猪流行性腹泻病毒纤突蛋白基因克隆与序列分析

对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)DX株纤突蛋白基因进行了克隆与测序。结果表明,该基因核苷酸序列长为4152bp,推导氨基酸序列为1383aa,与比较毒株氨基酸同源性都在90%以上。系统发生树分析结果表明,比较毒株可分为3个基因群,而且每个群的毒株均来自同一个国家。利用生物软件分析结果表明PEDV发生微小的变异,尤其在韩国变异明显,而DX株与中国JS-2004-2株亲缘关系很近。     

传染性支气管炎病毒S1纤突糖蛋白基因的克隆及部分序列分析

大纤突Ｓ糖蛋白是传染性支气管炎病毒重要的免疫相关性蛋白之一，参考已发表的ＩＢＶ－Ｂｅａｕｄｅｔｔｅ株Ｓ１基因ＤＮＡ序列，合成一对特异性引物，以ＩＢＶ－ＲＮＡ为模板，应用ＲＴ－ＰＣＲ方法，获得传染性支气管炎病毒上海分离株Ｓ２Ｔ２－Ｓ１纤突糖蛋白基因，长度１．６５ｋｂ，利用引物设计中的ＢａｍＨ和ＨｉｎｄⅢ位点将其克隆到载体ｐＳＩ（＋）中。对该基因进行限制性酶发分析，结果与已报道的相一致。     

猪链球菌2型纤连蛋白/血纤蛋白原结合蛋白 全基因的克隆及融合表达

采用发表的引物对,以猪链球菌2型（Streptococcus suis type 2）江苏分离株HA9801的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增纤连蛋白/血纤蛋白原结合蛋白基因fbps（GenBank登录号为AY565303）克隆于pMD-T18载体构建成载体pMD-T-fbps.经内切酶酶切和测序鉴定后,将由pMD-T-fbps内切酶切下的片段定向克隆于表达载体pET-32a（＋）,得到重组质粒pfbps.将重组质粒pfbps转化大肠杆菌（Escherichia coli）BL21株,经IPTG诱导,可高水平地表达相对分子量为83 kD的融合蛋白.配体印迹结合试验表明,表达的融合蛋白可与人纤连蛋白结合.     

猪TNNC2基因的克隆及其融合蛋白在大肠杆菌中的表达

根据GenBank上猪TNNC2（Fast skeletal muscle troponin C2）基因序列（GenBank accession No. DQ629177）设计一对引物,采用RT-PCR方法克隆得到617 bp TNNC2 cDNA片段（GenBank accession No. EF673726）,包括完整的开放阅读框（ORF）,与GenBank上公布的猪TNNC2基因（GenBank accession No. AY575058）的ORF核苷酸序列同源性达99 %,并发现开放阅读框内的5个点突变,319位点T→C,320 位点G→A,321位点C→T,导致氨基酸107位Ala（丙氨酸）→Met（蛋氨酸）,322位点A→G为同义突变,433位点A→T,导致氨基酸144位Glu（谷氨酸）→Asp（天冬氨酸）。根据已获得的TNNC2基因开放阅读框序列,重新设计引物扩增得到包含BamH I和EcoR I酶切位点的完整阅读框,将其首先克隆到pMD18-T载体中,经菌液PCR筛选和酶切鉴定后,用BamH I和EcoR I将目的片段切下,再克隆到原核表达载体pRSET A中构建重组表达质粒pRSET A-TNNC2。将重组质粒转化大肠杆菌BL21（DE3）,IPTG不同诱导条件诱导表达,经SDS-PAGE电泳和Western blot分析证实重组表达质粒pRSET A-TNNC2表达出24 kD左右的融合蛋白,最佳诱导时间为4 h,最佳的IPTG诱导浓度为0.6 mmol/L,表达产物以可溶性蛋白的形式存在。     

