DNA指纹库的建立、遗传图谱的构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用，并肯定了SSR、ISSR在植物遗传育种领域的广阔应用前景。     

柿属植物种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】用SSR标记分析柿属植物种质资源的遗传多样性,为其有效利用提供依据。【方法】以7个柿种或变种的48份材料为研究对象,利用30对SSR标记对其进行遗传多样性分析。采用NTSYS-pc2.10e分析软件对SSR数据进行聚类分析。【结果】共检测到83个等位基因,每对SSR引物检测到3～6个等位基因变异,平均为4.9个。供试柿品种间的遗传相似系数介于0.397～1.000,平均为0.698,范围较大,说明柿资源种类较多、来源较广泛、遗传多样性较丰富。48份柿材料在相似系数为0.66水平上分为4大类,第Ⅰ类包括浙江柿和5个美洲柿及1个柿品种;第Ⅱ类只有2个资源,即油柿和野柿;第Ⅲ类为柿种下的大部分柿品种(27个);第Ⅳ类包括2个有核君迁子、3个无核君迁子、2个野柿、3个金枣柿及2个柿种下的品种;不同种类的柿种质资源基本分别聚在一起。同一种类下的不同类型也能区分开来。【结论】SSR标记是研究柿种质资源遗传多样性的有效手段。     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

利用SSR分子标记研究苦瓜资源的遗传多样性

[目的]研究苦瓜育种资源的亲缘关系和遗传多样性,为苦瓜品种的创新和选育提供理论依据.[方法]利用16对SSR引物、SSR分子标记技术对50个苦瓜基因组进行遗传多样性和聚类分析.[结果]16对苦瓜SSR引物共扩增出90条等位基因,多态性位点百分率P、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、Shannon-Wiener指数(H’)、多态信息含量(PIC)和遗传相似系数的均值分别为:97.78%、0.853、7.728、2.087、0.834和0.706.UPGMA聚类分析可将50份苦瓜聚为6大类,第2类包括18份材料、2个亚类组成的遗传多样性,是最为丰富、数量最大的一个群体,包含了3种类型的苦瓜.[结论]50份苦瓜材料的基因组遗传较为复杂,遗传信息较为丰富,采用定向连续性选育对苦瓜性状的累积具有重要作用.     

利用叶片形态学性状和ISSR标记检测柚类的遗传多样性

【目的】研究柚类资源的遗传多样性,为柚类分类提供新思路。【方法】以20个柚类品种为研究对象,利用数量分类和统计方法,对各品种叶片的8个形态特征进行了测量,依此计算出5个相对特征值,辅以6个特征描述符,将柚类品种进行叶片聚类分析,同时利用ISSR分子标记方法对20个柚类品种进行遗传多样性研究。【结果】叶片形态研究结果表明,不同柚类品种间叶片形态差异很大,用UPGMA法将20个柚类品种分为5组。而ISSR分子标记结果表明,11个引物共扩增出83个条带,其中72个条带具有多样性,多态条带比率(PPL)=86.75%,平均观测等位基因数(Na)为1.867 5,有效等位基因数(Ne)为1.478 1,Nei’s基因多样性(h)为0.282 9,Shannon信息指数(I)为0.428 4,显示出丰富的遗传多样性;用UPGMA法将柚类品种可分为4类。叶片形态聚类结果与ISSR分子标记聚类结果有一定分歧,可能是因为叶片形态和分子标记属于不同性质的位点所致。【结论】结合形态学标记和分子标记对柚类品种进行了遗传多样性评价,揭示了柚类品种间丰富的遗传多样性,表明利用叶片形态学性状和ISSR分子标记都能很好地进行柚类品种分类,并能以此为依据通过多种手段选择或繁育一些适合国际口味的新品种、新品系。     

