黄瓜霜霉病菌SSR遗传多样性分析

以来自黑龙江省、吉林省、辽宁省、北京、山东省、江苏省、湖北省和广东省8个省份的36株黄瓜霜霉菌为试材,采用SSR分子标记的方法,研究了黄瓜霜霉病菌的遗传多样性。结果表明:中国黄瓜霜霉菌遗传分化较大,群体遗传多样性比较丰富。利用11对SSR引物共扩增出170条谱带,其中多态性条带160条,占总带数的94.1%。从11对引物中筛选出了多态性好、条带清晰的引物D13。通过NTSYS软件构建了黄瓜霜霉菌的亲缘关系树状图,聚类分析结果表明,菌株间的相似系数在0.43~1.00,说明SSR遗传多样性与菌株的地理来源存在一定的相关性。     

栽培黄瓜种质遗传多样性的SSR鉴定

利用62对多态性SSR引物对59份黄瓜材料进行了遗传多样性分析。聚类分析结果将供试材料分为 7 大类群,第 1 类包含6个欧洲温室型材料,全为无刺瘤类型;第 2 类是4个美国类型种质,属于小果型材料;版纳黄瓜D59单独聚为第3类,且与其他材料的遗传距离均大于0.33;疑为华南型种质的D38,单独聚为第4类,其果实为乳白色;第5类包括D13及其父本D39,两者含有欧洲和华北血缘;第6类为叶色突变材料D28,是欧洲型和华北型黄瓜的后代;第7类包括33个华北型材料、7个华南型材料、4个日本型材料。主成分分析与系统聚类分析结果基本一致。两种分析方法的分类结果与形态学分类相吻合。     

厚皮甜瓜遗传多样性的SSR分析

采用61对SSR特异引物对46份厚皮甜瓜材料进行分析,其中52对扩增出条带,47对引物具有多样性,扩增带分子量在150～1500bp,187条谱带中154条谱带具有多态性,多态率占82.35%,平均每个引物可扩增出3.60条带。同时,对材料网纹、果形、单果质量、有无条带、果皮颜色、果肉颜色、肉质、种子、有无麝香味、裂叶、是否自落和花性型等12个性状进行了田间调查,经过phylip软件和NTSYS软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记和性状2个聚类图。结果显示,46份材料的遗传距离在0.0188～1.2119,而单一性状气味、果皮颜色、果肉颜色和表面网纹的遗传距离都小于0.1,十分接近;2种聚类分析结果存在较大差异,这与供试材料的亲缘关系十分复杂,大部分材料来源相近,具有相同的亲本,和回交亲本存在一定关系。     

新疆栽培杏群体遗传结构的SSR分析

 利用11对SSR引物对喀什、和田和库车3个新疆栽培杏( Prunus armeniaca L. ) 品种亚群进行了分子系统学研究。结果表明: 各位点平均期望杂合度(He = 0.2364) 显示新疆栽培杏群体具有较高的遗传多样性水平。根据基因分化系数(Gst = 0.1508) 值, 新疆杏各品种亚群的遗传分化主要存在于亚群(84.9%) 内。基于Gst测得的基因流Nm 为2.3666, 人为通过种子引种可能是其基因交流的主要方式。根据果实形态和地理起源对新疆杏进行传统分类并不能完全反映出新疆杏品种间的亲缘关系。     

