舞毒蛾线粒体DNA全序列分析

舞毒蛾(Lymantria dispar Linnaeus)是全北温带地区危害最为严重的森林害虫之一。本文采用PCR引物步移法完成了舞毒蛾线粒体全序列的测序工作。舞毒蛾mtDNA全长15569bp,由13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和22个tRNA组成,基因位置及方向与鳞翅目其他昆虫相同。通过与其他已知昆虫线粒体全序列的比较,对舞毒蛾线粒体全序列的核苷酸组成、氨基酸组成和密码子使用等基因组特征进行了探讨。     

基于线粒体COI基因全长的无锡地区橘小实蝇种群来源分析

本研究以1 535 bp的COI基因全长作为分子标记,通过测序得到橘小实蝇[Bactrocera dorsalis(Hendel)]的海南、广东、广西、湖南、湖北、云南、四川、江西、福建、浙江、上海及江苏的12个种群共240头橘小实蝇个体的COI基因,对其进行种群遗传结构研究,分析江苏无锡地区橘小实蝇的入侵来源。结果表明,研究所涉及的橘小实蝇种群间呈现较显著的遗传结构,但并未出现距离隔离现象,且随着采样点经度和纬度的增加单倍型多样性呈减弱趋势。12个橘小实蝇地理种群分为3个组群进行AMOVA分析显示,组群间变异占总体变异的1.46%,组群内种群间变异占总体变异的4.07%,组群内个体间变异占总体变异的94.47%。表明本研究所涉及范围内的橘小实蝇有由南向北扩散的趋势,无锡地区的橘小实蝇种群很可能来源于广东、江西及浙江地区。     

橘小实蝇对沙田柚果实危害的测定

橘小实蝇[Bactrocera（Bactrocera）dorsalis（Hendel）]对沙田柚的为害,主要表现在成虫产卵造成果皮的损伤,幼虫在产卵腔取食和在果皮海绵组织中扩散污染.试验观察发现幼虫全部在卵腔和海绵组织中死亡,未发现有幼虫为害果肉.     

橘小实蝇3种本地寄生蜂的竞争作用

在室内研究了3种橘小实蝇幼虫寄生蜂切割潜蝇茧蜂、凡氏费氏茧蜂与长尾全裂茧蜂的竞争关系。结果表明,当寄生蜂数量相同时,切割潜蝇茧蜂或凡氏费氏茧蜂与长尾全裂茧蜂共同寄生橘小实蝇时,长尾全裂茧蜂的单头平均寄生率均占绝对优势,分别为13.5%、13.1%。寄生蜂数量不同且切割潜蝇茧蜂或凡氏费氏茧蜂的数量为长尾全裂茧蜂的2倍时,长尾全裂茧蜂单头平均寄生率分别为19.7%、18.4%,而切割潜蝇茧蜂和凡氏费氏茧蜂的单头平均寄生率分别为11.3%、9.7%,差异显著。当寄生蜂数量不同且长尾全裂茧蜂是切割潜蝇茧蜂或凡氏费氏茧蜂的2倍时,长尾全裂茧蜂的单头平均寄生率均为19.4%,而切割潜蝇茧蜂和凡氏费氏茧蜂的单头平均寄生率分别为7.6%、8.8%,差异显著。长尾全裂茧蜂的寄生率均显著高于其他2种蜂,长尾全裂茧蜂具有明显的竞争优势。     

