西藏环状病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立与应用

西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)为2009年在我国西藏新发现的一种环状病毒属病毒,本研究拟建立TIBOV可视化RT-LAMP检测方法。根据我国分离TIBOV(YNSZ/V290/2019)毒株Seg-9基因的保守序列设计2对特异性引物,并引入1对环引物,通过反应条件优化,建立了可视化RT-LAMP检测方法,其最佳反应条件为：64℃50 min。利用该方法对流行性出血病病毒、蓝舌病病毒、中山病病毒、广西环状病毒、阿卡斑病毒、版纳病毒、芒市病毒等虫媒病毒的核酸样品进行检测,仅TIBOV能被检测出,与其他虫媒病毒均无非特异性扩增;灵敏度试验显示该方法的最低可检测限制为18.2拷贝/μL,敏感性是常规RT-PCR的10倍以上。应用建立的RT-LAMP和RT-PCR方法分别对2 596只蠓虫和蚊虫样品核酸进行检测,结果显示,两者阳性检出率分别为3.31%和1.19%,RT-LAMP检出率是RT-PCR的2倍以上。本研究建立的TIBOV可视化RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高、快速等优点,为我国开展TIBOV的现场快速检测与流行病学研究提供了有效技术支持。     

1株分离自云南省师宗县库蠓的新型西藏环状病毒

西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)为环状病毒属的新成员,病毒于2009年首次从我国西藏墨脱县采集的圆斑按蚊中分离,目前,对该病毒的认识仍十分有限。本研究对1株分离自我国云南省师宗县库蠓的新型TIBOV毒株YNSZ/V290/2019进行了鉴定,结果表明,病毒可在C6/36与BHK-21细胞上引起明显的细胞病变,电镜下观察,病毒粒子呈球形,直径55～75 nm,具有环状病毒属病毒典型形态特征。电泳结果显示,病毒基因组为十节段双链RNA,呈现"3-3-3-1"的电泳带型特征。对环状病毒属病毒高度保守的基因节段及其编码蛋白(Seg-3/T2)的序列分析显示,YNSZ/V290/2019为TIBOV的成员,与其他TIBOV毒株的核酸与氨基酸序列相似度分别为80.90%～81.70%与97.20%～97.30%。对决定环状病毒属病毒血清型的基因节段及其编码蛋白(Seg-2/OC1)的序列分析显示,YNSZ/V290/2019与已知TIBOV毒株的核酸与氨基酸序列相似度分别为26.90%～30.60%与28.50%～33.20%,表明该毒株可能是一种新血清型的TIBOV。对采集于师宗县牧场的40份黄牛与68份山羊血清进行血清中和试验,结果显示,新型TIBOV在牛、羊的阳性率分别为22.50%与4.41%。新型TIOBV在我国的发现,丰富了我国虫媒病毒的研究,为深入研究我国TIBOV的分布、致病性、感染宿主范围与诊断试剂的开发提供了基础。     

西藏环状病毒RT-PCR检测方法的建立

建立西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)RT-PCR诊断方法。根据云南省新分离到的TIBOV Seg-7片段序列设计1套巢式引物为120S7F1/R1、120S7F2/R2。以TIBOV DH13C120株病毒核酸为模板,优化反应条件,建立巢式RT-PCR检测方法,并对云南省新分离的9株TIBOV进行核酸检测。分别采用外引物(120S7F1/R1)和内引物(120S7F2/R2)对TIBOV DH13C120株进行RT-PCR扩增,退火温度分别为52℃和54℃,外引物扩增出片段大小为1 050 bp条带;内引物扩增出的片段大小为500bp,扩增条带大小与设计预期相一致。而蓝舌病毒(BTV)JCC12-7株和阴性对照两轮扩增均为阴性,采用该方法对云南省新分离的9株TIBOV、2株BTV和1株鹿流行性出血热病毒(EHDV)进行检测,9株TIBOV扩增均为阳性,而BTV、EHDV和阴性对照均为阴性。建立了TIBOV巢式RT-PCR检测方法,该方法可用于云南省目前动物或媒介中流行的TIBOV核酸检测。     

