基于SSR技术的水稻DNA指纹图谱构建

水稻是我国重要的粮食作物,具有种植面积大、分布范围广等特点,然而由于水稻的遗传基础比较狭窄,在新品育种、品种区分及质量监控等方面经常出现问题。SSR技术作为第二代分子标记的典型代表,具有标记数量丰富、定位精准等优点,在水稻SSR指纹图谱的构建中提到不可替代的重要作用。该文主要综述了基于SSR技术构建的水稻DNA指纹图谱,对其技术要点及其构建意义进行分析,并对其发展趋势进行展望。     

番茄品种浙粉702 DNA指纹图谱构建

用CTAB法提取番茄品种浙粉702及其亲本的基因组DNA,通过CAPS和SSR方法,构建DNA指纹图谱,并用于种子纯度的鉴定。以浙粉702及亲本的基因组DNA为模板进行筛选,结果表明,13对SSR引物扩增产物表现为多态性;CAPS引物扩增得到PCR产物经酶切分析,有17对引物的扩增产物表现出酶切多态性。经种子真伪鉴定、纯度鉴定、定向验证,表明构建的浙粉702指纹图谱有效。     

甜樱桃品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建甜樱桃品种的分子指纹图谱,为甜樱桃品种鉴定提供依据。以“泰山朝阳”、“泰山红日”和“红南阳”等品种为试材,从38对引物中筛选出5对多态性及稳定性高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物扩增出的多态性带数在10—15条,平均为12．6条;引物的多态信息量（PIC）在0．8347—0．9020,平均0．8708。依据甜樱桃SSR带型特征,对每对引物生成的不同带型直接编号,简化甜樱桃SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA指纹图谱。表明SSR标记技术可用于鉴定甜樱桃种质。     

江西省2009年水稻区试品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义。本研究利用12对水稻SSR引物,构建江西省2009年度区域试验品种的DNA指纹图谱。通过聚类分析发现本研究中的水稻品种种质资源遗传多样性相对狭窄。     

9个果蔗品种(系)遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

【目的】对9个果蔗品种(系)进行遗传多样性分析并构建其DNA指纹图谱,为果蔗品种鉴定和分子育种等提供理论依据。【方法】利用21个SSR分子标记和毛细管电泳技术对来自4个省份的9个果蔗品种(系)进行遗传多样性分析,应用NTSYS-pc 2.11计算供试材料间遗传相似系数,并运用UPGMA法进行聚类分析,同时构建其DNA指纹图谱。【结果】21对SSR引物共扩增出204条带,多态性比例为75.99%,每对引物可扩增出4~31条带,平均为9.71条。其中,17对引物含有9个果蔗品种(系)的44个特征位点,仅有5对引物鉴别能力最强,单个引物即可将其完全区分开。选择多态性高、鉴别力强且含有品种(系)特征位点的3对引物(SMC36BUQ、SMC597CS和SMC851MS)构建了9份果蔗品种(系)基于44个位点的DNA指纹图谱。9份果蔗材料的遗传相似系数为0.62~0.90,平均为0.77。UPGMA聚类结果显示,9个果蔗材料可分为三大类群,且与材料来源地无直接关系。【结论】9个果蔗品种(系)间的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,遗传多样性并不丰富,在育种中应加大果蔗亲本遗传背景的差异,提高其遗传多样性。     

八倍体草莓DNA指纹图谱的构建与初步遗传分析

为对草莓品种进行分子鉴定,从59对SSR引物中筛选出18对多态性好的引物,采用毛细管电泳检测方法对84份八倍体草莓品种进行标记分析,检测每个标记等位变异大小,并进行初步遗传分析。将每个引物对84份草莓扩增的带型按照一定原则进行数字标注,为了简化编码,引物P1~P18分别编号为字母A~R,将引物编号与相应的带型编码进行组合得到该样品在特定引物的扩增产物编码,按照18对引物顺序串联这些编码形成该品种的DNA指纹图谱。结果表明:18对SSR引物共扩增得到多态性条带150个,不同引物扩增到多态性条带数4~17个,共检测到377个带型;各引物的多态性信息含量(PIC)值为0.494~0.908,平均值为 0.738;利用18对SSR引物共构建了84个草莓品种的DNA指纹图谱。聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.99时能将所有品种区分开,一些来源相同的品种被优先聚在一起。综上,本研究成功构建84个草莓品种的DNA指纹图谱,这些品种遗传关系较近。     

太湖稻区32个水稻品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建太湖稻区16个常规粳稻品种和16个杂交水稻品种DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]以筛选出的12对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建太湖稻区32个主要栽植水稻品种DNA指纹图谱,以NTSYS-PCV2.10软件分析遗传多样性.[结果]12对SSR引物在32份材料中共扩增出了47个等位基因,平均每对引物4.7个,变幅2～6个;12对引物的多态性频率（FP）平均值为0.627,变幅0.266～0.833;以遗传相似系数0.74为阚值可将供试32个水稻品种分成4类.[结论]太湖稻区32个水稻品种遗传多样性相对狭窄.     

