MyoD基因在不同猪种中的PCR-RFLP遗传多态性及其遗传效应研究

采用PCR—RFLP的方法分析了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况，并分析了MyoD基因对肌纤维、胴体品质、胴体等级性状和肉质性状的遗传效应。结果表明：MyoD基因内含子1内的DdeI酶切位点多态性较丰富。在多数地方猪种群体中，C基因的分布具有绝对优势，且主要以杂合子AC形式存在。突变型A基因对胴体性状和胴体等级性状的影响较大，可极显著地增加胴体瘦肉率和眼肌面积，降低皮脂含量，提高腿臀比例，增加胴体长度（P〈0．01），同时会降低猪肉品质。具体讲，A基因对增加肌纤维面积的加性效应值和显性效应值分别为457．915μm^2和431．055μm^2；对增加嗣体瘦肉率的加性效应值和显性效应值分别为3．594％和-0．153％；对增加眼肌面积的加性效应值和显性效应值分别为3．084cm^2和-0．46cm。；对皮脂率的加性效应值和显性效应值分别为～3．916％和0．666％；对提高腿臀比的加性效应值为0．771％，显性效应值为0．068％。A基因对屠宰后45min和冷藏24h后的肉色评分的加性效应值分别为-0．145和-0．160，显性效应值分别为-0．052和-0.213．     

5个猪种CAST基因第二内含子微卫星标记的遗传多态性分析

猪CAST基因第2内含子中存在以GT为核心序列的微卫星座位。分析了长白猪、大白猪、杜洛克猪、马身猪和山西黑猪等5个猪种227个个体在该座位的遗传变异,检测到4个等位基因,分别是A(171bp)、B(179bp)、C(185bp)和D(191bp)。在山西黑猪和杜洛克猪中,等位基因D的频率较高,分别为0.6389和0.5143;在马身猪群体中,等位基因B的频率较高,为0.6310;在大白猪和长白猪群体中,4种等位基因的频率相近,分别介于0.1389～0.3889之间和0.1417～0.3500之间。在所检测的群体中,共有10种基因型,在长白猪和大白猪群体中,纯合子所占比例较高,其遗传纯合度分别为0.6667和0.7037,而在山西黑猪和马身猪中,杂合子比例较高,其遗传杂合度分别为0.6111和0.5476。由于CAST基因是影响猪肉质品质的候选基因之一,推测该微卫星座位可能对肉质品质有一定影响。     

11个猪品种生长激素(pGH)基因多态性及其遗传分化研究

利用PCR和测序技术,检测了11个猪品种共65个个体的生长激素(pGH)基因全序列多态性,发现43个SNPs和1个位于内含子3的7 bp缺失片段。分析结果表明,pGH基因DNA序列不同功能区变异程度各不相同,外显子区、内含子区、5′和3′端非编码区SNPs位点各占SNPs位点总数的18.60%、74.42%、6.98%;外显子区8个SNPs位点导致4个氨基酸位点变异,外显子2是编码区的高变域;各SNPs的变异属典型的中性突变;不同品种有其独特的单倍型。分子方差分析(AMOVA)结果表明,pGH基因DNA序列品种内的变异(方差比率73.45%)大于品种间的变异(方差比率26.55%),品种间差异极显著(P<0.01),存在较明显的遗传分化;pGH基因自身进化及品种进化主要体现在内含子区,品种间的遗传分化与地理分布和基因交流有关。     

猪垂体特异性转录因子基因多态性的研究

对香猪、上海白猪、大约克夏猪的垂体特异性转录因子(PIT-1)基因进行了单核苷酸多态性(SNP)分析。结果显示:在3个猪种PIT-1基因的第5和第6外显子中均未发现SNP;而在第4外显子中出现SNP,即在公布序列的第272位上有1/2的大约克夏猪为碱基C,其余1/2的大约克夏猪和全部的香猪、上海白猪均发生了C→T突变,这是一个沉默突变。根据研究结果推测,PIT-1基因第4外显子中的碱基突变及这3个外显子的序列状况可能与香猪的矮小性无关。     