帕利亚姆血清群病毒一步法RT-PCR检测技术的建立

帕利亚姆血清群病毒(PALV)在我国广泛流行,给我国牛羊养殖业健康发展构成了严重威胁,目前国内尚无PALV核酸检测方法的报道。本研究根据流行于我国的中山病毒(CHUV)、Bunyip Creek virus(BCV)和D’Aguilar virus(DAV)3种血清型PALV的Seg-7保守基因序列,设计针对PALV的群特异性RT-PCR扩增引物,通过反应条件优化,建立了PALV的一步法RT-PCR检测方法,其最佳引物浓度为0.8μmol/L;最佳退火温度为56℃。对该方法进行特异性试验,结果显示该方法可特异性的检测出CHUV、BCV和DAV核酸,而对环状病毒属的蓝舌病病毒、流行性出血病病毒、非洲马瘟病毒和广西环状病毒的检测结果均为阴性;敏感性试验结果显示,该方法对RNA标准品的最低检测限为6.9×10~1拷贝/μL。利用该方法检测血液样品,结果显示该方法检测结果与病毒分离结果基本一致。本研究建立的PALV一步法RT-PCR方法具有特异性强、敏感度高等优点,为开展PALV感染疫病诊断与流行病学研究提供了技术保障。     

禽流感病毒H9N2亚型西藏分离株HA和NA基因的克隆与序列分析

为了从分子水平上掌握西藏各地区H9亚型禽流感病毒的遗传进化情况及其与国内外H9亚型禽流感病毒的变异情况和流行规律之间的关系,作者选择了2009年不同时间从西藏部分地市养殖场分离的3株禽流感H9N2亚型毒株,采用RT-PCR技术对其HA和NA基因进行扩增、克隆和测序,并对所得全序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,3株西藏分离病毒之间的HA和NA基因变异程度不大,同源性达到98%以上,在遗传进化中均属于欧亚分支中的类Bj/94亚分支,3株西藏分离毒的HA基因与Bj/94的同源性在核苷酸水平为88.7%～88.8%,在氨基酸水平为93.4%～93.6%;NA基因与Bj/94的同源性在核苷酸水平为92.7%～93.0%,在氨基酸水平为93.4%～94.0%;3株西藏分离毒株可能与Bj/94由同一毒株进化而来。由于基因突变使Tb/1毒株的HA基因在313位出现了1个新的糖基化位点,Tb/4毒株的NA基因缺失了146位的糖基化位点;唾液酸吸附位点上有明显的突变;HA的裂解位点附近和NA基因的受体结合位点区域内都有氨基酸突变。HA和NA基因的变异可能与适应高原缺氧、高海拔等特殊气候环境有关。     

蓝舌病病毒血清9型毒株在我国的首次分离

旨在分离流行于我国云南省的蓝舌病病毒(BTV),掌握分离BTV的遗传特征与感染特性。采用"鸡胚—C6/36细胞—BHK-21细胞"接种的方式,采集哨兵牛的BTV阳性血液进行病毒分离;采用血清中和试验以及Segment 2与Segment 6ORF区的克隆测序确定分离病毒的血清型;通过病毒噬斑形成和增殖曲线的测定,分析病毒在BHK-21细胞的增殖特性;通过qRT-PCR与血清中和试验分析BTV感染动物血液中病毒含量与中和抗体动态变化情况。结果显示:2013年8月,在云南芒市设定的哨兵牛中分离出一株BTV(毒株号V013/YN/2013),血清中和试验显示V013/YN/2013为BTV-9型病毒,Segment 2与Segment 6序列分析表明分离的病毒属BTV-9Eastern型,与日本毒株和澳大利亚BTV-9型毒株具有最近的亲缘关系。病毒噬斑与增殖曲线测定结果显示V013/YN/2013在BHK-21细胞上增殖能力明显强于BTV-9型参考毒株。自然感染V013/YN/2013的牛在连续5个月的监控期内未出现临床症状,感染动物虽产生了特异性中和抗体,但血液中始终能持续检测到病毒核酸。本研究首次报道了BTV-9Eastern型毒株V013/YN/2013在我国的分离,为进一步开展中国BTV-9型病毒的全基因组测序、诊断方法的建立、流行病学调查与致病性研究奠定了基础。     

猪圆环病毒病的流行病学与防控措施

猪圆环病毒病是由猪圆环病毒引起的一种重要传染病。早在1974年德国学者Tischer等就从猪肾传代细胞系PK-15细胞中分离到该病毒,并于1982年证实为一种单链环状DNA病毒,命名为猪圆环病毒(PCV)。此后,加拿大、法国、美国、英国、日本、印度等国相继报道本病。2000年我国的朗洪武等     

