汉坦病毒长春分离株YZG-Changchus S基因片段克隆和序列分析

肾综合征出血热（Hemorrhagic Fever with RenalSyndrome，HFRS）和汉坦病毒肺综合征（Hantavirus Pulmonary Syndrom．HPS）是由布尼亚病毒科汉坦病毒属中的病原体引起的一种病情重、病死率高的自然疫源性急性传染病。目前发现汉坦病毒有20多种血清型，在我国主要流行汉滩病毒（Hantaan virus，HT-NV）和汉城病毒（Seoul virus，SEOV）2种型别病毒。     

猪瘟病例的综合诊断及感染毒株遗传进化分析

2018年5月,山东省菏泽市某育肥猪场新进仔猪突然出现急性发病死亡,死亡率高达30%以上。为确诊病原,分析病原的遗传演化规律,对病死猪进行了病理组织学诊断和病毒分离鉴定,并对分离株的E2基因进行了序列测定及遗传变异分析。结果显示,组织学病变符合猪瘟的病变特征,与参考毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为83.4%～97.9%和88.7%～98.7%,与本实验室从山东分离的流行毒株的核苷酸和氨基酸同源性均高于其他参考毒株。E2基因遗传进化分析表明,该分离株与本实验室分离的流行毒株遗传距离较近,同属于猪瘟病毒2.1d亚型分支。E2基因推导氨基酸突变位点分析表明,分离株的糖基化位点(T~(806)A)与所有参考株均不相同,其具体生物学意义有待研究。上述结果表明,该猪场仔猪的急性发病死亡是由猪瘟病毒感染所致,致病毒株属于猪瘟病毒2.1d亚型。     

汉坦病毒疫苗研究进展

汉坦病毒(hanta virus,HV)属于布尼亚病毒科(bunyaviridae)汉坦病毒属(hanta virus),已发现的HV有近20个血清型/基因型(Khaiboullina等,2005;Ellio等,2003)。HV是一种严重危害人体健康的自然疫源性疾病。临床上主要导致3种严重疾病:肾综合征出血热(hemorrhagic fever with rena     

鸭IgG的研究进展及Fc段的遗传进化分析

IgG(IgY)是鸭卵黄中的唯一免疫球蛋白。根据GenBank发表的鸭的IgG Fc段的核苷酸序列、氨基酸序列,和多种动物进行遗传进化分析。得出鸭与鸡的核苷酸同源性分别为67.9%,与其他所列哺乳动物的核苷酸同源性集中在40%～52%之间。鸭与鸡的氨基酸同源性57.5%,与其他所列哺乳动物的氨基酸同源性集中在34%～43%之间。进化树结果显示鸭的IgG Fc段基因与鸡此段基因具有较近的亲缘关系。     

鸭α、γ-干扰素研究进展及遗传进化分析

本文对目前鸭干扰素α、γ干扰素基因的研究进展做了总结,并且利用DNAstar软件对鸭α、γ干扰素基因进行了序列和遗传进化分析。结果表明,不同序列的鸭α-干扰素核苷酸序列同源性在99.5%-100%之间,禽类间α-干扰素核苷酸序列同源性在71.4%-96.7%之间,不同序列的鸭γ-干扰素核苷酸序列同源性在99.6%-100.0%之间,禽类间γ-干扰素核苷酸序列同源性在81.8%-94.9%之间。     

鹅细小病毒强毒株的分离鉴定与遗传进化分析

为了了解齐齐哈尔地区鹅细小病毒（GPV）现地强毒株的流行及抗原变异情况,试验从齐齐哈尔龙江县某养殖场采集疑似小鹅瘟病死雏鹅的肝脾病料进行病毒分离培养,对获得的疑似尿囊液进行PCR检测、血凝性检测、动物回归试验及VP3基因序列分析。结果表明,分离到的病毒株能使12日龄鹅胚在144 h内死亡;血凝性检测未检测出血凝价;动物回归试验,可复制该病,致使5日龄雏鹅在96～144 h内全部死亡;VP3基因PCR扩增条带大约为1 600 bp,与目的条带大小相符;对其进行序列分析,判定该分离株为鹅细小病毒毒株,与我室之前分离鉴定的鹅细小病毒HH10强毒株核苷酸同源性为98.17%,与标准B株核苷酸同源性为97.13%。说明鹅细小病毒基因保守。     

