类猪圆环病毒因子P1 VP2蛋白二级结构与B细胞表位预测

旨为预测类猪圆环病毒因子P1 VP2蛋白的B细胞表位.采用生物信息软件和互联网服务器,预测VP2的二级结构,分析VP2表面特性(亲水性、可塑性、可及性和抗原性),综合预测VP2的B细胞抗原表位.结果表明,P1 VP2蛋白肽链的6-18和80-92区段为预测的B细胞表位优势区.多参数方案综合预测P1 VP2蛋白的B细胞抗原表位,为进一步鉴定表位及设计疫苗奠定了基础.     

FMDV OA/58病毒株VP1蛋白结构构建与B细胞抗原表位的预测

以口蹄疫病毒株OA/58 RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pGEM-T easy载体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和EcoR Ⅰ酶切法鉴定.运用同源模建得到OA/58 VP1蛋白3D结构,并结合理化性质、亲水性、可塑性和免疫原性进行分析,预测OA/58 VP1的抗原表位.结果 OA/58 VP1存在多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:2～11,15～35,38～50,77～88,90～107,121～125,131～135,140～149,154～163,169～175,178～189,197～213.应用同源模建得到的OA/58 VP1蛋白3D模型来预测其B细胞表位,为进一步研究OA/58 VP1功能,构建突变体和选择表达新型OA/58 VP1蛋白分子提供有参考价值的信息.     

草莓轻型黄边病毒外壳蛋白抗原表位预测

抗原表位是抗体识别并结合抗原的部位。抗原表位的预测有助于重组抗原的设计、快速筛选和高活性抗原的快速制备。通过DNAStar、Ex PASy、TMHMM Sever2.0和IEDB等软件对草莓轻型黄边病毒的外壳蛋白的二级结构、理化及生物学性质进行了分析。分析结果显示,草莓轻型黄边病毒的外壳蛋白中不存在跨膜区域;平均亲水性为-0.252,属于可溶性蛋白;潜在的抗原表位有5个,平均抗原指数为0.026 5~0.077 3。预测的上述5个抗原表位是否有抗原活性及其活性强弱仍有待于相应的试验论证。     

传染性法氏囊病病毒VP2蛋白B细胞抗原表位免疫小鼠试验

为检测Ⅰ型IBDVVP2蛋白线性B细胞抗原表位肽PJ14和PJ5的免疫原性,将人工合成并纯化的PJ14和PJ5分别与牛血清白蛋白(BSA)和卵清白蛋白(OVA)偶联;将与BSA偶联的PJ14和PJ5分别免疫BALB/c小鼠,然后以与OVA偶联的PJ14和PJ5作为间接酶联免疫吸附试验抗原,分别测定免疫鼠血清中抗相应多肽的抗体。结果显示,免疫小鼠产生了抗PJ14和PJ5的抗体,抗体持续期达21周。表明PJ14和PJ5具有免疫原性。     

FMDV Asia1/HeB病毒株结构蛋白基因的克隆测序及B细胞抗原表位预测

对口蹄疫病毒Asia1/HeB株P1结构蛋白基因进行了扩增、克隆及序列测定.采用DNAStar Protean软件对P1蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可及性及抗原指数等参数进行分析,综合预测其B细胞表位分布.结果表明,FMDV Asia I/HeB株P1基因长2 199 bp,包含完整的开放阅读框,编码733个氨基酸,其中VP1长633 bp,编码211个氨基酸,VP2长654 bp,编码218个氨基酸,VP3长657 bp,编码219个氨基酸,VP4长255 bp,编码85个氨基酸.P1结构蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的β片层结构和转角结构,VP1、VP2和VP3上均有多个区域为B细胞优势表位,VP4上也有少量的潜在B细胞表位.与已鉴定的B细胞表位相比较,该方法预测的结果有较高的准确度.为试验确定FMDV AsiaI/HeB株P1结构蛋白的B细胞表位和反向疫苗学设计提供了理论基础.     