猪锌转运蛋白基因的克隆及其在消化道组织中的分布

slc30A编码的锌转运蛋白可将胞质锌排出细胞外或转入细胞器,从而降低胞浆锌的含量。本研究运用电子克隆设计引物,对猪(Sus scrofa)消化道组织中slc30A1~slc30A9进行克隆,将克隆的slc30A1~slc30A9序列及其编码蛋白的氨基酸序列与其他物种进行同源性比较,并对slc30A1~slc30A9在猪消化道组织中的分布进行研究。克隆结果表明,猪slc30A1~slc30A9均包含一个完整的开放阅读框架,长度为1044~2301bp,编码由348~767个氨基酸残基组成的ZnT(Zinc transporter)蛋白,GenBank登录号分别为:FJ374262.1、EU825192.2、FJ358706.1、EU835903.1、FJ230771.1、FJ237622.1、FJ237623.1、FJ588029和FJ164069.1,其中slc30A8为一个突变体;同源性分析比较发现,slc30A和ZnT蛋白氨基酸与其他种属的同源性分析结果基本一致,与牛(Bos taurus)和人(Homo sapieus)的同源性较高,与小鼠(Mus musculus)和大鼠(Rattusy norvegicus)的同源性较低,且不同异构体及其编码的蛋白也略有差异;组织分布结果表明,除slc30A8仅在回肠中有分布外,slc30A9分布最广,在食道、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠中均有分布,而slc30A1和slc30A6除了回肠,其余组织均有分布,其他几个异构体在回肠中也没有分布,而在食道、十二指肠、空肠、盲肠、结肠和直肠中有不同程度的分布。研究结果提示,slc30A在消化道中的分布具有组织特异性,可能与其在猪体内的功能密切相关。     

蜘蛛拖牵丝蛋白基因的克隆与表达

蜘蛛丝具有极高的强度和韧度,工业和医学应用价值很高,但由于蜘蛛的不可驯养性使其应用受到限制。因此,本文尝试利用基因工程的方法获得蛛丝蛋白的表达。我们利用巢式PCR技术从大腹圆蛛Araneus ventricosus基因组中克隆了长度为837bp的拖牵丝蛋白基因（ASP）,并分别将其构建至原核表达载体pGEX-6p-1和真核表达载体pGFP-N2上,分别命名为pASG和pASN。pASG在大肠杆菌中16℃下24h诱导表达后,经蛋白质印迹证明成功地表达了GST-ASP融合蛋白;pASN转染昆虫sf9细胞48h后观察到了绿色荧光蛋白GFP的表达,表明ASP基因在大肠杆菌和真核细胞中分别得到了正确表达。本研究为利用基因工程的方法开发蛛丝蛋白的生产途径提供了有益的尝试。     

青花菜花粉外壁蛋白基因的克隆与表达特征分析

花粉外壁蛋白参与多种植物生理进程,在花粉发育过程中起着重要的作用。本试验以青花菜保持系‘WN12-95B’为材料,利用RT-PCR技术克隆得到青花菜花粉外壁蛋白（PCP）基因。结果显示,该基因全长578 bp其中开放阅读框长度为561 bp共编码186个氨基酸。该蛋白为疏水性蛋白,在第1~24位有一个信号肽序列,预测相对分子量为18.82 kD等电点为10.91。青花菜PCP蛋白的二级结构主要由a-螺旋和不规则卷曲构成,不含β-转角。系统进化分析表明青花菜花粉外壁蛋白与同属植物的进化关系相近,其中与甘蓝进化关系最近。采用qRT-PCR技术分析青花菜PCP基因的表达特性,结果显示该基因仅在花蕾中表达,具有明显的组织特异性。青花菜Ogu不育系及其保持系不同发育阶段花蕾中PCP基因差异明显,表明其在花粉发育中具有重要的作用。本研究结果为进一步研究PCP基因在青花菜花粉发育过程中的作用奠定基础。     