贵州地方猪BF基因的群体遗传特性分析

以BF基因为候选基因,利用PCR和直接测序技术对贵州白香猪、可乐猪、大约克猪3个品种共95个个体BF基因外显子15、16、17的733 bp进行多态性分析,并对不同品种进行群体遗传学分析。结果显示:在第16外显子45 bp处存在A→C的碱基突变,命名为BF-exon16-A45C,导致编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)突变为天冬氨酸(Asp);在贵州白香猪和可乐猪群体内均检测到AA、AC和CC三种基因型,在大约克猪群体内只检测到AC和CC两种基因型,贵州白香猪处于低度多态,可乐猪和大约克猪处于中度多态。经χ2适合性检验表明:贵州白香猪在该位点偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡状态,可乐猪和大约克猪均处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。     

六个猪种群ME1基因的遗传多态性

本试验采用PCR-SSCP技术,对6个猪种群的ME1基因进行研究,从分子水平上研究其多态性.结果表明,307个样本中检测到5种单倍型,其中,长白猪和大白猪各检测出5种单倍型;马身猪、杜洛克猪和山西白猪分别检测出3种单倍型;山西黑猪检测出4种单倍型.大白猪、长白猪、马身猪和山西黑猪均属于高度多态性.研究结果可为寻找与繁殖性能相关遗传标记的研究提供一定的理论参考.     

猪NNAT基因印记鉴定及单核苷酸多态性分析

本实验旨在探究猪NNAT(Neuronatin)基因印记状态、遗传多态性及其与胴体和肉质性状的关系,为印记基因成为猪肉质性状遗传改良的分子标记提供理论依据.通过PCR产物直接测序发现在NNAT基因3'UTR区存在一处C/T突变,鉴定了NNAT基因在梅山猪与大白猪正反交产生的65 d胚胎的背部脂肪组织中的印记状态;在起始...     

藏猪和大约克夏猪RBP5基因多态性及表达差异性分析

视黄醇结合蛋白5(RBP5)是视黄醇结合蛋白家族新成员,在脂肪代谢中有重要作用。为探索RBP5基因在猪生长发育、脂肪代谢性状中的相关性,本实验选取180日龄藏猪和大约克夏猪,在mRNA水平上对藏猪、大约克夏猪的肝脏、肾脏和腹脂组织中的RBP5基因表达量进行了RT-qPCR检测,在DNA水平上对藏猪、大约克夏猪RBP5基因3’侧翼区、5’侧翼区和CDS区进行了单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点筛选。2个品种猪肝脏、肾脏和腹脂中RBP5基因的mRNA相对表达量趋势基本一致,藏猪肝脏、肾脏中RBP5的表达量极显著低于大约克夏猪,腹脂中的表达量显著低于大约克夏猪,表明RBP5基因可能与脂肪沉积能力呈负相关;RBP5基因在3’侧翼区有’G²⁷⁴A、’T²⁷⁸C和’C³⁴⁶T 3个突变位点,藏猪与大约克夏猪存在极显著差异。本研究中RBP5基因的’G²⁷⁴A、’T²⁷⁸C、’C³⁴⁶T位点的多态性与mRNA表达差异...     

柯乐猪PAEP基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein, PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点：外显子4的g.1884992 T>C位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 T>C位点属于低度多态(PIC<0.25),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点属于...     

不同地方猪重要经济性状关联位点SNP芯片分型及群体遗传结构研究

旨在分析四川省7个地方猪种类群和山东省徒河黑猪重要经济性状关联SNP位点基因型分布及群体间遗传结构。本研究采用中芯一号芯片对23头成华猪、26头雅南猪、60头青峪猪、57头内江猪、151头丫杈猪、57头乌金猪（凉山类群）、51头平原藏猪、109头高原藏猪和28头徒河黑猪共562头健康种猪进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）分析,利用Plink软件对获得的基因型数据进行质控,结合R等软件,统计分析猪7个重要经济性状的基因型;采用Mega X软件进行聚类分析,使用Plink软件进行主成分（PCA）分析,通过VCFtools软件计算猪群间的群体遗传分化指数（Fst）,分析群体间遗传关系远近。结果显示,四川省地方猪群体中,采食量、酸肉和应激性状的非优势基因型比例均在2.20%以下;抗仔猪腹泻、料重比（FCR）、公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例分别为8.99%、11.80%、73.97%和95.32%;徒河黑猪群体中,应激性状已无q等位基因,采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低,均为3.57%;公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高,分别为39.29%、50.00%、82.14%和92.86%;聚类和主成分分析显示,徒河黑猪与四川地方猪种间遗传距离远,丫杈猪、乌金猪、内江猪和藏猪（平原和高原）各自聚为一类,品种间群体分层结构明显,雅南猪、成华猪、青峪猪聚为一类;Fst指数计算结果表明,同属于湖川山地猪的丫杈猪和青峪猪间存在高度遗传分化。结果提示,四川省地方猪群体的采食量、酸肉、应激、抗仔猪腹泻和料重比性状的非优势基因型比例较低,公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例较高;徒河黑猪群体的应激性状已无q等位基因,采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低,公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高;群体遗传结构研究结果表明,丫杈猪与青峪猪都归类于湖川山地猪有待商榷。     