口蹄疫OA／58病毒株VP2蛋白结构模拟与B细胞抗原表位的分析

以口蹄疫病毒株OA/58 RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pMD18-T载体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和BamH I,Hind III双酶切法鉴定。运用同源模建得到OA/58 VP2蛋白三维空间结构,并结合理化性质、亲水性、可塑性和免疫原性进行分析,找出OA/58 VP2蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,OA/58 VP2蛋白存在多个潜在的抗原表位,可能的蛋白质抗原表位区域:1~23,40~63,71~78,82~91,102~106,113~119,131~138,148~154,166~177,189~196,212~218。应用同源模建得到的OA/58 VP2蛋白三维空间结构来预测其B细胞表位,为进一步研究OA/58 VP2蛋白在引起易感宿主体液免疫应答方面提供了一种可视化的技术平台,并且为选择表达其他口蹄疫病毒株的VP2蛋白分子提供有参考价值的信息。     

口蹄疫病毒结构蛋白VP1上B细胞表位的筛选鉴定

以口蹄疫病毒株AF72 RNA为模板,反转录并扩增结构蛋白VP1基因,PCR纯化产物与pGEM-T easy载体连接并转化JM109菌株,对经凝胶电泳、PCR和EcoRⅠ酶切法鉴定为阳性的重组质粒进行测序,通过序列比对获得AF72 VP1的核苷酸序列和推导氨基酸序列,综合分析结构蛋白VP1的亲水性、可塑性、抗原指数以及表面可能性等参数,预测其潜在B细胞抗原表位并人工合成表位肽段,利用间接ELISA对潜在表位肽段进行筛选鉴定,结果显示,表位VP1a和VP1d为病毒株AF72结构蛋白VP1的优势B细胞表位,该结果为进一步的FMDV多表位疫苗研究提供有价值的参考依据.     

表达猪传染性胃肠炎病毒S蛋白抗原表位乳酸菌对实验小鼠免疫功能的影响

为了探讨表达猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S蛋白抗原表位乳酸乳球菌对小鼠安全性及免疫功能,以口服的方式给实验小鼠免疫重组乳酸菌,观察小鼠的精神状态,采用ELISA试剂盒方法检测免疫指标。结果表明:重组乳酸菌对小鼠的精神状态及体重均无影响,能显著提高小鼠血清中IgG和粪便sIgA的含量。与对照组相比,免疫后1周、2周、5周的血清中IgG的含量差异显著(P<0.05),3周、4周差异极显著(P<0.01),表明能显著提高小鼠体液免疫水平;能显著提高外周血中T淋巴细胞增殖情况,与对照组相比,差异极显著(P<0.01),表明能显著提高小鼠细胞免疫水平。表达TGEV S蛋白抗原表位乳酸菌能显著提高小鼠体液免疫和细胞免疫水平,具有良好的免疫原性,且安全可靠。     

H7N7亚型禽流感病毒血凝素B细胞和Th细胞表位预测及初步鉴定

摘　要 　目的 预测H7N7亚型禽流感病毒血凝素(Hemagglutinin,HA)B细胞和Th细胞相关抗原表位,并对所获表位的抗原性进行初步鉴定。方法 根据禽流感流行趋势,从GeneBank下载H7N7禽流感病毒HA氨基酸序列,使用生物信息学方法,对所下载序列进行预测与分析,获得H7N7亚型禽流感病毒血凝素B细胞和Th细胞相关抗原表位。通过H7亚型禽流感病毒阳性血清,初步验证所选表位抗原性。结果 获得了5个H7N7亚型禽流感病毒候选B细胞和Th细胞表位,经过间接ELISA方法分析,其中HA165~178,HA180~193,HA241~255表序列相对保守,与流行的H7N7亚型禽流感病毒HA相应区域具有较好的一致性,同时具有与H7型禽流感病毒阳性血清抗体结合能力,预示了其成为功能表位的可能。结论 所筛选的表位具有成为H7N7亚型禽流感病毒HAB细胞和Th细胞相关抗原表位的可能,为H7N7亚型禽流感表位疫苗的研究奠定基础。     

