藏猪源捷申病毒的检测和遗传演化分析

旨在调查四川地区藏猪捷申病毒(porcine teschovirus, PTV)的流行及分子特征和遗传演化。用RT-PCR法对2017—2018年采自四川省甘孜藏族自治州康定市14个藏猪场96份粪便样品进行检测,并对全基因组进行序列分析和基因分型。PCR检测结果表明,PTV核酸阳性率为20.8%(20/96,95%CI=13.2%～30.3%),14个规模藏猪场中PTV猪场阳性率为57.1%(8/14,95%CI=28.9%～82.3%),并从2份阳性样本中获得了2条近似全长的PTV全基因组序列,分别命名为SWU-E5-2018和SWU-ZG2-2018,核苷酸序列相似性为83.1%。通过VP1序列分析发现2条序列的血清型分别为3型和6型。通过基因重组分析发现SWU-E5-2018存在重组现象,重组区域位于衣壳蛋白基因P1的552—3 082 nt处。为了进一步研究2条PTV序列的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,SWU-E5-2018的分歧时间约为2010年,SWU-ZG2-2018的分歧时间约为2011年。本研究首次对藏猪源PTV进行了初步调查,结果表明藏猪中存在一定程度的PTV感染,为深入研究藏猪源PTV遗传变异及其生物学特性提供了参考依据。     

国内猪捷申病病毒研究进展

猪捷申病病毒(Porcine teschovirus,PTV)属于小RNA病毒科(Picornaviridae)捷申病毒属(Teschovirus)成员,主要引起猪的脑脊髓灰质炎、生殖障碍、肺炎、下痢、心包炎和心肌炎等临床症状.2003年首次在我国被发现,引起了猪病研究人员的广泛关注.本文综述了近几年国内对猪捷申病毒的研究进展,以期为猪捷申病毒研究者提供参考.     

猪捷申病毒分子生物学研究进展

猪捷申病是由猪捷申病毒(Porcine teschovirus,PTV)引起的猪脑脊髓灰质炎、繁殖障碍、肺炎、下痢、心包炎和心肌炎、皮肤损伤及无症状等多种表现的一种病毒性传染病。该病在大多数猪场呈隐性感染,其致病机制、分子机理、与其他病毒的相互作用尚不十分清楚。同时,该病在国内外研究较少。论文主要综述了猪捷申病毒的分子生物学研究进展,并对其研究前景进行了展望。     

一株猪捷申病毒全基因组序列测定及分析

根据Gen Bank已发表的猪捷申病毒(porcine teschovirus,PTV)13种血清型全基因组序列,分析其保守区域并设计10对特异性引物。从临床腹泻病料中提取核酸,经RT-PCR扩增目的片段,分别对这些片段进行克隆、序列测定、拼接,最终获得一株猪捷申病毒全基因组序列,命名为PT-GD。主要结构蛋白VP1进化分析表明,该毒株与PTV12型CC25、YZ119的VP1核苷酸序列同源性分别为80.1%和79.7%,与其他血清型毒株进化距离相对较远,表明该毒株为猪捷申病毒血清型12型。该病毒全基因序列的测定及血清型鉴定为进一步深入研究猪捷申病毒在我国的遗传变异及其生物学特性提供了依据。     

猪捷申病毒HB株的分离与全基因序列分析

为分析河北省某规模化猪场猪捷申病毒(PTV)的遗传变异和进化关系,作者成功分离到PTV HB株,对其进行了毒力测定和动物回归试验,设计引物进行了全基因序列测定,并与国内外42株PTV全基因序列进行了同源性比较。结果表明猪捷申病毒HB株病毒滴度为10-6.4 TCID50.mL-1,健康仔猪接毒28d后均出现明显猪捷申病症状,该毒株全基因组序列长度为7 090bp。系统进化树分析表明,猪捷申病毒HB株(JQ664746)属于PTV-8型血清型,和国内分离的PTV-jilin/2003株(GQ293092)同源性最高,从而为进一步研究该毒株的遗传变异提供参考。     