西北地区主栽豌豆品种SSR指纹图谱构建

采用SSR标记技术对7个西北地区主栽豌豆品种基因组DNA进行扩增,构建了不同品种豌豆的指纹图谱。结果表明,21对不同的SSR引物中有6对扩增出多态性DNA片段,其中1对引物PSAC75可使每一品种具有其自身的特征谱带。因此,SSR技术可从DNA水平鉴别豌豆品种的分子差异,从而为分子标记辅助育种提供技术依据。     

基于SSR标记辣椒品种DNA指纹图谱的构建

基于辣椒全基因组开发的SSR标记,对青海地区主栽的26份主栽辣椒品种进行遗传多样性分析并构建分子指纹图谱.结果从117对SSR标记中筛选出6对扩增稳定,多态性较好的引物,6对标记共扩增到36个基因位点,多态性比例为97％;26份青海地区主栽辣椒品种之间遗传相似系数为0.42～1.00,在GS 0.5处可将26份辣椒材料...     

基于SSR标记的福建省若干水稻品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

以24份杂交稻品种和18份杂交稻亲本为材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。24对引物在研究材料中共检测到74个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为3.1个。基于24个SSR标记的扩增结果,利用NTSYS 2.10e软件计算Dice遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:42份材料之间的相似系数变化范围为0.60~1.00,在遗传相似系数0.68处可以将42份材料分为6个类群,较好地反映了供试材料的亲缘关系,可为水稻育种中亲本选择提供参考。同时建立了42份材料×12个SSR标记的指纹图谱,为杂交水稻品种纯度和真伪鉴定提供科学数据。     

江西省2018年晚粳区试品种的DNA指纹图谱以及遗传相似性分析

利用农业行业标准(NY/T 1433—2007)中公布的24对SSR引物构建江西省2018年27份晚粳区试品种以及4份籼型晚稻区试对照品种的DNA指纹图谱,并进行遗传相似性分析。24对SSR引物共扩增出114个多态性片段,平均每对引物可检测到4.75个等位基因,引物的各等位基因在样品间的PIC值变化范围为0～0.374 7,平均值为0.171 1。聚类分析表明,31份水稻品种的遗传相似系数在0.19～0.77。当相似系数约为0.19时,江西省2018年晚粳区试品种与籼型晚稻区试对照品种分成两组;当相似系数约为0.39时,晚粳区试品种分为4组。指纹图谱数据表明,晚粳区试品种的指纹差异都在2个位点以上,不存在近似品种。     

中国棉花主栽品种DNA指纹图谱构建及SSR标记遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建2008年中国3大棉区8个棉花主产省份32份棉花主栽品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]从214对候选引物中筛选出36对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建棉花主栽品种DNA指纹图谱.[结果]36对SSR引物在32份材料中共扩增出142种多态性基因型,每...     

黑龙江省建三江地区主栽粳稻DNA指纹图谱构建研究

利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共检测到30个等位基因,每对引物检测到的等位基因数平均值为2.5个。根据引物在水稻品种中的扩增和毛细管电泳测定的结果,采用0/1矩阵构建由30位数字组成的DNA指纹图谱。分子身份证包括品种本身信息及SSR指纹信息,通过软件生成水稻品种身份证条形码和二维码,为水稻品种的鉴定及溯源管理提供技术支撑。     

水稻品种DNA指纹图谱构建

近年来,DNA指纹鉴定技术飞速发展,无论是理论还是技术方面都取得了巨大的成就。该技术是从DNA水平上检测物种的多态性,它与传统的形态学、细胞学以及蛋白质同工酶检测相比,有着不易受环境影响、可靠准确、经济快速等优势。     

番茄品种渝粉109的DNA指纹图谱构建

用SDS法提取番茄杂一代品种"渝粉109"及其亲本的基因组DNA,通过RAPD-PCR分子标记方法,构建其DNA指纹图谱,用于种子纯度鉴定。利用200个RAPD随机引物,以杂一代品种及其亲本的基因组DNA为模板组进行筛选,结果显示:8个RAPD引物的DNA条带表现出多态性,其中R3能稳定地在亲本之间扩增出互补的特异条带。经定向验证、种子真伪鉴定、纯度鉴定,表明构建的渝粉109指纹图谱有效。     

陕西不同核桃品种指纹图谱构建

为实现核桃品种的高效、准确鉴定,提高良种利用率,收集21个陕西常见的核桃品种,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳检测技术进行基因组多态性分析,从20对SSR引物中筛选出6对核心引物,构建不同核桃品种的SSR指纹图谱。结果表明,6对荧光引物共检测出54个等位基因位点,平均每对引物扩增9个。21个核桃品种间的遗传相似系数(GS)在0.59～0.93。进一步分析发现引物WJR265与引物WGA331结合后,再与WJR031、WJR281、WGA321、WGA032这4个引物之一任意组合即可将21个核桃品种完全区分开。用3对高效引物进行组合鉴定21份核桃材料,可以有4种不同组合。用6对引物构建供试核桃品种的分子图谱,为陕西地方核桃良种的快速鉴定和核桃指纹数据库建立提供了数据。     

