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为实现无籽西瓜品种的快速、准确鉴定,用23对西瓜核心SSR引物分析了15份无籽西瓜品种的DNA指纹。23对核心引物中有21对具多态性,共扩增出58个基因型,平均2.71个,平均多态性信息量(PIC)为0.36。10对引物在9个品种上具有特征谱带,组合PIC值0.4的8对引物可以将参试的15个无籽西瓜品种一一区分开,并利用这8对引物构建了参试品种的数字指纹图谱。研究表明,西瓜核心SSR引物适合用于构建无籽西瓜品种的DNA指纹,将为无籽西瓜品种真实性鉴定和知识产权保护提供有效的技术依据。 相似文献
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部分香蕉品种SSR指纹图谱的构建 总被引:5,自引:1,他引:5
采用SSR标记技术构建香蕉品种的分子指纹图谱,为香蕉品种鉴定提供依据。以56份香蕉种质为材料,从199对引物中筛选出5对多态性及稳定性较高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物在56个品种中扩增出的多态性带数在11~16个,平均为13.8条;引物的多态信息含量(PIC)在0.8490~0.9022,平均0.8727。依据香蕉SSR带型特征,对每个引物生成的不同带型直接编号,简化香蕉SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA分子指纹图谱,5对引物可将56份供试香蕉材料完全区分开。表明SSR标记技术可用以鉴定香蕉种质。 相似文献
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利用SSR荧光标记构建92个梨品种指纹图谱 总被引:3,自引:0,他引:3
利用SSR荧光标记技术筛选出的10对SSR荧光标记引物,构建中国建国以后选育的92个梨品种的SSR指纹图谱。10对SSR引物共扩增出132个等位基因,位点的杂合度在0.2421 ~ 0.8632之间。10对引物的扩增带型为8 ~ 44个,平均为29.7个。利用其中5对引物KA16、NH009b、NH013a、CH02b121和CH05d04可区分所有供试品种。92个梨品种10个SSR位点的遗传多样性和多态性信息含量的变化范围分别为0.4886 ~ 0.8810和0.4537 ~ 0.8707,平均值分别为0.7920和0.7732。92个梨品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。 相似文献
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甜瓜杂交种SSR指纹图谱的构建 总被引:8,自引:0,他引:8
以2个甜瓜杂交品种(系)的种子东方蜜1号和01-31为试材,从63对SSR引物中筛选出10对扩增产物具有稳定多态性的引物,这些引物分布在甜瓜整个基因组,每对引物可以检测到2~4个数目不等的多态性片段(allele),共27个多态性片段,平均为2.7个,片段大小介于85 ̄270bp之间,并从入选的10对SSR引物中选出7对构建了这2个甜瓜杂交种的指纹图谱。在比较分析各试材图谱的基础上,探讨了品种指纹图谱的统计学方法,并对构建的2个甜瓜杂交种的指纹图谱进行了可信度分析,建立了适于种子检验中使用的标准SSR标记指纹图谱。实验表明,利用SSR技术进行甜瓜杂交种的纯度鉴定是可行的、有效的。 相似文献
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以枣庄市石榴国家林木种质资源库中收集的168个石榴品种为材料,利用SSR分子标记技术构建了石榴品种资源指纹图谱,并基于指纹图谱信息,应用最大似然值法(LOD)对品种‘秋艳’和‘会理青皮软籽’的自然授粉实生苗进行了杂种筛选及父本初步鉴定。22对SSR引物从168个石榴品种样品中共扩增到76个等位标记位点,其中多态性位点58个,多态性为76.3%。平均等位位点数(Na)、有效等位位点数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为3.455、2.269、0.362、0.538,Shannon’s信息指数(I)平均值为0.897,多态性信息含量(PIC)介于0.330~0.692之间,平均PIC值为0.462。利用22对SSR引物可将166个石榴品种区分开,另有‘大满天红甜’和‘小满天红甜’2个品种未有效区分,有同物异名的可能;在此基础上构建了166个品种的特异指纹代码及指纹图谱二维码。基于指纹图谱信息,利用SSR标记从‘秋艳’的30个自然授粉子代实生苗中筛选到1个真杂种Q-1,疑似父本为‘峄城丰... 相似文献
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36 份枣品种SSR 指纹图谱的构建 总被引:10,自引:2,他引:8
