基于月季微卫星标记的7个遗传相似系数比较

以月季品种的微卫星标记数据为基础,选择7个遗传相似系数对月季品种间遗传相似度进行计算,并采用非加权组平均法(UPGMA)建立相应的系统树.通过遗传相似系数相关性、聚类结果一致性以及拟合优度等分析方法,探讨不同的遗传相似系数在微卫星遗传分析中的适用性.分析数据显示7个系数之间相关系数介于0.726 ～1.000.共表型相关系数rc介于0.85～0.93,表明品种间遗传差异在基于UPGMA方法的聚类树状图中有良好体现.系统树之间的CI.指数范围为0.468 ～1.000,表明采用不同相似系数进行聚类分析时,结果存在较大差异.7个遗传相似系数的S统计值介于16.24％ ～ 29.90％,Russel and Rao系数最低,Simple Matching等3个系数S值均大于20％.综合考虑分子标记特点、物种杂合度、Kruskal拟合优度等因素,并结合聚类分析与品种谱系比较结果,研究认为Dice系数和Jaccard系数适用于月季的微卫星遗传分析,其次是Simple Matching系数.     

基于SSR的四川榛子资源亲缘关系研究

四川是榛子资源的一个重要分布区,国内野生榛子资源至少有7种在本区有分布.本研究使用9个SSR标记分析了川榛(Corylus?heterophylla var.sutchuenensis)、滇榛(C.yunnanensis)、刺榛(C.ferox)、毛榛(C.mandshurica)与欧榛(C.avellana)资源的群...     

分子标记法和形态学特征对杏仁栽培种及野生种基因型的遗传关系构建的辨别

应用23个形态学特征,19个扩增片段长度多态性(AFLP)引物组合,80个随机扩增多态DNA(RAPD)引物和32个简单序列重复(SSR)引物对,比较三种分子标记法在29个杏仁栽培种和3个野生种遗传关系构建中的信息景和效率.根据预期杂合度的评价,与AFLPs和RAPDs相比,SSRs具有较高水平的多态性和较大的信息量.AFLPs预期朵合度值最低,但其辨别效率值最高,因为AFLPs能揭示每个反应中的大量条带,导致各种类型的多样性指数均较高.三种分子标记法对杏仁基因型的辨别效率均较高,只是SSRs无法辨别‘Monagha'和‘Sefied'杏仁基因型.三种分子标记法基因型相似性相关系数统计上显著,但SSR数据要低于RAPDs和AFLPs的值.尽管三种分子标记法树形图拓扑结构存在一些差异,但相似性水平均较高.SSRs、RAPDs和AFLPs的系统树图及其综合数据都能依据地理散布反映大多数栽培种的关系.AMOVA检测到每个地理组中栽培种和野生种的变异.辅助程序分析表明,实验所应用的标记物数量足以保证基因相似性估计的可靠性和标记法间的比较是有意义的.     

基于表型和SSR标记的陇南油橄榄品种鉴定与遗传多样性分析

目的 该研究对我国油橄榄主产区甘肃省陇南市现有品种进行了的准确鉴定和遗传多样性计算,为我国油橄榄种质资源引种和驯化、育种及利用提供参考。 方法 利用13个SSR标记对来自83个油橄榄品种的110棵单株进行品种鉴定和遗传多样性分析,并对其中属于68个品种的90棵单株进行叶片、果实和果核形态性状的测定和分析,最后开展了基于表型性状和SSR标记的单株聚类和结果比较。 结果 陇南油橄榄表型数量性状和质量性状多样性指数分别为1.83和0.79;SSR分析发现83个品种包括78个不同的基因型,观测杂合度和期望杂合度分别为0.683和0.754;这些基因型可分为3大组,基因型所属分组与其起源地有一定相关性;我国选育品种的基因型大多与起源意大利的品种分组更近;与基于表型的聚类树相比,基于SSR基因型的聚类树更倾向于将同一品种的不同单株聚在同一支。 结论 陇南共有78种不同基因型的品种,SSR标记比表型鉴定品种更具准确性,且能反映亲缘关系。该地区油橄榄表型多样性和遗传多样性较高,引种品种主要是来自地中海西部和中部国家,国内选育品种与意大利起源的品种相似;为更多样化可考虑引种或选育更多起源国的品种。     