口蹄疫病毒3D聚合酶B细胞表位的筛选鉴定

以口蹄疫病毒株AFT2 RNA为模板,反转录并扩增3D聚合酶基因,PCR纯化产物与pGEM-T easy载体连接并转化JM109菌株,对经凝胶电泳、PCR和EcoRI酶切法鉴定为阳性的重组质粒进行测序,通过序列比对获得AF72 3D聚合酶的核苷酸序列和推导氨基酸序列,综合分析3D聚合酶的亲水性、可塑性、抗原指数以及表面可能性等参数,预测其潜在B细胞抗原表位并人工合成表位肽段,利用间接ELISA对潜在表位进行筛选鉴定,结果显示,表位3D2和3D4为病毒株AFT2 3D聚合酶的优势B细胞表位,该结果将为进一步的FMDV多表位疫苗研究奠定基础.     

猪附红细胞体对树突状细胞成熟的影响研究

为了观察树突状细胞(dendritic cell,DC)2.4的表型和功能变化,以反映猪附红细胞体(Mycoplasma suis,M. suis)对DC成熟分化的影响。通过将DC2.4分成5组：空白对照组：不进行任何处理;实验组：M. suis 0.1、1.0、10.0 μL/mL组,分别在培养液中加入相应剂量的纯化M. suis;阳性对照组：加入脂多糖,终浓度1 μg/ml。应用流式细胞术检测DC2.4培养24 h后细胞表面抗原CD80、CD86、MHC-Ⅱ类分子的表达,并采用MTT法检测同基因混合淋巴细胞反应观察DC2.4对T细胞的抗原提呈能力。流式结果表明：M. suis刺激DC2.4后抑制表面分子CD80、CD86、MHC-Ⅱ的表达,表达量均低于阳性对照组(P<0.01),且对DC2.4的抑制作用呈现剂量依赖。混合淋巴反应中M.suis显著抑制DC2.4对T细胞的激活能力,且阳性对照组与空白组之间差异有显著性意义(P<0.01)。本研究证明了M. suis可以抑制DC2.4的分化与成熟,M. suis刺激的DC2.4在免疫反应中发挥负性调节作用,为M. suis的免疫研究提供科研数据。     

单核细胞增生李斯特菌新疆野毒株XS5 SigmaB操纵子的克隆、序列分析及其编码蛋白结构预测

为了解单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes LM.)新疆野毒株XS5 SigmaB操纵子的分子生物学特征。对LM-XS5的SigmaB操纵子部分基因序列进行了克隆与序列分析,预测该操纵子各基因编码蛋白质的二三级结构及功能活性位点,分析其同源性。结果表明：成功扩增出3000 bp的SigmaB操纵子片段,序列分析显示该片段中包含RsbV、RsbW、RsbX和SigmaB 4个基因,它们编码的蛋白质含有不同的功能活性位点,其中RsbV的5~102位AA为“STAS-抗-抗-SigamB因子”,RsbW的43~157位AA间为HATPase_c功能域,RsbX的32~198位AA间为PP2Cc超家族区域,SigmaB的8~264位AA为RNA聚合酶全酶中的SigmaB因子的区域。LM-XS5与其他3种革兰氏阳性菌的SigmaB基因的同源率在50%左右,与LM参考株的同源率在92.18%~100%之间。     