寒地苹果资源遗传多样性及群体结构的SSR标记分析

对49份寒地苹果资源采用荧光SSR分子标记技术,并利用GenAlEx 6.501软件进行遗传多样性分析,利用NTSYS 1.2软件进行聚类分析,利用STRUCTURE 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明：20对SSR引物通过DNA扩增共检测出278个多态性等位基因,平均多态性等位基因数为13.850,平均有效等位基因数为6.649,香农多样性指数为2.065,观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.569和0.799,具有较高的遗传多样性。楸子群体与中国苹果群体间遗传距离最小,为0.261,楸子群体与西洋苹果群体间遗传距离最大,为0.411,属于中度分化。基于UPGMA遗传距离的聚类分析,在遗传距离0.80处49份材料可以分成2个类群,第Ⅰ类包括18份资源,全部是中国苹果群体;第Ⅱ类包括31份资源,其中楸子群体10份,中国苹果群体16份,西洋苹果群体5份。在遗传距离0.81处,第Ⅰ类进一步分为Ⅰa和Ⅰb两个亚类,分别包含5份和13份资源。群体结构分组与聚类分析有相似的结果,发现遗传距离和类群归属与地理位置并不完全相关,各群体间存在基因渗透。     

普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。     

甜瓜种质资源遗传多样性的SSR 分析

利用SSR 分子标记技术对72 份甜瓜种质资源及育种材料进行DNA 指纹分类及亲缘关系研
究,20 对SSR 引物共扩增产生76 个多态性位点,平均每对引物产生3.8 个多态性位点。聚类结果将72 份
甜瓜种质资源分为7 个类群,其中类群I 包括新疆本地资源及几乎全部自育甜瓜种质资源64 份材料,这
说明本试验所选用的新疆厚皮甜瓜种质资源遗传背景比较狭窄。     

基于SSR标记的核桃种质资源遗传多样性与遗传结构分析

以58份核桃品种(优株)为试材,利用荧光SSR分子标记方法评价了58份种质资源的群体遗传多样性,分析其遗传结构特征,构建NJ聚类图,以期准确了解58份核桃种质的遗传背景和亲缘关系,为核桃属种质资源的合理利用、遗传资源的保存以及开发合理的育种方案和策略提供参考依据。结果表明：1)试验筛选出的15对SSR引物具有较高的多态性,共扩增出109个多态性等位基因(Na),平均每对引物的观测等位基因数(Na)为7.267,平均有效等位基因(Ne)3.069,平均观测杂合度(Ho) 0.519,平均期望杂合度(He)0.653,平均多态性信息量(PIC)0.603 5,平均香农指数(I)1.327。2)58份核桃品种(优株)间遗传距离范围为0.181～0.742,变幅为0.561,品种间遗传距离≥0.5的比例为44.19%,≥0.6的比例为13.5%,遗传基础较宽广,遗传信息丰富,遗传多样性水平较高。3)基于Nei遗传距离聚类分析,58份核桃品种(优株)可聚成3个类群,聚类结果与表型性状、亲缘来源有关,与地理位置相关度不大。4)群体遗传结构分析中,Q>0.6占比81.03%,基因混合来源比例较...     

山葡萄种质资源SSR遗传多样性分析

对360份山葡萄种质资源进行了遗传多样性分析研究。从245对引物中筛选出18对用于供试材料的SSR扩增;单条引物扩增条带为4~13条,平均9.44条;扩增产物长度介于150~1 000 bp,以200~750 bp的扩增片段居多;18对引物共扩增出170条带,其中多态性条带167条,多态性百分率为98.2%;Shannon’s多样性指数(I)为1.778051。某些品种(系)产生了特有SSR标记带,共5条,占2.95%。     

蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

海南椰子栽培品种的SSR标记分析

应用简单重复序列（SSR）标记方法,对海南的11个椰子栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2~12条不等,平均为6.17条,每个SSR位点的多态信息量（PIC）变化于0.173~0.896之间,平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061~0.861,说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,11个椰子栽培品种分为四个类群和两个亚群。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与形态学研究的分类结果并不完全吻合。     

云南蔷薇属部分种质资源的SSR遗传多样性研究

利用简单重复序列SSR标记技术对蔷薇属（Rosa L．）13份野生种、变种、变型及29份栽培品种的遗传多样性进行了研究。用筛选出的18对SSR引物对42份材料DNA进行PCR扩增,在18个位点共检测到148个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6～14个,平均8．2个。材料问遗传相似系数为0．282—0．892,表明在分子水平上具有丰富的遗传多样性。在相似系数为0．456时,基于SSR标记的聚类分析将13个蔷薇野生种分为5个组,这与植物形态学分类结果大体一致。在遗传相似系数为0．43水平上,聚类分析将42份供试材料分为5大组群。初步探讨了野生种之间以及野生种与栽培品种之间的亲缘关系。     