烟夜蛾泛素延伸蛋白基因的克隆与表达

应用RT-PCR技术，从烟夜蛾(Helicoverpa assulta)幼虫脂肪体组织总RNA中反转录扩增泛素延伸蛋白基因的cDNA片段，扩增得到的片段全长390bp，编码一个长为129个氨基酸残基的蛋白质，预测分子量14.8kDa。同源性分析表明，此cDNA序列为ubiquitin-53aa extension protein(ubi-53，UBE)基因，在泛素蛋白后融合了一个核糖体L40蛋白(ribosomal L40 protein)。使用Clustal W软件，对cDNA编码的氨基酸序列进行了同源性分析，分析表明：烟夜蛾的泛素延伸蛋白氨基酸序列与其他真核生物泛素延伸蛋白氨基酸序列高度同源（90%－98%），与棉铃虫核多角体病毒(HaSNPV)泛素的同源性为69%。将烟夜蛾的UBE基因克隆到原核表达载体pGEX-4T-2上，转化大肠杆菌BL21(DE3)，经IPTG进行诱导表达，电泳检测到一条约40kDa大小的外源蛋白，用鼠抗GST抗体进行Western blot检测表明原核表达蛋白是目的蛋白。     

大肠杆菌glgC基因的克隆,序列分析与定点突点

通过ＰＣＲ、从Ｅ．ｃｏｌｉ Ｋ１２ Ｙ１０９０株系中扩增获得ｇｌｇＣ基因,插入ｐＵＣ１９的ＰｓｔＩ和ＳａｃＩ位点之间,得到重组质粒ｐＡＧＰ。对所克隆的ｇｌｇＣ基因进行全序列测定,结果表明,与已发表的序列相比,有７个核苷酸发生了改变,核苷酸顺序的同源性为９９．４％,推导的氨基酸序列的同源性为９９．２％,其中,第２９６位由赖氨酸变为谷氨酸。通过寡核苷酸介导的定点诱变,将第１００７位核苷酸由Ｇ变为Ａ,从     

猪MYL4基因的克隆及其在猪胚胎骨骼肌中的差异表达分析

克隆了猪MYL4基因的cDNA序列,并利用生物信息学方法进行验证。所得cDNA序列全长1105bp,包含一个完整的开放阅读框,编码197个氨基酸。序列分析表明,该基因与已报道的狗、人、黑猩猩和恒河猴等物种的MYL4基因高度同源,氨基酸序列同源性分别为98.4%、95.9%、95.4%和95.4%。该基因编码的蛋白具有EFH和FRQ1保守功能域。荧光定量分析该基因在猪胚胎骨骼肌（妊娠33 、65 和90 天）中的表达规律,发现MYL4基因在通城猪和长白猪中呈波浪式表达模式,在妊娠第33 天时中外猪品种间无显著差异,但在65 和90 天时长白猪中显著高于通城猪。     

氯粘康酸环异构酶基因克隆及序列研究

研究从土壤中分离出1株降解2,4-二氯酚能力较强的假单胞菌菌株“GT241-1”,并从中克隆出参与降解2,4-二氯酚的氯粘康酸环异构酶基因(dcpC),该基因编码的氯粘康酸环异构酶可将2,4-二氯-顺,顺-粘康酸转化为反式-2-氯-双烯内酯。采用的基因克隆策略是用Southern杂交对其邻近基因进行定位后构建基因组文库,再用斑点杂交从基因文库中筛选目的转化子。经序列测定得知dcpC基因编码区1110bp,且核苷酸和推测的编码氨基酸序列分析表明dcpC属氯粘康酸环异构酶基因家族,并与该基因家族的其他基因有一定差异。     

猪Fas基因的克隆及序列分析

从PK-15细胞中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出猪F as基因,将其克隆到PM D 18-T载体上,进行序列分析。结果表明,克隆的猪F as基因序列与G enB ank上登录的猪F as基因同源性为100%,与人、牛、羊的F as基因核苷酸及推导的氨基酸序列同源性分别为73.4%、79.2%、76.4%和56.2%、67.0%、64.6%。F as蛋白胞内区的死亡域,其氨基酸序列在猪、人、牛和羊的F as基因中呈现较高的同源性。     