猪DECR1基因SNP与大白猪胴体性状的关联分析

试验以大白猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法对DECR1基因exon5（外显子5）的多态性位点进行了遗传结构的分析,并对这个多态性位点与胴体性状的关联性进行了研究,结果表明,DECR1基因在该位点上,由C、G 2个等位基因产生了CC、CG和GG 3种基因型,CG基因型为优势基因型,在该位点存在较大遗传变异。GG基因型脂肪率与CC基因型脂肪率存在显著差异（P〈0.05）。     

猪MC4R基因Asp298Asn位点多态性及其与生长性状的关联

采用PCR-RFLPs方法对杜洛克、长白、大白3个品种共569头种猪的黑素皮质素受体-4(melanocortin-4 receptor,MC4R)基因的Asp298Asn位点多态性进行检测,分析了不同基因型对7个生长性状的影响。结果表明:3个品种均以GA基因型频率最高,大白猪等位基因A的频率高于G,杜洛克和长白则相反;在杜洛克中,GA基因型个体达100 kg体重日龄最短(P0.05),50~100 kg阶段的日增重最大(P0.05),100 kg活体背膘厚最薄(P0.05);在大白猪中,AA基因型个体达50 kg体重日龄、达100 kg体重日龄最短(P0.01),50~100 kg、30~100 kg阶段的日增重提高(P0.01),100 kg活体背膘厚最薄(P0.05);长白猪不同基因型在所有性状上的差异均不显著(P0.05)。研究结果进一步证实MC4R基因Asp298Asn位点确实与某些品种猪的生长性状显著关联,但在不同品种中,该位点的具体效应可能有所不同。     

猪干扰素-γ基因单核苷酸多态性分析

干扰素-γ（interferon-gamma,IFN-γ）在调节机体免疫应答及抵抗病毒感染等方面有着重要的作用。为探索IFN-γ基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对包括军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481个个体的IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行分析。结果在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4上各发现了一个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。各个突变位点的多态信息含量均小于0.25,呈低度多态,说明猪IFN-γ基因较保守。     

蓝塘猪和大约克猪TPM3基因单核苷酸多态性分析

为了了解蓝塘猪与大约克猪TPM₃基因编码序列(coding sequence, CDS)的多态性,试验选择健康肥育蓝塘猪30头和大约克猪35头作为试验动物,采用PCR方法扩增两个猪群的TPM₃基因cDNA序列,测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP)。结果表明：在猪TPM₃基因cDNA序列中查找到6个SNPs位点,涵盖猪TPM₃基因5′非编码区(UTR)和CDS区;在5′UTR仅存在U-45 SNP位点,为单碱基缺失;在CDS区存在E3-440、E3-452、E4-565、E6-650、E6-658共5个SNPs位点,包括3个单碱基转换,1个单碱基颠换,1个单碱基缺失。E3-440由丙氨酸变为甘氨酸,E3-452由谷氨酸变为甘氨酸,E4-565由异亮氨酸变为缬氨酸,E6-650由异亮氨酸变为苏氨酸,E6-658由亮氨酸变为色氨酸;E3-452与谷氨酸含量关联,谷氨酸作为影响猪肉的主要鲜味物质之一对猪肉风味有影响。说明E3-452可作为影响猪...     