猪肺炎支原体主要抗原蛋白的研究进展

猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mhp)是引起猪支原体肺炎(Mycoplasma pneumoniae of Swine,MPS)的病原,给养猪业造成巨大的经济损失。由于对具有良好免疫原性的Mhp特异性蛋白缺少深入研究,使得Mhp在致病机制、血清学检测方法和新型疫苗的研究发展上受到一定限制,从而影响了对MPS的控制。本研究综合Mhp主要粘附因子、膜蛋白及细胞质蛋白等主要抗原蛋白的研究进展,为该病原致病机理研究、建立特异性诊断方法和推动基因工程疫苗发展提供一定的理论基础,对MPS的正确诊断、检测、免疫预防和控制也有重要意义。     

猪肺炎支原体气溶胶富集检测技术的初步研究

为了建立一个简单易行的猪肺炎支原体气溶胶富集和检测技术,结合液体冲击式采样器和过滤式采样器的原理,自行设计一个气溶胶双重富集装置,并在密闭环境下采集人工制备的猪肺炎支原体气溶胶,荧光定量PCR检测以确定该装置的采集效率。再通过收集不同猪群中的气溶胶进行检测以确定该装置临床应用的可行性。首先,收集人工感染Mhp阴性仔猪后不同时间猪舍内的气溶胶;其次,收集1个猪支原体肺炎发病猪场和1个阳性未发病猪场的产房、保育舍和育肥舍共11个猪舍的气溶胶,荧光定量PCR或套式PCR检测所收集的气溶胶。结果显示：实验室模拟采样的采集效率达到(37.04±6.43)%,人工感染猪肺炎支原体后7天即在饲养房间的气溶胶中检到猪肺炎支原体;2个猪场共11个不同猪舍气溶胶中猪肺炎支原体检测结果均为阳性,检出率100%。成功建立了一个简单易行的猪场猪肺炎支原体气溶胶富集及检测技术。     

棘孢木霉T4小分子疏水蛋白基因hyb2克隆及序列分析

为了深入研究生物防治菌棘孢木霉T4菌株小分子疏水蛋白hyb2的功能,基于已知小分子疏水蛋白基因hyb2部分cDNA序列设计引物,分别以棘孢木霉T4菌株菌丝体总mRNA和基因组DNA为模板,进行PCR扩增,克隆获得hyb2的全长cDNA和DNA序列,其GenBank接受号分别为JX014433和JX185070,cDNA序列编码区长度为321 bp,编码106个氨基酸。BlastP相似性分析表明该基因与深绿木霉的Tahyd5a (ABS59366)基因同源性最高为87%,SignalP信号肽分析表明N端第16和17个氨基酸中间有一个信号肽剪切位点(AFA||AP)。Pfam蛋白家族分析表明它属于hydrophobin_2 superfamily家族。将棘孢木霉T4菌株小分子疏水蛋白基因hyb2对深绿木霉ATCC74058基因组和绿色木霉Gv29-8基因组进行同源性搜索,在2个近缘种的基因组上分别获得9个和8个同源序列。其中,深绿木霉ATCC74058的hyb-a-7和绿色木霉Gv29-8的hyb-v-5疏水蛋白与棘孢木霉Hyb2相似性最高分别为87%和70%,2个序列分别位于深绿木霉ATCC74058染色体骨架5和绿色木霉Gv29-8染色体骨架22上。     

猪肺炎支原体净化检测程序研究进展

猪支原体肺炎（猪气喘病）是由猪肺炎支原体引起的一种严重危害全球养猪业生产的传染病之一。很多国家,特别是西欧各国和北美,均通过彻底净化病原的方式来控制该病的爆发。实行净化程序必须对净化后的猪群进行各项检测以确定净化成功与否。然而,每个猪场采用的检测方案都不一样,也没有形成一个统一的阴性群标准。本研究就国外猪肺炎支原体净化后阴性群的检测方法和不同检测方案做一综述,给国内猪场实施气喘病净化后检测方案的制定提供依据。     