桃脂氧合酶(LOX)基因家族cDNA全长克隆与序列分析

根据脂氧合酶保守序列设计的简并引物从桃（瑞蟠5号）果肉总RNA中扩增出795bp的脂氧合酶（lipoxygenase,LOX）基因的保守序列,并结合GeneBank中公开的LOX基因的EST序列经Blast比对分析、序列组装之后设计基因特异引物（GSP）。利用RACE技术共获得3条不同的桃LOX基因cDNA全长序列,分别命名为PpLox1-3。序列分析结果表明,这3个桃LOX基因家族成员与其他植物的LOX基因尽管在核酸水平上的差异比较大,但在蛋白水平上却有较高的同源性。通过对桃LOX基因蛋白序列和其他植物LOX进行系统进化树分析,发现PpLox1属于13-LOX类型,PpLox2-3属于9-LOX类型。     

Cloning and characterization of monacolin K biosynthetic gene cluster from Monascus pilosus

Monacolin K is a secondary metabolite synthesized by polyketide synthases (PKS) from Monascus, and it has the same structure as lovastatin, which is mainly produced by Aspergillus terreus. In the present study, a bacterial artificial chromosome (BAC) clone, mps01, was screened from the BAC library constructed from Monascus pilosus BCRC38072 genomic DNA. The putative monacolin K biosynthetic gene cluster was found within a 42 kb region in the mps01 clone. The deduced amino acid sequences encoded by the nine genes designated as mokA- mokI, which share over 54% similarity with the lovastatin biosynthetic gene cluster in A. terreus, were assumed to be involved in monacolin K biosynthesis. A gene disruption construct designed to replace the central part of mokA, a polyketide synthase gene, in wild-type M. pilosus BCRC38072 with a hygromycin B resistance gene through homologous recombination, resulted in a mokA-disrupted strain. The disruptant did not produce monacolin K, indicating that mokA encoded the PKS responsible for monacolin K biosynthesis in M. pilosus BCRC38072.     

宏基因组漆酶基因片段的克隆与分析

漆酶(Laccase,EC1.10.3.2)是一种含铜的多酚氧化酶,能够有效降解木质素物质,在环境碳素循环中占有重要的地位。近年来以环境宏基因组DNA为模板,设计简并引物及PCR扩增方法研究环境微生物基因来监测环境微生物已成为土壤微生物多样性研究的新方法[1]。如Luis等[2]通过对森林土壤微生物中漆酶基因的研究来监测该地区的微生物多样性;Lyons等[3]通过对高盐度沼泽地土壤微生物中漆酶基因的研究来监测该地区的微生物多样性;张桂敏等[4]通过对土壤微生物中木聚糖酶基因的研究来监测该地区的微生物多样性。但是,国内尚无研究环境微生物漆酶基因多样性及监测环境微生物功能的报道。同时漆酶在化工染料     

亚麻籽分离蛋白结构表征及其性能分析

为实现亚麻籽饼粕中分离蛋白的综合加工利用,该文以冷榨亚麻籽饼粕为原料,对其进行脱胶脱脂处理,采用超声辅助水提法分别提取亚麻籽分离蛋白和脱胶脱脂亚麻籽分离蛋白,并对理化性质、结构及功能特性进行分析比较。结果表明,冷榨亚麻籽饼粕和脱胶脱脂亚麻籽饼粕中蛋白质质量分数分别为37.52%±0.04%、37.47%±0.02%。采用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳测定亚麻籽分离蛋白和脱胶脱脂亚麻籽分离蛋白的分子质量,显示10～55 kDa之间有明显谱带,其中水溶性低分子质量的白蛋白（10、14、15及17 kDa）和盐溶性高分子质量的球蛋白（30、33、35、40、45及55 kDa）谱带最为明显。氨基酸的种类各检测到17种,含有丰富的必需氨基酸和非必需氨基酸。傅里叶变换红外光谱测定的2种蛋白质的二级结构稳定性一般;由扫描电镜和X-射线衍射可知亚麻籽分离蛋白比脱胶脱脂亚麻籽分离蛋白的微观孔隙率低,结构中都较缺乏结晶度或有序排列。2种蛋白的两亲性与大豆分离蛋白相比,亲水/油特性突出,亲油性是大豆分离蛋白的2倍多。通过对不同pH（2～11）和盐离子浓度（0～1.25 mol/L）下溶解度、起泡性、泡沫稳定性、乳化活性及乳化稳定性的测定,显示两者具有良好的碱溶性,脱胶脱脂亚麻籽分离蛋白的起泡性、乳化活性及乳化稳定性均优于亚麻籽分离蛋白,而泡沫稳定性恰好相反,该研究结果有利于拓宽2种分离蛋白在健康食品领域中的应用前景,为食品中的应用提供有益参考和数据支撑。     