利用SSR标记建立杂交水稻分子指纹图谱数据库

鉴别优质种子并保护育种者的知识产权是市场经济发展的需要。长期以来,人们主要通过形态特征来鉴定区分水稻种子质量,但这种鉴定方法准确性显然较差。近年来,利用不同水稻种质在DNA水平上的差异（即DNA分子指纹图谱）进行品种鉴定已引起人们的关注。RAPD标记最早被用于鉴定杂交稻的纯度,并取得较好的结果。但由于RAPD标记不够稳定,且为显性标记难以将亲本和F1杂种区分开,因而在水稻纯度鉴定和指纹图谱分析中利用有限。由于SSR是共显性标记且多态性丰富,相比其他标记如RFLP或RAPD,更能揭示生物遗传多样性。     

新疆主栽骨干棉花品种指纹图谱构建及纯度鉴定

【目的】构建新疆主栽骨干棉花品种的指纹图谱,分析棉花品种纯度,为棉花品种提供分子鉴定依据。【方法】以典型代表性的新疆北疆早熟棉花主推骨干棉花品种为材料,利用SSR分子标记技术从1 000多对SSR引物中筛选出稳定性好、多态性高的25对核心引物构建指纹图谱,从核心引物中筛选10对引物作为标记,分析4个棉花品种的纯度。【结果】检测到等位基因数70个,每个标记检测到的等位基因数介于2~7个,平均2.8个;引物多态信息量(PIC)值介于0.169 0~0.872 9,平均值为0.688 3;利用4个特征引物将4个棉花品种一次性完全区分开,构建供试品种的指纹图谱;利用10对引物检测4个品种的纯度,新陆早6号纯度变化范围85%~100%,系62纯度变化范围95%~100%。【结论】构建了4个棉花品种的指纹图谱及鉴定纯度,系62号纯度最高,为99.5%,新陆早6号纯度最低,为92.0%。     

利用SSR分子标记建立杂交水稻指纹图谱

利用微卫星标记对大穗稻1126进行了DNA指纹图谱构建和品种鉴定的研究,77对引物中具有多态性的引物共36对,占所用引物的46．75％。利用这些SSR引物建立了1126的DNA指纹数据库,可以有效解决杂交水稻亲本1126的真伪性及与其他品种的区分问题。三组引物RM21、RM505、RM212共同扩增可以很好地将1126与其亲本Lemont与蜀恢527区分开来,可作为大穗稻1126的特征引物加以鉴定。由此可见利用微卫星分子标记技术进行水稻种子质量鉴定应用前景广阔。     

半糯粳稻品种核心标记的筛选及DNA指纹图谱的构建

目的 构建一套基于水稻重要性状基因标记的品种DNA指纹鉴定体系,为加强主栽优良食味半糯粳稻品种的种质管理与品种保护奠定基础。方法 以34个江浙沪主栽优良食味半糯粳稻品种为供试材料,通过已知标记多态性鉴定、公共数据库基因序列比对、基因组重测序等多种方法对水稻重要性状调控基因的关键差异位点进行筛选,开发核心SNP或InDel标记;利用As-PCR技术将SNP标记发展为依据电泳条带鉴别的简单PCR标记,通过电泳条带特征化和类型分析获得基因型信息,构建半糯粳稻品种的DNA指纹图谱库。结果 筛选出来源于40个水稻重要性状调控基因的54个核心标记,包括18个SNP标记和36个InDel标记;54个标记在20个品种中共检测到155个有效特征化条带,转化为155个0/1数据位点,建立各品种的DNA指纹数据库,可区分全部供试品种。遗传多样性分析表明,品种间遗传相似性变异范围为0.47—0.90,其中,南粳7718与苏香粳100的相似性系数最小,而南粳9308与南粳9036的相似性系数最大,二者存在8个数据位点差异。亲缘关系分析可将供试品种划分为6个分支,其中,南粳7718为独立分支,表明其与其他品种间的亲缘关系较远。核心标记鉴定效果的进一步验证表明,该套标记可以对14个半糯粳稻新品种进行有效区分,聚类图显示其分布于Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ 3个类群,证实各品种间基因型信息的差异性;并利用该套标记鉴定了一个未知半糯水稻的品种真实性,根据基因型和聚类分析,将其判定为南粳9108。结论 经优化筛选,获得可准确区分当前主推半糯粳稻品种的54个核心标记,并发展为可电泳检测的简单PCR标记,利用该套标记组合构建了34个江浙沪地区主栽优良食味半糯粳稻品种的DNA指纹图谱。