桤木Genomic-SSR与EST-SSR分子标记的差异分析

桤木（Alnus cremastogyne）为非豆科固氮树种,也是我国最重要的一个桤木属特有种,具有重要的生态功能。本文分析了桤木基因组SSR与EST-SSR两种来源标记的遗传差异,结果显示EST-SSR的平均等位基因数与平均有效等位基因数高于Genomic-SSR,而对平均观察杂合度与平均期望杂合度来说,Genomic-SSR高于EST-SSR,聚类分析显示Genomic-SSR与EST-SSR在小的分群上有差异,说明Genomic-SSR与ESTSSR标记在解析遗传多样性与遗传关系方面有一定差异,综合两种标记可以获得更加客观的结果。     

基于SSR的8个平欧杂交榛品种指纹图谱构建

平欧杂交榛是目前我国最主要的一个栽培榛子资源。本研究使用9个SSR标记分析了8个引进的平欧杂交榛品种的遗传多样性,并进而构建了指纹图谱。结果显示其群体有效等位基因数、观察杂合度、期望杂合度均值分别为4.161、0.875、0.734,说明其遗传多样性水平较高。指纹图谱分析显示通过8个两两标记组合,能有效区分引进的平欧杂交榛品种。本研究为平欧榛栽培品种的保护与推广利用奠定了基础。     

SSR分子标记与林木遗传育种

阐述了一种新兴的基于PCR的微卫星分子标记技术在林木遗传育种中的应用情况及发展趋势.由于微卫星位点多态性高、共显性、中性突变及遍布于整个基因组,因此使之广泛应用于遗传连锁图谱的构建与QTL定位、亲缘关系分析、遗传结构分析、基因流监测、基因突变以及系统发生等领域.文中指出SSR标记可以为林木遗传改良、种质资源保存、濒危物种保护、基因定位及分子克隆等许多应用研究领域提供理论依据,它将是一种近乎理想的新一代的分子标记.     

桉树无性系与亲本及桉属其它种遗传关系分析

对桉属(Eucalyptus)的11个种和3个元性系的ITS序列进行了比对分析,桉属的不同种以及3个无性系的ITS长度范围为633～678 bp.分析表明,3个无性系的ITS为假基因,其ITS序列长度比近缘种长38～45 bp.因此,通过ITS引物扩增和测序可以将无性系与其它种类、品种或类型区分.系统发育分析表明,柠檬...     

月季品种与其亲本的花色相关性分析

该文以《Modern Rose 12》的月季品种花色性状资料为基础,通过对杂交选育的月季品种群体中各种花色品种所占的百分率与其亲本群体(母本群体及父本群体)中各种花色亲本所占百分率的相关性研究,分析了7 548个月季品种的花色与其亲本花色的关系,得到如下结论:(1)各种花色品种与相同花色或同一色系的亲本之间多存在一定的正相关关系;(2)红色系品种和黄色系亲本之间、黄色系品种和红色系亲本之间多存在一定的负相关;(3)黄色系亲本对品种花色的影响相对较大;(4)粉色混合色类型的品种花色受亲本影响较小。     

基于SSR分子标记的枸杞遗传多样性研究

【目的】使用黑果枸杞的转录组数据开发适合枸杞的EST-SSR引物,用于分析评价枸杞品种和种质的遗传多样性,为黑果枸杞种质资源评价和新品种培育提供理论依据。【方法】基于NCBI公共数据库已经发表的黑果枸杞果实转录组数据,分析得到枸杞的EST-SSR分子标记,合成了符合设计标准的182对EST-SSR引物,经过扩增和多态性筛选后,将多态性好的引物用于30份枸杞材料的遗传多样性分析。【结果】在182对引物中,有176对引物可以扩增出条带,共筛选出20对多态性好、有特异性的引物,其多数引物扩增条带数为2～8条。使用20对引物在30份枸杞材料中共扩增得到121条条带,平均每对引物扩增出6.05条,有效等位基因数(N_e)的均值为1.473 1个,Nei’s多样性指数(H)的均值为0.291 7,Shannon信息指数(I)的均值为0.451 7,多态性信息含量(PIC)均值为0.667,30份材料的遗传相似系数为0.459 2～0.991 8,表明品种间具有较丰富的遗传差异。聚类分析结果表明,30份枸杞材料被分为6个组,黑果枸杞与红果枸杞明显归于不同类型,不同种源地的黑果枸杞...     

