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相似文献
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1.
为了快速、准确地鉴别吸血蠓近似种,弥补传统形态学鉴定方法在种类鉴定中存在的操作繁琐、难度大等不足,提出了基于线粒体COⅠ基因序列的吸血蠓近似种鉴定方法。以二囊亚属中的黑色库蠓(Culicoides pelius)、无害库蠓(Culicoides innoxius)、白带库蠓(Culicoides albifascia)、不显库蠓(Culicoides obsoletus)、东方库蠓(Culicoides orientalis)、苏格兰库蠓(Culicoides scoticus)和琉球库蠓(Culicoides actoni)等7种库蠓近似种的部分线粒体COⅠ基因序列作为分析对象,基于Kimura 2-parameter模型分析遗传距离,同时应用MEGA6. 0软件以荒川库蠓(Culicoides arakawai)为外群构建系统发育树(邻接法和最大似然法)。经过Clustal X序列比对及人工校对、编辑后,7种吸血蠓COⅠ基因长度为494 bp,遗传距离在种内和种间具显著差异(P 0. 05),系统发育树中不同库蠓种类各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支。本研究初步证实了线粒体COⅠ基因序列可用于吸血蠓近似种的分子鉴定。  相似文献   

2.
以采自我国14个省(自治区)的77种库蠓标本为研究对象,测定分析库蠓的线粒体COⅠ、Cyt b、16S rDNA及核糖体ITS1-ITS2基因序列,并构建系统发育树.多基因聚类分析显示:77种库蠓分别隶属于屋室亚属、带纹亚属、库蠓亚属、二囊亚属、血色亚属、三囊亚属和单囊亚属,该结果与形态学鉴定结果基本吻合,表明基于多基因的分子分类技术可用于库蠓的种类鉴定.  相似文献   

3.
【目的】建立基于线粒体COⅠ和COⅡ基因序列的沙果小食心虫、梨小食心虫分子鉴定方法。【方法】田间采集试虫,利用PCR和基因测序技术,扩增2种食心虫的线粒体COⅠ和COⅡ基因,将获得的COⅠ和COⅡ基因序列在GenBank中进行BLAST比对,并通过GeneDoc软件分析基因序列相似性,利用Mega 5.05软件分别计算基于COⅠ和COⅡ基因序列的遗传距离,并分别构建COⅠ和COⅡ基因的系统发育树。【结果】在分析的2种食心虫样本中,沙果小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.4%以上,梨小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.6%以上,2种食心虫COⅠ基因的种间相似度为95.0%~95.6%;沙果小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.0%以上,梨小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.3%以上,2种食心虫COⅡ基因的种间相似度为94.6%~95.5%;2种食心虫COⅠ基因种间存在30个稳定变异位点,COⅡ基因种间有26个稳定变异位点。2种食心虫种内遗传距离为0.001~0.006(COⅠ)和0.001~0.010(COⅡ),种间遗传距离为0.046~0.052(COⅠ)和0.047~0.057(COⅡ),基于COⅠ和COⅡ基因的种间遗传距离均显著大于种内遗传距离。分别构建COⅠ和COⅡ基因单倍型的系统发育树,结果显示,在2个基因的系统发育树上,2种食心虫的基因序列分别位于不同的进化支,且置信度均达到100%,同种食心虫的基因序列位于相同的进化枝。【结论】可以根据本研究所用的COⅠ和COⅡ基因序列的差异性,进行沙果小食心虫和梨小食心虫的分子鉴定。  相似文献   