57株镰孢菌ISSR分子标记及其遗传多样性分析

为明确美丽组尖孢镰孢菌和李瑟组镰孢菌种间和种内的差异与亲缘关系,以采自不同寄主的57株镰孢菌(Fusarium)为研究对象,采用ISSR-PCR标记技术对其进行遗传多样性分析,结果表明:利用11条引物对供试的3种菌株进行ISSR-PCR扩增,共扩增出121条条带,其中多态性位点为117个,多态性比例为96.7%,平均每条引物产生条带为11条。说明镰孢菌基因组DNA的SSR区域具有明显的多态性,镰孢菌的遗传多样性采用ISSR技术是可行的分析。聚类分析结果表明:57个菌株间的遗传相似系数为0.568～0.992,当相似系数为0.568时,供试菌株可明显分为两大类群,第一类群IG-I为1～35,全部为美丽组尖孢镰孢菌,第二类群IG-II为36～57,全部为李瑟组镰孢菌;第二类群又可以分为两大亚类群,第一亚类为轮枝镰孢菌,第二亚类为层生镰孢菌。ISSR类群划分与镰孢菌菌种分类之间具有一定的相关性,而与其地理来源无相关性。本研究镰孢菌种间与种内均表现出明显的遗传差异。     

基于ISSR分析湖北省枫香资源的遗传多样性

为了给湖北省枫香资源的保护与利用提供科学依据,选取湖北省远安（YA）、红安（HA）、赤壁（CB）、竹溪（ZX）、南漳（NZ）、利川（LC）和武汉（WH）的枫香资源为研究对象,并以安徽黄山（HS）、重庆丰都（FD）、江西铜鼓（TG）和海南霸王岭（BWL）的枫香资源为对照,采用ISSR分子标记对这11个枫香群体的335份个体样品进行了遗传多样性分析。结果表明：（1）湖北省7个枫香群体的215份样本共扩增得到334个条带,其中多态性条带306条。群体内的遗传变异为84.19%,群体间遗传变异为15.81%,基因流（N_m）为2.663 3。在群体内部,HA和WH的遗传多样性最丰富,ZX的遗传多样性最低。ZX和LC的亲缘关系最近,YA和LC的亲缘关系最远。当遗传相似系数为0.94时,可将7个群体分为4个大类,NZ、LC和ZX群体聚为一类,YA和WH群体聚为一类,HA群体、CB群体分别单独聚为一类。 （2）11个枫香群体共扩增出349个条带,其中多态性条带320个,平均多态性百分比为91.69%。不同群体的多态位点百分率范围为54.29% ~ 77.14%,平均值为67.01%。WH和HA的遗传多样性最丰富,BWL的遗传多样性最低。11个群体中,18.01%的遗传变异存在于群体间,群体内的遗传变异为81.99%,基因流（N_m）为2.276 5。在群体内部,HA和WH的遗传多样性最丰富,BWL的遗传多样性最低。遗传相似度和遗传距离均显示,ZX和TG的亲缘关系最近,TG和BWL的亲缘关系最远。当遗传相似系数为0.93时,可将11个群体分为四大类：第1类包括NZ、ZX、TG和LC;第2类包括FD、HA和CB;第3类包括YA、WH和HS;第4类是BWL单独一类。 可见湖北省7个枫香群体的聚类结果与其自然地理分布大致吻合,可分为东部、中部和西部三大类;4个省外枫香群体中,除BWL单独聚成一类外,其余3个群体（TG、FD和HS）并未与湖北省内地理位置临近的群体聚为一类。     