东北地区3株猪细小病毒7型毒株基因组测定及遗传进化分析

从东北地区采集的150份猪肺脏样品中,检测出3株猪细小病毒毒株。根据PPV7标准株NCBI登录号KU563733设计3对引物,对3个病毒株的基因片段进行扩增测序,将测序结果依次进行拼接,获得3个病毒株的NS1和CP基因序列,然后进行序列的同源性比对及进化树分析。结果显示:3个毒株的NS1基因序列与经典PPV7毒株的同源性分别为94.4%～95.2%、94.1%～95.1%和93.5%～94.3%;CP基因序列与经典PPV7毒株的同源性分别为89.6%～91.8%、89.8%～92.0%和89.6%～91.7%。通过进化树比对分析,确认3株PPV毒株为PPV7亚型。通过对其他病毒进行检测,发现PPV7与PCV2、PPV2的混合感染率较高。该分析结果为我国东北地区猪病防控提供了依据。     

2021—2022年我国部分地区市场交易鸽群腺病毒检测及遗传进化分析

为了解我国鸽腺病毒（pigeon adenovirus,PiAdV）的流行现状及分子遗传特征,2021—2022年在江苏、河南、安徽、江西、福建、广东、广西、云南等8个省（自治区）41个活禽交易市场,采集鸽口咽/泄殖腔双拭子样品共462份,通过PCR进行PiAdV核酸检测,并对其六邻体蛋白（hexon）编码基因进行遗传进化分析。核酸检测结果显示：除未从江苏省检出阳性外,从其他7个省（自治区）的24个活禽交易市场中检出120份PiAdV病原学阳性样品,个体阳性率为25.97%（120/462）,场点阳性率为58.54%（24/41）;遗传进化分析结果显示,从不同省份随机挑选的15份PiAdV病原学阳性样品均属于B种（PiAdV-B）分支,与同属于PiAdV-B中的varient B小分支核苷酸同源性为99.1%~100%,而与PiAdV-A分支亲缘关系较远。结果表明,我国市场交易鸽群PiAdV污染面较广,感染率较高,PiAdV-B分支为优势流行毒种。因此,需要加强鸽养殖场的饲养管理和活禽交易市场的卫生管理,加快开展PiAdV疫苗研发,以有效控制PiAdV流行。     

广东鹅源圆环病毒分子流行病学调查与毒株遗传进化分析

为了解广东地区圆环病毒在鹅群中的流行情况。研究针对鹅圆环病毒全基因组保守序列设计特异性检测引物,采用PCR方法对送检的232份鹅疑似鹅圆环病毒感染病例进行检测。并针对其中一份阳性样品病毒全基因组进行测序,获得该毒株全基因组序列信息。对该毒株全基因进行遗传进化分析、Cap蛋白相似性分析和B细胞抗原表位预测。结果显示,232份样品中阳性检出率为44.4%,表明鹅圆环病毒在广东地区鹅群中普遍存在,鹅圆环病毒毒株与其他已报道的鹅源毒株处于同一遗传进化分支,鹅源毒株间Cap蛋白相似性为98.0%~100%,但与鸭圆环病毒相似性低(46.9%~48.2%);Cap蛋白B细胞线性表位预测结果提示,鹅源和鸭源毒株表位位置相近,但氨基酸序列差异较大,提示两种毒株之间交叉保护力可能存在差异。研究为了解广东地区鹅源圆环病毒流行、进化情况,并进一步做好相关防控工作提供理论参考。     

孔雀奇异变形杆菌的分离鉴定及遗传进化分析

从信阳地区发病孔雀肝脏中分离到1株致病菌(编号为KQY),通过分离纯化、生化试验,发现其各项检测指标均符合变形杆菌的特点。进一步对该分离菌的16S rRNA片段测序及Blast分析,与奇异变形杆菌参考株同源性为99.3%~99.9%,确定该分离菌为奇异变形杆菌。动物回归试验显示该株为孔雀的致病菌株。     

东帕米尔高原地区藏兔群体遗传进化分析

旨在利用分子遗传学方法检测东帕米尔高原地区极端环境对当地藏兔群体的遗传多样性、遗传结构及遗传分化的影响,为帕米尔高原物种多样性和遗传多样性的保护提供研究资料.本研究通过PCR扩增及测序技术测定东帕米尔高原地区藏兔的线粒体CO1与ND4基因序列,使用相关生物信息学软件进行数据分析.结果表明,东帕米尔高原地区4个采样点37...     