4.
利用几何形态学方法对库蠓6亚属的翅形进行比较分析,以期进行亚属鉴定与亲缘关系探讨。采用地标点法对6亚属20种63头雄性库蠓标本的翅进行标点,通过计算质心值、普氏叠加、主成分分析、典型变量分析、聚类分析等对其翅形进行比较和系统发育分析。质心值结果显示,6亚属库蠓翅的大小为二囊亚属>三囊亚属>带纹亚属>库蠓亚属>单囊亚属>屋室亚属,但差异不显著(P=1.961>0.05),说明翅的大小不能作为区分亚属的依据。主成分分析显示,主成分1(73.648%)和主成分2(12.372%)占总变异量的86.020%,可以解释库蠓属6亚属翅的主要差异;网格图表明差异的部位主要集中于径中横脉、翅基部、径1室、径2室和中4室内。典型变量分析显示,6亚属库蠓翅的形状变化差异显著(P<0.05),其中单囊亚属和三囊亚属的翅形差异最大,带纹亚属和屋室亚属的翅形差异最小,表明通过翅形差异能准确地将库蠓各亚属种类进行归属。聚类分析显示,6亚属库蠓中带纹亚属与屋室亚属的亲缘关系最近,三囊亚属与库蠓亚属的亲缘关系次之,单囊亚属与三囊亚属的亲缘关系最远,此结果与典型变量分析结果一致。综上,几何形态学可作为库蠓属亚属间亲缘关系与分类研究的辅助工具。  相似文献   

5.
为确定危害黑龙江地区红松(Pinus koraiensis)、樟子松(P.sylvestris var.mongolica)树干及侧枝的梢斑螟属(Dioryctria)昆虫种类,通过比对幼虫毛序、成虫外部形态及外生殖器特征对其进行鉴定。同时,利用分子生物学技术辅助鉴定,依据线粒体COI基因计算样本与其他梢斑螟种类间的遗传距离,分别构建ML树和NJ树,以确定其系统发育关系。结果显示:样本的形态特征与赤松梢斑螟(D.sylvestrella)相同;样本的COI基因序列相似度较高,且种群间存在共享单倍型(Hap3);样本与在GenBank记载的赤松梢斑螟间的遗传距离(0.004)处于种内遗传距离范围(0~0.005),且在系统发育树中与赤松梢斑螟聚为一支。因此,可以确定所鉴定的样本均为赤松梢斑螟。依据COI基因序列的分析结果,能够有效确定物种及分类地位,并且与传统划分结果相吻合,说明COI基因适用于梢斑螟属昆虫的鉴定和系统发育的研究。  相似文献   

6.
非洲马瘟病毒引起的非洲马瘟是马属动物的一种急性或亚急性虫媒传染病,在非洲撒哈拉沙漠以南是地方性流行病。传播媒介是库蠓的某些种类,其中最重要的是拟蚊库蠓(Culicoides.Imico-la)。本文概括了非洲马瘟的病原学、流行病学特征、临床表现、诊断及疫苗的研究进展,为进一步了解和研究该病提供依据。  相似文献   

7.
安徽优势库蠓实验室饲养的研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
本文从研究安徽省的库蠓媒介传染病出发,调查了省内四种优势库蠓(尖喙库蠓、原野库蠓、日本库蠓、荒川库蠓)的吸血嗜性和幼期孽生地,研究了实验室饲养库蠓的配套技术,完成了日本库蠓从卵发育到成蠓的实验饲养,成虫率为4.7%。  相似文献   

8.
为探索DNA条形码在沼虾属(Macrobrachium)种类鉴定中的可行性,对21种沼虾(亚洲群体7种和美洲群体14种)的COⅠ基因片段序列进行分析。结果显示:沼虾COⅠ基因组成偏倚明显,AT含量(57.74%)高于GC(42.26%),GC在各个密码子位点的含量由高到低分别为第1密码子位点(49.24%)、第2密码子位点(40.72%)、第3密码子位点(36.82%);基于Kimura2–Parameter模型分析21种沼虾的种间和种内平均遗传距离分别为0.753和0.005,种间平均遗传距离是种内遗传距离的150.6倍,符合HEBERT所推荐的鉴定不同物种的最小有效种间遗传距离为0.02以及种间遗传距离大于或等于10倍种内遗传距离的标准;在分子系统发育树中,NJ树和ML树的拓扑结构基本一致,亚洲种群和美洲种群分别以100%和82%的置信度形成2个姐妹支,并且同种沼虾都以较高的置信度聚集在同一分支内。研究结果证明,线粒体COⅠ基因能有效地对沼虾属的种类进行鉴别。  相似文献   