樱桃主栽品种的遗传多样性分析

利用24对SSR引物对30个樱桃主栽品种进行遗传多样性分析, 以了解樱桃产区的资源多样性状况, 为种质资源的开发和利用提供帮助。结果表明: 樱桃产区具有丰富的遗传变异。SSR的遗传多样性指数的分布范围为1.3647～2.9964, Simp son指数分布范围为0.6111～0.9326。30个品种的分子数据聚类结果均呈现一定的地理分布规律。根据系统聚类分析将30个樱桃品种分为两大类: 欧洲甜樱桃和中国樱桃, 与传统分类学的结果相符。同时在两大类内又将品种进行细分, 第Ⅰ类分为3组, 第Ⅱ类分为2组,其结果与地理分布有一定的相关性, 能够反映樱桃的遗传特点及区域特性。     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

新疆野生啤酒花遗传多样性的形态和SSR比较分析

采用SSR分子标记、结合形态指标对新疆野生啤酒花资源的遗传多样性进行了研究.结果表明:新疆野生啤酒花产量分别与百花重、单蔓果穗数和最长节间长3个性状呈极显著正相关;与单果穗重、主蔓长、果穗长3个性状呈显著正相关;以上6个性状具有相同的变化趋势,是影响新疆野生啤酒花产量的主要因素.根据形态学指标聚类分析,将材料分为三大类.在分子标记中,从7对引物中选出3对反应稳定、具有多态性的引物用于群体遗传多样性检测分析,得出7个居群的平均遗传多样性是A为1.5000,Ne为1.2910,h为0.1741,1为0.2597.7个居群的遗传距离在0.0197～0.3152.利用UPGMA法对7个居群间的遗传关系进行了聚类分析,分为两大类,可见新疆野生啤酒花遗传多态性较为丰富.形态学指标和遗传多样性指标的相关分析表明:全生育期、果穗结实率、叶分裂类型、叶主裂数、叶长、主蔓果穗数与遗传多样性指标具有一定的相关性.     

云南蔷薇属部分种质资源的SSR遗传多样性研究

利用简单重复序列SSR（Simple Sequence Repeat）标记技术对42份蔷薇属（Rosa L.）种质资源（包括13份野生种、变种、变型及29份栽培品种）的遗传多样性进行了研究。用筛选出的18对SSR引物对42份材料DNA进行PCR扩增,在18个位点共检测到148个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6~14个,平均8.2个。材料间遗传相似系数变化范围为0.282~0.892,表明在分子水平上云南省蔷薇属植物具有丰富的遗传多样性。本研究发现,在相似系数为0.456时,基于SSR标记的聚类分析可以将 13个蔷薇野生种明显分为5个组,这与植物形态学分类结果大体一致。在遗传相似系数为0.43水平上,聚类分析将42份供试材料分为5大组群;同时初步探讨了野生种之间以及野生种与栽培品种之间的遗传亲缘关系。     

与黄瓜M基因连锁的三个共显性标记

 利用黄瓜近等基因系纯雌株WI1983G（基因型为FFMM）与两性花株WI1983H（基因型为FFMM）为亲本,以WI1983H为回交亲本构建了BC₁代分离群体,采用SSR及SCAR分子标记技术,获得了3个与M基因紧密连锁的标记SSR23487、SCAR123和SSR19914,它们与M基因的遗传距离分别为0.28 cM、0.94 cM和3.20 cM,两侧标记SSR23487和SCAR123将M基因定位在1.22 cM的遗传区间内。这3个分子标记的获得不仅可以用于分子标记辅助选择育种,而且为最终M基因的克隆打下了基础。