南方珍珠豆型花生籽仁蛋白质积累及亚基肽组分分析

为研究南方珍珠豆型花生荚果发育过程中,蛋白质的积累及各类蛋白亚基的分布、可溶性蛋白质相对浓度变化规律,采用凯氏定氮法和SDS-PAGE电泳分析花生籽仁蛋白质及亚基肽组分,利用Bio-Rad Image lab TM分析软件对花生蛋白质条带的相对浓度进行测算。结果表明,珍珠豆型花生籽仁蛋白质含量随生育进程,在开花40~50天急剧增加,后平缓上升。花生蛋白质合成积累一直伴随花生籽仁发育的全过程中,蛋白质高值出现在成熟期。因基因型的差异蛋白质合成积累的速度和强度有所不同,蛋白质增长曲线存在差异。花生蛋白种类存在较高的多态性,不同基因型花生,蛋白质的亚基构成不同,蛋白质积累过程的亚基条带数量均比成熟时丰富。不同基因型花生可溶性蛋白质相对浓度存在差异。可溶性总蛋白质相对浓度的峰值在70~80天,蛋白质亚基相对浓度分布在0.01~4.59,不同基因型存在差异。亚基相对浓度变化可分未缺型和缺失型2类亚基,缺失型亚基有前期缺失、中期缺失、后期缺失和前后期缺失亚型;前期缺失、中期缺失亚型亚基与未缺型亚基共同形成不同基因型花生的蛋白质构成。后期缺失亚型和前后期缺失亚型亚基在花生蛋白质积累的某个时期参与花生蛋白质的合成,终因后期被降解而得不到表达。2种基因型花生蛋白质亚基相对浓度变化除68 kDa条带呈抛物线型积累外,其余条带均呈波动性积累。     

重庆农村地区雷电灾害时间分布规律及重灾年份预测

重庆农村地区雷电灾害严重,每年都会造成较大的人员伤亡和财产损失。通过分析1998—2012年雷电灾害时间分布规律,运用灰色系统理论建模方法,建立了雷电灾害重灾年份灰色灾变GM(1,1)预测模型,对全市农村地区雷电灾害趋势进行了预测。预测结果表明,未来20年将出现4~5个重灾年份,特别是2021年将是雷灾损失非常严重的年份,为政府部门制订防雷减灾规划和对策提供了科学依据,将有助于减轻雷灾的威胁和危害。     

洞庭湖区典型农田微量元素的空间变异分析

为了研究洞庭湖区农田微量元素含量的空间变异规律,利用地统计学和GIS技术相结合的方法对洞庭湖区（沅江市）农田土壤耕层(0~20 cm)5种微量元素含量空间变异性进行了研究和分析。结果表明： B、Cu、Zn、Fe和Mn 5种微量元素的含量均符合正态分布,但变程差异较大,在1.13~25.58 km之间;Mn与Fe的含量分布符合指数模型,Zn、Cu和B的含量分布符合球状模型;Mn的空间相关性受人为因素影响较小,B、Cu和Zn的空间相关性受人为因素影响较大;Cu与Fe的含量在研究区中间部分最高,总体分布趋势由东北部向西南部逐渐降低,Zn的含量分布总体趋势由西部向东部逐渐降低,B的含量分布总体趋势由西南部向东北部逐渐降低;沅江市土壤微量元素富集、质量良好,无重大污染区,适宜发展优势农产品产业。     

水稻不育系叶片表面结构电镜观察

从育种单位及生产单位收集对赤霉素反映敏感程度不相同的7个不育系,进行剑叶叶片表面结构电镜扫描观察,发现不同不育系叶片表面的乳突数、硅化细胞面积、气孔的长与宽、气孔上的乳突数量等完全不同,不育系对赤霉素敏感反应与不育系叶片表面的乳突数、硅细胞大小、气孔数量、气孔上的乳突数量有一定的关系,对赤霉素敏感的不育系叶片表面的乳突数少、硅细胞面积小、气孔数量多、气孔上的乳突数少,对赤霉素钝感的不育系则相反。