基于DNA条形码技术的湖南省柑橘主产区实蝇幼虫分子鉴定

为明确湖南省柑橘主产区的实蝇入侵为害现状,从该省7个市(自治州)22个地点收集柑橘蛆果中的幼虫,利用DNA条形码技术对其进行分子鉴定,并以DNA条形码序列作为分子标记探究橘大实蝇Bactrocera minax的20个中国地理种群(湖南省6个组群共16个种群、其它3省市4个种群)以及1个印度地理种群间的亲缘地理关系,分析橘大实蝇在我国的遗传进化关系。结果表明,仅采集自邵阳市城步苗族自治县柑橘蛆果中的5头幼虫被鉴定为蜜柑大实蝇B. tsuneonis,其余21个地点采集的595头幼虫均被鉴定为橘大实蝇。21个橘大实蝇地理种群的平均单倍型多样性为0.75,核苷酸多样性为0.0032,核苷酸差异数为2.13,中国所有地理种群均具有较高的遗传多样性;单倍型网络进化图显示湖南、重庆、贵州种群共享的单倍型H3为原始单倍型,表明其为比较原始的种群;AMOVA分析结果显示种群内个体间遗传变异占总体变异的59.04%,是遗传变异的主要来源;遗传分化结果表明湖南省6个组群间均出现了中度至高度的遗传分化,FST在0.0521～0.7795之间。表明DNA条形码技术可用于蜜柑大实蝇和橘大实蝇幼虫的分子鉴定及其种群遗传进化分析。     

浙江省橘小实蝇发生动态调查

气候变暖导致橘小实蝇[Bactrocera dorsalis(Hendel)]分布发生变化。杭州2006年首次发现橘小实蝇为害并发布橘小实蝇疫情。本文报道了浙北杭州2007-2009年橘小实蝇发生动态。     

基于mt COI片段广西橘小实蝇种群遗传分化研究

橘小实蝇Bactroceradorsalis(Hendel)是一种重要的世界性入侵害虫,寄主范围广,适应性强,除两极地区外均有分布.本文对17个地理种群177头橘小实蝇线粒体DNA COI基因片段序列(667 bp)进行测序和分析,利用MEGA7.0,DnaSP 6.1和Arlequin 3.5等软件对橘小实蝇不同地理...     

实蝇科昆虫线粒体基因组研究进展

实蝇科昆虫种类繁多、世界广泛分布、具有重要经济意义,其种类鉴定、种群遗传、系统发育等方面的研究倍受植物检疫学和入侵生物学等领域的关注。线粒体基因组已被广泛应用于多个昆虫类群的进化与系统发育等研究。本文对实蝇科昆虫线粒体基因组的测序现状、基因组的结构和基因排列、碱基组成、进化速率及其在实蝇中的应用等方面的研究进展进行介绍、讨论与展望,并提示其对实蝇科害虫的入侵防控具有重要的理论和实践指导意义。     

凯里市橘小实蝇综合治理技术

2009年对鸭塘镇柑橘园和州委大院柑橘园橘小实蝇进行监测及综合治理技术探讨。结果表明,凯里地区橘小实蝇成虫一年中有3次消长峰期。第一个峰期出现在5月中下旬,为全年主峰期,第二峰出现在7月中下旬,第三峰出现在9月下旬至10月上旬。比较了0.02%多杀霉素诱杀液和糖醋酒药诱杀液对柑橘园橘小实蝇的诱杀效果,经统计学处理结果表明,两种诱杀液对橘小实蝇的诱杀效果没有显著差异,诱杀效果分别为89.76%和77.83%,基本可将蛆果率控制在1.5%以下。     

橘小实蝇传入泉州的危险性分析与评价

运用国际植物检疫措施实施标准的有害生物风险分析程序,对橘小实蝇在福建泉州的分布状况、潜在危害性、寄主植物的经济重要性、定殖传播扩散的可能性和危害性管理难度等方面进行定性分析和多指标综合评估。综合评判橘小实蝇对泉州的危险值R为2.32,属高风险有害生物。据此提出了相应的风险管理措施。     

侵染中国河北大豆的大豆花叶病毒的鉴定和全基因组序列分析

本研究利用小RNA深度测序技术在河北卢龙大豆叶片上检测到6株大豆花叶病毒(soybean mosaic virus, SMV), 命名为SMV-Gm1~SMV-Gm6。根据小RNA深度测序结果和参考基因组序列设计引物克隆了SMV河北分离物的基因组序列。测序结果经拼接后获得了6个SMV基因组全长序列, 大小分别为9 588 nt(SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5)和9 584 nt(SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6)。开放阅读框位于基因组第132位至第9 332位核苷酸, 编码一个多聚蛋白(分子量约为350 kD)。BLAST比对和系统发育分析发现, SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5与江苏SMV分离物(登录号:MH919386)的基因组核苷酸序列相似性最高, 为98.06%~98.07%, 且遗传距离较近, 并与江苏、浙江和山西SMV分离物聚为一小簇;SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6与韩国SMV分离物(登录号:FJ640954)的基因组核苷酸序列相似性最高, 为98.48%~98.51%, 且遗传距离较近。     