利用12 对SSR 引物对36 个枣品种进行分析,采用荧光M13 毛细管电泳技术进行多态检测,共检测到99 个多态位点,每对引物的多态位点数达到8.25,PIC 值变幅为0.62 ~ 0.85,平均为0.75。依据12 对SSR 引物在36 个品种中扩增的特异带型组合,采用引物-带型组合法构建了36 个枣品种的指纹图谱,并对这36 份枣品种做聚类分析,遗传相似系数在0.6667 ~ 0.9444 之间。研究结果为枣树分类、种质鉴定和分子育种提供了重要的工具。 相似文献
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《果树学报》2019,(12)
【目的】应对迅速增加的甜樱桃品种及其分子鉴定需求,储备一批新多态性SSR,并获得其在甜樱桃品种中的基因型数据。【方法】从甜樱桃基因组测序开发的SSR库中,根据重复单元和重复次数在8条染色体上一共选择了96个SSR。用ABI3730,鉴定出其中9个SSR在4个代表甜樱桃品种中具有多态性。另外从305个李属SSR中又鉴定出9个多态性SSR。用S基因和多态性SSR排除了52个品种122个单株中S基因型不正确和混杂的品种或单株,然后用多态性信息比价高的11个SSR(其中包括8个新SSR)和S基因标记,构建了48个甜樱桃品种的指纹图谱库,并获得了可以区分48个品种的最少标记组合。【结果】聚类分析表明,48个甜樱桃品种组成了短低温组、中国组、北美组和东欧组。聚类分析结果可以和品种间亲缘关系及地域来源互相验证。【结论】鉴定了3个从未报道的甜樱桃品种的S基因型,验证了一种可以有效获得多态性SSR的途径,提供了9个新的多态性SSR及其等位基因大小,用12个分子标记构建了48个甜樱桃品种指纹图谱。本文提供的新SSR及其构建的甜樱桃品种指纹图谱真实可靠。 相似文献
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菜薹转录组中SSR信息与可用性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene(38.17 Mb)序列数据,运用MIcroSAtellite(MISA)工具发现其中具有1 ~ 6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb(312.5/Mb)。6种SSR位点类型中主要为1 ~ 3个核苷酸重复,占总SSR位点数的99.01%,其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11%、28.23%和29.67%。发现重复序列的基序58个,重复次数在5 ~ 23之间,其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT。重复序列长度在10 ~ 60 bp之间,大多小于20 bp,大于20 bp的仅有7.9%(938个SSR位点)。设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合,从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性,发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定,其中12对引物具有多态性。 相似文献
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甜樱桃品种SSR指纹检索系统的开发及遗传多样性分析 总被引:3,自引:1,他引:3
用SSR技术开发了甜樱桃( Prunus avium ) 指纹检索系统并进行遗传多样性分析。18对樱桃、桃和杏的引物在19份甜樱桃及2份草原樱桃( P. fruticosa) 品种中共扩增出83个等位位点, 每个 SSR位点的等位位点数2 ~8 个, 平均416 个, 多态性信息量( PIC) 变化范围为0.38 ~0.80, 平均为 0.64。7个甜樱桃品种具有特殊位点或特殊带型。利用UDP98-414、UDP98-406、UDP96-001及PMS40等4 对引物开发的指纹检索系统, 可以区分18个甜樱桃品种。根据遗传距离进行聚类分析, 19个甜樱桃品种 分成2组, 甜樱桃品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。 相似文献
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用CTAB法提取3个番茄品种及6份品种亲本材料的DNA,通过AFLP-PCR分子标记方法,构建亲本及品种的指纹图谱。其结果利用如下:从分子水平构建了3个品种及其6份亲本材料的指纹图谱,6份亲本材料扩增的多态性条带从10~27条不等,平均17.56条,多态性位点比率为41.3%。通过符合率测定,亲本纯度符合率为100%,杂种一代为98.7%。利用NeiLi法计算番茄遗传相似系数,3个品种及亲本的遗传相似系数分别于0.37~0.61和0.53~0.62,采用UPGMA法进行聚类分析,对3个番茄品种及其亲本的遗传关系进行分析,为番茄杂交育种提供理论参考。 相似文献
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甘蓝EST-SSR标记的开发与应用 总被引:15,自引:3,他引:12