9.
为探讨DNA条形码基因COI序列在根口水母科Rhizostomatidae水母物种鉴定中的有效性,分析了根口水母科3属6种水母及口冠水母科1属1种共计265条线粒体COI基因同源序列,利用MEGA 3.0计算根口水母科种内与种间的遗传距离,并基于邻接法(Neibour-Joining,NJ)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian,BI)构建了其分子系统进化树。结果表明:4个属7种水母种类COI基因同源序列长度为482 bp,种间遗传距离为0.065~0.235,平均遗传距离为0.198,种内遗传距离为0~0.032,平均为0.006,其中种间平均遗传距离(0.198)显著大于种内平均遗传距离(0.006),种间遗传距离是种内遗传距离的33倍;根口水母科水母种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离(0.02);采用NJ法、ML法和BI法构建的分子系统树拓扑结构基本一致,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系群,表明COI基因可作为根口水母科水母种类准确鉴定的有效条形码基因;系统进化树显示,海蜇属为单系群,系统进化分析结果与形态分类学的观点并不十分一致。研究表明,COI基因序列在根口水母科不同阶元间变异较大,适合于根口水母科水母种类鉴定及群体水平的分子标记。  相似文献   

10.
【目的】比较分析20种溪蟹的线粒体COI基因序列,并基于COI基因序列构建溪蟹科系统发育进化树分析不同种类间的亲缘关系,探究COI基因作为分子标记在溪蟹物种鉴定中的适用性,同时为溪蟹科的物种鉴定及系统发育研究提供理论依据。【方法】测定2种龙溪蟹属(Longpotamon)代表种的线粒体COI基因全序列,结合GenBank中已公布的18种溪蟹科COI基因全序列,利用MEGA X计算其碱基组成、保守位点和遗传距离,采用MatGAT 2.02进行多序列相似性比较分析,并以PhyloSuite构建贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML),探究溪蟹科物种内部的亲缘关系。【结果】20种溪蟹的COI基因序列全长1534~1539 bp,连续编码511~512个氨基酸残基,所有物种均以ATG为起始密码子;碱基含量略有不同,分别为35.9%~40.7%(T)、16.4%~20.2%(C)、26.8%~28.9%(A)和14.7%~17.2%(G),呈明显的AT偏向性。COI基因核苷酸序列及其推导氨基酸序列比较分析结果显示分别有577和98个变异位点,表明密码子存在简并性。20种溪蟹的线粒体COI基因遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均显示,长安龙溪蟹(Longpotamon changanense)与龙溪蟹未定种(Longpotamon sp.)的亲缘关系最近。虽然采用不同方法基于不同数据集构建的系统发育进化树在拓扑结构上有所不同,但所有树型均显示龙溪蟹属(Longpotamon)的小龙溪蟹(L.parvum)并未与该属其他物种聚类在一起,华溪蟹属(Sinolapotamon)、近溪蟹属(Potamiscus)和小石蟹属(Tenuilapotamon)物种也散布在系统发育进化树不同分支中,暗示这些物种在分类鉴定上为非单系群,还需进一步研究确定。【结论】20种溪蟹的线粒体COI基因序列平均种间遗传距离为0.173,均具有区别于其他种类的特异位点,即线粒体COI基因序列可作为溪蟹科物种鉴定的分子标记。  相似文献   