在中国广东侵染胜红蓟的中国胜红蓟黄脉病毒的鉴定和全基因组分析

2022年9月在广东省罗定市发现了叶片表现为黄色网状症状的胜红蓟病株。为了明确胜红蓟叶片的黄脉症状是否由双生病毒感染引起, 本研究使用检测双生病毒的简并引物PA/PB进行PCR扩增, 获得约500 bp的片段。根据该序列设计特异性引物扩增并且克隆得到了病毒DNA-A的全基因组序列。通过BLAST比对发现, 获得的DNA-A与中国胜红蓟黄脉病毒(ageratum yellow vein China virus, AYVCNV)海南分离物(OQ421190)的DNA-A的相似性最高, 相似度为98.11%。系统进化树分析显示, 获得的病毒DNA-A与海南分离物(OQ421190)在同一分支, 说明具有较近的亲缘关系。以上研究结果表明侵染胜红蓟的病毒是AYVCNV的分离物。这是关于AYVCNV在广东地区侵染胜红蓟的首次报道, 可为当地病毒病的防控提供参考。     

甜瓜坏死斑点病毒广西分离物近全基因组序列克隆及分析

正甜瓜坏死斑点病由甜瓜坏死斑点病毒(Melon necrotic spot virus,MNSV)引起,最早报道于日本(Kishi,1966),中国于2008年首次在江苏省海门市的甜瓜上发现,随后在山东省寿光、泰安等市陆续被报道,严重影响瓜类的品质与质量。吴会杰和古勤生(2017)分析了MNSV-HM和MNSV-Shangdong甜瓜分离物基因组,进化分析结果显示二者亲缘关系较近,可能具有相同来源。近年来,广西壮族自治区甜瓜生产发展较快,病毒病发生有逐年加重之势,因此本研究     

侵染中国陕西南瓜的中国南瓜曲叶病毒的鉴定和全基因组分析

为明确南瓜叶片上卷、黄化的症状是否由病毒侵染引起,本研究采用小RNA深度测序对采集自陕西地区的南瓜叶片样品进行了鉴定。结果显示,侵染南瓜样品的病毒可能是中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus, SLCCNV)。经PCR扩增并且克隆测序获得了病毒的DNA-A和DNA-B组分的全基因组序列。序列比对发现,所克隆的DNA-A组分与SLCCNV海南分离物(SLCCNV-Hn61)DNA-A的一致性最高,为99.1%;DNA-B组分与SLCCNV-Hn61和三亚分离物SLCCNV-SY的DNA-B组分一致性最高,为96.8%。系统进化树分析发现所克隆的DNA-A和DNA-B组分分别与SLCCNV-Hn61和SLCCNV-SY的亲缘关系最近。以上研究结果表明侵染陕西南瓜叶片的病毒是SLCCNV的分离物。这是首次报道SLCCNV在陕西地区的危害,研究结果为当地经济作物南瓜的病害防控提供参考。     

棉铃虫膨胀线粒体基因组的鉴定与分析

以已公布的棉铃虫线粒体DNA序列对来自4头棉铃虫雄蛹的DNA的三代测序数据进行筛选,获得了11条与线粒体DNA有同源性的三代read序列,并根据其中的read 66003鉴定出了一种膨胀的线粒体基因组。该线粒体基因组大小为27 113 bp,其保守区域包含13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因以及1个AT富集区,与已公布的棉铃虫线粒体基因组的结构相似。膨胀区域位于cox1基因编码区内部,大小为11 467 bp,经预测含有一个完整的真核基因(依赖ATP的RNA解旋酶)以及多种转座元件的片段,但与线粒体DNA无同源性,也无I类或Ⅱ类内含子存在的证据。对田间和室内棉铃虫DNA样品的PCR扩增未能检测到膨胀线粒体基因组的存在。以上结果表明膨胀片段可能是细胞核DNA序列通过偶然的水平转移事件而整合到线粒体基因组中的,且该种膨胀方式的发生概率极低。本文报道的膨胀线粒体基因组为日后动物线粒体基因组学的研究提示了一种独特的变异方式。     