鸡传染性贫血病及其防制措施

1病原 鸡传染性贫血病毒（CIAV）是近似细小病毒的环状单股DNA病毒,呈球形,直径为19～24纳米,密度为1.35～1.36克/毫升,无血凝性。不同病毒株毒力有一定差异,但抗原性无差别。复制型病毒基因组由2 298至2 319碱基对组成。该病毒能在鸡胚中增殖,     

兔病毒性出血症病毒西藏分离株毒力的测定

对一株兔病毒性出血症病毒(RHDV)西藏株进行血凝性、特异性、致病性及毒力鉴定。结果表明:此株RHDV血凝价高达10240以上;RHDV抗血清可特异性抑制该株病毒对人“O”型红细胞的凝集;RHDV的最小致死量为10-5/mL。说明此分离株是一株具有高致病力的RHDV强毒株。     

2018年伪狂犬病病毒的流行特征及其遗传变异分析

为了了解当前伪狂犬病病毒（PRV）在我国猪群中的流行现状及其遗传变异情况,本研究利用PCR的方法对2018年1-12月来源于我国28个省、市、自治区的1 328份疑似猪伪狂犬病发病猪的组织样品开展了PRV-gE的检测及病毒的分离鉴定,同时针对所分离的病毒的gB、gC和gE基因进行PCR扩增和DNA测序,并展开遗传变异分析。结果显示,共有92份样品为PRV-gE基因检测阳性,阳性检出率为6.93%。从92份PRV-gE阳性样品分离到13株PRV。分别基于gB基因部分片段、gC和gE基因进行遗传变异分析发现13株PRV与我国2012年以后流行的毒株（如HeN1等变异株）亲缘关系较近,而与2012年以前所分离的毒株（如Ea等经典毒株）的亲缘关系较远;此外,绝大多数中国分离株与国外分离毒株（如NIA-3、Bartha、Kaplan等）在遗传进化树中位于不同的进化分支;相对于国外分离株及国内早期流行的经典毒株而言,13株PRV分离株的gB、gC和gE蛋白中均存在许多特征性的氨基酸位点变异。本研究对于了解我国PRV流行现状及当前流行的PRV毒株的生物学特征具有十分重要的意义。     

1株库蠓源版纳病毒的分离与全基因组序列分析

为分析云南省虫媒病毒的种类与遗传特征,在云南省师宗县采集库蠓进行病毒的分离与鉴定;通过全长cDNA扩增与高通量测序技术获取病毒全基因组序列,进行序列比对与系统发生树构建。结果显示,从采集的库蠓样本中分离出1株可在C6/36细胞上引起细胞病变的毒株（YNSZ043）,病毒基因组为分节段双链RNA,琼脂糖凝胶电泳呈"2-4-3"的带型特征;电镜观察可见直径为70~80 nm,呈"指环状",表面具有纤维突起的病毒粒子。全基因组测序结果显示,YNSZ043毒株为版纳病毒（Banna virus,BAV）,基因组大小为20 683 bp,由Seg-1（3 762 bp）至Seg-12（861 bp）12个基因节段组成,与中国BAV毒株各基因节段的核苷酸序列相似性在64.8%~99.6%之间,氨基酸序列相似性在58.8%~100%之间,在系统发生树上YNSZ043毒株与中国分离的BAV聚为一簇,形成独立的中国进化支系。对决定BAV基因型的Seg-12分析结果显示,YNSZ043毒株属于A2基因型,该毒株的Seg-5/VP5与越南分离BAV毒株的核苷酸和氨基酸序列相似性高达97.1%和97.6%,表明该毒株的Seg-5基因节段很可能与越南毒株之间发生了基因重配。研究结果丰富了中国BAV的基因组序列,为开展云南省BAV的流行病学研究提供了参考。     