马细小病毒的鉴定及遗传进化分析

本研究旨在了解马细小病毒的遗传进化特征。采集新疆昌吉市和哈密市等马场共计53匹马的粪便样品,运用高通量测序技术调查马匹携带病毒的情况。分析病毒宏基因组学测序结果,粪便样品中的核酸信息显示有马细小病毒(Equine Parvovirus,EqPV),根据GenBank中的细小病毒参考毒株VP1基因序列,设计特异性引物,验证病毒组学结果并分析马细小病毒的遗传进化特征。结果显示,在28份伊犁马粪便中发现3份样品呈EqPV阳性,阳性率为11%;在25份焉耆马粪便中检测到2份EqPV阳性样品,阳性率为8%,由遗传进化分析结果表明伊犁马和焉耆马细小病毒属于不同的进化分支,是完全不同的两种马细小病毒。本研究报道了新疆本土品种马的细小病毒携带情况,为马细小病毒的防控和流行病学研究提供基础数据。     

免疫压力下HP-PRRSV田间流行毒株的遗传进化分析

为研究在免疫压力下HP-PRRSV田间流行毒株的遗传进化情况,选取2家疫苗免疫猪场、2家未免疫猪场,连续2年每季度采集血清利用ELISA检测PRRSV抗体;采集血清、组织病料及精液通过RT-PCR检测PRRSV病原,并对阳性样品进行扩增、克隆、测序分析。结果,共获得Nsp2基因序列91个,ORF5、ORF6、ORF7基因序列各98个,均属于美洲型高致病性变异毒株(HP-PRRSV);Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别为90.1%¹00%和91.6%100%和91.6%¹00%、83.3%100%、83.3%¹00%和81.1%100%和81.1%¹00%、96.6%100%、96.6%¹00%和96.0%100%和96.0%¹00%、91.1%100%、91.1%¹00%和91.4%100%和91.4%¹00%,表明ORF6基因的同源性最高、ORF5基因的同源性最低;Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率分别为4.30×10-4、4.09×10-5、2.65×10-6、4.89×10-6 substitutions/site/day(s/s/d),表明Nsp2基因最容易发生变异,而ORF6基因最稳定;Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率在免疫猪场分别为4.42×10-4、4.20×10-5、2.71×10-6和4.93×10-6 s/s/d,在非免疫猪场分别为4.18×10-4、3.98×10-5、2.59×10-6和4.84×10-6 s/s/d,表明免疫猪场中HP-PRRSV流行毒株的进化速率高于非免疫猪场中HPPRRSV流行毒株的进化速率。本研究结果为掌握HP-PRRSV的分子流行病学规律提供了详细的基础数据。     

2016—2019年我国I类新城疫病原学监测与遗传进化分析

为掌握我国I类新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）的分布及分子演化特征,2016—2019年,随机从国内23个省（自治区、直辖市）998个采样点,采集家禽口咽/泄殖腔双拭子样本、野鸟粪便样本和环境样本共45 458份,通过病毒分离和RT-PCR鉴定,共分离到I类NDV 558株。从时间分布看,2016—2019年I类NDV分离率分别为0.95%、0.89%、1.88%和1.37%,有增高趋势;从地理分布看,我国16个省（自治区、直辖市）分离到I类NDV,主要集中于华东、西南和西北地区;从场点分布看,活禽批发市场和农贸市场的I类NDV阳性率明显高于养殖场和屠宰场;从宿主分布看,I类NDV主要来源于鸡和鸭,少量来自鹅、鸽和环境样本;从基因型分布看,558株I类NDV属于2个基因亚型,其中1.1.2亚型为近年来我国流行的主要基因亚型。研究表明,我国I类NDV污染面广,宿主范围广泛,且存在2种基因亚型。研究提示,应加强I类NDV的免疫、监测,同时加强饲养管理,提高家禽抵抗力,降低病毒基因变异致毒力增强的风险。本研究为我国科学防控新城疫提供了参考数据。     

宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒基因组遗传进化分析

对宁夏地区2011年分离到的5株H1N1亚型猪流感病毒进行了基因组测定和遗传进化分析。结果显示:宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒具有多样性,5株分离株可分为3类,其中1株为类人H1N1猪流感病毒,2株为经典猪流感病毒,另外2株为重组猪流感病毒,其PB2、PB1、PA、NP、NS基因来源于北美三元重组猪流感病毒,HA、NA、M基因来源于经典猪流感病毒;HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示5株H1N1亚型猪流感分离株均为低致病性毒株;序列分析结果显示5株病毒在HA蛋白受体结合位点、抗原位点,以及NA蛋白潜在糖基化位点处氨基酸存在差异,这些差异具有分支特异性。5株病毒在NA和M2蛋白上均未出现与神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺耐药性相关的氨基酸变异,但其中3株病毒的PB2蛋白基因具有哺乳动物适应性变异E627K。     