猪捷申病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

参考Gen Bank中猪捷申病毒(PTV)基因序列,通过比对分析,设计引物和Taq Man探针,建立荧光定量RT-PCR检测方法。该方法的最低检测灵敏限度为12.6拷贝/μL,组内组间重复试验的变异系数均小于2%,具有较好的特异性,对猪常见病原如猪瘟病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒和伪狂犬病病毒等均没有特异性扩增。用本研究建立的荧光定量RT-PCR方法检测来自猪场的156份猪粪便,阳性检出率为38.5%,与套式RT-PCR符合率达100%,表明本试验建立的荧光定量RT-PCR方法适用于PTV的快速批量筛检,为PTV感染的流行病学调查提供了必要的技术手段。     

藏猪呼吸道疾病临床样本中病毒的宏基因组学分析

为了解我国川西高原地区藏猪呼吸道疾病综合征(porcine respiratory disease complex, PRDC)相关病毒的种类和流行情况,本研究从四川省甘孜藏族自治州地区采集藏猪呼吸道样本共计119份,其中健康藏猪鼻拭子66份(来自6个猪场),PRDC明显症状的藏猪鼻拭子、肺组织及肺泡灌洗液53份(11个猪场)。将健康组和发病组样本制成两个pool样提取总核酸反转录成cDNA,建库后使用Illunima novaseq测序。经序列分析表明,健康藏猪呼吸道样品主要以细菌噬菌体为主,动物相关病毒仅检测到疱疹病毒科(Herpesviridae)的mardivirus。发病组样本的病毒种群包括14个病毒科的16种病毒,可引起PRDC的病毒有猪圆环病毒2型(PCV-2)、细环病毒(TTSuV)、猪细胞巨化病毒(PCMV)和非洲猪瘟病毒(ASFV)等。使用SOAPdenovo软件组装出两株PCV-2,三株TTSuV和一株Porprismacovirus的全基因组。遗传演化分析结果显示,两株PCV-2属于PCV-2d亚型,三株TTSuV均属于k2型,其中SCgz-1属于k2b亚型,S...     

捷申病毒、猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒的多重RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立同时检测猪捷申病毒(PTV)、猪瘟病毒(csFv)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRSV)的多重RT-PCR (mRT-PCR)检测方法,本研究以PRRSV ORF6基因、CSFV Ems基因和PTV 5＇-UTR基因为对象,建立检测3种病毒的mRT-PCR方法.特异性试验表明,该方法可以特异扩增3种病毒的基因,对大肠杆菌、猪圆环病毒Ⅱ型、猪细小病毒、猪伪狂犬病毒和猪流感病毒呈阴性反应;敏感性试验表明,PRRSV、CSFV和PTV的最低核酸检出量分别为7.11×102拷贝、7.81×103拷贝和8.43×102拷贝,略低于单一RT-PCR敏感性;应用该方法对69份送检样品进行检测,其中PRRSV、CSFV和PTV单纯感染检出率分别为28.99％、27.54％和56.52％,PRRSV和CSFV混合感染检出率为4.35％,PRRSV和PTV的混合感染检出率为11.59％,CSFV和PTV的混合感染检出率为13.04％,3种病毒的混合感染检出率为8.70％,与单一RT-PCR检测结果符合率为98.6％.本研究建立的检测方法快速简便,可以用于疾病的初步筛选,对临床早期诊断和流行病学调查具有重要意义.     

检测猪捷申病毒抗体的间接免疫荧光方法的建立与初步应用

为建立检测猪捷申病毒(PTV)抗体的方法,本研究利用PTV-8 Jilin/2003株为杭原,建立了检All PTV杭体的的间接免疫荧光技术(IFA)方法.该方法工作浓度分别是:一抗最适稀释度为1:10:FITC标记二抗最适稀释度为1:100;二杭中伊文氏兰最适稀释度为1:30 000.敏感性试验、特异性试验表明该杭原板可以检出包含PTV-8型和1型在内的的所有PTV阳性血清,方法敏感、特异.与SN符合率94.0.用该方法对黑龙江、山东、天津和河南等地的1 500份临床血清样品进行检测,阳性检出率为55.8,表明我国猪群中PTV的感染已经非常普遍.该方法做为PTV的血清学诊断新技术,为开展PTV分子流行病学调查莫定了基础.     