云南边境地区帕利亚姆血清群中山病病毒的分离与鉴定

【目的】了解西南边境地区牛感染中山病病毒(Chuzan virus, CHUV)的情况。【方法】应用BHK21细胞对云南景洪、江城采集的312份健康黄牛血液样品盲传分离病毒,对出现细胞病变的毒株进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,对分离到的病毒进行S7、S2基因序列测定和比对分析。【结果】4份血液样品可致BHK21细胞病变,电镜观察病毒颗粒呈球形,直径约50 nm;琼脂糖凝胶电泳发现,4株分离毒株基因组为10节段,带型为“3-3-4”,与2012年云南师宗分离的CHUV SZ187毒株相似;4株病毒S7、S2基因核苷酸序列相似性分别为98.7%～99.7%和97.9%～99.1%;S2基因片段核苷酸和氨基酸序列与中国本土分离的SZ187、GHN-GS-16等毒株相似性最高;S7基因片段核苷酸和氨基酸序列与日本分离的ON-1/E/18、ON-3/E/17及中国本土的SZ187、GHN-GS-16等毒株的相似性最高。S7、S2基因遗传进化分析结果显示,4株新分离毒株亲缘关系最近;4株毒株的S7基因序列与中国本土和日本分离的已知帕利亚姆血清群病毒(Palyam serogroup vir...     

云南省蓝舌病病毒血清7型毒株的分离与基因组序列分析

2014年,我国广东省的哨兵牛上分离出蓝舌病病毒血清7型（BTV-7）毒株,但该血清型病毒在我国的流行情况尚不清楚,本研究旨在分离我国流行的BTV-7型毒株并掌握其遗传特征。作者在云南省景洪市勐罕镇设立哨兵牛,每周定时采血,并接种C6/36、BHK-21细胞分离虫媒病毒,通过病毒蚀斑试验与增殖曲线分析病毒在细胞上的感染特性,采用高通量测序获取分离毒株的全基因组序列,通过qRT-PCR与血清中和试验对哨兵牛血液中的病毒核酸与中和抗体变化进行回溯分析。结果表明：2020年5月,分离到1株能引起BHK-21细胞发生细胞病变的病毒（毒株号V303/YNJH/2020）,经鉴定为BTV-7型。分离毒株的基因组全长19 154 bp （GenBank收录号MW046280至MW046289）,与广东省2014年分离的BTV-7型GDST008毒株具有最近的亲缘关系,基因节段1至6,基因节段9与10的核酸与编码蛋白氨基酸序列（nt/aa）相似度分别大于98%、99%;V303/YNJH/2020毒株的基因的节段7和基因节段8属Western地域型,与广东GDST008毒株对应基因节段的nt/aa序列相似度仅为71.5%/81.6%、79.6/%84.4%。病毒蚀斑与增殖曲线比较显示,V303/YNJH/2020在BHK-21细胞的增殖能力明显强于GDST008。回溯分析显示,感染V303/YNJH/2020的哨兵牛未出现临床症状,血液中的病毒核酸持续存在长达12周;在病毒感染后第4~9周,血液中的中和抗体滴度水平维持在1∶256。云南省2020年分离的BTV-7型V303/YNJH/2020毒株与广东省分离的BTV-7型GDST008毒株具有最近的亲缘关系,在BHK-21细胞上的增殖能力强于GDST008毒株;V303/YNJH/2020虽未引起感染动物的临床症状,但病毒核酸与中和抗体在感染动物血液中长时间存在。研究结果为开展BTV-7型在我国的演化规律、病毒变异以及致病性等方面的研究奠定了基础。     

犊牛腹泻粪便样本中纽布病毒VP1和RNA依赖性RNA聚合酶基因的序列分析

纽布病毒（Nebovirus，NeV）是国内犊牛腹泻的新发病原，其VP1蛋白含有受体结合位点和中和抗原表位，与病毒的感染和免疫密切相关，本研究旨在分析VP1基因1.2型毒株的分子特征。采用RT-PCR方法，对2019年宁夏和河南的犊牛腹泻粪便样本进行NeV检测，扩增阳性样本完整的主要衣壳蛋白（VP1）和RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）。结果显示，宁夏和河南地区NeV检出率分别为11.32%和8.62%。从4个样本中成功获得了1.2型毒株完整VP1和RdRp序列。4个完整VP1与GenBank中73个完整VP1的氨基酸相似性为75.4%~97.8%；与GenBank中仅有的3个1.2型VP1相比，4个毒株在P2区有1个共同的氨基酸突变，在P1区有2个共同的氨基酸突变。与国内基因1.1型、1.3型和1.4型毒株相比，在P2区分别有9、18和14个共同的氨基酸突变，在P1区分别有2个共同的氨基酸突变，在S区分别有1个共同的氨基酸突变。4个完整RdRp均为NB-like基因型，与GenBank中8个完整RdRp的核苷酸相似性为67.2%~94.8%。本文首次在我国检测到VP1基因1.2型毒株，成功获得了4条基因1.2型毒株的完整VP1和RdRp序列，为国内NeV的分子流行病学和遗传进化研究等提供了参考。     