锥栗农家品种的遗传多样性及亲缘关系分析

采用ISSR技术对37个锥栗农家品种进行遗传多样性及亲缘关系分析。从65条通用引物中筛选出13条扩增效果较好的引物进行扩增,每条引物的扩增谱带从9(引物828) 16条(引物821)不等,平均每个引物产生12个ISSR片段,共扩增出156条谱带,其中多态性条带129条,占82.69%,平均每个引物扩增的DNA多态性条带为9.9条。结果表明:锥栗农家品种具有丰富的遗传多样性水平;供试农家品种的观测等位基因数1.826 9,有效等位基因数1.509 7,Nei's基因多样度(H_e)为0.292 3,Shannon信息指数为 0.434 4;13条引物可区分37份农家品种及其优株。根据遗传一致度构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,37个锥栗品种可划分为2大类群7个亚类。     

金花茶组物种遗传关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对广西南宁金花茶公园29份金花茶组物种进行遗传关系分析。筛选出的14条引物扩增得到133条清晰条带,其中126条为多态性条带,多态性位点百分比为94.74%。29份金花茶种质材料的Nei’s基因多样性指数为0.360 6,Shannon’s 信息指数为0.531 4,遗传相似系数介于0.481 0.835,金花茶组物种的遗传基础较宽。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,29份金花茶样品聚为3大类群,其中扶绥中东金花茶单独为一类,顶生金花茶和龙州金花茶聚为一类,其它金花茶聚为一类。分析结果表明：夏石金花茶和小花金花茶的遗传相似系数最高,支持将两者归并到柠檬黄金花茶;弄岗金花茶和毛籽金花茶亲缘关系很近,支持合并到同一个种;龙州金花茶和薄叶金花茶分别归为单独的种。     

蔷薇品种分类研究

在对山东地区的蔷薇品种资源进行了实地调查、测量、记录,全面了解了山东地区蔷薇品种资源情况的基础上,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳实验分离过氧化物酶同工酶,分析酶谱,探寻了蔷薇各品种之间的亲缘关系。经整理分析现分出12个品种,因尚未为其命名,暂且称之为A1、A2、A3…………A12。这些品种的主要差异在:1.花色不同:白色、粉红色、玫瑰红色、淡粉红色;2.花瓣数量:单瓣、半重瓣、重瓣;3.花径大小:小花径(0～2cm),中花径(2～4cm),大花径(4cm以上)。蔷薇的过氧化物酶同工酶共有12条谱带,其中P9是其基本酶带,其余酶带的活性强弱和有无可以作为品种分类的辅助特征。     

分子标记在林业植物新品种鉴别中的应用及前景

在对林业植物新品种的鉴别中,对于有异议的品种,采用分子标记作为辅助手段去鉴别;法院审理植物新品种权纠纷案件时,作为判案证据,采用分子标记鉴别是快速而有效的途径.分子标记在植物品种特异性、特别是无性繁殖的无性系品种的鉴别上有广阔前景.一旦我国实行国际植物新品种保护公约1991年文本,分子标记将作为必要方法应用于某些实质性派生品种的鉴别.     

月季切花新品种快速繁殖的关键技术

通过对5个月季切花新品种的比较研究,筛选出适合不同品种快速繁殖的培养基.结果表明:各品种的启动培养以MS+BA0.5为宜;各品种适宜的增殖培养基是不同的,阿班斯适宜的增殖培养基为MS+BA2.5+NAA0.02,金斯莱克为MS+BA3.0+NAA0.01,阿维兰为MS+BA3.0+NAA0.02,红衣主教为MS+BA2.0+NAA0.02,萨蔓莎为MS+BA3.0+NAA0.01;各品种适宜的生根培养基是1/2MS+IBA0.5;不同品种之间,同一品种的不同单芽之间的离体生长存在差异.     

Genetic Relationships among Prunus mume var. pendula Using AFLP Markers

Genetic relationships among Prunus mume var. pendula were studied by using AFLP markers. 18 accessions representing 14 cultivars ofPrunus murne var. pendula were selected from the germplasm collection at the Research Center of China Mci Flower. Seven Mse I-EcoR I AFLP primer combinations revealed 450 legible bands, and 269 of which were polymorphic markers. A similarity matrix was prepared using the simple matching coefficient of similarity and Nei‘s (72) distance coefficient. A UPGMA dendrogram demonstrated the genetic relationships of the cultivars. The information given by AFLP markers was basically consistent with the morphological classification and the evolutionary history of the morphotypes, and roughly supported the new revised classification system for Chinese Mci Cultivars. But there were still several exceptions: 1) the ‘Guhong Chuizhi‘ inserted between the ‘Tiaoxue Chuizhi‘ and the ‘Danfen Chuizhi‘; 2) the ‘Wufu Chuizhi‘ kept off the Pink Pendant Form, and the ‘Moshan Chuizhi‘ was removed from Viridiflora Pendant Form; 3) the ‘Danbi Chuizhi‘ and the ‘Shuangbi Chuizhi‘ of Viridiflora Pendant Form got together well but fell within the Pink Pendant Form.     