一株猪捷申病毒的分离与鉴定

北京地区某猪场猪群疑似感染猪捷申病毒(porcine teschovirus,PTV),为了分离与鉴定该病毒,从采集的脑组织样品中分离出病毒,并从病毒中提取总RNA,根据已报道的引物序列,经RT-PCR扩增得到部分编码主要结构蛋白的VP1基因和高度保守的5'-UTR区基因序列,将这些基因克隆到pEASY-Blunt载体中,经序列测定,与GenBank上的毒株序列进行比对。试验结果表明,分离的毒株与猪捷申病毒同源性为95%~100%。本试验成功分离获得一株猪捷申病毒北京地方流行毒株,命名为 10BJ02株。     

四川地区藏猪戊型肝炎病毒的检测和遗传演化分析

旨在调查四川地区藏猪戊型肝炎病毒（hepatitis E virus,HEV）的流行情况和遗传演化,作者用RT-PCR法对2018—2020年采集自四川省甘孜藏族自治州和阿坝藏族自治州的22个藏猪场332份藏猪粪便样本进行HEV检测,并对阳性样本进行基因分型。RT-PCR检测结果表明HEV核酸阳性率为20.48%（68/332,95% CI=16.3%~25.2%）,22个规模藏猪场中HEV猪场阳性率为77.27%（17/22,95% CI=54.6%~92.2%）,健康样本阳性率为2.86%（3/105,95% CI=0.6%~8.1%）,腹泻样本阳性率为28.63%（65/227,95% CI=22.8%~35.0%）,系统进化分析显示所有阳性株均为G4型。为了进一步研究该地区流行毒株的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,藏猪流行毒株的分歧时间最早为1999年,最晚为2016年。并分别从每年的样本中挑选1份阳性样本得到全基因组序列,核酸序列相似性为89.5%~93.1%。通过对3条全基因组重组分析发现SWU/301/2019存在重组现象,SWU/301/2019重组区域位于ORF1的3 746—4 655 bp。本研究首次对四川地区藏猪源HEV进行调查,结果表明四川藏猪中存在一定程度的HEV感染,为四川地区对藏猪感染HEV的防治以及深入研究四川藏猪源HEV遗传变异及生物学特性提供了参考依据。     

利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群

为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份,将样本混合成一个pool样,提取RNA反转录成cDNA,建库后利用TruSeq Illumina测序,对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明：藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒,主要以线性和环状的小DNA病毒为主,如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒（PBoV）等;与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪圆环病毒2型（PCV-2）和牛病毒性腹泻病毒1型（BVDV-1）3种;与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabovirus和pasivirus 3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型（PPV-6）、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒（HEV）完整的ORF2基因序列,系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系,PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系,单独聚为一簇,可能是一个全新的基因型。为进一步调查PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率,对采集146份样本进行检测,检出率为10.96%（16/146,95% CI：6.4%~17.2%）,且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样,且可能存在与其他动物和人交叉感染情况,具有重要的公共卫生学意义,也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。     

藏猪体重非线性生长曲线分析

藏猪是我国青藏高原特有的高原型地方猪种,本研究用logistic、Gompertz和Richrds模型拟合了藏猪体重生长曲线,并以成华猪为对照分析了藏猪的生长规律.结果表明logistic、Gompertz和Richards模型均适宜拟合藏猪和成华猪的生长曲线,其中Richards模型最好,Gompertz模型优于logistic模型.Richrds模型拟合的藏猪极限体重为71.91kg,生长拐点为9.45月龄,最大生长速度为180.0g;说明藏猪存在体重小、生长速度慢、生长拐点迟等特点.     