11.
为探讨鹦嘴鱼属(Scarus)鱼类分子系统分类关系,本研究对采集的16种鹦嘴鱼类COⅠ基因部分序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank下载的2种绿鹦嘴鱼属COⅠ基因序列共同分析,利用MEGA7.0软件计算遗传距离,采用最大似然法和邻接法构建分子系统进化树.结果显示:18种鹦嘴鱼大致形成3个分支,其中青鲸鹦嘴鱼属(Cetoscarus)单独形成一支,位于进化树基部;鹦嘴鱼属进化地位较高,位于进化树顶部;绿鹦嘴鱼属(Chlorurus)进化地位介于两者之间.驼背绿鹦嘴鱼(Chlorurus gibbus)及污色绿鹦嘴鱼(Chlorurus sordidus)没有与鹦嘴鱼属聚为一支,而是与绿鹦嘴鱼属聚在一起,支持两者归为绿鹦嘴鱼属的分类观点.许氏鹦嘴鱼(Scarus schlegeli)与棕吻鹦嘴鱼(Scarus psittacus)亲缘关系十分接近,但两者COⅠ遗传距离差异为0.085,大于0.020的种间遗传距离差异临界值,两者应该是不同的物种. 截尾鹦嘴鱼(Scarus rivulatus)与黑斑鹦嘴鱼(Scarus globiceps) COⅠ遗传距离为0.017,小于0.020的临界值.但两者形态存在较大差异,排除同种异名可能性,有可能两者存在自然杂交或基因渗透.  相似文献   

12.
为从分子水平分析我国裸颊鲷属(Lethrinus)鱼类系统分类关系,同时探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因作为分子标记在裸颊鲷属鱼类物种鉴定和亲缘关系的可信性.本研究通过PCR扩增及测序获得了我国南海10种裸颊鲷COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的2种裸颊鲷最后共12种37个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA5.0计算序列的系统进化位点,基于最大似然法构建分子系统进化树.结果表明:12种裸颊鲷种内遗传距离为0.000~0.005,平均遗传距离为0.002,远低于物种鉴定最小种间遗传距离0.020(2%);种间遗传距离为0.074~0.210,平均遗传距离为0.155,种间遗传距离是种内遗传距离77.5倍,表明COⅠ基因可作为裸颊鲷鱼类物种鉴定条形码基因.构建的进化树上,12种裸颊鲷属鱼类主要形成4个分支,长吻裸颊鲷最先分化,单独形成一支(分支Ⅳ),位于进化树基部. 其次是红鳍裸颊鲷也单独形成一支(分支Ⅲ). 剩下的裸颊鲷主要聚为两支:分支I包含5种裸颊鲷,该分支裸颊鲷大部分体型较低,牙齿为犬牙状齿;分支II包含5种裸颊鲷,该分支裸颊鲷体型较高,牙齿为臼状齿,与前人研究将裸颊鲷基本分为高体型臼状齿,低体型犬牙状齿两个类群结果一致.也支持前人推断认为裸颊鲷祖先先形成高体型犬牙状齿特征,后期进化过程中逐渐分化出高体型臼状齿及低体型圆锥状齿的类群的观点.  相似文献   

13.
为在分子层面分析我国眶棘鲈属(Scolopsis)鱼类系统进化关系,同时探讨COⅠ基因作为DNA条形码在眶棘鲈属鱼类物种鉴定的适用性. 本研究对采集的9种眶棘鲈COⅠ基因部分序列进行PCR扩增及测序,结合GenBank下载的5种眶棘鲈COⅠ基因序列共同分析.结果表明,14种眶棘鲈的种内平均遗传距离为:0.002 5;种间平均遗传距离为0.179 4,种间距离是种内的71.76倍. 在分子系统进化树上,14种眶棘鲈主要形成3个分支:分支Ⅰ包含4种眶棘鲈,这4种眶棘鲈眶下骨均具大棘,与形态学分类结果一致;分支Ⅱ包含4种眶棘鲈,分支Ⅲ包含6种眶棘鲈,但进化树部分节点的支持率相对较低,表明COⅠ基因在眶棘鲈属鱼类中可作为有效的DNA条形码基因以区分物种,但不一定适合用于分子系统进化分析. 另外,部分资料中认为是同种异名的条纹眶棘鲈(Scolopsis taeniopterus)与双斑眶棘鲈(Scolopsis bimaculata)、单带眶棘鲈(Scolopsis monogramma),彼氏眶棘鲈(Scolopsis affinis)与黄带眶棘鲈(Scolopsis aurata),本研究COⅠ遗传距离分别为0.160、0.118和0.122,均远大于Hebert推荐的区分不同物种的最小遗传距离2%,各自应分别为独立物种.  相似文献   