金花茶组物种遗传关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对广西南宁金花茶公园29份金花茶组物种进行遗传关系分析。筛选出的14条引物扩增得到133条清晰条带,其中126条为多态性条带,多态性位点百分比为94.74%。29份金花茶种质材料的Nei’s基因多样性指数为0.360 6,Shannon’s 信息指数为0.531 4,遗传相似系数介于0.481 0.835,金花茶组物种的遗传基础较宽。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,29份金花茶样品聚为3大类群,其中扶绥中东金花茶单独为一类,顶生金花茶和龙州金花茶聚为一类,其它金花茶聚为一类。分析结果表明：夏石金花茶和小花金花茶的遗传相似系数最高,支持将两者归并到柠檬黄金花茶;弄岗金花茶和毛籽金花茶亲缘关系很近,支持合并到同一个种;龙州金花茶和薄叶金花茶分别归为单独的种。     

薄壳山核桃品种亲缘关系分析与指纹图谱构建

目的 基于荧光SSR标记结合高通量毛细管电泳技术,建立一种快速、高效、稳定、准确的薄壳山核桃基因分型体系,用以分析各品种间亲缘关系并构建指纹图谱,旨在为薄壳山核桃品种鉴定与新品种保护提供理论依据,也为薄壳山核桃种质资源评价、品种选育与推广提供有益参考。 方法 选取薄壳山核桃及其近缘种54对SSR引物进行初筛,最终确定10对标记合成荧光引物用于后续分析。基于毛细管电泳技术对25个薄壳山核桃品种进行基因分型,利用软件统计位点数据并计算各个位点的等位基因数（A）和多态信息含量（PIC）。利用SSR标记间的相互组合构建薄壳山核桃不同品种的指纹图谱。通过等位片段的转化对薄壳山核桃品种进行聚类,并分析其亲缘关系。 结果 10对荧光SSR标记共扩增出68条等位片段,平均为6.8个;位点Cc19最多,有12个等位基因,位点BFU-Jr19最少,有3个等位基因。多态信息含量（PIC）变化范围为0.2910～0.8435（平均为0.5883）。优选的4对核心引物Cc19、PM-GA31、PM-CIN4和PM-GA41组合能完全区分25个薄壳山核桃品种。25个品种遗传相似系数在0.62~0.99之间,并聚类成2个大的类群,部分亲缘关系较近的品种聚类在一起,部分品种聚类不能与遗传背景完全对应。 结论 与传统的显性标记及聚丙烯酰胺凝胶电泳分型技术相比,荧光SSR标记结合毛细管电泳技术构建薄壳山核桃品种指纹图谱切实可行,通量大且速度快,结果稳定可靠,通过标记组合可有效的对不同品种进行区分。在品种亲缘关系分析中,建议增加杂交亲本数量,并在全基因组范围内选取一定数量效率更高的标记,以便最大程度地揭示薄壳山核桃品种间亲缘关系的真实水平。     

落羽杉属树种及其杂交后代亲缘关系的RAPD分析

利用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术,对落羽杉属原种及其杂交后代共13个样本进行亲缘关系鉴定.从100个10 bp的随机引物中筛选出13个扩增效果较好的引物,共扩增出92条带,其中72条为多态性带.根据扩增结果进行聚类分析,结果表明杂交F1代中山杉302(落羽杉×墨西哥落羽杉)与母本落羽杉更为接近.在回交后代(中山杉302×墨西哥落羽杉)中,BCF1118与BCF1140相似系数最大;BCF11与母本F1302亲缘关系最近;BCF1118与父本墨西哥落羽杉亲缘关系最近.     

云南主要核桃品种的ISSR分子鉴别

以核桃当年萌发的新叶为材料,在建立了良好的反应体系基础上,筛选出8条引物对云南省11个主要栽培和推广的核桃品种进行了ISSR分子标记研究。结果表明:8个ISSR引物共检测出位点102个,其中多态性位点62个,占60.78%,参试样品具有较高的多态比率;用其中的两条引物建立了11个品种的指纹图谱,并可用之鉴别参试品种;POPGENE 32软件的计算结果有效等位基因数、基因的多样性和Shannon信息指数分别为1.370 7,0.214 3和0.321 6,供试的云南核桃品种在分子水平上存在比较丰富的遗传变异。