鸡Mx基因2032位点单核苷酸多态性研究

研究采用错配PCR-RFLP的方法对15个品种鸡的Mx基因进行筛查,旨在探索不同鸡品种MxcDNA第2032位点抗病基因A与易感等位基因G的多态性,为生产转基因鸡的可行性提供理论基础。结果表明:15个鸡品种Mx基因的2032位点存在A、G2个等位基因,AA、AG、GG3种基因型,其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡、红色原鸡未发现GG个体;携带Mx抗性基因A和易感基因G的比例分别是0.350、0.650;抗性等位基因A的检测比例为0.034~0.984。红色原鸡的抗性等位基因A基因频率(0.984)高于地方鸡种的抗性等位基因A的基因频率(0.321);地方鸡种中的观赏型、蛋肉兼用型、肉用型、蛋用型鸡种的抗性等位基因A的基因频率分别为0.221、0.297、0.425、0.462。χ2适合性检验表明,15个品种的鸡群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

柯乐猪DSP基因SNP鉴定及其与繁殖性状的关联分析

本研究旨在分析柯乐猪桥粒斑蛋白（Desmoplakin,DSP）基因单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）与繁殖性状的相关性。选择86头柯乐猪母猪,利用DNA混合池结合Sanger测序筛选DSP基因SNP位点,并采用SPSS22.0软件中的一般线性模型（GLM）对DSP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状进行关联分析。结果表明,在柯乐猪DSP基因中共发现了9个SNP位点,在第14外显子发现3个SNP位点：g.4897767G>A、g.4897776C>T和g.4897824G>A,在第14内含子发现6个SNP位点：g.4897943G>T、g.4897954C>T、g.4897991T>C、g.4897997T>G、g.4897999C>G和g.4898004C>T。连锁不平衡分析发现g.4897767G>A、g.4897999C>G和g.4898004C>T位点之间、g.4897824G>A与g.4897999C>G、g.4898004C>T位点之间以及...     

猪品种组合血浆前白蛋白遗传多态性研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳方法测定了六个不同杂交组合猪种血浆前白蛋白 (Prealbumin ,Pa)的多态性 ,统计和计算了基因 (型 )频率。结果表明 ,不同品种组合猪除Hy×PICPa位点表现为单态外 ,其余五个组合Pa位点存在高度的多态性。PIC×PIC组合猪种和Hy×长大组合猪种PaA 的基因频率高于PaB,而其它四个组PaA 的基因频率费明显低于PaB 的基因频率 ,显示不同杂交组合猪种存在明显的遗传多样性     

猪FSHβ基因多态性及其与产仔性能的相关性分析

以518头母猪（含杜洛克、长白、大白）为研究对象,以FSHβ基因为候选基因,采用PCR产物直接电泳法检测FSHβ基因位点的多态性。检出3种基因型,分剐为AA、AB、BB基因型。将基因座不同基因型与总产仔数和产活仔数进行关联分析,结果表明．FSHβ基因在杜洛克、长白猪、大白猪中主要以胎基因型形式存在,曰基因频率分别为96．67％、73．36％和86．01％．但对产仔数影响不显著（P〉0．05）。不同基因型的猪头胎产仔数差异不显著（P〉0．05）,不同基因型对总产仔数的影响差异不显著（P〉0．05）。总体而言,FSHβ基因在该位点的多态性与这3个猪种的头胎产仔数、总产仔数均无显著联系。     

宁乡猪GLP2R基因多态性研究

为探讨宁乡猪遗传多样性,本研究以外来猪种大白猪为对照,研究了宁乡猪GLP2R基因的多态性。通过限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism,PCR-RFLP)分析检测了该基因A/G位点。结果表明,宁乡猪全部为GG型,大围子猪和黔邵花猪的优势等位基因都为G;而外来品种(大白猪)的优势等位基因为A,其基因频率为0.6433,中外品种的差异较大。本研究为宁乡猪的保种和选育提供了有益的资料。     

猪PLSCR4基因外显子区PCR-RFLP遗传多态性分析

本研究利用PCR-RFLP技术对我国6个地方猪种、中国野猪以及杜洛克、约克夏和长白3个国外猪品种,共307头猪的磷脂爬行酶基因(PLSCRs)外显子区的遗传变异进行了研究。结果表明:PLSCR4第7外显子处存在T68C的同义突变,第8外显子处存在G4A的错义突变;在T68C突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪6个猪群优势等位基因为T,荣昌和野猪群体中优势等位基因为C;在G4A突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪群体中优势等位基因为G,藏猪、荣昌、金华及野猪群体中优势等位基因A。