14.
【目的】通过对镰孢菌(Fusarium)ITS、EF-1α和β-tubulin 3个基因序列比较分析,筛选适合于镰孢菌种类鉴定的基因序列,并以此序列分析山西省植物病原镰孢菌种群分布及遗传变异情况。【方法】从2013—2015年在山西省11市28县(区)采集分离的625株镰孢菌菌株中选取形态学清晰的菌株进行ITS、EF-1α和β-tubulin基因序列联合分析,运用Sequencher软件对序列进行拼接和校对,将测序结果与NCBI及FUSARIUM-ID数据库中所有已公布的序列进行BLAST分析,结合下载概念清晰或标准种序列,运用Clustal X和Gel Doc软件进行序列对齐和编辑,运用MEGA、Excel、DNAstar和Taxon Gap软件分析镰孢菌种内种间遗传变异情况,从ITS、EF-1α和β-tubulin中筛选适合镰孢菌种类鉴定的基因序列,并以此序列分析山西省镰孢菌的种群分布特点等。【结果】在3个候选基因序列中,EF-1α基因序列是最适用于镰孢菌种类鉴定的基因序列,其种间平均遗传距离分别是种内平均遗传距离的24倍,种内差异小于种间差异的种的数量最多,达到供试种的73%,物种鉴定准确率最强,达到87%。基于EF-1α基因片段的系统发育分析结果表明,在供试的27种镰孢菌中,有22种表现出单系性,相同种的不同菌株以较高支持率聚成独立支。在27种镰孢菌中,F.oxysporum是山西省镰孢菌的优势种,分离频率最高(22.1%),且分布最广,在23个县(区)均有分布;其次是F.solani(13.8%),在14个县(区)有分布。从不同地区镰孢菌的种群结构及分布来看,运城、临汾、忻州、长治、吕梁、晋中和太原均以F.oxysporum为优势种,朔州以F.lateritium为优势种,大同以F.solani为优势种,晋城以F.verticillioides为优势种,阳泉以F.incarnatum为优势种;其中晋中和忻州的镰孢菌种类最丰富,临汾次之,朔州最少。从不同寄主镰孢菌的种群结构及分布来看,番茄上镰孢菌的种类最多(15种),其次是马铃薯(13种)和大豆(12种);番茄、黄瓜、西瓜、马铃薯、茄子、西葫芦和甘蓝,均以F.oxysporum为优势种,大豆和玉米以F.verticillioides为优势种,小麦以F.avenaceum和F.graminearum为优势种。【结论】镰孢菌种内种间存在丰富的遗传变异,其中EF-1α基因序列的遗传变异最适用于镰孢菌种类的鉴定,但形态学种和系统发育学种不完全吻合。F.oxysporum是山西省镰孢菌的优势种,不同地区、不同寄主上镰孢菌种群存在明显的遗传分化;研究结果可为镰孢菌的分类鉴定、DNA条形码筛选、检验检疫及其综合防治提供理论依据。  相似文献   

15.
Restriction fragment length polymorphism (RFLP) data was applied to analyze the distribution of the MyoD gene in 10 pig breeds and pig breed crosses. The population genetic information about genetic distribution, variation, and heterozygosity of the MyoD gene in different breed populations were analyzed. Based on the allele frequency, genetic distance and evolution distance among each breed populations were calculated and Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean (UPGMA) phylogenetic tree was gained based on the evolution distances between populations. The results indicated that the distribution of the MyoD genotype kept in Hardy-Weinberg equilibrium in most tested groups but not in Duroc (D) and Duroc6(Landrance × Yorkshire) (DLY) population. Generally, the genetic diversity of the MyoD gene was abundant and these tested breed populations had high genetic variations. The evolution of the MyoD gene was under natural selection pressure. On the phylogenetic tree, 10 pig breeds were divided into 4 clusters. The first cluster consisted of four breeds developed from Landrace. The second cluster was two indigenous Chinese pig breeds. The third cluster was three breeds developed from Duroc. The fourth cluster was a Tibetan pig breed. The constitution of the topology of the phylogenetic tree was consistent with the breeding history of each pig breed. From this experiment, we can conclude that some RFLP data obtained from functional gene can be used in the genetic deviation research between some closely related species or between different populations in certain species. __________ Translated from Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2007, 38(1): 1–7 [译自: 畜牧兽医学报]  相似文献   