PRRSV天津分离株Nsp2基因的克隆和遗传进化分析

从天津市病猪中分离得到3株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),分别命名为TJ-S1、TJ-S2和TJ-S3。根据GenBank中PRRSV BJ-4株的基因序列设计并合成针对Nsp2基因高变区的引物,RT-PCR扩增目的基因并将其克隆到pGEM-T载体进行测序,并与国内外已发表的毒株序列进行比较。结果表明,3个毒株都是美洲型PRRSV,而且TJ-S1、TJ-S2株的Nsp2基因发生30个氨基酸的不连续缺失;基因系统发育树分析表明,TJ-S1株、TJ-S2株与HuN株、SD-14株的亲缘关系很近,TJ-S3株与CH-1a株的亲缘关系较近。     

2013-2014年黑龙江地区猪流行性腹泻病毒检测及M基因的遗传进化分析

猪流行性腹泻是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种严重的病毒性传染病。本试验于2013 2014年在黑龙江省6个地级市的10个规模化猪场采集新生哺乳仔猪临床表现为腹泻症状的粪便与小肠,进行RT-PCR检测,表明PEDV检出率为56%,PEDV+TGEV检出率为6%,PRV检出率为10%,TGEV检出率为10%,结果表明,引起黑龙江省规模化猪场新生仔猪腹泻的主要病原是PEDV,同时也存在与其他腹泻病毒的混合感染。针对阳性病料扩增出的6株PEDV的M基因序列进行遗传进化分析,6株PEDV-M基因序列之间的核苷酸同源性为98.2%~99%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为97.6%~98.2%。利用MEGA 6.0构建遗传进化树,结果显示,扩增出的6条PEDV-M基因的遗传进化树分为两大系,大部分遗传距离较近,处于同一分支。其中LJJHD-M-13和LJJQ-M-14与泰国KU06RB08、泰国KU07RB08的亲缘关系较近,LJJC-M-14、LJJJ-M-14、LJJH-M-13、LJMM-M-14这4株毒株与韩国M1595、韩国CPF259的亲缘关系较近。同时扩增出的6条PEDV-M基因与CV777毒株非一系,与其亲缘关系较远,说明这些地区的PEDV流行毒株已经发生变异,形成了独特的流行进化分支。因此,本试验通过对变异毒株基因序列进行分析,以期为研制新的疫苗和预防控制该病提供实验数据和理论基础。     

2022年鄂西地区PRRSV ORF5基因遗传进化分析

为掌握鄂西地区PRRSV的流行及遗传变异情况,对2022年采自该地区8个县（市、区）的疑似感染发病猪血液、肺脏组织等样品共672份,进行PRRSV实时荧光RT-PCR检测,并对部分阳性样品的ORF5基因序列进行遗传进化分析。结果显示：检出PRRSV阳性样品33份,阳性检出率为5%;通过进一步分型鉴定,23份为HP-PRRSV阳性,占69.7%,10份为类NADC30（NADC30-like PRRSV）阳性,占30.3%;采用DNAstar软件分析4份阳性样品的GP5蛋白氨基酸序列,显示存在多个氨基酸突变,在诱骗表位（27~30 aa）出现29G→29C,在中和表位,HP-PRRSV毒株出现39A→39T,类NADC30毒株出现38A→38T。结果表明,鄂西地区存在高致病性和类NADC30两种PRRSV毒株流行,其GP5蛋白氨基酸序列已发生了多个变异。结果提示,应持续加强PRRSV分子流行病学监测,选择与流行毒株匹配的疫苗进行免疫。     

猪流感病毒的分离及NA基因的遗传进化分析

通过鸡胚接种分离到3株猪流感病毒,经HI、RT-PCR鉴定,其中GXHZ株为H1N2亚型毒株,GXLZ、GXXY株为H3N2亚型毒株,并对分离株进行EID50测定及GXHZ株的猪体攻毒试验。所扩增分离到3株SIV病毒NA基因与A/Sw/Hainan/1/2005(H1N2)的核苷酸和氨基酸序列同源性最高。3株SIV分离株的NA基因在氨基端胞浆尾区均由K6→R6,在非极性跨膜区均由V20→M20。系统发育分析表明本试验所分离的3个SIV毒株与H1N2亚型毒株亲缘性最相近,且来源于猪源H1N2亚型流感病毒。从时间上也发现,3个分离株的NA基因与1996年以后获得的H3N2毒株亲缘关系很近,都隶属于一个亚分支。