从NCBI数据库下载62567条甘蓝相关EST,处理后得到19611条无冗余的EST,对其进行SSR搜索,共得到1219条SSR,分布在1176条EST上,分布密度为1/11.48kb,包括273种重复基元。在甘蓝EST-SSR中,二核苷酸(353个SSR)和三核苷酸(423个SSR)占主导地位,所占比例分别为28.96%和34.70%;出现最多的重复基元是AG/CT,占总数的25.59%,其次为AAG/CTT(94个,占7.71%)。针对1176条含有SSR的EST设计合成了978对引物。用两份甘蓝自交系对978对引物进行初筛,897对引物有扩增产物,共扩增出1026条扩增带;128对引物表现出多态性,共有258条多态性带(占总带数的25.15%)。利用4对多态性引物,初步构建了中甘11、8398、中甘15、中甘21杂交新品种及其亲本的指纹图谱。以上结果说明从甘蓝相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。 相似文献
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以4个大白菜品种和4个结球甘蓝品种为试材,对位于芸薹属结球甘蓝C基因组9个连锁群的458个InDel标记进行PCR筛选,筛选出286个结球甘蓝相对于大白菜的特异InDel标记,其中位于C01连锁群31个,C02连锁群45个,C03连锁群54个,C04连锁群24个,C05连锁群22个,C06连锁群20个,C07连锁群32个,C08连锁群34个,C09连锁群24个。利用结球甘蓝C02连锁群特异InDel标记对实验室创建的大白菜-结球甘蓝易位系自交后代进行了初步鉴定,明确了外源甘蓝染色体片段的物理位置在18 096 729 ~ 18 786 494 bp之间的689 764 bp区域内。 相似文献
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结球甘蓝—大白菜异源三倍体小孢子培养的研究 总被引:1,自引:1,他引:0
为创建结球甘蓝—大白菜异附加系, 以大白菜二倍体(AA, 2n=2x=20) 与结球甘蓝四倍体(CCCC, 2n=4x=36) 杂交获得的8个异源三倍体(ACC, 2n=3x=28) 单株系为试材, 进行游离小孢子培养研究, 获得再生植株, 并对其进行了染色体数目鉴定和性状调查。结果表明, 异源三倍体(ACC) 的小孢子诱导成胚的能力低于双亲; 在NLN中添加15%的蔗糖和0.1 mg·L-1 6-BA、0.2 mg·L-1 2, 4-D、0.05 mg·L-1 KT的培养基上小孢子胚胎发生最高为0.0250个·蕾-1, 8个株系间有差异, 平均为0.0100个·蕾-1; 胚胎再生率只有33.3%。小孢子再生植株染色体数在14~27条之间, 田间性状表现多样。 相似文献
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结球甘蓝SSR检测体系的建立及优化 总被引:1,自引:1,他引:0
摘,要:以结球甘蓝自交系15R(南宝)和14S(北黑大平头)为试材,建立了甘蓝SSR-PCR反应体系,并从
PCR反应组成、扩增程序等环节对SSR-PCR反应体系进行了优化。即10.00 μL反应体系组成为:1×
Buffer(含20.00 mmol·L-1 MgCl2)、50.00 μmol·L-1 dNTPs、0.40 U Taq DNA聚合酶、0.40 μmol·L-1
SSR引物、1.00 μL DNA(60.00 ng·μL-1),加ddH2O至终体积10.00 μL;对基本扩增程序作了改进,适
宜的扩增程序为:94 ℃预变性5 min后进行20个迫降循环,94 ℃变性45 s,60 ℃退火45 s,72 ℃延伸
1 min,每个循环降低0.5 ℃;再进行15个循环,94 ℃变性45 s,55 ℃退火45 s,72 ℃延伸1 min;72
℃延伸10 min,16 ℃保存。对PCR产物的电泳检测采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(银染法)。 相似文献
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青花菜相同亲本的DH 与F2 群体遗传多样性的比较 总被引:1,自引:0,他引:1
以表型差异明显的两个青花菜(Brassica oleracea var. italica)高代自交系为材料杂交获得F1,通过游离小孢子培养技术和人工自交方法,分别构建了由176个DH系组成的DH群体和由176个单株组成的F2群体。采用性状分离分析和群体遗传多样性分析方法,对两个群体13个主要农艺性状的平均值、变异系数及性状分离区间等遗传表现进行分析。结果表明:13个主要农艺性状均是受多基因控制的数量性状,在DH群体和F2群体中均发现了正向和负向两个方向的超亲基因型,两群体的平均变异系数和遗传多样性指数相近。可见,通过DH 技术育种不仅可以加快亲本的纯化进程,而且可获得广泛分离的育种资源,从而提高育种效率。 相似文献