藏猪体重非线性生长曲线分析

藏猪是我国青藏高原特有的高原型地方猪种,本研究用logistic、Gompertz和Richards模型拟合了藏猪体重生长曲线,并以成华猪为对照分析了藏猪的生长规律。结果表明logistic、Gompertz和Richards模型均适宜拟合藏猪和成华猪的生长曲线,其中Richards模型最好,Gompertz模型优于logistic模型。Richards模型拟合的藏猪极限体重为71.91kg,生长拐点为9.45月龄,最大生长速度为180.0g;说明藏猪存在体重小、生长速度慢、生长拐点迟等特点。     

阿坝藏族羌族自治州若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

旨在通过获得和对比若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区的部分序列,为该地区藏猪遗传资源的保护与利用提供参考。本试验收集了若尔盖地区9个乡镇共80头藏猪耳组织,以甘南州藏猪mtDNA D-Loop基因序列为模板设计引物,采用PCR扩增测序技术获得了80条核苷酸序列,并采用生物信息学的数据处理方法进行分析。结果表明,若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区（435 bp）的A+T含量（56.46%）明显高于G+C含量（43.54%）,存在碱基偏倚性现象;在80条长度为435 bp的序列中,共检测到14个变异位点,鉴定了17个单倍型,单倍型多样度（Hd）、核苷酸多样度（Pi）和平均核苷酸差异数（k）分别为0.881、0.004 66和2.028,其中Hd、Pi和k在降扎乡藏猪群体中最高,Pi和k在占哇乡藏猪中最低;共享单倍型8个,特有单倍型9个,且若尔盖地区不同藏猪群体间特有单倍型数差异较大,其中,降扎乡藏猪的特有单倍型数量最多,占单倍型总数的17.65%（3/17）;Hap_1和Hap_15单倍型是4个乡镇（降扎乡、益哇乡、热尔乡和冻列乡）群体的共享单倍型,表明这4个乡镇藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。若尔盖地区藏猪的平均遗传距离为0.004 66,其中降扎乡和冻列乡藏猪间的遗传距离最大为0.006 90,包座乡和益哇乡藏猪间的遗传距离最小为0.002 16;构建的NJ分子系统进化树将若尔盖地区藏猪分为2支,而加入中国地方家猪、野猪和引种猪后,若尔盖地区藏猪在进化树中比较分散,说明该地区藏猪母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。本研究进一步证实了若尔盖地区藏猪比西藏林芝、山南、日喀则、甘孜州、阿坝州藏猪的遗传多样性程度高,受到人工选择强度低,应强化对若尔盖地区藏猪遗传资源的保护与利用。     

Molecular Identification and Genetic Evolution Analysis of Haemophilus parasuis 16S rRNA Gene in Local Pig Origin

To study the molecular genetic evolution characteristics of Haemophilus parasuis(Hps), PCR was used to determine the 16S rRNA gene of the strain XY0501 isolated from local pigs in Henan province, and genetic evolution analysis was conducted. The results showed that the amplication of 16S rRNA of the isolate XY0501 was 822 bp, the nucleotide sequence similarity among the reference strains was 97.1% to 99.3%, and 99.3% with the strain serotype 5. The phylogenetic tree based on 16S rRNA revealed that the Hps isolate XY0501 from local pigs belonged to the same branch with reference strain serotype 5. The results identified that the Hps infection could cause severe clinical symptoms in pigs, but infection source need to be further investigation,in addition, 16S rRNA of Hps of different serotypes was conserved and no species difference.     

一起藏猪肺疫的诊断与治疗

猪肺疫是由多杀性巴氏杆菌所引起的猪的一种急性、热性传染病,又叫猪巴氏杆菌病或出血性败血病,常以急性败血及组织器官的出血性炎症为特征,各种年龄的猪均可以发生,对养猪业危害较大,本文就某藏猪场藏猪肺疫的诊断和防治过程进行了阐述,为该病的防控提供参考依据。