基于表型性状和SSR标记的山西省青狗尾草资源遗传多样性分析

利用表型性状和SSR标记对山西省41份青狗尾草资源进行遗传多样性分析。在表型水平,通过分析每份资源的株型、穗型、叶型等14个表型性状指标的测定结果,发现山西青狗尾草资源具有较为丰富的表型多样性,其中叶片绿色的深浅即叶绿素含量遗传多样性指数最高,为2.76,其余性状遗传多样性指数也大多保持在2.0左右;大多数青狗尾草的穗型为纺锤形,籽粒颜色和形状分别是青色和纺锤形。通过表型聚类可将山西青狗尾草资源划分为3个类群:第1类主要表现为株高、穗数等整体指标居中;第2类主要表现为植株小,穗数少,单株干重低等;第3类主要表现为植株高大,穗数多,穗重等。聚类分析发现表型多样性与山西特定生态地理区划有一定相关性。在分子水平,利用20对SSR引物共检测到102个等位变异,平均每个位点5个,基因多样性与PIC的平均值分别为0.66和0.61。虽然聚类分析、群体结构分析和主成分分析均将41份青狗尾草资源分为了3类,但3种方法对狗尾草资源的划分结果并不完全一致,且划分出的3个类群与山西的生态地理区划也不完全一致,表明不同表型和遗传背景的青狗尾草资源在山西混合分布,区域之间没有明显界限。     

利用SSR和ISSR标记技术构建西瓜分子遗传图谱

为了促进西瓜饱和遗传图谱的构建、重要农艺性状的QTL分析以及以图谱为基础的克隆,利用可溶性固形物含量高、皮薄、感枯萎病的栽培西瓜自交系97103和可溶性固形物含量低、皮厚、抗病的野生西瓜种质P1296341为亲本,获得F8的重组自交系群体,通过16个SSR引物对和5个ISSR引物对该群体进行扩增,建立了一个包括38个SSR标记和10个ISSR标记组成的分子图谱,该图谱总长558．1cM,平均图距为11．9cM。     

EST-SSR标记应用于麦冬类植物遗传多样性研究

为研究麦冬类植物材料的遗传多样性,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,用8对EST-SSR引物在32份麦冬类植物材料进行扩增检测,并对样本进行聚类分析。结果表明:8对引物的PIC(Polymorphic information content)位于0~0.869,平均值0.567,引物1扩增出最多的等位基因数,占总值的20.41%;遗传距离矩阵研究发现,个体1和个体23间的遗传距离最大为2.48,说明二者遗传分化程度最大,个体18和个体23地理来源虽然不同,但二者间遗传距离最小,表明二者间有一定程度的基因交流现象;同时,居群c(野生杭麦冬)内的平均遗传距离最小为0.03,居群d(阔叶山麦冬)内的平均遗传距离最大为0.93。在聚类分析中,32份材料被分为2大类,在主坐标分析中,32份材料被分为3大类,2种分析结果具有相似性。研究表明EST-SSR标记可以很好地对麦冬类植物材料进行划分。     

长白山区不同花色杓兰属植物遗传多样性的ISSR分析

【目的】分析长白山地区不同花色杓兰属植物的遗传多样性。【方法】采用ISSR分子标记技术,对长白山区8个花色11个杓兰属植物个体的遗传多样性进行分析,用Popgen32软件分析Nei’s基因多样性和Shannon信息指数,采用UPGMA法进行聚类分析。【结果】筛选出11条ISSR引物,共扩增出94条条带,其中多态性条带86条,多态基因位点比例为91.5%,平均有效等位基因数为1.418 2,平均Nei’s基因多样性为0.250 0,平均Shannon信息指数为0.369 7,样品间的遗传距离为0.010 5～0.969 7。【结论】长白山区杓兰属植物具有较丰富的遗传多样性,聚类结果与形态学分类结果基本一致。     

菊黄东方鲀野生和人工选育群体遗传变异的SSR和ISSR分析

利用SSR和ISSR两种分子标记技术,对菊黄东方鲀的人工选育群体(SH)和野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了联合分析。SSR分析的结果显示,14个微卫星位点总共获得了146个等位基因,选育和野生群体的平均期望杂合度(He)分别为0.730 0和0.832 3,平均多态信息含量(PIC)分别为0.705 1和0.813 6;ISSR结果显示,选育和野生群体的平均Nei’s基因多样性指数(H)分别为0.267 2和0.282 3,平均Shannon信息指数(I)为0.407 2和0.425 6,表明菊黄东方鲀选育群体的遗传变异程度低于野生群体。此外,两种分子标记遗传分化的结果显示,两个群体的遗传分化指数分别为0.061 9(SSR)和0.061 5(ISSR),表明两个群体已经产生了中等程度的遗传分化。综上,本单位菊黄东方鲀的人工选育群体仍然具有相对较丰富的遗传变异以供进一步的遗传改良。     