嗜水气单胞菌aer毒素基因的克隆及核苷酸序列分析

以自行分离的嗜水单胞菌分离株AHCS02为研究对象,分析其产生的aer毒素基因结构.根据GenBank中aer毒素的基因序列（M16495）,设计扩增编码aer毒素成熟蛋白基因的引物,以AHCS02的基因组DNA为模板,PCR扩增出长度为1 332 bp的核苷酸片段,进行pMD18-T载体克隆.酶切鉴定后进行序列测定和分析,结果表明扩增的片段与M16495的同源性达92%,将测得的序列登录GenBank数据库,所得的序列编号为AY136943.分析推导其核苷酸编码的氨基酸序列显示：其编码443个氨基酸,为aer毒素成熟蛋白的基因,与M16495相比,氨基酸差异主要集中在422氨基酸残基至436氨基酸残基的位置上,在这个位置上共有8个氨基酸残基发生变化,其中在435和437氨基酸残基之间有一个氨基酸密码子丢失,氨基酸的同源性达95.5%.证明aer毒素基因的5＇端保守,3＇端变异较大.     

鹅脂联素基因的克隆、序列分析及组织表达研究

根据Genbank上发表的鸡和鸭等物种的脂联素基因序列的同源保守区域,设计了3对特异性引物,以鹅血液基因组DNA为模板,经扩增、测序及拼接得到了由2个外显子和1个内含子组成的鹅脂联素基因。该基因编码区长738bp,编码245个氨基酸,编码区核苷酸序列及所编码氨基酸序列与鸭的同源性最高,分别为94.85%和95.51%,与鸡的同源性次之,而与哺乳类的同源性较低。蛋白预测的分子量和等电点分别为26603.3 Da、5.19,与鸡、鸭、人及小鼠的脂联素蛋白相似。半定量PCR结果显示鹅脂联素基因在骨骼肌、脂肪、心脏、肌胃中高度表达,在小肠、腺胃、肾、肺中中度表达,而在肝脏、脾、卵巢、间脑中低度表达。本试验结果为进一步研究脂联素的功能及作用机制奠定了基础。     

Cloning and characterization of a NADP+-malic enzyme gene from Bradyrhizobium japonicum USDA110

Malic enzymes have been considered to play a key role in energy metabolism for nitrogenase reaction in bacteroids. To elucidate the physiological role of the malic enzymes in Bradyrhizobium japonicum bacteroids, a putative malic enzyme gene Bjtme1 was cloned by polymerase chain reaction (PCR) using degenerated primers from conserved regions of the protein sequences of bacterial malic enzymes and draft sequence data of the Bradyrhizobium japonicum USDA110 genome sequence project. To confirm the characteristics of the Bjtme1 gene, the protein encoded by this gene was over-expressed using a pET32a(+) system and it exhibited a NADP⁺-malic enzyme (EC 1.1.1.40) activity, indicating that Bjtme1 was the gene of the NADP⁺-malic enzyme. This is the first report on the cloning and characterization of the NADP⁺-malic enzyme gene from B. japonicum, and the gene structure was compared with that of NADP⁺-malic enzyme genes of other rhizobia.