2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析

【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测DTMUV,根据毒株检测年限和来源地选取部分阳性样品进行DTMUV全序列扩增及测序,并进行序列相似性、重要蛋白关键氨基酸位点、系统发育、全序列重组及遗传进化速率分析。【结果】共获得8株DTMUV全序列,基因组全长为10 992 bp,为广西毒株。广西毒株之间开放阅读框(ORF)及E、NS5基因的核苷酸序列相似性分别为97.9%~99.8%、97.0%~99.9%和97.8%~99.9%,氨基酸序列相似性分别为99.1%~99.9%、99.0%~100%和99.3%~99.9%;与国内外参考毒株的核苷酸序列相似性分别为86.4%~99.3%、85.8%~99.5%和87.1%~99.2%,氨基酸序列相似性分别为96.0%~99.8%、94.8%~100%和97.5%~99.9%,且与水禽源TMUV相似性高于其他宿主源。与疫苗株FX2010相比,DTMUV广西毒株E蛋白共有11个氨基酸位点发生变异,其中第43、150、153、326、403、464及487位为广西毒株独特的氨基酸突变。ORF遗传进化分析结果显示,广西毒株均分布于2.1亚群,而源自广西的GX2011和GX2015株隶属于2.2亚群,表明DTMUV广西流行毒株进化趋势不完全一致;E、NS5基因系统发育趋势与ORF相似。重组分析结果表明,GXBH01-2019、GXZS02-2020、ziYY150901及HB2016株检测有重组信号。E、NS5基因的遗传进化速率估算分别为1.31×10^-3和1.30×10^-3替换/(位点·年),表明二者进化较为同步。【结论】当前DTMUV广西流行毒株表现为与主要流行毒株亲缘性较近,E蛋白发生特有氨基酸突变,进化趋势不一致,存在重组现象等分子特征,结果为制定有效防控措施提供了基础数据。     

不同地区褐黄血蜱的基因变异及遗传进化分析

为探究不同区域褐黄血蜱的基因变异情况及其遗传进化关系，试验以采集自湖南、河南省的20只褐黄血蜱为研究对象，通过PCR扩增其内转录间隔区Ⅱ（ITS-2）和烟酰胺脱氢酶亚基Ⅰ（nad1）基因序列，并对所获序列进行基因变异分析；在所获ITS-2和nad1基因序列的基础上，对不同地区褐黄血蜱的遗传进化关系进行分析，并利用ITS-2和nad1基因序列分别构建褐黄血蜱的系统进化树。结果显示，褐黄血蜱ITS-2基因序列长度均为1 160 bp，nad1基因序列长度均为285 bp；两省褐黄血蜱ITS-2及nad1基因的种内差异分别为0~1.9%和0~0.4%；湖南省褐黄血蜱的种内差异分别为0~1.4%和0~0.4%，而河南省的种内差异分别为0~1.2%和0~0.4%；两省褐黄血蜱ITS-2及nad1基因的种间差异分别为37.0%~52.0%和13.6%~24.8%。系统进化树结果显示，所有来自于两省的褐黄血蜱共处于同一分支上。结果表明，来自于两省的褐黄血蜱之间均存在基因变异的现象，但湖南省褐黄血蜱的基因变异程度和遗传多样性均高于河南省；两省褐黄血蜱之间的亲缘关系较近，暗示两省褐黄血蜱之间有基因交流，未出现遗传分化。     

基于恒温隔绝式荧光RT-PCR技术现场检测牛纽布病毒方法的建立及应用

纽布病毒(nebovirus,NeV)是引起犊牛腹泻的新发病原,本试验旨在建立基于恒温隔绝式RT-PCR(insu-lated isothermal RT-PCR,iiRT-PCR)技术现场检测NeV的方法.根据NeV的RdRp基因的保守区域,设计并合成引物和探针,优化检测体系和检测试剂预混方法,建立检测NeV的iiR...     

陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒S、M和N基因的遗传变异分析

为了解陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传和变异情况,采集陕西省部分地区规模化猪场的5份疑似PEDV感染的猪小肠内容物,进行PEDV S、M和N基因的RT-PCR扩增,并对扩增产物进行序列测定和遗传变异分析。结果表明,5份病料均能扩增出PEDV S、M和N基因,5株病毒分别命名为SXSL、SX-BJ、SX-YL、SX-WN和SX-HZ株。序列分析表明,5株毒株之间的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为96.7%~99.8%、98.4%~100%和97.2%~99.9%;氨基酸序列的同源性分别为97.4%~99.9%、98.2%~100%和98.2%~100%。该5株病毒与中国疫苗株CV777的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为93.9%~99.8%、98.1%~100%和95.3%~99.9%,氨基酸序列的同源性为93.6%~99.9%、96.2%~100%和98.2%~100%。遗传进化分析结果显示,5个陕西分离株的S基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远,与近年来中国株、日本株以及韩国株亲缘关系较近。SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较近,且与中国株CHGD-01亲缘关系密切。SX-WN株和SX-HZ株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远。该5株病毒的S基因以及SX-WN株和SX-HZ株的M基因和N基因变异程度较大,而SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株三个流行株均与中国株CHGD-01亲缘关系密切,并且与近年在陕西省流行的PEDV也不完全相同。     

2007-2010年江苏地区猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-PCR检测及部分Nsp2基因序列分析

本研究参考GenBank已发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）Nsp2基因序列,在高致病性病毒Nsp2基因缺失区的两端保守区设计并合成了一对引物,建立并优化了能够区分经典PRRSV和高致病性PRRSV的RT-PCR诊断方法,并利用该方法对2007～2010年间江苏地区的45份可疑临床病料进行了检测。结果表明临床病料阳性率为40％,所有毒株均属于高致病性毒株。对PRRSV阳性病毒的Nsp2基因序列分析表明,所有18株PRRSV均属于美洲型毒株,与中国高致病性PRRSV代表毒株JXA1、WUH1的氨基酸同源性分别在82．2％～97．6％、80．4％～95.3％。此外,18株病毒的Nsp2共同存在不连续的30个氨基酸缺失,缺失位置与同期中国高致病性PRRSV具有相同的特征。通过本研究掌握了江苏地区2007～2010年间PRRSV流行情况及Nsp2基因变异特征,为地方猪繁殖与呼吸综合征的临床诊断和防治提供参考依据。     

基于S基因序列分析新型猪流行性腹泻病毒的遗传演化

最近，笔者实验室在青藏高原地区发现两种新亚型藏猪源猪流行性腹泻病毒（PEDV），为进一步调查新型PEDV是否在四川腹泻猪群中存在或流行，对实验室2018-2019年保存的116份猪腹泻粪便或肠组织样本进行PEDV的检测及其纤突蛋白基因（spike）分子特征研究。结果表明：腹泻样本的PEDV检出率为42.2%（49/116，95% CI=33.1%~51.8%），并获得了13条完整的S基因序列，全长为4 149~4 170 bp，序列相似性为94.2%~99.9%，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019的S基因与藏猪源新G1亚群PEDV的序列相似性高达97.0%~98.6%。遗传演化研究结果表明13株PEDV S基因划分为G1和G2大群，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019位于藏猪源新G1亚群；SWUN-19-CH-SCZY-2018、SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-1-CH-SCNJ-2019和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019位于G2亚群中一个独立的分支，且与藏猪源新G2亚群毒株有着较近的亲缘关系。为了进一步研究13株PEDV的演化过程，以贝叶斯进化分析软件包（BEAST）进行分歧时间估算，结果表明SWUN-H3-CH-SCYA-2019的分歧时间约为2012.3年，早于藏猪源新G1亚群其余毒株的最早分歧时间（2015.7年）；SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-19-CH-SCZY-2018和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019的分歧时间约为2014.2年，早于G2亚群的藏猪源毒株2014.7年，所有藏猪源PEDV的分歧时间均晚于四川毒株。本研究在四川地区首次发现了藏猪源PEDV，并且从毒株的分歧时间推断青藏高原的藏猪源PEDV来源于四川，为新型PEDV分子遗传进化的监测提供了依据。