省沽油ISSR引物筛选及居群遗传多样性初探

测试和筛选出14条多态性较高的省沽油ISSR有效引物,并对安徽省野生省沽油的遗传多样性进行初步调查分析。共扩增出143个多态性位点,居群水平平均有效等位基因数ne为1.271,期望杂合度He为0.165,Shannon多态性信息指数I为0.257,物种水平遗传多样性参数分别为ne=1.341,He=0.227,I=0.370;居群间遗传分化系数为Gst=0.271。初步揭示了野生省沽油的遗传多样性,同时表明ISSR标记对于研究省沽油遗传多样性的适用性和可靠性,研究结果将为进一步深入研究省沽油多居群的遗传多样性和资源保护提供帮助。     

披碱草属12个物种遗传多样性的ISSR和SSR比较分析

 为了比较ISSR和SSR标记在披碱草属（Elymus L.）植物研究中的可应用性，用33个ISSR引物和137对小麦SSR引物对该属12个物种进行了分析。筛选出18个ISSR引物和14对小麦SSR引物可用于遗传多样性分析。12个物种的PCR分析表明，18个ISSR引物和14对SSR引物的多态性位点百分率分别为84%和91%，均表现出较高多态性，基于两种标记的种间聚类状况与物种的倍性水平和形态学相似程度存在较高一致性。在12个种间，ISSR的标记指数MI值（10.2）为SSR（4.3）的2.4倍，表明ISSR具有更大的标记效率；但在亲缘关系较近的肥披碱草、圆柱披碱草、麦宾草和披碱草等4个种间，SSR具有更大的标记效率。Mantel检测显示，在12个种间两种标记的遗传相似性显著相关（r= 0.856，t= 6.446），但在4个近亲缘关系种间相关不显著（r= 0.679，t= 1.595）。两种标记的标记效率和相关性在不同亲缘关系水平上的改变，说明不同的标记具有不同的多态性检测范围。     

两种壳色文蛤选育亲本及其子一代的SSR和ISSR分析

利用9对SSR引物和6条ISSR引物对江苏省文蛤良种场保存的红、黄两种壳色文蛤选育亲本（分别以PR和PY表示）及其子一代（红壳色文蛤亲本的后代产生壳色分离分别为红壳色子一代RF₁R、黄壳色子一代 RF₁Y,黄壳色文蛤亲本的后代全部为黄壳色YF₁）进行遗传多样性监测。9对微卫星引物在文蛤5个群体的多态信息含量（PIC）在0.643 0~0.704 9之间,表观杂合度（Na）在0.745 5~0.794 6之间,期望杂合度（Ne）为0.717 5~0.752 0。6条ISSR引物在5个文蛤群体中多态位点百分率为92.11%~97.37%,Shannon多样性指数（I）PR最高为0.503 3,RF₁Y最低为0.412 6。两种标记均显示了较高的多态性。与红、黄壳色亲本相比,3种壳色后代的遗传多样性均未发生显著变化。两种标记对5个文蛤群体的聚类结果基本一致：5个群体聚为两大类,红壳色亲本文蛤及其子代为一类,即RF₁R群体和RF₁Y群体先聚一起, 然后再与PR群体聚在一起;另外黄壳色亲本文蛤及其子代为一类,即PY群体与YF₁群体聚一起,最后统一聚为一类。就整体而言,两种标记所检测的多样性均在同一水平,也就是说经过一代的选育,其多样性水平变化并不明显,仍保持较高水平,可以继续进行下一代人工繁殖选育。