16.
对形态变异特征较大的嘴突脐孢种Brn1基因核苷酸序列系统发育进行了分析。从系统发育树中可以看出,供试菌株与突脐孢属的其它菌种聚类在同一个分支上,与弯孢属和离蠕孢属的菌种明显区分开,形成了一个独立演化群。利用DNADIST程序计算遗传距离矩阵分析所有供试嘴突脐孢种菌株间的最小遗传距离值和最大遗传距离值分别为0.0078和0.0197,供试嘴突脐孢种菌株间的遗传距离值变化较大,但该种菌株间距离值小于系统树中种内最大遗传距离值0.0242。这一结果表明嘴突脐孢种内不同菌株间的变异属于种内变异。Brn1基因核苷酸序列分析可以用于嘴突脐孢种鉴定。  相似文献   

17.
丽金龟亚科(Rutelinae)部分种类16S rRNA-ND1基因序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
将测得的丽金龟亚科(Rutelinae)7个样本的16S rRNA-ND1基因部分序列与GenBank数据库中的11条同源序列进行比较,应用DNAStar5.0和Mega 3.1软件,分析核苷酸序列组成和遗传距离,构建分子系统发育树。结果表明:在获得的810bp序列长度中,变异位点218个,简约信息位点155个;A+T使用表现明显的偏向性(73.3%)。丽金龟亚科9个属间的遗传距离在0.054~0.152之间变动;属内种间的距离为0.021~0.064。中华弧丽金龟(Popillia quadriguttata)和日本弧丽金龟(Popillia japonica)具有十分相近的亲缘关系。以白星花金龟(Potosia brevitarsis)和太异爪犀金龟(Heteronychus lioderes)为外群重建的NJ、ME树均支持丽金龟亚科中9属16个种分为2个分支格局的结果 :原喙丽金龟属(Prodoretus)、鳞喙丽金龟属(Lepadoretus)、喙丽金龟属(Adoretus)聚为一支;弧丽金龟属(Popillia)、藜丽金龟属(Blitopertha)、发丽金龟属(Phyllopertha)、彩丽金龟属(Mimela)、塞丽金龟属(Anisoplia)分化为第二分支。其中,异丽金龟属(Anomala)的不同种优先聚集在该属分支下,证实基于分子分类与形态分类的一致性。  相似文献   

18.
【目的】比较大眼蟹科物种线粒体COI基因序列差异,探究COI基因作为大眼蟹科物种鉴定分子标记的可行性;同时基于COI基因序列构建目前最全面的大眼蟹科系统发育树,为大眼蟹科系统发育研究提供理论依据。【方法】测定拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹3种大眼蟹的线粒体COI基因全序列,结合GenBank已公布的18种大眼蟹科COI基因部分序列,采用MatGAT 2.02进行多序列比对分析,并以三疣梭子蟹和红星梭子蟹为外类群,通过MEGA X中的最大似然法(ML)和最大简约法(MP)分别构建系统发育进化树。【结果】拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹线粒体COI基因全序列长均为1534 bp,编码511个氨基酸残基,且均以ATG作为起始密码子及T作为不完全终止密码子。用于多序列比对的序列长度为657 bp,连续编码219个氨基酸残基,不存在碱基插入或缺失现象,碱基含量为28.9%~35.9%T、18.9%~27.2%C、25.3%~29.7%A及16.6%~19.0%G。核苷酸序列和氨基酸序列比对分别发现267和20个变异位点,且绝大多数变异位点出现在第3位密码子,而第2位密码子非常保守,即均表现...  相似文献   

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