基于全线粒体基因组的草地贪夜蛾系统地位探究及其防控建议

草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda是一种重要的世界性害虫,2019年1月传入我国云南。草地贪夜蛾可以为害玉米、高粱、水稻等350余种植物,给我国农林生产带来巨大威胁。随着测序技术的飞速发展,全线粒体基因组越来越多地被应用到昆虫学研究领域。本研究以灯蛾科2种昆虫作为外群,基于全线粒体基因组数据,重建了夜蛾科22种昆虫的系统发育关系,对草地贪夜蛾的系统发育地位进行了探究。研究结果发现草地贪夜蛾与斜纹夜蛾和甜菜夜蛾的亲缘关系最近,与斜纹夜蛾构成姐妹群关系。研究结果为未来的草地贪夜蛾的防控研究提供了理论基础,同时为草地贪夜蛾的防控方法提出了一些建议。     

侵染苘麻的菜豆金色黄花叶病毒的鉴定及基因组结构分析

为明确引起我国山西晋中地区苘麻叶片表现皱缩和花叶症状的病原物及其基因组分子特征, 本研究利用双生病毒简并引物扩增获得病毒基因组部分序列,经测序、比对后设计特异性引物扩增病毒基因组序列, 进而通过生物信息学方法构建系统发育树并进行序列分析。结果表明:引起苘麻叶片皱缩、花叶的病原物为番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus, TYLCV), 将该分离物命名为TYLCV-Abu, GenBank登录号为OP293347, 但未扩增到β卫星。该病毒DNA-A基因组全长为2 782 bp, 含有6个开放阅读框。TYLCV-Abu分离物与TYLCV茄子分离物KSQ1-3(GenBank登录号KC428753)的核苷酸序列一致性最高, 为98.99%, 其中C4和V2编码的蛋白变异较大。重组结果分析显示,分离物TYLCV-Abu是由TYLCV-F(GenBank登录号KY971326)和TYLCV-KSQ1-3重组得到, 重组区域为其基因组2 617－2 782 nt区域。这是首次从苘麻样品中扩增到TYLCV全基因组序列并进行分析。     

葡萄蚕豆萎蔫病毒中国分离物基因组全长序列分析

 葡萄蚕豆萎蔫病毒(grapevine fabavirus,GFabV)是近年报道的葡萄新病毒,与葡萄褪绿斑驳、皱缩等症状发生相关,严重影响葡萄长势。本研究采用小RNA测序结合Sanger测序方法分别对表现褪绿斑驳的‘贝达’和无症状的‘赤霞珠’葡萄中的GFabV分离物进行基因组全长序列测定,获得了GFabV分离物LN_BETA2和LN_CXZ的基因组全长序列,其RNA1基因组全长分别为5 824 bp和5 823 bp,RNA2基因组全长分别为3 132 bp和3 135 bp。LN_BETA2与LN_CXZ的RNA1编码的多聚蛋白核苷酸序列之间的同源性为81.7%,与其他GFabV分离物多聚蛋白核苷酸同源性分别为73.4%~99.5%和73.5%~82.5%;LN_BETA2和LN_CXZ的RNA2编码的多聚蛋白核苷酸同源性为83.8%,与其他GFabV分离物多聚蛋白核苷酸同源性为75.0%~83.3%和68.2%~98.6%。系统进化树分析结果显示,在RNA1基因组中,LN_BETA2划分在组3,LN_CXZ形成单独的分支。RNA2基因组中,LN_BETA2和LN_CXZ分别划分在组3和组5中。本研究首次报道了GFabV中国分离物基因组全长序列,可为今后GFabV生物学特性及致病性研究提供工作基础。